4PMOA

Crystal structure of the mycobacterium tuberculosis tat-secreted protein rv2525c, monoclinic crystal form i
Total Genus 79
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
79
sequence length
211
structure length
211
Chain Sequence
NLYFQGGSLGTLLDYAAGVIPASQIRAAGAVGAIRYVSDRRPGGAWMLGKPIQLSEARDLSGNGLKIVSCYQYGKGSTADWLGGASAGVQHARRGSELHAAAGGPTSAPIYASIDDNPSYEQYKNQIVPYLRSWESVIGHQRTGVYANSKTIDWAVNDGLGSYFWQHNWGSPKGYTHPAAHLHQVEIDKRKVGGVGVDVNQILKPQFGQWA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
Updating...
connected with : NaN
molecule tags Unknown function
source organism Mycobacterium tuberculosis
publication title Structural studies suggest a peptidoglycan hydrolase function for the Mycobacterium tuberculosis Tat-secreted protein Rv2525c.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Tat-secreted protein Rv2525c
total genus 79
structure length 211
sequence length 211
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-05-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF08924 DUF1906 Domain of unknown function (DUF1906)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4pmoA00
2XFYA 4H8UA 2XG9A 5EBAA 3VIHA 5JBDA 4J3UA 1EXPA 1EH9A 3ZJ6A 4FK9A 4KH2A 3NSXA 3AHTA 3UG4A 1LF1A 4HA3A 4IUGA 4MDOA 3ZT7A 4DUXA 4F8XA 2QPSA 4RL3A 2Y4SA 3AXIA 1JZ8A 4GQQA 5M5DA 4F66A 1JD9A 2GUYA 1B31A 2G8ZA 3PTQA 4LPCA 2CERA 2WCSA 1HN1A 4HOWA 4P7RA 1W1VA 1ZJAA 2PC8A 1CDGA 5AC5A 1WDQA 2WM0A 2XFRA 1UQZA 3AIQA 1E55A 1G01A 4AEEA 2YBUA 5E9AA 1HNYA 1UA3A 1OGBA 3CHDA 1CNVA 2FHCA 3OLIA 5GNXA 2WSKA 2XPKA 3FY1A 1TMQA 5FL0A 4PEEA 1CBGA 2BY3A 4PMUA 4W7UA 1W9VA 1QNPA 1CGTA 1QPKA 4D6DA 1WZLA 4MJ2A 1QI4A 1HXJA 2WK2A 1GQIA 3EDFA 4AIUA 4LYRA 4PMQA 1H09A 2DH2A 1IV8A 3FAXA 4PN2A 2CETA 2V3EA 3PZIA 4NZCA 5EB8A 5M03A 2ZXQA 3WELA 5I6SA 4J3TA 1XGZA 4HU8A 3CMGA 2DDXA 2WMIB 2YDQA 4D6IA 3WUEA 1UKTA 3VX0A 3F4VA 2CITA 2X8RA 2QMJA 3GNOA 3B8SA 