4PUDA

Extracellulr xylanase from geobacillus stearothermophilus: e159q mutant, with xylopentaose in active site
Total Genus 153
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
153
sequence length
371
structure length
371
Chain Sequence
KPHISALNAPQLDQRYKNEFTIGAAVEPYQLQNEKDVQMLKRHFNSIVAENVMKPISIQPEEGKFNFEQADRIVKFAKANGMDIRFHTLVWHSQVPQWFFLDKEGKPMVNETDPVKREQNKQLLLKRLETHIKTIVERYKDDIKYWDVVNQVVGDDGKLRNSPWYQIAGIDYIKVAFQAARKYGGDNIKLYMNDYNTEVEPKRTALYNLVKQLKEEGVPIDGIGHQSHIQIGWPSEAEIEKTINMFAALGLDNQITELDVSMYGWPPRAYPTYDAIPKQKFLDQAARYDRLFKLYEKLSDKISNVTFWGIADNHTWLDSRADVYYDANGNVVVDPNAPYAKVEKGKGKDAPFVFGPDYKVKPAYWAIIDHK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Geobacillus stearothermophilus
publication title Extracellulr Xylanase from Geobacillus stearothermophilus: E159Q mutant, with xylopentaose in active site.
rcsb
molecule keywords Endo-1,4-beta-xylanase
total genus 153
structure length 371
sequence length 371
ec nomenclature ec 3.2.1.8: Endo-1,4-beta-xylanase.
pdb deposition date 2014-03-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00331 Glyco_hydro_10 Glycosyl hydrolase family 10
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4pudA00
3WL1A 4QLJA 1YQ2A 2BNJA 5A6SA 4M8UA 1NQ6A 4JFSA 1G01A 3CUHA 3LPPA 1QHPA 2YLLA 2XWDA 3QR3A 3O9NA 4W8AA 3L4YA 3VGBA 1DWIM 1MFVA 1EOMA 5IHSA 4UOJA 1FP8A 1JDCA 2QMJA 3DHPA 1V02E 3WH7A 4U3AA 4J3VA 1KR1A 2WC3A 3WNMA 4U2YA 4L4PA 1NARA 3GXFA 3WQ6A 1K9EA 1WO2A 3POHA 3K8MA 2AMGA 2G3NA 1Q6EA 1E55A 5DT7A 1KGWA 5A6JA 2J78A 3MV11 1W9PA 1E3XA 2YA1A 2BXZA 2WVUA 3NSMA 5D8WA 4KRUA 3ZR5A 2F61A 2QMKA 3TOPA 2WYSA 5FL0A 2WMIA 2ZE0A 2YDQA 3CUIA 5GPRA 1QPKA 4TX6A 3BH4A 1OBAA 3F5LA 1I1XA 2QF8A 5TD4A 5CSYA 1ZJAA 1AQ0A 3CBWA 4MB5A 5C70A 3VGEA 3EMCA 2YKKA 2J7HA 4NRRA 1D2KA 5CQ1A 3SUWA 2E0PA 4IUGA 3VIHA 1UKQA 4F9JA 1VFFA 4GZEA 1GQLA 2VTFA 4QDMA 4PRWA 3WFLA 5D9NA 3CPUA 2GK1B 3WUBA 2WZHA 5I24A 5ABFA 4MTVA 4DUVA 