4QLKA

Crystal structure of rice bglu1 e176q/y341a mutant complexed with cellotetraose
Total Genus 198
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
198
sequence length
472
structure length
472
Chain Sequence
NWLGGLSRAAFPKRFVFGTVTSAYQVEGMAASGGRGPSIWDAFAHTPGNVAGNQNGDVATDQYHRYKEDVNLMKSLNFDAYRFSISWSRIFPDGEGRVNQEGVAYYNNLINYLLQKGITPYVNLYHYDLPLALEKKYGGWLNAKMADLFTEYADFCFKTFGNRVKHWFTFNQPRIVALLGYDQGTNPPKRCTKCAAGGNSATEPYIVAHNFLLSHAAAVARYRTKYQAAQQGKVGIVLDFNWYEALSNSTEDQAAAQRARDFHIGWYLDPLINGHYPQIMQDLVKDRLPKFTPEQARLVKGSADYIGINQYTASYMKGQQLMQQTPTSYSADWQVTAVFAKNGKPIGPQANSNWLYIVPWGMYGCVNYIKQKYGNPTVVITENGMDQPANLSRDQYLRDTTRVHFYRSYLTQLKKAIDEGANVAGYFAWSLLDNFEWLSGYTSKFGIVYVDFNTLERHPKASAYWFRDMLKH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Effects of active site cleft residues on oligosaccharide binding, hydrolysis, and glycosynthase activities of rice BGlu1 and its mutants
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-glucosidase 7
molecule tags Hydrolase
source organism Oryza sativa japonica group
total genus 198
structure length 472
sequence length 472
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2014-06-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4qlkA00
2YLLA 2X0YA 2YA1A 1EQCA 3UG4A 2F2HA 1LLOA 5AY7A 3AROA 1NOWA 5E09A 3MMWA 4KMQA 3ARRA 4ZXLA 4WKAA 1FA2A 1LG2A 1UD3A 3N18A 1UWTA 2GDUA 1BYAA 1W1VA 1SR0A 1QI4A 2X1IA 1CBGA 4B15A 4K68A 3T2PA 1XH1A 3UR7A 4BQ5A 2X8RA 1KWKA 2UY3A 1E0VA 1RD6A 1JAEA 2ZWYA 2DT2A 4A4AA 1EDGA 1DWHM 3OLIA 4DUXA 4P7RA 4MAZA 6CGTA 3QHNA 3ZJ6A 4PCSA 3OBAA 1VRXA 2WHKA 4EANA 1TCMA 4ATDA 3WDJA 4PMYA 5GNYA 2EPOA 1ZL1A 3RILA 3MO4A 4UFHA 4CVWA 4ZEPA 3F5KA 5FD0A 1GZJA 8CGTA 1TUXA 2G3MA 1QI5A 2WNWA 2ZUWA 1DWFM 3EDFA 4S3JA 4FLSA 3BMVA 4AZCA 2PWGA 2DSWA 4S3KA 1BYCA 1OB0A 5ECUA 4W5UA 4PMZA 1OGGA 4NRRA 3W24A 4CD8A 5IFTA 1CGVA 5A69A 1B3XA 1M01A 1DP0A 3W37A 1W3JA 4OOUA 1OT2A 3EDJA 1UR8A 3QHOA 4Z2LA 3K4DA 1UZ1A 