4OOUA

Crystal structure of beta-1,4-d-mannanase from cryptopygus antarcticus
Total Genus 135
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
135
sequence length
364
structure length
364
Chain Sequence
SEFLKASGSNFYYGGQKVFLSGVNFAWRSYGSDFGNGQYASNGPALKDWINKVKASGGNTARVWVHVEGQVSPAFDSHGFVTSTDSKKTLINDLSDLLDYANGQNVFLILVLFNGALQNNSNVQNLFWDESKLNSYINNALTPMVNALKSKPSLAAWEVLNEPEGTLQPGSDQNSCYDTSTLAAQGAGWGGKKFPMKQILKTINWISSAIHNADSKALVTVGSWSELTQTDSFGYRNHYKDSCLTGAGGKSNGIINFYQMHTYSHSGKWNQNAPFKVNRWAYNVNDKPLLIGEFASVCSQNEGIQNLYKYAYNNGYNGALTWQFNSGGDCSDTYSNQMYGMQALKGQNDQSGGKGGMVSVNINH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
source organism Cryptopygus antarcticus
publication title Structure-based investigation into the functional roles of the extended loop and substrate-recognition sites in an endo-beta-1,4-d-mannanase from the Antarctic springtail, Cryptopygus antarcticus.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-1,4-mannanase
total genus 135
structure length 364
sequence length 364
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.78: Mannan endo-1,4-beta-mannosidase.
pdb deposition date 2014-02-04
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4oouA00
1MW1A 2QF8A 3VIIA 3TTQA 2CHNA 1E6ZA 2WSKA 4BCEA 1G1YA 1E6QM 1UH4A 4GKLA 2YL5A 1ISYA 4JZ5A 1FFQA 4D6HA 1E56A 2GDUA 2UWFA 3AHZA 1WE5A 1TUXA 1AQMA 2UY2A 1KB3A 4UOJA 1B3WA 4OOUA 3ZR5A 5KZ6A 3CIVA 5ABFB 1E55A 2VNCA 2WLYA 3K46A 4OUEA 1ZBCA 4W8BA 1B3ZA 1XSJA 1TMQA 4U3CA 1SYTA 2WVVA 1BSIA 3WD4A 2XWDA 2W61A 1FH9A 4PUDA 3EYPA 5FL1A 2O9RA 5AYIA 2XIBA 4E4PA 4FLOA 4LQ1A 3SCNA 2J25A 5M5DA 4FK9A 4U5KA 3UG4A 2XWEA 3DHPA 1HP4A 3AHVA 3ARUA 5I0DA 5E9AA 1V02E 3GNPA 1B9ZA 1MWOA 5D8WA 1HL9A 1C8QA 1HJWA 2W62A 2ZICA 5ABEA 1W1TA 1IT0A 1XV8A 3WELA 1WZAA 3ZJ6A 1ZU8A 4B3KA 2VRQA 3CUJA 1E1EA 1BG9A 1V3IA 3ARTA 3PZMA 2WXDM 3QR3A 4WF7A 6CGTA 2VZTA 3CUFA 3WNMA 3HU7A 2WZHA 1GJUA 2VZOA 4KGJA 2YOCA 1CXIA 