4P7LA

Structure of escherichia coli pgab c-terminal domain, p212121 crystal form
Total Genus 143
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
143
sequence length
357
structure length
357
Chain Sequence
EKSPQRIMHIDLDYVYDENLQQMDRNIDVLIQRVKDMQISTVYLQAFADPDGDGLVKEVWFPNRLLPMKADIFSRVAWQLRTRSGVNIYAWMPVLSWDLDPTLTRVKYLPTGEKKAQIHPEQYHRLSPFDDRVRAQVGMLYEDLAGHAAFDGILFHDDALLSDYEDASAPAITAYQQAGFSGSLSEIRQNPEQFKQWARFKSRALTDFTLELSARVKAIRGPHIKTARNIFALPVIQPESEAWFAQNYADFLKSYDWTAIMAMPYLEGVAEKSADQWLIQLTNQIKNIPQAKDKSILELQAQNWQKNGQHQAISSQQLAHWMSLLQLNGVKNYGYYPDNFLHNQPEIDLIRPEFSTA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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connected with : NaN
molecule tags Hydrolase
source organism Escherichia coli k12
publication title Modification and periplasmic translocation of the biofilm exopolysaccharide poly-beta-1,6-N-acetyl-D-glucosamine.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Poly-beta-1,6-N-acetyl-D-glucosamine N-deacetylase
total genus 143
structure length 357
sequence length 357
ec nomenclature ec 3.5.1.-:
pdb deposition date 2014-03-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF14883 GHL13 Hypothetical glycosyl hydrolase family 13
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4p7lA00
1W1PA 2ZUSA 1GQIA 3N11A 1K9FA 3CLWA 3CZLA 1WNOA 4AWEA 3FHQA 3HU7A 5AC5A 5HNNA 2ZX6A 4XX6A 3LPFA 3AS3A 1HJVA 4CN4A 4YHEA 3WDPP 3OBAA 3VIFA 1US3A 3SCVA 3JUGA 4CU6A 4Q22A 3N17A 2EBNA 3OLGA 1U33A 3CHFA 5C8BB 1QI3A 4PMZA 1XSIA 1H4PA 2BXZA 1PIGA 4RE3A 2AMGA 4MPKA 4MNKA 4ZFMA 1RP8A 3AS2A 5I0DA 4D6JA 2PWEA 4U3CA 4OOUA 1J0IA 2XIBA 3AICA 1YHTA 2YL9A 3AZRA 1C8XA 4HA4A 4Q7NA 1KQYA 2Y5EA 5I5RA 2JF6A 2JE8A 1JYVA 1B30A 4CVUA 2DSVA 1U30A 3WNMA 4WKHA 2W63A 2F8QA 1HVXA 3ZOAA 2X0HA 4A3HA 2WPGA 3KEHA 4W7VA 3RM8A 4FLQA 3SCUA 1H3GA 2NT1A 3KWXA 4AW7A 1CYGA 1C93A 2BHYA 2J8GA 3OG2A 1OIFA 3PZNA 3WBEA 4MB5A 1W1YA 4UOZA 2VZSA 