4ONVA

Crystal structure of yage, a kdg aldolase protein in complex with 2-keto-3-deoxy gluconate
Total Genus 111
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
111
sequence length
298
structure length
298
Chain Sequence
ALFTGIIPPVSTIFTADGQLDKPGTAALIDDLIKAGVDGLFFLGSGGEFSQLGAEERKAIARFAIDHVDRRVPVLIGTGGTNARETIELSQHAQQAGADGIVVINPYYWKVSEANLIRYFEQVADSVTLPVMLYNFPALTGQDLTPALVKTLADSRSNIIGIKDTIDSVAHLRSMIHTVKGAHPHFTVLCGYDDHLFNTLLLGGDGAISASGNFAPQVSVNLLKAWRDGDVAKAAGYHQTLLQIPQMYQLDTPFVNVIKEAIVLCGRPVSTHVLPPASPLDEPRKAQLKTLLQQLKLC
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Crystal structure of YagE, a KDG aldolase protein in complex with 2-Keto-3-deoxy gluconate
rcsb
molecule keywords Probable 2-keto-3-deoxy-galactonate aldolase YagE
molecule tags Lyase
source organism Escherichia coli
total genus 111
structure length 298
sequence length 298
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 4.1.2.28: 2-dehydro-3-deoxy-D-pentonate aldolase.
pdb deposition date 2014-01-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00701 DHDPS Dihydrodipicolinate synthetase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4onvA00
3W2KA 4DF1A 2CZDA 1SZFA 3LBMA 5F2MA 4DELA 1GVFA 4M7TA 4FXSA 1OFPA 4CLMA 3W7GA 1TTPA 1RPXA 4UNLA 1RQHA 3I6RA 3W6YA 1LBLA 1UCWA 3B0VC 1YTDA 4GBUA 2ZZ5A 1IXPA 4H6KA 5BNKA 1WQ5A 2FPYA 4O54A 1AG1O 4AVFA 4S2BA 2JKAA 1LOSA 5HWJA 3FJLA 4YCOA 1LOLA 3C52A 2XN0A 1VYRA 5HUPA 1VYPX 2ZYFA 5G2HA 1JR1A 2ABBA 1KLYA 3EWWA 1KTBA 2EAWA 4U4MA 2QCDB 3CM4A 1Z42A 2ATSA 4LVBA 1O5XA 2Z0IA 3MUXA 5D2VA 1L9WA 4O0ZA 1R2RA 5EKYA 2ISVA 1K7EA 1F2JA 2J88A 3BARA 3CB8A 4MYAA 1I2NA 4UNKA 3IIXA 2NUXA 1VHCA 1CX9A 3PVFA 3BW3A 5A5WA 4KFOA 4O17A 3JRKA 3BLIA 5F2LA 5CPMA 4NU7A 4IXXA 1HO4A 1YLVA 2GJLA 3UD6A 1UJPA 4ZQCA 2QR6A 1DKWA 4H4IA 3H54A 1OFAA 4BFAA 4O1AA 2XN1A 3PWAA 3EXSA 4TX9A 3TSBA 3PR2A 3P7YA 1F6PA 5LNUA 3VNDA 3FKKA 4LRSA 1JJKA 1FXPA 3G3MA 4KWWA 4M6VA 3S9YA 3R12A 1FBAA 5IBXC 2I1OA 2TPSA 3NM3A 1MEHA 2WNNA 3M9YA 4Z1CA 3GDMA 1SO3A 4ADUA 5DCEA 5EMUA 4LW7A 4JD4A 4AHPA 4FNUA 1SO6A 3W7RA 1TV7A 3LI0A 2E68A 3MBDA 2PE4A 4TIMA 3B03A 1LRQA 3FA5A 