3WH6A 1DWHM 2CBJA 4MNJA 3T09A 1ZU8A 4E2OA 4FLSA 1ODUA 1P6WA 1R7OA 1XH1A 1ZS2A 4OZOA 3WEMA 1CGXA 3MUIA 1GOQA 4PMZA 1A47A 3AHYA 1R8LA 1V6WA 4AD1A 2D2OA 2E8ZA 1J10A 2FHBA 3MUY1 2G3MA 3WN6A 4PMUA 4P7NA 4ZEPA 1HJXA 1E6PA 2WK2A 1HKIA 1CWYA 3AXIA 4TX8A 4F9DA 3L4TA 3WELA 1XSKA 3EDJA 1NWTA 1JNEA 4P8UA 3GH4A 2XVPA 1C8QA 1BAGA 1US3A 2CKRA 3BAJA 2V5CA 3SEPA 3WMCA 3EMZA 1E1FA 3MO4A 4ACYA 1MXDA 3OZPA 4CVUA 2J7CA 3WY1A 5CLTA 3PZIA 4OIFA 1BGGA 1J11A 1U2YA 1NOUA 1JFHA 1UD2A 1CGYA 3K8KA 2XHYA 2VVSA 3OLDA 5CPTA 1MWOA 4KWUA 1GQIA 1MVYA 1ZJBA 2WVVA 5HOSA 3HJEA 5E6YA 4MNMA 2CCRA 4JCMA 3SCTA 3T0DA 1QBBA 3WDJA 5LA0A 2FGLA 1VEMA 3WF0A 3T0BA 1B3YA 1UZ1A 5FOOA 3BMWA 1ZBKA 1UA7A 3F5JA 2ZUUA 1WPCA 3LMYA 4P8WA 4DUXA 1R7AA 2VO5A 3T0AA 4L4OA 2CBUA 4JIEA 3PZOA 1H11A 2DSZA 1FFRA 2D23A 1HXJA 4PTMA 3KWXA 2D0HA 1E40A 5A6LA 4HOZA 2PWHA 3UESA 2MANA 5IFPA 4UFJA 2DT0A 4FLQA 4MADA 5AYBA 2XSBA 3L4VA 4JKLA 4AIOA 3W82A 1QI4A 4U5KA 4PBGA 3VD4A 1XYFA 5DF0A 4HOWA 1C3FA 1X6NA 4CU8A 1WDPA 3W26A 5KZ6A 1YHTA 1H3GA 3F5KA 2J25A 4JL2A 4A3YA 2JIEA 1C8XA 4P7OA 1QI3A 2DH3A 3PZQA 3MSDA 4RL3A 1V3KA 3BAKA 3AMKA 3UG3A 3WNNA 1UR9A 3PTQA 3WQVA 1H2JA 1UWSA 4D6DA 4E8CA 2UY3A 2FGZA 2VRQA 1IZJA 3ZJ7A 3WKZA 3O6AA 1WZKA 3JUGA 3GTNA 4J3UA 3KL3A 1E5NA 2HISA 4A4AA 1G94A 1UR2A 4WSJA 4QCFA 1GORA 1B3XA 3T2PA 4H41A 3ZR6A 1WB0A 2WMIB 3WBAA 1KFWA 1EA9C 2DSWA 4AD5A 4AZ5A 3WDQA 4BQ3A 1VENA 1KXVA 2O92A 3AZTA 2D0GA 3WF2A 4UOZA 4UFIA 2DEPA 4N42A 2UY5A 3SCSA 3VIMA 1DWGM 1UR4A 4BCEA 3FW6A 2CYGA 1GOWA 4MNKA 3VD5A 1UR1A 3VVGA 1QI5A 4UQEA 4C7FA 1TZ7A 2DIJA 4AD0A 1G1YA 3GM8A 4PMVA 2XGIA 3ZO9A 2D3LA 2WWCA 3ARPA 4URIA 5HPCA 5ABFB 3N12A 4ATLA 1W9BM 4BQ4A 1UWUA 1JZ2A 3AIEA 1EXPA 3I3EA 1UA3A 4W86A 3M46A 1LG2A 4OUEA 1V3IA 1W3JA 2EEXA 4W5UA 1J12A 4GXPA 4HP5A 3WF3A 2VUYA 1ZL1A 1EQCA 1TG7A 3CZJA 3MUAA 2HVMA 4UQ9A 3ZIZA 4AW7A 3NCOA 1PPIA 3KZSA 1NWRA 2XM2A 4B16A 3WF4A 3BMVA 2Y8VA 1FHLA 2YDSA 2CNCA 1EDGA 3EDKA 1C7SA 1Q4NX 1BSIA 