4OU1A

Crystal structure of a computationally designed retro-aldolase covalently bound to folding probe 1 [(6-methoxynaphthalen-2-yl)(oxiran-2-yl)methanol]
Total Genus 103
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
103
sequence length
247
structure length
247
Chain Sequence
PRYLKGWLEDVVQLSLRRPSVRASRQRPIISLNERILEFNKRNITAIIAEYKRKDPSGLDVERDPIEYAKFMERYAVGLFISTEEKYFNGSYETLRKIASSVSIPILMYDFIVKESQIDDAYNLGADTVALIVKILTERELESLLEYARSYGMEPLIIINDENDLDIALRIGARFIGIAARDWETGEINKENQRKLISMIPSNVVKVAKEGISERNEIEELRKLGVNAFLIGSSLMRNPEKIKELIE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Small molecule probes to quantify the functional fraction of a specific protein in a cell with minimal folding equilibrium shifts.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Retro-aldolase, design RA114
molecule tags Lyase
source organism Sulfolobus solfataricus
total genus 103
structure length 247
sequence length 247
ec nomenclature ec 4.1.1.48: Indole-3-glycerol-phosphate synthase.
pdb deposition date 2014-02-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00218 IGPS Indole-3-glycerol phosphate synthase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4ou1A00
4K6AA 2J6XA 1IIHA 1IIGA 3STCA 4TMBA 1M5WA 4YL2A 3W1TA 1IXOA 1NF0A 3WK3A 3NQ6A 4AHPA 4UXDA 3QW4B 2VFDA 2E6DA 4M6PA 4BWLC 5DCDA 4A2RA 3M47A 2FDSA 3IIVA 2AQWA 3STFA 1XBVA 4WQ6A 1KM5A 1OFEA 2CLIA 1TV5A 5HR7A 1L9WA 1DJQA 4UFLA 3M0ZA 3TAKA 4AF0B 3W2UA 5FF2A 1O95A 1ICSA 4BK9A 1ZENA 1IF2A 5KITA 3FYPA 4JIQA 3TMQA 3T44A 4DF2A 5CPMA 1A5AA 2CLFA 4YCPA 4CCCA 4JTJA 1DQWA 3E9AA 3KRSA 3STGA 2C13A 3UY8A 5AC7A 4JYEA 4Z1BA 3GZ3A 3W7IA 3L9CA 1K7XA 4IX0A 1GJPA 1BWKA 3FA5A 5AHMA 1MSSA 1PL9A 4JN6A 3W22A 4MY8A 3PBYA 5D2YA 4KKXA 1C29A 3C6CA 4Z1DA 3MBFA 4XBKA 2X30A 4RXFA 2C16A 4RLIA 3R8RA 4HHPA 3CQ0A 3TH6A 2DZTA 3PY2A 5H2ZA 2ZBTA 4Z0SA 1GTEA 1Z48A 3NEVA 2QJGA 2UV8G 1ZAJA 1I4NA 1YTKA 1A50A 4WD0A 1G69A 2EAWA 3UWUA 3TUUA 1GVSA 4K7VA 2Y61A 1OABA 3C2OA 4O15A 3R2GA 2ZRWA 4A2SA 2W0UA 2Y7DA 2QCLA 2RDUA 1TPEA 1H1ZA 4GFSA 2QJIA 1QOQA 3SI9A 4UTUA 1BTMA 1TIMA 4BI5A 4CQAA 1VHCA 4FX8A 3LLDA 4MUZA 