4PMDA

Crystal structure of cbxyn10b from caldicellulosiruptor bescii and its mutant(e139a) in complex with hydrolyzed xylotetraose
Total Genus 127
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
127
sequence length
329
structure length
329
Chain Sequence
TVSLTEKYKEFFKIGAAVTVKDFEGIHGRILTKHFNSLTPENDMKFERIHPKEDFYNFEATDKIKDFALKHNMQLRGHTLVWHNQTPEWVFRDNDKEAPKELVIERLREHIKTICTRYRDVVYSWDVVNAAVEDKTDVLLRDSKWRRIIGDDYIKIAFEIAKKYTGNGKLFYNDYNNEMPYKLEKTYKVLKSLLEEGTPIDGVGIQAHWNIWDKNLIDNLKRAIETYASLGLEIQITELDISVFEFEDRRTDLLEPTEEMVELQAKVYEDVFRVFREYRDVITSVTLWGISDRHTWKDNFPVIGRKDWPLLFDIDGKPKKAFFRIIDFL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Caldicellulosiruptor bescii
publication title Crystal structure of CbXyn10B from Caldicellulosiruptor bescii and its mutant(E139A) in complex with hydrolyzed xylotetraose
rcsb
molecule keywords Endo-1,4-beta-xylanase
total genus 127
structure length 329
sequence length 329
ec nomenclature ec 3.2.1.8: Endo-1,4-beta-xylanase.
pdb deposition date 2014-05-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00331 Glyco_hydro_10 Glycosyl hydrolase family 10
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4pmdA00
4NZCA 1CGYA 5D9PA 3ZMRA 1NOFA 3T2PA 4JKLA 1W3LA 2EEXA 4U5KA 5TD4A 1VJSA 1EQPA 1MW1A 1XGZA 1UR0A 4UFHA 3QR3A 2CXGA 1CGTA 3UR7A 4LGXA 1VF8A 2NW0A 3W38A 4WF7A 2XVLA 3GH5A 3PZQA 1AMYA 4AZGA 3WDQA 2VI0A 2E9BA 1R7OA 2XWDA 3UCQA 4QCFA 1Q6CA 1CXIA 1LL7A 4UQDA 1H2JA 4U5IA 1QNSA 1QW9A 2FHCA 3F5KA 4J3TA 4PYSA 5FD0A 1OIMA 1LL6A 1QVBA 1QOXA 3ALFA 1UD8A 1GVIA 4AEFA 3A3HA 3RILA 3ARRA 3QOMA 2J62A 2WMGA 5A95A 3RJYA 5E0FA 1J01A 3L2LA 3WF3A 2YIHA 1MQRA 3SUUA 4DUWA 5JIPA 2J7GA 2X1IA 2XJ7A 3A47A 4TXEA 3WFLA 4ML4A 4HOZA 2ZUSA 3MKKA 4CU8A 4DWSB 4RE2A 3BMWA 1PEZA 2VZVA 4M82A 1B3WA 4JCLA 4PEEA 3NDYA 1TUXA 3THDA 3VD5A 1KR0A 2O9RA 3WMCA 1CENA 1MFUA 3VU2A 2GJPA 1V6XA 3WH7A 2W61A 1EOMA 4W85A 3MUAA 3WEZA 2CESA 