4PMUA

Crystal structure of a novel reducing-end xylose-releasing exo-oligoxylanase (xyna) belonging to gh10 family (space group p1211)
Total Genus 133
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
133
sequence length
355
structure length
355
Chain Sequence
TSLKQAYAQGFLLGTAVNADIVSGKDAASAALVACHFNAVTAENVMKAEVVAPRRGVQDFSAADAFVAYAQRDRQFVVGHTLVWHNQTPEWFFTTADGRPNTPAQQLERMRAHIAAVAGRYTGKVQAWDVVNEIIDEDGSYRSTNWVQRVGDGDTVVRNAFAFAQRYAPDAQLYYNDFNAWRPAKREGIVRMVKMLQQAGVRIDGVGMQGHWGLNYPSLRDIEDAIDAYAALGVKVMITELDIDVLPLTKEGQIIGTGMAHKQFQLPEFKRFLDPYRDGLPADVQAQLRDRYAELFALFWRKRDKIARVSVWGVSDDMSWKNDYPVPGRTNYPLLFDRNHQPKPALDAVVAVPSA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Xanthomonas axonopodis pv. citri
publication title Molecular mechanisms associated with xylan degradation by xanthomonas plant pathogens.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Endo-1,4-beta-xylanase A
total genus 133
structure length 355
sequence length 355
chains with identical sequence B, C, D, E, F
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-05-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00331 Glyco_hydro_10 Glycosyl hydrolase family 10
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4pmuA00
1TZ7A 4FLRA 1H0IA 3WQ4A 4W84A 4P8XA 3VX1A 3W82A 1B30A 2VVSA 3L2MA 1JNEA 1UG6A 2DDXA 3VGHA 3T0BA 2QHAA 2WHJA 1PZ2A 4EE9A 1UKSA 4KRTA 1E6QM 1JDAA 4UOQA 2VO5A 2A3BA 4XZWA 4A4AA 1BTCA 3BSGA 3BCDA 3ZJ8A 1JFHA 3BAKA 2ZUTA 4ZEPA 3AIVA 4OJYA 1GVIA 2WHMA 1VENA 4UZSA 1EH9A 2XWDA 3W26A 1C3FA 3IJ8A 2EPOA 4RE3A 4E8DA 3AIRA 1W3LA 4WF7A 1G1YA 5M17A 1JG9A 4M56A 1MQRA 1VEPA 1V6YA 4W86A 3F5JA 1MQPA 3BMWA 1BGAA 4MAZA 1UD4A 1W3JA 3QOMA 1WDSA 2ESCA 2XIIA 1H11A 1UQZA 5E09A 1EDGA 1KQZA 5IDIA 5A2AA 5BXTA 4H04A 4TVCA 2O9RA 1Q6CA 2PBOA 3NSXA 1I1XA 1JZ4A 2WMJA 1H0GA 4XX6A 1JDCA 2MANA 3UG5A 2DSWA 3NDZA 4U31A 2EJ1A 1ITXA 5A3HA 4TVUA 2WCAA 4R27A 2WSKA 4MB4A 1FA2A 4CU8A 4AYSA 4UTFA 