4LU0A 3W74A 3PR2A 3M5XA 1EP1A 1R46A 3LCLA 3O1NA 5LZLA 4MY1A 5KZEA 3UYCA 5DXYA 2H3DA 1Q45A 1TPC1 5KZMA 1F6KA 3LHWA 3CIWA 4O13A 5CGQA 2JKEA 3IGUA 3NR0A 4CCEA 1R2TA 3DU0A 4DBDA 3DI1A 1CX9A 4UFKA 2XN0A 3O07A 2X1RA 4LT9A 3KFTA 1LM1A 5T26A 1F6PA 2B7OA 1OFQA 3LGEA 4O54A 5AYYA 3QMSA 5HUPA 1H5YA 3DFQA 1XBZA 3GXTA 3DAQA 3C61A 2FFCA 1PIIA 3P82A 3ELFA 3M41A 5KINA 4EF8A 4OV9A 1VCFA 3CB8A 3S5NA 3PAJA 4DF1A 1TPB1 1VYPX 1H1YA 1VQTA 3L0GA 1G4EA 1S5TA 2Z1BA 4AVFA 3BGJA 1TRDA 3UQNA 1GVQA 3CLMA 2NX3A 3VE9A 2BWGA 3SR7A 2AGKA 1L6WA 3C0JA 1GYNA 1TRIA 3O6CA 5L6UA 5K9DA 3BO9A 4JR5A 3IRDA 4RCXA 2X1UA 5G1YA 2FTPA 1A5BA 2ZDRA 3PF3A 4Y6GA 4WUIA 4NNBA 5FESA 4K8HA 1QWGA 4Z1AA 2FLIA 3QH2A 3L0KA 1KW1A 1LTDA 1OX5A 2OMAA 4IMGA 3DFNA 1W3NA 2CLOA 4ZQNA 3T7VA 5I3JA 1P4CA 2EGZA 4NUWA 4NZJA 1W5QA 1SFJA 3NOEA 3LTYA 5I3GA 1K02A 1TCDA 3L66A 2ZZ1A 1A5SA 1VPXA 3INPA 1GG0A 3OHIA 3ATYA 3T55A 3NM3A 2A6LA 2ZTJA 3UZJA 4I7WA 3MHGA 3OVRA 3QQ0A 1R30A 2ZRYA 3FJ6A 4O52A 3LHYA 3FFSA 2ATMA 2NLIA 3L67A 1E51A 4FXSA 4ADUA 3W7RA 3TMLA 3OA3A 5F2MA 4AHOA 2VKZG 3QM3A 1K3UA 1LLWA 4LTSA 2A21A 2GPTA 4XUGA 1P0KA 5F4XA 3M16A 3A5FA 3G0SA 3NA8A 1H7XA 1SSDA 1GOXA 3GK0A 2YDAA 1LZOA 2WPBA 4E2DA 3ABQA 3MWAA 5K7JA 5FEXA 2QCGA 1DQXA 5I3HA 1B9BA 3LTPA 4UTTA 3NQ7A 4IXXA 3HGOA 4UNLA 3P61A 3THQA 5H91A 1Q3NA 4UNKA 1D3GA 4HNTA 3LRMA 4XBSA 1YPIA 2PRMA 3Q2DA 2ISSA 3W7GA 3TSMA 3O16A 1JUBA 1AW5A 1EA0A 3VE7A 3GLCA 3GXNA 3G1AA 3JRKA 3TNOA 1HG3A 3G3DA 3MUXA 3L21A 1P0NA 4ZMGA 1BWLA 2NXIA 3NL6A 4GUJA 1FCVA 1K7FA 2NWRA 4FIQA 1F76A 3PG9A 4QIUA 4QM1A 4NX5A 4BFAA 1LYXA 3DI0A 1O5KA 4JIPA 1OK4A 2WKJA 3HG2A 1NAL1 3HPZA 5K9XA 3WK2A 3TQ0A 4O57A 3ZWTA 5CZSA 5A5WA 4JY9A 1TV7A 4WJEA 1CI1A 4IX2A 5K4ZA 3TFXA 3UD6A 1T99A 1QPQA 3E96A 3FS2A 4ZQOA 4PODA 1OFPA 4RX0A 2I14A 3QRHA 2QCFA 3N9RA 4BI6A 4AB4A 1ME9A 3MJYA 1H7RA 4EIVA 1W54A 1DJNA 2Q8LA 2FJKA 3M7WA 1I2RA 3F03K 4FB7A 1AL7A 4QJ1A 2RHGA 5GVJA 4HSOA 1AK5A 2V30A 4X2RA 4CQ8A 3LCFA 3ZWSA 2Y6ZA 2B7PA 4POCA 4NXSA 1F73A 5FI8A 3W1AA 1ZCOA 2W79A 4GNJA 4HNUA 3UWVA 1DOSA 1WOBA 3C2VA 3OVQA 3TR2A 3TX9A 4YWIA 1LBFA 1Q6QA 2OT0A 1GT8A 3E02A 5DCEA 4JD4A 2C14A 1B4KA 1IXNA 1FDJA 