4QLJA

Crystal structure of rice bglu1 e386g/y341a/q187a mutant complexed with cellotetraose
Total Genus 195
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
195
sequence length
472
structure length
472
Chain Sequence
NWLGGLSRAAFPKRFVFGTVTSAYQVEGMAASGGRGPSIWDAFAHTPGNVAGNQNGDVATDQYHRYKEDVNLMKSLNFDAYRFSISWSRIFPDGEGRVNQEGVAYYNNLINYLLQKGITPYVNLYHYDLPLALEKKYGGWLNAKMADLFTEYADFCFKTFGNRVKHWFTFNEPRIVALLGYDAGTNPPKRCTKCAAGGNSATEPYIVAHNFLLSHAAAVARYRTKYQAAQQGKVGIVLDFNWYEALSNSTEDQAAAQRARDFHIGWYLDPLINGHYPQIMQDLVKDRLPKFTPEQARLVKGSADYIGINQYTASYMKGQQLMQQTPTSYSADWQVTAVFAKNGKPIGPQANSNWLYIVPWGMYGCVNYIKQKYGNPTVVITGNGMDQPANLSRDQYLRDTTRVHFYRSYLTQLKKAIDEGANVAGYFAWSLLDNFEWLSGYTSKFGIVYVDFNTLERHPKASAYWFRDMLKH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Effects of active site cleft residues on oligosaccharide binding, hydrolysis, and glycosynthase activities of rice BGlu1 and its mutants
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-glucosidase 7
molecule tags Hydrolase
source organism Oryza sativa japonica group
total genus 195
structure length 472
sequence length 472
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2014-06-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4qljA00
3NSNA 3HN3A 2E8ZA 2XPKA 3KZSA 1UKSA 1VRXA 2WHLA 2PWDA 4GINA 4AEFA 1CXHA 3N18A 3VMOA 2ZXAA 4OOZA 4E8DA 3MMDA 2XWDA 4UQ9A 7CGTA 1D2KA 3PBGA 2CESA 2WHMA 3DYMA 4QAWA 2EPMX 4CD5A 1CBGA 1EXPA 1EDGA 3I3EA 1CLXA 2XGBA 5IDIA 2VMFA 3IAQA 4FLRA 2JE8A 2G3JA 1E5JA 3WNOA 2W63A 4MADA 3K8MA 1U30A 1B31A 2BVTA 1E72M 4YHEA 2FGLA 1GQKA 1AMYA 4EANA 2J7FA 4EK7A 3DECA 5IFTA 4JHZA 1H49A 3N17A 4AZ6A 1E6SM 3GH5A 5LA1A 1W9DM 3WQWA 4M24A 2ZUVA 3AS2A 2DT0A 3IJ7A 4UNIA 3F5LA 3K1DA 2V5DA 1XGZA 5KEZA 4BCEA 4XB3A 1D3CA 1JNDA 1W2PA 3EDFA 5M03A 2J7CA 2QV4A 2WCGA 1HX0A 4UFJA 1TVNA 2QLYA 2NT0A 4H41A 4YPJA 3NUKA 1JYVA 4MJ4A 1H4PA 1V0LA 2XM2A 4CN4A 4FLOA 1CTNA 4IM4A 1K9FA 2YL5A 5EFFA 1FP8A 5GPRA 