4P2VA

Structure of the ai-2 processing enzyme lsrf in complex with the product of the lsrg reaction p-hpd
Total Genus 79
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
79
sequence length
281
structure length
281
Chain Sequence
DGKDFRTDQPQKNIPFTLKGCGALDWGMQSRLSRIFNPKTGKTVMLAFDHGYFQGPTTGLERIDINIAPLFEHADVLMCTRGILRSVVPPATNRPVVLRASGANSILAELSNEAVALSMDDAVRLNSCAVAAQVYIGSEYEHQSIKNIIQLVDAGMKVGMPTMAVTGVGKDMVRDQRYFSLATRIAAEMGAQIIATYYVEKGFERIVAGCPVPIVIAGGKKLPEREALEMCWQAIDQGASGVDMGRNIFQSDHPVAMMKAVQAVVHHNETADRAYELYLSE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title LsrF, a coenzyme A-dependent thiolase, catalyzes the terminal step in processing the quorum sensing signal autoinducer-2.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Uncharacterized aldolase LsrF
molecule tags Lyase
source organism Escherichia coli
total genus 79
structure length 281
sequence length 281
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H, I, K
ec nomenclature ec 2.3.1.245: 3-hydroxy-5-phosphonooxypentane-2,4-dione thiolase.
pdb deposition date 2014-03-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01791 DeoC DeoC/LacD family aldolase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4p2vA00
1LTDA 2EPHA 2E1DA 1TQXA 4A21A 3PBVA 1G4PA 4FNPA 3QSTA 1KFBA 1KM6A 1ZAJA 4HSNA 3C2RA 4UTTC 2DZXA 1QO5A 1JRCA 3QZEA 1OG0A 2F84A 4JY9A 4YLWA 4K36A 3M5VA 4H6KA 3BGGA 3GXPA 3DXIA 4NNCA 2R91A 4NJHA 5KINA 2XN2A 1E51A 3W23A 4HPXA 3W2KA 3E96A 2C1HA 1AW5A 3M5ZA 2VFDA 3LRLA 4OGZA 5D2VA 3TMQA 3EB2A 1W5MA 5CZJA 4YWIA 3LB0A 3YPIA 5AOUA 1JCNA 1OFPA 3EWBX 4ZQPA 3T78A 2QJHA 3WK3A 3M41A 1PCKA 1TREA 1A5AA 3TH6A 1H61A 5DCEA 1ME8A 4JEQA 4JDYA 4JYDA 4RCXA 2ZDRA 5HWMA 1VHCA 3OHIA 3W71A 1K03A 5G1TA 5CPOA 3W1MA 2A85A 1K7FA 1F2JA 1NSJA 1DKWA 4GNJA 5D37A 3TR2A 1OYBA 4GRSA 2DZWA 3G1YA 3MUXA 4N02A 4FX6M 2A21A 3S5YA 4QIUA 3PVFA 4OU1A 5LSMA 1G69A 1GWJA 3PC0A 2B7OA 1VLIA 