4NVTA

Crystal structure of triosephosphate isomerase from brucella melitensis
Total Genus 88
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
88
sequence length
249
structure length
249
Chain Sequence
IRPLVAGNWKMNGKGESLTELRAIAAGLSSDLGRKLDAVICVPATLLSRAAETLEGETVGLGGQDAHFKTSGAHTGDISPEMLKEAGATHVILGHSERRTDHHESNKLICAKTEAAWAAGLVAIVCVGETASERKAERALDVIGDQLSGSLPDGVTAENTIIAYEPVWAIGTGLTPTVQDVRAAHAFMREQLIERFGAKGAHLRLLYGGSVKPSNAAELLGVADVDGALVGGASLKAADFLAICETYRN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal Structure of Triosephosphate Isomerase from Brucella melitensis
rcsb
molecule keywords Triosephosphate isomerase
molecule tags Isomerase
source organism Brucella melitensis
total genus 88
structure length 249
sequence length 249
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date 2013-12-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4nvtA00
4FEZA 1K7FA 3IV3A 5BMXA 5L9FA 5LNSA 4WY0F 1DV7A 4FX7A 2GQ8A 3NL2A 3P62A 3E9AA 2QUUA 4O17A 3IIZA 4Y6GA 3DFOA 3GAKA 3LX9A 3P5ZA 1ZFJA 2NV1A 3W07A 4CLMA 1TTJA 4ORIA 3C2OA 1OK4A 3NQFA 1GVSA 3GR7A 4LVAA 4NU7A 3N9RA 3A9IA 3M16A 3NAVA 2ZRXA 5G4WA 1ZCOA 2EAWA 2ZCGA 1XBYA 5D2XA 4AHOA 5K4XA 2XN0A 1J4EA 4NZFA 2ISVA 1BWLA 1KM1A 1AL7A 4GFSA 1ZAIA 4JXCA 3L5MA 4Q33A 4LNYA 1W5PA 3TXZA 2Z6IA 2CLHA 4ZQPA 5AB3A 1OFPA 4Z08A 3TK7A 5AC7A 3SZ8A 3CU2A 1QCWA 6TIMA 4NJIA 4NQ1A 2AQWA 3B4UA 1TSIA 1ML1A 2I9EA 1W5QA 2GJNA 1KM5A 3DHFA 3CIWA 3NDOA 4R53A 3NGJA 5K7JA 3NXFA 2ZZ1A 3QEZA 4J9JA 1C9DA 4ZQRA 3WJXA 3WK0A 1QO2A 5AHEA 1J5TA 2W6RA 1FWNA 3PBUA 3NG3A 1H60A 3T44A 3STFA 4CNNA 1XI3A 4FF7A 3W7PA 3TH6A 2R8WA 1SSGA 5LNWA 1FDYA 3PSVA 4QSHA 3S5YA 4JY9A 4TMBA 1OFEA 1KBJA 2YW3A 1GVFA 2Y89A 4NT0A 1Z42A 3QF0A 2FDSA 3L0NA 5FF2A 1KFLA 1KV5A 1DJNA 1SZEA 3W2UA 2J9XA 1LOLA 1E51A 1PS9A 2YR1A 5K9XA 4NJHA 1IF2A 2VC6A 5G2HA 1Z41A 4DBDA 5HJLA 4JTKA 3W70A 4LS0A 1FDJA 1EP1A 2WO5A 1MEWA 2ZYFA 1OFAA 3LRKA 1VCGA 1EIXA 3FJLA 4AWUA 2ZZ4A 4OV4A 1D9EA 3LGEA 4MKNA 2J24A 4IPJA 3G1AA 2E6DA 3NQ6A 2BXVA 2QAFA 4M7SA 4MY9A 1QFEA 5CG7A 1DVJA 1O5KA 5FEZA 1CW2A 1F6PA 