4PMUA

Crystal structure of a novel reducing-end xylose-releasing exo-oligoxylanase (xyna) belonging to gh10 family (space group p1211)
Total Genus 133
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
133
sequence length
355
structure length
355
Chain Sequence
TSLKQAYAQGFLLGTAVNADIVSGKDAASAALVACHFNAVTAENVMKAEVVAPRRGVQDFSAADAFVAYAQRDRQFVVGHTLVWHNQTPEWFFTTADGRPNTPAQQLERMRAHIAAVAGRYTGKVQAWDVVNEIIDEDGSYRSTNWVQRVGDGDTVVRNAFAFAQRYAPDAQLYYNDFNAWRPAKREGIVRMVKMLQQAGVRIDGVGMQGHWGLNYPSLRDIEDAIDAYAALGVKVMITELDIDVLPLTKEGQIIGTGMAHKQFQLPEFKRFLDPYRDGLPADVQAQLRDRYAELFALFWRKRDKIARVSVWGVSDDMSWKNDYPVPGRTNYPLLFDRNHQPKPALDAVVAVPSA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Xanthomonas axonopodis pv. citri
publication title Molecular mechanisms associated with xylan degradation by xanthomonas plant pathogens.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Endo-1,4-beta-xylanase A
total genus 133
structure length 355
sequence length 355
chains with identical sequence B, C, D, E, F
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-05-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00331 Glyco_hydro_10 Glycosyl hydrolase family 10
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4pmuA00
3GM8A 1QI4A 3CUIA 1JFHA 1BQCA 4MJ4A 4AZCA 5I2UA 2O9OA 2PB1A 2WMHA 4W8LA 5F7UA 3RDKA 2WYSA 3AIQA 2OSWA 1GJUA 4ACZA 1GOIA 1OT1A 4P7NA 2VX4A 3THCA 1J0JA 1KCKA 1UKSA 2VJXA 2EBNA 3PTQA 3ARXA 3AIBA 4JL1A 5FD0A 4D6HA 3HU7A 1MW2A 5E0FA 2JF6A 4KMQA 1KXVA 1UH2A 2V3EA 3RM8A 4FMVA 3CHFA 1E9LA 3ARPA 3WNOA 2VO5A 2XGIA 2VRJA 4AY1A 1GQIA 2VZOA 4B15A 2PWGA 2Z1KA 4HA3A 2ZX8A 3ARZA 4AZIA 3EMZA 3MMWA 3II1A 1GPFA 3S6TA 2VVNA 2Z1SA 2WVVA 3D3AA 3ZMRA 1SMAA 4OBRA 4P8WA 3M6DA 1DP0A 1E55A 4JAWA 4D6DA 3QGVA 4PYSA 1WNOA 2WM0A 1RPKA 3GH4A 3HN3A 1E6QM 1OCQA 1E1EA 1VENA 4LYRA 1H5VA 4WLCA 2E8YA 2WBKA 1MQRA 4PTXA 1ZBWA 1HKMA 1DWIM 3MMUA 3SCQA 1O6IA 5CPQA 2VZUA 4W93A 3UERA 5A6BD 2VTFA 