4PMD | Genus

Total Genus 127

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	127
sequence length	329
structure length	329
Chain Sequence	TVSLTEKYKEFFKIGAAVTVKDFEGIHGRILTKHFNSLTPENDMKFERIHPKEDFYNFEATDKIKDFALKHNMQLRGHTLVWHNQTPEWVFRDNDKEAPKELVIERLREHIKTICTRYRDVVYSWDVVNAAVEDKTDVLLRDSKWRRIIGDDYIKIAFEIAKKYTGNGKLFYNDYNNEMPYKLEKTYKVLKSLLEEGTPIDGVGIQAHWNIWDKNLIDNLKRAIETYASLGLEIQITELDISVFEFEDRRTDLLEPTEEMVELQAKVYEDVFRVFREYRDVITSVTLWGISDRHTWKDNFPVIGRKDWPLLFDIDGKPKKAFFRIIDFL

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Crystal structure of CbXyn10B from Caldicellulosiruptor bescii and its mutant(E139A) in complex with hydrolyzed xylotetraose rcsb
molecule tags	Hydrolase
source organism	Caldicellulosiruptor bescii
molecule keywords	Endo-1,4-beta-xylanase
total genus	127
structure length	329
sequence length	329
ec nomenclature	ec 3.2.1.8: Endo-1,4-beta-xylanase.
pdb deposition date	2014-05-21

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00331	Glyco_hydro_10	Glycosyl hydrolase family 10

