4PMD | Genus

Total Genus 127

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	127
sequence length	329
structure length	329
Chain Sequence	TVSLTEKYKEFFKIGAAVTVKDFEGIHGRILTKHFNSLTPENDMKFERIHPKEDFYNFEATDKIKDFALKHNMQLRGHTLVWHNQTPEWVFRDNDKEAPKELVIERLREHIKTICTRYRDVVYSWDVVNAAVEDKTDVLLRDSKWRRIIGDDYIKIAFEIAKKYTGNGKLFYNDYNNEMPYKLEKTYKVLKSLLEEGTPIDGVGIQAHWNIWDKNLIDNLKRAIETYASLGLEIQITELDISVFEFEDRRTDLLEPTEEMVELQAKVYEDVFRVFREYRDVITSVTLWGISDRHTWKDNFPVIGRKDWPLLFDIDGKPKKAFFRIIDFL

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Crystal structure of CbXyn10B from Caldicellulosiruptor bescii and its mutant(E139A) in complex with hydrolyzed xylotetraose rcsb
molecule tags	Hydrolase
source organism	Caldicellulosiruptor bescii
molecule keywords	Endo-1,4-beta-xylanase
total genus	127
structure length	329
sequence length	329
ec nomenclature	ec 3.2.1.8: Endo-1,4-beta-xylanase.
pdb deposition date	2014-05-21

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00331	Glyco_hydro_10	Glycosyl hydrolase family 10

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	4pmdA00

3GH4A 2WMIA 2VR4A 4UFJA 4QLJA 3AFBA 2ZUNA 3VGGA 1US3A 2VCBA 4H8UA 4AZBA 3BGAA 5DFAA 4GZIA 4HTYA 3AYRA 3EDKA 3CUGA 3W24A 3CLWA 3WIJA 1LJYA 2CIPA 4PSRA 1JI1A 4GO8A 4GKLA 1TR1A 1W1TA 3BC9A 3MUAA 3CHCA 1GQKA 1CGYA 1QNOA 2TAAA 2NSXA 1H5VA 3WD1A 4NRRA 1V6WA 4GQQA 3ZIZA 1JZ8A 1W9BM 3UETA 1FHLA 2WHMA 3WH5A 1JIBA 1BVZA 2VT0A 1ZJAA 1DWIM 1GQJA 1AQHA 2WXDM 5HOSA 1BTCA 3TTOA 3AICA 4C7DA 2WWDA 4PTMA 1NWSA 3TA9A 1NOUA 1S46A 4X0VA 1K9FA 4WLCA 1UWIA 1TCMA 3EYPA 2J77A 4OUEA 1E6RA 3WH8A 2VTFA 2WC3A 5A8MA 1PIGA 1OBAA 4PEEA 4UQBA 1UHVA 2E9BA 5A2CA 3WNPA 4AZIA 1EH9A 4DM2A 3ZSTA 4CVUA 5E70A 4UFHA 3G6MA 3PBGA 1VFUA 3II1A 1E4IA 3SUSA 4JIEA 5ABFA 4CD4A 2JF6A 1ZU8A 1UR1A 4U3AA 2PWFA 3CMJA 5D9PA 1CGWA 2QLYA 4BQ2A 4ZXLA 1W3JA 3T08A 3VGHA 1CLXA 3NSNA 4KGLA 1H4PA 2W63A 1HL8A 3RPMA 1JNDA 4MAZA 1V3LA 4AXNA 