2DIJA 5CGMA 2DSUA 1KWGA 3SUTA 3PTKA 1R7AA 3WN6A 1X6NA 2FGZA 3ARZA 2IUZA 2XVGA 3HMCA 1M01A 1IV8A 4D6HA 3L4TA 4V2XA 4WF7A 3SCWA 5HPOA 1V3IA 1MW2A 1CNVA 4Z2JA 4B16A 3CHDA 3N1AA 3WQ5A 3W6LA 1H41A 1YQ2A 1JFHA 3GDBA 3UG4A 2YLAA 3W81A 2ZWYA 1VEMA 1XSJA 4CCCA 1EOKA 4CN6A 4HP5A 3WDQA 3POCA 2WMFA 2VUYA 4JFUA 3CTTA 3VIPA 3FY1A 3CHCA 3GH7A 1R8LA 4BQ5A 4J28A 4E4PA 1KWKA 4HMCA 5CXPA 1V02A 2VVNA 4IUGA 2YKKA 5FOOA 3VGDA 4OIFA 5CG0A 1MQQA 5JIWA 1W3LA 3WUGA 4HOZA 2ZX5A 2BVYA 5AC4A 3AMDA 1DWIM 4J3UA 1CECA 4JL1A 1PX4A 2XVLA 4MDPA 5A69A 1MQPA 1EQCA 3GH4A 1UH2A 1A3HA 1WO2A 2BVDA 1V0KA 2YOCA 1QI0A 3IAQA 4HTYA 3BXWA 1BTCA 3N9KA 2VR4A 1V02E 1JI2A 3PHAA 4LYRA 3NSXA 5EFFA 5JBDA 4W8BA 3LPPA 2J7EA 5DFAA 1GNXA 1QVBA 4UZUA 1ZBCA 3AIWA 4HZ6A 3O9NA 2VX4A 3F5LA 5E70A 1VB9A 4HMEA 4ATWA 2XHYA 2XM2A 2YBUA 5A2CA 1CXFA 3VM7A 3TTSA 2WM0A 4AEFA 3VD3A 2O9RA 4CUCA 1HKKA 4JAWA 3SUWA 4Z2KA 3A4AA 2WCGA 2ZX8A 4HPHA 1CGUA 1W9UA 5BCAA 2J77A 2WVVB 2WBKA 1E15A 1MFVA 1R87A 2WMHA 1JDDA 3K4DA 4PMUA 3T2QA 3CMJA 1UD6A 3RJYA 1DEDA 1AQHA 5AY7A 3E1F1 1UR1A 4F9JA 2ZUTA 3UEQA 3WNPA 1M53A 3ZJKA 3AXIA 5CSUA 4PMOA 2ZX7A 3IJ8A 4D71A 1XRVA 5A6BA 1J9YA 1CXIA 1JYNA 3VIJA 1CGWA 5CLTA 1I1XA 1SYTA 2EPOA 2B31A 3OGVA 3CBWA 2YL6A 2ZUVA 1MW0A 1WKYA 3SURA 3F4VA 4J3TA 3IJ9A 4UQAA 1UWQA 5A6JA 3WFLA 1G0CA 1TA3B 3CUHA 5HOSA 2GSJA 1UHVA 3BAJA 2V3GA 4J3SA 4GPNA 5DEZA 4BCEA 1UD5A 1V3JA 4KRTA 4V27A 2X05A 3VIKA 2CHOA 2V3EA 1UKQA 4DWSC 4DUVA 1UWTA 3A4XA 1MQRA 1KBKA 2G3IA 4LPCA 1W32A 2FHCA 1NH6A 4MTVA 4M82A 4W7UA 3AYSA 4W5UA 3BGAA 2UY5A 4DWSD 5CZKA 4WIWA 4WKFA 5JBEA 3VX1A 1V6XA 2CEQA 3AMKA 2YLLA 1RH9A 3THDA 1OD8A 1EOMA 3T09A 2HVMA 3WQ4A 3W27A 4U5KA 1GOWA 3QHMA 2QHAA 3W37A 5E0CA 5GNZA 2JALA 4MNJA 4CKQA 4F66A 5BYWA 1A47A 4AIUA 3WH5A 4AZ7A 3NCOA 1UQZA 4EKJA 3T2OA 1D3CA 3UG3A 1VBUA 4S3JA 4TX8A 3POHA 2E3ZA 2Y4SA 4B9ZA 1TE1A 3AOFA 2XUCA 4B15A 1M04A 3ZR5A 4AIOA 2D3LA 4KGLA 1B3YA 4JCMA 4TVCA 4QCEA 5FL0A 4Y7EA 3MV01 4LYQA 4BQ3A 2E8ZA 1NARA 4HZ8A 