4J3TA 3PN8A 5BXTA 1GOWA 1B31A 3HMCA 4MPKA 4M8UA 3G6LA 4W87A 1AQHA 4P7LA 3T08A 3SUSA 3W28A 4J27A 3VIPA 1MXDA 1EA9C 3RDKA 1PX8A 3CHFA 4GO9A 1D2KA 5M17A 1VEPA 3WDQA 1KQZA 4BA0A 2WSKA 4GKLA 1WZAA 2V5DA 1IT0A 3N04A 2EQDA 1V3HA 2J47A 3CGTA 3SUVA 3WY1A 1UH2A 5A2CA 2EEXA 5I3DA 1J12A 2Y4SA 3PZUA 1W9DM 2WANA 3AHTA 2GVYA 5AYIA 2QPSA 2NW0A 5A8QA 4AZBA 4CD6A 2QPUA 1BQCA 5JBEA 1OSEA 1CGYA 1OT1A 1XD0A 4UQ9A 3WFLA 3BSGA 1F4HA 2YL6A 5KEZA 3LPOA 1HL8A 3EDKA 2J7BA 1WDPA 1JYWA 3CHCA 1HXJA 1TE1A 2GJRA 4GI6A 2D3LA 3VIHA 3WN6A 5ABEA 4J3XA 3UERA 5A2AA 4RE4A 5FOOA 3A47A 3WQ6A 4GI9A 4WIWA 1G94A 4PSPA 5BXSA 3OLEA 1V6VA 4HMEA 4QP0A 2GK1B 4W86A 1J0KA 1W9VA 2PF0A 3M6DA 3WEOA 1UKQA 2WZHA 4JCMA 2D20A 2YBUA 1PIGA 3VX0A 1XSJA 4QLKA 4AXNA 2YKKA 4UNIA 3MUY1 4Q22A 4L4PA 1PIFA 4R27A 1ZBKA 2BS9A 4LYRA 2YA2A 2WMKA 1XYZA 3F5JA 1HVXA 1H09A 3ALGA 1NWSA 1JZ4A 2XGBA 3BGAA 1SMDA 4J3SA 4OJYA 4UCFA 1WZMA 2XM2A 3IJ9A 3POHA 3TTYA 2XTKA 1G01A 3AOFA 2XVGA 5BXRA 5CJ5A 4D6HA 4ZE4A 3WNOA 1CLVA 1V3MA 4QFUA 3ZT5A 3UETA 3CMGA 4JFUA 3M07A 1C7TA 1UR2A 5I0DA 3AQUA 3AYRA 4D6GA 2G8ZA 2VZVA 5FCZA 3WNNA 3WEZA 4M80A 4GIAA 3WDRA 2OWXA 1LQ0A 5HOSA 1KCKA 3AIUA 5HXMA 1C91A 3ZJKA 4YPJA 4AYSA 4UFMA 3OZPA 1UWIA 4FLRA 1MW0A 3WDHA 1P6WA 2DSVA 2BVDA 1DEDA 4DWSC 5I5RA 1J0ZA 1KB3A 1UKTA 2VURA 3U5UA 3VIFA 4YN5A 5GPRA 4CVUA 3A4XA 4Q7NA 4CN4A 4JFVA 1X1NA 4AW7A 4D6EA 2EBNA 4B9ZA 5BYWA 1KXVA 2JF7A 2FHCA 3GTNA 1H2JA 3CBWA 3VX1A 1W1PA 1OGSA 2EPKX 2G3NA 3AXXA 3LPGA 4HA3A 1HKKA 1GORA 4NI3A 3VIIA 5BXPA 3AIVA 5TD4A 3TOPA 4N0RA 3W0KA 2WK2A 3RIKA 2PC8A 1XH2A 2F8QA 1VFMA 4HU0A 5HNNA 2XSAA 3WD1A 3PZ9A 1R8LA 1MXGA 1E73M 2VL4A 1E55A 3ARVA 2YBTA 1FOBA 4CD7A 2W67A 2JEQA 4D6DA 1E5NA 1JL8A 3AXHA 5A94A 1TFVA 3WIJA 5M5DA 5A8NA 2VX7A 1OD8A 4OBSA 3B9EA 3RO8A 3W38A 4F9DA 1JYVA 4GQRA 2CYGA 1UYQA 4PN2A 3CMJA 1LL6A 1KXHA 3FAWA 2WHLA 2F61A 3OIHA 3WKZA 2YJQA 4XB3A 1C92A 2D24A 2YDSA 4RE2A 5IXEA 1S46A 1GOKA 2XSBA 3VDHA 1QHPA 2ZXBA 4BCEA 4HMDA 