4PMZA

Crystal structure of gh10 endo-b-1,4-xylanase (xynb) from xanthomonas axonopodis pv citri complexed with xylobiose
Total Genus 124
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
124
sequence length
303
structure length
303
Chain Sequence
APLAATASKFLGCAYGAQQAPGFAQYWNKLTPENGGKWGSVEAVRDQMDWSTLDAAYRFAQANQMPFQMHVMVWGNQQPEWIKTLRPAEQRREIEQWFAAVAQRYPDIALLEVVNEPLNDPPSKADTGGGNYLQALGGNGDSGWEWVLQSFRLARRHFPHTKLMINDYSITSSAQATQKYLQIVRLLQRENLVDAIGVQEHAFETTPEVAVSVHRDNLDALAATGLPIYITEFDLDGPTDAQQLADYKRVFPVFWEHPAVHGITLWGFRPGLWRDKEAAYLIRADGTERPALTWLRDYVAAHP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Xanthomonas axonopodis pv. citri
publication title Molecular mechanisms associated with xylan degradation by xanthomonas plant pathogens.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Xylanase
total genus 124
structure length 303
sequence length 303
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-05-22
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4pmzA00
2G3IA 3UEQA 1MFUA 3KL0A 1BHGA 1W2PA 3EYPA 1U2YA 4V27A 2VUYA 1XSJA 3CUFA 1L8NA 1BVNP 1W1YA 2ZXBA 2WANA 1WPCA 4LYRA 2DSUA 2WMFA 2PF0A 5CXPA 2XYLA 4MAZA 1UOKA 4MNMA 1CPUA 4X9YA 2CIPA 1H1NA 4MJ2A 1IT0A 5E6YA 1CDGA 3CZLA 4J3XA 4AWEA 3LPGA 3WQ8A 1PAMA 2NSXA 1TFVA 1K9FA 4Q7NA 4BQ4A 4UFMA 4QFUA 5HBFA 5GPRA 1UD6A 4W93A 1UHVA 4PMNA 1E71M 3WFLA 3KZSA 3F5LA 1KBBA 2PBGA 4WIWA 2WB5A 2D1ZA 3AHXA 1UR9A 2EBNA 1ITCA 2VT0A 3MV11 1XYFA 2CNCA 4DM1A 3M6DA 2ZOXA 5A8MA 1I75A 1UR1A 2XJ7A 2YKKA 1B3WA 3SCVA 5HOSA 1MW1A 2WZHA 2W4XA 1OBAA 3WDIA 2WMIB 2QPSA 4B9ZA 1V6XA 3ZSTA 5TD4A 1GORA 1KCLA 4KMQA 5AYBA 2XVNA 1D3CA 3WNNA 1TG7A 1JZ4A 4PYSA 1W91A 1E70M 3VIJA 1JYWA 1J12A 4D6EA 2BXZA 4DM2A 4M80A 3TTYA 2FH8A 3AHZA 3WBEA 2CITA 1EQPA 1OT2A 3PZVA 5LYRA 2VVSA 2XSAA 3ZSSA 1JNDA 1KQZA 2ZX6A 1ZBVA 3SIMA 2WSKA 5IHRA 2X1IA 1O6IA 4NSBA 5IFTA 1GOWA 1VFMA 4AZCB 3PZNA 3WH5A 2D0FA 1B3ZA 3VD5A 1QBBA 4N42A 4W87A 4PCSA 2WAGA 1P6WA 4MDPA 2G3MA 4CD4A 2QF8A 4CD7A 1MYRA 1GNXA 1LL7A 3WELA 4TXEA 4KRUA 1JFHA 1QBAA 3AZRA 3GXMA 4AC1X 1VFFA 4BCEA 2PWFA 1H0GA 2W91A 3U7VA 1WDSA 1BLIA 