5A8OA 3MMDA 1W2PA 3WEMA 5BXTA 1E55A 1QI5A 3N04A 2BY0A 4PN2A 4UZSA 4H41A 2D3NA 2CBJA 3VMPA 5CGTA 4CN1A 2DSKA 1NM9A 1PZ3A 1ZJBA 3A3HA 3EYPA 4UQ9A 1B2YA 2XG9A 3A4WA 3NDZA 3CZGA 1WCGA 1KFWA 3VIOA 3VD4A 4HA3A 1AMYA 2OLHA 3ALFA 2BS9A 4MDOA 4PUDA 4XZWA 5CPTA 3GXDA 4V28A 1CLXA 3CZ8A 1Q4NX 2ZUNA 1MFUA 1HP5A 1LG2A 4FK9A 1DWFM 1GQJA 1EO5A 1V3KA 4BZYA 3W6MA 1V6WA 2O92A 4JHZA 1J01A 1XH2A 1JGIA 4MB4A 4P7RA 4TXEA 2D2OA 3N12A 3ZO9A 3WF0A 1G5AA 1XHGA 4MAZA 2VX6A 1E43A 4ZXOA 4AZCA 3OLIA 3ARXA 2VR5A 1ISZA 1XYFA 1GOMA 1L0PA 2X8RA 1GHSA 4PRWA 1E6ZA 1BYDA 4GO9A 2RGLA 3PN8A 4ZXLA 2XM1A 3O2LA 1NOFA 2OSWA 2OYMA 3ALGA 1VBRA 3BH4A 1FP9A 3QGVA 5HPCA 1H2JA 3GM8A 3THCA 1N82A 2AOSA 2XGBA 4CD8A 7CGTA 4AMCA 3VD5A 1W9VA 3PTQA 4PMDA 2J7FA 2GVYA 1FOBA 4J3XA 1WDRA 1XC6A 4DUWA 2VL4A 5IFTA 3VMOA 3WFZA 2E0PA 1QNQA 3WUFA 1KGXA 3VGHA 3PZTA 4J7RA 2HISA 1RD6A 2WSPA 4C7FA 2J79A 3SEPA 2UWFA 4IISA 1CDGA 3L4ZA 1E6NA 3SCRA 1GVIA 3MV11 1E6XM 1E6SM 5ABFA 3AHYA 3NSMA 3U5YA 5A6MA 1CTNA 1C8YA 1GHRA 1VFFA 2BY2A 1UH3A 2WW5A 3LMYA 3UETA 1JDCA 4FLSA 5IHRA 3GXIA 3N18A 1V0LA 4JFTA 4DWSA 2WWDA 4OUEA 4PMXA 4GQRA 2VZUA 4TTUA 3U5UA 1GOOA 3NIYA 2EQDA 2D23A 4WSKA 3W24A 1CXKA 1E0VA 1JXKA 4M56A 5I3DA 4TOQA 3K4AA 4R5EA 2JEPA 3NSNA 5ABGA 1J0JA 3NYDA 2VVSA 1H11A 1Z32X 1HJXA 3A47A 1JD9A 1CGTA 1KB3A 1VEOA 4L4OA 3MUZ1 1GJUA 1C92A 3PZGA 4JFWA 1QHZA 1CWYA 5CPQA 2O9PA 1JG9A 2CBUA 1UD8A 1E72M 3BMWA 5BWFA 1E3XA 2D22A 5BXSA 1E4IA 3ARTA 2GJPA 3CO4A 1WB0A 3J7HA 1C7TA 4C7DA 1I75A 4GO8A 1SMAA 2V3DA 3BAIA 2ESCA 5AYBA 2X1IA 3WNOA 1TVNA 1CENA 4M81A 1UG6A 4UFKA 5A6BD 5M17A 4JKMA 4CCEA 4F79A 2ZUMA 5E6ZA 1EDTA 2VRQA 1TR1A 3VDAA 4GI9A 3FNDA 3W28A 3OLEA 1CGYA 2WKLA 3VX0A 1HX0A 2UY4A 4M8UA 2A3HA 3FW6A 3WH8A 1CXHA 1OBAA 2XSAA 4E8CA 4NI3A 2PBGA 1JL8A 3NJ3A 1EDGA 5M03A 5DT5A 1UR0A 3CPUA 1ZBKA 3AS1A 1V3MA 3CUGA 4CD7A 3MS8A 4LXFA 2WHLA 5TD4A 1UKOA 1UWIA 3VTRA 5A2AA 1R7OA 5EMYA 1WP6A 3G6MA 4CU8A 1G01A 2PI6A 1VF8A 2A3AA 1JZ4A 4AZIA 4UQBA 4BS0A 