4PC8A

Structure-based protein engineering efforts on the scaffold of a monomeric triosephosphate isomerase yielding a sugar isomerase
Total Genus 91
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
91
sequence length
239
structure length
238
Chain Sequence
MSKPQPIAAANWKSGSPDSLSELIDLFNSTSINHDVQCVVASTFVHLAMTKERLSHPKFVIAALNAGNADALASLKDFGVNWIVLGHSERRWYYGETNEIVADKVAAAVASGFMVIACIGETLQERESGRTAVVVLTQIAAIAKKLKKADWAKVVIAYPVWAIGTGKVATPQQAQEAHALIRSWVSSKIGADVAGELRILYGGSVNGKNARTLYQQRDVNGFLAGLKPEFVDIIKATQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structures of two monomeric triosephosphate isomerase variants identified via a directed-evolution protocol selecting for L-arabinose isomerase activity.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ma21-TIM
molecule tags Isomerase
source organism Trypanosoma brucei brucei
total genus 91
structure length 238
sequence length 239
ec nomenclature ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date 2014-04-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4pc8A00
1PHWA 4OWGA 4MYXA 1TB3A 5DCBA 1SZFA 4O13A 3I6RA 1BEUA 1SSGA 3TC7A 2QEZA 1K03A 3TW6A 1B4EA 1YTKA 1DQXA 1ZNNA 2DZSA 2VEPA 3E49A 3TJLA 1ZHAA 1W54A 4JTUA 3PR2A 4FXSA 3TV8A 3TW7A 5HQEA 3T55A 4EOUA 4O1CA 5HR7A 1DV7A 2WSQA 3GXPA 1W56A 3OA3A 3QPYA 2A7NA 5BMWA 5FEWA 1A50A 4LC8A 4LW7A 1SFJA 4O0ZA 3W7JA 3S6DA 2QCFA 1GTHA 3MJYA 1VC4A 3CTLA 2O7QA 1LRQA 4FIRA 5AHLA 3MO7A 1LBLA 1F6PA 1KM2A 1TCDA 3CM4A 3WJZA 2ZTKA 3L68A 3NQ2A 4RLIA 4EF9A 2CLFA 4HNTA 7TIMA 4HT3A 3W7GA 3TSDA 5HWMA 4O16A 3T4CA 2VEKA 1SZGA 2FLIA 4HPJA 2QDGA 3EX4A 4AF0B 3M43A 1OX4A 4LVGA 3EX6A 3IIZA 1X6UA 2J6XA 4ICNA 2DZUA 2Q8LA 3DFOA 1SZNA 3L0KA 1LLZA 5DLCA 4UTLA 5KITA 2NZLA 4LY8A 5DBUA 4OE7A 2Y61A 3W1QA 1PCKA 4UCGA 3KOFA 1I45A 4WY0B 1SFLA 4TR9A 2JGQA 5AYYA 3GDKA 1EA0A 2CW6A 4KWWA 1K8YA 1ZAJA 4NNCA 4IPJA 3P5YA 4XUGA 5EBUA 1LOSA 1W0MA 3NL3A 1DVJA 2Z6IA 1NSJA 3IIXA 3DKJA 1BWLA 1D3GA 2QF7A 1IIGA 1W5PA 2YW4A 5G4WA 3L9CA 3G1DA 1GPWA 3NZRA 1XXXA 2YCEA 2FFCA 1Y0EA 4RCXA 4I7UA 3LI0A 1Z44A 3GR8A 2A5HA 1H50A 2VFEA 4TMBA 2YSWA 5F4WA 1TPC1 5BW6A 