4QLKA

Crystal structure of rice bglu1 e176q/y341a mutant complexed with cellotetraose
Total Genus 198
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
198
sequence length
472
structure length
472
Chain Sequence
NWLGGLSRAAFPKRFVFGTVTSAYQVEGMAASGGRGPSIWDAFAHTPGNVAGNQNGDVATDQYHRYKEDVNLMKSLNFDAYRFSISWSRIFPDGEGRVNQEGVAYYNNLINYLLQKGITPYVNLYHYDLPLALEKKYGGWLNAKMADLFTEYADFCFKTFGNRVKHWFTFNQPRIVALLGYDQGTNPPKRCTKCAAGGNSATEPYIVAHNFLLSHAAAVARYRTKYQAAQQGKVGIVLDFNWYEALSNSTEDQAAAQRARDFHIGWYLDPLINGHYPQIMQDLVKDRLPKFTPEQARLVKGSADYIGINQYTASYMKGQQLMQQTPTSYSADWQVTAVFAKNGKPIGPQANSNWLYIVPWGMYGCVNYIKQKYGNPTVVITENGMDQPANLSRDQYLRDTTRVHFYRSYLTQLKKAIDEGANVAGYFAWSLLDNFEWLSGYTSKFGIVYVDFNTLERHPKASAYWFRDMLKH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
source organism Oryza sativa japonica group
publication title Effects of active site cleft residues on oligosaccharide binding, hydrolysis, and glycosynthase activities of rice BGlu1 and its mutants
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-glucosidase 7
total genus 198
structure length 472
sequence length 472
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2014-06-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4qlkA00
1VAHA 4D71A 3VGBA 4IUGA 1X6NA 1G5AA 1NARA 2WVTA 2YBTA 1XH2A 1JZ7A 4XX6A 2EPLX 1TA3B 3N15A 2QLYA 2PWFA 3SUVA 4CCEA 1JDCA 3AS0A 4YN5A 4CD7A 1KCKA 3ZT7A 3UR7A 5A6BD 4ML4A 1V3JA 3ARYA 1J11A 4W86A 1WZLA 2DSZA 4QAWA 3M46A 3VIKA 4PYSA 1MW1A 3ARTA 4CN4A 1GVIA 3AMGA 3AOFA 1V03A 1EOKA 2VC9A 1TCMA 1BYCA 4ZE4A 2WAGA 3WL0A 4CD8A 1KCLA 5BXRA 2OYKA 3WQ8A 1XHGA 2YDQA 2YLAA 1UQZA 4H41A 3RMEA 3WENA 2DH3A 1QI4A 2J7DA 1H0GA 1J10A 3N17A 1H3GA 1KXQA 4DWSA 1KQZA 8A3HA 2YA1A 3VX1A 3SCUA 3NDYA 4P8VA 1E4NA 1JF6A 3UETA 1B1YA 5FOOA 4WJXA 3UG3A 1D3CA 4HOXA 1V3IA 2D0FA 2GJPA 4HU0A 2BFGA 4PRWA 5LA0A 1MW0A 4AISA 4U5IA 4TXEA 3BAKA 3IANA 1XH1A 1UWIA 4FLOA 1E1FA 1WCGA 1HF6A 3OLDA 2ZUMA 5CGMA 1NOFA 4QCEA 