4PMRA

Crystal structure of the mycobacterium tuberculosis tat-secreted protein rv2525c in complex with hepes (monoclinic crystal form ii)
Total Genus 79
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
79
sequence length
204
structure length
202
Chain Sequence
SLGTLLDYAAGVIPASQIRAAGAVGAIRYVSDRRPGGAWMLGKPIQLSEARDLSGNGLKIVSCYQYGKGSTADWLGGASAGVQHARRGSELHAAAGGPTSAPIYASIDDNPSYEQYKNQIVPYLRSWESVIGHQRTGVYANSKTIDWAVNDGLGSYFWQHNWGSPKGYTHPAAHLHQVEKRKVGGVGVDVNQILKPQFGQWA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Structural studies suggest a peptidoglycan hydrolase function for the Mycobacterium tuberculosis Tat-secreted protein Rv2525c.
pubmed doi rcsb
molecule tags Unknown function
source organism Mycobacterium tuberculosis
molecule keywords Tat-secreted protein Rv2525c
total genus 79
structure length 202
sequence length 204
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-05-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF08924 DUF1906 Domain of unknown function (DUF1906)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4pmrA00
2J8GA 1MW0A 3WQ4A 1NH6A 3VIFA 1G0CA 2ZXQA 3LPFA 3CZKA 4JFSA 1OB0A 4Q22A 3NDZA 3GM8A 1E71M 2XVKA 3F5LA 2VR4A 3MMWA 1E40A 4R5EA 1FFQA 5M5DA 4W7VA 1JYNA 1Z32X 6TAAA 3PZQA 2PBGA 4NI3A 3ZT6A 4A3YA 4PUDA 1LWHA 3A47A 2J7EA 1CXHA 1IZJA 1HNYA 2CEQA 3L4XA 5I24A 3WY1A 4PCTA 4H8UA 4AEEA 4LQ1A 4HU8A 1QNPA 2ZE0A 4DWSA 2JF7A 2GFTA 4J3UA 1E9LA 1V6XA 5CXPA 2PWFA 1XYFA 4Z2KA 1TVNA 3BAXA 3BXWA 3CHEA 2BFGA 1BVZA 3EMQA 1ESWA 1KBBA 3N15A 3DYOA 1H2JA 4HA1A 2ZX9A 5I77A 3WH9A 3GBEA 1CLXA 1UR9A 3W27A 4JIEA 2D3NA 5EB8A 1DWHM 3UESA 1UH4A 4BQ3A 4UNIA 3RDKA 3W38A 1W1YA 1BYBA 3SCWA 5FIPA 3WH8A 4J27A 1QI2A 3VGGA 2ZXAA 4P7NA 3L2MA 2WC7A 4H41A 3T08A 1B3YA 5LYRA 2FGLA 2OYLA 2XVPA 1UZ4A 3WQ6A 1WCGA 3EDDA 3NSMA 1GJUA 2XSAA 4J3VA 1H3GA 4OBRA 2CCRA 1PIGA 2EBNA 2X1IA 3UR7A 2BHZA 2JIWA 4D1JA 