3WQ6A 4HPGA 4HU8A 5FL1A 4U5KA 1QVBA 3WEZA 3DYOA 3N13A 1XD1A 4M29A 1E6RA 5BRQA 2YDRA 2XM1A 1TA3B 4R5EA 3CUGA 2X05A 4CU6A 1KGWA 1CIUA 4NSBA 4ACYA 1E56A 3WH8A 1UR2A 1YHTA 5E09A 2TAAA 8CGTA 4Y7EA 1XCWA 2XSAA 2XFYA 1GJUA 3ALGA 3W29A 1V3IA 1RPKA 5A6AA 1JDDA 5DMYA 1CDGA 3BLKA 2VZSA 1WDPA 5A6JA 1H41A 2OSXA 2XIBA 5LYRA 4F8XA 4IUGA 2WSPA 1WDRA 3GNPA 1W3KA 1UWIA 3RPMA 1QW9A 4CN1A 1SYTA 3CZGA 3T0AA 1UWUA 1W3LA 3VD7A 4W7WA 3F5KA 3VMPA 4ACZB 1BYAA 4AW7A 1C8QA 3PZMA 3PTQA 2X8RA 3CHDA 3T2QA 1V3LA 1E43A 2E9MA 3SCUA 4AZBA 1KCLA 2V5CA 4JHOA 1H5VA 1QNOA 4GZEA 2D0GA 3AHYA 1VF8A 5D9NA 1NARA 2E8YA 2XGIA 1KWGA 5DO8A 5AY7A 1UWSA 3GXIA 1L0PA 1GOQA 2QMKA 2VT0A 4C7GA 1E0VA 9CGTA 4MNJA 5EB8A 4MNKA 2W66A 1JL8A 2UY3A 4GZIA 2Y5EA 4PBGA 1IV8A 2BHZA 3OGVA 4A3HA 4CD4A 1TA3A 2GJPA 3G6MA 3PZ9A 1LLOA 2UY5A 5GNZA 2BY0A 3RM9A 4JKMA 5D9OA 1OGGA 1JFXA 1EIBA 3CTTA 3GBDA 5HPCA 1SFSA 2CBVA 1G1YA 2VO5A 4ATDA 2ZWYA 3E1F1 1CEOA 4TX8A 5HDRA 3SCWA 3ARUA 3HJEA 3BC9A 3ZT6A 3ARZA 4DM2A 1UKQA 2WMKA 2CETA 1ODUA 4IISA 3VUPA 3HU7A 2V3DA 4W93A 2EPLX 4C7DA 2ZUSA 1DWAM 4PCSA 1JD7A 3LPPA 6TAAA 3N9KA 1MWOA 1E6XM 3QOKA 2VL4A 3WNKA 1GJWA 1KQZA 1Q6EA 4PSRA 2Y4SA 4AZ7A 1BGAA 2DT1A 1FH9A 1RH9A 4OOUA 3OZOA 3MV11 3OG2A 4AD0A 5CLWA 3AXHA 3PZUA 3LPOA 3WF2A 2FH6A 5AC4A 3PN8A 2VX5A 3CBWA 3CUJA 3CMJA 1YQ2A 3ZT7A 5CGTA 4P7LA 3BLPX 4W85A 2BXYA 2DH2A 3SUVA 3ZQ9A 4HMCA 1H1NA 5E0CA 4AZ5A 2OWXA 2W92A 2WPGA 4FK9A 3BAJA 3FY1A 3VO0A 1E1EA 1GPFA 1X1NA 4TVCA 1B90A 2QF8A 2YLAA 4B15A 5A2BA 3VGEA 1GUVA 2XUCA 1Q4NX 5I2UA 4AD4A 2WBGA 1FA2A 2BXZA 2HVMA 3UG4A 2CXGA 5I6SA 1UWTA 1UH2A 5BCAA 1J9YA 4RE3A 1M04A 1M03A 3WH5A 2BV9A 3FHAA 1H09A 3THDA 4CCEA 4LYQA 2CITA 4EKJA 4M82A 1WKYA 5BXTA 4PTVA 3WUGA 3NYDA 2BS9A 3ECQA 1QBBA 4MB3A 1J0KA 3AHVA 1JZ2A 1KXHA 1CXFA 1HJWA 3ARRA 4JZ5A 2CKRA 1OCQA 1UR4A 4PTXA 3SUTA 4HA4A 3VIFA 2F8QA 1OGSA 3POHA 2DEPA 1E9LA 4OJYA 1PEZA 1JF5A 1VFOA 2PWHA 4Z2HA 3VGDA 4UQBA 2W67A 1QW8A 5JBFA 1V6YA 4XX6A 1UA7A 