4P7R | Genus

Total Genus 139

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	139
sequence length	359
structure length	359
Chain Sequence	EKSPQRIMHIDLDYVYDENLQQMDRNIDVLIQRVKDMQISTVYLQAFADPDGDGLVKEVWFPNRLLPMKADIFSRVAWQLRTRSGVNIYAWMPVLSWDLDPTLTRVKYLPTGEKKAQIHPEQYHRLSPFDDRVRAQVGMLYEDLAGHAAFDGILFHDDALLSDYEDASAPAITAYQQAGFSGSLSEIRQNPEQFKQWARFKSRALTDFTLELSARVKAIRGPHIKTARNIFALPVIQPESEAWFAQNYADFLKSYDWTAIMAMPYLEGVAEKSADQWLIQLTNQIKNIPQAKDKSILELQAQNWQKNGQHQAISSQQLAHWMSLLQLNGVKNYGYYPDNFLHNQPEIDLIRPEFSTAWY

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

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loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__160286555061712__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__160286555061712__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4P7R/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__160286555061712__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"160286555061712","bgcolor":"white" }

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Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__160286555061712__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d0091952af9fbe3f09756c0/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d0091952af9fbe3f09756c0/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d0091952af9fbe3f09756c0/pdb.gz)

Time for openFile(/file/5d0091952af9fbe3f09756c0/pdb.gz): 11 ms

File Error:unrecognized file format for file

https://genus.fuw.edu.pl/file/5d0091952af9fbe3f09756c0/pdb.gz

Service Unavailable

loadScript /static/js/j2s/core/coretext.z.js

script ERROR: unrecognized file format for file

https://genus.fuw.edu.pl/file/5d0091952af9fbe3f09756c0/pdb.gz

Service Unavailable

----

load <<<<"/file/5d0091952af9fbe3f09756c0/pdb.gz"

Script completed

Jmol script terminated

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
source organism	Escherichia coli
publication title	Modification and periplasmic translocation of the biofilm exopolysaccharide poly-beta-1,6-N-acetyl-D-glucosamine. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Poly-beta-1,6-N-acetyl-D-glucosamine N-deacetylase
total genus	139
structure length	359
sequence length	359
ec nomenclature	ec 3.5.1.-:
pdb deposition date	2014-03-27

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF14883	GHL13	Hypothetical glycosyl hydrolase family 13