1QNRA 2QHAA 3WNOA 3WELA 1B2YA 1FH8A 5A6LA 2VCCA 1KR0A 1P6WA 5D9NA 4RL3A 2CKSA 2WSKA 1V0MA 1UKOA 1EGZA 3GH7A 1OM0A 5I5RA 2YL6A 1CYGA 1CGYA 1E6QM 2ZUNA 2GVYA 3IANA 1JNDA 1A3HA 2IUZA 4DWSC 2OWWA 2V38A 4PYSA 2WC3A 1PEZA 3AIWA 3LPOA 2A3EA 3CHCA 3WH7A 3VGFA 3UG5A 1BTCA 3LMYA 2XVGA 2ZWZA 1VB9A 3QR3A 2J62A 1KWGA 5E0CA 4MAZA 4GPNA 2QPSA 3UEQA 4W8AA 4AD0A 1V3KA 1CECA 2WXDM 1CGXA 2FGZA 3WDRA 5JUVA 2X2YA 2MANA 2WKGA 2AMGA 2VC9A 2BY2A 4M82A 2C7FA 3GTNA 3ARQA 1EOKA 4XZBA 3DYMA 5EMYA 3ZR6A 2WHMA 5I78A 4D1IA 3PBGA 1X6LA 1SMAA 3UERA 1JL8A 4AZHA 1TVPA 1TUXA 5CSYA 2QPUA 4N0RA 5BROA 4V28A 1O6IA 2DQXA 1J0KA 3ZT7A 5E0FA 3WNLA 1UOKA 4W89A 4AMCA 1ZL1A 1UA7A 3ZJ7A 1UQZA 1ZJBA 2J4GA 1VFFA 1OGSA 1W2PA 1C8XA 4PTVA 4HA4A 2E9BA 3SCSA 1SMDA 2JFEX 2HVMA 3BSGA 1JD9A 3IJ8A 4QDMA 1GCYA 1EDTA 5I2UA 3CBWA 5D9OA 5A69A 2PF0A 3GDBA 4UQAA 5CSUA 2O9PA 4LXFA 3AZTA 2DT0A 4HOZA 3F5KA 3TTOA 4X0VA 3POHA 1PIFA 3ARSA 4ZXOA 5ECUA 5AYIA 1V02E 2WSPA 2XUCA 2FDMA 4AC1X 3GXIA 5CJ5A 3PZIA 1QI4A 3OGRA 3K8MA 3AMKA 3VGBA 2ZX6A 4TVDA 2WPGA 3T0AA 3DECA 1IV8A 1ZBVA 3SCNA 4AYSA 3N1AA 3FN9A 4DUWA 1XYZA 2WANA 1E15A 4P8XA 1UWQA 1CGWA 5BXPA 4EKJA 1HJVA 4F8XA 1VRXA 3PZMA 2VJXA 4RE3A 3MUAA 2WVSA 3ZSTA 4AIOA 1NOWA 1HF6A 3VPLA 3VD9A 2CETA 3PTQA 1RD6A 3NSNA 2W91A 4GO8A 1QNQA 1OINA 2EPOA 3RIKA 3VIPA 2X05A 4GZEA 3EBVA 4H8VA 3GH4A 8CGTA 4V2XA 5I3DA 1AQHA 4HPGA 1BYAA 3FAWA 3DC0A 4PMVA 1W1PA 1GOIA 4LX4A 4XUYA 1GORA 4D6GA 2WVVB 3SCTA 2D23A 1UUQA 2D20A 2J7HA 5A6AA 3CZEA 4UCFA 1DWJM 1R8LA 3QHNA 3ZR5A 3WUBA 3CHFA 1L0PA 2D24A 1AMYA 3KL5A 4Q7NA 4YPJA 1UKQA 3PHAA 3ZMRA 5A8PA 4YHGA 3BAJA 5DT7A 3WD3A 5CG0A 1V6UA 1HIZA 1R87A 3VIIA 1MQRA 2GDUA 3S6TA 1EHAA 3EDKA 1GOOA 2XTKA 3WD2A 3UETA 1KCLA 4MB5A 3TTYA 4BF7A 2C0HA 5JBEA 3VIOA 2OYMA 3WUFA 3RO8A 1R86A 4TVCA 5A6SA 5IFTA 4U2ZA 5D8ZA 2E9LA 3EDFA 2EEXA 1OSEA 3VIJA 1M04A 3AXIA 1BYDA 1XHGA 4AZ6A 4LGXA 3CZLA 2VCAA 3K8KA 3GNOA 4GO9A 3SEPA 1UH2A 