3LHUA 2F7FA 3IVTA 4TR9A 3Q2DA 3I68A 2H3DA 3HGSA 2QDHA 1FQ0A 1VLWA 5J5RA 2H3BA 2FLIA 3P62A 1TB3A 1PV8A 2YCEA 4HNVA 3TR2A 2ZRXA 1E51A 3DXIA 4X22A 3NQCA 2QCNA 4C1LA 2A7RA 3GDRA 1SSGA 1GVSA 3STCA 4UCGA 4GFSA 2CLMA 2NV1A 4AEOA 4EF9A 3UZJA 2Y88A 4UTWC 3IGXA 5FF2A 3TX9A 4EF8A 4XWUA 4PC8A 2B7QA 2FIQA 2WPBA 4JDBA 2LLEA 3WJWA 3HGRA 2PURA 1YTEA 1L6SA 3M41A 5C5YA 4RZ5A 4FHAA 3DFNA 5CPOA 5DLCA 1IXOA 2GUUA 4JTKA 4WXYA 1VHNA 4UMBA 5HULA 1FDYA 1KFCA 3A5FA 4IXHA 2Q3RA 3MYPA 4B5NA 3MWAA 2JKEA 4L4LA 1ZALA 1BEUA 5CPLA 1EPXA 3QEZA 3L5AA 2JKPA 2VFHA 3OEXA 1K03A 3KVLA 3LCXA 4R34A 1RQBA 2NX1A 3GDKA 4LU0A 5E0KA 3W7EA 3UXAA 4UFJA 1PHWA 4DQWA 4P2VA 3LX9A 4QISA 1VGAA 1OFQA 3W7IA 4LC6A 1EP1A 4Z0SA 3EXRA 5DELA 4PFMA 3DI0A 1LCOA 1ICSA 4LUIA 3UPBA 2ZBTA 4DPQA 3E02A 1DJNA 3BW4A 3TDFA 3ATZA 1EA0A 4YMZA 4D2JA 3NQGA 5D04C 2FB2A 3G1YA 3F1QA 4GUFA 1O94A 1DV7A 4O4WA 2X1UA 4RCXA 1QR7A 3BLFA 1OK4A 1DHPA 3AJXA 3EKZA 1AW1A 1W8SA 3TC6A 1LRNA 5AYYA 5FF0A 3GXTA 3I7QA 4KWVA 1NFBA 1ZNNA 4QM1A 2VELA 1W5NA 2GPTA 4IX2A 1TJPA 3EB2A 1OFBA 1ZAIA 2C14A 1NEYA 1JCXA 2ZCGA 1OX4B 3MHGA 3E0IA 1NF7A 3W9ZA 4QIUA 2EF9A 4BI5A 3W7JA 3M44A 1QMLA 2C13A 2A85A 2ZZ7A 4TU1A 5CZTA 2OJPA 5K4ZA 3W7MA 1W5QA 1GWJA 5C2XA 1TCDA 2NZLA 3THAA 1A5CA 5LNWA 1RD5A 2G95A 1LLZA 4U28A 2BXVA 3L0GA 1QNVA 5TQLA 3JS3A 3QMRA 5DXXA 5FEXA 1QO2A 4I7UA 4OWGA 2GOUA 5FF3A 2EPHA 1YTKA 3IIVA 1HL2A 3CIWA 4LS2A 3RMJA 3TK7A 3NL2A 5I3FA 3P8JA 3DI1A 3LHYA 4JYEA 1WAUA 2TMDA 3WJYA 5LHFA 5SWUA 1TPEA 4UIOA 3HBLA 5FF7A 5G1YA 4IGHA 2AAMA 2YYTA 2J27A 3DZ1A 1G4EA 5K3VA 3LTPA 4O52A 2A7NA 1LBFA 1ALDA 1RV8A 1DJQA 3A23A 2CLHA 2I9EA 2C6QA 4XBSA 1T0OA 2A1YA 1THFD 4PEKA 3QF0A 1YYAA 4IWWA 3PUOA 4XKYA 3SFKA 3LXAA 1QFEA 4O50A 5FEPA 4K7YA 5D03A 2CLKA 4QQ3A 1C9DA 4GRSA 4O1BA 5LNVA 3W3OA 5AYZA 1FWTA 3A5VA 3L2IA 4ZZ9A 1TYGA 3QH2A 4J9JA 2H8ZA 2A5HA 3W07A 1U83A 1A5AA 1KM1A 2B0MA 2B7NA 1OK6A 1FWSA 5K2ZA 2CLIA 1H60A 3DH7A 4Y8FA 3EX6A 3GVGA 4FO4A 4A21A 3IVUA 4RX0A 4BK9A 3BW2A 5D2YA 4CCEA 2QAPA 1PCWA 3SY5A 2CWNA 1YPIA 4FNSA 1O95A 3S1VA 4YXGA 3GB6A 3WK2A 1SW3A 2YXGA 5CGQA 1K8XA 1W1ZA 2E77A 1H7OA 4LVGA 4ADSA 7TIMA 3LBCA 1GVRA 3MI3A 1XM3A 3EKLA 4MY9A 5DN1A 