4POD | Genus

Total Genus 86

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	86
sequence length	245
structure length	245
Chain Sequence	RKFFVGGNWKMNGRKQSLGELIGTLNAAKVPADTEVVCAPPTAYIDFARQKLDPKIAVAAQNCYKVTNGAFTGEISPGMIKDCGATWVVLGHSERRHVFGESDELIGQKVAHALAEGLGVIACIGEKLDEREAGITEKVVFEQTKVIADNVKDWSKVVLAYEPVWAVGTGKTATPQQAQEVHEKLRGWLKSNVSDAVAQSTRIIYGGSVTGATCKELASQPDVDGFLVGGASLKPEFVDIINAKQ

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__7102996418967598__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__7102996418967598__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4POD/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__7102996418967598__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"7102996418967598","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4POD/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__7102996418967598__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d0095a41bf47761a70596c9/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d0095a41bf47761a70596c9/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d0095a41bf47761a70596c9/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d0095a41bf47761a70596c9/pdb.gz): 186 ms

reading 245 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

245 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 37 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:244});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Isomerase
source organism	Homo sapiens
publication title	Triosephosphate isomerase I170V alters catalytic site, enhances stability and induces pathology in a Drosophila model of TPI deficiency. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Triosephosphate isomerase
total genus	86
structure length	245
sequence length	245
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.2.3.3: Methylglyoxal synthase.
pdb deposition date	2014-02-25

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00121	TIM	Triosephosphate isomerase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	4podA00

