4PMYA

Crystal structure of gh10 endo-b-1,4-xylanase (xynb) from xanthomonas axonopodis pv citri complexed with xylose
Total Genus 119
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
119
sequence length
303
structure length
303
Chain Sequence
APLAATASKFLGCAYGAQQAPGFAQYWNKLTPENGGKWGSVEAVRDQMDWSTLDAAYRFAQANQMPFQMHVMVWGNQQPEWIKTLRPAEQRREIEQWFAAVAQRYPDIALLEVVNEPLNDPPSKADTGGGNYLQALGGNGDSGWEWVLQSFRLARRHFPHTKLMINDYSITSSAQATQKYLQIVRLLQRENLVDAIGVQEHAFETTPEVAVSVHRDNLDALAATGLPIYITEFDLDGPTDAQQLADYKRVFPVFWEHPAVHGITLWGFRPGLWRDKEAAYLIRADGTERPALTWLRDYVAAHP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Molecular mechanisms associated with xylan degradation by xanthomonas plant pathogens.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Xylanase
molecule tags Hydrolase
source organism Xanthomonas axonopodis pv. citri
total genus 119
structure length 303
sequence length 303
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-05-22
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4pmyA00
1J0ZA 5E0CA 4HU8A 2ZICA 3EMQA 3W37A 3WD3A 4P7NA 2J75A 5ABGA 1QNPA 4DWSD 4W88A 4M81A 3VD9A 1H0GA 4Z2LA 4AIOA 1BQCA 1NOUA 3T0AA 3WEMA 3DYOA 1VBRA 2E8ZA 2ZIDA 2J7BA 4MPKA 4CD5A 4F9DA 3VIHA 3T0BA 1GVYA 3W4RA 5DT7A 1J0JA 2J8GA 1H2JA 1V0MA 4WLCA 2ZX9A 4N42A 2J7FA 4S3KA 4EANA 2WBKA 1VEMA 2J7HA 4TTGA 3M7SA 4CGTA 1XYZA 3KWXA 1M01A 1FFRA 4JKLA 4PUEA 1C7TA 3AIVA 3CUJA 4ZFMA 2OYLA 3OG2A 4U3AA 1JNDA 4JHOA 2VTFA 2W66A 2D2OA 4KWUA 4QCFA 4OOZA 4PTXA 2ZXBA 3WDQA 5HDRA 5CPQA 4YPJA 1UR1A 7A3HA 3OZOA 4HA4A 3ALFA 3APGA 3KL3A 1E6XM 1S46A 3AHZA 2GSJA 2J62A 1V6XA 2DIJA 2V3GA 2WMIA 4XX6A 3SUWA 2GDUA 5JIWA 4AD3A 4IISA 2XG9A 1BYDA 3WH6A 3MSGA 4QDMA 4W7WA 3ARSA 4AMCA 1MXDA 3SUVA 2QLYA 1U2YA 1UR0A 1VENA 3A47A 3FN9A 1UKOA 2HVMA 3N9KA 2ZX5A 4ZEPA 1CDGA 1XH0A 3B8SA 3L4UA 4P7LA 2BY0A 4UQCA 2WC7A 2ZXQA 3MO4A 2D0FA 2IXUA 2XVNA 3T2OA 2YA1A 4B9ZA 2Z1KA 3PTMA 1G0CA 3AZRA 1JI1A 3AHTA 4Z2KA 1BLIA 1J0YA 4KGLA 4KRTA 4ZXOA 5A6MA 2BY3A 3D5HA 1HF6A 2J4GA 1OSEA 3QHOA 3DYMA 4WKHA 5I5RA 1ISWA 4ATWA 1F4HA 3TTOA 4DUVA 1UHVA 4C7FA 5E70A 1GOIA 3CUFA 1VFFA 3FAXA 