1W32A 2EBNA 1M04A 3MS8A 4IPNB 1RH9A 1GJWA 1UG6A 3AIUA 4PMYA 4CD7A 5A6BA 1CXFA 3K8LA 1CPUA 2VJXA 1C92A 2W63A 3W6MA 1KGUA 4R27A 5A8PA 1K9FA 4U31A 4U2ZA 4W93A 3UR8A 3VNYA 1EIBA 2B31A 3QHMA 5JIPA 2A3AA 2W61A 5E70A 3AS1A 5LA1A 4M81A 1GCYA 5ABGA 2J62A 4HA3A 2GDVA 4HA1A 1OINA 3CHEA 2DSVA 4P7QA 2XFYA 4FF5A 2WMFA 2WVVB 5IXEA 1JD9A 4U5IA 4PUEA 5E09A 1HP4A 3PTKA 4MDOA 1W91A 5I5RA 1JGIA 4ZXLA 4E8DA 1E6SM 3WUGA 4AD4A 2CBIA 2YBUA 4D6EA 1C90A 2WW5A 1PZ2A 2ZIDA 4W85A 2QV4A 2A3CA 4TVCA 1MYRA 2EXOA 2JE8A 2J75A 3GNPA 4PMNA 1E70M 2OSWA 4MNLA 1JXJA 3ARQA 4JKKA 1KCLA 5LA2A 1J0IA 1H4PA 1BVNP 2CHOA 4HU8A 1K9TA 4UOQA 3ECQA 4JCLA 2WHLA 3AIWA 4W88A 4Z2IA 5DT5A 2WHJA 3WQWA 9CGTA 1V02A 2WBKA 3EYPA 5E0CA 1CXIA 2ZUVA 1OT2A 1JAEA 2DSKA 2WCGA 1G9HA 4DWSA 2D1ZA 2C0HA 4M29A 1V6YA 2J7FA 4EAMA 4P8VA 2JIWA 1JAKA 5I0DA 3ZQ9A 3AIBA 1ZBWA 1J0HA 4B9ZA 1MW1A 1V6UA 4WLCA 2EJ1A 1DP0A 3ZMRA 1J0YA 1VFUA 1W9UA 4H8HA 2BS9A 2BFGA 2AAAA 2WC7A 4KGJA 4R5EA 3GNOA 4P8XA 3CUFA 3WH5A 4UFHA 3W38A 5A2CA 4ZFMA 1CZ1A 3BAIA 3WEZA 1E4LA 1JI2A 5GNZA 1R87A 2VX5A 1C93A 2W62A 1V0KA 3WD3A 1DWFM 1L0PA 3PN8A 3QGVA 1XYZA 1BVZA 3OGRA 2VURA 2XIIA 1ISVA 1UUQA 2CHNA 2ZX6A 4D1JA 3VGDA 1QBAA 1X6LA 5I78A 3L4ZA 3WSUA 2WMGA 5BYWA 2WSPA 4Z2KA 4ZE4A 5AC5A 1XD0A 3B9DA 1BTCA 4YPJA 2UY4A 3LPGA 3SUTA 3BAXA 1UR8A 1W1PA 4FLOA 1GVYA 5FKYA 5CLWA 2D24A 3M7SA 3NSXA 3WH8A 4D6FA 4W8LA 1AMYA 4AIEA 2ZUWA 3WQ5A 3M07A 1B3VA 3OBAA 2JEPA 1QVBA 2VQUA 4AZGA 1C7TA 3AZSA 3OGVA 1CXHA 3VGGA 1BQCA 1CTNA 3CHDA 1DTUA 3ZOAA 2O9RA 5ABHA 4LXFA 3VKKA 2VOTA 1EO7A 3EDEA 3AIQA 3KEHA 1IT0A 1QNOA 4AZHA 3U5UA 1XC6A 1JD7A 1WAWA 3F4VA 3AOFA 1BYAA 5BROA 2JEQA 2J8GA 2A3HA 3BXWA 4Z2LA 1H1NA 1UKSA 3VMOA 1C91A 2IXVA 3ARZA 3AIRA 1W1TA 4NRSA 4CUCA 2VZTA 1LL7A 2XGBA 2NT1A 2BY2A 1CNVA 4AZIA 4MJ4A 1HJWA 2OYLA 3RCNA 3IK2A 4CGTA 1XV8A 1OB0A 2XFFA 3AQUA 3AIVA 1GHSA 2WMJA 4WSKA 4XZBA 3A4XA 4HMCA 5GNXA 1FP9A 1VEOA 2PB1A 4GI8A 1KBBA 4AEFA 2Q8XA 2CERA 1XGZA 2Y4SA 