4QDM | Genus

Total Genus 145

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	145
sequence length	354
structure length	354
Chain Sequence	LQPFAWQVASLADRYEESFDIGAAVEPHQLNGRQGKVLKHHYNSIVAENAMKPISLQPEEGVFTWDGADAIVEFARKNNMNLRFHTLVWHNQVPDWFFLDEEGNPMVEETNEAKRQANKELLLERLETHIKTVVERYKDDVTAWDVVNEVVDDGTPNERGLRESVWYQITGDEYIRVAFETARKYAGEDAKLFINDYNTEVTPKRDHLYNLVQDLLADGVPIDGVGHQAHIQIDWPTIDEIRTSMEMFAGLGLDNQVTELDVSLYGWPPRPAFPTYDAIPQERFQAQADRYNQLFELYEELDADLSSVTFWGIADNHTWLDDRAREYNDGVGKDAPFVFDPNYRVKPAFWRIID

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Structural insights into N-terminal to C-terminal interactions and implications for thermostability of a (beta/alpha)8-triosephosphate isomerase barrel enzyme pubmed doi rcsb
molecule keywords	Alkaline thermostable endoxylanase
molecule tags	Hydrolase
source organism	Bacillus sp. ng-27
total genus	145
structure length	354
sequence length	354
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 3.2.1.8: Endo-1,4-beta-xylanase.
pdb deposition date	2014-05-14

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00331	Glyco_hydro_10	Glycosyl hydrolase family 10

