4NUWA

Crystal structure of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from methanobacterium thermoautotrophicum complexed with uridine 5'-monophosphate
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
219
structure length
219
Chain Sequence
VMDVMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAQGGDPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESIKDLL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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connected with : NaN
molecule tags Lyase
source organism Methanothermobacter thermautotrophicus
publication title Crystal structure of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from methanobacterium thermoautotrophicum complexed with uridine 5'-monophosphate
rcsb
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
total genus 85
structure length 219
sequence length 219
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2013-12-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4nuwA00
1EPXA 5J5RA 4S2BA 2X16A 3U6WA 1FWRA 3S1XA 1BEUA 1C9DA 4O52A 3G1HA 2Y63A 4MZ1A 3O6DA 1TPC1 4O53A 1LBMA 3TK7A 1GG0A 3IVTA 3GYEA 2ZA1A 4P61A 2ZRYA 4UTMA 3TAOA 1FWTA 5J5DA 4O14A 1LDCA 1TCDA 1VCFA 2A6NA 2Q8ZA 4M5PA 4BR1A 2QCLA 3P5YA 4L4LA 2X1RA 3SR7A 3G0SA 4KKXA 5AHMA 3TXVA 3L5AA 1PS9A 1EP1A 3IIPA 4LVAA 1ME9A 2ZZ5A 4JR5A 3OVPA 3UWYA 2GQAA 3MHFA 4YCOA 2NXIA 3TH6A 3UPWA 4LUJA 3C2FA 4J9JA 1WV2A 2NUWA 4O15A 4UNLA 2R91A 3NOEA 4Y8FA 2ZA3A 5I3GA 1LOLA 1PVNA 1X7FA 2WNQA 3QMRA 1C29A 1OX4B 3PBYA 4O4WA 1YYAA 3PUEA 4ZZ9A 1L6WA 2GJLA 4RLIA 4FEZA 2NUXA 1LRQA 4TO8A 1SPQA 3N2MA 2TMDA 3OVRA 4IMGA 4TMCA 2VXNA 3INPA 1DOSA 1J2WA 2B7OA 1TYGA 1GTHA 3NYZA 1XC4A 4JTHA 2ZQ0A 1NVMA 1Z42A 3GDTA 1Z44A 1KM0A 2ABAA 6TIMA 4MLJA 5HR7A 4FO4A 4O8RA 5HWMA 3NPWA 4MY8A 1EA0A 4PFMA 1M7PA 1VH7A 4JX5A 5L6UA 1VHNA 2QUTA 1TPWA 2DZWA 1EX5A 1OFQA 3C52A 1NF7A 2X30A 4MJZA 3B0PA 2RHGA 3TQ0A 2R94A 3EWZA 5FESA 3SSJA 2WKJA 2VFFA 4LU0A 2H6RA 3CEUA 2R8WA 3DFPA 4K7VA 4XBKA 1H1YA 2A0NA 3DFSA 3W2KA 5CZTA 1SQ7A 3QW3A 3VI2A 2C6QA 4FNTA 2A7NA 4XZ9A 4JY9A 5DCDA 5FF2A 