4P8UA 3ALGA 3AHTA 1GZJA 1X6LA 4Q7NA 2D24A 1ZBVA 1PZ3A 1FHLA 2PWDA 2O9OA 3MSGA 5LA0A 2EPLX 1KBKA 2XSAA 3MUY1 3RCNA 1WZMA 4A3YA 2J7FA 1EIBA 4JHZA 2IUZA 3CBWA 1KR0A 3CHFA 3WUBA 5D9MA 1LL7A 2D23A 4TX6A 3DHUA 2WVTA 3CLWA 3L4ZA 1DWIM 2DSZA 2G3NA 4W89A 5I24A 2VNCA 2WVUA 4HA3A 1B90A 3ALFA 4QCFA 2CHOA 4U2YA 1B3YA 1UH2A 4MPKA 2VOTA 1UD6A 3O6AA 3T0AA 4TTUA 2OYMA 4UQ9A 1GOKA 1OD0A 1GCYA 3WH5A 1KFWA 4PMQA 1QW8A 2YBTA 2XWEA 4AD2A 1JYVA 5C71A 1JZ2A 4EKJA 1V3IA 4D6GA 1UQYA 5CG0A 5KEZA 1RPKA 1UOKA 3NCOA 1ZS2A 2WVVA 2VZVA 2OWXA 4FLSA 1CLXA 1I75A 2G4FA 5AY7A 5I2UA 3EDKA 2JF7A 2J7GA 1JI2A 2J7EA 3L4UA 1SMAA 1HVQA 1WZKA 5ABHA 1HL9A 2EBNA 2G3JA 4MNLA 1OBAA 4BS0A 3KL5A 3QR3A 4BQ3A 2PB1A 3OBAA 1ESWA 2X8RA 1EO5A 3OA5A 1OM0A 1QBBA 2Z1SA 1LJYA 5GQBA 5IFPA 5A6MA 3BC9A 1CXEA 1JFXA 4IPLA 5C70A 1IZKA 3DHPA 3BCFA 2WZIA 3HJEA 1UWSA 3WMBA 3N17A 3WF3A 3EMQA 3WY1A 3VTRA 1R8LA 2DSKA 1W2VA 1AQHA 2WMIB 2YL5A 2DSVA 5FCZA 1UR0A 6TAAA 3AYSA 4DWSA 1UA7A 4P8WA 2OSWA 4HPGA 3WDIA 3WFLA 2W62A 3VIKA 4D6DA 2OYKA 1RP9A 3FXYA 1CYGA 2GK1B 3BAXA 3AJ7A 1XSIA 2G3IA 4JFSA 5DFAA 5TD4A 1E71M 3FW6A 4UFIA 1GORA 1U33A 1B3WA 4AY1A 3SUUA 4RE2A 3SCQA 1WAWA 4URIA 4CD8A 4Z2HA 4GO8A 1GJUA 1LF1A 4YHGA 4MB1A 4H2CA 4P7OA 2B31A 3LPFA 3M6DA 4M1RA 3CH9A 3CUJA 4H8HA 1NOFA 1UKPA 2VCAA 1Q4NX 3MMUA 3BLPX 3VGFA 2JALA 3AOFA 3UG3A 3DC0A 4PCTA 2A3CA 5HXMA 1V0MA 1C8QA 5A6JA 3CZKA 3VIOA 1DWAM 2ZX8A 3CUHA 3WF2A 2PF0A 4WKHA 2WLYA 4BQ4A 1EDTA 3BXWA 1C92A 4P7RA 3OLIA 4ML4A 2FHFA 3THDA 4D6HA 3N12A 2VI0A 3FHAA 3WQ5A 4BQ5A 5AC4A 4FLOA 3CMJA 1SMDA 4HU8A 1KWGA 3MUIA 4TOQA 2E9LA 5HPOA 2BFGA 4JFUA 3ARTA 2JF6A 2AOSA 4FF5A 4XUYA 3GZAA 4LGXA 2QPSA 3ZT6A 1QHPA 4GI6A 1OSEA 3SCVA 3NYDA 2VC9A 3AHVA 2BY3A 5E0FA 1W32A 3A4AA 3BH4A 2CITA 5GNXA 3ZJ7A 4BA0A 2EXOA 2E4TA 5I6SA 1TA3A 3GNRA 1QBAA 4P7LA 3WH9A 1NOUA 3PZGA 4PSRA 1E15A 1R86A 5HPCA 1HJVA 3EDEA 2CYGA 3O2LA 1E9LA 1PX3A 2GVYA 2J8GA 1CGUA 3AS1A 1CNVA 2VVNA 2QLYA 3CZLA 2AMGA 2D22A 4OIFA 