4PMOA

Crystal structure of the mycobacterium tuberculosis tat-secreted protein rv2525c, monoclinic crystal form i
Total Genus 79
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
79
sequence length
211
structure length
211
Chain Sequence
NLYFQGGSLGTLLDYAAGVIPASQIRAAGAVGAIRYVSDRRPGGAWMLGKPIQLSEARDLSGNGLKIVSCYQYGKGSTADWLGGASAGVQHARRGSELHAAAGGPTSAPIYASIDDNPSYEQYKNQIVPYLRSWESVIGHQRTGVYANSKTIDWAVNDGLGSYFWQHNWGSPKGYTHPAAHLHQVEIDKRKVGGVGVDVNQILKPQFGQWA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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connected with : NaN
molecule tags Unknown function
source organism Mycobacterium tuberculosis
publication title Structural studies suggest a peptidoglycan hydrolase function for the Mycobacterium tuberculosis Tat-secreted protein Rv2525c.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Tat-secreted protein Rv2525c
total genus 79
structure length 211
sequence length 211
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-05-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF08924 DUF1906 Domain of unknown function (DUF1906)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4pmoA00
1JG9A 4W85A 5BRQA 3DYOA 4W84A 1ESWA 2XIIA 5FKYA 3OLEA 1WDRA 1MW2A 4KMQA 3A4XA 2EXOA 3VIIA 1W91A 4D72A 3EMZA 4GQQA 1UD2A 3VNZA 3RILA 3WH7A 2BS9A 1MFVA 5LYRA 1V03A 5LA1A 4OOZA 1ODUA 4BQ2A 3CZ8A 3AS0A 3VGDA 1E56A 2WSPA 4J3VA 3AYSA 2VX5A 3GXDA 3BLPX 3VIOA 1NH6A 2YA2A 1BTCA 5A6BD 1KR1A 2A3HA 1O6IA 2YBUA 4P8VA 4K68A 2E4TA 3RM4A 2IXVA 2V3EA 4H2CA 4L4PA 4ZE5A 5E0CA 1JIBA 2CHNA 1OM0A 4LXFA 1G94A 5I0DA 4PSPA 6A3HA 3VDCA 4PYSA 3MUAA 4WSKA 5A8PA 1JZ3A 1CWYA 3ARZA 4UOQA 4AC1X 2XG9A 1E6RA 4V28A 2CBJA 4D1IA 5HDRA 3CUJA 1B0IA 3GH5A 1GOIA 1PEZA 4HPHA 3O9NA 2J77A 3ZOAA 1LQ0A 5JIWA 1BHGA 3HJEA 4YN5A 2BNJA 5A2CA 4AZCB 3TTYA 2ZWYA 1OT2A 2GSJA 2DH3A 1E6XM 1KWKA 3VD9A 3N11A 2VZVA 1Q6DA 2XVNA 3GBDA 1W1TA 2ZUSA 1TCMA 