4PUD | Genus

Total Genus 153

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	153
sequence length	371
structure length	371
Chain Sequence	KPHISALNAPQLDQRYKNEFTIGAAVEPYQLQNEKDVQMLKRHFNSIVAENVMKPISIQPEEGKFNFEQADRIVKFAKANGMDIRFHTLVWHSQVPQWFFLDKEGKPMVNETDPVKREQNKQLLLKRLETHIKTIVERYKDDIKYWDVVNQVVGDDGKLRNSPWYQIAGIDYIKVAFQAARKYGGDNIKLYMNDYNTEVEPKRTALYNLVKQLKEEGVPIDGIGHQSHIQIGWPSEAEIEKTINMFAALGLDNQITELDVSMYGWPPRAYPTYDAIPKQKFLDQAARYDRLFKLYEKLSDKISNVTFWGIADNHTWLDSRADVYYDANGNVVVDPNAPYAKVEKGKGKDAPFVFGPDYKVKPAYWAIIDHK

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
source organism	Geobacillus stearothermophilus
publication title	Extracellulr Xylanase from Geobacillus stearothermophilus: E159Q mutant, with xylopentaose in active site. rcsb
molecule keywords	Endo-1,4-beta-xylanase
total genus	153
structure length	371
sequence length	371
ec nomenclature	ec 3.2.1.8: Endo-1,4-beta-xylanase.
pdb deposition date	2014-03-13

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00331	Glyco_hydro_10	Glycosyl hydrolase family 10

