4PEKA

Crystal structure of a computationally designed retro-aldolase, ra114.3
Total Genus 96
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
96
sequence length
246
structure length
246
Chain Sequence
PRYLKGWLEDVVQLSLRRPSVRASRQRPIISLNERILEFNKRNITAIIAEYKRKDPSGLDVERDPIEYAKFMERYAVGLFISTEEKYFNGSYETLRKIASSVSIPILMYDFIVKESQIDDAYNLGADTVALIVKILTERELESLLEYARSYGMEPLIIINDENDLDIALRIGARFIGIAARDWETGEINKENQRKLISMIPSNVVKVAKEGISERNEIEELRKLGVNAFLIGSSLMRNPEKIKELI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
Updating...
connected with : NaN
molecule tags Lyase
source organism Artificial gene
publication title De novo-designed enzymes as small-molecule-regulated fluorescence imaging tags and fluorescent reporters.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Retro-aldolase
total genus 96
structure length 246
sequence length 246
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-04-23
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4pekA00
4NJKA 1BKSA 5D02A 4HKPA 2R8WA 1AW2A 3I65A 4FNTA 2TSYA 3W70A 4IXHA 3TAKA 4QJ1A 4M7TA 4O28A 5F1VA 2YCEA 3UY7A 5F2IA 4S2CA 4UXDA 3P84A 1CI1A 1LORA 4LVDA 1TPC1 2OX1A 2XN1A 3HQ1A 1DQXA 3N19B 1QMLA 4IPJA 4GC4A 4MZ8A 2QKFA 3STFA 4FX6M 4JIQA 5AHIA 5FI8A 5AFDA 3W1QA 3S5OA 3LI0A 4GXMA 1XXXA 2Y6ZA 3BLFA 4K39A 4X9SA 2HSAA 2G95A 3MO7A 3W1LA 4X22A 4YLWA 2I14A 3TK7A 4A2SA 4GUIA 4PL1A 3KVMA 3QF0A 5G2WA 3S5NA 5D04C 3Q2DA 2CLFA 3EWBX 4FB7A 2QCFA 3C2FA 1ZJIA 2ZZ7A 3R89A 2PC4A 3FEMA 4PCFA 2VENA 4XTDA 3PBYA 1M7OA 1YDOA 2CZFA 3W7QA 1GYNA 2BLEA 2R91A 4YL2A 1GT8A 4AHPA 5C2XA 4U28A 4O1AA 4UFHA 4LV9A 4O54A 4WOZA 3TJXA 2P0OA 4UCGA 5G4WA 4LC8A 4QIUA 1GVQA 2J27A 4IMEA 1XBXA 3UWVA 1K7FA 1S5VA 1A5CA 1OK4A 1XBVA 3VE7A 4NJIA 2G5WA 4BFAA 2A7RA 2WKJA 4CNNA 3LV6A 1KBIA 1WAUA 5HR7A 4HPJA 1FDJA 3TXVA 3O8AA 5EPDA 1LBMA 1Q6OA 5G1YA 2ZBTA 3FLUA 1OJXA 1TV7A 1OX6A 1FWSA 4UTTC 