1W3HA 4AW7A 3KL0A 1HVQA 3W0KA 1NQ6A 3N04A 1KXQA 2IXVA 2E8ZA 3CIVA 3BLKA 1UA3A 2WMIB 1QHPA 2OLHA 4JL1A 3WF4A 4UQCA 1FH7A 4HOXA 5CZKA 4CGTA 4J28A 3WEOA 2FHCA 1J9YA 2BHYA 5A1AA 1US2A 3WUEA 1CNVA 5D4YA 1JZ6A 1NP2A 3CUHA 4GZJA 3NUKA 5AC5A 4W8BA 1JFXA 1DWGM 3AZRA 1JYWA 1KQZA 3A6OA 2W61A 4QCFA 1QI0A 2WKLA 3U57A 3ZO9A 4W5UA 3IJ7A 4OJYA 3M6DA 3RM8A 2V3EA 1G01A 2G8ZA 1LG1A 1PX3A 1BLIA 2D3LA 5A6BD 2ZXDA 3QOMA 3A3HA 1PPIA 4MJ2A 4WK9A 1UHVA 2ZUTA 2DSUA 2PB1A 2WYSA 4UFHA 1BGGA 1BYCA 1ZBKA 1UD6A 1B31A 3BAWA 1V3HA 2EJ1A 7TAAA 1B3XA 2J47A 3BCFA 2D0HA 4TX8A 5HBFA 1W1TA 2WMGA 3WENA 1C92A 2DH3A 4FLRA 1A47A 2E8YA 1WNOA 4XX6A 1X1NA 2G41A 2O9OA 4AD1A 4ZE5A 1H5VA 1GPFA 1WZMA 3WDIA 1C90A 4D6JA 1PZ3A 4P8UA 5CLTA 3MSGA 3ZIZA 4MB4A 2G3IA 3L4UA 2B31A 3MANA 4CKQA 4CN6A 3UCQA 2IXUA 1HVXA 1GVIA 1OT2A 3VGHA 1TE1A 1GQKA 3HJEA 2A3HA 4MNKA 3VIMA 4AEFA 2GK1B 1JI1A 1CGUA 2ZIDA 3AXHA 1XH2A 1UYQA 1V08A 3CGTA 2WVVA 4ZXLA 1ISWA 2EXOA 3AROA 3WH6A 2AOSA 4D6EA 1NWTA 4PUEA 1J0YA 4AZCB 3WD1A 2JALA 3B8SA 3AS3A 3WNKA 1U2YA 3JUGA 4JFTA 4J3SA 1C93A 2AAAA 2WM0A 3SURA 1JAKA 4UZUA 5FCZA 2XFFA 4HPHA 3MKKA 4KH2A 4TVUA 3U7BA 4BQ2A 1YHTA 1JFHA 1CXKA 3CPUA 3ARYA 2DIJA 3VM7A 1HT6A 4AXNA 5I0DA 4PTWA 4M81A 4PMRA 3T2OA 4UFLA 2DSWA 2ZUSA 3CZJA 1TA3A 1M01A 1QOXA 3HN3A 1LWJA 3SUTA 3ARVA 4U2YA 4FK9A 2PWEA 4ACZA 3CHDA 4DM2A 4RE4A 4PMZA 3ZJKA 4H04A 3VM5A 4CCEA 5BXTA 2WMFA 1NWRA 2OYKA 2J7GA 3BAYA 1M7XA 1C7SA 4GI9A 2JE8A 3OZPA 1JZ5A 2EPLX 2GUYA 3PZNA 3OA5A 4PMNA 3GXDA 2YKKA 4UTFA 5ABEA 1CXLA 3T0DA 2C8NA 2X8RA 1UWUA 1E55A 2O9TA 3L2LA 4GI6A 4JCMA 1E4LA 1PZ2A 2YL9A 2X0YA 1JZ8A 3BSHA 3PTMA 3ARXA 4UFMA 3WBEA 3WDHA 2VI0A 3AYRA 4MB3A 1GJWA 4URIA 1V0NA 1KCKA 4UQEA 2Y5EA 1ISYA 3AHZA 1QBBA 4BZYA 1DP0A 3VUPA 1AVAA 2GJRA 4U5KA 2V3DA 4BS0A 3VGEA 4EANA 1HN1A 3W53A 4MTVA 4AZIA 3WF2A 5ABFB 2WW5A 4YN5A 2XVNA 3ALGA 1GOMA 4GQQA 5FL1A 3BCDA 1TZ7A 1UWTA 1V0KA 2VZVA 3OLIA 1EQCA 3WL1A 