4PN2A

Crystal structure of gh10 endo-b-1,4-xylanase (xynb) from xanthomonas axonopodis pv citri complexed with xylotriose
Total Genus 123
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
123
sequence length
305
structure length
305
Chain Sequence
AAPLAATASKFLGCAYGAQQAPGFAQYWNKLTPENGGKWGSVEAVRDQMDWSTLDAAYRFAQANQMPFQMHVMVWGNQQPEWIKTLRPAEQRREIEQWFAAVAQRYPDIALLEVVNEPLNDPPSKADTGGGNYLQALGGNGDSGWEWVLQSFRLARRHFPHTKLMINDYSITSSAQATQKYLQIVRLLQRENLVDAIGVQEHAFETTPEVAVSVHRDNLDALAATGLPIYITEFDLDGPTDAQQLADYKRVFPVFWEHPAVHGITLWGFRPGLWRDKEAAYLIRADGTERPALTWLRDYVAAHPG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Molecular mechanisms associated with xylan degradation by xanthomonas plant pathogens.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Xylanase
molecule tags Hydrolase
source organism Xanthomonas axonopodis pv. citri
total genus 123
structure length 305
sequence length 305
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-05-22
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4pn2A00
2C7FA 3VIGA 2W61A 5BXTA 1ZJBA 5CGMA 3GBEA 5A8MA 1XRVA 5A6LA 3PN8A 1TA3A 1H4PA 1ZJAA 1MW3A 3EMQA 1LG2A 4PUEA 4CKQA 3W24A 1OD8A 5DFAA 4W85A 5CPTA 5FKYA 3WNPA 3UERA 3A3HA 3MKKA 4D6DA 4IM4A 4W7WA 4D6FA 2QPUA 2E9LA 4MB4A 1C90A 2CBJA 2WKGA 3VGDA 3WH8A 5M3WA 4TVDA 3OGRA 2WSKA 5LA1A 1SMDA 1US2A 1WE5A 2QLYA 4WK9A 2O9OA 3UETA 1MW0A 5A69A 2E0PA 4HMEA 5A2CA 4ZE5A 2YLLA 4JCLA 4GO8A 3FNDA 2UY2A 1JNEA 1DWHM 2BXZA 4AIUA 3AMDA 3IK2A 2YL8A 1E40A 4CD7A 1M53A 2HVMA 1UD3A 2VUYA 5I2UA 4FLSA 3WD0A 4D6EA 3PZMA 1BFNA 1OT2A 4E2OA 3OB8A 1XD1A 4ATWA 2BHUA 1OWQA 5CG0A 3RILA 3AYSA 3AMLA 1H2JA 4JFSA 4MAZA 1WPCA 1OM0A 4YN5A 3ARWA 4MNJA 1EGZA 1B3YA 2PWEA 3S6TA 2JEPA 2J47A 4HZ7A 3S2CA 2PBGA 2QHAA 3ZQ9A 3K8LA 1KR0A 4DM1A 2OYMA 3B8SA 3OA5A 1GQIA 1J0KA 4PTMA 3THCA 3M46A 1UH4A 4FF5A 3VD5A 1JL8A 4TUFA 4J3XA 4AZ6A 4E8DA 2XGIA 1OIFA 5ABEA 1VFFA 