5BRPA 2YKKA 2O9TA 1UD2A 3AI0A 1AQMA 3UG5A 1EDGA 2YOCA 2VX4A 3PZNA 2BHYA 4JIEA 1QNQA 3OZPA 3PZOA 3K4DA 1EQPA 4E8CA 2EPKX 2GDVA 2VUYA 3HN3A 5CGTA 3BGAA 2D20A 1MXDA 3AJ7A 3SCTA 1BSIA 4CN1A 4XUYA 4B9YA 2Y8KA 1WE5A 4XB3A 1NWSA 4CD4A 4TTGA 1OT1A 4TVUA 1I75A 3K46A 3SCOA 1OD0A 3FW6A 4F8XA 4CN6A 4BA0A 1RH9A 3RJYA 4CU6A 3BMWA 4TVDA 2WVVB 2BHUA 2ZX6A 2F8QA 4JFUA 4CD6A 2VVNA 1W9XA 3EDJA 2G41A 4CVUA 5E0FA 4JFWA 1ZU8A 3AS2A 1J0KA 2XGIA 4F66A 4D6GA 1E40A 1JYVA 1PPIA 3B8SA 3RM8A 1LWJA 5BCAA 2EPOA 1UR0A 4EANA 1EDTA 5A2CA 2J7GA 2YDSA 1FHLA 2AOSA 3FY1A 4JKKA 2E9BA 2PI6A 4CU7A 4B3KA 4D6EA 3EDDA 4UQEA 1KXHA 1D7FA 2HVMA 4JL1A 4PMNA 2Y5EA 1UD5A 4W93A 5A94A 4R5EA 5D9MA 3PTMA 4URIA 2ZE0A 4ZXOA 1UR2A 3APGA 3OA5A 5DT5A 2V38A 2FHBA 2JF6A 5A8NA 5I3DA 3FNDA 1VBUA 3QHMA 2CBVA 2X1IA 1KWKA 4NZCA 3WH5A 1W3JA 1HL9A 3AQUA 1KGWA 5BRQA 1V0LA 3MMUA 4UOJA 2WXDM 4UCFA 3L2MA 4RE3A 2A3HA 5I5RA 1JZ4A 1K9TA 3ECQA 2X0HA 3SUWA 5DO8A 1AQ0A 3NCOA 3NDZA 4CD5A 1E3ZA 2WVUA 1OD8A 4D6IA 2E4TA 4DWSB 1E6RA 3OIHA 4MB5A 3BAIA 1HJWA 5FL1A 1JAKA 1E15A 1UKSA 3GH4A 2J62A 1G9HA 3EDEA 2WNWA 1W3LA 4J3VA 4LX4A 1C8YA 2DSUA 4TVCA 5E09A 2ZX7A 2XHYA 4NRSA 2XVGA 4DWSC 1E0WA 4YPJA 2WMIA 3TTQA 4J3UA 3GZAA 4PMOA 3D5HA 2C8NA 2WWDA 3VIIA 2W92A 3CGTA 4OKDA 3BC9A 3PN8A 3F4VA 1WP6A 4PTXA 1HJUA 3AMCA 3NSMA 4JAWA 4HZ6A 2DPEA 1WB0A 2XWEA 3T2OA 3J7HA 4RL3A 1VFOA 3CZ8A 3MMWA 2CKRA 2UY3A 5CPTA 1CECA 3WMSA 5AYBA 2JFEX 1H4PA 4H7VA 1DTUA 3WFZA 1W9DM 2O9OA 1VEPA 2WKGA 1PX3A 3W38A 2DDXA 1E6SM 4Z2GA 1E9LA 4GI8A 4ATLA 3ZIZA 1E6PA 3OGVA 1QHPA 2WPGA 2ZUSA 2OYMA 1ISYA 1GPFA 2BHZA 3AIUA 2CITA 5D8ZA 3W26A 4HP5A 1TVPA 1D2KA 3LPGA 2BY1A 1BGGA 1Y7VA 1WAWA 2DH2A 3CO4A 2AMGA 2NSXA 4KRUA 3VO0A 4LGXA 4IPNB 4HMEA 1WDRA 3DC0A 3TOPA 1K9EA 1EHNA 4CU8A 4PMQA 1E71M 1W1TA 1R7AA 4U3AA 2OSXA 5A6AA 1NWTA 3PHAA 5EB8A 6CGTA 2DSWA 2EBNA 2EQDA 4D6FA 3K1DA 1S46A 5I78A 3BAXA 2ZXQA 1RPKA 1PIFA 3MKKA 3VUPA 3VNYA 3MUAA 2CYGA 1NOUA 2XVKA 1DWFM 1C8XA 