3G1XA 1K3UA 3IGXA 5KINA 3DKJA 1KFJA 5A5WA 2NX1A 2VFHA 3USBA 1XXXA 5IBXA 4UUIA 4HPJA 1DBTA 3W6YA 3UWQA 1DORA 4DPPA 4PFMA 2ZA3A 1O94A 5DELA 4ICNA 4N9EA 3DKLA 1H7XA 1MSSA 1RZMA 1LOLA 4HT3A 1R30A 5CSRA 1UB3A 5LGZA 1GJPA 2GJLA 1W54A 5I3IA 3IGSA 2E5DA 2QCDA 3TCEA 4JD4A 3OVPA 3W07A 1JCLA 1O5KA 3DXIA 3UWVA 3MP5A 4GNJA 5AYYA 2GQAA 3BW4A 3W1TA 3W87A 1SSDA 4MIMA 1KTBA 1W3TA 3PUEA 3HGOA 4MJZA 1XBXA 1VH7A 1JRBA 3G24A 4GE8A 4QSHA 2BZNA 1GYNA 3CM4A 3QYQA 3HF3A 5HINA 3NAVA 4AWTA 1M5WA 4WY0B 4BWLA 1OX4B 4GUGA 1BWKA 4OBTA 1D9EA 3CEPA 1ZJIA 4QISA 3C2VA 4O1CA 4K38A 3W7OA 4X2RA 1LP6A 1GOXA 1S3HA 4O13A 3W2MA 4TU1A 4YLWA 4NVTA 5J5DA 3P81A 2J88A 4HNVA 4TMBA 4K37A 5AYXA 3N9RA 3V1PA 2DZSA 3QMSA 3F4WA 5J5RA 3I65A 3UWWA 1SO4A 4K8HA 4MFEA 2PRLA 5E93A 3C56A 3M9YA 3EX4A 1SZNA 5DY2A 3VCRA 1OYCA 1YDOA 1OFAA 3SFKA 3WK1A 2B7OA 2VEIA 5HUPA 1EP2A 4UMAA 3TSBA 2A2IA 2B7PA 4N9BA 1BTMA 1A5AA 4P2VA 1DVJA 1W31A 1FWTA 4R7JA 5D33A 3NVTA 4NZJA 1LBLA 5CSSA 1YADA 4EOUA 5LKYA 2C0AA 3GDKA 2YFNA 2BWGA 1CI1A 3T4CA 1KV5A 3W1AA 1NF7A 4IPIA 4JX6A 3RF9A 3HPZA 2ISVA 3CTLA 4O1DA 5IM51 5BMXA 1TV8A 3MO7A 1G7VA 2EPHA 2QEZA 4UR7A 2DJLA 2ZBTA 1VCGA 2C15A 4ZVJA 4PCFA 2QKFA 1OFOA 2P1FA 3S5OA 1KW1A 3IEBA 2ZTJA 3OIXA 1KFBA 1IXNA 4AEOA 4LRTA 1QAPA 4TIMA 5E1QA 4PEKA 2NXHA 1C29A 4QJ1A 3ZWSA 3BK0A 4IOTA 2F84A 5CPLA 3S9YA 3GB6A 2Y6ZA 5FI8A 1OK6A 3BVJA 3LXCA 3TW7A 1ZAJA 2ZZ4A 1H1YA 3F03K 2P10A 5AYZA 4LOCA 3FKKA 3C52A 1LRNA 1MZHA 5H2ZA 1CX9A 3LBCA 1LYXA 1V7YA 3P5YA 4OV4A 1LRTA 2YZRA 2YFOA 5FEWA 1JUBA 5DXYA 1TCDA 3IGUA 3TKFA 4UIOA 3DFOA 3KVJA 3DI0A 3QRHA 4FX7A 3LHUA 3TW6A 2NUYA 1XUUA 1R2SA 3LXBA 4FXRA 2A85A 2A6LA 3W7NA 1UASA 4UTKA 1PCKA 4KWVA 1WBJA 2QDHA 1AMKA 4Z1DA 3U2OA 1TTIA 3S42A 2QAPA 1NEYA 4KFOA 3W3OA 2KZHA 4JXCA 4UTWA 3LRKA 2CLKA 3C6CA 3H53A 1SFLA 2J9ZA 4LC6A 3W2KA 3QSRA 4LU0A 4EVZA 1V5XA 3GNNA 1Z48A 3IV3A 3W7QA 4AAJA 2E6FA 3DU0A 1FXQA 3HG4A 3M41A 4ONVA 3AJXA 2G95A 2ZCGA 2YGYA 4O0ZA 4S1FA 1XBZA 4OGZA 4NJHA 2GVJA 4EF9A 3SW6A 4M7TA 