2CLLA 2WV8A 1PS9A 1SPQA 2I9EA 4ALDA 3KRUA 1TRDA 2ZA3A 4K39A 1EP3A 1TJRA 2XN0A 3UXDA 1KLYA 3RLVA 3HGSA 5EKYA 3EXTA 4HNNA 3ZS4A 1Q6LA 4MJMA 1QWGA 1EWDA 2WNQA 2QF7A 2GQ8A 1K8ZA 1VYPX 3I68A 2E68A 6ALDA 2I1OA 1L9WA 1WBHA 1SW3A 4WY0A 4XBKA 3W7LA 3HG5A 3NQ8A 1FY6A 3TQVA 2AAMA 2JKEA 1W3TA 4LC8A 1TTQA 3O15A 1W31A 3M43A 4BI5A 4N9CA 2AQWA 4DF1A 3WJXA 3SECA 1KM0A 3CB8A 2V81A 3LHZA 4RR4A 3DHDA 3NL6A 4R33A 3WJWA 3PS7A 3E9AA 1XL9A 1GJPA 4BI7A 3GDRA 3BPWA 1X1OA 1QNVA 3M5XA 4O12A 1YPIA 4TX9A 5G2HA 2Y6ZA 5CPMA 4GBUA 4ORMA 5F2IA 1TTJA 3W9ZA 4UTMA 1KM1A 1BKSA 4LT9A 2Z2UA 2ZZ5A 4Y96A 1XC4A 3A5VA 3DBPA 4Z1CA 4EF8A 4M5PA 2P1FA 4RXFA 3QPYA 1WQ5A 2CLIA 2ZRVA 2VXNA 1JR1A 5D2TA 2B4GA 3KRSA 1JULA 4AMAA 2YFNA 3PB0A 4UFKA 5AFDA 1K7EA 3IGXA 2R14A 4LC6A 1DHPA 2C14A 5CZSA 2C3ZA 3BW3A 4Z1BA 4WD0A 3EWZA 3W7EA 1I2PA 1S5VA 3VCRA 1ME9A 2E5BA 4IPIA 5KTLA 3LLFA 1LRNA 4EVZA 3O63A 2ZZ7A 3LXBA 4KFOA 2I14A 3W75A 3UXAA 1LOQA 3EXRA 3TC7A 2J88A 2QCCA 1CW2A 3FEMA 3LCFA 1JVNA 4TU1A 3OBKA 5HINA 4ADSA 2VEIA 3USBA 1TPC1 1YXDA 1XDLA 2E5CA 5H91A 2WSQA 3BLEA 2TYSA 4FX7A 1GZGA 3G1AA 4LVBA 2ZCGA 3W72A 2V0TA 3JS3A 4O11A 1GYNA 1B4EA 4O4VA 1G7VA 2X16A 5A8GA 3QRHA 4RZ6A 5LKYA 4UTIA 1DV7A 3O6CA 1CI1A 3PM6A 4MY1A 4WXZA 3ATYA 1TPVA 3HO8A 4GUGA 3V75A 3RNDA 4AXKA 1EEPA 3NQFA 5LNUA 4GFSA 1KV5A 4G1KA 1ZY9A 1SO3A 3OVPA 4OT7A 3W84A 2BWGA 2CZDA 1TPDA 3B0PA 3MP5A 3NPUA 2CFFA 1I2RA 4JIPA 4LS1A 3T7VA 1OK6A 1GYLA 3G1SA 3IVSA 5FF3A 3OVRA 3B05A 5K9DA 1G4SA 4YMZA 2GVLA 3PG8A 1F7BA 3DI1A 4M7SA 3U6WA 1UCWA 2FFCA 2E5DA 3S1UA 3PG9A 3W3OA 4MY9A 5IBXA 1KBJA 1VZWA 3CTLA 3G22A 3GK0A 1IXOA 5DLCA 5F1UA 1TCDA 4IXHA 1KM2A 5AC8A 2JGQA 4GXMA 2J9YA 1JQVA 4IX0A 1HG3A 3E12A 2WJZA 5I3IA 2QCGA 3PWAA 1OFAA 3C2EA 1A5CA 1RPXA 1K7XA 3HOJA 1XFBA 4LNYA 2C18A 2XN1A 2ZRZA 1EUNA 1OX4A 2NLIA 4NZJA 3S9YA 1PV8A 5BOOA 4FXSA 2G5WA 3M44A 1KM4A 3WK0A 3NVTA 1O94A 1I45A 3TUUA 3PUDA 2FPYA 3C2FA 2FJKA 3GR8A 4JX5A 1TPFA 3R2GA 1QAPA 3W1UA 1FWNA 