5IFPA 4ACZB 2DPEA 2W91A 1E56A 4ACYA 1ZBWA 1OINA 1OT2A 1E1EA 1TVPA 1NWRA 3DYOA 4F8XA 1CIUA 4UQEA 2ZXDA 1CGVA 1W2VA 1UD2A 1ZBVA 4P7NA 4U33A 4XUYA 2XGIA 4AZ5A 3AHZA 3TP4A 1BPLB 1Q6EA 1VRXA 5KZ6A 4U2YA 1B1YA 1TG7A 1Q6FA 4UR9A 1ZS2A 1PIFA 3VIIA 3AXHA 4H8VA 4AIEA 1LL6A 2OWXA 4ACZA 3OIHA 3VGGA 1JZ7A 2DDXA 3BCFA 2WNWA 5IDIA 3WUBA 1NWTA 4JCLA 2EEXA 1EGZA 4Z2HA 1AVAA 3NDYA 3ZJ7A 2GDVA 1O7AA 3WBAA 5I6SA 1Q6CA 2XFYA 9CGTA 2VURA 3WNLA 4U3AA 4XZBA 6A3HA 1V6VA 4IPLA 5CQ1A 4N0RA 3ARRA 1V0NA 3KZSA 1ESWA 3VKKA 4ML4A 4A3YA 3BMVA 1UA3A 4XB3A 3W29A 1U2YA 5D9OA 3EMZA 2E9MA 3CHEA 3DHPA 2V3FA 1OM0A 3B9EA 4UFJA 5DF0A 5LA1A 4ATDA 4YHGA 1G94A 1QHOA 2XSBA 1UR8A 1OWQA 2ZXAA 4UFHA 3VMNA 1BYBA 1UH4A 3BAXA 3W0KA 3ARQA 1HJWA 4NRRA 3TTYA 1C3FA 1WZLA 4HZ7A 1UKPA 1J11A 3VOCA 1KR0A 2JF7A 2IXUA 1FA2A 1EO7A 5E6YA 1KGUA 3I3DA 1J0KA 2YL5A 4MB1A 2G3MA 1XCWA 5DMYA 4AD3A 2DSZA 2QMKA 1LWJA 2J7CA 1GZJA 4M29A 3N13A 3BSGA 3L2MA 4MJ4A 3VDHA 3PZIA 2NT0A 1DWHM 3L4UA 4PTXA 1GPFA 1UZ4A 1WZMA 3WH7A 2ZE0A 3L4WA 4PMYA 3VGEA 4H8HA 1UZ1A 1M7XA 2A3EA 2DT1A 4HA1A 1K9TA 4TVUA 4GI8A 4MAVA 2VC9A 2XTKA 5I79A 2XWEA 4F9DA 4PTWA 2W66A 2VRKA 3AHTA 3M46A 4OOZA 4UQCA 2BY1A 3VDBA 3WELA 4P7QA 2VX5A 1HL9A 1FP8A 4QP0A 1JF5A 2XFFA 1OCQA 3OLDA 1VENA 3UCQA 1BYCA 5CJ5A 2DT0A 3A6OA 3ZR6A 1PX8A 1UWUA 2AAAA 1GCYA 4H7VA 2ZIDA 4M24A 4NSBA 4X9YA 2WVVA 1DWJM 2WCSA 2YL8A 1KXHA 1GW1A 8A3HA 2F2HA 2XWDA 1PJ9A 3CH9A 1NWSA 2WMJA 2FHBA 2E40A 2CIPA 2WB5A 4CVWA 1Y7VA 3VUPA 4OBRA 1SFSA 4Z2LA 1JZ2A 1XV8A 4NF7A 2W92A 1V3HA 4AEEA 2ZXQA 4GQQA 1GORA 1NP2A 4PSPA 1DTUA 4LGXA 1W1TA 4B3LA 2D0HA 4QLKA 5ABEA 3AMCA 2XJ7A 3WF2A 1XSKA 3VNYA 3AHVA 1ZJAA 4QLJA 3WD3A 3SCTA 2DT2A 1GQKA 1TA3A 3CGTA 4W87A 3CZKA 4W89A 2QPSA 2Y2WA 3BCDA 2W5FA 4JFSA 1CZ1A 3IJ7A 4RE4A 3RPMA 4BA0A 1QI4A 4AZ6A 2G8ZA 2OYLA 2V38A 1M03A 2YBTA 3T0AA 1HT6A 1JAKA 2GJXB 4HU0A 6TAAA 2PWGA 3VGBA 3VIHA 1B3XA 3AYRA 4AZHA 2CETA 1MXGA 5CSYA 2CKSA 3SCPA 1RPKA 1FH9A 1GQLA 1HL8A 3AMLA 2VX7A 3OZOA 4GXPA 