2HISA 4ZXOA 5A8OA 3L4ZA 1FH9A 1KCLA 4DWSD 1EDQA 1SMAA 2Z1SA 4ZE4A 3ARUA 3OIHA 2W92A 1D2KA 1J10A 3M07A 2UY4A 1NH6A 5GNZA 2VOTA 3AIWA 2BVDA 1WDPA 4AZCB 1QHOA 2XGIA 1HKJA 5GQBA 3WF2A 2ZWYA 1V02E 1E1EA 2WKGA 3WL0A 3MU7A 1NWUA 4KGLA 1H3GA 1HJVA 1UKOA 4UZSA 4PTMA 2MANA 4J3WA 3MMWA 3ARXA 1E4NA 2ZUVA 1OINA 3SCVA 1H11A 2ZX8A 2PWHA 1B3ZA 1A3HA 3AICA 3PZUA 3WBAA 3EBVA 1IT0A 3VGBA 4PUDA 5BXRA 3CUIA 3CHCA 1F4AA 2YL8A 3W37A 4H41A 1X6LA 2VCAA 3W24A 3RCNA 2VC9A 4AC1X 4W88A 1UKPA 3KL3A 4H8HA 2DSKA 1VJZA 1VEOA 2ZUMA 4E8CA 3SCSA 1RPKA 4XUYA 2XM2A 4W89A 1FFQA 4X9YA 3VIPA 3WELA 4D72A 1MVYA 3VGGA 5DT5A 4CCEA 1AQMA 1XD0A 2WZEA 3PZGA 1BVZA 1C93A 4MNKA 3BSGA 3LPGA 3MUY1 2D0FA 4UR9A 4B9ZA 1DWHM 3IK2A 5CZKA 1J0JA 4CD6A 1GOOA 1V3HA 2BY2A 1E6QM 2OYKA 4UQ9A 3UG5A 1Y7VA 2FHFA 4IM4A 2JIWA 4H2CA 3VX1A 1B90A 2X0HA 4GO9A 1ZBWA 5CPQA 1F4HA 1JF5A 1W9XA 2GDUA 1NQ6A 4J3XA 3F5JA 2JALA 4UOQA 2WW5A 3TTYA 3SUVA 2VX4A 1WDRA 1WO2A 3NIYA 3AISA 1JF6A 1JYNA 3KE0A 4TX8A 1X6NA 1O6IA 2EQDA 2VJXA 3WH6A 3W53A 1BSIA 3VNZA 1DEDA 1UD2A 3WQ4A 2NT0A 1B1YA 1UWIA 3HMCA 1XYZA 5JUVA 3PZTA 5A2AA 5M3WA 6TAAA 4HZ7A 4U3AA 1XD1A 5I0DA 4PMVA 5AC4A 1OT2A 4V27A 4IPLA 1HJUA 5I23A 2BY1A 2VZTA 3QHNA 2D3LA 3AOFA 3LPPA 3AZTA 3KL5A 5HNNA 2GJXB 4N0RA 3VPLA 2FGZA 2D23A 2VRJA 4MADA 2JIEA 3BAJA 1CBGA 1G0CA 2OSXA 1O7AA 2OYLA 1EXPA 2XVNA 3WDHA 3CUFA 3T08A 2OWWA 3U7BA 1EDTA 2W66A 3FAXA 1KGXA 1VFUA 2WK2A 4L4PA 1FP8A 2CITA 1D7FA 3DHUA 5GNYA 2OWCA 3LMYA 1J9YA 2BY3A 1R7AA 2PWGA 4HMDA 4FF5A 3NJ3A 1GOMA 4PMRA 2ZXBA 2DH3A 3W29A 2WLZA 4AYSA 1LLOA 2WCAA 2Y8VA 1WDSA 2YBTA 1BPLB 4HOWA 2JF7A 2A3BA 1CLXA 3CUGA 3WUFA 3GTNA 3OA5A 4UNIA 2D24A 1I75A 3RMEA 2D0HA 4OOZA 2WWCA 1GQIA 4R5EA 3N18A 3VO0A 2WC4A 2J8FA 6A3HA 1B30A 4HZ6A 1UYQA 3IJ9A 2O9PA 4KH2A 5HOSA 1E43A 1GHSA 3AHXA 4C7DA 1C3FA 5FCZA 2D22A 4M8UA 3VMOA 4JFVA 1HN1A 2J74A 4CN6A 1KCKA 2CKSA 3VIKA 4NSBA 4U31A 3VDBA 3PZMA 1OWQA 4YPJA 4Z2LA 3WNKA 1UR2A 1CWYA 3MANA 