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	4qdmA00

4ACZA 4Y7EA 3UETA 1W9DM 2XUCA 1ZU8A 3VUPA 2DT0A 3WDJA 1AMYA 4FF5A 4KRUA 3THCA 1QI2A 3TTSA 1W9VA 4PMYA 2W91A 5GNYA 3GH4A 1TMQA 2VMFA 2PWFA 2DIEA 4F66A 1W91A 1JL8A 1QHOA 1V6XA 1BTCA 5CPSA 1JI1A 3WF2A 3W27A 5BXPA 1JZ3A 3B9DA 2JALA 2QLYA 1DHKA 1IT0A 1JYNA 2V3FA 5E9AA 1A47A 2VR5A 1BYCA 3HMCA 4UR9A 5A8MA 4MAVA 1TUXA 2XVLA 2W4XA 4W84A 3MMDA 1D7FA 1HIZA 4B3KA 2O9OA 2YBTA 1HKIA 3PN8A 3WNPA 3ZT7A 3AHTA 3ARPA 5I78A 1B3VA 4J28A 4P8WA 4Z2HA 2GDUA 4J7RA 3WH9A 3OBAA 4DWSA 3VD4A 4AW7A 3SCTA 4CN4A 3AIRA 1LLOA 2XSBA 3UESA 2UY5A 4BQ5A 2VRKA 4GQRA 5JUVA 2WCAA 5LYRA 3WBEA 3ARRA 1PJ9A 4KRTA 2V3GA 4DM1A 2VJXA 3KL5A 1DEDA 4JIEA 2WMGA 4V2XA 3ZMRA 1HJXA 2JEQA 2ZE0A 1MYRA 1R8LA 2DSVA 3A3HA 3M07A 4JKMA 1JXKA 2PF0A 3WENA 1EIBA 2FGLA 5A2BA 2Y5EA 3WDHA 3ARUA 4W5ZA 1VFUA 4WIWA 5A3HA 3F4VA 4MNJA 3CZLA 3PTKA 2DSWA 2CERA 3N15A 4XZBA 1PIGA 1UKOA 4BQ2A 3AIVA 3OLGA 5I24A 1W1TA 1NP0A 4J3WA 2DDXA 1NWUA 4NF7A 2GFTA 1HKJA 2RGLA 7TAAA 4UFKA 1JI2A 3AJ7A 3MU7A 1HJUA 4N0RA 4FLSA 1J01A 4BA0A 4HMCA 4PTWA 3OLDA 1E40A 3PZVA 2UY3A 1E6QM 3OLIA 4JCLA 1HVQA 2EJ1A 4M81A 3OIHA 2PBGA 5E0CA 9CGTA 1C7SA 1ECEA 4A3HA 5A8PA 1QNPA 2E9LA 4A3YA 1VEMA 5CLWA 4E4PA 2WZEA 5JBFA 2W67A 3BC9A 4ZXOA 3SCRA 4JAWA 3WD0A 4CUCA 2CBIA 3K4AA 1NOWA 1V0MA 3IANA 4J3SA 3S2CA 1SFSA 1XH0A 1Y7VA 3CZEA 1GOQA 1JZ8A 1EDQA 3AYSA 2ZXDA 5F7UA 2WKLA 3AS2A 2PI6A 4FLOA 1RH9A 3L2LA 3QOKA 2EBNA 1IZKA 1U33A 1DWFM 2ZUSA 2WC4A 1HVXA 2WWCA 3SEPA 2PB1A 5BWFA 1K9FA 3AMLA 1HKKA 1FP8A 1TZ7A 2UWFA 4DWSD 3WBAA 1MW2A 4NZCA 2CIPA 3L4ZA 1G0CA 4XB3A 5HBFA 1LWJA 3FY1A 1WP6A 1PPIA 4UOQA 1QVBA 3CUIA 3VIKA 1BVNP 3BCFA 1OT2A 3SCSA 1TG7A 3CZJA 1V3JA 1BAGA 1FH9A 2WVUA 2YL6A 3VNZA 2XGIA 5D8ZA 1CXHA 1WDPA 2J62A 1UWTA 5HDRA 2FHBA 2BXZA 4UQDA 1HN1A 3PZTA 2ZWZA 3CZ8A 3LPGA 2YOCA 3GH7A 2WMJA 3NSXA 4QDMA 3ARZA 4L4PA 5D8WA 4A4AA 3VKKA 3UERA 4L4OA 1HP5A 3AXIA 1H3GA 1KFWA 3E1F1 2DH2A 3GNRA 1XH1A 1WB0A 1VEOA 1B90A 3EBVA 2YA0A 2CKSA 3AROA 3VO0A 4EKJA 4WLCA 1YQ2A 3VPLA 2VNCA 4QAWA 3ZR5A 1S46A 3VD3A 3DECA 5KZ6A 2NT0A 1KR1A 2EEXA 2CETA 3U57A 5D9PA 5CXPA 2DQXA 4LGXA 2BVDA 3WF0A 2J4GA 1US3A 2ZX8A 1FHLA 1M01A 1QOXA 3AI0A 4TVUA 3L4YA 4J3XA 2DPEA 1KXTA 3VMOA 7A3HA 2YA2A 1N82A 3EMZA 1ISVA 2J7CA 4AD4A 3WL1A 4MB5A 4QP0A 5JIWA 2E0PA 2RGMA 4U5IA 3NDYA 1QBAA 7CGTA 1UD3A 4GI8A 1SMDA 2CEQA 3HU7A 3D3AA 3PZNA 3ARYA 4IPLA 1NOFA 4JZ5A 4MB4A 4HMEA 2VX7A 4Z2GA 1WZMA 1E6NA 3BAKA 4KGLA 1JD9A 1W3HA 4QCFA 5FKYA 4OBRA 1KGWA 1H09A 3SUSA 3SUWA 1BYBA 5I0DA 3A4AA 4YPJA 