1KGUA 3NSXA 4UOQA 1R7OA 5IXEA 3T0AA 2WANA 1NM9A 2WKLA 2OSWA 4HZ8A 1UZ1A 3CMGA 1P6WA 2BVTA 3L4YA 3MS8A 3UCQA 1J18A 1ITXA 5BXPA 5E6YA 1BYAA 3IK2A 1Q4NX 1H1NA 2UY5A 4HPGA 3SIMA 1E4LA 2E40A 2WMFA 2Y24A 5AY7A 3W27A 2Y4SA 5I2UA 3E1F1 4HA3A 3GNPA 1US3A 1XYFA 4AD0A 4NF7A 1TG7A 3WQVA 2GFTA 1UH2A 2G8ZA 1XD1A 3WDIA 5HPOA 1ZS2A 3W53A 1HT6A 4HOWA 1OIMA 3SUUA 1UD8A 3FHAA 3PBGA 4JFTA 3WD1A 1LWHA 2AAAA 1OWQA 2WMIB 1VJZA 1XH0A 2WSPA 3CHEA 5FD0A 1GJUA 4OBSA 3CH9A 3BLPX 4FLRA 3EMCA 3SCPA 1MQPA 4N42A 3OG2A 3RILA 1PX8A 4HU8A 1XSIA 1UR8A 1B0IA 5A8OA 3W82A 2V3GA 3KEHA 3VVGA 1O6IA 5ABFA 3T2QA 2F2HA 1A47A 1B31A 3QR3A 3PZ9A 3BAYA 3AXHA 4OBRA 1JZ5A 4PMDA 5I6SA 1UKTA 3O6AA 2CPUA 1LL7A 2Y2WA 5CQ1A 3MV01 1SMAA 2D1ZA 1R8LA 1K6AA 2BXYA 3M6DA 2CERA 4MNMA 4HA4A 1BTCA 3A3HA 4OOUA 1VRXA 2V5DA 3VGDA 2DGAA 4GO9A 3VD7A 1X6LA 2PWHA 4JKLA 3GM8A 4HTYA 4B9ZA 3W6LA 1V6UA 1B3ZA 1E43A 3SCQA 1DWIM 2EPMX 2VURA 1PAMA 3WMCA 4MDPA 4CUCA 3EDKA 4KGLA 3ZR6A 1W1YA 2VZTA 5IDIA 2GDUA 1M53A 4WSJA 1OGSA 3TA9A 3ARPA 2ZXAA 2J8GA 5IHRA 2XG9A 2GJRA 1M7XA 1HKIA 1JDDA 1ODUA 1MW2A 2EJ1A 4U2ZA 2CXGA 4QP0A 4UFHA 1FH7A 3RIKA 2V3DA 2ZUWA 2W67A 3WDRA 1B30A 2W63A 3CHDA 4HOZA 1UYQA 3CZLA 3WDJA 3WEOA 4TX6A 1V6VA 2XVLA 4HMCA 1H09A 1C8QA 4H8UA 3ZJ8A 3L4XA 1WZKA 2E0PA 4OIFA 4UQAA 2ZUVA 4HMDA 3SCSA 3WF0A 1CLXA 4UQCA 4MNKA 1V0KA 2QMKA 3QHNA 4TOQA 2G3IA 1B3YA 3THDA 3WNLA 3MUZ1 2JE8A 2W61A 1VBRA 7TAAA 4WK9A 3II1A 1MW3A 4GQQA 2CBUA 2W62A 3VIGA 4AYSA 1MYRA 3CZJA 4A3YA 3U7BA 5E9AA 4F9DA 2PWDA 2XIIA 1UD3A 2XM1A 3FN9A 1ECEA 3RPMA 4N0RA 3W6MA 3PZTA 2CBIA 2UY4A 1GCYA 1E72M 4L4PA 2VR4A 1TE1A 5E0CA 3ZT6A 4MB3A 3W29A 1C7TA 1MVYA 3AZSA 3GH5A 4MDOA 4P8XA 1CBGA 1JDAA 1LG2A 2CETA 2VZVA 5EMYA 3WD0A 1BGAA 5CSYA 3AIEA 1E4MM 3T0DA 3OGRA 2NT1A 3DHPA 3WNNA 3CPUA 1LQ0A 2ZX9A 4F79A 2ZX8A 1W3HA 5CZKA 4M80A 1HKJA 1E73M 2D22A 2WHJA 2YL6A 1IZJA 4AZ6A 1JAEA 3AHYA 1SR0A 1W9BM 5C70A 3AHTA 3M7SA 5LA2A 4X0VA 4PMZA 4BZYA 1KQYA 4LXFA 1BF2A 2GUYA 