1TCMA 5BXPA 2ZE0A 4EKJA 1WZKA 3IJ8A 1RD6A 3PZGA 2QMJA 4TVDA 1NH6A 2WYSA 3EMZA 3LPGA 3FXYA 4XUYA 4KGJA 1DWGM 3WD2A 3WUBA 1V0NA 3GXFA 2YBTA 5HXMA 1W3LA 2ZUWA 5ABEA 2WVSA 4J28A 2J7DA 1G9HA 2YL8A 3ARWA 4AD0A 2PBOA 4KH2A 3A4AA 5M03A 5IDIA 3WQWA 4AWEA 4PTVA 3TTYA 2BVTA 2X0YA 3QOKA 1E5JA 1W3JA 4AISA 1LJYA 2ZUSA 1ISYA 4EE9A 3EDKA 2GK1A 2GJXA 2VI0A 4JCLA 2OLHA 4UOJA 3W25A 1XHGA 3K1DA 3OGRA 1RPKA 4W84A 4GKLA 4U2ZA 1G01A 2C0HA 3K8KA 2J7CA 1WKYA 3WMCA 3T2PA 3AI0A 2YL5A 1CIUA 1ISVA 1J11A 1HP5A 1ISZA 3AFBA 3DYPA 1NARA 1JYXA 4TX8A 4JZ5A 4AZCA 2CHNA 1GQLA 3RPMA 4M1RA 1KBBA 4U5IA 4AZCB 4BQ3A 1UZ1A 1EO7A 3WBEA 3AXHA 1FHLA 2F8QA 2VZVA 1O6IA 1UA7A 3EBVA 1KBKA 5I78A 5A8QA 1UH4A 3KL0A 1EDGA 2WMKA 4XB3A 1E4LA 3MSDA 2XGIA 1J18A 1ESWA 1LL4A 3PN8A 5A94A 2A3HA 1E72M 1CGXA 2E9BA 4BA0A 2VCBA 2GUYA 1VB9A 1OGGA 1NWSA 4CKQA 1UWRA 2ZX8A 3WH8A 2O9RA 4H2CA 3W6MA 4NZCA 3VD4A 5I77A 3TONA 5GNYA 4GQRA 3RJXA 3UR7A 1OT2A 4W85A 3SCUA 1CGYA 2VVSA 1XYFA 2OSXA 4DWSB 4XV0A 1G5AA 1U33A 2F2HA 1UD8A 3IANA 1UYQA 1JZ6A 4ML4A 1EDQA 2IUZA 3I3BA 3NSNA 5EBAA 4AZHA 3WF1A 3THCA 3WQVA 3WNKA 1W91A 1QW9A 4F8XA 1VFOA 4PBGA 4ZXLA 2XSAA 5AYBA 3WDPP 1Q6DA 1TVPA 3GNOA 4PUDA 1UOKA 1XCWA 1NOFA 3A3HA 3AHXA 4J3VA 1GOQA 1QW8A 2WMGA 3GNPA 3N15A 4J7RA 1FHDA 5AC4A 1CTNA 1UD2A 4CCEA 3NYDA 2XFFA 2CIPA 3U7BA 1GHRA 4ZE5A 4JFSA 4JKKA 2GFTA 4W89A 5GNZA 3SCVA 4A4AA 2CHOA 3AICA 2YLLA 2A3EA 4AD1A 5DEZA 1DTUA 3ARUA 3N18A 4WJXA 3FY1A 4J3SA 3M46A 1WDRA 3WQ5A 1PPIA 4HOXA 3WNLA 1EO5A 2XIIA 5FKYA 2VL4A 4ACZB 3GYCA 1HVQA 2DQXA 2VMFA 4PCTA 2WM0A 4P8WA 1QI4A 2FH6A 4J3TA 1JFXA 1MWOA 2YA2A 3MANA 2XPKA 2JF7A 3W82A 3MS8A 2JALA 3LMYA 3TTSA 2W92A 4HU0A 4UQBA 2DIEA 1OBAA 5CQ1A 3L4TA 3VGEA 5I3DA 2PWDA 3UESA 4ZENA 3JUGA 4GIAA 2FGZA 5E9AA 3WQ4A 5M3WA 2YDRA 2WLZA 1EDTA 3WDIA 3MUZ1 2ZUTA 1WZAA 3VD7A 1EH9A 3SUSA 1AVAA 4PN2A 4JKMA 3I3DA 1E40A 1UR8A 4B15A 2YA0A 4U31A 3DHPA 5CLWA 3CHFA 4AD4A 3NDZA 1E5NA 1KXHA 4UOZA 4FMVA 3EMCA 2VT0A 1XGZA 1PBGA 3AHVA 1MFUA 2YL6A 4RE4A 4EK7A 2CEQA 2A3BA 2J77A 2XVLA 1W9PA 1H0IA 2XFYA 3TOPA 2GJRA 1ZBWA 2NW0A 2PWGA 4E8CA 2WPGA 2VURA 2AOSA 1GZJA 1UH2A 4M56A 1KWKA 3ZJ7A 