4OBTA

Crystal structure of arabidopsis thaliana cytosolic triose phosphate isomerase
Total Genus 91

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
91
sequence length
250
structure length
250
Chain Sequence
ARKFFVGGNWKCNGTAEEVKKIVNTLNEAQVPSQDVVEVVVSPPYVFLPLVKSTLRSDFFVAAQNCWVKKGGAFTGEVSAEMLVNLDIPWVILGHSERRAILNESSEFVGDKVAYALAQGLKVIACVGETLEEREAGSTMDVVAAQTKAIADRVTNWSNVVIAYEPVWAIGTGKVASPAQAQEVHDELRKWLAKNVSADVAATTRIIYGGSVNGGNCKELGGQADVDGFLVGGASLKPEFIDIIKAAEVK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
S1 (5-10)TI6 (224-227)3H3 (234-237)S3 (61-64)TIV1 (11-14)AH4 (97-103)AH1 (17-29)AH2 (49-55)AH3 (81-87)S4 (91-94)EMPTYTII1 (75-78)TIV2 (72-75)AH5 (107-120)S6 (161-165)TIV3 (93-96)S5 (123-128)AH7 (139-153)TI4 (158-161)3H2 (168-170)AH6 (132-137)TVIII1 (155-158)O1 (166-168)TII2 (170-173)S7 (207-209)S8 (229-232)AH11 (239-246)TI5 (214-217)AH10 (217-223)3H4 (247-250)AH9 (199-204)S2 (38-43)TI3 (57-60)3H1 (46-48)AH8 (179-197)TI1 (34-37)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Isomerase
source organism Arabidopsis thaliana
publication title Structural Basis for Redox Regulation of Cytoplasmic and Chloroplastic Triosephosphate Isomerases from Arabidopsis thaliana.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Triosephosphate isomerase, cytosolic
total genus 91
structure length 250
sequence length 250
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date 2014-01-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4obtA00
