4PEKA

Crystal structure of a computationally designed retro-aldolase, ra114.3
Total Genus 96
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
96
sequence length
246
structure length
246
Chain Sequence
PRYLKGWLEDVVQLSLRRPSVRASRQRPIISLNERILEFNKRNITAIIAEYKRKDPSGLDVERDPIEYAKFMERYAVGLFISTEEKYFNGSYETLRKIASSVSIPILMYDFIVKESQIDDAYNLGADTVALIVKILTERELESLLEYARSYGMEPLIIINDENDLDIALRIGARFIGIAARDWETGEINKENQRKLISMIPSNVVKVAKEGISERNEIEELRKLGVNAFLIGSSLMRNPEKIKELI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title De novo-designed enzymes as small-molecule-regulated fluorescence imaging tags and fluorescent reporters.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Retro-aldolase
molecule tags Lyase
source organism Artificial gene
total genus 96
structure length 246
sequence length 246
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-04-23
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4pekA00
1OFPA 2ZRYA 4UCGA 2H90A 2ZRZA 3UZJA 1IXQA 3LHWA 4O1CA 2FB3A 4N2YA 4ZQRA 3TJXA 3W7PA 4UMAA 3EWUA 4RJEA 3P74A 2J9YA 3O15A 4GUHA 2NX3A 1W1ZA 2CZ5A 1YPIA 2ISSA 2GVGA 5D05A 1YXCA 4Y6GA 4AWUA 4WX2A 3M5VA 1Q6LA 4U28A 5HMSA 3T4CA 5DN1A 5F2MA 4HNUA 3CWNA 1S5VA 1PIIA 5F4SA 3LHZA 3STCA 4BWLC 3DFPA 3KRUA 3HGRA 2YSWA 3P62A 3MJYA 1M6JA 4QIUA 2KZHA 1PL9A 2R14A 1F05A 4LC8A 2YDAA 2Y63A 3JR2A 5HR6A 1Q6QA 4XUGA 3QFEA 3NZRA 3QH2A 1LYXA 2E77A 1UUMA 1A5BA 5IBXC 2VFFA 5K4XA 2Y85A 3EB2A 3LRKA 3LTYA 3EXRA 4UTTA 3VCRA 1WAUA 4LVAA 4ZMGA 1XDMA 3G18A 1SPQA 1K02A 5DCBA 3WK2A 4EIVA 1W3IA 3PG9A 3PG8A 1SU5A 4JTHA 5IBXA 5U4NA 1AW5A 2YR1A 4EVZA 3N9SA 1P1XA 1ICSA 2E5DA 1RQBA 5CPLA 2A7PA 2I9EA 1OFRA 2NWSA 1OFEA 4Y90A 2QUTA 1LTDA 3HG2A 1OYAA 3S5ZA 2VEIA 2BXVA 3MHUA 2BLEA 3G0SA 4AHQA 4BFAA 1MXSA 1SZEA 1FDYA 1L6WA 1S5WA 3CWOX 3DI0A 1XBVA 1OVDA 3G1YA 3DFQA 2H8XA 3EKZA 3DKLA 4NJKA 1KM4A 3PULA 4HSNA 2WJZA 4P2VA 4D2JA 