1RH9A 3BLPX 3QGVA 3SCOA 5GNZA 1EO5A 1VF8A 3BAIA 1E6NA 1VENA 1XH0A 1ZB5A 3AXXA 1K9DA 1GOOA 5GNYA 4MB3A 1GCYA 2EPMX 2ZUTA 1KGXA 1H0IA 3PZNA 5C71A 1W9BM 3EDJA 1TE1A 2BXYA 2GK1A 1GZJA 2VTFA 1I75A 2WZEA 1E4NA 1HJVA 5I24A 4ATDA 1C7TA 1SFSA 1JDCA 4D71A 1V6UA 3AS2A 4IM4A 4E2OA 5IHRA 2PWDA 1TA3A 2E4TA 1E0VA 3OB8A 2QMKA 1KXTA 2J7HA 3T2PA 3VUPA 4OUEA 3KZSA 3RJXA 2OWCA 2CKSA 2GJXB 4AISA 2YIHA 4B9YA 3AYRA 1FFRA 2YDSA 2V3FA 1FH7A 4QP0A 3VIIA 1DHKA 1ISYA 3ARTA 3BMWA 3DHUA 1PPIA 3UESA 4LX4A 5FD0A 4CD5A 1PZ3A 2WBGA 1CGXA 3S2CA 4MNLA 3TONA 3BAYA 1R7AA 2VRJA 2D24A 5ABFA 4ZE4A 1UWUA 1Q6CA 1Q6DA 1UUQA 2W91A 4OKDA 3ZMRA 4XB3A 3PZUA 3GNRA 3W29A 2D0GA 4HZ6A 1PIGA 5EFDA 1HKIA 2G3IA 2J7GA 1WE5A 4OOZA 1VBUA 4UCFA 1IZKA 2D2OA 3UG5A 3W28A 1FH8A 3RM4A 4CVUA 4DM2A 1VEPA 4J7RA 9CGTA 3D5HA 3UG3A 1HT6A 4X9YA 2FH6A 5FL1A 3WQ6A 1CXIA 1OIMA 3N04A 1BGGA 1GUVA 4HZ7A 3PHAA 2VOTA 2CPUA 2PB1A 3WQ5A 3CZEA 1ITCA 1E4IA 3L4XA 2WWDA 3PTKA 1EGZA 1KWKA 4P7NA 3WF3A 3VMNA 4U5KA 2B31A 1JZ5A 1GNXA 1UD8A 1CGVA 4UQ9A 7A3HA 1B2YA 4HA1A 1JL8A 1JGIA 5HNNA 3VILA 2ZX9A 1H11A 3FNDA 1E6XM 1JIBA 1V3LA 1F4AA 3PZVA 1U2YA 2VX4A 4U33A 3U57A 4PUDA 1CEOA 2VT0A 4CU7A 3FN9A 1XHGA 2XVGA 5AYIA 5F7UA 3K4DA 4H41A 2O9OA 1W2VA 1E0XA 1J12A 1DTUA 1LL6A 3U7VA 4D1JA 5E0FA 2VX7A 1UZ1A 4ZFMA 1SMAA 2VX6A 4FF5A 4JFSA 2J8FA 4QDMA 3VNZA 3OLDA 1JDDA 4BQ3A 3WNLA 1XSKA 4DM1A 1E6PA 3WD2A 4BQ5A 1V3MA 1OT1A 3ARRA 3K4AA 4KGJA 4W86A 4UOZA 2WB5A 1KBBA 2VVNA 4JHOA 5DO8A 1XV8A 1CECA 3DC0A 1MW1A 3G6LA 2Y8KA 1VBRA 4KMQA 3VDAA 3WH9A 3EDKA 2W92A 5HBFA 2E0PA 1ISWA 2EPOA 3LPFA 3W82A 3ZO9A 2DSUA 3GXDA 3VD7A 1W32A 3ZIZA 5HOSA 2G41A 2XVKA 2GDVA 1ESWA 1GHRA 1CYGA 4WLCA 3LPOA 1TR1A 4NSBA 1MXGA 4D6FA 3ZJ8A 3QR3A 1W9UA 1OD8A 2ZX8A 3WUGA 1XYFA 5I79A 1LL7A 2J74A 3CHFA 4BZYA 2O92A 3CIVA 1W1PA 1NWRA 4MB1A 5I5RA 1DWGM 5E0CA 3HN3A 1B90A 2DT2A 5D8ZA 2W62A 4W5ZA 1MYRA 3MO4A 2G3NA 4QLJA 3OGRA 2WWCA 3EMZA 3ZT6A 2ZUWA 5BWFA 