3W2LA 3LHUA 1PCWA 3EWWA 3NPXA 1X6UA 2TMDA 3MBFA 3DFQA 1H7RA 1B57A 1BEUA 2VEKA 1KW1A 1Q6OA 3GDRA 3I6RA 2Y70A 4JS3A 4FO4A 5BW6A 3EXTA 2X1UA 3MP4A 3NZRA 1G4PA 3D0CA 4JTSA 5H2ZA 1EA0A 3FYPA 3NQ7A 1T8XA 1RQEA 3M5ZA 2DP3A 4WXZA 4O28A 2QCEA 2H6RA 5HWJA 1ZENA 2E5BA 5CPMA 2VEMA 3PBYA 5CPNA 1A50A 1F5ZA 1ZHAA 3FJ6A 2HTMA 1PVNA 5CPLA 5D33A 2X1SA 4JDYA 4K6AA 1TPWA 3C8FA 4PCFA 4UMCA 2VFIA 2IQTA 3L5LA 5FI8A 2VFFA 5K9CA 1XBVA 1JCXA 4UFKA 3G1VA 4GUJA 3PULA 3QW4B 1OG0A 4UFJA 1L6WA 1F6KA 1SPQA 1DORA 3TQKA 3W1PA 1H62A 3EWYA 3JRKA 1VLIA 1YYAA 3GK0A 3B03A 4ADSA 2FLIA 3V1PA 3UYCA 3OEXA 3W6YA 2RHGA 2WJZA 3L9CA 3UXAA 4M5PA 1KFBA 3C2FA 3LCFA 3T7VA 2BZNA 4JR5A 4RR4A 2EPHA 1HL2A 2VOMA 1VH7A 1VZWA 5G2WA 5LGZA 1FY6A 1T99A 3HBLA 1S3HA 4GUHA 2Q3RA 3RMJA 4JEQA 2GUUA 1UCWA 3GNNA 4RZ6A 3SGUA 3DZ1A 1GPWA 3WK1A 3NQGA 4Y8FA 5LHFA 4FB7A 1IGSA 4PL1A 3NM1A 1S5VA 2ZRZA 3QPYA 1N8FA 4JYFA 4EWND 2QAPA 3W7DA 1SO4A 2ZRUA 3E96A 4GWEA 4BI5A 2CFFA 3S1XA 4UC5A 1JCYA 4LV9A 5AYYA 3QQ1A 3M5XA 1YTEA 3NR0A 1G7VA 2NZLA 1A5SA 5LGXA 1SW3A 4MFEA 1JUBA 1NFBA 2VKZG 5G4EA 1OVDA 4O1BA 2Z2UA 4DO5A 4UCGA 3O6YX 4TX9A 1O60A 4R34A 1SW0A 1QPRA 2X16A 3L66A 3FOKA 3O05A 2B7PA 1A53A 5C2XA 1G4SA 4UMBA 4JX5A 3FFSA 3I7SA 3P80A 4DEFA 4YXGA 2VEIA 5LNVA 2I14A 2CLOA 1SFLA 4N9BA 4IWWA 5TQLA 4GE8A 4TMCA 4Z0SA 1FCUA 2CLEA 1H61A 2GQAA 4TU1A 1W3NA 5IBXA 2QCCA 2ZBTA 2Q3OA 1ICSA 4ZQNA 3W7QA 4Y9AA 4ALDA 1ONRA 2CLKA 3UD6A 3OA3A 1PCKA 2NUXA 4N4PA 1Z48A 4GJ1A 1OK6A 3LERA 1VYRA 3W1TA 4QM1A 2JBMA 4LC8A 2QR6A 5HULA 2X1TA 4NJJA 1YADA 4MLJA 3EX2A 3H53A 4X2RA 5F2MA 3BG3A 4LC6A 3ZWSA 1X8FA 4LOCA 1X1ZA 3HPXA 3IIPA 4IJBA 2ZQ0A 4RCXA 4CNPA 2KZHA 2YW4A 4O1CA 3O6DA 3ABRA 3TFCA 4QQ3A 4Z1AA 2NLIA 2XN1A 1FWWA 1QDSA 5EKYA 4MUZA 1A5CA 3W23A 3LCLA 2GOUA 2BTMA 3U2OA 4MYXA 3H54A 3KRSA 5HQEA 4O8RA 2WNQA 1G4EA 3O1NA 3HGRA 1I2RA 4LVFA 5IM51 4WQ6A 3L65A 3PUEA 3O8AA 3EEGA 4AF0B 4IX0A 2Q8LA 4HNUA 4LS1A 1WX0A 3T4CA 4P2VA 2EKCA 1LZOA 4JGDA 2FJKA 3NZ1A 2Y63A 1TJPA 3EXRA 5D37A 3W86A 1OX6A 5AHNA 3ATZA 1QR7A 5LKYA 4AMAA 5LSMA 2A7NA 2QDGA 1OYBA 4ML9A 1VRDA 2A7PA 4N4QA 3CWOX 