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	4pudA00

4GZJA 3OGRA 3LPPA 5EMYA 4UOJA 4PMNA 3QOKA 5D8WA 2VZUA 5E70A 2IUZA 2CBJA 3WD1A 2EXOA 1C7TA 5EFFA 5BXSA 1JXJA 2BVDA 3UG5A 1Q4NX 1XGZA 4CN1A 3ZM8A 1BYCA 1R7AA 1RP8A 3CIVA 5E0CA 5A1AA 1XCXA 2VX7A 2CERA 1E1EA 2PBOA 2XPKA 3AMKA 1WDPA 2BV9A 3AICA 1N82A 3EBVA 2W61A 3BSHA 3AS2A 4PUEA 4FMVA 4M80A 2XUCA 4JFTA 1ISVA 5IXEA 1OSEA 1ZJAA 1U2YA 4C7FA 3POHA 1R7OA 5FL0A 4JFUA 4HA3A 5E6YA 1Q6FA 2DT0A 1KFWA 3LPGA 4LYQA 1QNRA 1PAMA 3S2CA 4X0NA 1HJSA 3K8MA 3SUSA 2ZICA 5HBFA 1MQRA 1BYBA 2WCGA 3PZMA 2DT2A 3CHCA 2DSUA 4UOQA 6CGTA 3OZOA 3GH5A 2VCBA 5A8OA 1TUXA 4B3KA 1BVZA 1DWIM 3W26A 3WD2A 3IAPA 3L4VA 3MU7A 1V6UA 3WIJA 2C7FA 2V5CA 4W84A 2OWWA 2ZWZA 4LGXA 4UQEA 3ARPA 1J18A 2ZUMA 3NDYA 4FLSA 4MJ4A 3OIHA 1J01A 2WYSA 2GJXA 1QI2A 1J0KA 1WDRA 2CETA 1F4HA 1E3XA 2CIPA 1PIFA 2G3JA 1OCQA 4LYPA 3RDKA 3ZJ7A 1J11A 5JBEA 3F5KA 1VRXA 3GH4A 4DUVA 1GHRA 3I3BA 1D2KA 2D3LA 1Q6GA 4URIA 5CLTA 2XVGA 3VMPA 3FAWA 5LYRA 3TTQA 4DWSC 3WQ8A 4PMQA 2E9LA 2WC3A 1W9PA 1S46A 3AXHA 1B3VA 1K9FA 1VFFA 4Z2LA 1GVYA 2WHJA 1JZ6A 3F5LA 1BPLB 1H09A 3N18A 4L4OA 4ML4A 4W88A 5IFTA 2WZEA 5D9PA 4J7RA 3L2MA 2QLYA 1E4LA 2WC7A 2VURA 1MW2A 4A3HA 1CTNA 4NRRA 1EH9A 3SCNA 1FFRA 5I78A 1PEZA 1YQ2A 3F5JA 1XC6A 2OYLA 2VCCA 1UH2A 3EDKA 2JEQA 3BAIA 1MFVA 1PX4A 1XCWA 4W89A 3U7VA 3L4XA 3AHXA 4P7NA 5A2BA 4AD0A 4WF7A 1V6VA 2XGBA 1Y7VA 2WANA 3B9AA 4W8BA 4H8UA 1BQCA 1JAEA 1EQPA 1QNSA 2OLHA 2WM0A 4GKLA 4HU0A 1UKQA 2BXYA 2WWCA 2YLAA 1XH1A 2QMJA 1VJZA 3CMJA 1EDTA 1BF2A 4UFKA 3AS1A 3OA5A 1WKYA 2J7HA 1UUQA 4DM1A 3ZJKA 2GUYA 3FHQA 3KL0A 3WNMA 1GOMA 1JD9A 1NH6A 2DDXA 3WF0A 4F66A 3U57A 4HA4A 4NSBA 2Q8XA 3OG2A 5BXRA 4M56A 5CSYA 1YHTA 4W8AA 5M03A 1ISZA 3U5UA 3EMQA 4UZSA 1WPCA 1BFNA 3EDJA 3BAKA 2WB5A 4MB5A 1UR0A 2XM1A 4Q7NA 4XX6A 4EAMA 2OYKA 3I3EA 5BCAA 5JBDA 4CN4A 3WDHA 1C8YA 2Z1KA 5JUVA 3A4WA 4E4PA 4AZ6A 4BS0A 5C8BB 3UEQA 2WVUA 1E0WA 1DP0A 1UR8A 1QHZA 1WDSA 1JFHA 3KWXA 3WDIA 3TTSA 4J3WA 1TMQA 3BMVA 2XWEA 2ZUNA 1B30A 1ZU8A 2J7BA 2XTKA 3BAWA 1R86A 1B3XA 3OGVA 3K8LA 3AMCA 1ZBCA 2AOSA 1QW8A 2VT0A 3ARZA 3AMDA 4ACZB 4CD6A 1H3GA 5BWFA 1CXHA 1MW0A 5DT7A 2DPEA 4IISA 4CCDA 2ZIDA 1XYZA 1W3LA 1WB0A 3BXWA 5IHRA 3OGSA 3AROA 3VINA 4DWSD 2E9MA 3HU7A 2J77A 3S6TA 4AMCA 1JXKA 3CZKA 3CTTA 3A3HA 3WL1A 4BQ3A 3AISA 3TP4A 2QF8A 5FOOA 4GZEA 5E0FA 4DUXA 3EDEA 2XWDA 3VTRA 1H5VA 1QW9A 2WK2A 3A4AA 2ZOXA 