1BWKA 3NNTA 3CEUA 4MJMA 2GQ8A 2V2HA 1OX4A 4ORIA 1EA0A 1SO3A 3EEGA 2CW6A 1OHLA 4E2DA 3UXAA 4DBDA 4N9DA 3FS2A 3C2EA 3KHJA 3TJLA 3S1WA 3HF3A 2DZVA 3I6RA 2Z0IA 5CSSA 3VE9A 1X1OA 1PIIA 3HMJG 3LXBA 4MUZA 3M5XA 5AC8A 1J2WA 5D05A 1HG3A 3A9IA 4RXFA 3G8EA 3A24A 4O0KA 4OQVA 3W2KA 2GVLA 1TTQA 2ZQ0A 1OX4B 5CZSA 1ZALA 4CQAA 1ZNNA 1X6UA 5IBXC 3W1NA 3GDTA 4JXCA 2Y7EA 3SIZA 2YYUA 4UTJA 4ZQOA 2YYTA 3O16A 3TQVA 2AQWA 2H90A 3W1TA 2CU0A 4O15A 4O16A 4ADTA 3G1XA 2H8XA 3QEZA 1W31A 3VCRA 3SFKA 2WQPA 1FX6A 4O4VA 4I7UA 2NXHA 2YSWA 4KKXA 2NV1A 3W2LA 3TUUA 4MKNA 4A3UA 3NQ6A 1TB3A 3IVSA 1ZCOA 3LCXA 1XUUA 2WSYA 4O14A 5CPNA 5E1QA 4JDBA 2E5BA 5D33A 1X1ZA 2NX9A 2Z6IA 1G4EA 1XC4A 4FXRA 3ABRA 4IXXA 1U83A 2B7PA 1UUOA 4K7VA 4I7WA 2WV8A 3M0ZA 1MZHA 2F7FA 3N14A 1WOAA 2E5DA 1LOQA 3NL5A 1SZFA 3HB9A 2HS8A 4JGDA 4RZ4A 3OEXA 2ZTKA 2WSQA 3S0CA 1YPFA 3ABQA 1TTJA 2YDAA 5FF2A 5K4ZA 3CWOX 3B8DA 3OHIA 4ZQRA 5FF7A 5ABTA 2VFEA 1F7BA 1YXYA 1VLWA 1QOQA 2H8ZA 1KLYA 4XWUA 2BZNA 4LS2A 2Y7GA 3SW6A 2BX7A 1QO5A 1WQ5A 4DO5A 3O6YX 2BWGA 1EPXA 1A50A 1SPQA 3NQVA 4AHQA 5FEPA 4A29A 1VYRA 3QC3A 2A7NA 2QCGA 5K7JA 1KFBA 3E9AA 4MZYA 3W1XA 2ZTJA 1VQTA 3PB0A 3CB8A 1NFBA 3W84A 1D3HA 4K38A 2ZRXA 2EGZA 4XQ6A 3LHYA 3IIZA 3DENA 5KZEA 2Y89A 1V5XA 2EKCA 3MP3A 5CSRA 3QSTA 3FA5A 3GX9A 4IJBA 4EVZA 4U4MA 1GPWA 4JNMA 5AHLA 2ZZ2A 3W83A 4BWLC 3DHDA 2PURA 4EOUA 1G4SA 2RFGA 3TH6A 4K8HA 1ICSA 1YPIA 1DQWA 1WDWA 1ZAJA 4G1KA 3W7JA 2C13A 4FIQA 3WJZA 4WQ6A 1JCJA 5CPOA 1AW5A 2GJNA 4NU7A 1GG1A 2KZHA 4R33A 4QAIA 1OX5A 5BOOA 2Y70A 3TFCA 2V8ZA 4LRTA 2E6DA 3EXTA 3FYPA 4FNPA 3E12A 1VR6A 3T40A 3S6DA 3ELFA 3P82A 1IGSA 4NZFA 2Y7FA 4RCXA 1VHCA 3S9YA 3JS3A 3LCFA 4Q4KA 3M16A 3NA8A 3VNDA 1LM1A 1MO0A 5DN1A 4GE8A 1VLIA 5BMWA 5F2LA 1RV8A 3THAA 4O50A 2RDTA 1K8ZA 2J9ZA 5E0KA 3Q58A 2C3ZA 2YXGA 3DXIA 3GR7A 4WX2A 2A85A 1A53A 5I3KA 4ZZ9A 3B05A 4FIRA 3CC1A 1VGAA 1IIGA 2ALDA 2QR6A 1M5WA 3W22A 