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	4pmdA00

4HOXA 1W1PA 3T09A 4N42A 4YPJA 1V3JA 1JF6A 3K8MA 2ZE0A 2WLZA 4OJYA 2FHFA 2BHUA 5AY7A 1E3ZA 3GBDA 3BAIA 2JIWA 1FHDA 3WF4A 1UD3A 1KFWA 1K9DA 2WCSA 4PMNA 2X09A 2CPUA 5HDRA 2CBJA 4HZ6A 3N11A 2DH2A 3ZT5A 4D6JA 2CNCA 1JI2A 1H0IA 1J9YA 4GO8A 1QOXA 1IT0A 2VCBA 2YLLA 2OSXA 2NT0A 2V38A 5FL0A 1EDGA 4ZE5A 2V3EA 1EOMA 4J3SA 4D6GA 4RE4A 4B9YA 4AD3A 5CGTA 2AMGA 4W85A 5AYIA 1UR0A 3A4AA 2WZEA 2DSZA 3ZIZA 1MFUA 2A3AA 3VD7A 2D2OA 1HXJA 1KBKA 2Q8XA 1CNVA 2C0HA 2E9BA 5E9AA 5A6JA 1J11A 1W1YA 1JDDA 2VRQA 3RDKA 3VVGA 1B90A 3AIQA 2XJ7A 2V5CA 3SUWA 2YA1A 1AVAA 1C8YA 1EIBA 5CSUA 4W8AA 1W3HA 4JFUA 4K68A 4UFKA 3OA5A 2F2HA 4W5UA 1OIMA 3VMNA 3GDBA 4H8UA 5DFAA 1BF2A 2YDRA 4S3KA 3PZMA 4ACZA 4DUXA 2BHZA 2DQXA 3G6LA 2D24A 3M07A 1DWIM 2DPEA 4U31A 4HA3A 3POCA 1CYGA 1QVBA 1Z32X 1R86A 2C8NA 1J0KA 2YIHA 4GXPA 4W93A 3W38A 3U5YA 2XFRA 1DP0A 1HL8A 2J62A 3VGHA 3VX0A 5JIPA 2ZWZA 3GH4A 1J0JA 1JD9A 1TFVA 3MMUA 2DT3A 3QR3A 3UCQA 1J10A 1AQMA 2BXZA 3VGFA 1FH8A 1KQYA 3GNRA 3WMCA 3NSXA 1WE5A 4J27A 3WNOA 4OOUA 3I3DA 3FHAA 4JKKA 2O9PA 4NRSA 4F8XA 2J7FA 4GPNA 4Z2LA 2WW5A 2FH8A 1E1FA 5DEZA 4UZUA 5I78A 3F5LA 1HJWA 1E4LA 2G8ZA 1CTNA 3II1A 3BAKA 4D6CA 1HKMA 1HKKA 1NWTA 2XGIA 6TAAA 1ZBKA 3O6AA 3UG3A 3CUJA 3ZSSA 2WCGA 1X1NA 3AOFA 1KGXA 2ZWYA 4MNLA 4F9DA 4CD6A 1VENA 1MWOA 3RIKA 2W67A 3T0AA 5F7UA 3GH7A 1W2VA 5LA2A 1H49A 5E0CA 1BPLB 2GK1B 4CCDA 3I3EA 4GQRA 3RM8A 4MDOA 3QOKA 5A8MA 3WUBA 5D9OA 1EO5A 3WDRA 3AXHA 2ESCA 3GTNA 3IAQA 1Q6GA 2XSAA 1CECA 1OM0A 2CEQA 5A6AA 4H7VA 3VILA 3WDJA 4HU8A 3ALFA 1F4AA 1UQYA 1LLOA 1HX0A 3WL1A 4J3XA 1G01A 4PEEA 1OBAA 5C71A 3NCOA 2G3JA 3T2QA 1OSEA 1XCWA 1R7OA 1VEMA 3CUGA 5A6LA 3FHQA 1EA9C 3W28A 3WDHA 4AIEA 4WF7A 3WUEA 1W9UA 3SCPA 2E8ZA 2XYLA 2VOTA 9CGTA 2W5FA 1JDAA 3UERA 4ZE4A 4AZHA 3ZJ6A 1JFXA 4MJ2A 4JHOA 4JAWA 3W6MA 3WNPA 2F8QA 2BY3A 2WPGA 1HP4A 4ML4A 1W9VA 5BCAA 1DWGM 2XVGA 1GQIA 2RGLA 3VIMA 4AISA 4WSJA 5BXRA 3QHMA 3EDJA 4UQCA 3WF1A 1Q6FA 3NDYA 2ZUWA 3J7HA 2DIEA 3WFLA 1BGAA 1H41A 4D6DA 3CUHA 3AYRA 3WDPP 2WZIA 1J0YA 4D6EA 1V6UA 1KXTA 1M01A 2GDUA 2VZVA 3SCTA 1QI5A 1MW3A 3WSUA 3K46A 1US3A 2X05A 2YL6A 1E6NA 4F9JA 6A3HA 1J0HA 4WK9A 1LL4A 5DT7A 1GZJA 1QW8A 5A3HA 1A47A 2YA2A 1SFSA 4HTYA 3W6LA 3CZLA 3KL5A 4JL1A 1UKTA 2XVNA 1UQZA 3T0DA 2J74A 4M82A 4AWEA 4PMOA 4ZXLA 1EDQA 3PHAA 3FN9A 2EPKX 3VIKA 3VGBA 1V3MA 1JAEA 1EDTA 4QAWA 1G0CA 4MB4A 2PWDA 3ARPA 4TTUA 3SCNA 1RH9A 1UR9A 3W25A 2OLHA 4HA4A 4MADA 2FHCA 2VX7A 4FK9A 1E9LA 1JXKA 1E73M 2CBVA 4J3UA 