3SURA 2EPNA 3L4XA 1PJ9A 2PWFA 1UWIA 5HNNA 3S2CA 3F5KA 1N82A 3WENA 1LQ0A 1B9ZA 3LPPA 2HISA 1JAEA 2OWXA 3PZMA 1GQKA 1CXEA 4PMZA 5IHRA 2A3AA 4M29A 1U30A 3W29A 6TAAA 4D1JA 2BHZA 4MB3A 4JIEA 2E3ZA 1V6VA 3OZPA 7CGTA 3WD0A 5LYRA 5IFTA 2V3DA 3FHQA 2G3JA 2CBIA 1E70M 5D9OA 3IK2A 4M80A 3SIMA 1V3KA 4QFUA 1JZ8A 1L8NA 4ZE4A 1KXVA 1HJXA 1ZJBA 2CITA 1E3ZA 3GXIA 1QPKA 5CZKA 3TA9A 4L4PA 1NWTA 3T0DA 1Q6GA 1WZLA 4F9JA 4U5KA 1E71M 3GTNA 2PWEA 1DWFM 5GPRA 1WZMA 1GJUA 1HN1A 4TX6A 1OD8A 1Q6CA 2WBGA 1ITCA 1FOBA 4MNMA 1CGTA 3WF0A 2DT2A 3VIMA 1UQYA 3ZT7A 4YHGA 2VRQA 1V6YA 3U5UA 1W2PA 4M8UA 2RGMA 5CPSA 2YJQA 1H09A 3CHEA 3CMGA 1LWHA 2WANA 3BC9A 5D9PA 1K6AA 4AW7A 4HP5A 2BVYA 1KCLA 1HP4A 1M03A 4UFIA 2WCGA 2CPUA 3EDFA 4CUCA 4UZUA 1J0IA 3CZJA 4GI9A 1W9VA 1UD6A 3ZR5A 4BZYA 3WDJA 4PMYA 1HIZA 2DDXA 1R8LA 4WF7A 3W27A 3VU2A 1UWQA 3AIRA 5M5DA 3B9DA 3BH4A 1G1YA 4DM1A 1GNXA 1OCQA 3U7VA 2VR5A 4MTVA 4UTFA 3UETA 2CCRA 3N13A 3B9EA 2WSKA 5A8NA 3ZSTA 1AQHA 5DFAA 3K46A 5GNXA 1GOOA 1LWJA 3AIEA 4WK9A 1QHOA 4B3LA 4JFTA 2CXGA 4HMDA 1HL9A 2DSVA 3UG5A 3ARVA 4B16A 1H1NA 2CBUA 2UWFA 4PRWA 4PTMA 2CKSA 1AMYA 3VIKA 1BYBA 1IT0A 1TUXA 2WSPA 1EGZA 2WVTA 2Q8XA 1E0WA 2BXYA 3RILA 2EPOA 4RE2A 1DWIM 3KE0A 1EHAA 5BROA 2VO5A 3WY1A 1Q6EA 4W87A 3LPFA 1TVNA 1VEOA 2OSWA 5CPTA 5D8ZA 1QHZA 3HN3A 5JBDA 2VX5A 5LA0A 5IFPA 5ABFA 1VFUA 1H4PA 1MQRA 1TFVA 2BV9A 2XWEA 3ZSSA 5A8OA 1NOWA 1PX8A 2PI6A 1E0VA 1EIBA 3CZGA 4CU7A 4PSPA 1PIGA 2WMIB 1VFMA 1ITXA 1B1YA 4HTYA 4E8DA 3CBWA 1C91A 3SCPA 1BGAA 3WL0A 4CN6A 4M24A 3ZJ8A 3GM8A 4R27A 3VD5A 3KL5A 4H8VA 3WMBA 2PC8A 3D3AA 1H11A 1CXKA 3VVGA 3POCA 4AEFA 1CNVA 2J7EA 2J8FA 1W3KA 5E0FA 1D3CA 2FH8A 4TXEA 3SCNA 1SYTA 4C7DA 5A2AA 3KZSA 4K68A 4MADA 1J10A 1HKMA 3S6TA 1QBAA 2WWDA 4IPLA 3ZOAA 4AXNA 3EDDA 3QGVA 4HMCA 1MQPA 1VIWA 4D6CA 1DHKA 4F79A 3CH9A 3ARRA 3RO8A 1JDAA 2ZWZA 1KR1A 1X1NA 1MW3A 1M04A 3WUEA 9CGTA 3N11A 4MB4A 5A1AA 2TAAA 2ZUMA 1C8XA 3FNDA 4AZ6A 1UA3A 2XM1A 3GH4A 3MUIA 1C7SA 2E0PA 4B3KA 4Z2JA 3ARTA 1UKQA 1G94A 1WE5A 1GW1A 4F66A 1GOMA 5BXRA 1W1PA 3OLIA 4D6FA 4W93A 2ESCA 4AEEA 2Y8VA 4P8XA 3AMGA 4GZIA 1KCKA 2ZX6A 1OGBA 2DH3A 3CTTA 3VPLA 