3AHXA 1SYTA 1Q6CA 3AI0A 4ZEPA 3OZOA 1R7OA 2XWDA 4PMXA 4U3CA 4FLSA 1HJSA 1G9HA 1TCMA 3AXXA 3CZGA 3A4WA 2GJXA 1ODUA 2WHJA 2J25A 1V0LA 4F9JA 1J11A 2VVNA 1WPCA 2YIHA 2DH2A 1HX0A 4OUEA 1JNEA 3BAIA 1GZJA 1KGXA 1D2KA 3VVGA 1B30A 3NCOA 4CU6A 2D2OA 4W5ZA 2V3FA 4W8LA 1K9EA 4OBSA 3SUVA 2YA1A 5E6YA 4P7QA 1JZ7A 2G4FA 1TFVA 1UD5A 2WC4A 3M46A 5KEZA 2Y8KA 2J79A 3OLEA 1GUVA 2UY5A 1ISZA 1AQMA 1WKYA 5A6KA 4CUCA 2QLYA 4MJ4A 1KFWA 2YDRA 3W25A 5GQBA 3VNZA 1GVYA 1KXHA 4PMQA 4TOQA 4W88A 1JDCA 1V6YA 1NWUA 3EMZA 3VDHA 1CWYA 1UR4A 2VRKA 2PC8A 4MNMA 4D6HA 1EDQA 3ECQA 1GHSA 4C7DA 1LJYA 1G1YA 2A3BA 3WIJA 1RH9A 3WEMA 2D1ZA 3D3AA 3KL3A 4R27A 2GJPA 1U30A 4F79A 1NWSA 1L8NA 4KRUA 3ZT5A 4WLCA 3SCVA 1B1YA 1KB3A 4CCCA 2YBUA 2O92A 3L4ZA 1PAMA 1E6XM 2XSBA 3VDCA 3WQ8A 2J77A 2CNCA 4WSJA 1V02A 1D7FA 1E3ZA 4ACYA 2PWHA 1HP5A 3NSXA 2VQTA 1Y7VA 4PTMA 4PBGA 4N42A 1OD8A 4P8WA 4MNJA 1SR0A 1B3ZA 3U5YA 3WFZA 1B3WA 4EAMA 1BF2A 2EPKX 1J01A 3ARWA 3SCOA 3ZJ8A 2NSXA 4CVUA 2WCSA 4Z2JA 2DSVA 4W93A 4CD6A 1DEDA 2G3JA 2QMJA 3K4AA 5CGTA 2XGBA 2VZUA 1EOMA 4HU0A 3PZ9A 1E1EA 3VX0A 5GPRA 1WO2A 4HZ6A 2QV4A 2YL5A 1VEMA 2BVTA 2WMHA 3W26A 2XJ7A 1TR1A 1F4HA 5AC4A 4Z2GA 2XPKA 5ABFA 4DUVA 3VDBA 4PRWA 2ZX8A 5BRQA 5IFPA 2F2HA 2ESCA 3W81A 2VUYA 3BMVA 3U5UA 2J7BA 1KBKA 2RGLA 3SCRA 5I79A 1UG6A 1H1NA 1XGZA 4CU8A 4CD7A 4DUXA 1UQYA 1V6WA 2WAGA 3SCUA 2VOTA 3AMLA 1AQ0A 5C71A 1E73M 3VKKA 1K9DA 3K46A 3MMDA 1VFOA 4GZIA 3PZVA 2ZUMA 1CXIA 2CITA 3EYPA 4CD8A 1I1XA 1J0IA 1LL4A 2OSYA 2F8QA 4AD4A 1E4NA 1GQIA 2UWFA 3ZSSA 2A3AA 1BHGA 4KGLA 5TD4A 4V27A 4B3LA 2FHFA 3FAXA 2CESA 4AIUA 3ARPA 1ZS2A 1XSIA 1WZAA 2UY4A 4GKLA 5A3HA 1WB0A 4B3KA 2D0GA 3WH5A 5CPQA 2Z1KA 3VMOA 3VD5A 4M1RA 4CD4A 1HJQA 2WNWA 4AD3A 2JIEA 4EK7A 3W82A 1VAHA 1GOQA 1UWSA 2WWCA 1K9FA 1WDSA 2VMFA 4PN2A 1QVBA 2WVTA 3FHAA 3ZOAA 1C91A 4Z2LA 4OOZA 4P8VA 2JF6A 1E0WA 4L4PA 1ISVA 1DWFM 1KR1A 4H2CA 1ITXA 1JXJA 4F66A 1CGTA 2XG9A 3FXYA 3VTRA 