2X0YA 2YA2A 4WK9A 2G3MA 1FFQA 2A3BA 3AFBA 3M6DA 1C7SA 2Y24A 5FOOA 5CZKA 1VIWA 1B3VA 3SCVA 1J18A 1QHOA 1HJXA 3NDYA 1LG2A 1GQJA 4EAMA 2WYSA 3THCA 1V3JA 4B3KA 3CUJA 2CIPA 1HF6A 1C91A 3F5JA 2OSWA 4AC1X 1F4HA 3I3EA 5ABHA 2VURA 1UD2A 2WHMA 1V6WA 4E4PA 3NSNA 3NDZA 3AS0A 2YBTA 3ZSSA 2V5CA 4QFUA 1CXEA 1CTNA 4RE2A 3OLGA 4AZIA 3AMCA 3TTYA 5DEZA 1J01A 1UD3A 3B9EA 2WLZA 3CZJA 3TP4A 2J62A 3RILA 3K8KA 1JD7A 5GQBA 1XD0A 1UD5A 1TCMA 3HJEA 3BGAA 4UTFA 2YL8A 3SCNA 5LA1A 2CBUA 3EDDA 1GQKA 3KL5A 2WSPA 1UQYA 1V0LA 4YN5A 1UH4A 3FAWA 4TTUA 1UA7A 2PWEA 3SCWA 4U31A 1KQYA 2WANA 1UWIA 4W93A 1K9FA 3WL1A 3WUBA 4W84A 2DSKA 1D2KA 5CLWA 3N9KA 3RPMA 4JFWA 4BF7A 3IJ7A 5CXPA 2DPEA 4KGLA 3VU2A 3ZQ9A 4C7FA 4UR9A 2ZXBA 2X2YA 1VRXA 1J0KA 2D0FA 1FOBA 3OGVA 2EO7A 5M17A 2DIJA 3W27A 1UR9A 2D1ZA 2D20A 1KWGA 1HL8A 1LL4A 4ZE5A 4TUFA 4URIA 1XC6A 5CSUA 4XX6A 5CPQA 2DSWA 2EXOA 2FGLA 4AZCB 2ZUSA 4CD8A 3VGDA 1QBAA 3WL0A 2JF6A 5JUVA 2ZOXA 4UQBA 2Q8XA 1BGAA 5IDIA 2VC9A 1V6VA 4UQDA 2DSZA 4Y7EA 4IPLA 1ZU8A 4QLLA 3WEZA 3CLWA 4JFTA 3WEMA 1GONA 3MANA 3BAJA 3WDHA 3SURA 4W85A 4BQ4A 1E5NA 1X1NA 1Q6EA 2D3NA 1WP6A 1US2A 2WMKA 3GH4A 5I78A 2XHYA 2VUYA 3PBGA 1TZ7A 4OBSA 2YLAA 4PSRA 2GJRA 4KRUA 1TUXA 3II1A 1OCQA 1R85A 3U7BA 1HVQA 1JZ4A 3VGEA 2DT0A 4CUCA 1V0NA 1EQCA 1E5JA 4JCLA 1US3A 5E09A 3AHYA 1J0IA 2YJQA 1C8YA 1MQRA 4D1IA 1JAEA 2W63A 3VIGA 1HJUA 1M03A 1VFOA 2JALA 3MMWA 3N11A 3W81A 3WBEA 4J3VA 4WIWA 1VEMA 2XVNA 1MW3A 3LPGA 2AAAA 4EANA 1NM9A 2BVYA 2A3EA 1PIFA 1G94A 4ATWA 2ZICA 3VOCA 4HMDA 4J28A 3CUFA 4DWSB 4AZHA 2YLLA 1E0WA 3L2LA 1KCKA 1QHZA 2XIBA 4FLRA 2HISA 5CPTA 2WVVB 4AD1A 2WPGA 3ALGA 4CD6A 4ACZA 4W8AA 4AD4A 1C93A 5E70A 1W91A 2QLYA 4JFVA 8A3HA 1KR0A 3SCQA 1UR0A 1V6YA 3ALFA 5EMYA 2Y2WA 4RE4A 1ZBWA 3PZGA 3ZM8A 3OBAA 3WDIA 1QNSA 1L8NA 2OLHA 2VQTA 3BAKA 5DMYA 1UWQA 4UOQA 4PBGA 4Q7NA 1PZ2A 1RPKA 1TA3B 5I77A 3O9NA 1CLXA 5A8OA 4AIOA 4DWSD 1V08A 3VD3A 3KEHA 2V3DA 3AI0A 4WSJA 2VL4A 