2WHLA 3BXWA 5KZ6A 3W24A 5I2UA 3HJEA 3K1DA 1H4PA 4KGJA 4CN1A 1VB9A 3OLEA 4D1JA 2J47A 4LGXA 4NZCA 1ISXA 2WMIA 3UEQA 1NWRA 3GM8A 2BVYA 1B2YA 4HA1A 1ODZA 3RPMA 2G3NA 3ARVA 1WCGA 7TAAA 3TTYA 1BSIA 1EO7A 5A94A 2DT2A 1UOKA 1MQQA 3KEHA 3WENA 5LYRA 1HJVA 3AYSA 5IDIA 3WKZA 5AC5A 4BQ3A 1KGUA 4PSRA 2CERA 4WKHA 1UD4A 3NIYA 1CDGA 2ZUTA 3OLDA 2YKKA 5FOOA 4D6FA 4AEEA 4AXNA 3AHZA 2J7GA 5IHSA 2WWCA 2AAAA 1HVQA 3WDQA 1CBGA 3AIBA 1FA2A 2PBOA 4LX4A 3KL0A 1E1EA 3CHDA 3VIPA 1XV8A 1VEPA 2PWHA 3O2LA 3AMLA 5A2AA 5BYWA 2XIBA 4TTGA 1PBGA 2VVNA 4L4PA 2GUYA 4AMCA 3TTSA 4ACZB 2YBTA 3DECA 1R85A 1CXEA 3M6DA 4OOZA 4DM1A 4X0NA 3QOMA 3SEPA 3W0KA 3AZTA 5D8WA 2VNCA 2GSJA 3PZUA 1TMQA 2D20A 4P8WA 3WUGA 4BCEA 3VD4A 1A3HA 2J8FA 1GHRA 4IPNB 3VIGA 3VU2A 3AMDA 3CUFA 2JFEX 1TE1A 2Y2WA 4X0VA 3B9AA 3FAXA 3AS0A 2ZIDA 1E72M 1RP9A 2WVSA 3AFBA 4IUGA 1V0NA 3GNOA 3N12A 4PSPA 3U7BA 1WDPA 1PZ2A 3A3HA 1GJUA 1GQLA 3WY1A 4B15A 3NSMA 4NF7A 2VJXA 3W53A 4CU7A 1NM9A 2WHJA 1OIFA 2GJRA 2XWDA 5D9PA 1B30A 4UFHA 3CHCA 1TA3A 5M17A 2D0FA 4MJ4A 4DWSD 5BXPA 3ALGA 1PX3A 1UG6A 4EAMA 2TAAA 1US2A 2JEQA 3CHFA 3D3AA 2WHMA 1G94A 3BMWA 1L0PA 4DWSA 3WD0A 3M7SA 5KEZA 4PUEA 1BYDA 1ZBWA 5I6SA 1UH4A 1BQCA 3SCWA 1HP5A 2EPNA 5M03A 3CZ8A 1PEZA 5CJ5A 1E40A 2BS9A 4H8HA 3MO4A 3GBEA 2WCAA 4U2ZA 4B9ZA 2D23A 3BCFA 3VDHA 2G41A 4MAZA 2G3IA 3CZKA 1LG1A 3IK2A 2ZICA 4PTWA 1CLVA 3GXDA 2YLAA 1V0MA 3AIWA 1EXPA 4JKMA 4U2YA 1RD6A 5BRPA 2WC4A 1RPKA 4HPHA 2ZUNA 1LWHA 1UYQA 3A4XA 2D0GA 1X6NA 1Q4NX 1E6PA 1ECEA 4W5ZA 4XB3A 1VAHA 3VMPA 4RL3A 4OBSA 3WEZA 3LMYA 1CGXA 2VX6A 1G1YA 1O7AA 1JDCA 3W37A 1JZ8A 1KB3A 1CWYA 1V0KA 1H11A 1C7SA 2PWFA 3PZOA 4P7RA 1V03A 1VFFA 4HZ7A 3SCRA 3WNNA 4YHEA 4D6IA 5DO8A 1NOFA 1B3ZA 4ATDA 4HP5A 4HOZA 1AQ0A 4AZ5A 4C7DA 4H8VA 2NT1A 4P7QA 4AIOA 2GJPA 1GQJA 2O9OA 3EDDA 4GI8A 3TOPA 4UOZA 4JFVA 1WNOA 4JHZA 4J7RA 4CCCA 5EMYA 1BG4A 3AI0A 3SCUA 1BYCA 4P8UA 3AMGA 3QHNA 2O9TA 3GH5A 1LG2A 1GOWA 5EFDA 4J3WA 3T0BA 2OWCA 1V3LA 3RCNA 4D6HA 3RJXA 1M04A 2BHYA 3HN3A 2IUZA 4GZJA 4JKLA 3WNMA 3EDFA 1GONA 2DT0A 1FH9A 5DT5A 1KXQA 1VBRA 1PX4A 4R5EA 1GOQA 3L4UA 4U3AA 3WBEA 5A2CA 2YDQA 3PZIA 1D2KA 1K9FA 4FMVA 3FY1A 3MV01 1JD7A 1XSJA 1UKSA 1W9XA 1H2JA 3SCOA 2HISA 1OB0A 3ARTA 2D3LA 1UD8A 4V2XA 2FHBA 1E55A 1EQCA 5E0FA 5E6YA 1HL9A 2F61A 2Z1KA 2UY5A 3RM4A 4MAVA 2WMIB 1WPCA 2UWFA 1W1TA 3ECQA 3SCSA 4DUWA 3PTMA 1V3HA 3LPPA 3QGVA 3EMQA 3ZR6A 1SMDA 3MUIA 1E6RA 4WJXA 4H2CA 1WDQA 1L8NA 1VJSA 5A6KA 3BLKA 4L4OA 2YJQA 1E70M 4PRWA 5EB8A 4FLSA 2VZUA 3BAYA 3PZTA 4JCMA 3PZGA 5FCZA 1QHOA 