3T09A 4MB1A 3ARYA 3CZEA 4P8UA 4W8AA 3ZT6A 1HJVA 3VD3A 1UR4A 3PBGA 5DMYA 4M82A 1TR1A 1JZ3A 3BMVA 2G3IA 1PX3A 2EQDA 3BGAA 2DSZA 4A3YA 1V02A 4MB5A 1KR0A 2WC3A 4MAVA 2GK1B 3W0KA 2GJXB 3CUIA 4U33A 1E4MM 1EQCA 2QHAA 1GUVA 3MMWA 5LA2A 4AD2A 1AQ0A 1V3JA 1E6QM 1E43A 4MNJA 2Y24A 2IXVA 5CLTA 4BQ4A 1B90A 2ZWYA 2E9MA 1DEDA 2VOTA 4MDPA 1QNSA 2WMJA 3CZKA 3VO0A 5I2UA 4PMXA 1FA2A 2UY2A 4DUWA 4KRUA 4PYSA 1QNQA 3WF4A 1E56A 5BXSA 5C70A 3NSMA 1C8QA 5EFDA 2D22A 3AJ7A 2W67A 3SCOA 1EOMA 5A2CA 3TTQA 1R87A 2J7GA 1CYGA 1QI5A 3OLGA 1KWGA 1XD1A 3BCFA 2XTKA 1JG9A 2D3NA 1KB3A 2G8ZA 5AC5A 1JZ2A 2VNCA 1WB0A 4FLQA 5I0DA 5GQBA 2EEXA 4HA1A 2V5CA 3VX0A 3BAWA 5A6SA 2WCSA 3WFLA 2GJPA 1TMQA 2JE8A 4JL2A 1V6UA 2YDQA 3NUKA 1FFQA 2MANA 1E9LA 3A6OA 4GO8A 1AQMA 3ARPA 4AZ5A 1BHGA 3SCQA 2XSBA 4YHEA 3SUTA 1WO2A 1E6SM 2WWCA 3PZNA 2VZSA 4X9YA 3RDKA 3W38A 1VBUA 2BY1A 1O7AA 3SEPA 3K8MA 3RJYA 3N12A 1BVZA 4CD4A 4HZ7A 1BAGA 3BAYA 1E0XA 2D24A 2WAGA 1JIBA 4PMDA 1I1WA 1FH7A 2DT0A 3VOCA 5CG0A 3MKKA 4GZEA 1QNRA 1UZ4A 1ISXA 4LGXA 3WDHA 4LYQA 3PZIA 1V0KA 5C8BB 1ZBCA 4IPNB 4NF7A 2EPKX 1K9TA 1JF6A 1CWYA 5A6KA 1WDPA 3BLKA 1QHPA 5D8WA 1HT6A 4WKFA 1EHNA 3MUAA 3OLDA 4U3CA 1QOXA 4UFKA 4D6IA 5HPOA 1CXHA 2JF6A 2QMKA 4GINA 2JEPA 3CGTA 4E2OA 4AD5A 4UQEA 3OLEA 2EXOA 2ZOXA 3F5LA 1PEZA 3BXWA 2VZOA 1C8YA 4FLOA 3ZR6A 1E1FA 1VJZA 1LL6A 4UQDA 1JYNA 1CLVA 1JZ4A 2VC9A 4CN1A 5TD4A 4YN5A 1HJWA 2WKLA 4MAZA 4D6DA 1V0LA 1GJWA 3M6DA 3VIPA 4XZBA 2XWDA 3GH5A 3AMDA 1GVIA 4AY1A 2XJ7A 4V28A 1E6NA 3ALGA 4BCEA 3QHMA 1BG9A 3VKKA 3AS3A 3L4VA 1LL7A 1D2KA 4HZ6A 4JCMA 4RL3A 5C71A 1JGIA 4CN4A 4UQAA 2QF8A 4ATDA 4D72A 2VCCA 2X1IA 4FK9A 4W7UA 1I75A 1Q4NX 4HPHA 1E3XA 5CGMA 3WNOA 1V3HA 1VAHA 4UFHA 2FDMA 1ZJAA 3NDYA 3ZJ6A 3RM9A 3WKZA 2FHFA 3K4AA 5A95A 5CGTA 4A3HA 4LPCA 3ARZA 3UCQA 3UG3A 3DC0A 1TG7A 2VR4A 1V3LA 1BYCA 5E09A 1PAMA 4P8VA 4TUFA 1UWUA 3VX1A 3G6LA 3NSXA 1CZ1A 5A3HA 4PMNA 1UKTA 4W5ZA 4GPNA 3WFZA 1ZBVA 3HMCA 2CERA 4EAMA 4FLSA 4UFMA 5I6SA 1VRXA 1K9DA 2QV4A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1J0Z A;  5E0C A;  4HU8 A;  2ZIC A;  3EMQ A;  3W37 A;  3WD3 A;  4P7N A;  2J75 A;  5ABG A;  