3RO8A 2WMHA 4UNIA 1V3KA 4PTVA 1ODZA 3ARUA 4OBRA 4U3AA 4UQCA 5IFTA 3L4YA 3BAXA 4YPJA 3WN6A 5DT5A 1EHNA 4JKKA 2WXDM 1JNEA 1KBKA 1AQ0A 3A3HA 2VX5A 2WBKA 1H0GA 1PBGA 1M01A 2FH8A 2F2HA 3WD0A 1XCXA 3AMLA 3VNYA 1HKKA 4JL2A 4RE3A 2FHBA 1CGYA 2XIIA 1B30A 3WF0A 4E8DA 3VGGA 3NYDA 4PUEA 3WENA 5D8WA 3RJYA 7CGTA 3SUSA 4P8WA 4WF7A 3NSMA 1NP0A 4CU8A 3AQUA 1UKOA 4MAZA 1OT2A 1E3XA 2YA1A 4F79A 2TAAA 3ARSA 1NWSA 5BXSA 1E4LA 4P7QA 1EOKA 4GZEA 4JL1A 3AHVA 3T2QA 5CSYA 3WNOA 2ZWYA 3UETA 4AW7A 3A4WA 4MJ4A 1R86A 4UFLA 2A3AA 4D6GA 1ITXA 1VEOA 3A4XA 2WMIA 2JEPA 2CHNA 2Z1SA 2WC4A 4H04A 4L4OA 1JZ3A 5CGTA 1BSIA 3T08A 2ZXDA 1LWJA 1G9HA 5IHSA 1DWHM 1ZBCA 4TVDA 3VX1A 2CBVA 1BTCA 2BY1A 2BFGA 1OGSA 1FHLA 1BYDA 4TXEA 1MQQA 1H49A 3TOPA 1JXJA 1U30A 1ZBVA 1D3CA 2JFEX 3VPLA 3MUY1 3SCTA 4PMOA 3GXIA 2ZX5A 4W87A 3L4WA 3MUZ1 1BYBA 3VIKA 5CGMA 1V02A 1WDSA 1WDPA 2XSAA 5A2BA 4J27A 3CZGA 3DHPA 3CUIA 3MKKA 4MDPA 1UWSA 4R27A 3WNPA 3I3BA 2E9LA 4FLQA 3WY1A 2GJXA 2V38A 1MFUA 1S46A 1J0HA 4PMZA 2UY4A 2VZUA 4H7VA 3POHA 5IXEA 1V3HA 5BXRA 2D0HA 1E70M 3CGTA 5BXTA 2E40A 3UERA 4Z2JA 1BG9A 1VJZA 3WEOA 4ZXLA 4PMRA 4ML4A 3PZQA 5A8NA 1J11A 6CGTA 1GOMA 7TAAA 1FHDA 3SCRA 1HJSA 1E15A 1LJYA 1EO7A 1W2PA 1UYQA 2XGIA 4MNJA 4U2ZA 2CESA 5D9OA 4GI6A 2WCGA 1C90A 1Q6GA 3AIUA 2WMGA 1E72M 1UOKA 1RP8A 4H8VA 1UHVA 4GO9A 4B9ZA 4D6EA 5BROA 2G4FA 2VCCA 4M8UA 1M04A 3AIBA 2XSBA 1V6XA 4GZIA 4LYQA 5AY7A 3K8MA 3BMVA 5ABEA 1EOMA 4TVCA 3WD4A 1NOWA 4CGTA 4UQEA 4S3KA 2CEQA 5BCAA 4A4AA 4S3JA 3GXFA 4AY1A 2X0HA 4UFIA 4V27A 1ZL1A 1KGUA 1MQPA 2BY0A 1VFMA 1MWOA 1JDAA 5TD4A 1W3KA 1WAWA 4PTMA 2ESCA 2VJXA 1G0CA 2EBNA 4AEFA 3AIRA 3CHEA 4R5EA 2BVTA 3WF1A 3CUGA 3ECQA 5A6JA 2XGBA 1HKJA 3AMGA 1GOQA 3TTQA 5KZ6A 3IK2A 1LLOA 2XWEA 3SCSA 3LPPA 2WCAA 2XFFA 5I3DA 1U33A 1W9PA 4XZBA 1NQ6A 4AZBA 4CN4A 4UFJA 4P8VA 2O9TA 3EMQA 2F8QA 4FMVA 1NP2A 1E1EA 1MW0A 2EPNA 1ZS2A 2XWDA 3AXHA 4AD0A 3VGHA 1Q6FA 4GZJA 3CO4A 4ZEPA 4UZUA 