1TCDA 1UUOA 2DZTA 2X1UA 3O16A 3C61A 2GQ9A 3DBPA 2HS6A 4BF9A 3BGJA 4FO4A 4WUIA 3W1XA 1KTBA 1EB3A 4RZ4A 4Z1BA 4IUOA 3GK0A 3LHYA 3OIXA 3LRKA 1EPXA 1ZENA 5J5DA 1GVOA 4JTEA 5IBXA 2ZTKA 1A53A 4DO6A 1KFLA 4N9DA 3TFXA 1UB3A 1SZEA 5A5WA 3LHUA 2C16A 5CSSA 1GTEA 1W5QA 4OHQA 2R91A 2QAPA 3JS3A 1XBVA 3W1LA 1KM0A 4QNEA 5HWMA 1O5KA 3IGSA 2RFGA 1LZOA 1FDYA 4KFPA 4JTFA 3W7GA 1ZAJA 4MLRA 4LWWA 3LTSA 3SSJA 2C6QA 2FFCA 4GUHA 3NNTA 4YL2A 2C1HA 3A5FA 1WYIA 3JRKA 4XUGA 3BGGA 3L5AA 3EB2A 1FXQA 4MUZA 5F1UA 3LHZA 4UTIA 5LNVA 1SFLA 2YYTA 2ISVA 4HNUA 3HOJA 3QEZA 4OV4A 3STFA 4FB7A 3NM3A 1Q6RA 3FIGA 2LLEA 1C9DA 4UXDA 1QOPA 1XBZA 2E6YA 2XN1A 1JCLA 3FYOA 1O5XA 3DAQA 1QR7A 4O57A 5H91A 4JXCA 2GVLA 4O52A 3TROA 3IEBA 4WXZA 3VNDA 4JTJA 4AF0B 2V0TA 1TPEA 5DCBA 3DHDA 3ELFA 4LVBA 3BG3A 1Z44A 4CCDA 2WNQA 2B4GA 3MW7A 4JDBA 3DI0A 3A9IA 4WZHA 4FIQA 3BG5A 4UTTC 1CI1A 2DORA 3G0UA 1ICPA 5KSWA 4JYFA 1ZJIA 1ZHAA 1J4EA 3B8DA 4ML9A 1XFBA 1YYAA 3V1PA 4Z1DA 2V9DA 4AHQA 1KM6A 5AHEA 1TRIA 5AFDA 1YTDA 1D9EA 3LLFA 4AF0A 3LCXA 3NQAA 4Z1AA 2H6RA 3H55A 1KM2A 4CNOA 4LVAA 4CQ9A 2FPYA 5AHMA 2J6XA 1K8ZA 1R30A 3N3MA 3MHFA 3W87A 1H62A 3S42A 2ZYFA 2WKJA 3ABRA 5EL1A 4JX6A 4ONVA 2QR6A 2V5LA 1VYPX 2CZ5A 3TCEA 3MJYA 5HNRA 5KITA 2A21A 3EWXA 4JTSA 2QCHA 2Z6JA 4R7JA 1LROA 3B0VC 3TC7A 1OFBA 3N9SA 5DY2A 4UFKA 3U8GA 1EWEA 2BX7A 1X1ZA 1YLVA 4O50A 1Z41A 2NX1A 2NWSA 1LP6A 1OJXA 5D33A 3M16A 5IM51 2YDAA 1MEWA 1JUBA 1DORA 3GVGA 3MP5A 3R8RA 3N2XA 2GJLA 2E1DA 2YXGA 3TKFA 1KM3A 2V2CA 1F74A 1PIIA 3QC3A 2Y6ZA 2W79A 2NUXA 1UUMA 1J2WA 2RDUA 5EKYA 3NQDA 4QM1A 3O1NA 2Y7EA 2BTMA 3RLUA 2CLLA 5BW6A 3M6YA 4PODA 1IGSA 1F76A 3U2OA 3W7PA 2A6NA 3GKFA 1W3NA 3QFEA 1ALDA 1XXXA 2ZBTA 4NNAA 2NZLA 4LUJA 1Y0EA 4AVFA 5FF0A 2NLIA 1PHWA 1FBAA 3NPWA 4IPJA 1G67A 3W7IA 4K37A 3NPXA 3CM4A 4BWLC 1JRBA 2B7NA 3W72A 3EKLA 4K8HA 8TIMA 2ISWA 3KAOA 4JX4A 3GLCA 1QPRA 3R89A 4E38A 3PBYA 4JEQA 3IVTA 3LHVA 3PBVA 4LUIA 4UMBA 4AEOA 1WAUA 3UWWA 4HSOA 1EIXA 3W7KA 4XTDA 1PL9A 1LORA 4AWUA 4AAJA 5DXXA 2R94A 2WPBA 1JQVA 4FF7A 3B4UA 1L2UA 3B0PA 3PSWA 