2WKLA 4AY1A 1M7XA 1C8XA 1FHDA 3PTKA 3VDBA 2ZOXA 1YQ2A 4AC1X 5GQBA 4CU8A 1EDQA 1K6AA 1ZS2A 2DH3A 3BXWA 2VZOA 3VPLA 3QOKA 1BTCA 1JD9A 4JKMA 1OWQA 3SCWA 2J8GA 3AISA 1I75A 1HF6A 2VQUA 2YL8A 1KXTA 1HJSA 2W5FA 2XFFA 1BF2A 3NJ3A 3ARPA 3FAXA 2WCGA 1E6NA 5A8PA 3GNPA 4UFKA 1E4IA 2ZX5A 1J0HA 1LWJA 2VQTA 3MUAA 2GJXB 3WF4A 3W6MA 2WYSA 1JZ2A 1HKJA 3N12A 2XWDA 1W1YA 3VGBA 4LYQA 2J7FA 2PWDA 3ZR5A 1PX4A 2GDVA 4H7VA 3EDDA 2WC7A 1OIFA 3IJ7A 1A3HA 3VMNA 1VBUA 4PMVA 3AHYA 2E9MA 3OLGA 1TZ7A 2EO7A 3ARWA 3ZSSA 4U31A 3SCPA 3SCOA 1Y7VA 3RJXA 1UR1A 1ZU8A 2ZXDA 4JZ5A 1UZ4A 3VILA 2D0HA 3WNPA 1NARA 2WMIB 4NSBA 3SCRA 5JBFA 4FLQA 5A95A 3N1AA 2ESCA 3AMCA 1QNSA 1E9LA 3WELA 4GZIA 3VD4A 2WHJA 5A8OA 5A6JA 3ZQ9A 4H04A 5D9PA 5HPOA 2V3DA 4XZWA 1ODUA 3AIWA 1J0IA 4JFTA 1D3CA 3WF1A 4U3AA 4AWEA 3WUFA 1H1NA 3EYPA 4ZXOA 2ZICA 3WH9A 4C7GA 1E0WA 1CEOA 3W81A 3VMPA 3N17A 3A6OA 3GXMA 3BAYA 1CWYA 2CESA 1WNOA 3SCQA 1CXKA 1EIBA 4CUCA 3B9AA 3KE0A 2BFGA 3WH6A 1W9XA 2XWEA 3M46A 4R5EA 2CPUA 4E4PA 3AS3A 4E8CA 2W62A 5I77A 2PWHA 4GZJA 1ISVA 1C8YA 3ZT6A 4HTYA 4UQAA 1UHVA 4IPLA 4DM2A 4AIOA 3T2OA 4V28A 1DTUA 1JF6A 2VR5A 4ACZB 1U30A 1WP6A 3VVGA 2VI0A 2CNCA 5I23A 1HIZA 4TX6A 2ZX8A 3N9KA 5FL0A 2D1ZA 1GPFA 2ZE0A 3MSDA 1W9PA 4V2XA 5JUVA 3NYDA 4GI8A 3PZVA 2ZXQA 3ZM8A 3AS2A 1W2PA 3KL5A 1TA3B 4QCFA 1AVAA 4CD5A 1EGZA 1GHSA 3NDYA 2XHYA 3L4TA 4ATWA 4JL1A 1KR0A 4UOJA 4W93A 4F9JA 4URIA 3CPUA 2WLZA 4X9YA 4WSKA 1E0XA 1BLIA 3U5YA 1GQLA 3LPPA 4M1RA 4KGJA 4B16A 1NH6A 1V0KA 2WKGA 3WENA 1UR4A 2EXOA 5LA2A 1WZLA 4JFWA 1UKSA 1BHGA 1J11A 1XSKA 4IPNB 2WB5A 1CXEA 1CGWA 2DH2A 3L4WA 2J62A 2J7GA 3WNKA 3W26A 2ZUSA 3DYPA 1KXQA 3VIJA 3OZOA 3BAJA 3T2QA 5A6SA 4GINA 4KGLA 5I2UA 5CPSA 4QLJA 5E0FA 2VR4A 1B3WA 1VAHA 2PB1A 3AIRA 4PEEA 2FHBA 4XV0A 2DSZA 2YDRA 3OGVA 4WKFA 2E8ZA 1AMYA 1PZ3A 3CZEA 2XYLA 3WMCA 5ABHA 3VINA 1MVYA 2ZXAA 3PZTA 1EHAA 3L4XA 4OOZA 1E3XA 3F4VA 1ZJAA 1NP2A 4JCLA 1UQZA 2CERA 2FH6A 3POCA 2E40A 1G5AA 3ZR6A 2X09A 4PBGA 