1B30A 1W2VA 3POCA 2WLZA 3EDFA 3AIQA 2X09A 4TVCA 1MW2A 1CGUA 1JZ3A 1QW8A 1GOOA 3ZT7A 2WMJA 3ARUA 5DEZA 2ZX6A 4AYSA 2BHZA 1RD6A 1PEZA 4AD5A 2D0GA 3LPGA 4PMXA 4YPJA 1FH9A 1V3KA 5BROA 4UQCA 3WH7A 2BXZA 2EBNA 4UQDA 5DF0A 5FL1A 4GINA 5A8PA 4Z2GA 4WJXA 5AC4A 7TAAA 4ZXOA 1LL6A 3OZOA 2DH2A 2B31A 2UY2A 3F5KA 5AYIA 3SCWA 3VGDA 4LGXA 2X1IA 2ZWYA 3PTMA 2XYLA 1BQCA 4GI6A 3WD2A 3GH5A 1FFQA 3W53A 3KWXA 2VNCA 3VU2A 2WMGA 4RE2A 1WNOA 1MXDA 3AMDA 2Y8VA 1HT6A 5M5DA 3QHNA 5A6BD 2WLYA 3WBEA 5JBEA 2CCRA 2VX7A 2VX5A 2V3FA 5HPOA 5EBAA 3CZJA 4OZOA 3UG3A 3AXHA 2O92A 4M56A 3WBAA 1K9EA 3UESA 4HOZA 1LWHA 1M03A 3CZEA 2D24A 1GW1A 4V28A 4P7QA 1NP2A 2J7BA 1Q6FA 3HN3A 3VIFA 1UH3A 5A1AA 2G3IA 3FAWA 5A6MA 4FF5A 1GOMA 1XCWA 4GPNA 2CEQA 2WMHA 2YL8A 3VTRA 3OB8A 1G9HA 5C70A 4ACZB 3DHPA 3WDIA 1CZ1A 2VZUA 4HZ7A 3N18A 2V5CA 3UEQA 3OLGA 3BSGA 4PUEA 1TA3B 1ISXA 1K6AA 1WP6A 2WZIA 3WELA 3VX1A 4CD6A 1HJVA 2WC4A 1V3JA 1W91A 1G94A 4NSBA 5ABHA 3VD5A 1E55A 3NYDA 4Q22A 3DHUA 1E4MM 3RILA 2CERA 1BHGA 4A4AA 4TTUA 1WE5A 2WBGA 3CZGA 1WCGA 1CLVA 4KGJA 4P7NA 3CPUA 1HP5A 1AVAA 1F4HA 2YDRA 1L8NA 1HKMA 1V0MA 2BVTA 2IUZA 4M1RA 4W5UA 3QOMA 4DUVA 1K9DA 2D23A 3JUGA 3NSXA 3M6DA 2YA2A 2OWCA 1OWQA 1OGGA 1EO7A 2EO7A 2VO5A 1TE1A 1RP9A 1GJUA 3WNNA 5D8ZA 2BXYA 2JF7A 3AHZA 1JZ5A 1WDPA 2A3CA 1V0KA 4KH2A 5CXPA 4NRSA 4MTVA 2YBUA 1W32A 1E0XA 4XX6A 2XVNA 3VGFA 3A4XA 5E6ZA 3CHFA 1E6SM 1SR0A 2CHOA 4EE9A 1QI3A 3N12A 3WNKA 2WZEA 4DUXA 4ACYA 1B2YA 3WL1A 2GK1A 1EQCA 1BG4A 2OWWA 3U5UA 2V3GA 4S3JA 3MSDA 5DMYA 2VR5A 4PMVA 4B15A 3VIOA 2GJXA 4S3KA 2G3JA 3RM9A 1ITCA 3PZVA 3SCPA 4UQ9A 1C92A 3WEMA 2OWXA 4D72A 1OGSA 3O9NA 2GUYA 3T0BA 1E70M 2ZX8A 1JZ6A 4BF7A 1HXJA 2E3ZA 5M3WA 3T0AA 1CTNA 3B9AA 3NCOA 1GORA 1YHTA 4PUDA 2PBOA 5A8OA 5FIPA 4F9JA 1Q6EA 1J0ZA 1M01A 7CGTA 1OD0A 2WPGA 3OIHA 4ATWA 4U33A 3VOCA 4JL2A 5I6SA 3GNOA 4M81A 1UD3A 1KGXA 1DP0A 2GK1B 4JL1A 1NP0A 1D7FA 3MUY1 1MQQA 2Y4SA 2OSWA 3WEZA 4OIFA 1KXTA 2EPMX 3NIYA 4QAWA 2C0HA 