5A8OA 1NM9A 5JUVA 1XCXA 1KXQA 1F4HA 1E70M 4U3CA 1VEOA 2AAAA 3AZTA 3BLKA 3EDJA 1NQ6A 1KB3A 1NWTA 2VX6A 2WKLA 7CGTA 3ZT5A 2GJRA 1FHDA 1VFOA 4PN2A 3CIVA 4C7FA 5CXPA 4CVWA 1VFUA 5BCAA 3WQ6A 2NSXA 3SUSA 1FH9A 3AMGA 1MFVA 1C91A 2WC4A 2WHKA 4YHEA 1E4IA 3WH8A 3PZIA 2X2YA 8A3HA 1VEMA 5CPQA 4GI8A 3AROA 3EDFA 3AMCA 4UFLA 4CCDA 1H1NA 2D1ZA 1GONA 5BRPA 1E1FA 4LPCA 5DF0A 2O9TA 2YKKA 4TX8A 1PBGA 1SFSA 4MADA 4Z2JA 5CPTA 4GZJA 2YA1A 3CHEA 2CETA 3NSMA 1BYBA 1KCKA 3RILA 2Y24A 1ECEA 3WDJA 3KE0A 3WELA 1E0WA 3VMPA 2W61A 4KRUA 4WKFA 3N9KA 4JKMA 2G8ZA 2VZTA 1KBBA 3CHDA 3W29A 2DSUA 5EMYA 1TFVA 1OB0A 1EO7A 4PMNA 1EXPA 1VBUA 1UKOA 4PYSA 2D0FA 3WF0A 3NSNA 1W9XA 1QNOA 2YLLA 2CXGA 1GOWA 3QHOA 4IPNB 3MANA 1WZAA 4MJ2A 3WDPP 1GJWA 3MMDA 4B9YA 4PBGA 1C93A 3ZMRA 3BGAA 2WBGA 4JHOA 4ZE4A 3OLGA 1H5VA 1KGXA 4UOZA 3VGEA 2CBIA 2VRKA 3AXIA 4NRRA 3CZ8A 3W4RA 4HOZA 3G6MA 2E9MA 3MSDA 3MKKA 4HTYA 3NIYA 3AS3A 4W7WA 1BF2A 3T2OA 4CU6A 4GKLA 2YIHA 3OGVA 1V3MA 2TAAA 2XVLA 3ZO9A 3SCOA 1JGIA 1C7TA 2ZICA 5FL0A 3VDCA 3FY1A 4CD5A 1V3HA 3ZOAA 3ZR5A 2DH3A 2C0HA 1W3HA 3KEHA 3JUGA 2WWDA 1OIFA 1XC6A 2PWHA 2DT1A 1V0NA 1UWIA 1V02E 5D9PA 4PMYA 3QGVA 4D6IA 3POHA 3KWXA 3ZJ6A 3IJ7A 4D6EA 5DO8A 1BVZA 1GNXA 1UD3A 1FOBA 4WLCA 1ISZA 1EDQA 4JAWA 1JZ8A 2A3EA 2V3GA 4PRWA 4FK9A 3VX0A 2E3ZA 2FGZA 1J10A 4Z2KA 1K9DA 1UWQA 3ARVA 1G5AA 2BVDA 2EQDA 3AS2A 2WPGA 3BSHA 5I5RA 1WP6A 4PTWA 2VRJA 1GOQA 1WB0A 2YA0A 5A6AA 1XYFA 4DWSD 2JEPA 3CZGA 1KQYA 4GIAA 2YLAA 3OIHA 4CD4A 1HJQA 4W88A 1Q6GA 1ZB5A 1JL8A 2VJXA 3I3EA 1V0LA 3VMOA 5IFTA 1JZ5A 1E3ZA 2G3MA 4W87A 3T09A 3SCRA 1E40A 3UCQA 1PX8A 1GQJA 3WEMA 3OG2A 3MV11 4D1JA 3TTOA 4F9DA 2VX7A 3BAWA 1HKKA 2RGMA 1E6SM 2YDRA 4WJXA 4K68A 3ARWA 1HJUA 4H7VA 1QVBA 1XH2A 4EANA 3AZRA 2CBUA 4DM1A 1E4LA 1AQMA 3VIMA 1CECA 1HN1A 4XV0A 5AYIA 1EGZA 1U2YA 3AIUA 2FH6A 2EO7A 2VZOA 1PIFA 1V6WA 3OLEA 2QMJA 1CBGA 1C8YA 2YL6A 3ECQA 1B9ZA 1NWUA 2YDSA 3GXIA 1E4NA 1QNRA 1RH9A 4UQBA 2J79A 3VILA 2ZX7A 1XGZA 4U3AA 