4PCFA

Structure-based protein engineering of a monomeric triosephosphate isomerase towards changing substrate specificity
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
238
structure length
234
Chain Sequence
SKPQPIAAANWKSSLSGLIDLFNSTSINHDVQCVVASTFVHLAMTKERLSHPKFVIAAQNAGNTDALASLKDFGVNWIVLGHFERRWYYGETNEIVADKVAAAVASGFMVIACIGETLQERESGRTAVVVLTQIAAIAKKLKKADWAKVVIAYEPVWAIGTGKVVTPQQAQEAHALIRSWVSSKIGADVAGELRILYGGSVNGKNARTLYQQRDVNGFLAGLKPEFVDIIKATQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structures of two monomeric triosephosphate isomerase variants identified via a directed-evolution protocol selecting for L-arabinose isomerase activity.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ma18-TIM
molecule tags Isomerase
source organism Trypanosoma brucei brucei
total genus 84
structure length 234
sequence length 238
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date 2014-04-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4pcfA00
3CB8A 1P0NA 3KRZA 5E93A 5DCEA 3HPXA 3QPYA 1BTMA 1LOSA 3A9IA 3L5MA 3B0UX 2X16A 1A5SA 4N6FA 2H8XA 2JKAA 5F2IA 5HQEA 1WV2A 2A6NA 4GWEA 3AO0A 2YYUA 1TV8A 4WOZA 4C1LA 4O11A 1IXQA 1I2NA 1OX5A 1XFBA 3W22A 3TW6A 4HT3A 5AFDA 4XZ9A 4R33A 1LRQA 1TSIA 1GJPA 5A5WA 1SZEA 2P10A 3PY2A 3BARA 3DGRA 1OX6A 1H63A 1W0MA 3OIXA 3R13A 3E0IA 5AHIA 1EIXA 1EP3A 4I7VA 1KBIA 2X1RA 5H91A 1KLYA 2J88A 4AHPA 4Z1CA 4IOTA 3AJXA 5HULA 1VC4A 1FCVA 3KFTA 4UNKA 5D33A 3QC3A 3T4CA 1OFDA 1FCQA 4IWWA 4DO5A 1Q6QA 2JK2A 4ONVA 4JTIA 4MY9A 3GDKA 3GX9A 2XN2A 1WXJA 3LBCA 1DBTA 1B4KA 4KWWA 4GNJA 3NL5A 1YXDA 2JGYA 3QYQA 5C6MA 1GVQA 1MEIA 4PODA 3QH2A 4TX9A 1TPC1 2YW3A 4UMCA 4AB4A 3PB0A 4JTHA 3HB9A 3VNDA 1DOSA 1TTPA 5CPLA 4M19A 1FWWA 1VR6A 3L0NA 4JTUA 1R2TA 5DY2A 4WJEA 3VE7A 3P61A 4IPIA 1SSDA 2VEMA 2WOQA 1ADOA 2C16A 4UTJA 4TMCA 3W2UA 3LX9A 1NFBA 1SFJA 3CT7A 2A4AA 4UC5A 1N7KA 3B04A 5FF0A 4IMFA 1JQVA 2WJZA 4HNUA 3QRHA 1F05A 2Z6JA 5AHMA 5EY5A 4IX2A 3FA5A 1PE1A 3STGA 4UMAA 1RD5A 2YW4A 1MEWA 4LVFA 3ATYA 5D2VA 4AHOA 3B05A 3L66A 1AK5A 3P5ZA 4NX0A 3LTSA 1YPIA 5I3KA 4NX5A 4LS2A 5I3FA 1G4TA 