2VFGA 3VNDA 2QJHA 1XFBA 2GPTA 3EKLA 3IIXA 3S5ZA 2RDUA 3PAJA 3CHVA 2DJXA 1I8JA 1KA9F 3O06A 1W1ZA 1XI3A 4JD4A 3MI2A 2ZRZA 1W5NA 1YDVA 4MVAA 2AQWA 4JTKA 3T40A 1N8FA 3C61A 3DENA 3DU0A 4ADTA 4GFSA 1DL3A 3BO9A 5LZLA 3D0CA 4PC8A 3GAYA 1OYAA 5AC8A 4JDBA 1PL9A 2FDSA 1XXXA 3L5MA 4LS0A 1KM4A 4GUIA 3KVKA 4O12A 4M19A 2CFFA 2WSQA 1QO2A 1ADOA 4NX0A 3PG8A 1A5AA 1H7OA 1YPIA 1EB3A 2CW6A 5D2TA 3N14A 1Q45A 3C3NA 3LCHA 1H50A 2C0AA 5LHEA 3FYPA 4LV9A 3S8HA 4DO4A 5FF0A 4JTTA 2B0MA 2JBMA 3HG5A 1SZNA 2P10A 4GE8A 4JTUA 1GQNA 4UUIA 2YPIA 1JULA 4P2VA 4BI5A 3W86A 3SI9A 3HGOA 4O28A 1MEIA 4CCDA 2Y61A 2QUUA 4NX5A 3LTYA 2V2CA 1I45A 1VC4A 3E49A 2X1TA 4MJMA 5H91A 5DY2A 3W6YA 3SECA 1TJPA 3C2EA 1J4EA 3JRKA 5LSMA 3RNDA 1FCQA 4Y96A 3KAOA 3ZR4A 2NLIA 3HPXA 2JKAA 2I1OA 5K9DA 5LKYA 1I2OA 4JIQA 3MHUA 1S5WA 2A7RA 4OU1A 1G7VA 2Y7EA 2YW3A 1VPXA 3G24A 1QFEA 3OEXA 3M44A 4UMBA 3T4CA 3O16A 2ZTJA 5T26A 3M5ZA 2Z6JA 2A5HA 2E6AA 5I3KA 5HUPA 3YPIA 5HULA 3W1LA 4O18A 3G1FA 1PV8A 3T55A 1P4CA 5IBXA 6ALDA 4GNJA 1R30A 3S5YA 3S1WA 5EL1A 3ZFHA 3UNDA 4S2CA 3S1UA 4UTUA 1W5PA 4Z1DA 4DO6A 1I2QA 1XUUA 4N9BA 4BWLC 3BW4A 3TA6A 4PH6A 3DKLA 3SW6A 2ZCGA 3DHDA 2YFNA 2GJNA 1SZEA 4UFJA 5G4WA 1IXOA 5E0KA 3CT7A 4PL1A 1GTEA 3NQ6A 4A21A 1TRDA 2WPBA 4A2RA 2Y88A 1AW2A 2DP3A 3EKZA 3GAKA 4LVFA 4IMEA 3TQVA 2W0UA 1W37A 3G1DA 2G96A 2NX3A 3HMJG 1V7YA 1QOQA 3P84A 5F2MA 3M16A 4PA8A 3TE9A 3QH2A 1JQXA 3QPYA 4O10A 1TRIA 3S6DA 1ZAJA 3HOJA 1KFLA 2TRSA 1IF2A 3TX9A 4OQVA 3G8EA 2NXHA 2ZZ3A 5LNUA 1RQHA 2DZUA 3G1YA 3O1NA 3NG3A 1W3TA 3PULA 3H54A 3PF3A 3CTLA 3MBFA 3O15A 2YYUA 1G6CA 3LI1A 3FJLA 2J24A 4DBDA 1HO4A 1QWGA 2WQPA 3HB9A 1MEWA 5G4EA 1S5VA 1VRDA 4U4MA 4OHQA 4Z08A 4ZQCA 4NJKA 3LHWA 4DEFA 5KINA 2QDHA 2QEZA 3ATYA 1FQ0A 4Z0SA 4N4PA 3STEA 5EKYA 3W7KA 4LNYA 1TPUA 5SWUA 1ZJIA 1EWDA 1Q6LA 1XBZA 1YLVA 3WFAA 4A22A 3OHIA 3NZ1A 4NJGA 2DORA 3LXAA 2J6XA 5AYYA 1KBJA 4HPJA 3RLUA 1FWWA 3GIYA 5HQEA 2CZDA 3RMJA 1TTPA 3T44A 4NXKA 4QQ3A 4GJ1A 3QW4B 2HS8A 1QAPA 2WV8A 5G2HA 3G1XA 4NZJA 2B4GA 4IOTA 4O0ZA 3P82A 2DZVA 4WZHA 2YZRA 3UXAA 3EWXA 4LV4A 4M7SA 3NZRA 2ZZ1A 3A23A 3G3DA 3W7RA 1SO4A 1YADA 3P5ZA 