1QNP A;  4DWS D;  4W88 A;  4M81 A;  3VD9 A;  1H0G A;  4Z2L A;  4AIO A;  1BQC A;  1NOU A;  3T0A A;  3WEM A;  3DYO A;  1VBR A;  2E8Z A;  2ZID A;  2J7B A;  4MPK A;  4CD5 A;  4F9D A;  3VIH A;  3T0B A;  1GVY A;  3W4R A;  5DT7 A;  1J0J A;  2J8G A;  1H2J A;  1V0M A;  4WLC A;  2ZX9 A;  4N42 A;  2J7F A;  4S3K A;  4EAN A;  2WBK A;  1VEM A;  2J7H A;  4TTG A;  3M7S A;  4CGT A;  1XYZ A;  3KWX A;  1M01 A;  1FFR A;  4JKL A;  4PUE A;  1C7T A;  3AIV A;  3CUJ A;  4ZFM A;  2OYL A;  3OG2 A;  4U3A A;  1JND A;  4JHO A;  2VTF A;  2W66 A;  2D2O A;  4KWU A;  4QCF A;  4OOZ A;  4PTX A;  2ZXB A;  3WDQ A;  5HDR A;  5CPQ A;  4YPJ A;  1UR1 A;  7A3H A;  3OZO A;  4HA4 A;  3ALF A;  3APG A;  3KL3 A;  1E6X M;  1S46 A;  3AHZ A;  2GSJ A;  2J62 A;  1V6X A;  2DIJ A;  2V3G A;  2WMI A;  4XX6 A;  3SUW A;  2GDU A;  5JIW A;  4AD3 A;  4IIS A;  2XG9 A;  1BYD A;  3WH6 A;  3MSG A;  4QDM A;  4W7W A;  3ARS A;  4AMC A;  1MXD A;  3SUV A;  2QLY A;  1U2Y A;  1UR0 A;  1VEN A;  3A47 A;  3FN9 A;  1UKO A;  2HVM A;  3N9K A;  2ZX5 A;  4ZEP A;  1CDG A;  1XH0 A;  3B8S A;  3L4U A;  4P7L A;  2BY0 A;  4UQC A;  2WC7 A;  2ZXQ A;  3MO4 A;  2D0F A;  2IXU A;  2XVN A;  3T2O A;  2YA1 A;  4B9Z A;  2Z1K A;  3PTM A;  1G0C A;  3AZR A;  1JI1 A;  3AHT A;  4Z2K A;  1BLI A;  1J0Y A;  4KGL A;  4KRT A;  4ZXO A;  5A6M A;  2BY3 A;  3D5H A;  1HF6 A;  2J4G A;  1OSE A;  3QHO A;  3DYM A;  4WKH A;  5I5R A;  1ISW A;  4ATW A;  1F4H A;  3TTO A;  4DUV A;  1UHV A;  4C7F A;  5E70 A;  1GOI A;  3CUF A;  1VFF A;  3FAX A;  1TCM A;  5BXP A;  2ZE0 A;  4EKJ A;  1WZK A;  3IJ8 A;  1RD6 A;  3PZG A;  2QMJ A;  4TVD A;  1NH6 A;  2WYS A;  3EMZ A;  3LPG A;  3FXY A;  4XUY A;  4KGJ A;  1DWG M;  3WD2 A;  3WUB A;  1V0N A;  3GXF A;  2YBT A;  5HXM A;  1W3L A;  2ZUW A;  5ABE A;  2WVS A;  4J28 A;  2J7D A;  1G9H A;  2YL8 A;  3ARW A;  4AD0 A;  2PBO A;  4KH2 A;  3A4A A;  5M03 A;  5IDI A;  3WQW A;  4AWE A;  4PTV A;  3TTY A;  2BVT A;  2X0Y A;  3QOK A;  1E5J A;  1W3J A;  4AIS A;  1LJY A;  2ZUS A;  1ISY A;  4EE9 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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