2DJXA 3NO5A 3TROA 1QNVA 4AHPA 2VOMA 1K03A 2DZWA 4IGHA 1VLIA 2WNNA 2ZRYA 5CPMA 3GDRA 3QC3A 3QW3A 4NJKA 3I6RA 4FNUA 4IMDA 5K7JA 3S0CA 1XM3A 3T55A 1AG1O 3BO9A 1QFEA 5FF7A 5LNSA 3VNDA 4K7VA 3LCFA 1GWJA 3F4NA 3TH6A 1XBVA 4NUWA 4Z0SA 4TMCA 3B0VC 2Y89A 2QCMA 4O52A 1R2TA 3EWXA 4JEQA 1IF2A 3EX2A 3LCIA 1H7WA 1FCUA 1K8ZA 2G97A 4N6EA 3S1WA 1SO6A 1B9BA 3GDLA 5DLCA 1S5WA 4GC4A 4AF0B 3QFEA 5D2YA 3LB0A 3GXPA 2A7NA 4O50A 2Y85A 4H3DA 1FCQA 5EPDA 1HO1A 4LVDA 4KFPA 3QMRA 2R8WA 4ZZ9A 1XUZA 3JR2A 3NG3A 2OZ0A 1VHNA 3GVGA 3G18A 3TSDA 5AHEA 2E5CA 1ZFJA 5LZLA 2QCEA 2VEMA 4HSOA 3T7VA 1FUYA 5ABTA 3KX6A 4YMZA 4TO8A 3VI2A 4RV8A 3O8AA 1YDNA 4E38A 2ZZ7A 4H4IA 4EWND 3NQMA 3W7RA 2ZRXA 3BPWA 4L4LA 3LV6A 5KZDA 4PL1A 1SW3A 5F2LA 1Q3NA 3QH2A 4LVFA 4DXVA 3DFTA 3PR2A 2JKPA 3LLFA 1WX0A 4NNAA 1JCXA 1JULA 1N7KA 3W74A 3TR2A 3SECA 4JX4A 1D3HA 3TV8A 1ZNNA 2QCFA 1ZALA 5AN7A 3UWZA 1I2RA 3WJWA 1F05A 1ML1A 1LLZA 2E5BA 4O0KA 4CNNA 2AGKA 3ATYA 4K6AA 4CQ9A 1C9DA 3M5ZA 4N9DA 3GIYA 2CLEA 3W7JA 1ME9A 5HQEA 2ALDA 4RZ6A 1NF0A 1OFQA 3TU9A 1OFRA 3P7YA 3G8EA 4HIBA 4QM1A 3ZR4A 2BLEA 2QCLA 3FYPA 3PM6A 2PRHA 1KTCA 1DKWA 3E12A 3NQ2A 3AO0A 2Y61A 3D0CA 1FWSA 2G5WA 4A22A 3O15A 4AHOA 1QOQA 2NUWA 2GQ9A 1TJPA 4AB4A 3FLUA 2ABBA 1F76A 3KVKA 1VYRA 4R34A 3GNDA 3M6YA 2IQTA 1WOBA 2J24A 4U4MA 5BMWA 1H7RA 1X8FA 2H6RA 3NM3A 2G96A 4XBKA 3I7QA 3G1YA 5L9FA 2GJNA 2ZTKA 3TJLA 1QPNA 4MOZA 3W84A 3L5MA 5HR6A 3LX9A 1VRDA 5CGQA 3FYOA 3G1DA 1I4NA 4DO4A 4WUIA 3TQ0A 4DF2A 1JCJA 1W5MA 4EIVA 3R2GA 4NNBA 4UCGA 3W71A 3H54A 1T96A 3B0PA 1OX6A 3STCA 1I2OA 3EEGA 2E6YA 4JYDA 3W1NA 4DPQA 1NAL1 3BGJA 1VGAA 4DBDA 4S2CA 4ZQOA 2QCNA 3UYCA 3BARA 2ISSA 2OX1A 3TAOA 2FPYA 1TTJA 4DO6A 2ZRWA 4FNSA 3MWAA 1J2WA 4IJBA 3W75A 4UR8A 1DJQA 4X22A 3W7CA 2CLIA 1PL9A 5KTLA 3IIZA 3TDFA 4BWLC 2C13A 3E02A 1GG1A 4HPXA 4DO5A 3PBUA 5D03A 3LRMA 1ADOA 3QPYA 3P5ZA 1X7FA 5DBTA 2W79A 2TPSA 3TSMA 4GUHA 2FPVA 4BK9A 1W5NA 2HMCA 3FJLA 1SO5A 2R91A 5D04C 3KHJA 4D2JA 3WJSA 4M6VA 4FXSA 3YPIA 2GPTA 2E6DA 2H90A 3ATZA 3P61A 3IVSA 3VE9A 1D3GA 4WJEA 2HSAA 4K8EA 4UFIA 3W73A 3EWWA 