2QCNA 3O1NA 4IGHA 1TPUA 5E0KA 3UXAA 1KV5A 4JY9A 1X1OA 2Y7FA 1O5XA 3W1XA 1H51A 1K7FA 2Y7GA 3P8JA 1B9BA 3WFAA 3EX2A 4PA8A 2Y7DA 4L4LA 4ZMGA 3ZS4A 1ICPA 4ZZ9A 3L5AA 2ABAA 3N2MA 5KITA 1C29A 1T0OA 1H5YA 4UTTA 3FIGA 4O1BA 1M5WA 2GJNA 2ISWA 2VEKA 5E1QA 2QCDA 3Q94A 4GXMA 3NQDA 1DJQA 4I9AA 3N9RA 3L21A 4P2VA 1H7XA 3G0XA 1K7XA 2E09A 4GUFA 2B7OA 1KTBA 3QQ0A 4PH6A 4DPQA 1G69A 4XTIA 3GR8A 3CEPA 3B06A 4IMCA 1TTJA 1QNVA 3QSTA 3MP3A 3G1DA 3PBVA 1IXNA 1IGSA 3IGUA 2X2GA 4FNSA 2A0NA 5IM51 2DZTA 3DHDA 3O6DA 4JDYA 1PIIA 3DAQA 2WO5A 1FWTA 1OYBA 1JVNA 3EX4A 3UWZA 1EUNA 1DKWA 3THAA 3SSJA 2GPTA 3W7DA 1L2UA 2FJKA 3TX9A 2WKJA 3LTYA 1JUEA 4MKNA 5LHEA 1NF0A 1KFBA 2V81A 5FESA 2TPSA 1RV8A 2Q3OA 4UFJA 1Y0EA 2Y63A 3R5EA 1V5XA 2C15A 2A21A 1QCWA 3FEMA 1ICSA 2ZFAA 3WK1A 3PC0A 1DVJA 5BMWA 3U6WA 3HMJG 3STEA 4AXKA 1QR7A 3ABRA 3MP4A 1FBAA 1H7NA 3EXSA 3W7PA 5AYYA 4JYEA 3EB2A 4QQ3A 3EXRA 1V7YA 2RFGA 5D04C 3TC7A 4I7UA 3LI0A 2JGQA 2QJIA 4TO8A 2GJLA 4XBKA 1KFJA 3INPA 5HWJA 3CIXA 4LRSA 1XCFA 1VS1A 4RCXA 5F4WA 1TJPA 1CW2A 1EX5A 5AHLA 2ZYFA 1SW7A 4WY0B 3UPWA 3GYEA 4JS3A 4R53A 4NJJA 4AWSA 2I1OA 4UFKA 3W2KA 1G4SA 4G1KA 1FDJA 1TQJA 3MJYA 1K03A 4RXGA 2DZVA 5GVJA 3TQ0A 1VLIA 2W0UA 2XFWA 3QMRA 5LNVA 4QNWA 5EBUA 2Y70A 5HWMA 2NX3A 3UYCA 3DKJA 3S1XA 3TSMA 3M41A 1XBXA 3E02A 5KSWA 4WOQA 4K6AA 4FNRA 3OHIA 3P5YA 2WNZA 2D73A 2QJGA 1GWJA 1IF2A 2C6QA 4LW7A 3O63A 2HS6A 3NZRA 3SFKA 1H60A 2QEZA 3ELFA 3WJSA 3IIZA 1GYNA 1MSSA 1W56A 3M43A 3A23A 3CC1A 2V5LA 1XKYA 5CZTA 1BEUA 5AC7A 1F6KA 4FXSA 4ADSA 3KRSA 3JR2A 3MI2A 1SR9A 3W7CA 1RVGA 2QCCA 3GK0A 2A1YA 3R8RA 1VPXA 2V9DA 4WQ6A 3O07A 2VOMA 3BW3A 2O7SA 4EIVA 3ABQA 1I2PA 4LS1A 5FF7A 4I7WA 4PL1A 3W2MA 3I7QA 2GVLA 5C2XA 3LHVA 5A8GA 4OV9A 1QOPA 2A6LA 3GZ3A 3N9SA 3TJXA 2FPYA 4UTKA 3NEVA 3NL6A 1EWDA 3UNDA 4A21A 2ZRWA 3W7RA 2YZRA 1JULA 4YCOA 1QAPA 4UFMA 4JX4A 1Z48A 3MWAA 4IMGA 4UXDA 2B7QA 1RQBA 3W74A 3HGSA 3CIWA 1J4EA 1TJRA 1L6WA 3EXTA 1I2QA 4CCCA 3NG3A 5CZSA 3A22A 4AVFA 3G8RA 2FTPA 1VHNA 3W1UA 2ALDA 4CCEA 1MEHA 3BW4A 4JX6A 4JTEA 1EP2A 2CLEA 3TSBA 1GG0A 2CW6A 1GVSA 4W9TA 4NJKA 1QFEA 3G1AA 5K4ZA 5F4XA 3UZ5A 