4QCE | Genus

Total Genus 143

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	143
sequence length	354
structure length	354
Chain Sequence	VQPFAWQVASLADRYEESFDIGAAVEPHQLNGRQGKVLKHHYNSIVAENAMKPISLQPEEGVFTWDGADAIVEFARKNNMNLRFHTLVWHNQVPDWFFLDEEGNPMVEETNEAKRQANKELLLERLETHIKTVVERYKDDVTAWDVVNEVVDDGTPNERGLRESVWYQITGDEYIRVAFETARKYAGEDAKLFINDYNTEVTPKRDHLYNLVQDLLADGVPIDGVGHQAHIQIDWPTIDEIRTSMEMFAGLGLDNQVTELDVSLYGWPPRPAFPTYDAIPQERFQAQADRYNQLFELYEELDADLSSVTFWGIADNHTWLDDRAREYNDGVGKDAPFVFDPNYRVKPAFWRIID

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Structural insights into N-terminal to C-terminal interactions and implications for thermostability of a (beta/alpha)8-triosephosphate isomerase barrel enzyme pubmed doi rcsb
molecule keywords	Alkaline thermostable endoxylanase
molecule tags	Hydrolase
source organism	Bacillus sp. ng-27
total genus	143
structure length	354
sequence length	354
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 3.2.1.8: Endo-1,4-beta-xylanase.
pdb deposition date	2014-05-11

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00331	Glyco_hydro_10	Glycosyl hydrolase family 10

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	4qceA00

1CPUA 1XCXA 2J74A 2VR5A 1JYNA 1LG1A 4D1JA 1QVBA 5A2BA 1HKMA 2CCRA 3WNPA 4HA1A 2XVNA 4CVUA 3BCFA 1NWTA 3AROA 1KCLA 3WQVA 4U3AA 4JZ5A 2E40A 3ECQA 2YDSA 1HJQA 3ZR6A 2JIWA 1E1FA 1EDQA 4AEFA 1UA3A 4IPLA 3WBAA 1WE5A 3B9AA 3ARYA 1AQHA 1ZBVA 3WNMA 4C7DA 1GW1A 1JNDA 4TUFA 2V5CA 3WD1A 2D24A 2F8QA 3GXFA 2ZXQA 3EDDA 1OINA 5HOSA 1UWIA 4JFSA 1E72M 4UFHA 3CPUA 1LL4A 1BLIA 4CCEA 1V6UA 4DM1A 4FF5A 3AMLA 3WD4A 1L8NA 3O6AA 5CPSA 4UQAA 4RE3A 3UESA 5JIPA 5FIPA 3WL0A 2EPKX 1GJWA 1ODZA 3TTSA 5CPQA 4H8HA 1BAGA 2GJPA 2J7EA 1H49A 3CHFA 1NWSA 1KB3A 4GPNA 4HPGA 4CN4A 3OGVA 1DHKA 1V3LA 2VCAA 5A69A 1I75A 2VNCA 3WD2A 4J3WA 4UFIA 5D9OA 