1PHWA 2E09A 3EWYA 4LUJA 3TKFA 4OE7A 1NFBA 1PV8A 1KM3A 1Z41A 4H6KA 1EUAA 2RH9A 3GB6A 5LSMA 3KVMA 2WJZA 3L5MA 3TU9A 2OJPA 1N8FA 3W83A 2A7RA 3EX3A 2A85A 3Q58A 1R2RA 3TDFA 2YR1A 1OYCA 1GYLA 1AW2A 1SO4A 1SQ7A 3QSTA 4NVTA 2DZXA 2Y89A 2A6NA 1W1ZA 1WX0A 1LP6A 4P61A 1VLWA 2P0OA 4LV4A 5CG7A 1EUNA 3NQVA 2WSRA 2ZA2A 1ADOA 3L5LA 4E2BA 4QAIA 2QJHA 3CHVA 2CZEA 4IQLA 5HULA 3DFTA 3NZ1A 2V2DA 3R5EA 3E49A 2QUVA 2Z6IA 2QEZA 4BWLA 3WJWA 4LVDA 5IM51 4RV8A 1X1OA 4NJIA 3C2RA 1JUKA 5LNSA 3EWUA 2WNNA 2FPYA 3BLFA 2E6AA 2V2CA 1OYAA 1JJKA 1NEYA 3MP3A 3TW7A 3EB2A 3L0NA 2VXNA 4O4VA 3G0UA 2OCZA 4M6QA 3G22A 1T8XA 5HWMA 3IIXA 1T0OA 4GUFA 5U4NA 5AHLA 3BW3A 3CPRA 1ME7A 4S2CA 1XFBA 1MEHA 1GVOA 2A0NA 5AB3A 3P67A 1LBMA 2VFGA 1OVDA 1TJPA 3PBWA 1F5ZA 3G1SA 1JRCA 1GPWA 1ZAHA 1V5XA 2E1DA 1S5VA 2I1OA 1W3TA 2FB3A 2ZZ2A 3G0XA 1YYAA 3P60A 4QNWA 4O1BA 1DHPA 4UTKA 5A8GA 3DKLA 1FWTA 3WFAA 1LCOA 2Z0IA 4NQ1A 3LXCA 1GVRA 5EA9A 4PCFA 4QSHA 1LDCA 2RDTA 3WJXA 5F2IA 5CKSA 2YXGA 2WO5A 3LBCA 3BV4A 4O53A 3FJLA 4OQVA 1RD5A 1VCVA 3BK0A 1YTDA 2DZVA 2YX0A 4X9SA 4UUIA 5CSRA 2FB2A 1Q6OA 1I2OA 1W5OA 4FNRA 2NUXA 2ABBA 5DELA 3W70A 4PEKA 3O63A 3B8DA 1SFLA 3PG8A 2VFHA 1ML1A 3TXVA 5I3KA 3LI0A 3MI6A 1MXSA 1A5CA 2DZWA 4UFJA 3GDLA 4LRSA 3S1VA 1J5TA 1HFBA 1IGSA 1W8SA 2V82A 2ZRXA 4GUGA 2EPHA 3W1UA 3BW2A 3VI2A 3LBMA 1HUVA 4UTHA 5AYZA 4R33A 5LKYA 2A1YA 4PTNA 3O8AA 1ZALA 1R2SA 4I7VA 1LROA 3VCRA 5K9CA 1H51A 3E0IA 4HIBA 1O94A 1RQEA 1FCQA 1H7PA 2VENA 4IPIA 4NZFA 2Q3RA 3CU2A 3W85A 1JQVA 1W5NA 3DFOA 3QPZA 4O17A 2Y7GA 2ZQ0A 3B06A 4WX2A 1YXDA 3NQGA 1WV2A 2ZRZA 3HIJA 4NNCA 1ZAIA 1K7EA 4MYXA 3PS7A 1ZY9A 3CT7A 4WY0F 3W2MA 2E6FA 4DO6A 4LV9A 1TPH1 2RKXA 1JRBA 1OX6A 2CWNA 4JTGA 1DKWA 2V5BA 1U83A 5CSSA 4S2BA 1FUYA 5EBUA 3QMRA 2WOQA 1Z44A 4N02A 5F1UA 1WBHA 2VEMA 1MZHA 3LLFA 2QKFA 3UWZA 2P1FA 3S6DA 3NAVA 4AWTA 1FQ0A 1TPVA 2CU0A 1WOAA 2NXHA 3EKLA 5F4WA 4K36A 5F2GA 4GWEA 4ALDA 4YLWA 2A5HA 4O1AA 4EWND 3UZ5A 2ZRUA 4O50A 5F1VA 1A53A 3BVJA 3B0UX 1FWNA 5LHEA 3Q94A 3N9SA 4JTKA 2GVGA 5F4SA 5D09A 3KX6A 1C9DA 5TQLA 4JDBA 2C18A 1RR2A 3S1WA 2C1HA 1OFDA 2V5LA 3BW4A 1D9EA 3B0VC 1MO0A 4NT0A 2PE4A 1PCKA 4JTHA 1LOLA 