3IIVA 3M44A 3VE9A 1Q45A 3G1SA 1OFOA 1TREA 3HJZA 4PODA 2JK2A 3NM3A 4LRTA 2A0NA 5G5IA 1KLZA 3E12A 4IMGA 5DBUA 5LHEA 4Q32A 4N9CA 3HMJG 1W0MA 3S0CA 3R2GA 3M43A 4ZVJA 3NL5A 2TSYA 3Q37A 2C16A 1OFQA 3QMTA 4FNSA 1G67A 5D02A 4OT7A 5CZTA 3MO7A 1QMLA 2E6AA 2B0MA 4JTUA 2E77A 3W7OA 3P81A 3P7YA 3PSWA 4UTIA 5AHFA 1DOSA 4JN6A 2CW6A 2QJIA 1LLZA 3L21A 3CM4A 3W71A 5LNRA 1H7XA 3N2MA 3F4NA 1X7FA 1B4KA 2DZUA 1IIHA 5I3HA 3TU9A 3GKFA 1LORA 1VLWA 2O7QA 3QM3A 1LBMA 3UWUA 3HPZA 3A22A 2G97A 2DJLA 5F4WA 3USBA 4YCPA 1XUUA 3QW3A 1P5BA 4MIMA 1P0NA 2FQIA 3GXTA 2A6NA 3ATYA 1ME8A 1XBZA 1Q3NA 2YFOA 1GEQA 4DPPA 3SIZA 4NXKA 3NPVA 4L4MA 4GUIA 2CZDA 3SI9A 2YX0A 2Z0IA 1TPVA 4E2DA 1XUZA 1K3UA 4A2SA 2Q8ZA 4S2BA 4JTLA 3W1RA 4WZHA 4GNJA 4RV8A 1VCVA 1JJKA 3TDFA 3OVQA 3SSJA 3W7LA 1H63A 3M5VA 2E6FA 4R7JA 1T0OA 1LBLA 3C2EA 5K3VA 8TIMA 4O15A 5CZJA 1D3HA 2OCZA 5H91A 2B7QA 3ABQA 2Y7FA 3UWQA 3GR8A 1I4NA 4LS2A 1K03A 4U28A 3W2MA 1AL8A 3O16A 1TPEA 1A5BA 4Z1CA 4YMZA 4HN4A 5K9DA 3GVGA 3TJXA 2QCNA 1KBIA 1LDCA 2ISWA 3LCGA 3LBCA 1VR6A 2PRMA 3SECA 4BFAA 2F7FA 3G1HA 3P84A 3R5EA 2VFHA 4N6EA 1TV8A 5AN7A 3GDKA 4JIPA 4O1DA 4FXSA 3RU6A 2G96A 4K39A 1W1ZA 1HG3A 1CI1A 1SO3A 3QFEA 4QITA 4NX5A 3W7MA 4IMDA 1OFDA 2UV8G 1HFBA 1UB3A 5EBUA 3NA8A 5CGQA 2YYTA 4JYDA 1GQNA 1W5OA 2B4GA 3G0XA 3JS3A 4A21A 3CPRA 3PB0A 1JCLA 2F84A 1WDWA 3BLFA 5EPDA 5EY5A 3UXDA 2V2HA 1B3OA 5HINA 1GVOA 1MO0A 1KM6A 3LLFA 3TR2A 5CSSA 4MZ1A 4O57A 2ATMA 1SO6A 3L0KA 1QOQA 1RZMA 1TTIA 1XFBA 4AF0A 5LNUA 3LTPA 1TPFA 3HQ1A 1KA9F 3G22A 1OABA 3W7HA 4UTKA 1H51A 2PRLA 1TPC1 3LCHA 4JDBA 1OJXA 4O14A 3YPIA 4FNUA 2A5HA 3ZWTA 5DCDA 1TPUA 1YDVA 3T40A 2WOQA 3KX6A 3L0GA 1P1XA 3CC1A 3CLMA 4LTSA 5LZLA 1WA3A 3GZ3A 1H7PA 5HR6A 4HIBA 2E09A 4BI6A 5KZEA 3HG2A 1GG0A 3UWZA 5KINA 1KV8A 3G1FA 1X1OA 1W31A 1JCMP 3RK8A 3SJ3A 1TTPA 1WV2A 1LCOA 5HWMA 2GPTA 1OYCA 1U83A 2A2IA 3OG3A 4UR7A 3LV6A 5FEWA 4BI7A 5CSRA 1RR2A 1W5MA 3C3NA 1GTHA 3S8HA 5EMUA 2OJPA 4ZMGA 4ADUA 3N34A 5DELA 4MJMA 3TNOA 4XKYA 4JTIA 5CZ0A 2Y7EA 1Z44A 2A21A 3T55A 1I45A 1FDZA 2E1DA 1JVNA 1SO5A 3K30A 3IGUA 1EB3A 2V8ZA 3DENA 5F1VA 