3B9DA 4TOQA 1HJSA 3VX1A 2YA2A 3WSUA 5A6AA 4JKKA 4W89A 1GQKA 2D2OA 1E56A 1NP0A 3AMGA 1H5VA 2DT3A 2PB1A 3MSDA 3VUPA 3VMOA 4XZWA 5M17A 1CXLA 4M80A 3WDHA 5FD0A 2D20A 2HISA 3PZTA 1HJUA 5IXEA 1C92A 1MQQA 1E15A 2OLHA 3I3DA 1RH9A 3CUGA 3VO0A 5DT5A 2DSKA 2YL8A 4BCEA 1MFUA 4H41A 2DSVA 1Q4NX 3APGA 5IFTA 2XPKA 3U7VA 5I3DA 1VEOA 1O6IA 2XTKA 3M46A 1H41A 4GO9A 2JE8A 3CO4A 5DEZA 2WK2A 3TA9A 5D8ZA 3A6OA 5CXPA 1FP8A 3VGEA 1CXIA 1KBBA 3GH4A 3SEPA 3O9NA 2WB5A 3M07A 4H2CA 2ZUUA 3SCQA 2A3BA 5CGTA 1ZJAA 5A94A 1O7AA 1F4AA 4JFWA 2FGZA 1OT1A 2W4XA 5A2AA 1KCKA 4A4AA 4CCDA 1B3WA 5CZKA 3EDEA 5JBEA 3AIWA 4K68A 1P6WA 1ISWA 2ZUNA 3EMZA 2FDMA 3FHAA 2G3IA 4PTXA 4UFKA 5A6LA 1BYAA 8A3HA 1DWJM 2J8FA 2YLLA 3ZM8A 2FHCA 2VCBA 3CZEA 2XVLA 2WC4A 2IUZA 3TTYA 2WHJA 1GOIA 1UD2A 4HMCA 2BV9A 3FHQA 3GXMA 4GI8A 1JD7A 4P7OA 4D6FA 4TVCA 3WNOA 1QI0A 3WEMA 1JXKA 2XHYA 5D9MA 1GOWA 4ZE5A 5A3HA 2XGIA 3F5JA 3CUFA 1HKKA 1QBAA 1HF6A 3EDFA 1VB9A 2ZUWA 3BAYA 2DH3A 3PZIA 3VD7A 1TCMA 1K6AA 3OG2A 4B15A 3K8LA 1V0KA 2X0HA 3W28A 1PIFA 4ACYA 1I1XA 3KZSA 1EHAA 1EQPA 1UD5A 3MUIA 4AC1X 1US3A 4M56A 3SCVA 1VEMA 4TVDA 3WY1A 2XFYA 3MV11 2BVTA 3WUFA 2YJQA 1JG9A 2VL4A 1MWOA 2WPGA 3ARUA 1XD0A 1CYGA 2DEPA 1DP0A 2D3NA 1XV8A 2E8YA 2XSAA 3BGAA 4PMRA 2D0GA 1QPKA 3A4WA 3MO4A 2VRJA 2ZWZA 1GOOA 1ZBKA 4D71A 4JL1A 5BXRA 4W5UA 2G4FA 1E73M 4GZIA 1DTUA 1HNYA 3VIKA 2GDUA 1BGAA 1Q6EA 1PBGA 1CGTA 1B2YA 2O92A 3G6LA 3GNRA 1JL8A 4M29A 4GXPA 3RMEA 3DYMA 1H4PA 4XB3A 5LA1A 2CERA 3UCQA 4WLCA 4P7QA 1MQRA 1WZAA 2VR4A 2WSPA 1W91A 1W1YA 1HX0A 3AHVA 2X05A 4UTFA 4BF7A 1B3ZA 1HVXA 1J12A 3QHMA 3AIUA 1BF2A 1FOBA 4JL2A 3CZJA 1DWIM 4HPHA 1UWSA 2OSWA 5BXTA 4U5IA 1UD8A 1RP8A 3VDBA 1QI2A 1JZ6A 1QOXA 2J7FA 3RIKA 1CTNA 1VF8A 2XVKA 2X09A 3AOFA 1OM0A 2VX5A 5A95A 4X9YA 1M01A 1V02A 2GJXA 2YDQA 1CGYA 1GJUA 1UD4A 1OBAA 2CYGA 4AD2A 1XH0A 5CLWA 3ALGA 4CCCA 4Z2GA 4QLJA 4B9YA 2W66A 3AYRA 