2XFFA 5I77A 3WH5A 2YDRA 2CHOA 1JIBA 3RMEA 1FP9A 3WDQA 1NH6A 2WBKA 1VFOA 4W87A 3RO8A 1PEZA 2ZX7A 1JYVA 1JG9A 1W9XA 2ZOXA 5EMYA 1AQHA 3L4WA 1BF2A 2ZUUA 5LA2A 3PZGA 1W9BM 1FFQA 1WDRA 4GINA 4JFUA 2FHFA 2YIHA 1FFRA 1VAHA 3QR3A 4HPHA 1BVZA 4MPKA 3WF4A 4CD8A 2G3MA 3PZ9A 4PRWA 5A6BA 5DMYA 3WNNA 1HP4A 2GJXB 5FL1A 1G5AA 4CVUA 5D9MA 2YLAA 1MXDA 1GQIA 3K4DA 4RE3A 3D5HA 2E3ZA 1WPCA 4MNMA 5ECUA 1XYZA 4H8VA 2WK2A 2WVTA 5A6LA 5A6KA 4P7RA 1BPLB 1RP9A 3AMGA 4TVCA 1E71M 2E40A 2W61A 2J7BA 4WSJA 2YL8A 1E6SM 1NARA 3ZO9A 4AD3A 3NDZA 4FMVA 2WYSA 4PMVA 4KMQA 4RE4A 1OGBA 4ZE4A 3EDDA 3CUGA 4PEEA 4UFHA 3IJ7A 1MW0A 1UD5A 4X0NA 1HJVA 3CHEA 2QV4A 1GJUA 3IK2A 3CUHA 3RILA 3F5JA 4AZBA 3FHQA 1OIMA 3RDKA 1ZS2A 2DEPA 2BNJA 4Z2LA 3EDKA 2VX6A 3VGHA 8CGTA 3EYPA 1QNQA 1OINA 2VCCA 3DYMA 4UNIA 3VD5A 1H1NA 4UFIA 1K9TA 3AS0A 5A69A 3SURA 5M5DA 1GOKA 4GQQA 3UR7A 1K6AA 4AMCA 2E4TA 2XWDA 5CJ5A 3VU2A 2X05A 4AIUA 3II1A 2YA1A 5A8NA 3BGAA 1LF1A 3L4XA 2ZUNA 3WEOA 4B15A 2D22A 1Z32X 3NSNA 2Y4SA 1QI4A 4JHZA 4EK7A 3N18A 4TXEA 1UWUA 4XX6A 1J0JA 2AOSA 3GM8A 3WEZA 1CECA 1BG4A 3RJXA 3CLWA 1EA9C 4KH2A 1BLIA 4CU6A 1MVYA 1HJSA 3NCOA 3U7VA 1J0KA 4D1JA 1B3WA 1OB0A 4M24A 5CQ1A 2V3DA 1GNXA 2WPGA 3K8MA 5TD4A 5A6BD 2QF8A 1H41A 1QNOA 1RD6A 1I1XA 1QBBA 2CBJA 1V03A 4GPNA 4PMQA 1OCQA 4WSKA 1KXVA 1JZ7A 4UFJA 3BLKA 3IAPA 3BMVA 3MMWA 4UOJA 4ATWA 2ZUWA 3A4XA 1JDAA 5GNZA 5AC5A 5BXSA 4D6HA 3KZSA 3DYPA 5BYWA 3MSGA 3AHYA 1B1YA 3ZR6A 4GZIA 1UWSA 4OIFA 2A3CA 4PTXA 3TTOA 4WK9A 1K9DA 5IHRA 3ZIZA 2GJXA 1ITCA 1JGIA 1KR0A 1JXJA 1XHGA 5I6SA 2FH6A 1MW1A 3OG2A 3VD9A 2CNCA 1CGWA 1V02E 3CGTA 4PCSA 1JNEA 4WKFA 4IUGA 1KBBA 3AXXA 4TTUA 1CLVA 3IJ9A 3ARQA 3RIKA 1V0NA 2XM1A 2J77A 3W26A 3W53A 5E6ZA 4K68A 3FNDA 3VGFA 4UQBA 3T0BA 2C8NA 1BYDA 3MUY1 2VZUA 5IHSA 1E43A 4OKDA 5BXRA 3HN3A 4E8DA 2JEPA 2XIBA 3POHA 4NSBA 1ISZA 3AZTA 1UA3A 4W7VA 2B31A 1B9ZA 1HJQA 4U33A 1OGSA 1DWIM 1OBAA 4NRRA 3VIIA 1GJWA 1WAWA 2D24A 4LXFA 1PX4A 3ECQA 4AEEA 5D9NA 3CZKA 4TOQA 1MWOA 1XSIA 1E6XM 3DHUA 1ITXA 4PMZA 4ZE5A 3WQ6A 1V6VA 2D1ZA 1UHVA 4BZYA 4M82A 3A6OA 2OYLA 4LYRA 2VTFA 2ESCA 2F61A 3IJ8A 3W0KA 4JHOA 3CBWA 3TONA 3W6MA 4M56A 5A6MA 2F8QA 3N9KA 3MKKA 4CN1A 2WB5A 1CEOA 3WQWA 3UG4A 5A2AA 2ZX5A 2Z1KA 2J7HA 3BLPX 2UY2A 1E4MM 1VRXA 1BYAA 1CXEA 4JFSA 3OB8A 1LG1A 1RP8A 2J8FA 3QGVA 3ZT5A 4MTVA 4W86A 3LPFA 6TAAA 2J7DA 4HZ6A 6A3HA 1ZBCA 4HP5A 3MUIA 5CGMA 1TCMA 4URIA 3VMNA 1B3ZA 1R85A 1KQZA 1UWQA 1H5VA 4M8UA 1CGXA 1GUVA 2IUZA 2J7FA 3TOPA 2VX4A 1KQYA 4B16A 4QLLA 1KB3A 1EQCA 2ZX6A 1VENA 1E3ZA 2A3BA 2WSPA 2WHLA 1QI3A 