2WHLA 3WQ5A 1GOQA 2V5CA 1QHOA 4D6JA 3BSHA 1EA9C 3WF1A 1V6YA 1HP5A 4PMNA 3IAQA 4QFUA 4U5IA 4B9YA 3ARZA 3FY1A 4MDPA 4DWSA 4JKLA 2W63A 1CXHA 1QOXA 3DHUA 4CD6A 4DWSD 1E6PA 1J11A 2XVKA 1QBAA 4P7RA 1E0VA 1GOWA 3CMGA 2YA2A 1WKYA 3IJ9A 1FH7A 4CU7A 1SMDA 4F79A 1WCGA 4L4PA 5I79A 3CUIA 4D6IA 1B2YA 1H09A 4UQ9A 3AMKA 3UCQA 1UD5A 3AIVA 4PTMA 1QVBA 2VCCA 2BXYA 3MU7A 4GIAA 1K6AA 1E3ZA 1B31A 2J7FA 4D1JA 4JFTA 1OB0A 4W86A 4WKFA 2VZVA 4PEEA 5A69A 4AD2A 2DH3A 2OWXA 3L2LA 3THCA 3UG3A 3GNOA 3WFLA 1W91A 3UR8A 1HN1A 1X1NA 4MNLA 4GPNA 1M53A 5A6AA 2VJXA 3SUVA 5E0FA 4CN6A 3J7HA 1JGIA 4PMQA 2WMJA 1DHKA 3ZQ9A 1GOIA 3FHQA 4MADA 2VI0A 1V3MA 4JFSA 1J0IA 1OGGA 3BCDA 1MVYA 3AS0A 3AZTA 1GONA 3GH5A 3VMOA 2ZOXA 3SCVA 4GI8A 3AZRA 4WSJA 1J01A 4AC1X 3QGVA 2A3EA 1UWIA 3W25A 2PWDA 2Y5EA 5BYWA 5FD0A 3UEQA 4GZIA 3BLKA 2VO5A 5BRQA 2WANA 2J7DA 1QNSA 1NM9A 3FAWA 3AZSA 4W8LA 4WK9A 3SUTA 1EDGA 2WMGA 1R85A 1EOKA 2VMFA 2WWDA 1LLOA 2J7GA 4BQ4A 4ATWA 5E6ZA 4CD4A 3GTNA 2YDQA 1U2YA 1TZ7A 3CZLA 1K9FA 4AZCA 3VM7A 4HMDA 2BHZA 4PYSA 1E3XA 1CDGA 1W2PA 2EO7A 4Q7NA 3LPFA 1QI3A 2XVNA 2XIIA 3WD1A 1KGUA 5GQBA 2YJQA 1AMYA 3A4AA 3AIWA 3ZT7A 4ATDA 3B9DA 3WQ6A 1WDRA 2DT3A 1F4AA 2XYLA 4HZ8A 3N04A 2UY4A 3WIJA 3PTKA 4UOZA 3VM5A 1QW9A 2MANA 1FP8A 4ZXOA 1E43A 4UQCA 1C3FA 4U2ZA 7A3HA 2J4GA 5HDRA 2ZXAA 4KMQA 2G3JA 1KR0A 4EAMA 1GPFA 2GJRA 1V0NA 3WBAA 1GHRA 1CWYA 1VAHA 5D9NA 1JIBA 4AW7A 2X09A 4DWSC 2CIPA 4JIEA 1JDAA 2JALA 2VURA 3VDCA 1LF1A 2ZX9A 5CG0A 4AIUA 3TTOA 1NARA 1BTCA 1PZ3A 4WKHA 1UZ1A 5I2UA 3CGTA 3GYCA 4NF7A 1JD7A 3ZR6A 3T08A 4MNKA 5AC4A 4UFLA 4J3UA 3N13A 3WDQA 5CZKA 1H2JA 2CKRA 1XD0A 1BAGA 3T2OA 5HOSA 2WB5A 2D24A 4GO9A 2CITA 4MTVA 1PX3A 1V6XA 2X0YA 3VGFA 5JUVA 1GVYA 3U7VA 4PBGA 5DT7A 2J78A 2W67A 1DWAM 3PHAA 1VF8A 3MUIA 5I6SA 2RGMA 3NIYA 4H8VA 3HMCA 3WEMA 4DWSB 1NWUA 1LQ0A 1KFWA 3AJ7A 3VINA 2CXGA 4KRTA 1UH2A 1EOMA 3AIEA 3BMWA 2DPEA 2G41A 2GJPA 4R5EA 2BV9A 1OINA 1V03A 3EDFA 1J0JA 1GCYA 1CYGA 2J79A 