2QCDA 3LRKA 1SO5A 2YW4A 3IIZA 2Z6JA 5DY3A 1X7FA 2GUUA 2Y7EA 2GVLA 4YMZA 3USBA 3E12A 3SFKA 1RQHA 4JTFA 4DXVA 2Y85A 1X8FA 5LNWA 2Y62A 1V7YA 3NGJA 1QPRA 1TPWA 1K8ZA 3PSVA 3QZEA 1TPDA 2GQAA 1X1ZA 1SZEA 3S1UA 2CZDA 5LNRA 1LBLA 2YGYA 2J9YA 4RZ4A 3P62A 3LCWA 4EVZA 2XFWA 2E6YA 3W1LA 1IXPA 3W86A 4K8EA 3W1XA 4LRTA 1AW1A 5D38A 3NVTA 5LHFA 3GKAA 2J27A 1KLZA 3DGRA 1SU5A 4QISA 1M7PA 4EF9A 1VJIA 4EOUA 3QSRA 3MP5A 3CEUA 3UNDA 3LDVA 4AWSA 3LX9A 1T96A 2KZHA 3W7QA 4IMFA 3FKRA 3ZR4A 3C56A 1XM3A 4HT3A 5I3FA 1TYGA 4UTMA 2OZ0A 4BI7A 1EEPA 4MY9A 5IBXC 1KA9F 1QNVA 2PRHA 4K38A 2EHHA 5I3IA 2QCDB 2TPSA 1KM6A 3SJ3A 2QAFA 3W71A 3W2NA 5BMXA 1J4EA 1OFBA 5EYWA 4AHQA 2NV2A 5AHFA 3EKZA 5BW6A 3U6WA 4JNMA 4MVAA 3L68A 2PC4A 3LHVA 1KM1A 3ABOA 1VC4A 3FIGA 1JCNA 5D02A 5AC8A 1SZGA 2Y88A 1SW3A 3ZS4A 4NJGA 4LVBA 3EXRA 4O12A 2XN1A 1Z42A 3LCHA 4G1KA 3P81A 5EL1A 4D2JA 4FHAA 3T78A 5C54A 3NQEA 3PM6A 2C0AA 2ABAA 3W07A 4FO4A 5HWJA 3S0CA 3I68A 3TW6A 4Y90A 3G1YA 4O1CA 5ABTA 3NDOA 2R94A 3PULA 3C3NA 8TIMA 3WJSA 3M6YA 3OIXA 2VFEA 4FNSA 3FEMA 1XC4A 1TPFA 3RNDA 4O8RA 4HN4A 3QYQA 1WAUA 2WSYA 3EX1A 3DHDA 1ZJIA 2TSYA 4Y9AA 1WXJA 1GG1A 1XKYA 3IGSA 4CNNA 3NL2A 4I7UA 1RQBA 1TTQA 1LRQA 4FEZA 3GAYA 3IGXA 1LOQA 2V0TA 1N7KA 2HSAA 4R34A 5J5RA 3MYPA 3P8JA 3EEGA 2QUUA 3PC0A 5D32A 1ONRA 3DKJA 1WA3A 2HS6A 5HQEA 2DZSA 2W6RA 1XUZA 1SR9A 4JEQA 3SGZA 3IVTA 4MZYA 1VHNA 1FDYA 2F84A 3A9IA 2J24A 2ZFAA 1PHQA 2YCEA 5J5DA 2HMCA 3T40A 3GDKA 1OYBA 3I7RA 2YFOA 1TPUA 2FIQA 5CPNA 5KZDA 1Q6RA 3W3OA 4NJJA 2NX1A 3VNDA 1VYSX 3PB2A 3GR7A 1XXXA 1G4TA 1OK6A 4L4LA 4N9EA 2QCCA 4PL1A 3S5OA 1QPNA 4HSNA 4A3UA 2H3BA 4Q33A 2ALDA 1VS1A 4JYDA 3RFAA 3NQMA 4JTTA 3W23A 4ZQRA 3NYZA 4XZ9A 2OT1A 3U2OA 4GBUA 2H6RA 3YPIA 1TV8A 3C4UA 4IJBA 4JTEA 3B4UA 3NQ2A 3RLUA 3BPWA 1QDSA 2HS8A 4KWWA 1GVFA 1QO2A 4OBTA 4WOQA 2B7QA 3RU6A 4JTIA 2J9XA 3THAA 1VGAA 4ICNA 4RZ5A 3NPUA 4FNUA 3TJXA 3SW6A 1BEUA 1ZFJA 4A22A 2GJNA 3LCIA 3G1HA 1OFOA 3IVUA 3W9ZA 5AN7A 1FWRA 3R12A 4IOTA 3LHTA 1TQXA 3JS3A 4LVFA 4CNOA 1W56A 3F4WA 3Q37A 2CZ5A 3WK1A 4XTIA 2H8XA 4AEOA 5C5YA 3G18A 3H54A 3BLIA 4MIMA 4ZQCA 3GVGA 3QFEA 3TXZA 3W1QA 1ME8A 