4LXFA 1UKOA 1UD3A 1VAHA 3FNDA 1C92A 2W4XA 2E40A 3ZSTA 1JG9A 4Z2GA 3BLPX 1GCYA 3MUY1 1V3LA 4KRTA 2HISA 3VGFA 3WQ4A 1LWJA 3SUSA 2BVTA 5FCZA 4AD0A 3FAWA 2O92A 5A2AA 1BYAA 1UH4A 2J79A 5HOSA 3BC9A 1HJWA 4U3AA 3BCFA 1CLVA 3TTQA 5E6YA 5I3DA 5D9PA 2OWXA 2D2OA 3ARRA 4U5IA 4QLKA 1DHKA 4X0VA 4JIEA 4UQDA 1HT6A 3SUVA 3BSHA 2ZUMA 3M7SA 5IFTA 1V02A 3VUPA 3VD4A 1OINA 3OLIA 4RL3A 5JIWA 3PHAA 4UFIA 2DEPA 2DIJA 2VL4A 2J77A 2GK1B 5HXMA 1Z32X 1OD0A 1H0GA 3QHOA 2X2YA 4B16A 4TXEA 3WUGA 4X9YA 1VJSA 1JZ3A 1JD7A 4TTGA 3OG2A 3ECQA 2BVDA 4K68A 5A8OA 1JGIA 3F5KA 3VGGA 1E3ZA 3TTOA 1FFRA 2WKGA 4J3XA 2ZICA 3BAXA 1G0CA 3CZGA 1BG9A 3WQ6A 3WENA 2WSPA 4PMDA 4AIEA 4J3UA 3WDJA 3GDBA 3F5LA 1SYTA 5CSYA 1C8YA 1OGBA 2CBUA 1UD8A 1QHPA 2CBIA 4UNIA 1E0XA 3WBEA 1JI1A 4UOQA 3APGA 1AQMA 3ZOAA 1EIBA 1U33A 1KWKA 2G3IA 4UTFA 4QDMA 3WFZA 3VO0A 1UD4A 1F4HA 3M46A 2WCGA 1JD9A 1UKPA 3L2MA 3WBAA 1HP5A 4UFHA 1UA7A 2J7GA 4M1RA 3PZUA 1TCMA 1KCLA 1B30A 4XV0A 4D1JA 2BY0A 3QOKA 3EDFA 4M56A 3N04A 1ODZA 3BAKA 3VGHA 4M82A 1A3HA 4U31A 1CXLA 4JCMA 4AD5A 3CH9A 3SIMA 8CGTA 1HL9A 1BYDA 4OZOA 2J7DA 3VIKA 3O9NA 2O9TA 1BF2A 4UQAA 3J7HA 1XCWA 3FW6A 3OLEA 1PJ9A 1XYZA 1Q6GA 3WFLA 4D6FA 4HU8A 3AYRA 4CUCA 3GNRA 1OIMA 3T09A 3NUKA 5HNNA 4CD6A 1FFQA 5DT7A 2J8FA 2JIWA 1Y7VA 1UR0A 4EKJA 1MW1A 1E40A 1D3CA 1E6PA 1UYQA 2XHYA 1CWYA 2WAGA 2WVSA 4J7RA 2CIPA 2VC9A 1CXIA 4CN1A 1J0IA 3NIYA 1M7XA 2BHUA 1TA3A 3EDKA 2YL5A 3FXYA 4MDOA 4PSRA 5D9MA 1ZBVA 1E4MM 1W2PA 3SCPA 4GPNA 5BRQA 3O2LA 7A3HA 3AS3A 2YJQA 2WMIB 1W3JA 2DT0A 3CLWA 1WZAA 3PZOA 2X0YA 3VX0A 4D1IA 1W9UA 3TTYA 2WCSA 2G3MA 4B3LA 2WWCA 4UQ9A 1FP8A 2E8ZA 3WEOA 3ZM8A 1I75A 1E71M 4AMCA 3NDYA 3GBEA 2E9BA 2JFEX 2W91A 1CGTA 1W1TA 3EDJA 1PAMA 2D0HA 3U57A 1FA2A 1GQLA 3IJ7A 1U2YA 3MV11 1CXHA 1GW1A 4AZ7A 5BXRA 1HF6A 3TA9A 1JZ8A 1SFSA 1IZJA 4LYPA 1V0KA 1C7TA 5IDIA 1GQKA 4OJYA 3MMDA 4W7UA 3W53A 2CESA 2VMFA 5A2BA 5A6BA 1GORA 4AISA 1QHOA 3SCSA 1QNQA 1G94A 4OIFA 5I77A 1CTNA 2V3GA 3W29A 