1TJRA 1W31A 4NZFA 2J9XA 3HG2A 2DJXA 5GVJA 1DQXA 4FX8A 3W2NA 5FI8A 3MI6A 4LRSA 3G1DA 1EP3A 3B03A 2VC6A 1LDCA 1KLYA 2H8ZA 4O13A 3TDFA 3WJSA 3PG9A 5D32A 3IIXA 4LVFA 3HB9A 3HG3A 3ABSA 2DU2A 3C4UA 4RXGA 3S6DA 3W1QA 4GFSA 1NSJA 1W5NA 2Q3RA 3BW2A 3NDOA 3DFQA 3O8AA 4POCA 4M7SA 3QRHA 4ZQRA 1TPVA 2J9YA 5LHFA 5LZLA 2P10A 1VHNA 5EY5A 1RPXA 1X1OA 3NO5A 4LTSA 2DZUA 4M6VA 4IGHA 3FOKA 4IXXA 3G1FA 1OFDA 4HKPA 1TPH1 4IMGA 2QAFA 1YDVA 3M7WA 3TC6A 2WNZA 4ADTA 1FWWA 4UFMA 3W7RA 3W2LA 2G97A 2HS8A 3BW3A 1H7OA 2VFDA 1GT8A 1RQHA 1LOQA 4N9BA 2VEPA 3S5NA 2V2HA 3NQEA 1G7VA 4JY9A 4Y90A 5HINA 4DPQA 3CEUA 2ZRUA 2VEIA 3L0KA 1I2PA 5KINA 3OG3A 1KM4A 3UWUA 1W1ZA 3L68A 4LU0A 3RLVA 3QMRA 1PE1A 4Q33A 4DEFA 1SSGA 1H7RA 1QCWA 4MOZA 1OG0A 3CU2A 3MHUA 3WJWA 3IIZA 4O4VA 1QPQA 4JY8A 3TSMA 1PCWA 1EX5A 2IQTA 1NAL1 4FNRA 4KWWA 4LW7A 5LGZA 3FKKA 1DQWA 4EF9A 2G95A 3THAA 4PTNA 5LGXA 3ZWTA 4N02A 1FWTA 4NX5A 1TV7A 4TR9A 3NXFA 2QJIA 3W83A 3UNDA 4FXRA 5LSMA 2DP3A 2GQAA 1OFQA 1W5MA 1LYXA 1EP2A 4UFIA 3C2OA 3F4WA 4QJ1A 3W1RA 5K7JA 5EPDA 2QEZA 5F2LA 1J5TA 4LC6A 4NJHA 1FDZA 5DN1A 1EEPA 1H5YA 3W7OA 2WV8A 2VENA 2AQWA 1WBJA 3HGRA 3NZRA 5FEZA 4X9SA 2YGYA 1F7BA 3NL2A 3O6DA 4ORIA 3OVPA 1XL9A 3MMTA 1VRDA 4LVDA 1C29A 2ZA2A 3TW7A 1OVDA 3LHWA 3IGUA 3MBFA 5TIMA 5LHEA 2FJKA 2C15A 2I14A 1WX0A 1OFAA 1X6UA 3EWYA 2R14A 5CZSA 2I9EA 4UCGA 1AL7A 3DH7A 4O0ZA 1YPFA 3IGXA 4U4MA 3IIOA 3NQ2A 4JTKA 1KFBA 1TV5A 5HUOA 4N9CA 4K7YA 3BLIA 5KZMA 3MYOA 2EPHA 7TIMA 1VCFA 3A21A 3LBMA 1QDSA 5LNSA 2VFEA 2X30A 1XUUA 5AHIA 4YWIA 3GAYA 3G1HA 3LTYA 4WY0B 1MXSA 1ZNNA 3GIYA 3PC0A 3M5XA 1VH7A 2QJHA 1TTPA 3KXQA 2C3ZA 2BWGA 5G2WA 4MFEA 3DFOA 1JRCA 4A29A 1VCGA 3CWNA 5K9CA 1DJQA 3M5ZA 2C19A 5BNKA 3I7SA 4X2RA 2E5BA 5D03A 2RDWA 1R2RA 1SO6A 1WV2A 4MVAA 4TO8A 1WXJA 2BZNA 1Z48A 3UXDA 4NVTA 