2ZDRA 1QR7A 1YTEA 4NX5A 1PE1A 4NVTA 3LOTA 1EUNA 1MEIA 4A2RA 4PL1A 1QWGA 3BO9A 1R30A 3M5ZA 3P8IA 2RH9A 4YL2A 3NQEA 4NJHA 2YFOA 1KM6A 5KZDA 3O07A 4LU0A 3QRHA 1Y0EA 1UBSA 4DO4A 1ALDA 2C14A 4ZQOA 2GVJA 1XXXA 1SZNA 2R8WA 5K9DA 3L66A 3HB9A 4MYXA 5D2YA 4LNYA 3W1MA 1FCQA 3OVQA 3C2OA 5AYYA 3LCIA 3S6DA 4O54A 3FEMA 1FWNA 2Y7DA 4I7UA 2QAPA 4JX4A 3PBUA 3DHFA 4IMGA 5FESA 2CLOA 1Z48A 4ZZ9A 1JCMP 1O5KA 3IV3A 4MJMA 4FNUA 4NUWA 5AHFA 3PBYA 3TSDA 1OFDA 1UASA 3NQ7A 5CPNA 5F2GA 3CEUA 4RX0A 1ZAIA 1L2UA 2H8ZA 3TROA 4GWEA 1PHWA 3HO8A 2V5LA 2E6DA 4TX9A 3EX6A 5KITA 1BWKA 4ADTA 5K2ZA 5L9FA 5FF7A 3NQDA 3N73A 4I7WA 1S5TA 1I2OA 1JUBA 1BWLA 1MEHA 3NQVA 4UFMA 4O16A 3UWVA 3A5VA 1B4EA 4UFKA 2CWNA 5I3FA 5E93A 3UPWA 3PM6A 3L67A 3GKFA 1TPH1 1VC4A 5F2IA 3TE9A 3ANYA 3RLUA 1WQ5A 4Y96A 1KFCA 3PF3A 4IMCA 3LGEA 4A29A 2VEPA 2ZQ0A 3NQ8A 3I7RA 4AF0B 3W1PA 5CSRA 3GYEA 2G96A 2ZA2A 3GAYA 1W5OA 3LRMA 4FIRA 3CHVA 1EWDA 1QO2A 4OQVA 5EA9A 3RFAA 4WY0F 4O0ZA 4OT7A 4UTWC 4Z0JA 3DFOA 1DVJA 2O7QA 3G1AA 1XBZA 1YXDA 1AW1A 2JK2A 3MW7A 1S3HA 1TJPA 1T96A 1X1OA 1OG0A 1WOAA 2CLMA 2ABAA 4LVGA 2WOQA 3N19B 4UTWA 3RF9A 3ABQA 2C6QA 4I7VA 2RDWA 1FDJA 1VQTA 3W7DA 2QUUA 4IX0A 2X16A 4JGDA 2VENA 1AG1O 2QJHA 3LTSA 3NPVA 2QCLA 3STEA 1YTDA 4HNNA 2CLEA 4PA8A 4BI7A 5D2TA 1DQXA 1YDNA 2J6XA 2QCGA 1ZENA 2A6NA 4L4MA 3L2IA 3FJ6A 3LCFA 4FXSA 3W2JA 2CLFA 2DJXA 5AHMA 1WA3A 4MZ8A 2PURA 5HUOA 3TDFA 2V8ZA 3PY2A 1KW1A 3W7JA 4CLMA 4HIBA 4OV9A 2B7QA 4MFEA 2YW3A 3B8DA 1B57A 1EX5A 1H51A 3SGUA 2YPIA 5DCEA 3Q37A 4LS2A 1F7BA 4FNRA 2NXHA 2P1FA 1G69A 1VJIA 3SGZA 1D9EA 5C55A 1AK5A 5E0KA 5KZMA 1JVNA 4W9TA 4RZ4A 3G0UA 3HGOA 1DJNA 3N34A 3M5XA 1LOQA 3IVSA 1TV7A 1OHLA 3HPSA 1GTEA 3LBMA 2X1TA 5CZJA 1J2WA 2VEMA 1XL9A 1SO6A 5HUPA 1O95A 4HKPA 3NQGA 2PRLA 3EWZA 1WBHA 4GRSA 2OJPA 1TMHA 3DU0A 1GVSA 3M5YA 3SZ8A 4RLIA 3M47A 3C6CA 5TQLA 1JCXA 1W3TA 2GUUA 1G7VA 2EGZA 4DO6A 4OGZA 1TPC1 