2GJXB 2JIEA 1Z32X 3K8MA 3WD4A 1CXHA 2JEPA 4CD7A 1VFFA 3KE0A 1KGWA 2RGMA 2X0YA 1MXGA 2BY1A 3BAJA 3BLPX 4GZEA 1PX3A 3L4VA 4FLOA 3FNDA 4Z2LA 3AQUA 3WFLA 4P7LA 3CUIA 1BGGA 3GZAA 3ARZA 1SFSA 4ATDA 3IAQA 2CESA 3L4XA 4PMQA 2BVDA 4MNLA 1AQ0A 4HZ8A 3THDA 4PRWA 3PHAA 2CKRA 3GTNA 2WCAA 2F2HA 2E4TA 4GO9A 1CDGA 1H09A 3PZIA 3GNRA 1B3XA 3CTTA 2XVGA 1EOMA 1MFVA 4AEEA 1CXKA 2C7FA 4F79A 1NWTA 1H41A 2HVMA 1KCLA 3FHQA 4BQ3A 4UZSA 4U2YA 4UNIA 2O9RA 2O9OA 4H04A 1OCQA 1UD5A 3AHTA 1E6NA 4UFMA 1J0IA 1XH1A 1RH9A 3A4WA 1UZ4A 1E6ZA 4P7RA 4YHGA 5EB8A 3AMKA 2XUCA 4ML4A 5CPTA 2J79A 3KZSA 1O6IA 1IT0A 1BF2A 1TMQA 3BXWA 1QI2A 2CBVA 3O6AA 2A3BA 4AD2A 3OGSA 5D4YA 1KBBA 1MW3A 3GBEA 3ARVA 1OM0A 3T0DA 5LA1A 3BMVA 3N11A 2J8FA 2JFEX 2Z1KA 3BLKA 1ZBCA 3W37A 1UWSA 1R7OA 1JAKA 2PC8A 3ZR5A 1FA2A 1G1YA 3ZT5A 3AS0A 5LYRA 2OSYA 1UQZA 1H1NA 1GQLA 2ZE0A 1UD6A 1E1FA 4TVDA 2YL6A 4HMDA 1PIFA 3BH4A 4ATLA 1N82A 1OSEA 2WCGA 2WB5A 3CO4A 2G41A 4AW7A 4UFIA 1W3HA 4HMCA 2PF0A 1KQZA 1W3LA 4U31A 4WK9A 5CLWA 1CENA 2BNJA 2F8QA 1V08A 1W1PA 4N0RA 1J01A 2DSUA 4GQRA 4WKFA 4TX6A 5E09A 1HL9A 2VC9A 2VUYA 1CXIA 2EEXA 4ZFMA 3ARQA 4E2OA 3BAKA 3S2CA 4J27A 5A94A 3ARRA 2NT1A 5HDRA 1EA9C 2W67A 3RJYA 1E72M 1HKKA 3WDHA 3J7HA 4D71A 1UZ1A 3BCDA 1EO5A 4J3VA 2OYKA 3W81A 5GNYA 2YJQA 3EDJA 3VD7A 2W66A 2YBTA 3MV01 2VJXA 3WUEA 2BFGA 1BAGA 3WD0A 4Q7NA 1E4NA 1AMYA 1NOWA 1JAEA 4JAWA 3UR7A 1QI4A 1UKPA 4PMDA 1SMAA 3LPOA 4MADA 2J7HA 5FOOA 3W4RA 2WKGA 2FH8A 2YDSA 4QLKA 1VF8A 1E40A 5AYBA 4Z2KA 3OZPA 3ZOAA 1ODZA 3WY1A 2MANA 4H7VA 2O9TA 3SCOA 4AWEA 1JFXA 3RMEA 1GONA 4QFUA 2DSVA 2DSWA 2DIEA 3WUFA 3T2PA 4WSKA 3UCQA 1DEDA 2OLHA 3VIPA 3WUBA 2CYGA 1E5JA 4XZBA 5JIPA 4HP5A 4P7OA 1C8YA 1UD8A 3AHYA 5I24A 4MAVA 1MW1A 1HJQA 3AOFA 5CGMA 4JHZA 4PMOA 1KR1A 1EDTA 3WEOA 1OINA 3A47A 4J7RA 1B31A 3DYOA 1TVPA 3G6LA 3WDRA 3ZJKA 1XYFA 3N1AA 3IK2A 4QP0A 3SUWA 4IPLA 3ZMRA 1J12A 4PMZA 3VD9A 3VNZA 3WSUA 3U7BA 3VKKA 3VO0A 1OGBA 4AIOA 2G3NA 2YL9A 3W25A 