4PCSA 4B15A 1CPUA 2YBUA 3RJYA 1G5AA 3SCOA 4W8AA 4UQEA 4ACZB 1JXKA 3WD0A 3PN8A 3MUAA 3PZQA 4UQAA 4UZUA 1EO7A 5GNZA 3F4VA 3ZMRA 1HT6A 1H1NA 5E0CA 1VRXA 4AZ5A 3B9EA 1KXVA 3KL3A 2XPKA 4IM4A 4C7GA 3CLWA 5HPOA 1VIWA 2ZUWA 4F66A 3RDKA 1DWGM 3AISA 1Q6FA 1W9DM 1XCWA 2O92A 2PWHA 3F5JA 3NSXA 3VDAA 1QNRA 3NSMA 3LPOA 3I3BA 3TA9A 3WQ8A 2XFRA 2XM1A 2YL6A 3TTSA 3CHEA 4OBSA 2D0GA 4C7FA 4HZ6A 4OOZA 2WMIA 5CPQA 5IFTA 3WH7A 2ZUNA 1MW2A 3A4WA 1JAEA 2QV4A 2XVPA 4M82A 2VOTA 1OD8A 3VIFA 2FDMA 2JEPA 1G94A 3WH8A 5BRPA 1I75A 1YHTA 2VCBA 1KBBA 3IJ7A 4ZXLA 1HKIA 1QNPA 1WP6A 1ISVA 5A6KA 4YPJA 3WMCA 1KBKA 4AISA 1SMAA 1TG7A 3THDA 4V2XA 4AEFA 1UD2A 2F8QA 1PPIA 3WDPP 1DWHM 2QHAA 3ARRA 4CD5A 4PMOA 1OD0A 5BCAA 2G3MA 1JAKA 3WEZA 5LA1A 1HIZA 1LL6A 2WVSA 1H49A 2GUYA 4TX8A 1CNVA 1Q6DA 3B8SA 2EBNA 4J28A 4JL1A 1CGXA 3WF0A 4UFHA 3PZOA 1J0HA 1QNQA 1KQYA 3GNRA 3SUSA 3ZM8A 2X1IA 1MYRA 3WUFA 6A3HA 4E8DA 1HJXA 3MUZ1 2ZWYA 3QOMA 5A8OA 4D6GA 2J7BA 3W37A 1BG4A 1JG9A 4FLSA 2D20A 3TP4A 4MAVA 2VQUA 5D4YA 3NJ3A 3CZKA 1C8XA 1BYDA 4UFIA 3VGDA 3WDHA 3DYOA 3T2PA 3QOKA 1UUQA 4CVWA 2QMKA 1GNXA 4W7UA 2DGAA 3GXFA 3BLPX 1IV8A 4UZSA 2G3NA 1D2KA 5I23A 3AI0A 5FL0A 4D71A 2NSXA 4J3WA 1PJ9A 4JHZA 4MB3A 1E70M 1GQIA 2PF0A 5IHRA 5FOOA 1JZ6A 1HKMA 1E6SM 3WEOA 3CUHA 1H5VA 5EMYA 2DIEA 2BHUA 4Y7EA 2V3EA 1J0ZA 2PWFA 3PZUA 2D0FA 3VDHA 4AZ7A 5E70A 1MW3A 1JZ3A 2BY2A 1I1WA 3RM9A 1UQZA 1WB0A 1GOKA 2HISA 3AHTA 3GXMA 2VQTA 3BCFA 3FHAA 2JE8A 3VIKA 2WLZA 1BYAA 4UQDA 5JIWA 1MQPA 3K8MA 5CGTA 4H7VA 3WDRA 5CGMA 2E4TA 1HNYA 1E71M 1TA3A 1BHGA 1FHLA 4ZENA 3GM8A 2ESCA 1C93A 1H11A 1XGZA 5M03A 1GJWA 2GFTA 2QPUA 2A3HA 4WLCA 2DSWA 1MQQA 4R27A 1RP8A 1EGZA 2D0HA 4M29A 5LYRA 3VD7A 2Z1KA 1ZL1A 1UR9A 1G0CA 4X0VA 2E9MA 1IZJA 2CETA 4LYQA 2XSAA 4KRUA 4W7VA 5EBAA 2DIJA 5A2CA 3N15A 3WNOA 1HKJA 3EMQA 4GQRA 2FH8A 1HL8A 4E8CA 1C7TA 1XD1A 5EB8A 1XH1A 4JAWA 2D2OA 3W82A 1JF5A 4BA0A 2QMJA 1C91A 2ZX6A 2VX4A 1FA2A 5I3DA 4KH2A 1C90A 4W84A 2PBOA 4XV0A 