2GJRA 1VAHA 2ZUWA 1B3ZA 3AISA 4HU8A 3MMWA 4CCDA 1D7FA 2VJXA 3BAKA 2XVKA 4PMQA 3B9AA 3RO8A 2WVUA 5I78A 4W7WA 1J0HA 3WKZA 1NP0A 2GJXA 3UR7A 3ECQA 1J12A 3L2LA 2XPKA 5FKYA 3SCNA 2PWHA 1XYZA 4WK9A 1E71M 3PZMA 1HP4A 1EA9C 3RM4A 5F7UA 3ARPA 1NOUA 4PMRA 3MUIA 1LQ0A 2Y8VA 3RILA 2X0YA 3VVGA 3ARWA 2E4TA 5E09A 2RGMA 4WKAA 5GPRA 2J75A 4AD1A 1UR2A 2VQTA 4JZ5A 5D8ZA 3WD2A 1OGBA 4IM4A 5DT7A 1OD0A 4PEEA 4IPNB 3HN3A 1BG9A 4E8DA 5A2BA 3PZUA 3GXMA 1TMQA 4BQ2A 3MMUA 2WHKA 2V5CA 5A6SA 3S2CA 1GVYA 2C7FA 2DGAA 3DYPA 2VI0A 5KEZA 3U7BA 4MB3A 2FH8A 5I24A 1PPIA 1IT0A 2QMJA 3WF4A 1TFVA 4C7GA 1BF2A 1B0IA 3K8KA 4PMVA 2O9TA 3CZJA 3T0BA 4ZE4A 1BVZA 3ZT7A 4JL2A 2PWFA 3W26A 3EMQA 3QHOA 1MXDA 1VFMA 4QDMA 4K68A 4AD5A 2CNCA 2ZXBA 4P8WA 4PTMA 4W88A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1W1P A;  2ZUS A;  1GQI A;  3N11 A;  1K9F A;  3CLW A;  3CZL A;  1WNO A;  4AWE A;  3FHQ A;  3HU7 A;  5AC5 A;  5HNN A;  2ZX6 A;  4XX6 A;  3LPF A;  3AS3 A;  1HJV A;  4CN4 A;  4YHE A;  3WDP P;  3OBA A;  3VIF A;  1US3 A;  3SCV A;  3JUG A;  4CU6 A;  4Q22 A;  3N17 A;  2EBN A;  3OLG A;  1U33 A;  3CHF A;  5C8B B;  1QI3 A;  4PMZ A;  1XSI A;  1H4P A;  2BXZ A;  1PIG A;  4RE3 A;  2AMG A;  4MPK A;  4MNK A;  4ZFM A;  1RP8 A;  3AS2 A;  5I0D A;  4D6J A;  2PWE A;  4U3C A;  4OOU A;  1J0I A;  2XIB A;  3AIC A;  1YHT A;  2YL9 A;  3AZR A;  1C8X A;  4HA4 A;  4Q7N A;  1KQY A;  2Y5E A;  5I5R A;  2JF6 A;  2JE8 A;  1JYV A;  1B30 A;  4CVU A;  2DSV A;  1U30 A;  3WNM A;  4WKH A;  2W63 A;  2F8Q A;  1HVX A;  3ZOA A;  2X0H A;  4A3H A;  2WPG A;  3KEH A;  4W7V A;  3RM8 A;  4FLQ A;  3SCU A;  1H3G A;  2NT1 A;  3KWX A;  4AW7 A;  1CYG A;  1C93 A;  2BHY A;  2J8G A;  3OG2 A;  1OIF A;  3PZN A;  3WBE A;  4MB5 A;  1W1Y A;  4UOZ A;  2VZS A;  2DIJ A;  5CGM A;  2DSU A;  1KWG A;  3SUT A;  3PTK A;  1R7A A;  3WN6 A;  1X6N A;  2FGZ A;  3ARZ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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