4UR8A 1O95A 3BK0A 1XUZA 2QKFA 4GUIA 3EKLA 1OABA 2Y7FA 4BI6A 3N2MA 3NQVA 2ZRUA 3DFNA 1OK4A 3DGRA 5C2XA 4RZ5A 4WY0F 3TAKA 1Q6RA 1WBJA 3VI2A 3W83A 4ADTA 3W1QA 3NM3A 1OF8A 4WY0B 3LRMA 3GAYA 1W0MA 3MI2A 1B4KA 5LNVA 1RD5A 4BR1A 1TPEA 3TJLA 3KVLA 1VCGA 4ORIA 4I7VA 4NX0A 3GXNA 3O16A 1EUAA 2FB2A 3SGUA 3P84A 2CW6A 3GZ3A 4UR7A 3LERA 5D04C 3MHFA 1VHNA 4JX6A 4JICA 4AHPA 3GR7A 3H55A 3MBFA 4MZ8A 5C5YA 1IF2A 2BX7A 1SU5A 3T40A 2CLHA 4WQ6A 3T4CA 3G8EA 3NQGA 3L68A 4ZQRA 3S1WA 3L9CA 1D3GA 2A1YA 3BG5A 5K9CA 3G1DA 4DQWA 2ZRYA 4QISA 3ANYA 1MEHA 1JUBA 1KFCA 3IEBA 3HMJG 4D2JA 3ELFA 3W73A 3HIJA 3NZRA 1KA9F 4DELA 2BLEA 2NWRA 5KSWA 3STCA 3ZFHA 2QUVA 3TX9A 4UUIA 5HWNA 4O1DA 1MO0A 2H3DA 3G1HA 3NQ7A 1SR9A 3DENA 2ISSA 2OX1A 4P61A 3UNDA 3SY5A 5AYXA 4UTWC 4MKNA 3LBCA 2QUTA 4BK9A 1VS1A 3G0SA 1OX5A 5MHBA 4CCDA 3W22A 4I7WA 2VEKA 3HQ1A 4UTTA 2GPTA 2DZVA 4LWWA 1MXSA 3CEUA 4FIQA 4UMCA 5I3HA 3NAVA 5CZTA 3SSJA 4XBSA 1T96A 3QFEA 4LVDA 1QO2A 2Y62A 2NXGA 3WK2A 1LBLA 2ZRXA 1VH7A 3LHVA 1BWLA 1YLVA 3G18A 1JQXA 3NNTA 5BW6A 1JUEA 3E02A 4U4MA 3L2IA 3B8DA 3UQNA 5HR6A 3GXTA 2OMAA 2CZFA 4AHOA 4FX8A 1XXXA 1W5PA 5LGXA 3M16A 5E0KA 2GVJA 1OFOA 3KX6A 2PRMA 1OVDA 3LTSA 3STEA 2QCLA 2VFHA 4K8EA 1ZENA 4O0KA 1H7WA 2DJLA 3STGA 3UPWA 4XQ6A 4JYEA 2P0OA 4HNUA 2QDGA 4YCPA 1AL8A 3LV5A 1Z44A 3FIGA 2Q3OA 1GVFA 3HG3A 2CZEA 4DBDA 5G2IA 3VKJA 2C15A 2OCZA 4LW7A 1XDMA 5BRBA 3NQMA 5DCBA 4E2BA 4A2RA 4NJIA 4JR5A 4ICNA 4JS3A 1N8FA 1R30A 5FF0A 5FEZA 2X30A 4GUJA 1TPUA 4HKPA 5EY5A 2ZZ6A 1SQ7A 1KTBA 3GYEA 1K02A 2Q8LA 3WJYA 3GKFA 3GDLA 2QCHA 2G95A 2TRSA 5G5IA 1IXNA 3KVJA 1J5TA 1F74A 2V2DA 1I4NA 2ZFAA 4YL2A 3W7QA 2ABAA 5D32A 3EX1A 4GJ1A 3BW2A 3M5YA 4Z1AA 3P5ZA 1EP2A 3B04A 3W2LA 1GQNA 4DEFA 4N6FA 5AC6A 1X1ZA 1QPOA 4JTLA 4UFHA 1JJKA 4AB4A 1XI3A 4O52A 1ICSA 4FNTA 1A5BA 3NA8A 3QM3A 5D2WA 4JTEA 3B0VC 3N3MA 1HUVA 3N9RA 1OX4B 4RXGA 4IMFA 4XTIA 3Q94A 1F73A 1OYAA 4DO5A 2VKZG 5CSSA 1S5TA 1I2QA 5I3GA 2NUYA 3M9YA 4HSOA 2ZTKA 