1HVQA 1E4IA 2ZXDA 1C90A 3ZJ7A 2AMGA 4PMOA 3VM7A 4M24A 1JXJA 2XG9A 1NWTA 2BVYA 2E0PA 3OGVA 5I79A 1LF1A 2CKSA 1NQ6A 1M03A 2XUCA 4MAVA 5ABFA 1LL6A 5DMYA 2J25A 2D1ZA 3WQ8A 1IV8A 1C91A 1R87A 3FY1A 1B3VA 2DT1A 1HJUA 2DSUA 3UCQA 3WQWA 4OOZA 3U7VA 4HOWA 4GQRA 2DSKA 5E09A 1VJZA 2WC7A 4GXPA 3LPPA 4E4PA 4U2ZA 1OD8A 1ZL1A 2G3JA 1MFUA 4PTMA 1RP8A 4PMUA 4YHEA 4A3HA 5IXEA 1W3KA 2PWHA 3BH4A 2GJXB 3AMCA 1V0LA 3K4AA 4PUEA 2BV9A 2D23A 1M01A 4U5KA 4PCTA 1ISXA 5JIPA 4GI8A 1R7AA 5GNXA 3VILA 1A47A 1WDSA 1E3XA 2Y4SA 4IPLA 2QPSA 1KR0A 3N1AA 2GSJA 4JL2A 2ZUNA 4WSKA 2BS9A 3WELA 1HJQA 4UQEA 3POHA 1AVAA 2DGAA 3AHVA 2RGMA 4WF7A 3N13A 3W6LA 3HJEA 5E0CA 1B90A 4PSPA 4HA1A 7TAAA 1H41A 2PI6A 2VOTA 2WK2A 3CGTA 4R5EA 3UESA 4AZ5A 1LQ0A 2CNCA 4A3YA 1JIBA 3ZT6A 3VMPA 4Z2JA 5D9NA 2Y5EA 5IFPA 4XZBA 1G5AA 3WD1A 4W86A 1MVYA 1VB9A 3VIJA 1XD1A 2W63A 2GJRA 4AEFA 4CD4A 5I5RA 3ZO9A 5EFFA 3PTMA 2OWWA 3UEQA 1H49A 2WHLA 2D3LA 1ZU8A 1E70M 2DSZA 3B9AA 4Y7EA 1TG7A 1JZ2A 4H8HA 4TOQA 2J7CA 1KGWA 1FP9A 2GJPA 4ZXLA 3AIEA 3UG5A 2J47A 3VX1A 1JZ4A 1LL4A 4UFMA 4D6GA 3RJYA 1EOKA 2VZSA 1K9EA 4NRRA 3VDBA 3WDIA 2ZUUA 4BA0A 1MQPA 5ABHA 1XH0A 4DM2A 4TVCA 1TFVA 3W24A 3WSUA 3GXFA 2YIHA 4AZBA 4KGJA 1EH9A 2B31A 2GVYA 2YA1A 1KR1A 4JFVA 3WNNA 2ZIDA 4KWUA 1HJXA 1L8NA 2WMKA 4OKDA 4QLJA 1VFUA 1ZJAA 4DUXA 1KBBA 2VRQA 6TAAA 3EYPA 1UWQA 1JNEA 4B9ZA 1M53A 3T0AA 3AMGA 5AY7A 5LA0A 4BF7A 4HP5A 1WZMA 4JFUA 1O7AA 4Z2IA 1VEMA 3QHMA 4C7FA 2CBJA 1P6WA 2NT0A 3LPOA 3WH8A 4GZIA 4P7OA 1B1YA 1JDDA 3AYSA 4B9YA 4S3KA 3SCVA 2OYLA 1JYXA 1X6LA 2F61A 3VMOA 5CPSA 4R27A 3BAJA 1BPLB 1V03A 2WLYA 3VIPA 4KRUA 2JEPA 2CETA 2WVTA 3PZ9A 4UOJA 2F2HA 1ITXA 1KB3A 1JYNA 3B8SA 3WY1A 1WZKA 4D6CA 3CZKA 1MFVA 2FH6A 2VX5A 1CGXA 1VFMA 1XSIA 2X8RA 3K4DA 5DF0A 1NP2A 2ZWYA 1KFWA 1WDQA 4GQQA 1PZ3A 3VINA 4U3CA 1HNYA 2D0FA 4DUVA 1WZLA 2VZTA 1V3MA 2WVUA 2Y8KA 3WD2A 3MUZ1 1PX4A 4W5UA 2XWDA 2VURA 2ZOXA 5DO8A 3ZJ6A 3ZJ8A 2ZXQA 4W87A 4AZ6A 1ISZA 3G6MA 1GONA 3GXDA 1UG6A 