8CGTA 1U2YA 1DWAM 1ZJBA 3AS1A 1D3CA 1VBUA 4Y7EA 1C7SA 3WDQA 3I3BA 3WNLA 3W6MA 2QPUA 3GYCA 4ZE5A 2A3HA 1QI0A 3O2LA 3ARWA 2UY3A 2X05A 5A6SA 3PTKA 4D6GA 5JIWA 2WANA 1HKJA 4JKKA 4HA3A 2QHAA 4DWSD 1ECEA 5A3HA 1GOQA 2J4GA 1EOKA 2VX4A 1VENA 1QNRA 1V6VA 1SMDA 4AD4A 2J75A 3MSGA 4RE3A 1OIFA 1E6PA 4D6HA 3NDZA 1MWOA 1XSJA 2EQDA 3ALFA 3WF4A 1MVYA 4JFVA 5HNNA 4UFKA 3AXXA 1VEOA 5IXEA 1QNPA 3QHMA 4V27A 4ACZA 3AIRA 5CQ1A 3PZNA 3IJ8A 4FLQA 2GDVA 3WMCA 3ZQ9A 4AD1A 1VAHA 4UCFA 2FH6A 3UERA 2EXOA 4JZ5A 3K1DA 4UZUA 1EDGA 1GJWA 3SEPA 3QR3A 1VEMA 4D6FA 1TA3A 3EMQA 1E73M 3CZ8A 1V0LA 5M17A 1GPFA 1QHOA 2V38A 1G01A 4JHOA 3ZR6A 2IXUA 2WCSA 2XSAA 5IFPA 1MFUA 4YHEA 1JDCA 3MS8A 4CU8A 3SCUA 2WVUA 3T09A 5FD0A 3VNYA 2VZSA 3AI0A 1KQYA 2VVNA 1PZ2A 3CHEA 4HZ6A 4OOUA 4IM4A 3VIMA 5BXRA 2E0PA 2VCCA 3WQWA 2D0HA 1ISWA 5LA2A 1CGVA 2DGAA 2GVYA 3ZJ8A 1OIMA 3AHXA 3PZOA 4MB3A 1IZJA 2DH3A 4TXEA 1CGXA 2W5FA 1BG9A 6A3HA 2WNWA 3L2LA 1E3XA 3ARXA 1HVXA 1ZBKA 3WH9A 4P8VA 4KRUA 2CXGA 2PWGA 1B90A 1ISVA 3EDEA 1V03A 1XCXA 3PZTA 1LL4A 2EJ1A 1DWFM 2AAAA 1JD9A 2BY3A 1OT2A 3OBAA 1G5AA 2V3EA 5I23A 4U3CA 3L2MA 3AJ7A 2CBJA 4M24A 3AISA 1E3ZA 3W26A 4UQAA 2VOTA 2X0HA 4FMVA 4AY1A 4HA4A 2XFRA 4PYSA 1IV8A 1MQRA 1ZL1A 3MV11 4AMCA 4R5EA 2VURA 3MMUA 1LG1A 3IAPA 4C7FA 1GNXA 5E6YA 2BV9A 4RL3A 1JD7A 5KZ6A 1EXPA 3WUGA 1JDAA 2GDUA 4TVUA 2W4XA 1J0HA 4CCCA 1UKTA 3N04A 2ZUVA 1O7AA 1JYXA 3HJEA 3WKZA 1CNVA 4HPHA 3MANA 2QMJA 3BMWA 1DHKA 2IXVA 4UOQA 5EMYA 1VEPA 1UWRA 1XYZA 2D3LA 3B9DA 2WKLA 3ARTA 5D8WA 1KFWA 5CZKA 1NWRA 2OSXA 1H2JA 3AZRA 1PZ3A 3VD3A 2X2YA 5AY7A 5TD4A 4CU6A 2XVLA 5CSYA 3GDBA 4L4OA 8A3HA 3AS2A 1UH4A 1HNYA 1UKSA 2DSZA 1DWJM 3AIVA 4JCLA 4F9DA 3ZM8A 1NH6A 4AD0A 2RGLA 4PCSA 4NZCA 2XGBA 1U30A 1TZ7A 2NW0A 2WW5A 2ESCA 6TAAA 4XUYA 5I3DA 4W8AA 2WSPA 2CBIA 1NOFA 5ABEA 1BFNA 1J0KA 2DEPA 2FGLA 4GXPA 2Y2WA 4M8UA 1CXFA 1XD1A 3AZTA 1UWUA 1U33A 3WDPP 5BXTA 4PN2A 5DT7A 2DDXA 1TFVA 4LPCA 1I75A 5GQBA 3FY1A 2CITA 2JEQA 5GNZA 