4AWSA 1VRDA 4MZ1A 5KZEA 5K3VA 3S8HA 2DZUA 5TQLA 1ZAHA 2V9DA 1RVGA 1W5QA 2B0MA 3PY2A 1LBMA 5F4SA 3S0CA 3KRZA 3O1NA 2CLEA 2G96A 3S5OA 1AW1A 1TPB1 1XBZA 4PA8A 2ISVA 1H62A 1MEIA 5J5RA 1F6PA 3RMJA 3JRKA 5U7SA 1F6KA 4M6PA 3LHTA 3S5NA 3N2XA 3QH2A 3WK1A 2DZTA 4HPJA 3NPVA 4JTHA 4MUZA 2E77A 1ZJIA 4XKYA 3UWYA 4NUWA 2NX3A 3HPZA 4O14A 5AHNA 2IQTA 5CPLA 2QDHA 2V5BA 5CKSA 5F2GA 1XBYA 3P74A 1TTPA 4A3UA 3M0ZA 4QNWA 1KTCA 4UFLA 4XTDA 4CQ8A 3O8AA 3G3DA 1FBAA 4BWLC 5LNSA 3HGRA 3P61A 2KZHA 4JNMA 3VNDA 5HULA 4DO6A 5K2ZA 1NFBA 4PODA 2BXVA 1JCLA 3CWOX 2ZZ4A 3LCXA 1AK5A 4FEZA 4PH6A 5L9FA 3C56A 3W1LA 2O7SA 3FA5A 2Y70A 4R7JA 3ZR4A 1W56A 2PRHA 1NF7A 3UZJA 3NQDA 1QOQA 1DQXA 2J24A 5EA9A 1DBTA 2A6LA 4OE7A 4UTUA 3TNOA 1O5XA 3PUEA 3LHUA 3Q37A 1N55A 3OVQA 4ZQNA 1W37A 4TIMA 5HNRA 1TO3A 3T44A 3MI3A 4M6QA 1GTEA 2Z6IA 3BW4A 4LV9A 1KFKA 2V5LA 1YYAA 3GIYA 4Q32A 1J4EA 3GVGA 1C8VA 3LBMA 3NGJA 3LV6A 4Q4KA 1NF0A 2ZZ2A 4NJGA 2VOMA 5CSRA 1QPRA 3C61A 1M7PA 1SO5A 3EKZA 3HG2A 4GC4A 2Y7DA 5CG7A 4KWWA 5K7JA 2NV1A 1SSGA 4O19A 3R5EA 1TPWA 3S6DA 1PL9A 1XBVA 1N7KA 2VEMA 2WNZA 1IXQA 1L2UA 4RX0A 3GNDA 3P62A 2ATMA 1M6JA 5I3KA 1LBFA 4Y6GA 3NL2A 2DZSA 4CNNA 1FXPA 3L0GA 3MO7A 1B9BA 3TDFA 4CCEA 1LOSA 3BLFA 1Q6QA 1GEQA 5LNWA 3O07A 4RK8A 3RK8A 5F2MA 1R46A 3ZWSA 4PFMA 3UY8A 4MLJA 4JTFA 5FF2A 5I3JA 2TSYA 3QSRA 1T8XA 2VC6A 2YFOA 1QMLA 3NL5A 3C3NA 5HWJA 3QMTA 1OFBA 4O13A 7TIMA 2X1UA 4IX2A 3W1NA 3MBDA 2ABBA 3LI0A 1FX6A 3GAKA 3C6CA 5AHFA 4CLMA 3THAA 4AF0A 1YDNA 2FTPA 1F76A 5SWUA 3PBYA 1QFEA 2YX0A 3MI6A 3NQAA 5EBUA 1X7FA 2HS6A 3H54A 2Z6JA 3NL3A 3SI9A 1OFEA 4NJJA 5AHIA 4PTNA 2CLOA 1XKYA 3DKJA 1FDZA 1FCBA 5F4WA 3PULA 3QMSA 4B5NA 5D05A 1H7RA 4FHAA 3DFOA 4FIRA 1A5SA 1Z41A 3DZ1A 3OA3A 3F1QA 3IIXA 4RKAA 1FXQA 1KFEA 1VLWA 1WV2A 4O15A 5LHFA 1V7YA 2WSYA 4TR9A 5DY3A 3EX3A 3ZWTA 3HF3A 4MYAA 1EB3A 3B4UA 4QITA 1YTEA 3IGSA 3A5FA 3NQ6A 4RLIA 2HTMA 2GQAA 4ZQMA 5AN7A 2Y63A 4NX5A 4AWTA 1FDJA 3TFXA 2TPSA 4H3DA 1FCQA 