1WNOA 1NQ6A 4NRRA 3WH9A 2EEXA 5KZ6A 1AVAA 1KGXA 2WB5A 4F79A 4GQRA 1K6AA 3EMQA 1HL8A 5HBFA 3VD9A 1QPKA 1HXJA 1PJ9A 2V3EA 1UZ4A 3W6MA 3CUHA 3OGRA 4ATWA 1OT2A 4XZBA 1D7FA 4AIUA 1JZ6A 2QHAA 1JXJA 3EDDA 3WQ8A 3M07A 3BCDA 7TAAA 4CD6A 3MV01 4MB5A 4D6HA 4DWSD 4UQEA 1AQ0A 2VRKA 4QFUA 1E4MM 2X0YA 3PTMA 1KXTA 4HZ7A 1B3VA 2ZUNA 2VX6A 3L4YA 2UWFA 2WNWA 4DUVA 5A3HA 1UD6A 2BVYA 2O9TA 2RGLA 3W26A 2B31A 5ABGA 1TMQA 1UKTA 3WQVA 3AIQA 1WCGA 4S3KA 3WQ5A 1TR1A 2PI6A 2J78A 2FGZA 1TVPA 3KEHA 1QHPA 2XVNA 4UFMA 2VR4A 2VUYA 3CHFA 4JAWA 1WO2A 2PBGA 3ZOAA 4JCLA 1KR0A 3BAIA 3WKZA 1HT6A 1CGVA 2GJXB 3KL3A 1GVYA 2BY2A 4PMYA 4DUWA 4PMNA 1HVQA 3FW6A 4J3SA 3CZLA 4PRWA 1EOMA 1HN1A 4PEEA 4OBSA 2X1IA 2DQXA 2JF6A 1KCKA 1J0HA 3K4AA 4AD5A 4UFIA 3THCA 4LXFA 5I24A 1JFHA 4UFHA 5AYIA 4D6CA 1LJYA 1JZ8A 1DHKA 1GQIA 2E4TA 1L8NA 5I79A 4PCTA 1JD9A 5ECUA 3W38A 1XSKA 4YHGA 2UY4A 4LYPA 4W7VA 1OT1A 3FAXA 1C7TA 4DM1A 2GSJA 4MB4A 2J8GA 3ZSTA 3AOFA 4JIEA 1E71M 3PZGA 4B9YA 2YBUA 1EH9A 1C93A 2DGAA 3G6LA 1VJSA 5CPTA 3VDHA 4P7QA 1R86A 1X6NA 1XSJA 3WF4A 2W91A 3S6TA 1NM9A 5A6KA 2VZTA 3GDBA 4V27A 5E6ZA 5DT7A 1BHGA 3WIJA 3T0BA 3CZKA 1JGIA 4CU7A 1VEOA 1JYXA 1CXLA 1QNPA 4U31A 5JIWA 1NWRA 1H0IA 3RDKA 4GO9A 1BLIA 2G4FA 4ML4A 4LX4A 2CKSA 2GJXA 3DYPA 3VIOA 2X2YA 3CO4A 3S2CA 1CNVA 2GVYA 1K9DA 1JIBA 4UOQA 2G41A 2XIIA 4ZXLA 3WDJA 4BA0A 2UY2A 2Y24A 2WK2A 3K46A 1ISYA 5A1AA 4KGJA 4TOQA 2VURA 1W2VA 3AMGA 4GO8A 3N12A 4J28A 3AIWA 2C7FA 1NOWA 1EO5A 3RJYA 2VOTA 1US3A 1MQPA 1AQMA 3AFBA 1UYQA 3AZSA 1H0GA 4HP5A 3MUY1 1WB0A 1F4HA 5EMYA 1VENA 2PC8A 1OSEA 1KB3A 4A4AA 5CPSA 4H8HA 2WLZA 4B16A 2BHYA 4OUEA 2JEQA 1J0ZA 2YDSA 3WFZA 1B2YA 4F66A 1ISWA 4K68A 3J7HA 4BQ5A 4CUCA 3UERA 4D6FA 4EE9A 4OZOA 5FOOA 4HU0A 2YLLA 2YL8A 3MSGA 3RM8A 2JEPA 5I77A 2YOCA 6CGTA 3W6LA 5BXSA 1UWQA 4UOZA 1M7XA 4HOXA 1SMDA 3MKKA 4AD2A 2EQDA 1IT0A 2CPUA 3W0KA 2XHYA 5IFPA 5BXRA 4IPLA 3U57A 1EQCA 1RP8A 2RGMA 4Z2IA 1XH2A 3A4XA 3M6DA 1V3MA 5ABFA 3ARSA 3TTSA 