4BQ5A 1TG7A 3NYDA 3WD4A 4HMCA 1J18A 1FHDA 3TA9A 3FW6A 2ZX5A 4JFUA 1E5JA 3GNPA 2YBTA 1BG4A 2WZIA 2NW0A 3EMCA 3ALFA 2CIPA 1BFNA 1HKIA 1NM9A 3QGVA 1HKJA 1DWAM 2YL8A 1E1FA 5E09A 2VQUA 3SIMA 2WHKA 3W24A 3AFBA 3GYCA 3IAQA 3CMJA 1XSKA 1H11A 3OB8A 3PN8A 2WCAA 3AMDA 4W7WA 2W5FA 3O6AA 1DHKA 2OWXA 1MFVA 3J7HA 3IJ9A 1VBRA 2Q8XA 2VX7A 2G3NA 4U33A 5GNZA 1W9BM 9CGTA 4MDOA 3IAPA 3HU7A 3OGSA 1QI5A 3WMCA 1XCXA 2FH8A 3AIQA 2W92A 1GQJA 2VX6A 5M17A 4PMYA 3WQWA 1OCQA 2QF8A 5JBDA 2V3GA 1LF1A 2XFRA 1JDAA 1KGUA 4CCDA 1HKMA 4GQRA 1S46A 3WN6A 2ZUUA 3NDYA 3DYPA 4MNLA 3TTSA 3AMGA 3LPGA 3AJ7A 4PMDA 3WL0A 4KMQA 1O7AA 2BNJA 3MV01 2VZOA 1CXFA 3SUUA 2XFYA 6A3HA 6CGTA 5KZ6A 2OSXA 2DT2A 5A2CA 1WZLA 3OG2A 3VMNA 5A8MA 1E0VA 5FOOA 1XH1A 4MB1A 3AICA 2VX5A 4JKKA 3BAKA 3WF0A 1GNXA 5D8WA 1ITCA 3S2CA 4UFJA 4U31A 3F5JA 3CUFA 1OGGA 4JHZA 3O9NA 4NRSA 4W7UA 1UZ1A 3ZM8A 3AHTA 4X9YA 1GOWA 1QW9A 1VEOA 1B9ZA 1EA9C 2CBUA 3PZUA 4IM4A 3L4VA 2BY1A 5FL0A 3W6LA 1ODZA 2QMKA 2VX4A 2DDXA 2BXYA 3WFLA 3PTKA 3B9EA 1OBAA 1FP9A 2W66A 4ZENA 2VL4A 2CYGA 2ZX7A 1H49A 2A3CA 3WDPP 4AD2A 2E40A 3AQUA 4PSPA 4AISA 4P7OA 3APGA 2GDVA 5I23A 1JDDA 5CPSA 2TAAA 5FKYA 3WEZA 1Q6DA 1V3LA 1QI3A 2VRQA 5LA0A 1I1WA 1FFRA 3AISA 3CO4A 5C70A 1BAGA 5BCAA 1UWRA 2EO7A 3BGAA 2CXGA 1E70M 5C8BB 5A6JA 3OBAA 1HJWA 1BPLB 2J75A 5M3WA 1W3KA 3WQ5A 4QLLA 1EHNA 1WE5A 5HDRA 1JG9A 2RGMA 1SFSA 1CZ1A 3W37A 1MW3A 1W1VA 2W62A 4M24A 2Y8VA 3G6LA 1C7TA 2VVSA 4JZ5A 4GXPA 1QBAA 2CBIA 4NRRA 2BVYA 5A2AA 1G5AA 2BXZA 2W4XA 4IPNB 2BHUA 2WMIA 3AS0A 3WUGA 4J7RA 2BV9A 3IK2A 4CVWA 1EQPA 1GOKA 2CHNA 4JFWA 3WNMA 4Z2HA 2YDSA 2WB5A 1WAWA 4AWEA 1KGWA 4YHEA 1JYXA 5BRPA 4QCEA 3VD7A 3SUWA 3N18A 2CBVA 5BXRA 3MMUA 4UZSA 2YDQA 1UWIA 4AZGA 3DHPA 4CD5A 2HISA 3N9KA 1VBUA 3N13A 1E43A 3CLWA 2WZHA 1ZBCA 4PCSA 3VU2A 4UOZA 4IUGA 4H8HA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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