3BSGA 3K4DA 2PBGA 1UKOA 1HIZA 2QMKA 2ZIDA 5FIPA 4GI9A 2JIWA 2NW0A 3WUBA 1NP0A 1UR2A 4PMYA 1XC6A 4XV0A 1B3ZA 3AMKA 3TP4A 4PMNA 3SCUA 1DWAM 2VX6A 4AIUA 2QMJA 3MUY1 3OZPA 4WKAA 3PTQA 3RIKA 4HU8A 2FHCA 1HL9A 1PZ3A 3PZGA 3S6TA 3W81A 3EDFA 4PTXA 1JNEA 3WNMA 2Y24A 2JALA 2W91A 4UZUA 4J7RA 2V3DA 4D6JA 4D6HA 1J0YA 3VM7A 2WC7A 1KFWA 3D5HA 2WMGA 2WMIA 1JI2A 1LG2A 2FH8A 1KCLA 2YL9A 3OBAA 4MJ4A 4ZENA 1TUXA 1UWSA 3AOFA 3RDKA 3WQ4A 4UFJA 1UWUA 3UEQA 4AZBA 1KQZA 3GNPA 2B31A 4HPGA 5CSYA 1G0CA 3T09A 3WUFA 3WSUA 1QVBA 2O9PA 4UOJA 1WP6A 4CD7A 1JI1A 2VOTA 2WLZA 3ARXA 4UFMA 3IK2A 2DDXA 4S3KA 5DMYA 4AZ6A 3U7VA 4DUWA 2ZXQA 1JF5A 3SCSA 1XH1A 3WL1A 1JL8A 3WFZA 2NT0A 4W8AA 3AHZA 2CETA 5CLWA 4J3XA 2DQXA 1V6UA 1NWUA 4TTGA 3VM5A 2VTFA 1JFHA 2VMFA 2CEQA 3GH7A 1VIWA 2VRKA 1MXDA 4RE4A 1MFUA 1I1WA 2QPSA 3IANA 2WMFA 1VEPA 2YLLA 1UKPA 3PZOA 4B3LA 4U2ZA 1V6WA 4H7VA 2DPEA 5DT5A 4TX8A 1WKYA 3CHFA 5DT7A 4A3HA 4ZE4A 4QP0A 1HJXA 4PTMA 4AEFA 3MU7A 4NSBA 1LLOA 4LYQA 3BMVA 1Q6CA 5M03A 3TONA 4Z2IA 1HJQA 1I75A 1M53A 5M5DA 2JF7A 4PUEA 1J10A 3VINA 2X1IA 1E1EA 1HT6A 1J9YA 1SR0A 3VGEA 2BXYA 3WUGA 1WPCA 5HPOA 4GINA 1JYNA 3N15A 4R27A 2XVPA 3MUIA 2W67A 2YDQA 3NSXA 4QDMA 3G6MA 3T2OA 1PIGA 3M6DA 5KEZA 5FCZA 5CPTA 1E3XA 1EDQA 2VI0A 2BHYA 3SCOA 1NP2A 2WWCA 5AY7A 1UZ4A 3W38A 2WVVB 1E6SM 1E73M 5EB8A 3GDBA 3NSMA 1UD5A 3VMNA 2XSAA 1W1YA 1JD7A 4W93A 1TVNA 4B9ZA 4AD2A 3L4UA 2W62A 1ZS2A 5D8WA 5BYWA 1CXKA 1TA3A 3ARRA 2D23A 1JDAA 2GK1B 1OINA 4CUCA 2V5CA 2ZUTA 4BZYA 1DWGM 1MYRA 5DEZA 1OT1A 3L4ZA 1BYAA 4AZCA 3S2CA 2JEQA 2GJPA 3CTTA 3DYMA 3BAJA 3BSHA 5C71A 1J12A 1JZ6A 2VVNA 2VQUA 5FL0A 3FN9A 4W87A 3VMOA 1V3LA 4JZ5A 3K8KA 5DO8A 1HJUA 3VX0A 3CMGA 5EBAA 3W6MA 2WLYA 1BSIA 3I3EA 4D1JA 4AD3A 1HKIA 1R86A 2VVSA 3W24A 4GO8A 1U33A 2C7FA 3CZKA 4V27A 4ZFMA 2WWDA 1FHLA 4W5UA 1A47A 3LPOA 4TUFA 3MO4A 2Y8VA 1V3JA 2V5DA 5GNZA 2FHFA 2WKLA 2BY1A 1OD8A 4LGXA 1BAGA 3PZUA 5EMYA 1GVYA 1BF2A 3D3AA 4UOZA 2BY2A 2CNCA 