1E51A 2CZ5A 3MUXA 4NJJA 2QCCA 1FWNA 5FEWA 1H7OA 2DZSA 3MHUA 3TMQA 2Q8LA 1JRCA 1FY6A 1UBSA 2YFOA 2DJLA 3G0SA 1K02A 4QSHA 1FXQA 3KAOA 3CM4A 4MIMA 1EUNA 4RJEA 3TCEA 3EWXA 4UC5A 3IGXA 4N9CA 1VCGA 3OIXA 3EWWA 4LOCA 1TCDA 1VRDA 1JQVA 4MFDA 4UTWC 4DO4A 2CLEA 1AW1A 3BG5A 3G0UA 3A23A 1TV8A 1KM5A 4IMGA 3ATYA 3TSBA 1T8XA 3M5YA 3I7RA 3DFSA 1JUKA 1O4UA 2RDUA 3NL3A 3SR7A 3G1AA 1TJRA 3P5YA 2TYSA 3KFTA 3NPVA 5EY5A 1YYAA 1P0NA 5G2IA 5LNRA 3A22A 4M19A 2EHHA 2FPYA 4IOTA 4PODA 2VFGA 2H3DA 3L68A 2QJIA 4OV4A 5DCDA 1L6WA 5FEZA 1F76A 5HWMA 1JULA 3NZRA 2P1FA 1W5MA 3W7LA 3LRMA 3QFEA 2JBMA 3NG3A 3NXFA 1JQXA 3C8FA 5DBTA 4POCA 3LBMA 2C16A 4BI6A 1YTDA 3WK3A 1L9WA 4ICNA 5EL1A 3GIYA 4Z08A 1SQ7A 2CLHA 2GPTA 4PH6A 3NQ2A 1JCLA 3DI0A 4IMDA 1R46A 1LLWA 1VCFA 4IX2A 3U2OA 4UIOA 4TR9A 1FCBA 1ZAIA 3Q94A 4A22A 4A2RA 5LHEA 4JTGA 4H3DA 3DHFA 3N2MA 4WUIA 3UPBA 3SZ8A 5LKYA 4TO8A 1OFRA 3TQ0A 1FXPA 3W7MA 4LT9A 2JGYA 3M5ZA 1XCFA 3M41A 4JTUA 1PHQA 1KFLA 2CLIA 4LU0A 2VEMA 1KM2A 4UFIA 2ZZ1A 5D30A 4I7VA 4IX0A 3STEA 1M6JA 4NX0A 1XBZA 5CKSA 3BW4A 3BW2A 1LLZA 1GWJA 1J5TA 1OYCA 3GXNA 2PRHA 1W3IA 4M5PA 2VFDA 1H50A 3I7QA 4DBEA 2F84A 4GNJA 1JJKA 3LHVA 4A21A 5AYYA 5AHMA 1IIHA 3GYEA 3LX9A 3HPSA 1IXNA 1KTBA 1Z41A 4HHPA 3PBVA 1YXDA 1AMKA 5LZLA 1SW7A 4JTHA 2VFHA 5CGQA 4DEFA 2PCQA 2V30A 4Q32A 1L2UA 1PL9A 4K37A 2QAFA 3W7GA 3DAQA 1C9DA 5DCEA 3STCA 3MHGA 1FWTA 3N9RA 1SO6A 3LHZA 3KVJA 2DZUA 3BG3A 4BK9A 5DXYA 4WY0F 4LW7A 4GWEA 3H55A 3TW7A 1XBYA 2VC6A 1MXSA 4NJHA 2B0MA 4N2YA 5D09A 3BLEA 3F4WA 3GAYA 1TJPA 4DF2A 4AAJA 3IGUA 1K7XA 4UTLA 4AH7A 4XTIA 1D3GA 3P74A 3LV5A 4ZVJA 3W7EA 4IUOA 1I45A 4UNLA 3NYZA 3L2IA 3HG4A 4UR7A 3MBFA 1U5JA 3PB2A 1HL2A 1Q3NA 4P2VA 3WJYA 4EF9A 4QQ3A 4WOQA 3NPXA 1F73A 1GQNA 3CIWA 4PFMA 1VJIA 3DFOA 5CG7A 5AHFA 1UCWA 4ZQNA 3W2MA 3OVQA 3W1MA 3GAKA 3TX9A 5D32A 3U8GA 3MP4A 5DY3A 4HT3A 1TV5A 2FLIA 4TMBA 3RU6A 2NUWA 3SI9A 4JS3A 3KXQA 