1XSJA 4HPGA 1JZ6A 3MV11 4ZXOA 5A1AA 5CG0A 1B1YA 4MAVA 1Q4NX 3AHZA 1V3IA 1ISXA 1LWHA 3E1F1 1R7OA 2WC3A 2Z1KA 3SIMA 5FKYA 2W66A 4BS0A 3L4TA 1UKQA 3CPUA 3ARVA 1KR1A 5D9PA 3AS1A 3QOKA 4JHZA 1B0IA 2CKRA 5A8PA 5BRPA 1PX8A 2OWWA 2BNJA 4DWSC 4AMCA 1WNOA 3RM8A 3WUFA 3CHCA 4J3WA 4PMVA 1BYAA 2AMGA 1ZJBA 1GVIA 2XVPA 3ZJ7A 3W4RA 3EBVA 2UY5A 2DGAA 3FXYA 4UFMA 1JYWA 4DUWA 4CU6A 2IUZA 1KGWA 3GNPA 1C8QA 1QVBA 3GYCA 2NT0A 1AQMA 3ARYA 3APGA 4F9DA 4MPKA 4WKAA 5I0DA 3GTNA 1JAKA 4WSKA 1UG6A 2VZSA 1SR0A 4GI9A 1JZ7A 1TFVA 1QI2A 4JKLA 4U2YA 3D3AA 1KXQA 1BYCA 2GFTA 1WPCA 1K9EA 4MTVA 4PYSA 5A2CA 2ZUUA 3DYPA 3OZPA 3VINA 3NJ3A 1GOWA 2IXVA 4GINA 3AIVA 3L4VA 3IANA 5A6AA 5E6YA 2JF7A 4AXNA 2RGLA 4JAWA 2YL6A 2PWFA 4B15A 1QW8A 2PWGA 2YL9A 4PTWA 1PAMA 1KCLA 3N1AA 1C8XA 1E6SM 3W24A 2VRQA 1WCGA 2VR4A 2VQUA 2C7FA 1JF5A 4AD3A 1FP9A 2WZIA 1W9XA 2YKKA 2GJPA 1JI2A 3AZTA 4W8LA 1BAGA 2GVYA 3B9DA 3MV01 2YA0A 2WW5A 1QI3A 3AOFA 1N82A 5CQ1A 3DECA 2XUCA 2W4XA 1E40A 1UD4A 2VCAA 1R8LA 1HP5A 3AROA 3SCPA 1ISVA 3A47A 3AYSA 2DH3A 4BQ2A 3UR8A 1E6RA 2W67A 2YDRA 2VRKA 4AZ6A 4GPNA 4MB5A 1CXHA 1KB3A 4CD7A 3M46A 1E43A 5JBFA 1J0YA 2BY2A 2E8YA 4H8HA 1JYNA 2OSYA 1ODUA 1GJWA 3VIPA 3MUIA 5HXMA 5A8MA 2UY2A 1SYTA 3S6TA 2NT1A 1QOXA 5EFFA 4JCMA 4ZENA 2J47A 3OLEA 3AHXA 3MU7A 5ECUA 2BS9A 1V0KA 2Y5EA 3VD9A 1QHPA 1JG9A 4GXPA 3SUVA 1VFFA 1XH1A 3I3DA 4X0VA 4M29A 3WH5A 1H41A 3FW6A 3GZAA 5JBEA 1RD6A 2ZWZA 4TTGA 3GH7A 4Z2HA 4P7OA 3PTMA 3W53A 2CXGA 5DT7A 1JF6A 4UFKA 3FHQA 3THDA 3BSGA 5A6BD 2OWXA 1BVZA 4MNKA 2WVSA 1IT0A 1CWYA 4CN1A 4X0NA 3W37A 3L2MA 2J8GA 4OZOA 3WNNA 3WD1A 4AZCA 4W89A 3MUAA 1OSEA 4MB4A 5A6BA 2UY3A 3VIFA 4OJYA 1UKSA 1CIUA 4TX8A 3WIJA 1BG4A 2E8ZA 3A4AA 4HPHA 2PBGA 1AMYA 2DQXA 4MADA 2JEQA 4W5UA 4J3XA 1HJWA 3SUWA 4B3LA 3W6MA 2J7FA 3ARQA 1BF2A 4NRSA 3N17A 2VCBA 1JFXA 1ZBKA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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