3T0AA 4WKFA 4GI6A 3THDA 4OBRA 2O9PA 4PMXA 2VVSA 2JF7A 3QR3A 1UKQA 3NCOA 3VMNA 4AZIA 4IM4A 4A3YA 3BAJA 4UOJA 3SCSA 3SUUA 2BHZA 5DMYA 1B1YA 2YL5A 2XVGA 4EK7A 1GOKA 2A3AA 1QI3A 4LYPA 3W27A 3SCOA 4JCMA 1NOFA 4QCFA 1PZ3A 1UH3A 3M6DA 1W9BM 1BSIA 1TZ7A 1W9DM 3KL3A 3WEZA 1EGZA 4E8DA 4UOQA 2WZHA 2J7BA 1GZJA 4HZ8A 3L4TA 3L4XA 2PWFA 4EAMA 2J77A 4UQCA 1KWGA 2J78A 3VPLA 4OOZA 1FHDA 3VM5A 4TTUA 1UR2A 2VUYA 4V27A 2TAAA 3VX0A 2E4TA 2JFEX 3WUGA 1X6NA 4W87A 3WNLA 5CG0A 4EE9A 3L4VA 3T0BA 4AD4A 5AC5A 3VD4A 2VX4A 5E9AA 5AYBA 3CH9A 1J0IA 2F2HA 1MW3A 3A3HA 1UR4A 2EQDA 3MSGA 3S2CA 4W88A 3QHNA 4J28A 2V3FA 4B16A 4F9DA 1UR9A 1H0GA 1E4MM 1D2KA 3M7SA 1VFFA 1YQ2A 4P8UA 1KBKA 3GNOA 4BQ2A 1UYQA 6TAAA 5GQBA 4UFLA 4AIOA 2BVYA 4HMEA 1E70M 2CETA 2E0PA 1AQ0A 1J9YA 3A4AA 2X1IA 3AYSA 1HL9A 4CN1A 1LG2A 3VIIA 1E6ZA 2Y2WA 3ZJ8A 1E6NA 2W5FA 3ZOAA 5A8OA 4U31A 8CGTA 3UG5A 4D6IA 5C70A 3SURA 4JCLA 1M53A 1W9VA 1M03A 4TXEA 5CLTA 2E9BA 3K1DA 2EO7A 1NP2A 3VGHA 1Q6FA 1D3CA 1BPLB 3IJ8A 1BYCA 1HP4A 3VOCA 1TE1A 4CVWA 1CBGA 3AHYA 2YA1A 1TA3A 5IDIA 3PZQA 2VRQA 1FHLA 4WJXA 3N15A 2WW5A 4JKMA 3B8SA 1FA2A 2ZUMA 3IK2A 2GVYA 1Y7VA 3KL5A 3W29A 1EOKA 1S46A 2XWDA 5DT7A 1VENA 3OA5A 4L4PA 4P8VA 4BS0A 3CMJA 3VINA 2WVVB 1E71M 3EYPA 2BY0A 1XYZA 3RM8A 2WMIB 2C0HA 3U57A 3VMPA 1ISVA 1FH8A 3IJ9A 3WQ8A 4BA0A 2QF8A 2WAGA 3QGVA 4ZEPA 1R7OA 3BCDA 1C7TA 1G01A 3W6MA 3VGGA 3WDRA 3ARZA 2OWCA 4ATDA 3RM4A 3AFBA 4GQQA 1KGUA 4JIEA 3UG3A 3ZT5A 4OKDA 4PTMA 1JXJA 4HMDA 1V3JA 1XHGA 2NSXA 3FY1A 3SCUA 3MU7A 4DUVA 4WKAA 4RE4A 1V6VA 2OYKA 4MB1A 1V03A 1J0ZA 4TTGA 2DIJA 1XSJA 1U30A 3K46A 1C8QA 1VEPA 3JUGA 1V3IA 2CIPA 5E70A 2JEQA 3CUJA 1DWGM 4D72A 2GDVA 1MXDA 4EANA 3AIEA 4Z2KA 3AISA 1B3XA 2XFFA 1W3KA 3OLEA 3AZTA 1UKOA 3WUEA 3F5KA 4QP0A 1V08A 3W25A 2WSKA 1ZS2A 4H04A 1HJVA 2DSWA 1UR8A 4B9ZA 6A3HA 5EFDA 2Y4SA 5I23A 3CBWA 3WMCA 2AAAA 1XH2A 1TUXA 2Y24A 1E6PA 2UY2A 