3PF3A 3TAOA 3UPWA 1T99A 3NM3A 3BG9A 5K4XA 2Z1BA 2YFNA 1VPXA 4OHQA 4WJEA 4O17A 2QCEA 5J5RA 4ML9A 1NEYA 3QQ1A 3NM1A 4JIPA 4YCPA 3W87A 4TX9A 1MEWA 1PHWA 4O4WA 1W5OA 2R14A 2FTPA 1LOSA 4Z1BA 3L66A 2ATMA 4JEQA 1QPQA 2C15A 4PEKA 4KFPA 1TPEA 3LB0A 2YX0A 2ABAA 1JVNA 5HQEA 2QDGA 1G6CA 3BV4A 4YWIA 2RDWA 4O12A 1R2SA 4C1LA 3NQDA 2DP3A 2Z6JA 2CZDA 2X1SA 3HBLA 3M1ZA 3EXRA 2X1RA 2QJHA 4DF1A 2PRMA 2QAPA 2Q3RA 4JX4A 1QDSA 1KW1A 2YW3A 3GZ3A 3LTPA 4GBUA 2VFFA 1I2QA 3NZ1A 4LY8A 3GR8A 2CLOA 1KM6A 3NQCA 1R2TA 5D2WA 5H91A 2OCZA 1ZFJA 1QPOA 4N6FA 4LV4A 3INPA 3PR2A 5GVJA 2VOMA 3D0CA 4LVBA 5G4EA 3I68A 4NQ1A 5AHNA 4UR8A 1PVNA 4Y6GA 1I2OA 3O07A 3QRHA 3PM6A 1RVGA 2AGKA 3AO0A 5AOUA 4O1BA 3PUDA 1YADA 3UYCA 2VEIA 4IQLA 1RD5A 4M7SA 1O95A 3GK0A 4HSNA 4Y8FA 2C6QA 3NQGA 1XUZA 4OGZA 4R34A 5HUPA 1OFPA 4KFOA 3C61A 3TQKA 4MVAA 3TKFA 4MJZA 5DCBA 3IIXA 4XKYA 4E2BA 5D38A 1I4NA 3HGJA 3P7YA 3G18A 3P8JA 1NSJA 5U4NA 4OV9A 4MY9A 4K36A 4O1DA 5FF3A 5BMXA 1QCWA 2BSLA 4JTFA 2DJXA 4HPXA 2ISVA 1EP2A 1OFBA 3NDOA 3DBPA 1FWWA 1H1ZA 5EMUA 1GVOA 5I3JA 5HUOA 3A5VA 1AL8A 4PA8A 3UD6A 4XKYB 2ISSA 1W3TA 4K8EA 2I1OA 2ZRZA 1GTEA 3OG3A 3RF9A 3S1XA 2RH9A 2E6AA 1H7WA 1UJPA 1SW0A 2NXGA 2V82A 4UTTA 3GDRA 4GJ1A 1KFJA 2WNZA 3RNDA 4M6VA 1IXPA 3MI2A 3TC7A 1JRBA 3TU9A 4N9EA 1FDYA 3EWUA 2Y88A 1R2RA 3IIVA 3UY8A 1LRNA 3W86A 1O94A 2QF7A 1RPXA 1GVRA 3QJAA 1T0OA 2Y61A 3S1UA 3JR2A 5IBXA 3W3OA 3DFQA 3NQMA 1ZHAA 1O60A 3GNDA 4GUJA 4ADUA 3G1SA 3SY5A 3RLUA 3NPWA 1KM4A 2A5HA 5LSMA 5EKYA 1F2JA 4WXYA 3QW3A 1I2PA 1L6YA 1HO1A 1I8JA 3TSMA 2NWSA 3G1FA 1F6KA 2YW4A 3GKFA 2ZZ5A 3DGRA 2X2GA 5KTLA 3R2GA 1G4TA 4FF7A 1K8XA 4NUWA 1CX9A 3M43A 2OJPA 1YLVA 3W88A 2WSRA 4I9AA 4QNEA 2Q3OA 2HS6A 4NJGA 3SGUA 2HTMA 1LOLA 3E0IA 1FWRA 4D2JA 3EX6A 1GVSA 4O0ZA 2A6NA 2QUVA 2WNQA 4RK8A 3R13A 3DFPA 3A5FA 4NVTA 3FOKA 2E77A 3TR2A 3SGZA 2W79A 5L9FA 5I3IA 1H62A 2DORA 3T78A 2ABBA 2UV8G 1OYBA 5AYXA 