3M7SA 3VM5A 1GCYA 3U7VA 2OWWA 4Z2GA 2GK1A 2XVPA 1E1EA 3VO0A 4P7QA 1JNEA 4MNLA 1FHLA 2WMHA 1Z32X 3VM7A 3IAQA 4MB1A 2E4TA 2C7FA 2OYMA 2VNCA 3SUUA 4Z2KA 2A3EA 1K9FA 2XVKA 2G3IA 3GH4A 5AYBA 3FXYA 1UKOA 1WCGA 3PZQA 3AI0A 1E43A 4D6CA 2VRQA 2IXUA 4PYSA 4V27A 4LX4A 2BY1A 5IDIA 1FP9A 4W84A 4MJ4A 1UWQA 4U5IA 1LJYA 1YHTA 1LL4A 1XC6A 4OIFA 4ZENA 1K9EA 4M29A 2VJXA 1ESWA 1K9TA 1ISZA 5CG0A 1EXPA 2VUYA 1V0NA 2UY4A 1UH4A 1FH9A 1UH3A 1DWJM 3II1A 2QF8A 3VIKA 2EPNA 1UD2A 3GNRA 1E6PA 3WMSA 1A47A 1PBGA 1H0GA 1VB9A 1OM0A 5LA1A 3PZGA 3MMUA 4KRUA 2WLYA 2PWEA 2VCAA 3ARZA 3NUKA 4MAVA 1XGZA 1TVNA 1GVYA 2WBKA 2JEPA 3SIMA 2Z1KA 4HZ6A 3AIQA 4CCCA 5A2BA 1QVBA 1GOQA 2GFTA 3FW6A 3DHPA 4H2CA 3CZLA 2UWFA 3CO4A 4KRTA 1FH8A 4AZGA 2W92A 1KBKA 2CITA 2E8YA 1VFFA 1UD4A 5CLWA 1MYRA 3VDAA 2A3HA 1Q6CA 2EJ1A 2G3JA 3VGGA 1UOKA 2CKRA 4MDOA 1WDRA 1QNQA 2ZUMA 2VVSA 4AD2A 1WB0A 4A3YA 4AZ5A 1RH9A 3K1DA 1GQJA 4PMUA 5BCAA 2QHAA 1R7AA 3GBEA 1GUVA 3RM9A 5EFFA 5M3WA 4AZHA 2DPEA 4PMRA 1J0JA 1V3JA 3AIBA 1EOMA 1X6NA 1V03A 3L4VA 2BY2A 2VT0A 4OZOA 1ISXA 1XH0A 3CZKA 3WEMA 2W91A 3GH7A 3ZMRA 4Z2JA 1MFVA 4GQQA 1H0IA 1EO7A 3VMOA 3MS8A 5JIPA 2DSKA 2WZIA 1WDQA 2CETA 4D6IA 2O92A 1E72M 2O9OA 5CGMA 2IXVA 5I78A 4YHEA 2NT0A 3AHXA 4PMQA 3TTOA 1F4AA 2XFYA 4RL3A 2XUCA 4TX8A 3RM4A 5DT5A 1WAWA 1DWAM 1E70M 4MB3A 1JDAA 4AIUA 3BLKA 2A3BA 2XGIA 3VU2A 1W3HA 4BZYA 2V3FA 3S6TA 1JXKA 5A1AA 5D9NA 1CGXA 5LYRA 1LF1A 2GJXA 1C93A 1VBRA 1W91A 1I1XA 4W85A 1KR1A 3O9NA 3T09A 1DHKA 1PX3A 3MV11 4HOWA 1XYFA 3FHQA 1HP5A 1W2VA 4CKQA 4CD4A 2YOCA 5C8BB 1Q4NX 3K8KA 3UEQA 3VIOA 4UQBA 1JI1A 3AHZA 1Q6EA 5CPTA 1CECA 1VJSA 3WQWA 3CIVA 3HU7A 4JKLA 5E0CA 1US3A 3VGDA 4UZSA 1JF5A 1BVZA 4ML4A 2BY0A 4UZUA 2PI6A 3T0BA 2E9LA 1NOUA 3ZO9A 2ZUVA 1JZ8A 1OD0A 5M03A 3A4AA 4AMCA 2WMIA 1ITXA 2QMKA 3G6MA 3NIYA 2GUYA 2W61A 3WL0A 2XJ7A 2YA0A 4HP5A 5JBDA 4UFJA 4AEFA 5AC5A 2E3ZA 4BQ4A 2JALA 5ABFB 1VEOA 3FNDA 1QBBA 3WQ8A 4H8VA 1OGBA 1M53A 1W9UA 1E15A 4AD1A 2O9RA 