3ARUA 2O9RA 2Y8KA 3W27A 1JDCA 2CBIA 1OGBA 4PMDA 2JEPA 2WKLA 2CXGA 5GPRA 2WKGA 2EPMX 3W4RA 4JZ5A 5LA0A 1DEDA 1W3KA 4PBGA 2E4TA 4ATDA 1NWSA 3EDFA 1W2VA 2YL8A 5HXMA 1UYQA 4P8UA 1PZ3A 3GM8A 3VIGA 2J74A 3PZNA 5CPTA 4ZFMA 4LX4A 3QGVA 1R87A 3WH9A 3MSDA 1FH8A 1W1YA 5I77A 1AVAA 1KCLA 1E1FA 1H0IA 1XYFA 1E56A 3ZOAA 3CZ8A 2V3DA 4F8XA 3SUVA 1HP4A 4GPNA 1UWUA 3NSMA 1K9EA 2YLLA 2XG9A 4UR9A 5A6BD 1VIWA 3AOFA 1J0YA 1HVQA 1WZAA 5BROA 2Y5EA 2RGLA 5TD4A 1E3ZA 3RPMA 5BRQA 1E0VA 3W81A 1UR4A 2O9PA 2NSXA 3VU2A 2WVVB 1BLIA 3T0AA 3DHPA 1QNOA 3WBEA 7A3HA 1KXQA 2E8YA 5DFAA 2OSWA 1BVNP 1NP0A 3ARSA 3LPOA 2WSPA 6TAAA 4TVDA 3WF4A 3PBGA 4BQ4A 1JYNA 4HPHA 4AD2A 1VEOA 2WMIB 1GOKA 4JFSA 1TZ7A 3FHAA 4AD4A 8A3HA 1JDDA 3UG3A 5I23A 1B1YA 2XVPA 4PMYA 4QLJA 2VX4A 1NM9A 2RGMA 2EEXA 3RM9A 1OT2A 1CIUA 4AZ5A 1SR0A 2D0HA 1B31A 3VX0A 1KGUA 2NT0A 2JF7A 1UD6A 1KWGA 1V3KA 2V3GA 4Z2IA 1SMAA 1M01A 2V38A 1JG9A 1H41A 4W87A 3WDJA 3AYRA 4AEEA 1LL4A 5LA1A 1CGUA 1QBAA 4S3JA 2WSKA 4IPLA 2OSYA 1TCMA 5A95A 1DTUA 1EO5A 3PZGA 1JAKA 3AFBA 2PWFA 3MSGA 4CVWA 2IXUA 2V3FA 1GQLA 4CVUA 4MPKA 3D5HA 1QI4A 1K9TA 2JIEA 4J3VA 3BMWA 4BZYA 3NYDA 4M8UA 5D9NA 3WSUA 4W5ZA 1GCYA 1UWQA 3ARRA 5A6SA 3DC0A 4MNMA 1MXGA 4UFLA 1HJWA 1H2JA 2ZXBA 3AS3A 4AXNA 1C3FA 3OLEA 3NSNA 3AIUA 2EPLX 4CCEA 2JFEX 2BHZA 1CEOA 3DYPA 3N11A 1UA7A 1ECEA 3T2QA 1QHOA 2FH6A 1VFUA 1X6LA 2CITA 3DYOA 3PTQA 4PTWA 2J25A 2ZWYA 1E5NA 1CXIA 2O9TA 3KE0A 1UD3A 2BFGA 1MXDA 1TE1A 4FLOA 4KRTA 1QNPA 1LQ0A 4PMZA 3CHEA 4MDPA 2VMFA 3WNLA 3MUIA 3ZR6A 1AQHA 1GQIA 5AYBA 1EGZA 4MAZA 4X9YA 3W38A 1R8LA 1V3LA 1GQKA 1CDGA 1E6NA 1K6AA 2O92A 1JI1A 3UERA 3K4AA 1E4IA 3G6MA 1I75A 1KXTA 2W5FA 1J0HA 5HPCA 2EPKX 3ZQ9A 1HL9A 2W62A 3W6LA 4OZOA 3NDZA 1ESWA 5AC4A 1E0XA 1UWTA 2WLZA 5M3WA 2VRQA 1EOKA 1OT1A 3PZ9A 2GJXB 5A8PA 5CSUA 2GK1A 5JIPA 2FGLA 3JUGA 3K4DA 1CGYA 4BQ5A 2CNCA 3VIMA 1HVXA 5A2CA 3ECQA 4H2CA 3RILA 4E8DA 1E70M 2WVSA 3G6LA 3VGBA 3WKZA 2G4FA 1G9HA 4B15A 1E6SM 2XIIA 3SUTA 4IPNB 1W3JA 4UFMA 4ACYA 4F9JA 4NI3A 2GSJA 3IJ9A 4H41A 3WMSA 3WH8A 4OBSA 2ESCA 4MNLA 1JYWA 1OBAA 3B8SA 1CXLA 3AZRA 1VJSA 3L4YA 1ODZA 3KEHA 1XSJA 3AHVA 2Z1SA 4GO9A 1Q6CA 1PPIA 2WPGA 2ZX9A 1HF6A 4J28A 3U7BA 1OIFA 2J7EA 2J8FA 3BSGA 3WBAA 2VVSA 1V08A 3AHZA 3L4WA 4PSRA 1KB3A 2CYGA 4CD5A 5E09A 1ZS2A 1X1NA 4YHGA 5CGTA 1JFXA 3KL3A 4CD8A 1LG2A 3WEZA 5KEZA 2CHOA 3VOCA 2NW0A 3VIHA 1V3JA 9CGTA 4E8CA 2WMKA 4CUCA 1JZ5A 