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	4p7rA00

3BLPX 1JYNA 1SR0A 2YDSA 2GUYA 2A3CA 1U30A 4FLSA 3E1F1 5C71A 5ABEA 2VQTA 2ZXDA 3AHXA 2E8YA 2Z1KA 2QPSA 4WF7A 3GM8A 1HJVA 3O2LA 3UG3A 4E4PA 2RGLA 1C92A 4AD2A 3WH7A 2VX4A 3RILA 3A4AA 2J62A 4UFMA 4MAZA 4U31A 2PF0A 3WQ5A 3ZIZA 2VZVA 1GQJA 3MSDA 4HMEA 4HU0A 5GNZA 1WE5A 3AMLA 2VX6A 2UY4A 1E43A 2BNJA 3ARTA 4W86A 3EDDA 1ITXA 4WKFA 3SCRA 3WH9A 2MANA 2G41A 2JEPA 1FP9A 2GVYA 4J3VA 1UKSA 4GI6A 2D20A 1VB9A 3T0DA 2BV9A 2WYSA 3WF2A 1LLOA 3ZQ9A 2W92A 1V3MA 1QI4A 5EMYA 1ZJAA 2DSKA 2ZUMA 3D5HA 4U33A 3WDQA 3MMDA 1JD7A 1PAMA 2DH2A 2C8NA 3BC9A 4CU7A 1OB0A 4HZ7A 2BY2A 3QOKA 5IHSA 2XGIA 4W87A 4TUFA 2WZIA 1GZJA 2YL9A 5JBDA 1UUQA 3ZMRA 3AMDA 1C90A 2ZX7A 2A3AA 2O9OA 3PZTA 2WVTA 4UOZA 3WD3A 1J0IA 1E0VA 2DQXA 1EOKA 1LJYA 4AIUA 3WSUA 1H3GA 4GXPA 2C7FA 1E56A 1V0LA 2WHJA 2OYMA 4CVUA 4D72A 1OD0A 2CBVA 1G0CA 4D71A 2J7HA 1E4IA 2QLYA 1UD2A 4GINA 4AZ6A 3WDPP 2WWCA 4QLKA 1E6ZA 6A3HA 1WDPA 1EQCA 4JAWA 4R5EA 4UOJA 5E0FA 4AZHA 4HOWA 1MFVA 1NH6A 3ZM8A 5A8MA 3QGVA 1BTCA 5CLTA 1VFUA 4GO8A 1JAEA 1L0PA 1R86A 3PZUA 3SCOA 5A6BA 4A3HA 1B3WA 3AHTA 5EBAA 4CN6A 5CPQA 2Y2WA 1HL8A 2WLZA 2DT3A 1F4HA 4AZIA 4U2YA 4B16A 3FNDA 5I2UA 1WCGA 2CBUA 2NT0A 3RMEA 1GQLA 3L4WA 3GH7A 3SCWA 3KWXA 2BHYA 4UR9A 8A3HA 2VVNA 1R8LA 4J27A 2GSJA 4PUEA 3VGFA 2WB5A 3AXHA 1VFFA 1WZMA 3ALFA 1E72M 2G3MA 1E4LA 1HT6A 3EDKA 3VMPA 3RJYA 3SIMA 2E3ZA 1CWYA 2FH6A 4MTVA 2J7GA 3OB8A 4ATDA 2IXVA 2VOTA 1NOUA 3GXMA 4FK9A 4PCSA 2DSWA 5E9AA 3BAYA 2J75A 4M1RA 5CGMA 3AIWA 4OJYA 3L4XA 1E0XA 4YHEA 1E1FA 4OKDA 1RP9A 1RPKA 3L4YA 1O6IA 2JEQA 3CHCA 3CZJA 1MQPA 3L4TA 3ZR6A 2WCSA 3NUKA 1M53A 1BVNP 4QP0A 4F8XA 2VL4A 2VTFA 4CD7A 1Q6CA 1W9UA 4U5IA 5A2CA 2FH8A 4JFVA 3W6MA 2WVVA 1HJUA 5CZKA 4H7VA 1LL4A 5GQBA 3SCQA 3DYMA 3K1DA 3W0KA 1EXPA 4X0VA 4JHZA 3WUEA 5JIWA 3ZJ6A 3WD1A 5M03A 4S3JA 3ARVA 2W91A 2AMGA 1NM9A 2F61A 3K4AA 2J79A 4TTUA 2X0HA 2DT1A 