1FFRA 4CCDA 5EBAA 4W7UA 1V6VA 3AZTA 4MB1A 3SUUA 4U2YA 1W9VA 3PTKA 5A2CA 4N0RA 1VIWA 4M81A 1J18A 1Q6GA 2VC9A 2WANA 5AYBA 3GM8A 2V3FA 2Y2WA 3EMCA 1ZBCA 4U5IA 1W1PA 3KWXA 1QI2A 5JUVA 2ZIDA 3CHCA 2DSKA 4FLQA 4MDPA 2OLHA 4Q7NA 4HZ8A 1QI3A 2WC3A 3VINA 3MSDA 3ZJKA 4U3AA 4U2ZA 3WD4A 3VGGA 1ISVA 3AMLA 3FAWA 6A3HA 1Q6FA 3FXYA 2DSUA 1C3FA 2XSBA 3AXXA 3I3DA 1B30A 1VFMA 1OIFA 2J77A 4UZUA 3UG3A 3SCPA 1LL7A 4BS0A 1CGYA 4WLCA 3WMCA 3ZR5A 3GH7A 3AROA 2WVUA 2ZX8A 3W81A 1W32A 1V08A 3T09A 3WDQA 3IK2A 1CXKA 5CLTA 2WVTA 4QCFA 2YDQA 1E6PA 1UKPA 1PZ3A 2PWFA 2VCBA 4Z2GA 3LPGA 4QLKA 1OINA 1CGXA 3UETA 1UQZA 2VX7A 4AD3A 5I23A 2EBNA 3IAPA 3WY1A 4W87A 5BYWA 3VX0A 3CGTA 3MMUA 2FHCA 5DT5A 4JFTA 2BY3A 4URIA 4ATLA 2Y8KA 5TD4A 3U5YA 5A8OA 3ZR6A 1GQLA 1BYBA 1S46A 2AAAA 4AZGA 1PX4A 1WE5A 5I5RA 1BTCA 4KWUA 3U5UA 1ZU8A 1B3ZA 1EHAA 1BFNA 3K8KA 2WMHA 5CZKA 1JI2A 3BAXA 1K9TA 3EDJA 2G3IA 2WMGA 4M1RA 3WNPA 2WZHA 1V02E 1B3YA 1EHNA 1OGBA 3MUZ1 3NJ3A 4MAZA 1QI0A 4HOZA 1UH4A 3SCOA 3VU2A 3CPUA 2V38A 3L4ZA 4AMCA 1E55A 4MNLA 3ZJ6A 1J0YA 4GQQA 5I3DA 1JZ7A 3CUFA 2VRJA 3CUIA 4UQCA 1WDSA 1CENA 1CWYA 3NCOA 3IANA 4W8BA 4E4PA 4F9DA 3MS8A 1R7OA 2CNCA 4B3LA 2GDUA 3VPLA 2O9RA 3CMGA 1KXVA 1W9PA 2JALA 1N82A 2Y8VA 2DSWA 4J3UA 1GOKA 2WC4A 5GQBA 4D1IA 3EDKA 2W61A 1GZJA 4KH2A 2J7DA 1A3HA 5E6YA 2OWWA 2PF0A 1DWIM 5A8PA 1VEMA 2DSZA 1W9BM 1PX3A 3UEQA 2IUZA 1ITCA 4BQ4A 4B9ZA 3D3AA 2O9PA 1W1VA 3OGSA 4RE2A 5BROA 3A6OA 1UHVA 4J7RA 3ZO9A 3A4AA 5A6SA 1H11A 3SIMA 2PB1A 4MNMA 2MANA 5HPOA 3W25A 3WMBA 2WVSA 1UZ1A 1C91A 1XHGA 4ZE4A 3CLWA 2XVGA 2DDXA 1GOWA 1XH0A 3GTNA 4PMUA 2C8NA 1H2JA 5HOSA 1JYWA 4H2CA 4HA3A 3AYSA 4Q22A 2WBKA 1RP9A 3K8LA 3RJXA 2OSWA 2CBJA 5A8QA 3WNLA 1UR8A 2ZXQA 3T2PA 1PBGA 4HOWA 4W5UA 2J25A 1BQCA 2BHUA 1B0IA 4B3KA 2XWEA 4DWSC 4CVUA 2WZIA 3GNOA 4GIAA 1GOIA 4P8XA 4PTWA 4H04A 1V6UA 3AICA 3ZSSA 1XH1A 5DF0A 1ISZA 1LG2A 1TZ7A 2CERA 1M53A 3RO8A 1LL6A 1HNYA 5JIPA 1NWTA 2WHJA 1O6IA 1E3ZA 2E9BA 4JFUA 1V02A 2NW0A 