1CPUA 4CVWA 4OZOA 3N1AA 1UWSA 1UKQA 1WP6A 1OINA 3VIIA 1ZS2A 1QW9A 1UH2A 2CESA 1UHVA 2CHNA 2GFTA 1LJYA 2VRJA 1VRXA 4M29A 5E70A 2W4XA 2BY1A 4AZ6A 5D9NA 1E4MM 5BWFA 3CLWA 4MDPA 2DSUA 5AYBA 3VOCA 3WNLA 3FAWA 2ZUSA 3VNZA 2W91A 4UNIA 3MANA 1NQ6A 4PMUA 4EK7A 1MW2A 4PMDA 2ZX5A 3CBWA 3M46A 4FF5A 1WZKA 5CPTA 3ARXA 3L4WA 2ZXQA 2J77A 1DWFM 2DSKA 2ZX8A 1BLIA 1ZB5A 2QPUA 1JYWA 3NJ3A 1JGIA 5ABEA 3OGVA 3CUIA 1CLXA 3VIJA 1TR1A 2RGMA 5FIPA 3NUKA 1E6QM 1UWTA 3W82A 3L2MA 1KCKA 4U3CA 1LF1A 1NOUA 7CGTA 1BVNP 4Z2JA 5A69A 2VO5A 1XRVA 1NARA 1O6IA 3UG4A 3SIMA 3T2PA 4OKDA 1XYZA 1LL7A 3PN8A 1B0IA 1JZ7A 3IANA 2VURA 3IJ8A 2WB5A 2ZX6A 1JYVA 1FP8A 1UR4A 3WQVA 3WFZA 3RJYA 3ZJ8A 1MYRA 1XYFA 4P8XA 4XZBA 5C8BB 4JL2A 4M24A 3GXMA 1J18A 3BCDA 3BGAA 3D5HA 3K8KA 3VDBA 1WDRA 1E4IA 3OB8A 3UG5A 1JZ3A 2DEPA 5GNXA 5M3WA 1I1WA 4URIA 1QNSA 4AD1A 5HBFA 5A95A 1E71M 3F5JA 2Y8VA 2VQUA 2WMGA 1TA3B 5FKYA 3VDCA 5HPCA 3SUUA 4ZXOA 1OWQA 2YL5A 3N17A 4Z2IA 1GVYA 5TD4A 2W61A 5A8QA 3N15A 1AMYA 2WXDM 3BAJA 1HKJA 4JZ5A 4DWSB 4IPLA 1JFHA 8A3HA 4X9YA 2DT1A 1BYBA 3AROA 3EDEA 3VM7A 3AIUA 3OZPA 5IFPA 2UY4A 3OG2A 4FLQA 4QDMA 3VD9A 2QHAA 3DHPA 2WC7A 1XGZA 4D1IA 3AMKA 1UD2A 4IISA 2XM1A 1UKOA 2HVMA 3FW6A 2E9LA 4Y7EA 1WO2A 3UR7A 2E3ZA 5I24A 1QNPA 4OUEA 5GNYA 3RILA 4UZSA 2ZXAA 5I3DA 4MTVA 4Z2KA 1GPFA 4W84A 2DSVA 4QP0A 4WIWA 1J0ZA 4D71A 1J0IA 3OLGA 4AZBA 3AXXA 2XHYA 4XV0A 2WMFA 2CCRA 4GZEA 4DUVA 4UQAA 3KE0A 4UFIA 2ZXDA 3WNKA 4CU6A 2NSXA 1EHNA 4LYPA 2YOCA 4M56A 3DYOA 1F4HA 5A6BD 1CENA 1ZJAA 2CKRA 2ZXBA 1WZMA 1GJWA 3BLPX 4PMRA 2W62A 2IXUA 3O9NA 1XSKA 3WMSA 4MB5A 2VRKA 2OWXA 1MW0A 4MNKA 3PTKA 2XTKA 1V6WA 5A6BA 1CGUA 2J75A 2O92A 1V02E 1HJQA 4LYQA 4AYSA 1E5JA 4UQEA 3VM5A 4MNJA 2JF7A 1VJZA 2J7CA 3WUFA 4CUCA 4AZIA 1VEOA 5CZKA 2YBUA 1ISVA 2J25A 1ISZA 2OWWA 2X1IA 2Y8KA 4J3TA 4AZ7A 4GKLA 3WQ4A 4M8UA 4TX6A 3RM9A 1C90A 2V3DA 2MANA 3HU7A 1H1NA 2EQDA 1I75A 4HMDA 4XUYA 3VTRA 3GZAA 1S46A 2PWGA 2VL4A 4UFLA 1XH0A 2QLYA 5A1AA 3E1F1 3VX1A 3MKKA 3PZNA 1VIWA 1MVYA 1HKIA 2V5DA 2WK2A 2WHKA 1OD8A 2XWEA 1OGGA 4CVUA 3FNDA 5CQ1A 2BXYA 3BAWA 3WIJA 3PTQA 4C7GA 3WH8A 4MNMA 2VI0A 3ZOAA 5A2BA 7A3HA 5HPOA 2WVTA 1E6SM 3MS8A 2XSBA 3MMDA 1QBBA 2OYKA 4UFMA 3SCQA 5BROA 2EPOA 4RE3A 3BSGA 2A3EA 1QPKA 1ISWA 2J7EA 1B31A 1R8LA 1H5VA 1WAWA 2WBKA 1GHSA 5D8ZA 3AQUA 4AD0A 3ZO9A 4W86A 3AS2A 1ZBVA 2J4GA 4W8BA 2A3CA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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Chord Diagram

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