5HPOA 1GHRA 4LGXA 2Y8KA 4PTWA 2OSYA 1RH9A 3CZ8A 1EOMA 3WMBA 4L4PA 1ZBKA 4Z2KA 1GOWA 3VM5A 1XYZA 1TA3B 4KWUA 3M46A 1OM0A 4FF5A 3RM9A 3M07A 5FIPA 4QLLA 4R27A 3WF3A 4Z2GA 3AICA 5TD4A 4PMXA 2DGAA 1E55A 1FA2A 3MS8A 3ARZA 5E0CA 1RP8A 4CCDA 2DPEA 3VDCA 2G3JA 1CGUA 3A4WA 2W4XA 3FHAA 4J7RA 1E15A 4PMNA 1QHZA 4V28A 1IV8A 3WF0A 4AMCA 1XCXA 1ODZA 1TR1A 1F4AA 4OOUA 2GJPA 1RD6A 3MANA 1CEOA 4AD0A 1WZKA 1I1XA 4N0RA 1KQZA 2VX5A 1QNOA 4GZEA 1CDGA 1UWRA 1BLIA 4MAVA 4J3WA 3WL1A 1OGSA 3W28A 1M7XA 2WKGA 4OZOA 4ATWA 1J12A 4IM4A 5JBEA 1ZB5A 1HJQA 4RE4A 4BQ2A 3LPGA 4UFIA 1CXLA 1V3HA 3ZJ8A 4J3XA 1US3A 1ITCA 2XFYA 5I77A 4V2XA 5JBFA 3FHQA 2CERA 1K6AA 3VD4A 1V6XA 2V5DA 1V02E 1W2VA 2XVPA 1PJ9A 2FDMA 1W3KA 2PWDA 4LYQA 3RJXA 2XSBA 3RO8A 1G9HA 1EDTA 2GJXA 1ECEA 4FMVA 1UR9A 3ALGA 3I3BA 3VIKA 3OLIA 3OLEA 3WF4A 1Y7VA 2JFEX 3TONA 3MUZ1 2VVSA 2ZUVA 3UCQA 2ZUNA 3GDBA 1E70M 2VQUA 5F7UA 1MQRA 3CUGA 4D1IA 1VEMA 3DHUA 4TVUA 4HZ6A 4BZYA 1WP6A 4UCFA 4PCTA 4PMVA 1V0MA 2WLYA 1UR0A 2WHMA 3MSGA 4XZBA 1W1VA 1GCYA 1C8YA 1JZ8A 3SUTA 3IAPA 1J0YA 1DWJM 1DEDA 4FLQA 3BAIA 4P7LA 3W27A 4F66A 4DWSA 1XD0A 1H0IA 1NWTA 2EEXA 2YDRA 2J7DA 3VX0A 4HOZA 1ZBCA 4W7UA 3WF1A 4CD8A 5D9MA 2UWFA 4P8XA 3VIGA 2WSKA 3ARRA 3VGDA 1Z32X 4A3YA 2VT0A 3KEHA 4PRWA 2D24A 3BAKA 2WPGA 3CUJA 4M8UA 5KEZA 1PIFA 3WH8A 3W82A 1LG1A 4UQ9A 1J11A 5D8ZA 4E2OA 5HDRA 1EIBA 5DF0A 3THDA 4Z2LA 3CUHA 2CITA 2XM2A 1B2YA 5ABGA 2BXZA 1CXIA 2EPNA 2VZSA 5GNXA 2PB1A 1E6RA 4W8BA 1QNSA 1QI0A 1Q6GA 3WBAA 1JFXA 3WY1A 3OA5A 2JE8A 4ACYA 3AYSA 1CLXA 3WDIA 1AMYA 2CYGA 4PYSA 1PX4A 2XFRA 3A47A 4X0NA 1XGZA 1I1WA 2ZICA 3ZT6A 4UFHA 4UFLA 5I0DA 3N1AA 4EANA 1EHAA 4MPKA 1GOOA 3ZSSA 4TXEA 5BRQA 4W93A 5CSUA 1KBBA 2BHZA 3VIHA 7A3HA 1NARA 5JUVA 3WMSA 1PEZA 3TP4A 2ZUWA 4IISA 3RDKA 3VGEA 5A95A 2W62A 3PTMA 3OLDA 5EFDA 3AIUA 2IUZA 3AHYA 2YA1A 5BCAA 1KBKA 4GI8A 3UEQA 4E8DA 3MV01 3AZSA 3BH4A 3NIYA 1K9TA 1JDDA 4FLOA 1E73M 2BY1A 3ZSTA 