1ZFJA 2QCCA 5D09A 4JDBA 1FWSA 4JN6A 4AWSA 1H60A 1MEWA 4C1LA 1VYPX 2VEKA 1F6PA 1GTHA 3NG3A 3N9RA 3S1XA 1ZHAA 2D73A 2DZUA 1G4PA 4A22A 1VZWA 1FCVA 2NXGA 1B9BA 2ZBTA 3O16A 2V2CA 3QM3A 4HN4A 2CLHA 2X30A 3C52A 3FJLA 1VPXA 1O4UA 3G8RA 3W7RA 1OJXA 1A53A 4UTKA 1XFBA 3RU6A 4QITA 1VYRA 3MP4A 1OK4A 3QMSA 4FIQA 5EL1A 1DL3A 4PEKA 2J9ZA 5FF2A 3PVFA 5G4EA 1TTPA 3QQ1A 1TPFA 2YXGA 5DELA 1AL8A 3UWYA 3TAKA 5AB3A 1P0KA 4HSOA 3N2MA 3C2RA 3H54A 4LVDA 5I3KA 3E96A 4I9AA 2YW4A 4MKNA 2QR6A 3ZWSA 1GG1A 2XN2A 3IGXA 4CCCA 4JTEA 3EWXA 3P61A 1MZHA 3G3DA 4FX7A 1L6SA 1LRTA 3ABSA 2RDUA 3MBFA 3W88A 5AC6A 3G24A 2ZZ2A 3C0JA 1WOBA 1TRIA 3DXIA 2ZA1A 3QEZA 3LBCA 4AB4A 5LGXA 1XUZA 4JIPA 4IXXA 3STFA 5CPMA 3BLIA 2V81A 1BKSA 4TO8A 2V5BA 2TMDA 2FB2A 3IIOA 1KFJA 3U8GA 3N3MA 2QDGA 3QMTA 4X22A 4AXKA 3MYPA 1GVOA 1G4EA 3VE9A 4O19A 5CZTA 4UTMA 3SJ3A 3KRSA 4LW7A 2QCDA 2FLIA 4Z1AA 4NQ1A 3S1WA 4GBUA 3TUUA 3GXNA 3TKFA 4NZFA 4LUJA 4O17A 3CIWA 4UR8A 3C8FA 4K37A 1FWRA 4M6PA 3RLVA 1TSIA 3GX9A 1GYNA 3DENA 4JNMA 4UNKA 1SO5A 3W70A 4NXKA 3MBDA 4JIQA 1K7XA 4OE7A 3N2XA 1HUVA 3FYPA 2AQWA 1JR1A 1NSJA 5H2ZA 3TK7A 4PL2A 3IIZA 3UQNA 3G8EA 3RNDA 4HT3A 3W2LA 3KXQA 4O14A 2J9XA 4G1KA 5D32A 4MY1A 2Y61A 6TIMA 3FKKA 1XM3A 1WBJA 3EXSA 4R53A 1SZFA 4TMCA 2P10A 1L6YA 3VI2A 2OT1A 3WK1A 2B7NA 3B4UA 1I2NA 3M1ZA 1G67A 1G4TA 2V2HA 1LOSA 4UTLA 1U5JA 3EKLA 1ADOA 1EUAA 5G2IA 4Z0SA 3MP3A 3V75A 2PRHA 3M7WA 3FA5A 4IX2A 1IF2A 2CLIA 3M44A 4KKXA 3N14A 1PHQA 1X7FA 3E02A 4JTLA 4LRTA 1KLZA 4ICNA 4FHAA 5LKYA 4XZ9A 2NUXA 2TPSA 4KFOA 1QPQA 1DJQA 3NNTA 1KFBA 5C6MA 2ZRWA 3NPUA 1TPWA 3KRZA 5MHBA 2QCFA 2A4AA 2QKFA 2GQ8A 5LNVA 4AHPA 1TB3A 3LTPA 3LERA 1FBAA 2ZZ1A 2O7SA 1AL7A 2Y7EA 2J27A 3LV5A 2QEZA 3PC0A 3GAKA 1G4SA 4K8EA 3A21A 4IWWA 4O12A 4YCOA 1RPXA 2NWRA 4JD4A 3G1FA 2OMAA 3MHGA 1M5WA 3IRDA 2ABBA 1KTBA 1VHCA 1W5NA 2A6LA 1YLVA 5AHLA 3YPIA 2JGQA 3R12A 2V0TA 1RV8A 4RKAA 