1KXQA 3MUZ1 1J01A 3WDPP 3AI0A 2GFTA 2ZICA 3IJ7A 3UEQA 3FHQA 3RM9A 5IHRA 1Q6DA 5A3HA 4JHZA 1DWAM 2BXYA 1EHNA 1B9ZA 4CKQA 2VRKA 3TA9A 2ZX9A 5BRPA 4PUDA 3ALGA 3VIFA 2PWDA 4W7VA 4W7UA 4AC1X 1LQ0A 4D6CA 1B2YA 4PCTA 3A6OA 1PZ3A 2BY0A 3FAWA 5EFDA 2EPLX 4UZSA 5AC4A 2WHKA 1H5VA 3CZGA 1E72M 4UQCA 3PZMA 2Y8KA 4S3JA 1ODZA 1K9DA 5EFFA 3AHTA 1JXKA 2WVTA 4M56A 1XHGA 4GQQA 4AIUA 2X0YA 1NP2A 4LYPA 2NW0A 3AMLA 2GUYA 3DC0A 1UQZA 3WD4A 4QAWA 1E0VA 1V0LA 4DWSB 3PZUA 4N0RA 5I23A 2EQDA 5I79A 5EB8A 4PTWA 3VIJA 1PAMA 1H49A 2O9OA 2E9LA 3TP4A 1HJQA 4UCFA 1KCKA 2XJ7A 1KGXA 3O2LA 1K6AA 1G5AA 3CZKA 3CMJA 1JI1A 4ACZA 1M03A 1RP8A 2CXGA 4IISA 3NDYA 4XX6A 4PEEA 2BV9A 1UD5A 1EOKA 2J8FA 1US2A 4JAWA 3QOKA 3KL0A 3M6DA 4NF7A 4BQ5A 3N9KA 2XIBA 1E6NA 3VM5A 2EPKX 4W8BA 3TTYA 4LYRA 4PMRA 2VC9A 1GQJA 3RIKA 3VIOA 3CGTA 1MW2A 1E1EA 3K1DA 4AWEA 1BYCA 2J7GA 1DWJM 3RJXA 1BG4A 3ARSA 1UH3A 3UR7A 1F4HA 3SCRA 4GZJA 4BS0A 3L2LA 1A3HA 2ZUSA 5CG0A 1CDGA 4GZIA 1HIZA 4B3LA 1GUVA 2WAGA 2OSYA 1XSIA 7A3HA 2E40A 2W66A 4PMXA 2VI0A 1V08A 2ZXBA 1ITXA 1UWTA 1NM9A 1AVAA 1VFOA 3II1A 3N04A 4GPNA 4W84A 4IPLA 5I2UA 1FFQA 2DT3A 2ZX7A 5BXSA 2YOCA 1CENA 3L4XA 3BSGA 3PZNA 1ISXA 1UH2A 4H04A 5M03A 1VJSA 1ESWA 2G3IA 3PBGA 3ZSTA 3CHFA 5GNYA 4U3CA 1QHOA 3T2OA 3VO0A 3MANA 4FLRA 3FNDA 2X0HA 1E4NA 3AYSA 1JIBA 6TAAA 1E5JA 1ZBVA 2V5DA 3SCPA 1NWSA 3GDBA 3AS2A 2X1IA 3N1AA 1UYQA 4C7DA 2BHZA 3GNRA 1JZ7A 3ZSSA 5HXMA 3GXIA 1XCWA 4F66A 2WCAA 3VOCA 2PBGA 3OLGA 4Z2HA 5BCAA 3RM8A 1HJVA 2CPUA 1JYXA 1Z32X 1B90A 1MQQA 3IJ9A 4W5ZA 5E0FA 1E6ZA 4J3WA 5JIWA 1J9YA 3DYOA 2EO7A 4P7RA 4LPCA 1UKPA 2YL9A 1EQPA 1EO5A 1LJYA 1NP0A 4JZ5A 1B1YA 5JBEA 1TA3A 1WZLA 4PCSA 4PTVA 1WDRA 4OBRA 4CD8A 2J4GA 1BF2A 5BXPA 1JNDA 4M82A 2X2YA 4C7GA 1MQRA 4QP0A 3W4RA 4RE4A 3VIKA 2YL5A 1PEZA 1UQYA 3G6LA 3ARXA 2JALA 3OGSA 4YHGA 3W25A 1OGGA 4D6HA 2OLHA 1Q6GA 1CGUA 2VT0A 1B30A 2OYKA 3TTOA 1W3HA 4BF7A 3W53A 2TAAA 2XFRA 4HA4A 2GJXA 3B8SA 5FCZA 1JG9A 5A2BA 4HZ8A 2BY1A 