4KWWA 1SO4A 1K8YA 1B4EA 1PE1A 3PBUA 1M7PA 3HO8A 4GRSA 2CWNA 3VFLA 4JD4A 5D03A 3G3DA 1ME9A 2YZRA 4JYDA 4ZQMA 3LI1A 4MY8A 1I2NA 1P5BA 1SO5A 5CPMA 1G67A 3E49A 4TIMA 3UZJA 1TRIA 4L4LA 3BK0A 3LHTA 1WBHA 6ALDA 3B0PA 1EP3A 2GOUA 3UWZA 2P10A 3NPUA 3B04A 3BGJA 1X8FA 2JKAA 5TQLA 3C2OA 1TPWA 2E5CA 4O13A 3FIGA 3PSVA 5LGXA 3M9YA 1DJNA 1Q6RA 3BVJA 1H7NA 2QUTA 3WK2A 3HJZA 2DZXA 3UWYA 3TROA 2PRLA 4MYXA 2FFCA 1XDLA 1F5ZA 1EIXA 3O15A 3NO5A 3NQ7A 5F2MA 3TNOA 3M6YA 3STGA 1EB3A 4BWLA 1B9BA 3V1PA 4DF0A 2DZWA 4QISA 3B4UA 4HN4A 3BGGA 3E02A 3S1VA 2X1TA 4JYEA 1VCVA 3TA6A 3LHWA 3MP5A 3V75A 3W7PA 3W73A 1EWDA 3WK0A 3LLDA 3F03K 1KM0A 3P81A 3LCLA 1WX0A 2I9EA 3QH2A 1IXQA 3LM7A 4HIBA 3S42A 4NXSA 2CLKA 1KTCA 4OU1A 1ONRA 2E6FA 2W6RA 2FB3A 3N3MA 4BF9A 1MSSA 3PG8A 1WYIA 2V5BA 4FNUA 4XBSA 1FBAA 1GG0A 1TYGA 4RR4A 1A5AA 4JX5A 6TIMA 3B03A 4FX8A 3HIJA 1LBFA 5F1UA 3WJWA 2ZA1A 1TQJA 4K7YA 1KV5A 4CQ8A 1JR1A 3S5YA 3IEBA 2A0NA 4ZL1A 4FO4A 1H1YA 1XDMA 3GDLA 5AB3A 2NZLA 1TRDA 1P4CA 4UFJA 4EIVA 1KTNA 2FPTA 3W71A 4ALDA 3PUEA 3B06A 3QMTA 3W7HA 2LLEA 1FUYA 2Y85A 2GJLA 1WBJA 2C1HA 4EWND 3S8HA 3NGJA 4QITA 3WJXA 5L6UA 5CPLA 1P0KA 3UWUA 3NVTA 5K2ZA 4Y90A 1EP1A 1G7VA 3CQ0A 1NF7A 2A2IA 3CWNA 1K3UA 3MMTA 5T26A 1RZMA 2Y62A 1UB3A 4OT7A 1VYPX 4UTWA 3HGRA 1H7RA 3LCGA 3MYOA 5DLCA 3NQFA 2ZA2A 1XFBA 3C4UA 4XBKA 1LRQA 5KMYA 2YR1A 1VC4A 1DORA 2RKXA 3NL6A 1DJQA 2V0TA 3G8RA 5I3GA 4OBTA 2Y7DA 1OFDA 4UTIA 3ZR4A 3HG2A 1P1XA 2B7NA 5DELA 1AL7A 1LROA 2V2CA 4DQWA 3HGSA 4AMAA 3W23A 5I3FA 2ZZ3A 3GXPA 4OWGA 2NUYA 1EWEA 4DPQA 1SFJA 5DY2A 4IWWA 2WO5A 3KX6A 3PWAA 1W5PA 4MLRA 1FCVA 2X30A 2QDHA 3L5MA 4LC6A 1GYLA 3MBDA 3FJ6A 1O5XA 1Y0EA 3P67A 1LZOA 2B4GA 1TQXA 2Q8ZA 2ZYFA 3S5ZA 4H4IA 4CCDA 3KRUA 3P5ZA 4UTMA 2EF9A 1TPDA 4HNUA 4YXGA 3MI3A 5LNVA 2CZEA 2QCLA 3PAJA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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