4TTUA 1NOUA 3OLEA 3OGSA 5A8OA 4TOQA 1QI0A 1V6XA 1R7OA 3N17A 1AVAA 2DDXA 1HJVA 4HA4A 2O9TA 5E6YA 5CJ5A 2BVTA 3AOFA 3JUGA 3N15A 2EPMX 3W0KA 1W3LA 1DTUA 3DYMA 4CU6A 4MJ2A 1W9PA 2FHFA 2EPKX 4UNIA 5D4YA 2CHNA 4W7UA 1UD5A 2J7FA 2Y8VA 1FHDA 4H7VA 3GH4A 4B15A 2ZX6A 1BYAA 5AC5A 4GPNA 1DWIM 2CKSA 4UQAA 5I23A 4MDPA 3IAPA 3MMUA 4KGJA 1VFOA 3BGAA 4P7OA 3MUIA 1V0LA 3ARPA 4L4PA 2X1IA 3VMNA 1H3GA 2J75A 3ARSA 3T2QA 2A3BA 5BRQA 2NT0A 1W9XA 4PMXA 3RJXA 4Z2GA 1IV8A 5D9OA 2WW5A 2VRKA 1NQ6A 1OBAA 4J3SA 1B90A 2X2YA 4D6JA 4MNKA 2W62A 2DSWA 2VMFA 4LPCA 3WDQA 4W8AA 4M82A 2WK2A 4W5ZA 5C71A 1H1NA 1E70M 3NSNA 4E4PA 3AIBA 2XVKA 4Z2LA 3I3DA 5ABHA 5E9AA 2GJXA 1QI4A 2BFGA 1ODUA 4FLRA 3WDHA 3VDHA 2EJ1A 3BMVA 2D0FA 3WSUA 4GQQA 3GNRA 2CXGA 2ZE0A 4NRSA 3B9AA 2QMKA 1H11A 1KXVA 3GBDA 1CXEA 4AWEA 1GOMA 4AEFA 3L4VA 2FH8A 3VILA 1OT1A 4H8VA 6CGTA 3AIEA 3VD7A 3CTTA 3L2LA 1FOBA 1K6AA 3FY1A 1UKOA 1W32A 3NDZA 4PMOA 4CCDA 1AMYA 1OB0A 2GK1B 4CVUA 5I5RA 4F9DA 4JZ5A 4PTVA 4HPGA 1H5VA 2E8YA 2ZUNA 4AD5A 3CMJA 4MPKA 1CXFA 4J7RA 1Q6EA 1GOQA 3AYRA 4GO9A 5GQBA 1PPIA 2YJQA 2VQTA 1J18A 3ARQA 5CGTA 4H41A 1CGWA 5GNZA 4P8WA 3M6DA 3DYPA 2VCAA 4KRUA 3SCSA 4P7RA 5GNXA 1W3JA 1ZS2A 1L8NA 4IISA 2DH2A 2YL9A 2XHYA 5D8ZA 1B1YA 3CMGA 2IXVA 2VNCA 4P8XA 5FL0A 4MAVA 2GDVA 4AZGA 5BYWA 2JIWA 5JIPA 3FAWA 3U5YA 4LYPA 1GUVA 4UOJA 3A6OA 1E71M 1C3FA 4BCEA 3D3AA 3AICA 5EB8A 3WH9A 1JG9A 4CN1A 4OUEA 1KXHA 1XC6A 1E4LA 1UOKA 3K4DA 3PZVA 1UA3A 3ZMRA 1CENA 1HT6A 1UHVA 2BNJA 1JIBA 2EXOA 1UR4A 1J0YA 2E8ZA 4C7FA 1P6WA 5CZKA 1HIZA 2XG9A 2TAAA 2XSBA 5FCZA 4GINA 1C7SA 1JZ3A 1JYVA 1HXJA 1M04A 3A4XA 2ESCA 1QNRA 3AMGA 1UWRA 1R85A 2V5CA 3VGEA 2UY5A 1TUXA 3RIKA 2J74A 3G6MA 3W38A 4U2YA 4FMVA 3VM5A 1Q6FA 4LYRA 1V6YA 4AIOA 5BXPA 3WUGA 2VZVA 3QHOA 3RM4A 4DUVA 3QHNA 1CLVA 2NT1A 1OIMA 3ZT5A 3DYOA 3UCQA 4OBSA 1HN1A 1X6NA 3N9KA 3WNNA 3CUGA 1BTCA 2VVSA 1NWTA 1CBGA 4PMUA 4B9YA 3CLWA 4B3KA 3EBVA 2J79A 2IUZA 