2D1ZA 1CLXA 3SUTA 1K6AA 2J7HA 1RH9A 3MMUA 2J8GA 4X9YA 5C8BB 2J7GA 3RM9A 1NM9A 1H0IA 2WPGA 3O6AA 2WSKA 1CENA 2J79A 1QPKA 1WCGA 4S3JA 2DIEA 1KQYA 3AISA 2WMJA 5A6KA 3WNPA 1JZ5A 1E6ZA 1CGYA 2MANA 1M7XA 3WDPP 4FLSA 3WF2A 3PZNA 3EMCA 3BXWA 3L4VA 2WCAA 3WQ5A 1ZBWA 4U5IA 2WBGA 5A6JA 1J0JA 2CYGA 1VJZA 2D22A 4JHOA 1B3WA 3U5YA 3DC0A 1XD0A 3LPFA 1GUVA 2DT2A 4M82A 3VIFA 4NF7A 1WZKA 3ZR5A 2ZICA 1HL8A 3AZSA 5D9MA 6TAAA 3ZJ8A 2YA0A 1JDDA 4M80A 2A3AA 4C7FA 2AMGA 4H8UA 1JZ8A 4RE2A 4R5EA 1QNRA 4CN6A 2YL6A 3BGAA 1E15A 2YIHA 4X0NA 4GIAA 3FAWA 1B1YA 1MVYA 1HJSA 1ZBVA 3EYPA 3UG4A 4AZIA 5LA0A 3LPPA 1DHKA 1W3LA 4CU6A 1GONA 1E6PA 4DWSB 1MQQA 2J7FA 5BRPA 4ZEPA 2QPUA 2XM2A 4OUEA 2BY0A 2DSUA 1FP9A 4PMXA 3WDRA 1VEOA 1XD1A 3NDZA 4FLQA 1HF6A 3OZOA 3I3BA 3W53A 1OSEA 1XSKA 4CU7A 4U3AA 3BC9A 3CGTA 1KBBA 1UR8A 3L4TA 4H8HA 3K46A 4P7QA 1JAKA 1H2JA 2DT3A 4HOWA 3VDHA 3WEOA 3BCFA 3NUKA 3MV11 1YHTA 4N0RA 1VBUA 2OSWA 1UWQA 5ABEA 1QI0A 1XYFA 4JFUA 1X1NA 2XUCA 1EQPA 3AIEA 1V0NA 4KGJA 3TTQA 4MNKA 3WH9A 3FY1A 3EDEA 2PWEA 3WF0A 3AMGA 4UZSA 1QW8A 1J11A 4PMRA 2O92A 1E40A 3PZVA 4DUVA 4PTVA 2DH2A 3CUHA 4RL3A 3OLGA 3OLDA 1J18A 5CLTA 1EDTA 3M46A 1JZ7A 1GPFA 1VFOA 2FDMA 1QBBA 4MNMA 3AQUA 2CIPA 3K4AA 1W9VA 4UCFA 1GQKA 3F5JA 2XTKA 3N18A 3MS8A 5CG0A 1BQCA 1DWHM 1PX8A 3ALGA 1E72M 2ESCA 3CHCA 2GK1A 5CZKA 1JZ4A 1K9EA 3I3DA 3SUVA 1B3XA 1M04A 3FXYA 1V6XA 4PBGA 2VZSA 1HXJA 1CIUA 3O2LA 2OWXA 3AIQA 2PC8A 4Q22A 5TD4A 3SUUA 4JFSA 1CGUA 1UKQA 4AD5A 1IV8A 3MMWA 1VRXA 3CPUA 4QLJA 3MSDA 2BVTA 2ZWZA 1ODZA 2X0YA 4KGLA 2W66A 1ISWA 4YHGA 3WEZA 5AC4A 4A3YA 2J62A 4PEEA 1WNOA 5BROA 2RGLA 4AZ7A 2Z1KA 1E9LA 3CUFA 1HN1A 5A8OA 4QAWA 2BHZA 3W26A 4HMCA 4NI3A 3W82A 3VD3A 4PMQA 2VX7A 3WDIA 3SUSA 5JUVA 3KL3A 4UQDA 3F5KA 3WF3A 3RM8A 5BCAA 2VZUA 2F61A 2W5FA 2X2YA 1IZKA 3UG3A 5JIPA 4AEEA 3ZM8A 4U31A 1ECEA 1ZJAA 2CPUA 2X09A 4ACZB 1RP9A 2ZX7A 3UR7A 1FHDA 4UTFA 1MW1A 1TZ7A 2Z1SA 2VURA 3SCQA 4HOXA 4MTVA 1J01A 1CGVA 1MXGA 