1YTKA 2B0MA 3CPRA 4BF9A 3LHTA 1F74A 4M7TA 4BWLA 5HWJA 2OT0A 1XDLA 1N7KA 3HMJG 3TA6A 1H1YA 1RVGA 1C29A 1NEYA 2BTMA 3SR7A 4X3ZA 3S5OA 1FWTA 2ZZ7A 1M7OA 2W0UA 3NQCA 4Q4KA 2ZRXA 3NQ6A 3BG9A 4HPJA 5FEWA 5BW6A 1FX6A 3S1UA 2CZEA 4BR1A 4C1KA 3L68A 3PB2A 1OX4A 4PC8A 4DBEA 2X1RA 3B03A 1IIGA 4IXHA 1SW3A 1KFEA 1OFQA 4K6AA 4AEOA 3A9IA 3DFTA 3HG4A 5EY5A 4DF2A 1VLIA 1WXJA 3F4WA 4UFLA 4CCEA 3M43A 2JKPA 3G1SA 5EPDA 1J5TA 3WJZA 3BGJA 1HL2A 5L6UA 2PCQA 1TPDA 3RK8A 2P0OA 3TFCA 3CEPA 2C18A 5D2WA 4ADUA 3GDTA 4MZYA 4N6EA 1TYGA 3KFTA 2GQ9A 3W2UA 1YDVA 2CW6A 4K36A 3W76A 3W7IA 2WPBA 4QNEA 3NQAA 3BW2A 1LROA 2ZCGA 3C4UA 3EX4A 4JEQA 1SZGA 4ZQCA 4LVBA 5DY3A 1QNVA 3DBPA 1LRNA 1OFOA 4NNCA 1W5PA 2Y89A 3Q58A 3I68A 3W1TA 2H3BA 3TSBA 3NYZA 1ZAHA 3UYCA 5DXXA 3JRKA 3W83A 3SECA 4IJBA 1MO0A 1W54A 2WSQA 3TSMA 3L0GA 4O15A 3W84A 5A5WA 1H7OA 4KFNA 4N9BA 4S2CA 4JYFA 3DKJA 3INPA 3QZEA 3KOFA 1GYLA 5TIMA 3QPYA 1AMKA 3B04A 3W7LA 2Q8LA 3NL2A 4QM1A 3S5YA 3NQ2A 3G3MA 4QQ3A 3MUXA 3ZWTA 4HNVA 4R34A 5LZLA 2E5CA 1H7RA 3LX9A 5C2XA 3DFNA 3LM7A 3TMLA 5I3HA 2DZXA 3NOEA 2XN0A 3L5AA 3EXTA 4FNQA 4OWGA 4IMFA 2RHGA 4MLRA 1XI3A 3F03K 3GDRA 3W1XA 3KAOA 1R2RA 2C16A 2X1UA 2QCEA 2XFWA 3BARA 4XQ6A 4AH7A 4JDYA 1X8FA 3W87A 1W3NA 1D3HA 1THFD 3MYOA 5D38A 3S8HA 3QMRA 1VCVA 1W31A 1FXQA 2RFGA 3IGUA 4JTIA 4RK8A 4LS0A 2NLIA 1LRQA 1ZAJA 4POCA 3FLUA 2WO5A 1YADA 3TXZA 4IMEA 1NFBA 2A7RA 3P8JA 1EA0A 5K9XA 1Z44A 3B0PA 2FPYA 1W8SA 1EWEA 4AAJA 5BRBA 4UFJA 3W7QA 3OG3A 2R91A 4KWVA 3U2OA 5EBUA 1GG0A 2VELA 4JX6A 4O1BA 1NVMA 2F84A 5I3GA 4QSHA 1GQNA 3HOJA 5FEPA 1JQVA 3W1LA 1DHPA 1LLWA 2F7FA 1B3OA 4AHOA 2NV2A 2VFIA 4M7SA 1GVRA 4WXZA 1IXNA 3P82A 2PRMA 1KV8A 1W5QA 4RXGA 4DEFA 5BOOA 3LCGA 1OYCA 5AYXA 5KINA 3LXBA 1JJKA 1JUKA 2WKJA 4O53A 3U6WA 3H55A 3DH7A 1Z42A 4MLJA 4DBDA 3B05A 3GXTA 3W7NA 3A5FA 3HGSA 2VOMA 1HO4A 3PSVA 3UZ5A 3EX2A 4CCDA 2PE4A 5HWMA 2JKEA 3NVTA 1PVNA 