1E6XM 1BVZA 4KGLA 1RD6A 1X1NA 2EXOA 5EB8A 1VFOA 3BLKA 2VO5A 1M04A 2Y8VA 3WEOA 4MNLA 3N04A 1WKYA 1U33A 3AIRA 1FFQA 5BRQA 3VIGA 3PZMA 1JYWA 1PX4A 1V6YA 4WKHA 1F4HA 2C8NA 4B3LA 2WVSA 3IAQA 3UR8A 3GNPA 1IT0A 1A3HA 3W26A 4KWUA 1XRVA 3ARQA 3W53A 2DT0A 4HU0A 1R86A 4FLRA 5IHSA 2A3EA 3WH6A 1JNEA 1EO7A 1RPKA 3PZOA 2V5DA 1QHZA 2DGAA 3WDQA 5ABGA 2DSZA 2BFGA 2ZXAA 1UR0A 3NYDA 1V0LA 2E9MA 2G8ZA 1ZBWA 3BSGA 1V0NA 4BQ3A 3CLWA 2D1ZA 2ZXDA 1JZ2A 5I6SA 3D3AA 4OIFA 4CD5A 1WCGA 5I5RA 1K9TA 4JKLA 2A3CA 2CHNA 2WKLA 2IXUA 5BCAA 3OGSA 1W1VA 1AMYA 3ZT7A 1SR0A 3O2LA 5A6BA 1KQYA 2VZVA 4MAVA 2DT2A 1E4NA 3OGRA 1NOWA 3VDHA 4LYQA 2E3ZA 3BAIA 3AXXA 1VFMA 5D9NA 1QNOA 2J7CA 3NDYA 4AZ7A 3KEHA 1UKPA 3L2MA 5E6ZA 2PF0A 2J7GA 1OT2A 2WCSA 4CD7A 4UFMA 1TG7A 2VVNA 3K8KA 5CQ1A 4C7FA 1UKTA 1PJ9A 3EDJA 1WDQA 1ZJBA 3OB8A 3SUSA 1CLXA 1J0HA 2CEQA 5JIWA 1H0IA 5HBFA 3G6MA 3WDIA 1EO5A 1JI1A 3AJ7A 2OSXA 3SUVA 3EMQA 4UZSA 3K4AA 3W24A 1W2PA 2BHYA 3BSHA 3VIHA 1MW1A 2IXVA 2PBGA 1E43A 2WANA 2Y5EA 2WZIA 2CPUA 4W7VA 3PZGA 4PUDA 2XIBA 1UR1A 1UOKA 3OLDA 3AHTA 2FH6A 2DSUA 4B3KA 1JZ8A 3WQWA 2J62A 1E6QM 2WKGA 3WF1A 1C8XA 2NT1A 1V3MA 4P8WA 2VZSA 4JFTA 3KWXA 1CGVA 4LGXA 2EPNA 4W85A 2XGBA 1BGGA 1QHOA 1IZKA 2BNJA 4D6DA 2J4GA 4A3HA 1YHTA 2CITA 4L4OA 1MQPA 4D6EA 2Y8KA 1LL7A 3W4RA 2DIEA 4AD3A 3VNYA 3AIQA 1C8YA 4HA3A 1QW8A 1UZ1A 1E0WA 4PCSA 1E5JA 2YBUA 3KE0A 2WWCA 3BMVA 5GNXA 1CDGA 3WF4A 2CBIA 3WKZA 1HKIA 2VCCA 3AMDA 2XJ7A 2J8GA 3RO8A 1OWQA 3UERA 1PX8A 3SIMA 3MMUA 4NZCA 1XC6A 2W62A 1GVIA 4M81A 3MUZ1 1CWYA 2VZTA 1NWUA 3ZSSA 1JDAA 5A6KA 2VI0A 1KXQA 5DFAA 3VIPA 2X8RA 1E3XA 2XG9A 4CKQA 3LPGA 4MJ4A 4W8AA 1J0KA 1FH9A 2XWEA 2J7HA 1GVYA 2J75A 2VZUA 1BYBA 2CKSA 1RP9A 4MADA 3VGBA 2VOTA 1G94A 1W1TA 4F79A 2CNCA 2ZX8A 1GCYA 1B31A 1TFVA 3CHDA 3QHOA 2J25A 2WBGA 2EEXA 3UETA 4PRWA 1E55A 1HKJA 3WQ4A 4CU6A 4N42A 3WD3A 4P8XA 1JYXA 3MMWA 2D0HA 2G3JA 4E2OA 2WLZA 