1GORA 3U5YA 2VX5A 1HVQA 3WMSA 5C8BB 2DDXA 3GH4A 4AD1A 2WW5A 1KR1A 3AMCA 3VU2A 5JBDA 1GQKA 2DT2A 1O7AA 4M24A 3AXIA 3RJXA 3I3DA 4NRSA 1K9EA 1EDTA 1JF6A 1QW8A 4AD3A 2WMIB 5JBEA 4XUYA 3K8LA 3VGHA 5C70A 1CXKA 2WVUA 2FHBA 2XUCA 1BGGA 2V3GA 5GPRA 3ARQA 3WH6A 3PBGA 5IXEA 2G3IA 3AIQA 1EH9A 1CGVA 1JFXA 1XSIA 2F2HA 1CIUA 3WNKA 4GINA 1Q6CA 2JEQA 3FW6A 1VFUA 3SUUA 2V3DA 4U3AA 3WNPA 4AWEA 3AIBA 3LPGA 1LL4A 4YHGA 4P8XA 5D9OA 5TD4A 3W6LA 2XG9A 1PZ2A 4YHEA 2J62A 3VNZA 4P8WA 2C7FA 3UG5A 2J47A 1NOWA 5EFDA 1K9DA 1E5JA 2PI6A 4L4OA 3CZEA 1CECA 3WDIA 3POCA 1US2A 4FLQA 4Z2IA 4MPKA 1E72M 1VBRA 1R86A 2CBJA 2WYSA 1VEOA 2XVGA 3BMVA 4QP0A 1WZKA 4Z2JA 5D9PA 2GJXA 5CSYA 2J7EA 2W92A 4HPHA 3U57A 4M80A 3MUY1 4HP5A 3NUKA 2X05A 3WH5A 3B9AA 4GZJA 1FOBA 5A6LA 1VFFA 1HX0A 9CGTA 3RCNA 1A47A 3D5HA 3BGAA 4UQBA 4JHOA 1QBBA 3U5UA 4TXEA 2WMKA 3N18A 1GHSA 3BAXA 3PTMA 2YL9A 4H8UA 4MDOA 4JFWA 3DYPA 2Y8KA 1UKOA 3K4AA 4TUFA 2CYGA 3VDBA 2BHYA 2OSXA 4X0NA 4H8HA 4UFKA 2PB1A 2XVLA 4NRRA 1XYFA 4H04A 4HTYA 4OKDA 1BYBA 3WL0A 3K8KA 3MSDA 1JNDA 5CQ1A 3A47A 3K4DA 1Q4NX 2XJ7A 1E4IA 3VO0A 3WQWA 1UR2A 1UWRA 5CXPA 3ARSA 4W93A 1E15A 3T0DA 5E09A 1S46A 2WKLA 4RL3A 1CGTA 4WJXA 3OGSA 2WVTA 1TA3B 2E3ZA 2GDVA 2EQDA 1RD6A 4XX6A 1DWJM 1UD3A 3M7SA 4CVUA 5HPCA 4S3JA 1CLXA 1NWRA 3BAKA 3WSUA 1JZ4A 2VL4A 4OBRA 1WAWA 1Q6GA 4X9YA 1R7AA 1XSKA 2D3LA 2VX7A 1QHZA 2WVVB 1KQZA 1ZBWA 5I78A 5GNYA 1G9HA 4W5UA 3VPLA 5AC5A 3NSNA 1CXLA 3CMJA 4JCLA 3UERA 2EPNA 1ECEA 3SCTA 2XHYA 1ESWA 3RIKA 4UR9A 1TFVA 3WFZA 1CBGA 1J0YA 5DF0A 3O2LA 4HA1A 3LMYA 3MKKA 3L4XA 2NT1A 4HA3A 5CPTA 5A94A 4OIFA 1P6WA 3D3AA 1CENA 2C8NA 4Z2LA 1TCMA 1XRVA 2A3AA 3F5LA 2AMGA 2V38A 4BQ5A 2BY3A 3OLIA 1OSEA 3SURA 2PWGA 5E6YA 4YN5A 3W27A 2OYKA 1MXGA 3EBVA 5A6JA 3AFBA 3WENA 1V3HA 4HPGA 4MB5A 1UG6A 3WY1A 2D1ZA 2ZE0A 4PMXA 2ZUSA 4HMEA 6TAAA 2G8ZA 4J3TA 5A8QA 4BQ3A 1V0MA 1V6WA 3M46A 3A4XA 3L4UA 4AZ6A 4ZE4A 1E0XA 1US3A 1B30A 3NCOA 1KCKA 1E6NA 4P7OA 1V3LA 3UETA 1EQCA 