2GQ9A 2VEIA 4UTMA 2QCGA 1OVDA 3PY2A 4Q4KA 3A9IA 3TX9A 4WJEA 3W70A 1G6CA 5E93A 4A29A 2W6RA 3M5VA 3B04A 2ZDRA 2QKFA 5KSWA 1M7PA 3FJLA 2AAMA 4RX0A 2ALDA 3UY7A 4DO4A 4X22A 3IRDA 2QJHA 3KRUA 3GR7A 4NVTA 3STEA 3OEXA 4O57A 5K4ZA 3UWWA 3EEGA 1KTNA 1Q6OA 3A21A 2CLMA 4IQLA 3UWYA 1QO2A 1U5JA 3W07A 5A5WA 1HO1A 4FNUA 3UD6A 4DEFA 3NG3A 2OX1A 4O14A 3QQ1A 2WPBA 4ZQPA 1K7EA 5K9DA 3DHDA 1AMKA 1KM1A 2A85A 1I2QA 1U83A 2DJXA 1QR7A 2ZA3A 4LU0A 3W6YA 3UNDA 3W3OA 1IF2A 1ZALA 2E5DA 4UTIA 1YPFA 3C8FA 5I3HA 3S8HA 4MY9A 1YXCA 3BARA 3CB8A 3BG5A 4E2DA 3PVFA 1X1ZA 1UUOA 3S1VA 4CCCA 4POCA 5HR6A 5HWNA 5CZSA 1KTBA 2OT0A 4EF8A 4AVFA 1OF6A 5L9FA 4JICA 1FX6A 3O15A 3S42A 3HOJA 3TXZA 1EUAA 4CCEA 4GNJA 2QCMA 1MEWA 1PV8A 5K3VA 4CNOA 4UNKA 4UTJA 3QFEA 3MMTA 3VE7A 2R8WA 2Y85A 2V0TA 5DCEA 3NQ8A 1PS9A 2WV8A 3R8RA 3NPUA 5CKSA 2G96A 3CPRA 2Y7DA 5F2MA 4RZ4A 1W37A 1W3NA 4NJJA 1VRDA 3P84A 5K9XA 4U28A 2XFWA 2FDSA 3ATZA 5LGXA 4KKXA 3SJ3A 2A6LA 2DZWA 4IOTA 2ZRUA 3UZ5A 1W5NA 3GNDA 2DZPA 3ABRA 2A1YA 1B57A 2R91A 1NF7A 4UMBA 1ZY9A 1K8ZA 3MP3A 3NA8A 4K7YA 1QCWA 5D09A 5HJLA 1C8VA 1O95A 3M9YA 4JTKA 6ALDA 4UIOA 3TKFA 3QH2A 4Z1BA 1KM6A 3CQ0A 5F2GA 1UASA 3CU2A 2ZBTA 3L2IA 4FB7A 1LLWA 1I4NA 1A5CA 2Y89A 2Z1BA 3W7CA 2WNNA 2RDWA 3MBDA 2GUUA 3NNTA 1KBJA 2NX1A 4EIVA 4CNNA 3FA5A 1PIIA 3FEMA 3G3DA 1KFLA 3UWZA 3NAVA 4UR8A 1TMHA 1JR1A 2ZRZA 3CLMA 4O28A 2DZVA 3TDFA 4IXHA 2RDUA 1O4UA 2V8ZA 1WOBA 4O1DA 3YPIA 4YMZA 3W76A 2V2DA 5FF4A 5D2XA 1SO5A 2CZDA 3TR2A 3L5LA 4AB4A 3NGJA 2PRLA 4Y6GA 4RZ6A 1WAUA 4JTLA 1I2PA 3C2OA 1Q6LA 1FCBA 3R89A 1QOQA 1R2SA 1XBYA 2B7PA 5CPNA 3W1AA 3K30A 5KZEA 1PE1A 3NEVA 3TSBA 3O8AA 1R30A 2E6DA 3A5VA 3WK2A 3PG8A 5BOOA 1MEIA 2X2GA 3T40A 1VQTA 5AB3A 2QUUA 2C14A 1SSDA 1QPRA 3M1ZA 3M47A 3RU6A 4XTIA 3BW4A 3B06A 3C61A 1AL7A 4PA8A 4UFHA 1WBJA 5FESA 4RJEA 3UQNA 4K8HA 2VC6A 4BK9A 1P5BA 1O60A 2C0AA 3ATYA 4G1KA 1IXPA 3MBFA 3CWOX 1IIHA 4FF7A 4MUZA 5AHEA 3N2MA 3GLCA 2Z0IA 3O06A 5LHFA 2GOUA 1EWDA 3LBCA 1VLWA 3TJXA 1B3OA 4O52A 3DFSA 4FX8A 4MY1A 3F03K 1HUVA 4NNBA 4GJ1A 3TAKA 2HS6A 3FKRA 3V75A 3KVLA 4QJ1A 3PSVA 3NM1A 4UTHA 5LNSA 1XBXA 1LBMA 1XCFA 3C2EA 1G7UA 4AMAA 