4PMOA 4YN5A 3II1A 1US2A 3WNKA 1E43A 1H4PA 4HU0A 1VB9A 4Z2GA 1ZJBA 4PEEA 1E6XM 3KL3A 1JF6A 1WDPA 4PMZA 1HP4A 3WUGA 2OWCA 4U33A 1MVYA 3WH7A 3GM8A 3N11A 1TVPA 1VJZA 4P7NA 2FH8A 2W4XA 4HZ8A 3SCWA 3WN6A 2D0HA 1E73M 4NSBA 5A8MA 2EEXA 2W63A 2D0GA 3WQVA 3WL1A 3HN3A 2BHYA 1B0IA 4ZFMA 4HOXA 2X05A 3B9EA 4LX4A 1CDGA 3HU7A 1HJXA 2WHLA 2ZUUA 3ARPA 1K9EA 4M8UA 1XV8A 2VL4A 4QAWA 3RMEA 2BY1A 1XSJA 2D3LA 4BZYA 4D6JA 1GQLA 2E8ZA 2ZIDA 3BAIA 3GXMA 3QHMA 3L4WA 1PEZA 3WD3A 3T0DA 1CXLA 2YBUA 1ITCA 2XIBA 1ZBCA 4UFHA 3ARQA 1NP0A 3L4YA 3M7SA 3VIPA 1E6PA 4GINA 1JYWA 1WKYA 3ZQ9A 4AD4A 4AISA 3K8LA 3VKKA 2O92A 2UY4A 1DWHM 1WO2A 1NH6A 2VRQA 3VOCA 1LLOA 2ZOXA 3TA9A 2OSXA 1EOMA 2F2HA 4AZCA 4UQDA 3VGGA 1MW0A 4H41A 6A3HA 2Y8KA 3K8MA 5DMYA 2DIJA 1H3GA 2X1IA 2CCRA 1D7FA 3WEZA 5M3WA 3NDYA 2BNJA 3PZUA 3VUPA 3UERA 3EMCA 3POCA 4AMCA 4Z2IA 2CPUA 1O7AA 4DUWA 2Y4SA 1TG7A 1BFNA 4HZ6A 5A6KA 1NOWA 2XGIA 1W9DM 1L8NA 4UNIA 3VM5A 3CUGA 4FMVA 4AZBA 1CPUA 1CGVA 1GHRA 3GDBA 1E6RA 7TAAA 2WWCA 2QF8A 4HA4A 4WK9A 1UD2A 5CLTA 3WNNA 1QNSA 5I23A 3UR7A 1OWQA 1OIMA 3WFZA 5CZKA 1W9BM 1OCQA 1KCLA 1KGUA 3OGRA 1JD9A 1MWOA 4GI9A 1W9PA 3VD4A 2UWFA 3U57A 1HKMA 4WIWA 1PIGA 3WMCA 5BWFA 2CEQA 1V6XA 4E4PA 2ZWZA 2J47A 3OLDA 3MUZ1 2XJ7A 5DT5A 1XHGA 2J7CA 3AFBA 2WSPA 1W9VA 1A3HA 2JE8A 4W5UA 1GHSA 3AMKA 3VDHA 1LG1A 4GXPA 2YL8A 4DWSC 1UR4A 3PZ9A 3PTKA 3J7HA 1G0CA 4PMDA 4PTVA 2D3NA 1UH4A 1NWSA 1R7OA 1N82A 4W8LA 1UZ1A 5I3DA 1M03A 1M01A 4Y7EA 4AEEA 4S3JA 1E55A 5GNZA 4X0NA 2CBVA 3RO8A 4ACZA 1CTNA 1QI4A 1QI5A 3VGDA 1OINA 3RJYA 4MTVA 2DT0A 1CXKA 2CERA 1V02A 5A6BD 1HIZA 1MFUA 3GXDA 3VD5A 4ZXLA 1E1EA 5JIWA 4LYRA 3U5UA 1P6WA 3GBDA 3ZR6A 3W53A 1J18A 1UH3A 1AQ0A 5BXRA 3AIWA 4HMDA 4L4OA 3SCSA 3UR8A 5CGMA 4QP0A 1V0KA 3GBEA 4H8VA 4PMXA 3UESA 5KZ6A 2JEQA 1WNOA 2ZUVA 3N04A 3WKZA 3ARUA 3W6MA 2VURA 2Y2WA 1QI2A 4TVDA 2WVVB 2ZUWA 1R85A 5CQ1A 2XHYA 1BG9A 3RDKA 2DIEA 2BXZA 4PUEA 3ZM8A 4GZEA 3S2CA 3ZSTA 2UY2A 1MQQA 2D20A 3EDDA 1SYTA 