4MIMA 3P5ZA 4IPIA 2ZRXA 3IVUA 2ZZ6A 4ALDA 4BI6A 4MJMA 2ISSA 2YYUA 5AB3A 4MLJA 1N8FA 3R12A 3EX6A 2Y70A 3BVJA 1FWSA 1K3UA 4TU1A 5CZJA 4JTIA 4ICNA 4WXYA 2QCGA 5BMXA 3RNDA 5G4EA 4O17A 2W6RA 3UWVA 5C55A 1T96A 1N55A 1AW2A 4O1AA 4OWGA 3G8EA 1QAPA 3VE9A 1FCBA 1X7FA 3G1AA 3P62A 3W7CA 4GRSA 3EXSA 3EEGA 2HTMA 3G24A 2ZDRA 3S5OA 4UTKA 1WQ5A 3NG3A 1A5AA 1SQ7A 5CKSA 1VJIA 4I7UA 4NQ1A 1F6PA 4Z08A 2F84A 2JGYA 3BV4A 4NXSA 2V2DA 4J9JA 1KV5A 1OYBA 4NJGA 5CPLA 3LCFA 3QQ1A 2X1RA 1PV8A 4GBUA 3TJXA 2PC4A 3G1XA 3P74A 2ABAA 1V7YA 3E02A 3A24A 3STEA 3GXPA 1KLZA 1H51A 3NL5A 2O7SA 3PM6A 3L2IA 3GNDA 3E96A 3FKRA 1IIGA 4JN6A 5FF2A 1OYAA 3N19B 1K02A 3RFAA 3TQ0A 2JKEA 3DI1A 4TMCA 1IXQA 3DFTA 3UWZA 3I6RA 4RK8A 3QF0A 1BTMA 1ZCOA 3QSTA 1XI3A 2A7RA 4JGDA 2QCEA 4ADSA 3W88A 3KOFA 4C1LA 1EWDA 3MUXA 1B4EA 4RR4A 1WDWA 1GVSA 2CLHA 4UTWC 3TNOA 4UUIA 2YW3A 3LM7A 4R33A 3VCRA 3GX9A 2ZQ0A 3UWYA 3W1PA 3WK3A 3NQVA 1TPB1 2PRMA 2ZTJA 3LCWA 3VI2A 4FHAA 1GYLA 1NF7A 2ALDA 1TTJA 4N2YA 2A4AA 3UPWA 5D09A 1JULA 1LM1A 4CNNA 5U4NA 4LC8A 3LRMA 1KBIA 3WJYA 4ZQCA 4ZQNA 4UNLA 3DZ1A 3UY8A 2BXVA 3S0CA 4ZMGA 3W2KA 1MSSA 4DELA 2V5BA 4CCCA 3SIZA 1G4EA 5EMUA 2P1FA 1T0OA 3GDMA 4FIRA 4NNBA 2J88A 3KVLA 3PULA 3PAJA 1HL2A 3UPBA 4E2DA 1HUVA 4LT9A 1DHPA 3T4CA 1TTIA 3O05A 1SZNA 2ZRZA 4JS3A 4ZZ9A 1GVQA 1B4KA 5ABTA 3BO9A 5D38A 3W7QA 1MO0A 1SSDA 4QQ3A 2Q8LA 4RX0A 3OEXA 2FLIA 3INPA 3RU6A 4UTLA 3M47A 2ABBA 3S1VA 2AAMA 4TMBA 1QO5A 3S1XA 1JCNA 4CQ8A 4DBDA 2B7OA 5AYXA 3B05A 4Z0SA 4FEZA 4PL1A 1OF6A 2PE4A 5DCEA 1YXDA 4NJJA 5FF7A 3PB0A 5EYWA 1OK4A 3NA8A 2YZRA 5F2IA 3MHGA 2ZZ7A 4LRTA 3QSRA 5LNRA 3NQ8A 1THFD 4A21A 1KFEA 4NJKA 1SW0A 3TMQA 1GPWA 3CLMA 4XBSA 2F7FA 1OFOA 2WSQA 3LX9A 3BPWA 3NVTA 4HN4A 3V75A 4KFNA 4NZJA 3P82A 3G3DA 3LI0A 5KZDA 1S5VA 3LGEA 1TMHA 2ZRWA 4RXFA 2PRHA 