2V30A 4HIBA 3NVTA 3MHUA 2NWSA 3LDVA 3IRDA 3P60A 5DY3A 4ORMA 4Y8FA 3JRKA 1L9WA 2QDGA 3LXBA 4MLRA 4FX7A 5D30A 3FJ6A 4TR9A 3T7VA 3G3DA 1T8XA 4ZQMA 3EX3A 3V75A 3LBMA 4GUGA 4QISA 4LY8A 2EF9A 3TXZA 2LLEA 4O19A 2A2IA 4H6KA 3DBPA 5D03A 4YCPA 3TV8A 2WPBA 1AL7A 1FUYA 4K8HA 3TR2A 1F7BA 5CPOA 3STCA 2DZUA 2B7PA 3RK8A 1QPRA 3THQA 3LERA 1U5JA 2ATSA 4MZ1A 5DN1A 1Z44A 5G1TA 1O95A 1RQEA 3SI9A 1JQXA 1QOQA 4DBEA 1H7WA 5HR6A 3N73A 3RF9A 1X8FA 2C13A 3IVUA 3R12A 4LVAA 3QSRA 3CHVA 4RV8A 2WSRA 3UWQA 4MJZA 1OABA 1W5NA 4UTTC 1TPH1 1W5PA 3N2XA 6ALDA 5LHFA 1HL2A 1VYRA 1LDCA 1YXCA 3FFSA 2R8WA 3E12A 4JX5A 1SSGA 4Z1BA 1NVMA 3DI0A 2QKFA 2ZRUA 2G97A 1ICQA 1M7OA 4YXGA 4TU1A 4MY1A 5LNWA 4IXHA 3HIJA 1TCDA 4O0ZA 4NXKA 3WK3A 3UWYA 3BK0A 4ZQCA 4PC8A 4QIUA 1T99A 3R89A 3PM6A 2HS8A 3W6YA 1VRDA 2BWGA 3LM7A 2QUVA 3P84A 1DJNA 3B03A 4O28A 4Y90A 1HO4A 4DO4A 2ZA3A 3M5VA 4MZYA 3W9ZA 3FJLA 1FWRA 4O4VA 3F03K 3SR7A 2ZZ7A 4JICA 1P4CA 1LBLA 4MOZA 5G2HA 4YLWA 4FB7A 2VEIA 3W71A 3A5FA 4AH7A 4NQ1A 3W1LA 4AF0A 4WUIA 4BK9A 2GQ9A 4K36A 1GVFA 1WDWA 1UUMA 4NNAA 2W6RA 2FDSA 4HNNA 4NXSA 3M5ZA 3KOFA 3CWNA 1W3NA 5CPMA 3LLFA 1GTEA 1QMLA 4BR1A 3GKFA 3WJXA 4KKXA 1EP1A 3EWXA 1EUAA 1JCJA 5CG7A 3P74A 4XTDA 1HFBA 3C4UA 4YWIA 4FX8A 1OVDA 3C8FA 1H7RA 5AHNA 4UIOA 2DP3A 1QPNA 1ZNNA 4XUGA 1RQHA 5BW6A 1WBJA 4MVAA 2FPTA 3W85A 1XXXA 4ZVJA 5MHBA 2QCGA 2DJLA 4E2DA 3F1QA 1Z42A 1G67A 2BTMA 1TB3A 2YCEA 2V0TA 2V82A 3MYPA 4CQAA 1QPOA 1FDYA 4JEQA 1JCMP 3IVSA 2PRHA 3W7QA 1O4UA 3B8DA 3LCIA 4KFPA 5EA9A 5HWNA 3RLUA 3L68A 2Q8LA 5DCDA 3F4WA 1KFEA 2NXIA 1ALDA 3LCHA 1OX4A 4MYXA 3W75A 1IIGA 2V2HA 3G18A 5G2WA 4BWLA 4OGZA 3RLVA 4JTGA 1E51A 2YFNA 2V5BA 1HUVA 1FXPA 4JD4A 3GDRA 4GE8A 4JTTA 4Q32A 2CU0A 2RH9A 2QCFA 3S1VA 1IXPA 3HG5A 3MW7A 3T55A 5C5YA 2NV2A 2PE4A 1TREA 1JCNA 4FHAA 3OEXA 3KVJA 1TO3A 1H1YA 1TQXA 3C52A 2Y62A 5IBXC 4RK8A 1SO4A 4K38A 3W88A 1YYAA 4O1AA 1Q6OA 2PCQA 1DQWA 2NUWA 2FPVA 3LCXA 4A22A 3NA8A 3G3MA 5HMSA 4LU0A 4RKAA 1KM2A 1SZFA 1LROA 1KFKA 2GUUA 2QCDB 3NAVA 4WXZA 1NAL1 3EWUA 3W7GA 1WOAA 4GRSA 3P62A 2GQAA 3M9YA 1TPDA 1TRDA 1T96A 3CWOX 3L9CA 1LP6A 4LUIA 4GJ1A 4PL2A 