1KTBA 5AC7A 5BMWA 4PCFA 4L4MA 4M6QA 1W8SA 1BWLA 3PB2A 3LTSA 1P0NA 4KWVA 3PC0A 3O05A 3THQA 3CWNA 1FBAA 1NFBA 1PIIA 1GVSA 1VGAA 3QC3A 3GLCA 1VCGA 3DAQA 5K3VA 3JR2A 3QYQA 1ZCOA 5LGXA 1GYLA 4NQ1A 5I3IA 3MYPA 3HJZA 2ZZ4A 3GKFA 4LWWA 3I7SA 1O94A 1G4PA 1QOPA 5K4ZA 3HIJA 1OK6A 4IXHA 2E09A 1K8XA 4JTLA 3HBLA 3W1TA 2LLEA 1SFJA 1QPOA 3FKKA 4YXGA 3WK2A 3DI0A 2V2HA 4YWIA 5FEPA 4QM1A 1W3IA 2NX1A 3LM7A 3UXDA 3GXPA 1K03A 2FPVA 1IGSA 3S0CA 1D3GA 3WK3A 4HNTA 3VE7A 2RDWA 5HMSA 1W5OA 1LRTA 4DF2A 2QUVA 3NQ7A 4EVZA 1ZHAA 2ALDA 3W7DA 4HNUA 4O1CA 5FEZA 4NU7A 4FF7A 5FI8A 5DBTA 3NQMA 4UR8A 3FKRA 3LCGA 4MY9A 4CCEA 2Y85A 5AC6A 2QDGA 4NZFA 4EF8A 4PODA 1EP2A 3TSMA 3W1NA 4LW7A 5A8GA 3EXRA 1UASA 3GK0A 3N9RA 1W54A 1L6SA 4QNWA 1LOQA 1M6JA 5AHLA 4UFLA 2FJKA 2D73A 4UTWC 2A85A 4NJHA 3WJYA 2J9XA 4N9EA 3TJLA 3MP5A 2KZHA 1LBFA 5AN7A 5F1UA 2I9EA 3NL6A 3UYCA 2DZPA 3W1UA 4LRTA 1KBIA 4HNVA 4XTDA 1AK5A 2WO5A 3LXCA 1VS1A 3W88A 3ABQA 1H7PA 1TTQA 3MI6A 2RDTA 1YDOA 1IIGA 5D33A 4X3ZA 4RXGA 2CLHA 4KWWA 5CZSA 3LOTA 3KX6A 4UFMA 2J27A 3MP3A 2GVJA 1O60A 2YDAA 4YCPA 1F6KA 3QZEA 1MSSA 4HT3A 1HG3A 4UTTC 2GOUA 4N9CA 5LHFA 4Z1BA 2A7PA 1ME7A 2CU0A 1H62A 3I7RA 5FF7A 3PVFA 4XQ6A 3KRSA 2BTMA 3FOKA 3N3MA 3P7YA 3USBA 3GXTA 2H3DA 3H53A 3LLDA 2WOQA 3PS7A 3Q2DA 4E2DA 1TPVA 4UFKA 3S5OA 1FWSA 3I65A 5CPNA 3ZS4A 2C13A 4LT9A 4O54A 4CQ8A 1YTKA 4UFIA 2X2GA 2CLIA 4ML9A 3NDOA 3NAVA 3T78A 1GVRA 1UUOA 1ZNNA 1RR2A 2FPTA 1ICSA 3QM3A 2V8ZA 1RQEA 1VQTA 4JICA 3UWQA 1YTDA 2QCGA 5G1TA 3SGUA 1ZALA 1GVOA 1TPEA 2GVLA 4Q32A 3HGJA 3DZ1A 4IPIA 3C2VA 5HNRA 1DJQA 3I68A 2ZRUA 4JTIA 1VYSX 3KHJA 3IVSA 4LOCA 3VKJA 5EYWA 4Z1AA 4ORIA 4C1LA 3LHUA 1E51A 4UXDA 4NUWA 3K30A 1A5BA 3OA3A 3NQDA 1BWKA 3B0UX 1TB3A 1W0MA 3LHZA 4JX6A 3LBCA 4U28A 3DGRA 3NEVA 2QAPA 2V0TA 4HPXA 4O17A 3ATZA 4MY1A 1G4SA 4MPQA 1QR7A 4JS3A 2J9ZA 8TIMA 2YSWA 3BVJA 1WX0A 1AG1O 4IWWA 2PRMA 1F76A 1TV5A 1TIMA 2JK2A 4TIMA 3QSTA 4FNSA 3BV4A 2JGQA 3BK0A 2HSAA 3P74A 1PCWA 3GX9A 3STCA 4FB7A 3O07A 1DJNA 4W9TA 2RFGA 1LLZA 3MP4A 2VFEA 1UJPA 5G2IA 1K8YA 3CPRA 3ELFA 3N34A 4N6EA 5KITA 3TCEA 1OF6A 2Y6ZA 5HR6A 2B7NA 3IGXA 1SSDA 1D9EA 