3O63A 1MEWA 1YDNA 1H7RA 2TRSA 5AYXA 3LHWA 3S1XA 4IMFA 1GOXA 1MEIA 3L67A 3HPSA 4UTMA 6TIMA 2V5BA 4JTIA 3R2GA 2YX0A 3F03K 2FJKA 4DF2A 2XFWA 2X30A 3W2MA 4BF9A 1G6CA 2X1RA 3UPWA 2Q3OA 4QNEA 4UMAA 3HF3A 3W7CA 3P61A 5DCDA 4NX5A 2NUYA 5D38A 1GYNA 1GVOA 4DO4A 3U2OA 4LVFA 3W87A 3WJZA 1SQ7A 2ISWA 4CNPA 1EEPA 3DFSA 5D05A 5TIMA 3UWVA 4BR1A 2DZXA 3MMTA 3W72A 3B0UX 3FEMA 1IXNA 1H7PA 2YFNA 1QAPA 3B8DA 4IMCA 5LSMA 3EX2A 2C0AA 3SGZA 2V2DA 1XFBA 4WY0A 2GVJA 3C8FA 3GK0A 2G5WA 5KZDA 3LERA 4MOZA 1QOPA 1H1YA 3B4UA 4X9SA 1S5TA 2CLOA 3CT7A 3RU6A 2A6LA 2BX7A 3W7PA 3O06A 3C56A 2ZRVA 1SPQA 3T7VA 2VEPA 3G1SA 1M7OA 4NJKA 5H2ZA 1H1ZA 3TA6A 1K7XA 2Y7FA 2Y61A 5CKSA 2QEZA 2ZFAA 4HNTA 3KHJA 5DY2A 1G4PA 3KX6A 3W1UA 4CCCA 2EKCA 5FEWA 1A50A 3C3NA 3GNDA 2ATMA 1SUXA 4JY8A 4UC5A 1YXCA 4GNJA 4FB7A 3TW6A 1F7BA 1KV8A 3MP3A 1NVMA 2R8WA 4AXKA 3TQ0A 3SIZA 1F73A 1QPQA 1TPC1 4ONVA 3NGJA 1WDWA 3ZS4A 5E1QA 4JICA 1PVNA 4OGZA 1XCFA 4O8RA 1QPOA 3N9SA 2RDUA 1XDMA 1K7FA 3LTSA 2QCGA 3A24A 3USBA 1WOAA 1PHQA 3QW4B 3QFEA 3NPWA 4JR5A 3HQ1A 5K9XA 4AF0A 4M5PA 3W70A 1QOQA 1W3NA 3DGRA 4UFKA 1GYLA 1BWKA 3ANYA 4GXMA 1LLWA 1B4EA 3G8RA 2QDGA 1R30A 1G4TA 1N8FA 1ZFJA 2E6FA 3LOTA 5L9FA 2BWGA 2VFGA 3PULA 3C2RA 1JUEA 4UMCA 3M6YA 1OABA 3C6CA 1JCMP 4MJZA 3NQ6A 3QMSA 1PS9A 4IUOA 4WY0F 3NQDA 5KZEA 3EEGA 1RZMA 3LV6A 4I7VA 3CEUA 3WFAA 1K3UA 3UWQA 5G4WA 2GJNA 4JGDA 3QPYA 4M19A 3G18A 1M5WA 4LT9A 1B9BA 4MJMA 3N2MA 1DOSA 3KXQA 4Z0JA 1ZHAA 4PL1A 5F2IA 4N02A 4O15A 3EX3A 1KW1A 3CTLA 3L68A 1HO1A 5CZSA 3YPIA 2FFCA 1FCUA 4K36A 3PM6A 2A0NA 5BW6A 3GDTA 1W3TA 3UWWA 4MIMA 2VEMA 1S5WA 4MUZA 3M47A 4YWIA 2GQAA 1FY6A 3LB0A 2ABAA 4ZQRA 3QC3A 1VH7A 1SSDA 1F76A 1CW2A 2NWRA 1N7KA 2RH9A 2B4GA 3NPXA 4DBDA 4JTTA 2GVLA 4LWWA 3L0NA 2WSYA 2VXNA 2CZFA 2CZEA 3VFLA 3E12A 5GVJA 2ZRYA 3PBWA 2FPVA 3TMLA 1UB3A 4MYXA 4IMEA 2YDAA 3A21A 3NR0A 2Q8ZA 4N9BA 1D3GA 3M0ZA 2HS8A 3W76A 4ZQPA 1KM6A 3LLDA 3ABRA 3QRHA 4E2BA 5AN7A 2JGYA 3AO0A 5KINA 3OIXA 4MPQA 2ISSA 1H7WA 1ZENA 3W1RA 2OCZA 4O18A 4O13A 4C1KA 2R94A 3ABQA 2X1SA 3PSWA 3TU9A 1XL9A 4OU1A 4ZVJA 5BRBA 4GUIA 3OVRA 4R53A 1U5JA 5F2GA 1D3HA 2ZQ0A 4UR8A 3W2JA 4LTSA 1Z41A 4G1KA 2Y70A 3NDOA 