5A6AA 2CKSA 1XD1A 2O9RA 2WMIA 3DECA 2X05A 4XV0A 3ARXA 6TAAA 1DWGM 1ISVA 4D6FA 3PHAA 1OGBA 2XTKA 4W5ZA 1US2A 5D9OA 1B0IA 4Y7EA 4BF7A 1UQYA 2WCGA 2J8GA 1WB0A 5I3DA 2J78A 3SUSA 2IXUA 4H04A 1ISZA 2JIWA 3VD9A 2Y24A 1W3HA 3DYOA 4NRSA 2ZX5A 2QHAA 5E70A 3VILA 2YOCA 3AJ7A 2V3GA 1IT0A 3A4XA 1W3LA 1XH1A 1H11A 4XUYA 4MNMA 1LWJA 1NWUA 4JL2A 3T2OA 2XSAA 2WCAA 4CD5A 3AISA 3UR8A 1JZ6A 3UETA 3SCTA 2YL6A 3NSNA 1V6VA 2VRJA 2GK1B 1E4MM 3WNKA 4WK9A 3RM8A 3WQ6A 5AC4A 3K8KA 1CXEA 5LA2A 3PZVA 2X0YA 3W37A 4YHGA 1HKKA 1KCLA 1FP8A 5A8NA 1KWGA 2PBOA 1WDQA 5D9PA 1WKYA 1FH8A 2D0FA 4JHOA 2VC9A 2QF8A 1CGTA 4TVCA 3L4ZA 1QI5A 4HTYA 3PTKA 1OINA 5A69A 1GOKA 4BCEA 2X2YA 5KZ6A 4B9ZA 4LPCA 4AZ7A 3VGHA 3FAXA 2E9BA 2XIIA 4PSPA 1ZJBA 1O7AA 3OGRA 4W7VA 2EPMX 1BGAA 1B3VA 1MXDA 5ABHA 2JF6A 4F9JA 5BXPA 1V6WA 2CESA 1TUXA 3AIQA 4ZE5A 1VENA 5IHRA 1UKOA 4JKKA 1Q6DA 2VI0A 3CLWA 4GQQA 4X9YA 2ZE0A 5CQ1A 4GZJA 4J28A 1M03A 3J7HA 4PN2A 4AZCB 4HU8A 3VIIA 2D22A 1DHKA 3CO4A 2WVSA 3AQUA 4RL3A 3WL0A 3FXYA 3I3EA 2CBJA 1UA3A 2PWGA 3T0BA 3VM7A 1EDGA 2EXOA 3OBAA 4TOQA 2WZEA 4OBRA 5A6BD 2J74A 1W1TA 4D6JA 1X1NA 1SFSA 3VIFA 1H41A 3K8LA 4B9YA 2J47A 3CH9A 1JAKA 3VD5A 4DUWA 4UQDA 3MKKA 1EHNA 1QNRA 4QDMA 2J7CA 2QMKA 3GNOA 3NJ3A 3WH5A 4AWEA 4W8AA 3WUBA 4P8WA 3VOCA 4NF7A 5A3HA 1GQIA 1UZ1A 3AS3A 3GNPA 3GYCA 4JFWA 1CXFA 3BXWA 1AQMA 1UH3A 2CETA 3MO4A 4AD3A 3HU7A 2BS9A 4H8VA 4PEEA 3CUFA 4MB4A 3BMWA 1JZ7A 3T08A 3PTQA 1GJUA 1KXTA 1TCMA 2ZWZA 1NOFA 3N15A 3WQ4A 3CPUA 4QCFA 2CXGA 4UQBA 3AZTA 4E8CA 2W63A 3CMGA 4HA3A 2ZIDA 1HXJA 3WDJA 1WNOA 3SCSA 5D4YA 2XIBA 4IPLA 4ACZB 2VX7A 4UZUA 3T0AA 1H2JA 1UR1A 4B3LA 1MYRA 3UG5A 4FLRA 1SMAA 4UZSA 4PTXA 1N82A 1NWSA 5C70A 4NRRA 3BCFA 1J0HA 1HNYA 1UR8A 1PX3A 4MJ4A 4U3CA 3NSMA 1JNEA 2HVMA 4HP5A 4BQ4A 1W32A 2GDVA 1FHDA 2GFTA 4W89A 3CHDA 2BY0A 2VZOA 3HJEA 1E40A 1XSKA 4EAMA 4EK7A 1OIFA 1DWHM 1NP2A 3K46A 4LQ1A 2NSXA 4K68A 4PTVA 3BAWA 1ISXA 4MADA 1QNPA 