4TVDA 4ACZB 1EXPA 1ZBKA 3WL1A 2DT2A 1RP9A 5CXPA 2A3CA 1NP0A 1V02E 3AMDA 2X09A 2XVLA 1QBBA 3AS2A 3WUFA 1E6ZA 2X0HA 3IJ9A 2WZEA 2CHNA 1KXHA 1ZJBA 2WANA 3DHPA 4Q7NA 1GVIA 1EHAA 1EDTA 3W6MA 1JZ7A 4AD3A 4W7WA 3VMNA 1C93A 3SCWA 1J12A 2ZUSA 1CXFA 1FHDA 2XFFA 2VUYA 1E5NA 1V6YA 2WVVB 1KQYA 1KWGA 1G9HA 1HP4A 2J62A 3GXIA 3GNPA 4AEEA 4EK7A 3AIRA 1ODUA 1V6VA 2ZX9A 1BVNP 4GIAA 4EANA 1J0KA 2UY2A 1PBGA 2D3NA 4F9JA 3AIWA 3PZVA 4GI9A 3VIHA 3T0DA 1Q6DA 2WB5A 4CCCA 5A6MA 2BY1A 4MB3A 1TVNA 2UY3A 3I3EA 3WNKA 4BQ5A 1DWFM 4AXNA 3EDDA 1CENA 1V3IA 6CGTA 3OA5A 1XRVA 1FH8A 1BHGA 1GJWA 1ISVA 2BHZA 4HU0A 2VNCA 5CQ1A 5ECUA 1E6SM 3AXIA 2J7BA 5A6KA 2BHYA 2XPKA 5JBDA 2W92A 1GOKA 4ZE4A 4W88A 5GQBA 1LG1A 1V6WA 3PBGA 1TMQA 2WSKA 1YHTA 3BGAA 4MJ2A 5CPTA 3W0KA 3VGDA 3WD3A 4ACYA 5FIPA 1PX8A 1NWSA 3MUAA 3ARSA 3K1DA 3KEHA 1PPIA 1AQHA 2AAAA 1BSIA 2FGZA 3WUBA 1NARA 4BZYA 3WMBA 1OT2A 4ZEPA 4GZEA 1BYBA 5DEZA 4DM1A 4OOUA 5DT5A 2YDRA 4AWEA 2FHCA 2BNJA 5TD4A 3W25A 1CEOA 3AZTA 4W8AA 4FLRA 2A3AA 3L4WA 1JF6A 1ZB5A 3A4AA 2DSWA 4AD4A 1GVYA 3ZR5A 2ZX7A 1V3HA 2EPNA 4UFLA 1BGGA 1WPCA 2UY4A 4UZUA 1C7SA 5A6AA 3VIFA 5LYRA 1ZS2A 1JAKA 4CCEA 3BSGA 1ITCA 1OM0A 5BYWA 5M17A 3CBWA 4LX4A 3T2OA 2WMIA 2XSBA 4ATWA 1BFNA 1QNRA 5E9AA 1WDRA 2ZX6A 5AYIA 3NSNA 3KZSA 5A8NA 3IJ8A 1LJYA 5JUVA 2CBVA 4F9DA 1W3HA 1VBUA 4AYSA 1G1YA 3FHQA 1JNDA 4AC1X 3WIJA 4RE4A 1BYCA 8A3HA 3RILA 1UD6A 2J75A 3A3HA 1WDPA 1U30A 3RCNA 4U33A 2WC4A 2UWFA 5A6LA 3NDZA 5I24A 3OGSA 1GOMA 2QMJA 4J3VA 4HOZA 1Q6CA 4P7RA 4H7VA 2GUYA 4V28A 3QHNA 3VDAA 5A8QA 5HPCA 3ZJKA 2VCBA 1UZ1A 2CITA 3CZ8A 5EFDA 2C8NA 2CPUA 1QI0A 3DYMA 3GBDA 2WKLA 4D72A 4XUYA 2XGBA 4AZHA 4HMDA 1UUQA 3CZLA 3N12A 1LG2A 1MQQA 1YQ2A 4UCFA 5E6ZA 3NJ3A 3G6LA 1VFFA 1QW9A 3AXHA 3ALFA 1J10A 3WF0A 1H3GA 1BG4A 3MUIA 2VX7A 5D9OA 3ALGA 1I1XA 1B3XA 3VIOA 3ZT5A 4LGXA 1KQZA 1Q4NX 1QVBA 2WZIA 2QF8A 5BROA 4FLSA 3VD9A 4XB3A 2XM2A 2ZXBA 1VBRA 2CEQA 2J7HA 2D24A 5I78A 2EXOA 3K8LA 1QNPA 3EBVA 2WZHA 