4YL2A 3W7LA 3GZ3A 1LBFA 3WK0A 5TIMA 3TK7A 4BR1A 3CHVA 2FPVA 3QQ0A 4MFDA 3W83A 3G1AA 1GTEA 4IGHA 3TAOA 2H6RA 3W1LA 1NFBA 2WQPA 3QF0A 3IEBA 3RMJA 2YW3A 5AFDA 1AK5A 2IQTA 3U2OA 4Y90A 3W2UA 4OT7A 3AJXA 2ATSA 2A0NA 2R14A 3G1SA 4LS1A 1FWWA 4RV8A 4CQ9A 4ZQRA 1J4EA 2QUTA 5CSSA 3VCRA 4JGDA 3W22A 4PTNA 1EUNA 2ZZ7A 1SW7A 3TE9A 4BI5A 3M41A 2B7OA 3EWZA 3SECA 4DO5A 2TMDA 3VKJA 4RXGA 3T7VA 2J9YA 4O15A 3I7SA 4LV9A 3W7MA 4GWEA 1TTJA 3PWAA 4GXMA 1PL9A 4O0KA 4LVDA 4S2CA 1TPH1 3TH6A 3W2LA 2OT1A 3LHUA 5LHEA 2PE4A 1GQNA 3NL2A 3S1UA 2JKAA 3T78A 4GBUA 1XDLA 3HG3A 2ZRYA 3LXCA 3ABSA 3PBVA 3W1RA 3W7OA 4JTHA 1A5BA 3UWQA 1GYLA 1TV5A 3W9ZA 3W7RA 3LRLA 4M7TA 2XN0A 4O4VA 4NX0A 4JS3A 3PUEA 1K7XA 1K3UA 3MHUA 3E12A 4IMEA 3L21A 4QSHA 5F2LA 3LHVA 4ZVJA 3F4WA 3DFPA 1FBAA 4WOZA 4HSNA 3IIOA 3EXRA 4AF0A 3WK3A 2ZZ4A 4UMAA 4ORIA 1A53A 1RQHA 1L2UA 1WXJA 4WUIA 5GVJA 3M7WA 4RK8A 4JD4A 2C3ZA 3MP5A 3NR0A 3KHJA 1I8JA 2B7QA 1KFEA 4NT0A 4HIBA 4R33A 3KRZA 1NVMA 2QUVA 3M16A 2FQIA 4LRTA 3DZ1A 4GC4A 4YWIA 3IIPA 1ME7A 2UV8G 5EA9A 4TX9A 3LHYA 4OQVA 4CCDA 3N2XA 3EXSA 1V5XA 4KFNA 1I2RA 4Z0SA 2DZTA 3MI3A 1P0NA 3UPWA 4MYAA 2RDTA 5C5YA 2Q3RA 1FWTA 3G8RA 1P4CA 4O1AA 1QPNA 5F1VA 4QNEA 4IUOA 4M6QA 3M44A 2B0MA 1YDVA 2PURA 2E1DA 4IPIA 1KV8A 4AH7A 4Q32A 2DJLA 3P5ZA 1FUYA 4XKYB 3HG5A 3G1HA 3GYEA 2BXVA 4BWLA 3KFTA 2Y7GA 3NQFA 3B8DA 4LTSA 4QIUA 1LTDA 1XM3A 3C6CA 3MHFA 3F1QA 1TPVA 2AGKA 4E2BA 3KAOA 4JTIA 2X1SA 4I9AA 1FDYA 5TBOA 1D3HA 2VXNA 3L67A 3LHWA 2QJGA 4OV4A 1XUUA 4LRSA 5FF0A 4ORMA 1TIMA 3MI2A 3EWXA 1HL2A 1YXDA 4B5NA 1QPOA 1ME9A 4GUJA 1JQXA 3ZFHA 3QJAA 1HG3A 3IV3A 2G95A 2J88A 3O16A 2CZFA 2NXGA 4QM1A 1O5KA 4IMGA 3KVMA 3SI9A 4C1KA 4BWLC 1GVRA 3LM7A 3P67A 5CZJA 3DFTA 4TO8A 3W7QA 5K9CA 3BO9A 4HNNA 1LP6A 4QAIA 3RK8A 1UBSA 3O6DA 3OVQA 3TQKA 4DPQA 1EPXA 2E68A 2H8ZA 5KZMA 1SZEA 1ME8A 5LNVA 1SO4A 1H7OA 3PUOA 4YCPA 5BRBA 4PCFA 4E38A 2CLHA 2EAWA 2WOQA 5LNWA 5HNRA 4GRSA 3MI6A 3W2MA 3EWWA 3NOEA 4JTGA 1T96A 1VR6A 3CC1A 4PODA 4LV4A 4IXXA 3TA6A 4WY0F 5C6MA 3GDLA 2W0UA 2VFDA 1OHLA 1W5OA 3M5ZA 3Q2DA 2WSRA 2FIQA 4D2JA 1XUZA 4RXFA 3MUXA 4JIPA 1DJQA 3G22A 1TTIA 4MOZA 3C3NA 1DBTA 