3II1A 5M5DA 4MNJA 1HKJA 5LA1A 3UR7A 5AYIA 1KCKA 1E71M 4QLJA 5A2BA 2VCAA 1OT1A 2OYLA 3CZLA 1GVIA 4N42A 1OCQA 2CNCA 3BSHA 1LL6A 2DH3A 4PMYA 3OGSA 1HF6A 3U7BA 1C7TA 4U2ZA 1DWAM 1WO2A 4QFUA 2PWHA 1XC6A 2XVNA 1NOWA 2YLLA 3THCA 1EQPA 2EJ1A 1CENA 1V3KA 1HJSA 3SCPA 4EKJA 4JL1A 3WENA 5A8PA 4KRTA 3W29A 2OWWA 1MVYA 1GW1A 1MFUA 1JFHA 2VJXA 3OLGA 4HMCA 1MXGA 1GORA 3AIVA 2VCCA 3EYPA 1XSJA 1SYTA 1FHLA 1E4NA 3QOMA 2BVTA 4HZ8A 5IDIA 3L4UA 1C3FA 1C8XA 4JKLA 4CU6A 3WFZA 1LL7A 2YIHA 2V38A 3IJ7A 1DTUA 2WMHA 1JF5A 2Q8XA 3I3DA 1W9VA 3AHVA 4CGTA 2Z1SA 4U5KA 4JCLA 1L8NA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1XYC A;  2XIO A;  1W3T A;  2QJG A;  4WR3 A;  3HG4 A;  3HO8 A;  4FLS A;  3AHX A;  2E8Y A;  1RCX B;  1YXY A;  1HJV A;  4AD2 A;  3UWZ A;  5FF3 A;  2J62 A;  4U31 A;  3GKA A;  4HU0 A;  2JBM A;  1WE5 A;  3M43 A;  1PTD A;  3LDV A;  3AJX A;  3T0T A;  3TN3 A;  3EDD A;  1ITX A;  3SCR A;  3DN5 A;  2WQP A;  3GVV A;  2JEP A;  1FP9 A;  2GVY A;  3I68 A;  1ONW A;  4IGH A;  2CLF A;  4GVI A;  5LXE A;  3T0D A;  1RY8 A;  3G1A A;  2ZTJ A;  4DF2 A;  1V3M A;  4C6B A;  1OX6 A;  1W8G A;  1QI4 A;  1ZJA A;  2DSK A;  1IEI A;  2QEZ A;  3O8A A;  1PAM A;  1OB0 A;  4ZMG A;  4B5U A;  2BY2 A;  3R5E A;  4TIM A;  2F38 A;  1TV2 A;  5HQE A;  3VOF A;  4TUF A;  5HJL A;  1GZJ A;  2NQZ A;  4IXH A;  1UUQ A;  3FJN A;  1C90 A;  1BF6 A;  4KIE A;  3C52 A;  3GHU A;  3KZP A;  1L6F A;  2NQ9 A;  3UWU A;  3S2J A;  3E02 A;  1I4N A;  1SZF A;  4RE0 A;  1RCQ A;  3WSU A;  4DLM A;  1E56 A;  1V0L A;  4CVU A;  5BOO A;  3NO5 A;  3STF A;  4D71 A;  5LNV A;  1FY6 A;  1UD2 A;  1B4K A;  2WWC A;  4S2C A;  3LUT A;  4R53 A;  1URO A;  5LIW X;  4TQT A;  1WDP A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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4P7RA

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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