3NPUA 1XXXA 3QSTA 2X1RA 5E1QA 5KZDA 3H55A 3LLDA 3U6WA 2WSYA 2V9DA 3MMTA 1R2RA 1FBAA 1V5XA 2QJGA 1WQ5A 3GDTA 4UFIA 4IXXA 4MJZA 3STGA 4UMAA 3M47A 4H6KA 5BRBA 1TV5A 5C55A 3S5ZA 2CLFA 2RH9A 4AEOA 1LBFA 3TC7A 3G18A 2WSRA 3DU0A 3L2IA 5C54A 3EX6A 1AK5A 3GDLA 3KRZA 1TRDA 5AOUA 4NNCA 3S5NA 3UY8A 3W1NA 2RFGA 3B0UX 1EWDA 4O16A 4ZQMA 2VFDA 3PF3A 4KKXA 3E49A 1S5WA 3LCXA 3NQDA 3G0UA 4XBKA 2YSWA 3PG8A 3LRMA 3F4WA 3PWAA 3N2XA 3I65A 1OYAA 2FPYA 1K7XA 4HT3A 3UWVA 4K8EA 1RVGA 1KFKA 4C1LA 4O18A 2Y62A 4EIVA 5FF0A 1AW1A 2VXNA 1PE1A 3NL6A 1QPNA 3DHDA 1KM2A 3EKLA 2NXHA 1HUVA 1R46A 4UTLA 1SZGA 4IX2A 3QSRA 3W9ZA 3I7QA 3Q2DA 5J5DA 4MFDA 5AYZA 3BGJA 1K7EA 1ME7A 4Z1BA 4GC4A 5K4ZA 3EWUA 2TPSA 2DZVA 2X2GA 4EF9A 3CT7A 4UTHA 2DZPA 5D03A 3PBWA 1L6YA 3KAOA 1GVQA 1VCFA 3N3MA 4O19A 5KZMA 3QPZA 4JNMA 4PEKA 3MBDA 3VNDA 1JRCA 3WJYA 3QH2A 1H1ZA 2Y61A 4AHPA 3LM7A 3S1UA 1M7OA 4RXGA 5HMSA 3A21A 4QNEA 4GRSA 5DLCA 2EGZA 3P67A 1R47A 4JIQA 4YCOA 3MP5A 4NJKA 4AH7A 1UUMA 1OHLA 3W1LA 5EA9A 3ELFA 1RV8A 3QRHA 4XBSA 1ZAJA 1DQXA 2JKEA 2HS8A 1EUNA 1LLWA 1VQTA 3B8DA 3W7NA 4FIQA 1P0KA 4JTEA 4AXKA 3PBVA 2R91A 5SWUA 4IQLA 5G2IA 2Y88A 3EX3A 4Y96A 3DKLA 1FWTA 4RK8A 4DQWA 3TFXA 2GJLA 2CZ5A 5D2YA 4GBUA 1EEPA 1V7YA 3KXQA 1YPIA 3LXCA 4G1KA 4K37A 1TB3A 1JULA 3MJYA 3N19B 5IBXC 2V30A 3GIYA 2R94A 2JGYA 3CTLA 1W8SA 4PFMA 4MVAA 4M7TA 4A2RA 1RQBA 4BWLC 1K02A 1QAPA 3B0PA 1LP6A 3P8IA 4JYEA 4UTUA 3HOJA 4UTMA 4GUGA 2A6LA 2AAMA 1RQHA 3BW2A 3UPBA 5I3FA 2ZZ5A 3LXBA 1SZNA 3W7EA 1MEHA 3PB2A 1F7BA 1WXJA 2FIQA 2QUVA 3QMRA 4N2YA 4LY8A 1WOAA 2VFGA 4UXDA 5A5WA 5HWNA 1VJIA 4JTTA 1VHNA 5A8GA 1FUYA 5HR7A 4ORMA 4QISA 3NYZA 4HPXA 3LHVA 1VGAA 4LWWA 2R14A 5DCBA 2B7NA 3W2KA 4BWLA 4AWTA 4UTTA 4KFOA 2ABAA 2DU2A 5D04C 4UNLA 1TMHA 4WJEA 5U7SA 2GVGA 2HMCA 2QKFA 3NQCA 3TMQA 1YXCA 3BVJA 1FCQA 2VEPA 3UZ5A 2JKAA 3P74A 3NQ2A 1M5WA 2GVJA 4XTIA 3UWYA 3P8JA 3C52A 1FWRA 2DJXA 2YDAA 3MHFA 3R13A 3DH7A 1I8JA 4PA8A 3IVTA 5DY3A 5BNKA 1B9BA 4CQAA 3BLEA 4ZQCA 2ATSA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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