1G0CA 3LPFA 1SMDA 3AZSA 1WB0A 1GHSA 1JDDA 1UQYA 3BAXA 1GQJA 4PSPA 1XH1A 5E6YA 2ZX7A 3VNZA 3ARRA 1HP5A 4N0RA 3T2QA 5HPOA 2YIHA 4ACZA 1E4IA 2WNWA 4BZYA 2GJXB 1FP9A 2VC9A 2RGLA 1EIBA 3CHCA 5BRPA 1HT6A 4JFVA 3A47A 4QDMA 2WYSA 3GTNA 5GNYA 1K9EA 1G1YA 1J01A 2BY2A 3RILA 2J79A 4CD4A 3AICA 1OB0A 2D23A 3WDPP 3ARXA 2WC3A 3F4VA 3THCA 4R5EA 1G5AA 4BQ4A 2BY1A 3MKKA 1ISZA 1H3GA 3B9EA 4AISA 4PMOA 3BC9A 2G3NA 1HJWA 1OGBA 1J18A 2JF6A 5BXSA 2VJXA 1UWQA 1E3ZA 4WF7A 2F61A 4KMQA 5CGMA 2X2YA 3T08A 2D3LA 4AZ5A 2GJRA 3VU2A 4GZJA 4UCFA 4E8CA 1W32A 2G41A 4OBSA 3VIMA 1EA9C 1GQIA 3NDZA 3BAKA 1ZL1A 5GNZA 1UWTA 1Z32X 4J3UA 3OLGA 2E9LA 1UG6A 1J10A 3HU7A 4M8UA 1H1NA 2FHFA 1BG9A 4MB3A 2GK1A 4AZCB 5JBDA 1BG4A 1CXEA 1OSEA 3LPPA 1WPCA 1JDCA 4AIUA 2EBNA 2WWDA 2DDXA 3GH7A 1GQLA 1JZ4A 3N13A 4EKJA 2VT0A 1VAHA 3QOKA 2J47A 3L4ZA 4AZCA 2ZX5A 2YOCA 5FOOA 4IUGA 2WHKA 2PC8A 4NRRA 1US2A 1ECEA 1MXGA 1TR1A 4AD1A 1C3FA 1WNOA 4D6HA 3I3BA 4GI9A 4H8VA 4H8UA 3D5HA 1JD9A 2FH8A 5A1AA 4HA4A 1LL6A 2ZICA 5I0DA 2W61A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 2QMJ A;  5I77 A;  4AYS A;  4URI A;  1VBR A;  4AZ6 A;  1DWF M;  1CNV A;  4RE2 A;  5A8Q A;  1QI5 A;  3CZL A;  3KL0 A;  3CTT A;  5D4Y A;  4LXF A;  2PBO A;  3ZO9 A;  1KFW A;  5CPT A;  2ZUT A;  4JFU A;  2ZUV A;  2QMK A;  3IJ7 A;  3CGT A;  3ZST A;  1PPI A;  3VGF A;  4UQB A;  1QNQ A;  3FXY A;  3CZ8 A;  1JI2 A;  3T2O A;  3WH8 A;  2WVV A;  2ZWY A;  3CZG A;  2CXG A;  2WMH A;  3VIJ A;  2YBT A;  2VUR A;  4JHZ A;  2WVU A;  3AS1 A;  2WMI A;  3RDK A;  4AY1 A;  2EPO A;  4DUW A;  4GIA A;  4FLQ A;  4S3J A;  1JZ7 A;  1EOM A;  2DPE A;  4ZXL A;  4NF7 A;  3UG4 A;  5IFP A;  1ISY A;  5EFF A;  1NQ6 A;  4PYS A;  4OJY A;  5BRO A;  3SUT A;  3W82 A;  1TVP A;  5F7U A;  3WQ5 A;  4ATL A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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