2GDVA 2F2HA 4X0NA 1MW0A 1PIGA 1KR1A 1UH3A 2WCGA 2YLAA 3CZ8A 4AD1A 5AC5A 4XX6A 7TAAA 5IFTA 1BG4A 3TA9A 3U57A 3A6OA 4JHOA 1TFVA 1GPFA 3IANA 1V0KA 2XM1A 5BRQA 3VGHA 2E40A 4DWSA 4BA0A 1NM9A 2D20A 2W91A 4PRWA 2PB1A 5A6JA 1X1NA 2W62A 3WD2A 3DHPA 4ATDA 4QLJA 4V28A 4GZEA 3IJ8A 5ECUA 1FHDA 5ABGA 4EK7A 1M7XA 3SUTA 1VB9A 4JFWA 2PBOA 4UTFA 3UEQA 3AS0A 6CGTA 3GBEA 2VX5A 5CJ5A 2D3NA 2AOSA 1KGUA 2CBUA 3OB8A 3AJ7A 2ZE0A 1JG9A 1VBUA 4ZEPA 1JD7A 1HJWA 2VZOA 1ISVA 1RP8A 1UD5A 5DF0A 1HXJA 1J12A 4AZCA 1UD6A 1PZ2A 2WNWA 2DGAA 5GNXA 3NDZA 3K46A 5A8NA 4W7UA 1BYCA 2VT0A 1GOKA 4JFUA 3TTQA 1C8XA 2EJ1A 3VGEA 4TX6A 3NYDA 1GNXA 3NSXA 3GXMA 4AXNA 2OYMA 4DUVA 2YL9A 4A3YA 2WHKA 4MDPA 2EO7A 2BVYA 3IAPA 1W1TA 3AIQA 5AYBA 4URIA 3AMGA 1UWQA 4XZBA 1QBBA 4P7NA 3GM8A 3AROA 1ESWA 4A4AA 3OBAA 3SCNA 1TCMA 2OLHA 1W2PA 5IFPA 3BGAA 4BQ3A 4W87A 4Q7NA 4AZ7A 5CG0A 3E1F1 1BGAA 3W81A 3NSMA 2XVGA 2RGMA 2WHLA 2WBGA 3G6MA 4HP5A 2VRKA 3K4AA 1I1WA 2WBKA 5KZ6A 4GQQA 5DFAA 2X05A 4WLCA 1CZ1A 4XV0A 3VIFA 3AS1A 5BXTA 3L4WA 1JI1A 4Z2KA 3KWXA 3MMUA 1R8LA 3FHAA 1C8YA 3K8MA 4R27A 2G3JA 3MO4A 2ZUWA 3K8LA 5D9MA 1WCGA 3TOPA 1P6WA 3WH9A 3WNNA 3VIJA 2CPUA 4P8WA 3WMSA 4HMCA 4GPNA 2WPGA 4MDOA 5C8BB 4GIAA 5CPSA 1E73M 3VD3A 3SEPA 1HX0A 3OZPA 4JAWA 4UQBA 5EB8A 2FDMA 2WZHA 3UESA 2DSVA 4P8VA 2EPMX 3WMBA 3SCRA 4HA1A 3BCDA 1BG9A 4HOXA 4UFJA 3CPUA 1E6NA 1HP4A 3WUBA 5A6BD 1KQZA 2J25A 1LF1A 1RH9A 4PMYA 1UR9A 4F8XA 4D6JA 1HL8A 2EPLX 2CERA 1TA3A 4TUFA 4D6CA 3SCOA 3AIRA 1MXGA 1OGGA 3VNYA 1KBKA 3VIOA 1OCQA 1XH1A 2J79A 2C7FA 3OZOA 1BLIA 1EO7A 1VBRA 4NI3A 1UQYA 3HU7A 2RGLA 3I3BA 4D1IA 4S3KA 1XHGA 1ZJAA 2XGBA 2PWEA 3VIHA 3VIMA 4WJXA 2WLYA 2BFGA 3WD4A 3BCFA 5FOOA 2WCSA 4XZWA 2YL6A 1YQ2A 4PMXA 2VX7A 1UD3A 4U3CA 3AMLA 2GJXA 4BQ4A 3NUKA 1E3XA 3I3EA 3MSDA 5D8ZA 1UA7A 2DSUA 2XG9A 3EDJA 4JL1A 4W8AA 5BCAA 1HVQA 3VTRA 3II1A 2CEQA 1JYWA 4MB5A 3A4WA 3RJXA 4CCDA 5JBDA 4W8LA 1W9BM 4AZHA 3WBEA 3BAIA 3AIVA 4D71A 1L0PA 