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 4A29 A;  5HNR A;  3MYO A;  3RLV A;  2ZZ7 A;  2X16 A;  1EB3 A;  1HO4 A;  5G2I A;  3LXB A;  4PC8 A;  4LS1 A;  1GWJ A;  5AHE A;  5FF7 A;  1AG1 O;  5KTL A;  1GEQ A;  1JCM P;  2BX7 A;  4H4I A;  4JTU A;  3W1N A;  2AAM A;  5FEW A;  4P2V A;  2X2G A;  4CLM A;  4DBE A;  1S3H A;  1K8X A;  4UC5 A;  1VLI A;  4M6V A;  4O28 A;  1BKS A;  3HG4 A;  1TRE A;  1H7N A;  1WYI A;  3N34 A;  3UWQ A;  2E68 A;  5KMY A;  3QMT A;  3BG3 A;  4AF0 A;  2NWS A;  3RF9 A;  3TQK A;  4DEF A;  3EXT A;  1YAD A;  3C2F A;  3MP4 A;  3TE9 A;  3W7M A;  4N9C A;  2GVJ A;  3TJL A;  4MYA A;  1JUE A;  2ATS A;  5G2H A;  4M7S A;  2C19 A;  3GAK A;  4LW7 A;  4LUI A;  4CCD A;  5K2Z A;  1KFB A;  3S1X A;  4UTL A;  1DL3 A;  1FBA A;  5D33 A;  2GQ8 A;  2OX1 A;  3C8F A;  5TBO A;  2E5C A;  1RPX A;  3A22 A;  5K4X A;  4IGH A;  2ZZ3 A;  1G4P A;  4WXZ A;  5DLC A;  1S5W A;  3UY7 A;  3TV8 A;  3IVS A;  2ZA1 A;  3I7S A;  1W3I A;  3FOK A;  1K8Y A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 4HU3 A;  4ZB0 A;  2J6X A;  2OZ3 A;  3MQT A;  1IIG A;  1C8X A;  1M5W A;  1GOQ A;  3WK3 A;  2ESC A;  4AHP A;  4UXD A;  2E9M A;  4BWL C;  4A05 A;  3UT0 A;  1V6X A;  2AQW A;  3STF A;  1E0X A;  4KEU A;  4CD5 A;  4PB3 A;  4IGS A;  1ECQ A;  1B5T A;  2VX5 A;  1A5A A;  2CLF A;  4H9Z A;  1VEP A;  3GUG A;  2YA0 A;  4BKN A;  4YCP A;  3N2O A;  3TJ4 A;  3KRS A;  3STG A;  3SAD A;  4GYK A;  4IJR A;  4H9U A;  1FWF C;  3L9C A;  3UG3 A;  4IIE A;  4QQU A;  5ECU A;  3WLI A;  1BWK A;  3FA5 A;  2A3H A;  1UH3 A;  4JN6 A;  2W91 A;  3R94 A;  4PBG A;  4FLR A;  3GTN A;  3URQ A;  3R8R A;  1WZM A;  3CQ0 A;  3TH6 A;  4US6 A;  3BSM A;  3NEV A;  3CTT A;  4R27 A;  1VFO A;  3UWU A;  4ZST A;  2Y61 A;  3JZU A;  4ATD A;  2ZXA A;  2ZRW A;  4OKD A;  2IPF A;  1H1Z A;  3OOD A;  3VIF A;  1TIM A;  1E40 A;  2XFF A;  3LLD A;  4LU0 A;  4DB7 A;  3W74 A;  3KBJ A;  3PR2 A;  4I8Y A;  3M0K A;  3LCL A;  3O1N A;  4GY0 A;  2GGH A;  5LYR A;  1ISZ A;  4MY1 A;  4OTK A;  2CYG A;  3WQP A;  4HPH A;  2YB1 A;  3UYC A;  3CMF A;  1REQ A;  2H3D A;  4Y9P A; 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