3WEOA 1KQYA 4HPGA 1FH9A 1HL9A 3MKKA 1OD0A 2FHFA 3CO4A 4XB3A 1J0JA 3RDKA 3OLIA 4AISA 2DSUA 3MU7A 1HKKA 4PMQA 1HX0A 1HF6A 1B3WA 1CBGA 1UH4A 2GJRA 4X0NA 1CGWA 1WNOA 2XVLA 2FDMA 1KB3A 2DIEA 2RGLA 1V3JA 4EANA 2O9TA 2VMFA 1E4MM 5D8ZA 2FH8A 2GJPA 3RM4A 3SCNA 4OBSA 1XCXA 4PSPA 3U7VA 3AFBA 3VDAA 1HJUA 1VEPA 4TVUA 1JFXA 1PX3A 3VTRA 3OB8A 3D5HA 1TVNA 2VNCA 4Z2JA 1LWJA 3ARWA 4UFKA 4ACZB 4UTFA 1GNXA 5CGMA 2QPUA 1H0IA 2BY3A 3IAQA 5BWFA 1UOKA 5CZKA 3RPMA 2VCBA 2D3NA 3T2QA 1FH7A 1AQHA 3BAWA 1L8NA 4WKHA 2W91A 1ZBCA 4UQAA 1PJ9A 3MMDA 2WCSA 3U7BA 3IANA 5D9PA 5D4YA 2WANA 3G6MA 5CXPA 1UWQA 2X05A 4EKJA 4GKLA 2Z1SA 2DT1A 4M80A 3S2CA 1IZKA 3ZT7A 5E9AA 3J7HA 2E8YA 5JBDA 3VIIA 2Y5EA 2G4FA 4HPHA 2BVTA 1JZ5A 1V0MA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3WL1 A;  4QLJ A;  1YQ2 A;  2BNJ A;  5A6S A;  4M8U A;  1NQ6 A;  4JFS A;  1G01 A;  3CUH A;  3LPP A;  1QHP A;  2YLL A;  2XWD A;  3QR3 A;  3O9N A;  4W8A A;  3L4Y A;  3VGB A;  1DWI M;  1MFV A;  1EOM A;  5IHS A;  4UOJ A;  1FP8 A;  1JDC A;  2QMJ A;  3DHP A;  1V02 E;  3WH7 A;  4U3A A;  4J3V A;  1KR1 A;  2WC3 A;  3WNM A;  4U2Y A;  4L4P A;  1NAR A;  3GXF A;  3WQ6 A;  1K9E A;  1WO2 A;  3POH A;  3K8M A;  2AMG A;  2G3N A;  1Q6E A;  1E55 A;  5DT7 A;  1KGW A;  5A6J A;  2J78 A;  3MV1 1;  1W9P A;  1E3X A;  2YA1 A;  2BXZ A;  2WVU A;  3NSM A;  5D8W A;  4KRU A;  3ZR5 A;  2F61 A;  2QMK A;  3TOP A;  2WYS A;  5FL0 A;  2WMI A;  2ZE0 A;  2YDQ A;  3CUI A;  5GPR A;  1QPK A;  4TX6 A;  3BH4 A;  1OBA A;  3F5L A;  1I1X A;  2QF8 A;  5TD4 A;  5CSY A;  1ZJA A;  1AQ0 A;  3CBW A;  4MB5 A;  5C70 A;  3VGE A;  3EMC A;  2YKK A;  2J7H A;  4NRR A;  1D2K A;  5CQ1 A;  3SUW A;  2E0P A;  4IUG A;  3VIH A;  1UKQ A;  4F9J A;  1VFF A;  4GZE A;  1GQL A;  2VTF A;  4QDM A;  4PRW A;  3WFL A;  5D9N A;  3CPU A;  2GK1 B;  3WUB A;  2WZH A;  5I24 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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