4EANA 2ZWYA 1PX3A 1WNOA 2CITA 2E9MA 5CPSA 2FDMA 1KGXA 2CNCA 2O9PA 5KEZA 4UZSA 1GONA 5C70A 3LMYA 3WF2A 4EAMA 1IT0A 1GQKA 2VI0A 1DWGM 5I3DA 1QW8A 2PC8A 1RH9A 5HPCA 3RCNA 2VL4A 1TVNA 3F5KA 2WANA 1H41A 1CIUA 5JUVA 2VT0A 1EOKA 3WEOA 3VIJA 1TA3B 1ZBCA 2VTFA 2XIIA 3UG3A 2PWDA 3MUZ1 4XUYA 1JF5A 3NIYA 4PYSA 1CWYA 3W37A 5AY7A 1GHSA 1GOIA 3QOMA 2VZTA 3E1F1 2ZOXA 1QNSA 3VMPA 2OYKA 1E15A 3VIHA 4W88A 3DECA 3HU7A 1BPLB 3VX0A 4F8XA 2X05A 1GHRA 3THDA 4J3UA 3SUVA 2PWHA 1TMQA 1B30A 4YHEA 1E4NA 2ZX8A 1E5NA 1KQYA 1A47A 4HPHA 3EDKA 3CHEA 2ZXAA 2WZEA 2XWDA 4J3WA 1UD6A 5C8BB 3SCWA 4AYSA 4HOZA 5A8NA 3LPPA 4FLQA 1PIGA 3U5UA 5M5DA 3HJEA 3CPUA 2BHYA 2VCBA 2BY3A 4KRTA 2WHLA 4TX6A 3SEPA 4M29A 4KWUA 3WMCA 2UWFA 4W89A 2A3CA 1KXQA 3T09A 1JFXA 4DUWA 3VIKA 2XGBA 1K9DA 4Z2JA 3N12A 1F4HA 4TX8A 1FFRA 1US3A 1NOWA 2JF7A 3NSXA 3WQVA 3OGVA 1B3ZA 2YDQA 1HJWA 3ARRA 3PHAA 2YDRA 3MO4A 4OKDA 4P7QA 3K8MA 4BQ4A 4FLOA 4NI3A 4U5IA 1NH6A 1EQPA 5CQ1A 5FOOA 1H09A 1QPKA 4D71A 3MV01 2VZSA 2VX5A 3WN6A 4W8LA 2BY2A 3AXHA 1WCGA 4V27A 3M7SA 4ZENA 1V3HA 4LX4A 1ISZA 4PEEA 3WNOA 4J3VA 4X9YA 5IFTA 3ARTA 1R8LA 4MB3A 3HN3A 4BF7A 1HVXA 4D6CA 3U7BA 4AZIA 4AD0A 1UZ4A 3UEQA 5IXEA 2WVSA 4JFUA 3N18A 1ZU8A 3WD4A 2WB5A 4QFUA 1HJSA 1GJWA 4RE2A 1QVBA 3KL5A 4QLLA 1UKSA 2W92A 1V08A 1XH0A 1BGAA 5CLWA 2V38A 2VC9A 3IANA 4V2XA 1KR1A 2YL6A 3ALFA 1JZ7A 2EO7A 3CHCA 1JNDA 4BQ2A 3W53A 1G9HA 1OCQA 1HL8A 1G1YA 2G4FA 1HVQA 4PMDA 2D3LA 1JAEA 3BAKA 3T2OA 4URIA 4CUCA 4AZHA 5JBFA 5EFFA 2J25A 3ZT6A 1J9YA 2JEQA 3N1AA 4CN4A 2G3JA 4QCEA 3WH5A 1BYDA 2V3FA 1WP6A 2J78A 1GZJA 1NM9A 3NCOA 3PZTA 1E9LA 1ISWA 1VBRA 1B9ZA 4Z2HA 3L4XA 3O2LA 4PTWA 4PTXA 3AI0A 5A94A 2GJXB 1CPUA 1HJXA 3WMBA 1DWJM 1LJYA 4CGTA 1ZBWA 2Z1SA 4X0VA 3PTKA 4PRWA 1W1YA 4UFKA 2UY4A 3SURA 1AQHA 1WDSA 3PZOA 1BYBA 3VDBA 2CHOA 3ZT7A 2CBIA 3F5JA 4J28A 1VFMA 2FHCA 2G41A 2WKLA 2Y4SA 4UFJA 1C8XA 2ZUWA 1E1EA 2ZXDA 1AQ0A 1UWIA 3VVGA 1M7XA 3BH4A 