1V0LA 1MWOA 1VF8A 5A8NA 1E1FA 2WHMA 1A3HA 1UWTA 3CBWA 2EO7A 4J3SA 4XUYA 1BVZA 2XSBA 1CXIA 5I77A 3DYPA 1UQZA 1UR1A 1NQ6A 3VILA 3GXIA 3BCDA 2Q8XA 1EH9A 3ARUA 3AXXA 2GJXB 4IPNB 4EANA 1OBAA 1R87A 1BLIA 3TA9A 5JBDA 3VGFA 4FLRA 2D2OA 4CVWA 3ARTA 1SFSA 1ITCA 1UD8A 1W1VA 1J0IA 2VRJA 1UA7A 4IPLA 2XYLA 2O9RA 5A6LA 1W1PA 2D20A 5KZ6A 1QNOA 2ZXBA 3W28A 2VRQA 2VJXA 2WCGA 3UETA 2VNCA 3WY1A 4D71A 1HP4A 4XZWA 1L8NA 3WH6A 1QNQA 2XVGA 3RCNA 2CBIA 4UR9A 3OG2A 3POCA 3IAQA 2YBTA 1TG7A 4NRRA 3T0DA 3AXIA 1XYZA 2ZUMA 1UR4A 1JXKA 1B31A 3BMWA 4MDPA 3L4YA 4E2OA 4OKDA 1GNXA 1V6VA 1AMYA 2PWFA 4AZGA 1U2YA 4DWSA 1E4NA 3VIGA 1E70M 3U57A 2A3EA 1B30A 3MKKA 3IAPA 1US3A 2WKGA 4AMCA 1AQMA 7A3HA 1HKJA 1EA9C 4HMEA 4HZ8A 1JDCA 1X6LA 3UR8A 1BVNP 1WB0A 3AI0A 3NSNA 4TVDA 2GFTA 3SEPA 1ISYA 4GI6A 3WNKA 5CJ5A 4GZJA 1XSIA 4J27A 2X05A 3J7HA 3QR3A 2G3MA 3CMJA 3OA5A 2BY3A 3WN6A 3GZAA 3RO8A 5CXPA 2DIJA 5A2BA 4PMDA 3ZO9A 3ZJKA 1QI2A 1KXVA 1LJYA 1QOXA 4W86A 3VU2A 1UD4A 2CESA 3CH9A 1FH9A 1K9DA 4E8DA 2PWDA 3DHUA 3WQ8A 3L4XA 2J78A 4AWEA 3AIVA 4TTUA 2WZHA 4HZ7A 3AZRA 1GZJA 1E43A 5ABFB 1KXQA 1H1NA 1GQIA 2ZX5A 1AQHA 1Q6EA 5A6SA 4H41A 1GCYA 3PZQA 3KL5A 3GH4A 4PCSA 1YQ2A 2HVMA 3WF4A 3HMCA 3WDHA 3F4VA 4HA1A 4PMVA 4MNLA 3M07A 3VD7A 1NWRA 4TX6A 3WD1A 1IT0A 2HISA 1ZL1A 5CPSA 3ZSTA 3ZT6A 3IJ9A 3T0BA 2XFRA 3CO4A 1PAMA 1QNPA 1FA2A 4MAVA 3GYCA 2QV4A 3SIMA 2YJQA 3OGVA 1OD0A 3AMLA 1FOBA 1UKSA 3GNRA 3VIPA 4CGTA 1I1XA 1BYDA 1CPUA 3DHPA 1DEDA 1R7AA 2OWWA 1E5JA 2O9OA 3VGGA 1VB9A 5A1AA 3VTRA 1VFUA 4TOQA 2D3NA 1J0KA 3ZJ7A 1DWJM 4WF7A 3LMYA 3NIYA 2CBVA 2G41A 2YL5A 3PN8A 1UYQA 4PTWA 2E8YA 1VBRA 3WMCA 4CD5A 2EBNA 3A3HA 2YA1A 3CZGA 1LF1A 5BXSA 3QHMA 2CKRA 1GVIA 4LYRA 1RP8A 4UFKA 4BQ3A 1K9FA 4EK7A 2NSXA 2GVYA 2XVKA 4TVUA 3RJYA 3AS3A 1KXTA 1NOUA 1CTNA 2PWGA 1TE1A 1Y7VA 1LL4A 7TAAA 3W25A 1H11A 7CGTA 3BH4A 4AZ5A 2V3FA 5I24A 3OB8A 4MADA 2J25A 1KCKA 3ZR6A 2VL4A 2VR4A 1UR0A 3FNDA 5D9NA 1GOOA 4W88A 1O7AA 1HVQA 2E9BA 