4Z2HA 1W2PA 1JZ8A 1XSKA 4XB3A 2E9BA 3GXIA 3WQVA 2XIBA 4UTFA 1ZL1A 3MV11 3WEOA 1HKIA 3CBWA 1VB9A 4DWSA 3ARXA 1QI3A 2FGZA 3VMOA 1J12A 2D24A 2W66A 2WZIA 4JCMA 3RCNA 2J79A 5HPOA 3VD3A 2C8NA 1C7SA 2WLYA 4HP5A 2FHCA 1D3CA 4PMOA 3VMNA 3GYCA 3WFZA 2VUYA 2EPNA 1UQZA 4D6EA 1W9DM 4IM4A 4JCLA 2XFFA 1LL7A 2WHMA 1UQYA 2DSKA 3HN3A 5D9MA 3M46A 1Z32X 1DWJM 3MUZ1 4PCTA 3UG4A 4P7RA 2A3HA 2D0GA 1E4NA 4F9DA 4GI8A 1J0JA 5DO8A 4PCSA 2BY1A 3A4XA 5IHSA 3ARYA 2GFTA 1OD0A 3J7HA 4LXFA 1E4MM 3AZTA 1EO7A 1ISXA 3A47A 2PWEA 2YBUA 1CECA 3VPLA 3KZSA 2OYMA 3CHDA 3POCA 3CUFA 4XZBA 2QHAA 3WDPP 3D3AA 2DGAA 1EHNA 5E9AA 1HJQA 2ZXQA 2JF6A 1IV8A 2Y8VA 4AIOA 1OGGA 3ALFA 3VDCA 3AXXA 3VDHA 1JI2A 3IJ7A 4P8WA 3WMCA 4B3LA 5I2UA 5CPQA 3CZEA 1CGXA 4HA1A 1UKPA 2ZUVA 3CZJA 4PSPA 1UD8A 5GNZA 1JDAA 4ZE5A 4AEFA 4MB4A 4HTYA 3UCQA 4PTVA 3VIIA 3AZSA 2GVYA 5LA2A 2VI0A 4U2ZA 3AHYA 4AD1A 3PN8A 1H49A 2HVMA 4JHZA 4UQBA 5BXTA 1V0KA 5DF0A 1K9DA 2DT3A 3PZUA 4YN5A 4FLQA 5E6ZA 2G3NA 1WNOA 1QNQA 4JFVA 3SCRA 5BXPA 3KL5A 1U33A 1IZKA 2YDSA 4ZENA 1ODUA 3SUWA 3VD7A 7CGTA 2A3EA 2PC8A 3B9DA 4UFJA 3VGGA 3T2OA 4ZEPA 1ISWA 3T0DA 4MNKA 4M29A 2WWDA 4WKFA 4HOXA 2E40A 1BYAA 1OIMA 4QFUA 3N9KA 1UOKA 5FD0A 1B90A 1PX8A 1JYVA 1GQJA 1EIBA 4AZBA 4TOQA 2VOTA 3SURA 1G5AA 1LL6A 1W32A 4S3KA 1BHGA 1FH9A 1E5JA 1CGVA 3ZR5A 3NSXA 3NUKA 5FKYA 5I3DA 3WQ6A 1G0CA 1VFOA 1LJYA 4WKHA 3K1DA 4QCFA 5ABFA 1QPKA 3L4UA 1UKTA 4QAWA 4WIWA 4H8HA 1CLXA 2YA1A 3VGEA 3THDA 3TA9A 1I1WA 1HNYA 4Z2GA 4AZCB 4GI6A 3WDRA 3L2LA 4P8XA 1CXKA 1JGIA 3MKKA 2EPOA 2EO7A 1DWHM 1PIGA 3DYMA 3BCDA 2J8GA 4M82A 1C90A 5ABGA 4D1IA 1W91A 2AAAA 2ZX7A 4QCEA 1VENA 3SCPA 3CUJA 4UQDA 1CENA 1ITCA 2DSWA 3N15A 3OZPA 1UG6A 3QHOA 4P8VA 1EXPA 3CH9A 2ZXDA 3MV01 1FHDA 2J47A 4RE4A 1GUVA 4Q22A 3GNOA 3FXYA 2PB1A 5D9OA 2HISA 4J27A 4PN2A 2W67A 2JIWA 4HPGA 4W86A 3WENA 1BGGA 1E6QM 4H8VA 3VD5A 1NWUA 4AZHA 2C0HA 2J7GA 1XH0A 4W5UA 4RE3A 5CXPA 1VBRA 3ALGA 3NCOA 4H7VA 3ZJ8A 1C8XA 2DEPA 3WQ4A 5A6AA 4PMRA 1XRVA 1NQ6A 2W63A 2FHFA 5ECUA 1E73M 1A3HA 3TTOA 1V3IA 2BNJA 4ZE4A 4OJYA 5GQBA 2PF0A 4JL2A 4R5EA 2YOCA 2VX6A 5GNYA 2G41A 3WL0A 2X0HA 3M07A 3WF2A 2WMFA 2YL9A 1NOFA 5CQ1A 1HT6A 3WNPA 1TG7A 1M03A 4AC1X 2CKRA 3BCFA 5DT5A 1HKMA 2EQDA 3MO4A 3RO8A 5BRPA 1OGSA 1C8QA 4WKAA 4KWUA 1FA2A 3U5YA 4D6CA 1MYRA 3SIMA 2UWFA 3MANA 5DEZA 1HIZA 2W91A 4ZXOA 5JIWA 1XSIA 2D20A 2XSBA 3CZGA 3HMCA 4M24A 3RJXA 2WVTA 3CPUA 3OB8A 