3K8KA 3AZSA 3MV01 4JIEA 2BS9A 5ABGA 3EYPA 2XYLA 1TUXA 3CPUA 1VAHA 1UD8A 4AD0A 5ECUA 1GOOA 4D72A 7A3HA 4J28A 4KWUA 3WD4A 2OWWA 3N13A 3WBEA 4LQ1A 1JXKA 1E3XA 1LWHA 3PZVA 2EPKX 2V5CA 5LA2A 5F7UA 4J3SA 4W7VA 1HKIA 4DWSB 5CGTA 1CZ1A 3CTTA 4U5IA 3APGA 4OOUA 3W28A 3MU7A 4UQCA 2BV9A 1BHGA 2WMFA 2OYLA 1G01A 1UKTA 6CGTA 1FP9A 3THCA 1PJ9A 3WDHA 1FFRA 1OD8A 4JKLA 2XFYA 4UOJA 3SEPA 4LXFA 4P8VA 3WNPA 5JBFA 2DQXA 5M5DA 1KXHA 5A8PA 4NZCA 2CBJA 4MB5A 1B1YA 5LYRA 2BVYA 3WH6A 4D6FA 4F9JA 4JKKA 4BQ2A 1UWUA 5DT7A 3L4TA 1J9YA 3AIBA 4UR9A 3SCUA 1CLVA 1TCMA 5A1AA 1JZ3A 3DYOA 4D71A 1HX0A 2J7BA 1OT1A 1HT6A 2XTKA 4U2ZA 1E6ZA 1KR1A 2F8QA 1BGGA 5IHSA 3MS8A 5FL1A 2GFTA 5JBDA 1QHZA 2J62A 4UFJA 4XB3A 2VMFA 3VGBA 4KMQA 3WUFA 4D6CA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1TZ7 A;  4FLR A;  1H0I A;  3WQ4 A;  4W84 A;  4P8X A;  3VX1 A;  3W82 A;  1B30 A;  2VVS A;  3L2M A;  1JNE A;  1UG6 A;  2DDX A;  3VGH A;  3T0B A;  2QHA A;  2WHJ A;  1PZ2 A;  4EE9 A;  1UKS A;  4KRT A;  1E6Q M;  1JDA A;  4UOQ A;  2VO5 A;  2A3B A;  4XZW A;  4A4A A;  1BTC A;  3BSG A;  3BCD A;  3ZJ8 A;  1JFH A;  3BAK A;  2ZUT A;  4ZEP A;  3AIV A;  4OJY A;  1GVI A;  2WHM A;  1VEN A;  4UZS A;  1EH9 A;  2XWD A;  3W26 A;  1C3F A;  3IJ8 A;  2EPO A;  4RE3 A;  4E8D A;  3AIR A;  1W3L A;  4WF7 A;  1G1Y A;  5M17 A;  1JG9 A;  4M56 A;  1MQR A;  1VEP A;  1V6Y A;  4W86 A;  3F5J A;  1MQP A;  3BMW A;  1BGA A;  4MAZ A;  1UD4 A;  1W3J A;  3QOM A;  1WDS A;  2ESC A;  2XII A;  1H11 A;  1UQZ A;  5E09 A;  1EDG A;  1KQZ A;  5IDI A;  5A2A A;  5BXT A;  4H04 A;  4TVC A;  2O9R A;  1Q6C A;  2PBO A;  3NSX A;  1I1X A;  1JZ4 A;  2WMJ A;  1H0G A;  4XX6 A;  1JDC A;  2MAN A;  3UG5 A;  2DSW A;  3NDZ A;  4U31 A;  2EJ1 A;  1ITX A;  5A3H A;  4TVU A;  2WCA A;  4R27 A;  2WSK A;  4MB4 A;  1FA2 A;  4CU8 A;  4AYS A;  4UTF A;  4P8U A;  3ALG A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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