5AYIA 1JZ2A 2XVLA 1VEMA 5I2UA 1B3YA 2IXUA 1WZMA 4BCEA 5A69A 1JYXA 2ZX6A 1CXEA 2DGAA 3AXHA 1J0HA 1MQPA 1FP8A 3EDDA 4WSJA 3WELA 1V0MA 4PUDA 2QHAA 1V6YA 3T0AA 4Z2HA 3WD3A 1OGBA 2XHYA 1JD9A 5BXRA 3THDA 3WBEA 1V02A 5CGMA 1IZJA 3PZIA 4OJYA 1N82A 3E1F1 4EKJA 3N04A 3WQVA 1GW1A 2DSZA 5IXEA 3B8SA 4KWUA 2D24A 3VVGA 1WDSA 3PZTA 5M17A 3ARVA 4M8UA 3DECA 1QI5A 1W3JA 1AQ0A 1CGWA 1CYGA 1V3HA 4CN4A 1HVXA 4GZIA 2BHUA 1Z32X 1LL7A 2WAGA 2UY5A 3PTKA 4D6FA 3CZEA 1C8XA 1C8QA 1U30A 1C7SA 3THCA 5IFTA 1QHZA 4AD0A 4EE9A 3AJ7A 3AIUA 4W7VA 2PB1A 1M03A 1PX3A 4F66A 5BXPA 2ZUUA 4HZ6A 1Q6GA 4AY1A 3EDKA 1KBKA 5HOSA 4KH2A 4WJXA 3QHNA 3WKZA 4CCEA 4IUGA 1H3GA 1PZ2A 4JCLA 2W63A 1WAWA 5A6MA 1V0KA 5M3WA 4HA3A 1SMDA 2D0GA 4OIFA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1JG9 A;  4W85 A;  5BRQ A;  3DYO A;  4W84 A;  1ESW A;  2XII A;  5FKY A;  3OLE A;  1WDR A;  1MW2 A;  4KMQ A;  3A4X A;  2EXO A;  3VII A;  1W91 A;  4D72 A;  3EMZ A;  4GQQ A;  1UD2 A;  3VNZ A;  3RIL A;  3WH7 A;  2BS9 A;  1MFV A;  5LYR A;  1V03 A;  5LA1 A;  4OOZ A;  1ODU A;  4BQ2 A;  3CZ8 A;  3AS0 A;  3VGD A;  1E56 A;  2WSP A;  4J3V A;  3AYS A;  2VX5 A;  3GXD A;  3BLP X;  3VIO A;  1NH6 A;  2YA2 A;  1BTC A;  5A6B D;  1KR1 A;  2A3H A;  1O6I A;  2YBU A;  4P8V A;  4K68 A;  2E4T A;  3RM4 A;  2IXV A;  2V3E A;  4H2C A;  4L4P A;  4ZE5 A;  5E0C A;  1JIB A;  2CHN A;  1OM0 A;  4LXF A;  1G94 A;  5I0D A;  4PSP A;  6A3H A;  3VDC A;  4PYS A;  3MUA A;  4WSK A;  5A8P A;  1JZ3 A;  1CWY A;  3ARZ A;  4UOQ A;  4AC1 X;  2XG9 A;  1E6R A;  4V28 A;  2CBJ A;  4D1I A;  5HDR A;  3CUJ A;  1B0I A;  3GH5 A;  1GOI A;  1PEZ A;  4HPH A;  3O9N A;  2J77 A;  3ZOA A;  1LQ0 A;  5JIW A;  1BHG A;  3HJE A;  4YN5 A;  2BNJ A;  5A2C A;  4AZC B;  3TTY A;  2ZWY A;  1OT2 A;  2GSJ A;  2DH3 A;  1E6X M;  1KWK A;  3VD9 A;  3N11 A;  2VZV A;  1Q6D A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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