1QOPA 2JKEA 4O14A 2FTPA 4J9JA 4LS1A 5HNRA 2YCEA 4W9TA 5G4EA 5DXXA 1FDYA 3NA8A 4YXGA 4NQ1A 1AW1A 3W1QA 1DL3A 2QJGA 3G0SA 3M44A 4FEZA 5E0KA 5DBUA 3ZS4A 1W37A 2ZZ3A 3TXZA 4UTJA 1L9WA 2A4AA 4WQ6A 1I2PA 4RJEA 4Y6GA 2XN2A 1IIGA 3O6YX 5AHIA 3W88A 3O06A 5HJLA 4DELA 4K39A 1LTDA 1G67A 1MEHA 1VYSX 1WYIA 1LOSA 1B4EA 2WQPA 1HFBA 5EMUA 3ZFHA 3KRSA 1ALDA 5D09A 4A3UA 4IMCA 2EHHA 1JCYA 2WSRA 5AHFA 5D2XA 3B4UA 1VCVA 2C18A 1G4TA 3MHFA 5BW6A 3I7RA 3HO8A 4TX9A 1ZY9A 5LNWA 3C3NA 1C8VA 4FB7A 2CZ5A 2VFFA 1TTPA 3SSJA 3CPRA 5LNVA 1SZGA 3C0JA 4FF7A 4JGDA 1KM5A 4JTFA 4MJMA 1YDVA 3CU2A 2QF7A 3L0KA 4NX0A 3RLUA 5CG7A 4CCEA 1Q45A 3HMJG 2BSLA 4IMFA 1RV8A 3QPZA 3P8IA 3UPBA 4JY8A 4XWUA 1DJNA 4LV9A 3LV5A 4ADSA 4Q4KA 4OHQA 2Y88A 3VFLA 2RDWA 5G5IA 1KM0A 3PB0A 3B0UX 5AB3A 1ICSA 1QCWA 1LROA 5K4XA 1GVFA 2X1UA 3I7SA 2V8ZA 3O05A 2QCDB 2VFEA 2GVGA 5K2ZA 1G4SA 5G2WA 4LUIA 2V0TA 1YYAA 4MPQA 2X1SA 2W0UA 4UTIA 1CW2A 2JGQA 3T40A 3HGSA 1UUMA 3W1MA 3NQFA 3NNTA 2QJHA 5EBUA 1VQTA 2J27A 1H1ZA 3DFNA 1H5YA 1OFPA 3S8HA 1THFD 3NR0A 3C4UA 5G2HA 3W7MA 1TQXA 3A24A 3B04A 3GDTA 3L5AA 4LC8A 3PVFA 4FNTA 1KFKA 3QMTA 2ZZ5A 1NVMA 1OF8A 1A5BA 4ADUA 1FQ0A 4UFLA 3NQDA 1KV8A 2J6XA 1LCOA 3RNDA 2DZPA 3CWNA 1J5TA 4UTLA 3NL2A 5TBOA 4LW7A 5G2IA 2EKCA 2QDGA 1F6PA 3QW4B 4M7SA 4UTMA 1EPXA 3HBLA 4BI7A 1H7PA 3PF3A 1KLYA 4LT9A 2NZLA 3NPVA 4HSNA 2J9XA 4UTUA 5I3JA 3P8JA 1LORA 5HULA 4RZ5A 1KM1A 1Z41A 2DZXA 3FJ6A 4JS3A 1OJXA 4N4QA 2O7SA 3LI0A 3O16A 4RZ4A 4DEFA 2YPIA 3PULA 4FNRA 3PC0A 3CEUA 3SR7A 4G1KA 4O12A 5HWNA 2B7NA 3LHYA 1LDCA 3NQ7A 4ZQNA 2A21A 2E77A 4CLMA 3A22A 3MBFA 2R94A 3BLIA 3LERA 4GRSA 4XTIA 5F2MA 1WAUA 4NX5A 4ZL1A 1PV8A 2OMAA 3G1SA 1TREA 3LM7A 3N14A 2YR1A 2WSQA 3QSTA 3DZ1A 4WY0F 1NFBA 2V2HA 3P60A 3TC7A 1PHWA 1QPQA 1RQBA 2TSYA 1XC4A 4OT7A 2FQIA 3NQEA 3W2NA 3W2JA 4K7YA 3PS7A 1JCNA 1TO3A 1XBYA 3TUUA 2PRMA 3BGGA 4LNYA 3QZEA 3W70A 3TMLA 1GVQA 4MY8A 4UC5A 2CLFA 2YXGA 3DFPA 1MXSA 3H55A 3E96A 4YWIA 1PVNA 1EP1A 1JVNA 4U28A 2OCZA 1VC4A 4NU7A 2NWSA 3B03A 3E9AA 2CWNA 2NLIA 3L5LA 2DZUA 2JBMA 3CB8A 1TPB1 2V2DA 2H8XA 