2E6DA 1TTIA 1O5KA 4X9SA 1YADA 1RR2A 3TC6A 4CQAA 4JGDA 2C13A 4N9EA 1K8YA 3W2JA 3LLDA 4DXVA 2ZA2A 4LOCA 3UWQA 1KFLA 4X2RA 3BARA 2EAWA 5FEWA 1PE1A 1WYIA 4K6AA 3I7RA 3Q58A 4DPQA 3EX4A 2YSWA 1LYXA 4OV9A 3N9SA 2NXHA 3EX6A 1ME7A 1VJIA 3UPBA 4N9DA 1PVNA 2NXIA 4CCCA 3MW7A 4M7TA 3QW3A 1EA0A 1O60A 2PURA 2V82A 5D2XA 5I3FA 4MFDA 2DJXA 3W7KA 1GVSA 4K37A 4N2YA 1AW2A 4I9AA 5DCDA 4GWEA 3KOFA 1WOAA 1QPNA 5F1VA 3IIOA 1YDOA 4LVAA 2Y7EA 1EP1A 3O05A 4UC5A 1UASA 1GVQA 4QQ3A 3W7JA 3P80A 4UCGA 3LOTA 3R12A 4HHPA 3W88A 5KMYA 4XKYB 1ZFJA 4FNQA 4JD4A 5BMWA 3W7RA 4PEKA 4OQVA 2RDTA 3MHUA 3GB6A 3W1TA 1G67A 3PUOA 1OJXA 2GUUA 1WA3A 5DELA 4FXRA 1C9DA 3M1ZA 4PC8A 3RF9A 5AYYA 2Z1BA 4X3ZA 1H63A 3C4UA 2YW4A 3P67A 4UTWA 1SZEA 1BWKA 3A24A 3G24A 1YXYA 5AB3A 3G8RA 3HPSA 4IMDA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2E1D A;  2PDI A;  2HE5 A;  4XK2 A;  3PBV A;  3C8N A;  2ZE0 A;  2ZUV A;  5C71 A;  1G4P A;  4FNP A;  1KM6 A;  2QZR A;  4HPN A;  3L4V A;  4KMQ A;  2YA1 A;  4TVD A;  3IAR A;  3QZE A;  1OG0 A;  3LLX A;  1MQQ A;  1E4I A;  4H9T A;  4WDT A;  4K36 A;  4H6K A;  4AFY A;  3MUI A;  3BGG A;  3CAW A;  5DO8 A;  1TWW A;  5CC6 A;  3F5L A;  1HQT A;  4NJH A;  1KCZ A;  2XN2 A;  4RL3 A;  2P0I A;  2VZU A;  2UY3 A;  4OZO A;  4KRU A;  2HPM A;  1E6X M;  3QR0 A;  3RM4 A;  4KRZ A;  5CC3 A;  5D2V A;  3EB2 A;  5CZJ A;  1I75 A;  3MV0 1;  2YCL B;  3LB0 A;  1OFP A;  3T78 A;  4BF5 A;  1RJQ A;  1TRE A;  4EAM A;  4F0K A;  3OP2 A;  1H61 A;  4NZ1 A;  1XYA A;  4HGX A;  4JDY A;  5I0D A;  1XID A;  3CUH A;  7CGT A;  4MWA A;  4GBD A;  3OHI A;  3D5H A;  2V5K A;  3F5K A;  5LIY X;  3E5B A;  3W1M A;  1DKW A;  2VGG A;  4FLO A;  1OQF A;  4ZO7 A;  1OYB A;  3NTY A;  2DZW A;  4B92 A;  3HFT A;  2PI6 A;  3QGV A;  4GQ0 A;  4QJ3 B;  4WGX A;  5LSM A;  1BGA A;  3FDG A;  5CAH A;  3HPA A;  3KRU A;  2F8Q A;  3S9Z A;  4K39 A;  4AZG A;  3VIG A;  2DSZ A; 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