2Q3RA 1OF6A 4ZQNA 1QFEA 1C9DA 3IVTA 1FCUA 1P4CA 5AOUA 3P80A 2VC6A 2C19A 4K8HA 5HJLA 1A5CA 2NV1A 5D30A 2DJLA 3LRLA 1G6CA 2A85A 1LM1A 2BZNA 4N4QA 5FI8A 2DZTA 3VE7A 4RV8A 3NM3A 3PAJA 1O5XA 1XBXA 1YYAA 4PFMA 1TQJA 3NR0A 3P5ZA 1ME9A 2W79A 4E2DA 3BLFA 1M7PA 4FNTA 2DU2A 4QNWA 4YXGA 5CSSA 1I45A 1K7EA 5DCDA 1PCWA 5GVJA 1QPRA 4GUGA 2Q8ZA 4O8RA 3I7QA 1T0OA 1R2TA 5LNSA 3A24A 1LBLA 3HPXA 4MY9A 3T78A 1OFBA 2C1HA 3E9AA 3GR7A 1P0NA 3NQFA 3W7MA 2CLKA 1IXOA 6ALDA 1RZMA 1HG3A 3LHVA 1XC4A 1KA9F 1QO5A 3SW6A 3LCLA 5AN7A 4JYEA 3O8AA 1ZALA 3S0CA 5U7SA 5K9CA 3TQ0A 5D2VA 4MVAA 4QISA 3GB6A 1LOLA 1QCWA 4GC4A 3W1UA 3W1RA 2Y88A 2GJNA 1QAPA 1SQ7A 5IM51 2HS6A 4XTIA 4A3UA 2V82A 4HPXA 1V7YA 3FIGA 2ZRUA 3HBLA 4Q32A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1OFP A;  2ZRY A;  4UCG A;  4I8D A;  1JIB A;  1WKD A;  4KIR A;  3LHW A;  1DJW A;  3TYB A;  3T07 A;  3W26 A;  3M46 A;  3W7P A;  4RJE A;  4JHZ A;  2BVT A;  3GU2 A;  2F9R A;  2CZ5 A;  5IXE A;  2GVG A;  1YBQ A;  4PTX A;  4NAF B;  2FTW A;  1XQK A;  1Y7V A;  1Q6L A;  4U28 A;  4EXQ A;  5HMS A;  4RDW A;  4ROQ A;  5F2M A;  3AAM A;  5EGR A;  4QE1 A;  2BDQ A;  3EDF A;  3LYE A;  1XYZ A;  2BB0 A;  2WCA A;  5F4S A;  3QZA A;  3P62 A;  3UGV A;  4LC8 A;  1A5U A;  3WLH A;  4E5T A;  4Y9O A;  2Y63 A;  3DOP A;  3QFE A;  4GYF A;  2E28 A;  4HPG A;  1V0M A;  3RO6 A;  3ABZ A;  3EB2 A;  4X0N A;  3EXR A;  4KWS A;  1YNY A;  1W1B 1;  1E70 M;  1XIB A;  4W5Z A;  4CU8 A;  4H6E A;  2ZE0 A;  3AML A;  3PG9 A;  2DQX A;  4JTH A;  2WVT A;  3T8Q A;  1GQK A;  1AW5 A;  1JDF A;  3CQJ A;  4GAB A;  1REQ A;  2A7P A;  1OFR A;  2Y8V A;  2NWS A;  4F0R A;  3EPM A;  1OFE A;  1HJW A;  4FOU A;  3HA1 A;  1VEO A;  2E0P A;  1TV4 A;  3MHU A;  3WLP A;  3ZYZ A;  1A5K C;  3V0S A;  1L6W A;  1S5W A;  1VBR A;  4E3V A;  4GYJ A;  4NJK A;  3PUL A;  2YA2 A; 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