8A3HA 4CVWA 1NWSA 4PMUA 1B3VA 3AXHA 1Q6FA 3F4VA 3ALFA 5CG0A 2DT0A 1C7SA 1X6NA 1NWUA 3K8KA 3K4DA 4UOZA 5GQBA 5AC5A 3RJYA 2O9OA 1LL6A 1WDRA 4MB5A 1JL8A 1NH6A 3UESA 1VEOA 1LG1A 3MMDA 1A47A 1PIFA 1QOXA 3VIKA 3NSXA 3RIKA 5I2UA 1BFNA 2VQTA 4U2YA 4HMDA 2YL9A 4J3SA 4TX8A 4QLLA 4CCDA 1EDTA 1UQZA 4PTVA 1QVBA 1WE5A 2J7HA 3U7BA 1BVZA 3EBVA 5D9MA 3WD4A 1BAGA 3QR3A 4EANA 1OIFA 1UWIA 3L4VA 2YDQA 4W7VA 4B16A 1QNQA 3CTTA 1VF8A 1UQYA 1R7OA 1J0YA 3AIBA 5HPOA 1ODUA 4ML4A 2JIEA 4H8UA 4B15A 4R27A 1E3XA 4D6GA 1K9DA 3WD2A 2FGZA 3FHQA 1GCYA 4FF5A 5I79A 4F9JA 2BFGA 5A6KA 2X0YA 2DSKA 1CGVA 2A3BA 1DP0A 1E3ZA 2GJXA 5ABHA 1XSKA 2J7BA 8CGTA 4JKMA 2A3EA 2CYGA 2XWDA 1BG9A 3CHCA 6TAAA 1W3KA 1KXHA 3ARUA 3EDDA 2VURA 2JE8A 5I23A 4J27A 1HJSA 2GK1A 1E6RA 3OLDA 4OBRA 3SCWA 1OGSA 4N0RA 2W62A 1Q6EA 2J7CA 5CPQA 3WD0A 2C0HA 2XIIA 2E8YA 4HZ7A 5FCZA 2FHFA 1W1TA 1CZ1A 4AZIA 4ACZA 3DYOA 3N12A 1JI1A 1GOOA 4AD5A 5DT5A 3ECQA 4DWSA 2Y4SA 1MWOA 4QLKA 1EDQA 1W2VA 3NIYA 3UETA 4ZXOA 1FH9A 1GVIA 2E9LA 3OG2A 3VILA 2Y24A 1XH2A 3IJ7A 4GQQA 1C8QA 4CN1A 2XVKA 4MDOA 1VJSA 1ITXA 4W88A 1JD9A 1PZ3A 1GOMA 2YLLA 4KRTA 1I1WA 3MU7A 1JYXA 1HKIA 1JIBA 4PN2A 4W7UA 2WVTA 1WAWA 3I3DA 4W86A 2VJXA 3OZOA 2VCCA 1VRXA 3N1AA 4Z2KA 3IJ9A 4CU6A 1E6ZA 2O9RA 2WCGA 4HA3A 4FLSA 1B1YA 3L4ZA 1M53A 4F79A 2XUCA 2XGIA 4P8XA 1QW9A 3W4RA 1W32A 2QHAA 2Y5EA 2CESA 5LA1A 1UA3A 3S6TA 3AYSA 3LPPA 2QLYA 1MQQA 1HT6A 3EDEA 1XYZA 1JAKA 2AMGA 3VUPA 3ALGA 1H41A 2BVDA 4P8UA 1W9VA 2Y2WA 4UOQA 4HOXA 5A8NA 3VGFA 3AXIA 3T09A 2RGLA 5C70A 2GDVA 4ZE5A 4BQ5A 3TTQA 4AD4A 3GH7A 5JBFA 1DTUA 1RD6A 5E09A 2XFYA 1NARA 3WDRA 2BHYA 1PIGA 1CGUA 2D22A 2YL8A 4AZGA 4U3AA 3CZKA 1V02A 3BSGA 1EHAA 3WSUA 2EEXA 3BLPX 5IXEA 5CQ1A 2E0PA 3AZSA 3AXXA 2F2HA 4MNKA 5E0FA 4AZ7A 4BS0A 2PB1A 4OJYA 3N17A 4PTMA 2DT1A 7CGTA 1JZ6A 1ECEA 4GZIA 4HZ8A 2CERA 2VZOA 2O92A 1JF6A 3CMGA 4TOQA 3L4WA 3LPOA 6CGTA 2D2OA 3WUGA 3AS2A 1CBGA 3WD1A 3PZMA 4D72A 3PBGA 2ZUTA 3WQ6A 3AIUA 1R85A 3PN8A 4C7GA 4PSPA 1JDAA 5HNNA 1GJUA 1KXQA 3PZTA 4HMEA 1JDDA 1UH3A 3GXDA 1JZ3A 1QNOA 2ZUMA 3BH4A 1E6SM 3CLWA 3OLEA 4E8DA 4D6FA 1JYVA 2PWDA 1ZJBA 4PMZA 2J62A 1WP6A 4P7LA 