4N4QA 4O57A 4Z08A 2NUYA 3KVLA 2HMCA 2Y61A 4EF9A 3S5NA 4NZJA 2NXGA 1L6YA 1VYPX 3EKZA 1FY6A 3NPXA 1A5AA 1KFLA 5F2GA 3UPBA 3G0SA 4MIMA 3UZJA 3M1ZA 1LZOA 4ALDA 1TPEA 1ZFJA 4Y96A 2RKXA 2VFGA 2CZEA 4FNUA 1XDMA 4MYAA 2E5BA 2VFFA 5DXXA 5K4XA 2VENA 5FF4A 1ZAIA 3PULA 1LTDA 3LHZA 4HN4A 1LLWA 3QZEA 3PF3A 4KFOA 3EWWA 4XBSA 2C1HA 1GVOA 4LVBA 2FB3A 1ONRA 2PRLA 5C55A 3QMTA 3M0ZA 3PAJA 3C2OA 3Q58A 5CZ0A 4DF2A 3SJ3A 2OT1A 3W7MA 3TAKA 3PBUA 1SUXA 5D2XA 1GG1A 5EMUA 3H53A 5TBOA 4JTJA 2Z1BA 2J6XA 4LVDA 2A7RA 5CGQA 4OBTA 3HPSA 1H62A 4JY8A 3GXPA 3HOJA 5LGXA 4Z0SA 3W1PA 1Z41A 5D02A 1DHPA 2QUTA 3SECA 2CLFA 3MO7A 3IIOA 2NXHA 4O52A 3NQVA 3BG9A 1B4EA 2GVJA 4NNBA 1XUZA 1DL3A 5LNSA 2ZRVA 3LOTA 4NVTA 4UFHA 4RX0A 1J2WA 3O6YX 3KX6A 3FYPA 4O10A 1ME7A 2ZRYA 3O8AA 4H4IA 5BOOA 1KFCA 3LXAA 3S1UA 5D2YA 1O60A 2YGYA 4O17A 1VH7A 2DZWA 5I3IA 1G4PA 2ATMA 1K7EA 2BX7A 3NL3A 3WJYA 1Q45A 4U28A 2CWNA 4HPXA 1H7OA 2WSQA 3M5YA 2QCHA 3H55A 1ZENA 5ABTA 4A2RA 3HGJA 1KV8A 1NEYA 2QR6A 4OV4A 3QJAA 3W76A 1W8SA 2VEPA 4X3ZA 4QM1A 1OFOA 1HO1A 4LV4A 3GDMA 1KM1A 5DBTA 3MHFA 1KM6A 4X22A 5BMXA 1JR1A 2ZZ6A 3P80A 2Y85A 1S3HA 2PRMA 4DQWA 4CCDA 1UBSA 5J5DA 2ZA1A 3LHYA 2NUXA 4BI7A 5SWUA 3UXDA 3MI3A 1LRNA 4CNOA 1Q6LA 3L67A 3P81A 3HG3A 3W2LA 4GUIA 3S5OA 5LKYA 3UWVA 4UTUA 3OVPA 1EA0A 3T40A 1QDSA 2CLKA 3LTPA 1SW0A 5DELA 4PEKA 2EGZA 1QO5A 2ZRZA 1S5VA 4NU7A 4O15A 4K7VA 2X1TA 1KA9F 1ML1A 3Q37A 1TRIA 4S2CA 1H61A 4Z1AA 2YR1A 4QITA 3W2JA 4XKYA 3LGEA 2H3BA 1G6CA 3L5LA 3IIVA 4OQVA 1TMHA 4MUZA 4WY0F 3TUUA 2ZTJA 2WSYA 3W70A 2Q8ZA 1W1ZA 1LCOA 3OG3A 3QFEA 1FQ0A 1ME9A 2DJXA 1FWSA 1G4EA 3W7HA 4IX0A 5D05A 2Y6ZA 3L0GA 3QPZA 1OFBA 3GIYA 3QMSA 1WA3A 3DI1A 1I2RA 3W7EA 1FCBA 2ZDRA 2QF7A 1XI3A 1RR2A 2C3ZA 3NPUA 4EOUA 1TV5A 2I9EA 3GVGA 4BWLC 4LTSA 4ADTA 4UR8A 3DENA 1JJKA 2RHGA 3W7JA 3C6CA 1CX9A 4LV9A 4QSHA 4UTHA 3DFQA 3HF3A 1JUKA 1YDVA 3WK2A 2ZZ3A 3I68A 3NQCA 3CTLA 4NNCA 5CSSA 5CPNA 1PCWA 4N9CA 2DZXA 3WK0A 3LCWA 1UB3A 4AWUA 2ISVA 2V2CA 1GPWA 2RDUA 3MBFA 4ORIA 1PHWA 1DORA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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