1QNRA 4H2CA 3GBDA 2ZUMA 3WKZA 3T2QA 2EPNA 2XSAA 5CSUA 1R7AA 4D6IA 3POCA 4PUDA 1L0PA 3SUTA 4CKQA 4F9DA 2ZX9A 3MSDA 1E4LA 3WN6A 3DC0A 3GXIA 4AD2A 1CLXA 2Y8VA 5DT7A 1C93A 3CHFA 3GDBA 3GH5A 4HOWA 1V3IA 4MDPA 1QI5A 1CYGA 3CO4A 4MB3A 5IXEA 3ZJ8A 1W9PA 1BHGA 4UTFA 2O9RA 1NWSA 1V02A 3AHVA 1SR0A 2V5CA 3W6LA 1LG2A 3BAYA 2HVMA 1EQPA 2XIIA 1E15A 2QHAA 1H4PA 2XFYA 1YHTA 2X0HA 4PMNA 5JIPA 4HOZA 3SCOA 1PIFA 4AIOA 4JFWA 3W28A 4WKAA 5HPCA 3O9NA 1GHRA 1UR9A 1IV8A 1VFMA 2EPLX 1UKPA 1C8QA 2PWEA 2IXUA 4U3CA 1C8XA 2WVSA 3OZOA 5IFPA 4YHGA 1LL6A 3W82A 2VOTA 2FHCA 1FH7A 2WXDM 1FOBA 3AIQA 1CENA 2VL4A 4CVWA 3QHOA 4PSPA 1UYQA 3JUGA 2W66A 1XSKA 1R7OA 4BQ4A 1W9UA 4W7WA 1PX8A 1G94A 2ZWYA 3LMYA 1M03A 1CPUA 4P7LA 1UH2A 3CH9A 5EBAA 1H49A 3VGEA 1M7XA 1EH9A 4EAMA 1LJYA 5A6AA 3AISA 1XD1A 3VDBA 1NM9A 3ALFA 3AIEA 1ZB5A 1ODUA 1J0ZA 5BCAA 1HNYA 5I3DA 5BXTA 3VNYA 4OZOA 2VZVA 4FLRA 3PZUA 1CGUA 1GQLA 2UY4A 5IDIA 3PHAA 3CIVA 1J0HA 1KBKA 2WMKA 1UOKA 4JFTA 1Q6FA 3RJYA 3BH4A 8A3HA 2XFRA 3T09A 4JCMA 5M17A 1IZJA 2QMJA 3K46A 4W88A 3ZSTA 4CN6A 5AYIA 4HA1A 3I3DA 2WANA 4QFUA 4CD6A 3WQ4A 5HXMA 3GNOA 4AY1A 4CD7A 2WMHA 2DGAA 3SCVA 1F4HA 3M6DA 1KXQA 2CCRA 3GXMA 1UD2A 3UCQA 4UFMA 1HF6A 5M03A 1GHSA 1B30A 5CLTA 5CSYA 3PZOA 4V28A 1KXHA 4F8XA 4CGTA 4QLJA 1E5NA 4U2YA 4BQ3A 1SYTA 1VEPA 2D3NA 2WWDA 2D3LA 1WKYA 1HJWA 3MO4A 3ARTA 3ZT6A 2G4FA 2CITA 1QHPA 1UQZA 1WNOA 4TX8A 2J74A 1GZJA 1E5JA 1X1NA 1JZ5A 4GO8A 2O9TA 2VZTA 5CG0A 1C91A 1UQYA 4UQEA 1BG9A 2GJRA 3N1AA 4DWSC 2PWGA 1Q6GA 3LPOA 4RL3A 3T2OA 2GJPA 1LL7A 4UZSA 2DT1A 1UZ4A 4LPCA 1AVAA 4GI9A 3G6LA 1B3XA 4Z2KA 5E70A 1V6UA 2BHUA 1QNSA 4GIAA 3VIOA 2OWWA 1SMAA 4B9YA 3GNPA 1JYXA 2BY1A 2AMGA 2ZUTA 3AMKA 2XJ7A 4M1RA 2W5FA 4GXPA 1OT1A 2WMFA 1QI0A 1R87A 1V08A 1JYWA 2GUYA 4MADA 1J10A 2G41A 4FK9A 4D6FA 4S3KA 3VGGA 1J0YA 3W4RA 3WDIA 2OLHA 3SCPA 4NI3A 4AC1X 3AS1A 2DH3A 2QMKA 1QW9A 4H8HA 4PMUA 3WELA 2XHYA 3ALGA 4TTGA 3AHXA 5C70A 2VCAA 2GSJA 1C90A 4V27A 3RM4A 2BY3A 1GQKA 3AZRA 4MDOA 3PZIA 2CBVA 4UQ9A 3TTQA 3W29A 4TX6A 5FIPA 2F2HA 1VB9A 1UR2A 4W8LA 3AYRA 2XTKA 1QPKA 4W93A 1NWTA 2YLLA 3T0DA 3GXFA 4GKLA 3T08A 2VQUA 3PZQA 4ZEPA 4LX4A 2C7FA 2WBGA 2V3EA 3WD2A 4D6GA 2A3HA 3T2PA 2FGZA 1KGUA 3VILA 1CDGA 3MMUA 4LYPA 4OBSA 3VDAA 1E73M 2ZUVA 4GO9A 5CGTA 5FCZA 1U2YA 5FL0A 2NSXA 1U30A 2VCBA 3VTRA 3W38A 3VDCA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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4QDMA

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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