3WK0A 3W83A 2XN0A 3TJXA 3HO8A 3AJXA 3L21A 1SZFA 3STGA 4JNMA 1JCNA 1O95A 2HS6A 1WXJA 1GT8A 2OCZA 3QQ0A 2XN2A 2IQTA 1GOXA 2B7PA 3QF0A 4AH7A 5LNVA 1T0OA 4PL2A 3GDLA 3P67A 2H8XA 1F74A 3CLMA 5K4XA 5F4WA 2YX0A 2BX7A 4FNPA 3G0UA 1TQXA 2VC6A 3DKJA 1IIHA 1NAL1 4NXSA 2VFHA 4FXSA 1HFBA 3DXIA 3MI3A 4MZYA 3O6CA 3RK8A 2EGZA 1B9BA 2VOMA 3T7VA 1VYRA 3LI0A 2BZNA 5KZDA 1VLIA 2CZFA 3KFTA 3L66A 3PG9A 1H60A 4GC4A 4CNNA 3C2RA 3FFSA 1U83A 2OX1A 3TSDA 4UFHA 1F2JA 2QCHA 2EF9A 4ICNA 4XTIA 2NWSA 1WYIA 4X2RA 4NJJA 4CQAA 3SGZA 4E2BA 2QCFA 1A5CA 1MXSA 5D2VA 4RR4A 2QAFA 1XDLA 2GUUA 1P5BA 3THAA 2ATMA 3CQ0A 1W56A 2PE4A 1EEPA 1XBXA 4Z1CA 4FNUA 1F6PA 3CM4A 4A2SA 1TPFA 1J5TA 5E93A 4ALDA 4RK8A 2Z1BA 1FUYA 4LS1A 3ZWTA 2QKFA 3BARA 1T99A 5E1QA 3RU6A 3G3MA 1JUKA 1MEHA 1KV5A 4K36A 4OE7A 3W23A 4FNRA 2Q3OA 4UCGA 1FX6A 3W22A 2ATSA 2CLKA 4JYFA 4JEQA 2EHHA 1FXPA 2DZTA 1MO0A 2X1UA 2OJPA 3QPZA 4IUOA 1TV8A 3LRMA 4IMCA 4BWLA 1YTEA 2P0OA 1EWEA 2NWRA 4QSHA 2WNZA 3BW2A 3W75A 3OG3A 1TPB1 2I14A 4ZQPA 5AYZA 2ISSA 1VR6A 2A4AA 1TV7A 1F5ZA 1AW1A 1G69A 2GQ9A 2ZRVA 3QMSA 1XUZA 5DN1A 5TQLA 1WOBA 2CWNA 4TU1A 5D03A 3GNNA 1L2UA 5MHBA 4WOZA 3EB2A 1H7WA 1GPWA 4DXVA 3R13A 3I6RA 4FIQA 3PY2A 1FCVA 2F84A 1QPNA 5IM51 2UV8G 3W7JA 3W87A 3A5VA 5CG7A 5DCBA 3W71A 1TJRA 4GXMA 4RX0A 4QAIA 1XDMA 4KFNA 5D05A 3IRDA 4UC5A 4DF0A 1WDWA 2DZXA 3PSVA 1RVGA 1PE1A 4GRSA 3B0VC 1LOSA 3TNOA 1KTCA 2E5CA 5IBXC 4OWGA 3HGSA 2WJZA 4QNEA 2ZZ7A 4LS2A 1KV8A 4DPPA 2A21A 3NPXA 3BW3A 3LHVA 4IX2A 4WJEA 1OVDA 4GUJA 3M43A 3TC6A 1Y0EA 5I3JA 3MUXA 4ZQMA 5AFDA 1WQ5A 2W79A 5G2WA 2C1HA 3I7QA 3L0NA 1G7UA 4KFPA 3TQKA 5BRBA 1AW5A 4C1KA 3L0GA 3R89A 3E12A 3QQ1A 4LC8A 4GUGA 1DHPA 1D3HA 1A5SA 3C8FA 1O5KA 3C56A 1HUVA 4Z0JA 3M9YA 4O1BA 1ME8A 3GDKA 4MYXA 3RF9A 2PCQA 3MW7A 4ZQNA 2RH9A 3M5VA 4I7UA 4XUGA 3EX1A 3LXBA 1LZOA 1LCOA 5D32A 3FJ6A 1H61A 2Z2UA 5D2YA 4LVDA 4MUZA 2CLLA 3H55A 3TR2A 1QO5A 4MYAA 3TKFA 3S5NA 1KM3A 4H3DA 2C16A 4JTSA 2ZZ2A 1OFRA 3KOFA 3EWWA 3PUOA 2FLIA 1OYBA 4WY0A 1W5MA 3A5FA 1S5TA 3G1SA 3GXNA 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 3S42 A;  1KFJ A;  1R2T A;  1NEY A;  