4CU6A 2J7FA 1B31A 3LMYA 3WNLA 1JYWA 1UR4A 1UKTA 1W1PA 2A3BA 4AIUA 4XX6A 3VNYA 2FHFA 2JALA 3NCOA 2JIEA 4JKKA 1H1NA 4WKAA 2ZUVA 5CLTA 1OB0A 3MANA 3O6AA 2WBGA 1RH9A 3VIIA 2XJ7A 1OGSA 3EMCA 2J4GA 1PIFA 4P7QA 9CGTA 3IK2A 4JHZA 3FAXA 2WLZA 3BLKA 3HMCA 2DH2A 1NOWA 4HPHA 4PMXA 3AHYA 4XZWA 1KXQA 1AQ0A 2Q8XA 2WMJA 4CD5A 3AICA 2EPKX 4CD7A 5GPRA 4FLQA 1Q6EA 4LPCA 3F4VA 1NH6A 3LPGA 4PMQA 2NW0A 3UETA 5C8BB 3UR7A 2XIIA 1H4PA 3NYDA 1QNOA 3FN9A 1PEZA 2W5FA 5ABEA 4UOZA 1H09A 3I3BA 1W2VA 3AQUA 4HZ7A 4CD8A 2VCCA 3CMGA 3W82A 3QR3A 2J7EA 5A2CA 4IUGA 5GNZA 2WXDM 4P8VA 5LA2A 1WAWA 2ESCA 1ECEA 3UG4A 4J3TA 3W81A 3PZMA 4J27A 4RE3A 4E2OA 5A1AA 1HXJA 4F8XA 3WH7A 3POCA 4GO9A 2PWEA 2CCRA 1W9DM 5A69A 5KZ6A 1JXKA 3AOFA 1VF8A 3MSDA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3GM8 A;  1QI4 A;  3CUI A;  1JFH A;  1BQC A;  4MJ4 A;  4AZC A;  5I2U A;  2O9O A;  2PB1 A;  2WMH A;  4W8L A;  5F7U A;  3RDK A;  2WYS A;  3AIQ A;  2OSW A;  1GJU A;  4ACZ A;  1GOI A;  1OT1 A;  4P7N A;  2VX4 A;  3THC A;  1J0J A;  1KCK A;  1UKS A;  2VJX A;  2EBN A;  3PTQ A;  3ARX A;  3AIB A;  4JL1 A;  5FD0 A;  4D6H A;  3HU7 A;  1MW2 A;  5E0F A;  2JF6 A;  4KMQ A;  1KXV A;  1UH2 A;  2V3E A;  3RM8 A;  4FMV A;  3CHF A;  1E9L A;  3ARP A;  3WNO A;  2VO5 A;  2XGI A;  2VRJ A;  4AY1 A;  1GQI A;  2VZO A;  4B15 A;  2PWG A;  2Z1K A;  4HA3 A;  2ZX8 A;  3ARZ A;  4AZI A;  3EMZ A;  3MMW A;  3II1 A;  1GPF A;  3S6T A;  2VVN A;  2Z1S A;  2WVV A;  3D3A A;  3ZMR A;  1SMA A;  4OBR A;  4P8W A;  3M6D A;  1DP0 A;  1E55 A;  4JAW A;  4D6D A;  3QGV A;  4PYS A;  1WNO A;  2WM0 A;  1RPK A;  3GH4 A;  3HN3 A;  1E6Q M;  1OCQ A;  1E1E A;  1VEN A;  4LYR A;  1H5V A;  4WLC A;  2E8Y A;  2WBK A;  1MQR A;  4PTX A;  1ZBW A;  1HKM A;  1DWI M;  3MMU A;  3SCQ A;  1O6I A;  5CPQ A;  2VZU A;  4W93 A;  3UER A;  5A6B D;  2VTF A;  4LXF A;  1UKO A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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