3RM8A 1V6UA 4UOJA 1US2A 5JBDA 3VGEA 3S6TA 3VVGA 1QNQA 2FHFA 4B16A 3MO4A 4PTVA 2W61A 4OJYA 5BXPA 4AZCB 1CWYA 4OBRA 3SUUA 2G4FA 4NF7A 4X0NA 1UWTA 3CH9A 3BCFA 3RCNA 3UR8A 1V3HA 1E4LA 4JKLA 3SCVA 4CU7A 1DTUA 1B3ZA 3GXFA 1JXKA 3VDCA 2F61A 2WC7A 1GVIA 3VDAA 5IHSA 4D6IA 4XV0A 1NWUA 3TTSA 3W6LA 2ZXDA 3ARPA 4FLRA 1JF5A 2W62A 3RJXA 4MNJA 4U5KA 2XHYA 5DO8A 2XTKA 5E0CA 4MDOA 1UQYA 1WDQA 4W86A 2JIWA 4QCEA 3WENA 4P8WA 1ISYA 2WSKA 4X9YA 5CPQA 3BAIA 1QHZA 4W8BA 4LYRA 4YN5A 5M03A 5AC5A 2WVVB 2E8YA 3A4AA 1C7TA 2D20A 3WN6A 1LWJA 4J28A 2XVPA 5EFDA 2WMKA 4BA0A 4TTGA 3M7SA 1OT1A 2GJRA 3K8KA 1UH2A 4CVWA 1V3IA 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5A6BA 1E6QM 1IZKA 1FP8A 1X6LA 1J0YA 3VIJA 4D6JA 4DWSB 4CUCA 4PTWA 1B3WA 1E56A 2PWDA 1YQ2A 4AEFA 1DWHM 1H0GA 4OBSA 1MYRA 1A47A 1VFOA 4JCMA 2WHKA 5E9AA 3K8LA 4QCFA 4AZHA 3EDDA 1DWGM 4OOZA 3GXDA 1VJSA 1KBKA 3EBVA 1GCYA 2DIJA 1G0CA 3RO8A 2DPEA 1V0NA 5FCZA 3PN8A 4W7VA 5CG0A 4MDPA 5LA0A 1JYWA 4N42A 4H41A 2WMIB 2YA0A 3B9EA 1D2KA 3MMDA 1TVNA 2XIIA 2YKKA 3ZJ7A 2XWDA 6CGTA 1M04A 3L4UA 1BPLB 1Q6CA 2YL5A 1XH2A 4IISA 2E8ZA 3HMCA 4PCTA 1CPUA 3HU7A 2CETA 1XSIA 3N15A 3OGRA 4HMEA 3ARYA 1JG9A 2EPKX 2ZX9A 3PZGA 2XFYA 1V6YA 3SCTA 5A6LA 4HU8A 4WIWA 4B9ZA 4ZE4A 4CD8A 4GI8A 4P8XA 2EPOA 2YLLA 2E40A 1V02E 3DYPA 2XWEA 4AISA 5I78A 3KEHA 4PSPA 1FOBA 3QHOA 1WPCA 3VIGA 1GOIA 5ECUA 4AC1X 4AZ5A 2WVSA 1J9YA 1WB0A 4U5IA 3D3AA 4EK7A 1W2PA 3THCA 5F7UA 2CPUA 1PAMA 4H8HA 3CZLA 3D5HA 4W88A 4MNKA 2DT1A 3IJ7A 1PBGA 4HOWA 3L4WA 1JXJA 3CZKA 3I3DA 4M80A 5ABFB 2WMFA 1E43A 2J62A 3A3HA 4ZENA 1UYQA 2VRKA 4CCEA 3RM4A 1W9VA 1QVBA 4JKMA 4DM1A 1GHSA 4W5ZA 2FDMA 1UR9A 5FL0A 2XSBA 1CGTA 2VVSA 5JBFA 3OA5A 1PJ9A 2YA1A 3EMCA 1F4AA 2VRQA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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4PMDA

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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