2ABB A;  4IPJ A;  3IIO A;  1TPD A;  4UMC A;  4JIP A;  3HG2 A;  2NXG A;  5H2Z A;  2HMC A;  2J9Y A;  3EXS A;  4N6F A;  3BLE A;  3P61 A;  5CPL A;  1JCJ A;  2OZ0 A;  2BSL A;  3F03 K;  3HGR A;  3IGU A;  1ZY9 A;  2QCE A;  4NJI A;  1OJX A;  2V82 A;  3DI1 A;  1JCY A;  4OBT A;  1FDJ A;  1OHL A;  3R5E A;  4AVF A;  2RKX A;  3DFT A;  2AAM A;  1OFO A;  3BLF A;  3DHF A;  2B7Q A;  4YL2 A;  3BLI A;  3EX2 A;  1KFE A;  4MKN A;  4NNA A;  3W7E A;  3IVU A;  3W7M A;  1WOA A;  1A50 A;  2YW4 A;  1X1Z A;  1JUB A;  3KXQ A;  3GVG A;  1T96 A;  4HSO A;  2E5D A;  1LP6 A;  4ZL1 A;  3NM3 A;  2JGY A;  1LLW A;  4A3U A;  3U2O A;  3TV8 A;  5K9X A;  3UZJ A;  4AAJ A;  3P8J A;  4JX4 A;  5DY3 A;  1SW0 A;  1UBS A;  3C6C A;  3FS2 A;  2ZDR A;  3ABR A;  4RJE A;  3TMQ A;  1XL9 A;  4I7W A;  2AGK A;  3L68 A;  3BGJ A;  3GB6 A;  1N7K A;  3KVJ A;  2ZA2 A;  1DOR A;  1H63 A;  3EEG A;  4QIT A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1EPX A;  4P7L A;  2X16 A;  1FWR A;  3S1X A;  3RGT A;  4O52 A;  3GM8 A;  1VIW A;  2XIN A;  2WC4 A;  3G1H A;  2Y63 A;  3PTK A;  3O6D A;  1QNO A;  1TPC 1;  2CWX A;  4O53 A;  4OIF A;  2I57 A;  4UR9 A;  3CNY A;  3OHM B;  3W29 A;  4DWD A;  1LDC A;  1RLC L;  2Q8Z A;  4M5P A;  4RDV A;  2I56 A;  3EWD A;  4X61 A;  4B90 A;  2INF A;  5GJN A;  4KKX A;  1WUE A;  4YTR A;  1PS9 A;  3IIP A;  4AZ6 A;  1KC7 A;  4LVA A;  3BMV A;  3KBJ A;  4JR5 A;  1JGM A;  1TWS A;  3UWY A;  3GTH A;  2NXI A;  3TH6 A;  3UPW A;  4D8A A;  1DWI M;  2DZB A;  4US5 D;  3PN8 A;  3FW6 A;  4HJF A;  4WJX A;  4B5V A;  2P76 A;  3NOE A;  1DWJ M;  5I3G A;  2BY3 A;  4AD3 A;  1PVN A;  4D1I A;  3QMR A;  3ABZ A;  1HT6 A;  1KKO A;  4FEZ A;  1XYF A;  5A6L A;  4TO8 A;  4TMC A;  4QE5 A;  1DOS A;  3F4C A;  3QKE A;  4B3K A;  4PZV A;  1XF0 A;  5HR7 A;  3BLL A;  3B8V A;  4ZBC A;  1VH7 A;  5L6U A;  2R1L A;  1VHN A;  4L1G A;  1EX5 A;  3C52 A;  1NF7 A;  2X30 A;  2OSW A;  3SRD A;  3TQ0 A;  2R94 A;  3CZG A;  3DIP A;  5AZ0 A;  1NOU A;  3NUR A;  4P7N A;  3DFP A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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