2D3LA 1GQJA 3CHCA 1WPCA 4PCSA 4WKFA 4Z2LA 3AXXA 3DYMA 1C3FA 3MO4A 3SEPA 1J0IA 3ARSA 1F4AA 3PZUA 2GK1A 4M24A 4WIWA 1GHSA 1FFQA 1B9ZA 3VMNA 2VCCA 4Z2IA 3VMOA 1UWUA 7A3HA 1OM0A 4Z2HA 5A69A 1CGVA 3I3DA 3TTOA 1JGIA 5A6LA 1IV8A 1TMQA 3W37A 4AY1A 2CIPA 4PUDA 1CENA 4FLSA 3SURA 4E2OA 1UH3A 3GYCA 1UR9A 3L4ZA 3B9EA 2XUCA 2WB5A 4D72A 1HKMA 3GNRA 2OSYA 4JHZA 3AHXA 4AD5A 3K8MA 3B9DA 2ZICA 1BYDA 3ARZA 1CIUA 4J7RA 4TX8A 1GQKA 1QNSA 4CKQA 4V2XA 1DP0A 3CIVA 1KBKA 1DWHM 4GINA 4P7OA 4K68A 2BY2A 4KMQA 3AXIA 1CGTA 1TVNA 1E3XA 1E55A 2ZOXA 1CXEA 2DIEA 2WSKA 4B3LA 1J0JA 3QGVA 2W91A 2FGZA 2WLYA 4AZIA 2WMGA 5D4YA 4U3CA 3WH9A 1WNOA 4AEFA 5C8BB 4D6HA 3ZO9A 4DWSD 2E8ZA 3IJ8A 3OLGA 4PBGA 2V3FA 3CUJA 2FDMA 1GOKA 1MQQA 1YHTA 2X8RA 3OLEA 4W7UA 3RDKA 3CUFA 5GQBA 1BG4A 2YL9A 1TZ7A 4MB4A 4AZ7A 5FKYA 1V0MA 1KR1A 4UFIA 5I79A 4W85A 4M81A 1KB3A 4W5UA 3RM9A 4U33A 3W25A 3ZJ7A 4UNIA 1UWSA 3AMKA 1DHKA 4UQ9A 4W87A 3VOCA 1LJYA 3M07A 2VRJA 1YQ2A 1RP8A 4GO8A 1E6NA 1SMDA 5C71A 1FH9A 5D9PA 4ATWA 2D23A 3U5YA 4WF7A 1NP2A 2J75A 3JUGA 4C7FA 4QCFA 3WSUA 2FH6A 3WF1A 4CVWA 2YBUA 4U31A 2WW5A 5CPQA 1H11A 8CGTA 2J74A 3U57A 4P7QA 1PJ9A 5I0DA 1CDGA 1BAGA 4JCLA 2YA2A 4PMVA 1KXTA 2D3NA 1UZ4A 2PWGA 3CUGA 1NQ6A 3WD2A 1B3XA 3KL0A 3FHQA 4MNLA 4EK7A 1V08A 4IPLA 2OWCA 4J27A 2J7FA 2BY3A 2IXVA 1WDSA 3O9NA 3WELA 4W8LA 4BS0A 4WKHA 1V0NA 2GK1B 3PZQA 1XCXA 4DUWA 1ZL1A 3ZOAA 1ZBWA 1E6ZA 2XSAA 2YA0A 3K8KA 4W8BA 2XPKA 1W9PA 2VTFA 4UFKA 1R86A 1N82A 3GBDA 4M82A 4IM4A 4AIOA 2DT2A 2W5FA 3A4WA 3WNOA 3NYDA 3BXWA 1MFVA 2EEXA 2CCRA 2XVPA 5DT7A 3A6OA 4U2YA 5M5DA 1US2A 4PMUA 3ZQ9A 3AHZA 3WUGA 3VIHA 3AS1A 4WSKA 1LG1A 5EFDA 2WHLA 5A6JA 1Q6GA 2CEQA 1BHGA 3WQ5A 4A3HA 4M29A 2WZIA 3TONA 1A3HA 2CESA 4AZ5A 3VM5A 2CHOA 1LL4A 3PTKA 4Y7EA 1HKKA 2X05A 1Q6CA 3QOMA 2V5CA 5HOSA 1UWRA 4LQ1A 1L8NA 3DYOA 3KE0A 5IFPA 1XGZA 4JHOA 1QI5A 3VIJA 1C91A 1UOKA 2E8YA 3KL3A 2EO7A 3CZKA 1BYBA 3UESA 4QFUA 4LYPA 5ABGA 3PZMA 2VL4A 3ZMRA 5BXSA 2WBKA 3MSGA 