4UTLA 2VKZG 4AHOA 5D33A 1PL9A 1EP2A 5HWMA 4MVAA 3P8IA 3UNDA 1VR6A 1ZCOA 3ZWSA 3UZ5A 2V0TA 3CC1A 1UBSA 4O1DA 3G1XA 1Q6QA 3MJYA 5CSSA 2QJIA 1FCVA 2C15A 2VFIA 4K8HA 4PA8A 4UTIA 4BWLA 2PCQA 2H6RA 1V5XA 4K37A 4Y90A 3BPWA 3O6DA 3W7NA 3R13A 1MZHA 5AHLA 3PBUA 4JNMA 1OFDA 2ZTJA 1O5KA 3I7RA 3C2FA 1W5MA 4UTKA 1TTQA 4ZQNA 1KTNA 3NOEA 3FIGA 5AC8A 2DZWA 3H55A 1XKYA 3W1NA 5G2IA 1GTHA 4LY8A 5AHNA 2C16A 1R46A 5KTLA 3GX9A 4UTUA 3TNOA 1G69A 4FNTA 4WQ6A 2G96A 3GAYA 5C54A 1YPFA 1P4CA 3CPRA 5AHEA 4TMCA 3P74A 3F4NA 4GE8A 1XUUA 4TMBA 1D9EA 1UASA 1EX5A 4LVAA 2J24A 1EUAA 3GR7A 4ICNA 5CZJA 1YDOA 3W75A 3M16A 3PUEA 1ME8A 3FKRA 1MXSA 1W31A 1TO3A 4M6QA 3M43A 4UR7A 4M7SA 1K8YA 1OF8A 1T99A 4O10A 2R91A 1KFJA 4LV9A 3VKJA 2VENA 2ALDA 3HGJA 1WXJA 1OF6A 3RLVA 3W23A 3BG5A 2ZZ2A 4ORIA 5F4WA 1L2UA 3O05A 1JCYA 2YFOA 3L66A 3G0UA 1QWGA 4IMDA 4RK8A 4ZMGA 3FYOA 4WOQA 3M5ZA 5HQEA 3S5NA 3S1WA 1N55A 3H53A 3HG2A 4NQ1A 4O1CA 4TO8A 4W9TA 3C0JA 2BLEA 2ZZ1A 2R14A 3LDVA 3W88A 1KTCA 4OE7A 4O53A 3JR2A 3N2XA 3NQEA 3SECA 4CQ9A 5EL1A 2V9DA 4QITA 2QUTA 1JUBA 4MZ8A 3SSJA 3TROA 3IGSA 3C2EA 1LM1A 3G0SA 1AL7A 3CQ0A 3PF3A 3G8EA 3TSMA 4MLJA 4GWEA 3LRKA 2WSQA 3CLMA 3DKLA 1RVGA 3INPA 2QCLA 3PB0A 2J9YA 2NXIA 4MY8A 5KITA 3CEPA 3SI9A 1KFEA 1LDCA 3TH6A 3LM7A 4DPPA 1A5BA 2J9ZA 4PTNA 3BO9A 3EWBX 1HUVA 3LHZA 3RNDA 4NZFA 1UUMA 5DCBA 5AC6A 3S6DA 3L5MA 4S2CA 1Q45A 1ZAJA 1KM0A 3EWZA 4OBTA 4GUGA 4N2YA 2RKXA 4JEQA 3DBPA 5D2WA 3BVJA 3GXPA 2Y62A 5FI8A 1Y0EA 4S1FA 5G4EA 3EWXA 5AHIA 4Q33A 4HT3A 4WZHA 1VC4A 4HIBA 3UWYA 4XQ6A 3N3MA 1OVDA 3HG4A 3IEBA 2JGQA 2DZVA 4XTIA 3NQ8A 1RQEA 1OFOA 3M7WA 1TQJA 3IIZA 1IGSA 3L21A 3SGUA 3LCLA 2XN2A 3OVQA 2ZA2A 1O4UA 3C2OA 2C19A 3RFAA 2DZPA 2FTPA 1EUNA 4AF0B 4Z1BA 5AOUA 4EOUA 4LUJA 4AWSA 3T4CA 1QPRA 4RKAA 1ML1A 1TSIA 2QCEA 2X1TA 4KKXA 5CPNA 3HOJA 3NVTA 1QCWA 1RR2A 4P61A 1LP6A 3G24A 2OMAA 1GPWA 2JBMA 2QCCA 3MI6A 2B7PA 3W73A 4OQVA 1G7UA 3Q94A 3PBVA 1ICQA 5DXYA 3C61A 4LRTA 4PL2A 1DBTA 1C8VA 1FXQA 1KM2A 1ICPA 1NSJA 2QCMA 3G0XA 1J4EA 2V82A 4NNBA 3LCIA 5J5DA 1T96A 1YDVA 3E9AA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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