1DWHM 4AY1A 1VBRA 1CZ1A 2J4GA 1B3XA 4M8UA 3EYPA 1CGWA 1UD4A 1V6XA 1AQHA 4H8UA 5A6BA 1Q6CA 3WL0A 4WKFA 3WEMA 2AOSA 1FHDA 4AIOA 2A3HA 3BXWA 1E70M 3N11A 4HTYA 2ZUTA 4W5ZA 3ARQA 4PSPA 1I1XA 4P8VA 2D1ZA 3N1AA 3RILA 1DWJM 1MW0A 1ODZA 1Z32X 4PMXA 2DH3A 4AYSA 5GNXA 3O9NA 4AISA 3I3BA 1UWRA 3K4DA 2WXDM 1GQJA 5JBEA 1KXQA 3T0DA 1VB9A 3PZOA 4D1JA 1EOKA 4QLLA 1UH3A 2J8FA 2ZE0A 4P7OA 2E3ZA 3GH4A 3HMCA 1W1YA 3W53A 3SCVA 3VVGA 1WZMA 1XYFA 4WF7A 3B8SA 3BMWA 1HP4A 3WL1A 1WP6A 2X09A 4R27A 2WHKA 8A3HA 3VNZA 4BF7A 5GNYA 4TUFA 2HISA 5CXPA 3WDIA 1O7AA 4J3WA 3LMYA 3WH7A 2J7BA 4J27A 3PZQA 3QOMA 3MMWA 3U7BA 3SURA 1PAMA 3IJ8A 3AMKA 1ISXA 4TTUA 2ZX6A 1EA9C 3EDEA 3AHZA 4RE4A 4M56A 5FKYA 5CJ5A 4UQAA 2A3BA 4X9YA 1OB0A 4AEEA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3NSN A;  3HN3 A;  2E8Z A;  2XPK A;  3KZS A;  1UKS A;  1VRX A;  2WHL A;  2PWD A;  4GIN A;  4AEF A;  1CXH A;  3N18 A;  3VMO A;  2ZXA A;  4OOZ A;  4E8D A;  3MMD A;  2XWD A;  4UQ9 A;  7CGT A;  1D2K A;  3PBG A;  2CES A;  2WHM A;  3DYM A;  4QAW A;  2EPM X;  4CD5 A;  1CBG A;  1EXP A;  1EDG A;  3I3E A;  1CLX A;  2XGB A;  5IDI A;  2VMF A;  3IAQ A;  4FLR A;  2JE8 A;  2G3J A;  1E5J A;  3WNO A;  2W63 A;  4MAD A;  3K8M A;  1U30 A;  1B31 A;  2BVT A;  1E72 M;  4YHE A;  2FGL A;  1GQK A;  1AMY A;  4EAN A;  2J7F A;  4EK7 A;  3DEC A;  5IFT A;  4JHZ A;  1H49 A;  3N17 A;  4AZ6 A;  1E6S M;  3GH5 A;  5LA1 A;  1W9D M;  3WQW A;  4M24 A;  2ZUV A;  3AS2 A;  2DT0 A;  3IJ7 A;  4UNI A;  3F5L A;  3K1D A;  2V5D A;  1XGZ A;  5KEZ A;  4BCE A;  4XB3 A;  1D3C A;  1JND A;  1W2P A;  3EDF A;  5M03 A;  2J7C A;  2QV4 A;  2WCG A;  1HX0 A;  4UFJ A;  1TVN A;  2QLY A;  2NT0 A;  4H41 A;  4YPJ A;  3NUK A;  1JYV A;  4MJ4 A;  1H4P A;  1V0L A;  2XM2 A;  4CN4 A;  4FLO A;  1CTN A;  4IM4 A;  1K9F A;  2YL5 A;  5EFF A;  1FP8 A;  5GPR A;  3WQ6 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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