2E3ZA 1E72M 4WJXA 3VD4A 1FH7A 1V0NA 1JD7A 1RPKA 2ZX5A 4NF7A 1B3WA 1MFUA 4UFHA 4DM2A 1I1XA 2O9OA 1PBGA 4EK7A 2XGIA 1NARA 5F7UA 1W1PA 3CLWA 2XVLA 2CBUA 2W4XA 3FNDA 3GBEA 4U31A 1A47A 4OKDA 4U3CA 4W85A 4GIAA 3AJ7A 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3AQUA 3VILA 1LLOA 1UD4A 4CU8A 1JZ3A 4CKQA 4UOZA 3UR7A 4HMDA 4R27A 1AQ0A 2VNCA 1O6IA 1BGAA 3UR8A 4MB3A 3SCSA 3QOMA 1KCKA 5EB8A 1E71M 1XH2A 1UR9A 1HX0A 2GJRA 4ATLA 4AZGA 1VAHA 2VL4A 1F4AA 1TA3A 2VVNA 4OBRA 2WMHA 1MW1A 4K68A 1UR1A 2GDUA 2VQUA 5HNNA 3II1A 4QP0A 2UY4A 2X1IA 3W29A 2WAGA 3BAXA 3HJEA 2F2HA 1UH3A 5D4YA 4HOZA 4PTMA 3T2PA 1UD2A 1V02A 4FF5A 3WNNA 3ARVA 4W7VA 3RM4A 2CBVA 1J0IA 1LWJA 2J75A 3N17A 4GI9A 1ZBWA 2WBKA 2WCSA 2WC4A 3ARTA 4HOWA 4CU7A 2BXZA 4JAWA 3AIRA 3SCVA 3AMGA 8CGTA 4Z2KA 4TVCA 3THCA 1J9YA 2WCAA 1NOWA 1NP2A 3BGAA 2IXVA 1WCGA 1KGWA 1VFMA 5AYIA 3WNOA 2WXDM 4JIEA 4U5IA 2D23A 1DWFM 1B9ZA 1HXJA 1RP9A 1V0MA 2V5DA 1GOQA 3DECA 3DHUA 4UQ9A 1M7XA 3OBAA 1E6XM 1UZ4A 4GO8A 2YKKA 1GOWA 3VX1A 2XFRA 1V02E 1SMDA 3W25A 4PUDA 5FL1A 2PBGA 1BG9A 1CGWA 3VNYA 4EKJA 2QPUA 1JZ4A 5CLWA 2UY5A 3BAYA 3CUGA 1V6YA 2EBNA 1OM0A 4HMEA 2MANA 1GW1A 1E55A 2FH8A 2YA0A 3W53A 2D3NA 5A6BA 1MWOA 4P7LA 1O7AA 5ABFB 1UA3A 3TONA 1MQQA 1KR0A 2TAAA 1WZLA 4UZUA 4MADA 3PZQA 1GNXA 2E8ZA 3OLIA 1GJUA 1HP5A 1XV8A 4HZ8A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 2BY2 A;  2XVN A;  4OIF A;  2JAL A;  4QLK A;  2OSX A;  2XHY A;  1TA3 B;  5M5D A;  4JKK A;  1FP9 A;  4D72 A;  2W92 A;  1SFS A;  3UET A;  3WNK A;  1E9L A;  2ZUS A;  3AHT A;  3GZA A;  2J4G A;  3W28 A;  1BAG A;  4RL3 A;  4DWS B;  4LQ1 A;  1LF1 A;  4B16 A;  1OB0 A;  2ZE0 A;  3ZJ6 A;  5AY7 A;  2ZXA A;  4PMX A;  3MMD A;  4N0R A;  4AWE A;  2WZH A;  5HOS A;  1XHG A;  4JL1 A;  3WUE A;  3CO4 A;  3L4Z A;  4MDO A;  5FCZ A;  2FHB A;  4WK9 A;  2AMG A;  3VIO A;  3SCW A;  4KH2 A;  2VCA A;  4MJ2 A;  3EMC A;  3WH7 A;  3GNR A;  1GON A;  2G3I A;  5EBA A;  4RE2 A;  3N12 A;  1RH9 A;  2DH3 A;  3ZMR A;  2GDV A;  2XM2 A;  4JKM A;  3MS8 A;  3SCQ A;  1EHA A;  3T0B A;  5D8Z A;  3CUI A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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4PUDA

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Chain Sequence

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Chord Diagram

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