2E8YA 3AMKA 3GXDA 1BYDA 2JEQA 5E70A 4H04A 3AQUA 1R85A 4PBGA 3WUEA 4D6GA 1JZ8A 2BHZA 4AD2A 2PWFA 3A4AA 3UETA 1ZBKA 3ZM8A 4QDMA 3QHOA 2XPKA 3GDBA 1GW1A 1L8NA 1XV8A 2QPUA 2XVPA 4AZ6A 1WZLA 1KGWA 5JBFA 2F8QA 2ZXQA 5EFFA 2WVTA 4MJ2A 1JD9A 1RP9A 3EMCA 2J7EA 3FN9A 1MQPA 4P7RA 1H41A 3OGRA 1GORA 1UWTA 3B8SA 3TONA 1Q6FA 1K9FA 3BXWA 4OUEA 5A2CA 2PC8A 3B9AA 2X2YA 4JFTA 1C7SA 2ZWZA 1IZKA 1E0XA 1JGIA 1UWSA 5EFDA 3WDRA 4P8XA 3ZR6A 3RM9A 4J7RA 1HJQA 4W8BA 4MNMA 1XRVA 1DWAM 4OBSA 1SYTA 2XVKA 3POHA 4AISA 1QI4A 1ZU8A 2GFTA 5M03A 2E0PA 1UA3A 2VR5A 3RIKA 1TE1A 1ZB5A 2QF8A 1JXJA 1ECEA 1V6UA 2A3CA 3N15A 1E5JA 1UWRA 4ACZB 4LX4A 4H8UA 3AXIA 2ZX5A 1E70M 1KXHA 3PZIA 1UR8A 2BXZA 3PTMA 4LQ1A 1W9PA 4OOUA 3AIBA 2JE8A 3J7HA 2VL4A 2V5DA 4WKAA 1JIBA 5A8PA 5BRPA 4AD3A 3AI0A 3AS3A 1UZ4A 3OLEA 4GKLA 4Z2IA 5BXPA 2QPSA 3MMDA 2YL5A 1B31A 3M6DA 4IUGA 1V3LA 1W3HA 4UCFA 4YHGA 1J0ZA 5BWFA 3LPOA 3UR8A 1DWFM 3W26A 4PSPA 3VD7A 4S3JA 4RE3A 1JAEA 3PZ9A 2QLYA 2WAGA 1MYRA 1E0VA 3WKZA 1FFRA 2WMJA 3HJEA 1W3JA 4P7QA 2QHAA 3BLPX 3QOKA 1E4MM 1XYFA 1E40A 1IV8A 2WVVB 2G3IA 2QV4A 3F4VA 5I79A 3WEOA 2WVSA 4P8UA 4M81A 2J7HA 3EDKA 4CN4A 3SUSA 5C71A 1GJUA 2VCCA 4GINA 4TVDA 1OSEA 1KQYA 2Y24A 1E15A 3AMCA 3ZJ8A 1TVPA 5CLWA 1VAHA 4OIFA 3W28A 4PTVA 5E6ZA 4AW7A 4CVWA 3OG2A 4OBRA 3AIUA 4BCEA 1V6YA 4U2ZA 1C8QA 2ZX7A 1JL8A 2TAAA 1UUQA 1R87A 5LA1A 1WAWA 1EH9A 1A47A 3AS2A 3MV11 2XWEA 3EDFA 1GOIA 4D1JA 2CBJA 3CH9A 1C92A 3BAWA 4LXFA 4FMVA 4PUEA 5I6SA 2DDXA 2V3FA 4HPGA 3SUWA 2DT3A 1JZ4A 1Q6GA 1HT6A 1HJXA 4CN1A 2EXOA 1E6XM 4UQEA 3PBGA 1ISWA 3ARWA 2OSWA 5A6LA 4MNJA 2CBVA 4M29A 2O9OA 3DC0A 4MB3A 1V0NA 5A6BA 5CGMA 3AZRA 1DTUA 1CPUA 2GUYA 4PSRA 1GZJA 4CU7A 1DWGM 4TTUA 3M46A 1VFOA 2CIPA 1EO5A 3AHTA 1BVNP 1QNRA 4GO8A 1E71M 1OIFA 1UKSA 4CD7A 1VRXA 3OLIA 1PZ3A 1E5NA 4GQRA 1ISXA 1GVYA 3CHDA 1BF2A 1PIFA 3L4TA 1W1VA 1C7TA 2V3GA 3ZT5A 2BV9A 2FHBA 4JL2A 4W7WA 3WNOA 2O92A 2D2OA 4RL3A 1XCXA 2BY0A 4TVCA 4XB3A 