1J9YA 4Z2HA 3ARRA 1E15A 3BLKA 4AZHA 3A3HA 4UCFA 2VQUA 3CHEA 3QHMA 3ZT5A 3AIVA 5D4YA 5LA0A 1HVXA 4P8VA 2WMKA 3BAXA 3WFZA 1UD8A 1CXLA 4HMCA 4Z2LA 4EK7A 3BCFA 3NUKA 1HVQA 1VFUA 1UD4A 3VNZA 2CBUA 5A2AA 1FHLA 4CD6A 2IXVA 1KWKA 4P7NA 3T08A 1ZS2A 1G01A 4GI6A 2J4GA 4PBGA 5EFDA 1JZ8A 1UWRA 3SCNA 2X09A 2EPOA 1TZ7A 1J01A 3WH7A 1NWRA 4M56A 3CUIA 1NWTA 3VGDA 1HKJA 2BVYA 1MW3A 2WMGA 2ZX8A 2CXGA 2XVPA 1E0WA 2JEQA 1WDPA 3OB8A 4HPGA 1CXFA 3CZJA 3W27A 4HOZA 2O9PA 4FLRA 2VZVA 4BQ2A 1E6XM 1CGXA 1RH9A 1UWUA 2XFRA 1GHRA 5EMYA 3A4XA 5JBDA 1W3HA 1HJVA 2J7FA 2PC8A 1W3JA 4W7WA 2YA1A 3BAWA 4U5IA 3RM8A 3SUVA 4FLOA 4MTVA 2ZXQA 5A6MA 1U33A 3BAKA 3QHOA 1V08A 2UY4A 1E73M 1E0VA 4KGLA 2J8GA 1GQKA 1E6QM 3M46A 2CEQA 3ARPA 1W1VA 3ARWA 3T0BA 4Z2GA 5D9OA 2EPNA 1H2JA 3VTRA 5EB8A 3WIJA 4AYSA 1M04A 4ATWA 1KXVA 2CKRA 4PMOA 3ZO9A 2FHCA 5JIPA 3AHVA 1MXGA 3GNOA 4TTGA 2PWGA 4IPLA 4Y7EA 2VMFA 1KBKA 3FY1A 3WUBA 4UFIA 2QPUA 1TVNA 2Z1KA 3EDKA 2G3NA 1VIWA 2MANA 5A8OA 1SMAA 4W8LA 2WHMA 3IANA 3U57A 3N04A 4YHEA 3VM7A 2VNCA 3AICA 5BRQA 1EH9A 3OLIA 4NI3A 1IZJA 1G0CA 2VR4A 3AOFA 2BY2A 1L0PA 1ZJAA 2JF6A 3G6LA 1E4LA 3VDCA 4HA1A 4XZWA 3CZ8A 5CSUA 3GBEA 3RDKA 1CGYA 4QCEA 1PJ9A 5DEZA 3RM4A 3WF0A 1WZAA 4F8XA 4WJXA 4K68A 1UH4A 5E0CA 2XVGA 2VRQA 3GH4A 4AIEA 5FL0A 1DWJM 3DYPA 3MMUA 1XHGA 1F4AA 2YOCA 1US2A 1E6NA 3L4UA 3OZPA 1E1FA 1E43A 1UYQA 4TVDA 1E5JA 1R86A 3W29A 3SCSA 4JFTA 5A3HA 2OSYA 4W5ZA 1CXKA 3EMQA 5I77A 3WL1A 4KGJA 2ZX5A 4CN4A 4KWUA 4W5UA 3AMDA 1C92A 2AAAA 2VX7A 1BYCA 1UA7A 3E1F1 3ZJKA 3DHPA 2G8ZA 3VGGA 2WLYA 1PPIA 1ZBWA 4CCEA 2XM2A 1PEZA 2VOTA 2WMIA 3AHYA 1RPKA 3K8MA 4TX6A 1SMDA 4PUEA 2VO5A 2DEPA 2OYMA 1H09A 3ZT6A 3AI0A 4URIA 2W67A 1HJUA 3VD4A 2WVVA 1KB3A 3ARTA 3CUJA 4BQ3A 1OGGA 5CGTA 1H3GA 1HJQA 4LYQA 1UKSA 1Q6CA 2BVTA 3OGVA 5I78A 3MKKA 3MANA 1Y7VA 1QNSA 3VMPA 2V5DA 4TVUA 4Q22A 4AZCA 1OIMA 1KR0A 2B31A 3EMZA 4C7DA 4CCCA 3GXIA 4UFLA 5A2CA 1V3JA 2XHYA 1JZ2A 5M03A 2VZUA 5A6BA 1BG4A 2VX4A 3CUHA 3WEMA 4GO8A 2IXUA 1XGZA 3N15A 1DWGM 4OZOA 3VO0A 2JEPA 2HISA 1WZKA 1XH0A 1CLVA 3VM5A 1ISYA 2O9TA 1V3HA 3SCQA 4AD2A 3WQVA 1TCMA 3CZGA 3K1DA 4RL3A 1E5NA 4ZE4A 4NF7A 