1UWUA 3PZQA 1GW1A 1OINA 3AROA 5M17A 1IZJA 1ITCA 4KGLA 1Y7VA 4P8VA 3AIQA 3N11A 1JI2A 2WCSA 3VOCA 1NOFA 2CYGA 3VPLA 1LLOA 4NZCA 2XTKA 3AZTA 4WKFA 4Y7EA 1V6UA 4U2ZA 5TD4A 4AZCA 3WNMA 3OLGA 1WAWA 2RGMA 4MNLA 3CBWA 5DT7A 4JHOA 4BS0A 2XVGA 1JYWA 2WZIA 2WC7A 2ZICA 4N0RA 2OWCA 3PZUA 3W81A 4HMCA 2OWXA 1JZ6A 3L4UA 3K8KA 3L4ZA 2EBNA 2ZUSA 3OZOA 3BAWA 4PMNA 1CGVA 4IPLA 1UWSA 2WMIA 3APGA 3WBAA 2Y5EA 4AIEA 4KH2A 1X1NA 2D0HA 4GQRA 1ZB5A 4YHGA 3WDIA 3EDFA 2J7CA 1MXDA 4C7GA 5FIPA 4WSJA 1V0MA 3W29A 4HU0A 2WMGA 2CBUA 1V3MA 1W3HA 2E40A 3U57A 2YLAA 1W1TA 1UD4A 1VFUA 4UFIA 1QNOA 3NYDA 5KZ6A 3MV11 4AXNA 4EKJA 1NWRA 1XCXA 2XVNA 3W26A 1KXTA 3CZKA 2DT2A 3ZOAA 1WZMA 1TCMA 5JBDA 4LGXA 4R5EA 1GOKA 5HDRA 4D1IA 3CZEA 3KL0A 4PUDA 4UCFA 1XV8A 3WQWA 2DSKA 2VVNA 1QNPA 1QBAA 5A2AA 2PB1A 6TAAA 3VIMA 2V3DA 1GQJA 1JZ8A 1R7AA 3VM7A 1MQRA 1QBBA 4HMDA 4CN6A 3MMDA 4ATDA 3GXIA 1JXJA 3T08A 1PIFA 3W25A 1EO5A 2D23A 1FA2A 3OG2A 4U5KA 1V3IA 1FH8A 5BCAA 2FGLA 4NRRA 3GM8A 2F2HA 3AIRA 1UR9A 3T0AA 4Q7NA 1H0GA 1K9FA 3VD3A 3BCFA 3GZAA 3WENA 2VR5A 4MB5A 3ZR5A 1EHAA 1UH2A 2F61A 5A1AA 1VIWA 3CO4A 4CU8A 1WZKA 2D1ZA 1JGIA 1YQ2A 4UOQA 3W6LA 3FHQA 3ARXA 3AHZA 2XFFA 1KGUA 1VBUA 3ZR6A 2XVLA 2QMJA 5GNYA 1ZBKA 3DHUA 1VRXA 5ABFA 2V3GA 3II1A 3B9EA 4JL1A 4CD8A 2BHZA 1B31A 3GDBA 3GH5A 1QHZA 3IAQA 3MU7A 2DSZA 1K9TA 2DQXA 3SCTA 1E6QM 5CLTA 5CSYA 4AD1A 4D1JA 3QR3A 3T0BA 1E3XA 1XGZA 3ZJ8A 3ZSTA 4CCEA 4UR9A 4R27A 3RO8A 3WELA 5D8WA 4AC1X 1DWFM 2YKKA 2X09A 1HP4A 2CERA 3W4RA 3BMWA 3WQ6A 2XFYA 3WBEA 1XSIA 2NW0A 1KBBA 2RGLA 2D24A 4PSPA 1H0IA 3RJYA 5AYBA 3W27A 1SR0A 2D3NA 7CGTA 3WIJA 4ZE4A 5BXSA 1J0HA 5LA0A 2DSVA 1HKKA 2WM0A 2AAAA 3TTOA 3LPOA 3GXDA 4M81A 1GORA 2JE8A 1V0NA 1E0XA 2D20A 2BS9A 4L4OA 4RL3A 4M80A 1VEOA 4BQ5A 1F4AA 3SCQA 1PZ3A 4OOUA 4JFTA 5FD0A 3PTMA 3DHPA 2DT3A 1NWUA 3NUKA 7TAAA 1MVYA 3SUSA 2WHJA 2ZUUA 2WBGA 5A3HA 1VJZA 4X0NA 3AQUA 1ITXA 1NWSA 2XPKA 4HP5A 3W82A 2WBKA 3WEZA 3VIIA 1XH2A 4ACYA 1KWGA 5DO8A 1JD7A 2XWEA 1ODZA 1LWJA 2OLHA 1UR8A 2Y2WA 1RPKA 2WMKA 1B3XA 1HX0A 2YOCA 3AIWA 1VB9A 2GVYA 3SUUA 3CUIA 3OLDA 4HA3A 2D2OA 2XJ7A 1FP8A 3RDKA 5E6ZA 2J4GA 3RPMA 1CGUA 5ABGA 2BVYA 4PCSA 1V3KA 3PZNA 4ACZA 2NSXA 1PBGA 8CGTA 1K9EA 4AD3A 3WNKA 1IZKA 5M03A 4J27A 1WZLA 2DPEA 4JKKA 1NP0A 4TXEA 4AISA 4JAWA 1UZ1A 1EH9A 3CGTA 1WO2A 3FN9A 4TVUA 1N82A 4UFLA 3MS8A 4U3AA 1Z32X 1UA7A 1V03A 1MWOA 1LL7A 4UQEA 3GTNA 3RM8A 5BROA 1W1VA 2C0HA 2XM1A 5HNNA 2VX4A 1BF2A 3CH9A 4B3LA 1QI3A 5A6BA 3WKZA 5IFPA 4W5UA 3TTQA 5I77A 3VU2A 2OWWA 3UG4A 1I75A 2W5FA 4AD4A 2CCRA 2D0GA 3CZLA 3PBGA 5DEZA 3MUY1 2W66A 4PCTA 1OGGA 5GPRA 4UQCA 2DGAA 3MUAA 4H8HA 3WF3A 3OBAA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2C7F A;  3VIG A;  2W61 A;  5BXT A;  1ZJB A;  5CGM A;  3GBE A;  5A8M A;  1XRV A;  5A6L A;  3PN8 A;  1TA3 A;  1H4P A;  1ZJA A;  1MW3 A;  3EMQ A;  1LG2 A;  4PUE A;  4CKQ A;  3W24 A;  1OD8 A;  5DFA A;  4W85 A;  5CPT A;  5FKY A;  3WNP A;  3UER A;  3A3H A;  3MKK A;  4D6D A;  4IM4 A;  4W7W A;  4D6F A;  2QPU A;  2E9L A;  4MB4 A;  1C90 A;  2CBJ A;  2WKG A;  3VGD A;  3WH8 A;  5M3W A;  4TVD A;  3OGR A;  2WSK A;  5LA1 A;  1SMD A;  1US2 A;  1WE5 A;  2QLY A;  4WK9 A;  2O9O A;  3UET A;  1MW0 A;  5A69 A;  2E0P A;  4HME A;  5A2C A;  4ZE5 A;  2YLL A;  4JCL A;  4GO8 A;  3FND A;  2UY2 A;  1JNE A;  1DWH M;  2BXZ A;  4AIU A;  3AMD A;  3IK2 A;  2YL8 A;  1E40 A;  4CD7 A;  1M53 A;  2HVM A;  1UD3 A;  2VUY A;  5I2U A;  4FLS A;  3WD0 A;  4D6E A;  3PZM A;  1BFN A;  1OT2 A;  4E2O A;  3OB8 A;  1XD1 A;  4ATW A;  2BHU A;  1OWQ A;  5CG0 A;  3RIL A;  3AYS A;  3AML A;  1H2J A;  4JFS A;  4MAZ A;  1WPC A;  1OM0 A;  4YN5 A;  3ARW A;  4MNJ A;  1EGZ A;  1B3Y A;  2PWE A;  3S6T A;  2JEP A;  2J47 A;  4HZ7 A;  3S2C A;  2PBG A;  2QHA A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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