4FHAA 5FEPA 3SJ3A 2C3ZA 3C61A 2YDAA 4LTSA 1W5PA 3GDMA 1UUOA 5EY5A 4O8RA 2C14A 1OYAA 4LUJA 2FJKA 3NDOA 3NL5A 1W5OA 3KAOA 4N2YA 2FIQA 3UZ5A 3VE7A 2WNZA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 4L6D A;  1JFX A;  1JDE A;  4JTT A;  1ME7 A;  4YTT A;  4JKL A;  3LPP A;  2JEQ A;  3H21 A;  4Y9A A;  2GVY A;  2Z0I A;  3APY A;  5BNK A;  3NYZ A;  1E6P A;  1I0B A;  2Q3O A;  4Q7N A;  4UB9 A;  2MUC A;  4B3L A;  4QLK A;  3M5Y A;  1PX3 A;  1QI4 A;  5C2C A;  4KBX A;  1WDW A;  4G1N A;  1BYB A;  1ZU8 A;  2V63 A;  5CG0 A;  1UKO A;  4HOW A;  4AD4 A;  4AYG A;  1RY0 A;  3TVA A;  3TN4 A;  2IKJ A;  2EPK X;  3QEZ A;  3I68 A;  1VFU A;  3GVQ A;  3AJ7 A;  3TW9 A;  2ZKM X;  3QR1 A;  5I3G A;  3OVR A;  3EWY A;  3QLD A;  3G22 A;  1DJI A;  1LT7 A;  4PYS A;  3B9O A;  3HV9 A;  3W72 A;  4Z1B A;  4IQL A;  1NWS A;  2J8T A;  5BRB A;  2YYT A;  3A3H A;  3GXI A;  3G1R A;  3EYP A;  3GXM A;  4NIR A;  3V0S A;  5HA7 A;  3AIU A;  4D6E A;  2EAW A;  4Q4S A;  3UA4 A;  1IQ8 A;  1FBA A;  5T9C E;  3ARS A;  4S3K A;  4Z2L A;  4U5K A;  3W6M A;  2YZ5 A;  3RG6 A;  2FZD A;  4LAL A;  1A5O C;  1O95 A;  2P88 A;  3CH9 A;  3RUB L;  1KFE A;  3S6D A;  1IEX A;  1BRL A;  1VBG A;  1VPX A;  4MY1 A;  5EL1 A;  2E25 A;  3VCN A;  3LEP A;  4JIE A;  2XDF A;  5T8G A;  3SDO A;  4GUF A;  3TLQ A;  4PMJ A;  1E6N A;  3MSD A;  4FX8 A;  3N73 A;  1X97 A;  4Y90 A;  4NZF A;  2TRS A;  4IX0 A;  5BYW A;  3IVT A;  5HME A;  3F5J A;  1QAS A;  2D0F A;  2BTM A;  3N3T A;  4AVF A;  2OT1 A;  4IUG A;  5IDZ A;  5D05 A;  3APG A;  5DMY A;  2NVA A;  2ZFA A;  4WKH A;  1DTN A;  1W8G A;  4QCF A;  5HWM A;  2W66 A;  2XHY A;  4GVF A;  2WZM A;  3FVD A;  2NV2 A;  4OOZ A;  4J4K A;  4N0R A;  1SO3 A;  3LPG A;  4ADT A;  2NUX A;  3MUX A;  1V6V A;  1QUM A;  1E4L A;  1H2J A;  1HKK A;  1PKM A;  1XFB A;  3OOD A;  1VBR A;  4LWW A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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4PODA

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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