1UJPA 3NQEA 1MO0A 3N34A 1H62A 3EB2A 1Z48A 4IMFA 3R5EA 1N8FA 3QMSA 3G1XA 3LCHA 1G7VA 4M19A 1JUEA 4R7JA 3IGUA 3W75A 4FNRA 3P7YA 5LGZA 3G1YA 1W3IA 1H60A 3H54A 2OCZA 2CFFA 3WJSA 2QCNA 4MLJA 3LERA 4WXZA 4JX5A 3O07A 3O6YX 2QCHA 3LLFA 1W8SA 2NXIA 3W2KA 3G8EA 1DJNA 3DKLA 5I3IA 3IIVA 4YCOA 2YXGA 4GE8A 3LX9A 4ZQCA 3SZ8A 1YTEA 3ZR4A 4ZZ9A 2YFNA 3CIWA 4JR5A 2CLEA 5H2ZA 3QEZA 4LNYA 3LCXA 2Z2UA 2Y7FA 3P60A 1SQ7A 1QPQA 4Q33A 2QR6A 5I3JA 5DXYA 4BF9A 2CU0A 5IBXA 1OF8A 4FO4A 4O12A 2NX3A 3ZS4A 3W73A 3QW4B 4N9EA 1VYPX 3A24A 1V7YA 4GUGA 3LCFA 1OFDA 3NQGA 2A2IA 3W85A 2YYTA 4ZL1A 4FHAA 5G4EA 4QISA 3PG9A 3V1PA 3G24A 2VENA 4IJBA 3GXNA 1OX5A 2YR1A 2X1TA 3FOKA 3W88A 1WV2A 1CI1A 3HGRA 3C2VA 3TCEA 5KINA 3INPA 2YX0A 1I2OA 1FCVA 4O50A 3C56A 5HUOA 3UPBA 4DF0A 1CW2A 5D33A 4N4QA 1FDZA 2ZCGA 4BFAA 5IBXC 3NQ7A 3LTYA 1KLYA 4AXKA 2ZRVA 4A22A 1DORA 4JTJA 3FYOA 3S5NA 3W23A 4UXDA 4UFMA 1O5XA 3I7RA 3LGEA 3QC3A 5G5IA 1HO4A 2Y6ZA 3RF9A 1I2NA 4LUIA 1L6WA 3EKLA 2ZQ0A 2P10A 4WXYA 4UTWA 1W31A 1EX5A 4M6PA 5D2WA 3ABQA 2NV1A 1A5AA 2E6FA 5U7SA 3W7KA 1GWJA 3UYCA 5TQLA 4Y8FA 1PHQA 4JDBA 1BWKA 1VS1A 1OFEA 2RFGA 4M7SA 5D2YA 2EKCA 3WFAA 1SU5A 1JUKA 4L4LA 3TQVA 1THFD 4OU1A 1FCUA 1H7PA 1QAPA 3HGJA 5C55A 3GAKA 4O11A 4IX2A 2NUXA 3W71A 3UWVA 3QM3A 3W7NA 2JKPA 3S0CA 4OGZA 3UXAA 5EKYA 3JRKA 2VEMA 1ICQA 4UTWC 3P8IA 2NV2A 2NX9A 3QPZA 1JJKA 1M5WA 1OYAA 2GVLA 3LCIA 5D30A 4IX0A 4DXVA 2RH9A 3LOTA 1R47A 5AHMA 5FEPA 4JTTA 2TPSA 1OFAA 1ALDA 3BG3A 3DFQA 1RZMA 3LV5A 3ELFA 3BPWA 5KZDA 3HPZA 4PL2A 2DZXA 3NQVA 2V9DA 3BLIA 4MY8A 1SPQA 2H8XA 4JTSA 2J9XA 3KX6A 1C9DA 3NPWA 1H5YA 4ONVA 4UTTA 4GUHA 4ADSA 3P74A 2X1RA 1VYSX 3E02A 4UTUA 2ISWA 1XKYA 3W2JA 4AHOA 4UR7A 4X9SA 3PB0A 3NPVA 2BX7A 1ZAIA 5CZ0A 1K8XA 2GQAA 4FX7A 4NNAA 4TMCA 3B0VC 3M5XA 1D9EA 3P62A 5CPMA 1EEPA 2Y62A 4MPQA 3L5MA 2GJNA 1O94A 1XC4A 1BTMA 1KM3A 4LVFA 1S3HA 4FNQA 4LVAA 1F05A 2ZFAA 1YLVA 3NQCA 2HS8A 1S5VA 3ZWSA 1LROA 3BGJA 4NXKA 4UTTC 4NUWA 4O18A 3BLEA 5K4XA 3MYOA 3TXVA 1OJXA 3EX2A 4J9JA 4ZQMA 2WJZA 3O63A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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