2D23A 1CXHA 1O7AA 4AY1A 4QLJA 4GINA 2BS9A 3TTOA 3AS0A 4RE2A 5DF0A 4PMQA 2VX5A 1V3MA 1FP9A 4XUYA 3WF1A 3VNYA 4W8BA 5JUVA 2VVNA 3HMCA 3W37A 2GVYA 1V0NA 3KEHA 1BYDA 4LQ1A 1Z32X 4U31A 4MB4A 1FOBA 1J0KA 2V3DA 4B9YA 5BYWA 1BTCA 1FHDA 3VOCA 4LPCA 2JIWA 3ARYA 4MADA 1FH7A 4B3KA 2WCAA 2WVUA 4AIUA 5BWFA 4B3LA 1OD8A 3VIIA 3DECA 5E6ZA 4V2XA 2UY5A 1XCXA 1KQYA 1V03A 4PUDA 3NCOA 1TMQA 4W84A 4YHGA 1S46A 2WWDA 1QI3A 3WNMA 4C7FA 1US3A 2FGLA 2EJ1A 1GQIA 5A2BA 2ZX7A 2WLZA 3VX0A 3W38A 4PMXA 2DIEA 3PTMA 1Q4NX 3RO8A 4AZ6A 4H41A 1QW8A 4MPKA 1HJWA 3MMWA 2BY0A 5I24A 4HU8A 3VDBA 3TP4A 1QHPA 4UTFA 4AMCA 1BGGA 1NP0A 3IK2A 4JFVA 5DFAA 4JZ5A 4GZJA 3EDFA 4WKAA 1EHNA 1JFXA 2GFTA 1ZU8A 2V38A 3ZMRA 2BNJA 2X8RA 3VMNA 4LYPA 4JCMA 3CMJA 3OGSA 3VVGA 2IUZA 2NW0A 2ZUNA 2J78A 1E4NA 3MUIA 1CGTA 2EO7A 4PRWA 2VI0A 2GJXB 4Z2IA 3VIPA 5ECUA 4PMDA 4HOWA 5EFFA 3WDJA 1J11A 2ZE0A 1K6AA 2WZEA 1C3FA 2DQXA 3AHTA 4MB1A 4WSJA 1OINA 3ZJ7A 1A3HA 1PBGA 2F61A 1AQHA 3EMCA 2GK1B 1M03A 4H7VA 3BAJA 3GXFA 4QCFA 1HN1A 1UKPA 5A8PA 1UUQA 3WQWA 1IV8A 1HP4A 3II1A 2BHUA 2VZSA 1GONA 5AY7A 3UR7A 3AFBA 4P7RA 4EAMA 4JKLA 5GNXA 2RGMA 1OGBA 2XWEA 4JHOA 3CH9A 1QHOA 3IAPA 3F5JA 3MS8A 4YN5A 2D24A 1UZ4A 4PCTA 4GXPA 3WL0A 4TUFA 7TAAA 5A6BD 5E70A 1FP8A 3VMOA 2GUYA 1JZ7A 1BYAA 4GKLA 1JXJA 4IM4A 3WEOA 4JL2A 1XRVA 1ZB5A 1D7FA 5A94A 5ABFB 3SCUA 3GZAA 3FN9A 4OIFA 1U30A 3SCPA 3DYMA 3OIHA 5BRPA 4FMVA 1WB0A 2WZIA 3ZOAA 3A4WA 1J0HA 2WMJA 1SYTA 4JKKA 1CNVA 1V0MA 1ZL1A 2A3HA 2DH3A 1XC6A 1LWHA 1UR8A 1TUXA 1VEPA 2Q8XA 1UD3A 2DSWA 4GPNA 1HXJA 5F7UA 3J7HA 2ZICA 1J18A 1XV8A 4OUEA 1RP9A 5ABEA 3SURA 1JAEA 3QHNA 2BY3A 1LF1A 1V3LA 1GVYA 4EE9A 2V3FA 3AMCA 2J25A 3WY1A 1CIUA 2DSZA 2Y8VA 1B30A 5JBEA 4KH2A 1PX4A 1UD5A 1WZLA 3CGTA 4NZCA 5CPSA 1CXIA 3SCTA 4TTUA 1HX0A 4RE4A 4UOJA 5A8QA 2YBUA 2D3NA 1OD0A 2WSPA 4A3HA 3PZQA 1OSEA 2W61A 1W9UA 2YDRA 2XG9A 3CO4A 3NJ3A 1UZ1A 2CKSA 2PI6A 3AYRA 3OBAA 3D5HA 4AD0A 2ZUWA 1DEDA 3APGA 2YDSA 3GTNA 1V3KA 3RJXA 3BXWA 2OYKA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2G3I A;  3UEQ A;  1MFU A;  3KL0 A;  1BHG A;  1W2P A;  3EYP A;  1U2Y A;  4V27 A;  2VUY A;  1XSJ A;  3CUF A;  1L8N A;  1BVN P;  1W1Y A;  2ZXB A;  2WAN A;  1WPC A;  4LYR A;  2DSU A;  2WMF A;  2PF0 A;  5CXP A;  2XYL A;  4MAZ A;  1UOK A;  4MNM A;  1CPU A;  4X9Y A;  2CIP A;  1H1N A;  4MJ2 A;  1IT0 A;  5E6Y A;  1CDG A;  3CZL A;  4J3X A;  4AWE A;  3LPG A;  3WQ8 A;  1PAM A;  2NSX A;  1TFV A;  1K9F A;  4Q7N A;  4BQ4 A;  4UFM A;  4QFU A;  5HBF A;  5GPR A;  1UD6 A;  4W93 A;  1UHV A;  4PMN A;  1E71 M;  3WFL A;  3KZS A;  3F5L A;  1KBB A;  2PBG A;  4WIW A;  2WB5 A;  2D1Z A;  3AHX A;  1UR9 A;  2EBN A;  1ITC A;  2VT0 A;  3MV1 1;  1XYF A;  2CNC A;  4DM1 A;  3M6D A;  2ZOX A;  5A8M A;  1I75 A;  1UR1 A;  2XJ7 A;  2YKK A;  1B3W A;  3SCV A;  5HOS A;  1MW1 A;  2WZH A;  2W4X A;  1OBA A;  3WDI A;  2WMI B;  2QPS A;  4B9Z A;  1V6X A;  3ZST A;  5TD4 A;  1GOR A;  1KCL A;  4KMQ A;  5AYB A;  2XVN A;  1D3C A;  3WNN A;  1TG7 A;  1JZ4 A;  4PYS A;  1W91 A;  1E70 M;  3VIJ A;  1JYW A;  1J12 A;  4D6E A;  2BXZ A;  4DM2 A;  4M80 A;  3TTY A;  2FH8 A;  3AHZ A;  3WBE A;  2CIT A;  1EQP A;  1OT2 A;  3PZV A;  5LYR A;  2VVS A;  2XSA A;  3ZSS A;  1JND A;  1KQZ A;  2ZX6 A;  1ZBV A;  3SIM A;  2WSK A;  5IHR A;  2X1I A;  1O6I A;  4NSB A;  5IFT A;  1GOW A;  1VFM A;  4AZC B;  3PZN A;  3WH5 A;  2D0F A;  1B3Z A;  3VD5 A;  1QBB A;  4N42 A;  4W87 A;  4PCS A;  2WAG A;  1P6W A;  4MDP A;  2G3M A;  4CD4 A;  2QF8 A;  4CD7 A;  1MYR A;  1GNX A;  1LL7 A;  3WEL A;  4TXE A;  4KRU A;  1JFH A;  1QBA A;  3AZR A;  3GXM A;  4AC1 X;  1VFF A;  4BCE A;  2PWF A;  1H0G A;  2W91 A;  3U7V A;  1WDS A;  1BLI A;  8A3H A;  4CVW A;  1NWS A;  4PMU A;  1B3V A;  3AXH A;  1Q6F A;  3F4V A;  3ALF A;  5CG0 A;  2DT0 A;  1C7S A;  1X6N A;  1NWU A;  3K8K A;  3K4D A;  4UOZ A;  5GQB A;  5AC5 A;  3RJY A;  2O9O A;  1LL6 A;  1WDR A;  4MB5 A;  1JL8 A;  1NH6 A;  3UES A;  1VEO A;  1LG1 A;  3MMD A;  1A47 A;  1PIF A;  1QOX A;  3VIK A;  3NSX A;  3RIK A;  5I2U A;  1BFN A;  2VQT A;  4U2Y A;  4HMD A;  2YL9 A;  4J3S A;  4TX8 A;  4QLL A;  4CCD A;  1EDT A;  1UQZ A;  4PTV A;  1QVB A;  1WE5 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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