3AICA 4HU0A 4J3VA 3ARYA 2VVNA 5I5RA 3AXHA 2QLYA 2X0HA 4A3YA 1W3KA 4QLJA 3CHFA 1R8LA 3ZT6A 1W3JA 3ZJKA 1UKSA 4QAWA 2OWWA 1NOFA 1E9LA 1ZS2A 2VVSA 1I1XA 3VIMA 5A3HA 2CKSA 1E6XM 1W9VA 5CPSA 3T0BA 5ABFA 1JYNA 4XB3A 3A3HA 2EPLX 3DECA 2VTFA 2Y24A 2PC8A 2NW0A 2VRKA 3SIMA 4AMCA 3NDYA 3WUBA 4H41A 3NYDA 4HA4A 1DP0A 4WSKA 1B3VA 4RE4A 3W53A 3OGVA 2X8RA 1B3XA 2GJXB 4ML4A 1JDCA 4AY1A 4PN2A 1GQJA 3KZSA 1Z32X 1M04A 1WPCA 3VIPA 1B1YA 4AIOA 3O9NA 1KXHA 2EXOA 4AZBA 1BVZA 1ZBKA 1PIFA 2WBKA 1C7SA 1QI4A 4P7NA 1M7XA 3ARPA 3OBAA 3MSGA 1BFNA 3VX1A 4PUEA 1J10A 1V02A 4KGLA 2WK2A 3WN6A 5DO8A 3BAIA 1GVIA 1ZJAA 2WPGA 4P7LA 2BVTA 1LG2A 1OWQA 3VGGA 1XC6A 3VGBA 4TTUA 5ABHA 3BH4A 1JZ8A 4IUGA 4PRWA 1J18A 1RH9A 4V27A 2V5DA 3WQ4A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1MW1 A;  2QF8 A;  3VII A;  3TTQ A;  2CHN A;  1E6Z A;  2WSK A;  4BCE A;  1G1Y A;  1E6Q M;  1UH4 A;  4GKL A;  2YL5 A;  1ISY A;  4JZ5 A;  1FFQ A;  4D6H A;  1E56 A;  2GDU A;  2UWF A;  3AHZ A;  1WE5 A;  1TUX A;  1AQM A;  2UY2 A;  1KB3 A;  4UOJ A;  1B3W A;  4OOU A;  3ZR5 A;  5KZ6 A;  3CIV A;  5ABF B;  1E55 A;  2VNC A;  2WLY A;  3K46 A;  4OUE A;  1ZBC A;  4W8B A;  1B3Z A;  1XSJ A;  1TMQ A;  4U3C A;  1SYT A;  2WVV A;  1BSI A;  3WD4 A;  2XWD A;  2W61 A;  1FH9 A;  4PUD A;  3EYP A;  5FL1 A;  2O9R A;  5AYI A;  2XIB A;  4E4P A;  4FLO A;  4LQ1 A;  3SCN A;  2J25 A;  5M5D A;  4FK9 A;  4U5K A;  3UG4 A;  2XWE A;  3DHP A;  1HP4 A;  3AHV A;  3ARU A;  5I0D A;  5E9A A;  1V02 E;  3GNP A;  1B9Z A;  1MWO A;  5D8W A;  1HL9 A;  1C8Q A;  1HJW A;  2W62 A;  2ZIC A;  5ABE A;  1W1T A;  1IT0 A;  1XV8 A;  3WEL A;  1WZA A;  3ZJ6 A;  1ZU8 A;  4B3K A;  2VRQ A;  3CUJ A;  1E1E A;  1BG9 A;  1V3I A;  3ART A;  3PZM A;  2WXD M;  3QR3 A;  4WF7 A;  6CGT A;  2VZT A;  3CUF A;  3WNM A;  3HU7 A;  2WZH A;  1GJU A;  2VZO A;  4KGJ A;  2YOC A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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