5E6ZA 1J10A 3L4UA 1W1TA 1QNRA 4RE3A 1QW8A 4GZEA 1CXLA 3O2LA 2VVNA 1O6IA 4JIEA 3WBAA 1GW1A 4OKDA 4UFLA 1UA3A 3GH5A 4UQDA 1GOOA 3RCNA 2CHNA 5CLTA 3U57A 2WCSA 3K4AA 4PCTA 2VX6A 3CZ8A 3L4ZA 5EMYA 3WQVA 5D8WA 3W82A 4HPGA 1US2A 1KGXA 4CU7A 2PBOA 3SCTA 2CBJA 1PJ9A 1FFQA 2VX5A 3MMDA 3N13A 4PTWA 3PZIA 5BROA 1CDGA 2XIIA 1UQYA 4EE9A 2QV4A 2V5CA 3MU7A 4ACZA 1HJWA 1OCQA 2WVVA 3W29A 1G1YA 1ISYA 3IJ8A 2WCAA 4CU6A 1GVIA 3WD4A 1JZ3A 3GXIA 2CKSA 4MB5A 1OINA 4DWSB 4H41A 1GONA 3TTSA 3OLDA 1TA3A 2ZWZA 1E56A 4LYPA 3SCSA 3VD9A 1LL7A 1ZB5A 3GXFA 4FMVA 1J18A 3MUIA 3AZSA 2AOSA 2VRJA 1IZJA 5DT7A 2BXZA 2W66A 1R86A 3RM8A 4PRWA 3BAXA 4YHGA 2YLAA 3MUZ1 1IZKA 2J4GA 2J7CA 4QLLA 1UA7A 3JUGA 2X0HA 2B31A 4XZBA 1JYXA 4JL2A 4H8HA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2YLL A;  2X0Y A;  2YA1 A;  1EQC A;  3UG4 A;  2F2H A;  1LLO A;  5AY7 A;  3ARO A;  1NOW A;  5E09 A;  3MMW A;  4KMQ A;  3ARR A;  4ZXL A;  4WKA A;  1FA2 A;  1LG2 A;  1UD3 A;  3N18 A;  1UWT A;  2GDU A;  1BYA A;  1W1V A;  1SR0 A;  1QI4 A;  2X1I A;  1CBG A;  4B15 A;  4K68 A;  3T2P A;  1XH1 A;  3UR7 A;  4BQ5 A;  2X8R A;  1KWK A;  2UY3 A;  1E0V A;  1RD6 A;  1JAE A;  2ZWY A;  2DT2 A;  4A4A A;  1EDG A;  1DWH M;  3OLI A;  4DUX A;  4P7R A;  4MAZ A;  6CGT A;  3QHN A;  3ZJ6 A;  4PCS A;  3OBA A;  1VRX A;  2WHK A;  4EAN A;  1TCM A;  4ATD A;  3WDJ A;  4PMY A;  5GNY A;  2EPO A;  1ZL1 A;  3RIL A;  3MO4 A;  4UFH A;  4CVW A;  4ZEP A;  3F5K A;  5FD0 A;  1GZJ A;  8CGT A;  1TUX A;  2G3M A;  1QI5 A;  2WNW A;  2ZUW A;  1DWF M;  3EDF A;  4S3J A;  4FLS A;  3BMV A;  4AZC A;  2PWG A;  2DSW A;  4S3K A;  1BYC A;  1OB0 A;  5ECU A;  4W5U A;  4PMZ A;  1OGG A;  4NRR A;  3W24 A;  4CD8 A;  5IFT A;  1CGV A;  5A69 A;  1B3X A;  1M01 A;  1DP0 A;  3W37 A;  1W3J A;  4OOU A;  1OT2 A;  3EDJ A;  1UR8 A;  3QHO A;  4Z2L A;  3K4D A;  1UZ1 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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