3C2EA 4O16A 2VFGA 3HPZA 1TPFA 3EWUA 3IIVA 3L66A 1KV8A 3TK7A 4GE8A 3DKLA 1H61A 1GEQA 1KFCA 5H2ZA 3LOTA 3GAKA 5U7SA 3DGRA 4IXHA 5CSRA 5DELA 2FIQA 1VC4A 4Z0JA 3LLDA 2C13A 2A85A 4Y8FA 3UZ5A 3G18A 1W37A 2E77A 3LCIA 4X3ZA 5KMYA 4MZ8A 4OBTA 2CW6A 1ADOA 2ATSA 4QAIA 4PC8A 2E6DA 3O6CA 4O4WA 4WD0A 3UYCA 1HO1A 2DZWA 5L6UA 5F4WA 4EVZA 3PVFA 3WJXA 5K4ZA 3DENA 1VHCA 4WOZA 4GWEA 4FNTA 3C8FA 1AMKA 2YCEA 3GNNA 4YLWA 3W1AA 2YX0A 3PBWA 4YXGA 1F05A 4AHOA 2WO5A 4IQLA 4UR7A 2FB2A 3SW6A 5FEXA 2ZZ3A 4O1DA 4JD4A 3E49A 4AHPA 3VKJA 4L4LA 1S3HA 4QIUA 3E12A 5D02A 4S2BA 2ZZ2A 3R5EA 3N34A 3H53A 2NUYA 2E6AA 1TQXA 2WNNA 4HPXA 2CLKA 2D73A 2O7QA 1GTHA 1ICQA 3KX6A 3C2RA 4W9TA 1M6JA 4RJEA 4HNVA 3TR2A 3PSVA 3FS2A 3MI3A 1H1ZA 3NPUA 3T44A 1TO3A 4A2SA 1KM5A 3W75A 1P0KA 3GDTA 1VLIA 3OA3A 4S1FA 3TU9A 2ZZ4A 3BLFA 4D2JA 2Y7GA 3G1YA 5LKYA 4HNNA 2A1YA 3TE9A 3EX2A 3ANYA 1RZMA 1AG1O 2RDTA 4U28A 1TQJA 2YFOA 2VXNA 4DQWA 1GQNA 4UNKA 2ZA1A 3LERA 2EGZA 4UTTA 3K30A 1A5SA 4JNMA 4ZQPA 3OVRA 4K8EA 1B9BA 3P7YA 3W85A 5FESA 4O0KA 2B7QA 2E5CA 1LRQA 3TA6A 1TREA 4JR5A 3DXIA 4XBKA 1P0NA 4I7WA 5BMWA 4BI5A 3EX4A 3T40A 4H6KA 1H63A 3C52A 4RCXA 4C1KA 3NPVA 1KTNA 2WQPA 3CB8A 1TYGA 5HULA 2E6FA 4O53A 3TAKA 2A7PA 3PUEA 5J5RA 3WFAA 1P1XA 1FWRA 3GDLA 4RLIA 1OFEA 4YCOA 3MWAA 4GUIA 1YTEA 1O4UA 3QYQA 3W2JA 3UXAA 3TX9A 5BRBA 2JBMA 2WJZA 4JX5A 1RV8A 1SZGA 1RR2A 4MYAA 3KVJA 5DLCA 1T99A 2V30A 3PF3A 1L9WA 4O28A 3IRDA 1T8XA 3EWBX 4OQVA 3O6YX 1QFEA 2QF7A 4KKXA 1FX6A 3GR7A 3P81A 4FNSA 1OX6A 2Z0IA 3BLEA 1LBLA 4M7TA 3WK2A 3IVSA 1G7UA 1I2NA 4HSNA 3GYEA 1YDNA 4Q32A 2E68A 4KFOA 4S2CA 3G0SA 3HIJA 4ORMA 3W07A 5C6MA 2OZ0A 4K36A 3KVMA 2Y62A 3W7LA 1JJKA 3TV8A 2A6LA 2NV2A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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