4J3XA 3VILA 1MXGA 1NWUA 2EPNA 2ZUNA 1WO2A 1C92A 3WDQA 4OUEA 1W91A 1EXPA 4J28A 1V6YA 3D3AA 2YJQA 3ZJKA 2J79A 5JBEA 2A3AA 4OZOA 5CXPA 4CCDA 2A3EA 3BH4A 1ZBVA 5D9OA 2O9RA 1CNVA 4D1IA 1JZ2A 1OINA 3GTNA 1XSJA 2JEQA 3ZT5A 1B2YA 5E6ZA 2DT1A 2WHMA 3I3BA 1KBBA 5DFAA 1FFRA 1BPLB 1OGBA 4UTFA 6A3HA 2CHNA 1UD4A 3IJ7A 4YHGA 4UFJA 1OBAA 2D0HA 2WZHA 4J3SA 4GPNA 4MPKA 3OZOA 2X2YA 1SFSA 1EH9A 1OSEA 3RCNA 1RP9A 2O9PA 3NJ3A 4PCTA 3BSGA 2VO5A 3IJ9A 1VJSA 2E9LA 4V27A 1UA7A 4D6CA 4W84A 1ITCA 2XSBA 1CGWA 4Q22A 3NIYA 3UR8A 1CEOA 3ZSSA 3UERA 2ESCA 3AYSA 4ACZA 4IISA 3BLKA 1QI3A 3FAWA 4W7VA 1EDQA 1W9UA 1CXLA 3HJEA 3WF4A 3PZVA 4AD1A 1E0XA 1V6XA 4ATDA 4WLCA 2YLLA 1GOQA 2GSJA 4EKJA 1JZ3A 3K8LA 1J9YA 1M01A 3DHUA 5A8PA 1WZAA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1VAH A;  4D71 A;  3VGB A;  4IUG A;  1X6N A;  1G5A A;  1NAR A;  2WVT A;  2YBT A;  1XH2 A;  1JZ7 A;  4XX6 A;  2EPL X;  1TA3 B;  3N15 A;  2QLY A;  2PWF A;  3SUV A;  4CCE A;  1JDC A;  3AS0 A;  4YN5 A;  4CD7 A;  1KCK A;  3ZT7 A;  3UR7 A;  5A6B D;  4ML4 A;  1V3J A;  3ARY A;  1J11 A;  4W86 A;  1WZL A;  2DSZ A;  4QAW A;  3M46 A;  3VIK A;  4PYS A;  1MW1 A;  3ART A;  4CN4 A;  1GVI A;  3AMG A;  3AOF A;  1V03 A;  1EOK A;  2VC9 A;  1TCM A;  1BYC A;  4ZE4 A;  2WAG A;  3WL0 A;  4CD8 A;  1KCL A;  5BXR A;  2OYK A;  3WQ8 A;  1XHG A;  2YDQ A;  2YLA A;  1UQZ A;  4H41 A;  3RME A;  3WEN A;  2DH3 A;  1QI4 A;  2J7D A;  1H0G A;  1J10 A;  3N17 A;  1H3G A;  1KXQ A;  4DWS A;  1KQZ A;  8A3H A;  2YA1 A;  3VX1 A;  3SCU A;  3NDY A;  4P8V A;  1E4N A;  1JF6 A;  3UET A;  1B1Y A;  5FOO A;  4WJX A;  3UG3 A;  1D3C A;  4HOX A;  1V3I A;  2D0F A;  2GJP A;  4HU0 A;  2BFG A;  4PRW A;  5LA0 A;  1MW0 A;  4AIS A;  4U5I A;  4TXE A;  3BAK A;  3IAN A;  1XH1 A;  1UWI A;  4FLO A;  1E1F A;  1WCG A;  1HF6 A;  3OLD A;  2ZUM A;  5CGM A;  1NOF A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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