4PCSA 8CGTA 5FL1A 1DHKA 1GQKA 1K6AA 2B31A 8A3HA 4CKQA 4Q22A 1J0KA 1W91A 2GK1B 3IAQA 3CZKA 4NF7A 3VVGA 3RO8A 4AIEA 3ARTA 4J28A 4UFKA 4YN5A 3WF1A 4MB1A 3PZNA 2XTKA 1HL9A 5GPRA 1V3IA 1B3YA 2YJQA 4H8VA 3WD0A 1V3KA 1OT1A 1V6WA 2J8GA 3ZJKA 1M03A 1PAMA 3BC9A 3UG4A 2VVSA 1JAKA 1EQCA 1W3KA 3WN6A 3WH5A 4DWSC 3ARPA 5D4YA 4HPHA 2J78A 1QI5A 4CVUA 1J18A 1IZJA 1J0IA 1TR1A 4WKFA 2J7BA 3D3AA 7A3HA 4B15A 4E2OA 1J0YA 3O6AA 2VVNA 1BYBA 1ITCA 2PF0A 5HXMA 2WMFA 3ZOAA 4GI8A 5A8QA 2WMIB 2AAAA 3O9NA 1WDQA 3W27A 2W67A 1PJ9A 1NARA 1V0MA 5IHRA 1V08A 5LYRA 3OGVA 4JFSA 3W25A 2C0HA 5HBFA 3PTKA 1H1NA 3CMJA 4TVUA 2VURA 2Y2WA 3FY1A 5A94A 4AD0A 1FP9A 2YDRA 4PMZA 2Y4SA 2YLLA 1V6VA 1FH7A 3WH8A 4PMUA 2G3MA 1PPIA 4AD5A 3BLKA 4YHEA 1JZ5A 1G01A 3MUIA 4ATLA 1E0WA 1NWRA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4NZC A;  1CGY A;  5D9P A;  3ZMR A;  1NOF A;  3T2P A;  4JKL A;  1W3L A;  2EEX A;  4U5K A;  5TD4 A;  1VJS A;  1EQP A;  1MW1 A;  1XGZ A;  1UR0 A;  4UFH A;  3QR3 A;  2CXG A;  1CGT A;  3UR7 A;  4LGX A;  1VF8 A;  2NW0 A;  3W38 A;  4WF7 A;  2XVL A;  3GH5 A;  3PZQ A;  1AMY A;  4AZG A;  3WDQ A;  2VI0 A;  2E9B A;  1R7O A;  2XWD A;  3UCQ A;  4QCF A;  1Q6C A;  1CXI A;  1LL7 A;  4UQD A;  1H2J A;  4U5I A;  1QNS A;  1QW9 A;  2FHC A;  3F5K A;  4J3T A;  4PYS A;  5FD0 A;  1OIM A;  1LL6 A;  1QVB A;  1QOX A;  3ALF A;  1UD8 A;  1GVI A;  4AEF A;  3A3H A;  3RIL A;  3ARR A;  3QOM A;  2J62 A;  2WMG A;  5A95 A;  3RJY A;  5E0F A;  1J01 A;  3L2L A;  3WF3 A;  2YIH A;  1MQR A;  3SUU A;  4DUW A;  5JIP A;  2J7G A;  2X1I A;  2XJ7 A;  3A47 A;  4TXE A;  3WFL A;  4ML4 A;  4HOZ A;  2ZUS A;  3MKK A;  4CU8 A;  4DWS B;  4RE2 A;  3BMW A;  1PEZ A;  2VZV A;  4M82 A;  1B3W A;  4JCL A;  4PEE A;  3NDY A;  1TUX A;  3THD A;  3VD5 A;  1KR0 A;  2O9R A;  3WMC A;  1CEN A;  1MFU A;  3VU2 A;  2GJP A;  1V6X A;  3WH7 A;  2W61 A;  1EOM A;  4W85 A; 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