4QQ3 | Genus

Total Genus 103

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	103
sequence length	339
structure length	302
Chain Sequence	MLRIAKEALTFDDVLLVPAHSTVLPNTADLRTRLTKNIALNIPMVSASMDTVTEARLAIALAQEGGIGFIHKNMSIEQQAAQVHQVKISGGLRVGAAVGAAPGNEERVKALVEAGVDVLLIDSSHGHSEGVLQRIRETRAAYPHLEIIGGNVATAEGARALIEAGVSAVKVGIGPGSICTTRIVTGVGVPQITAIADAAGVANEYGIPVIADGGIRFSGDISKAIAAGASCVMVGSMFAGTEEAPGRSYKAYRGMGRIAYKGHLKEIIHQQMGGLRSCMGLTGSATVEDLRTKAQFVRISGA

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Inosine 5'-monophosphate dehydrogenase from vibrio cholerae, deletion mutant, in complex with xmp rcsb
molecule keywords	Inosine-5'-monophosphate dehydrogenase
molecule tags	Oxidoreductase
source organism	Vibrio cholerae o1 biovar el tor str. n16961
total genus	103
structure length	302
sequence length	339
ec nomenclature	ec 1.1.1.205: IMP dehydrogenase.
pdb deposition date	2014-06-26

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00478	IMPDH	IMP dehydrogenase / GMP reductase domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	4qq3A00

5D09A 1BEUA 3W73A 1JRCA 1Q6RA 3PS7A 2A2IA 4YL2A 1TPB1 4FIRA 1M7PA 4CCCA 1ZNNA 3OVRA 2W6RA 5BRBA 3STGA 1SO5A 4PC8A 1F2JA 2ZZ7A 4K8EA 3G1YA 3CIWA 3MI3A 2WSRA 1H7NA 4ZZ9A 4MVAA 3TSBA 3NQAA 3MJYA 1KFLA 1G7VA 1ZJIA 4RZ6A 1LOLA 3THQA 1EEPA 1VHCA 3SGUA 2Y7EA 1OFAA 2Y7FA 5A8GA 5D32A 2ISVA 2RKXA 2HMCA 3G22A 2GQAA 3GNNA 4NJHA 3T4CA 1K7XA 3G1SA 5HWNA 3BW2A 4A22A 5D30A 1ZAIA 5F2MA 1VYPX 1MEHA 3CHVA 4DO6A 1G4PA 4JTKA 1TB3A 1JUBA 1C29A 2CZDA 2P10A 3BV4A 5F2GA 3U8GA 4OT7A 3HBLA 2E1DA 3S8HA 1CX9A 3KRSA 5T26A 4RXGA 4UUIA 2VENA 4LV9A 3G3MA 1TPDA 2DZWA 2ISWA 4IPJA 3FA5A 1H7OA 2VELA 3LHYA 4K6AA 4A3UA 3LI1A 4M5PA 2BX7A 4FNSA 4GFSA 1VH7A 4JTSA 3T55A 2QCCA 3NG3A 3N73A 3EX3A 5EMUA 3IVUA 1M7OA 2QCDA 3UXAA 4WQ6A 4AB4A 3PULA 4MLJA 2WQPA 3M47A 4FX7A 2A1YA 1Z41A 3LBMA 3G1XA 1G4TA 4MJMA 1AW2A 4WJEA 1JCLA 3SI9A 4BFAA 1I2NA 1R30A 3MHUA 1J5TA 3TW7A 1ZFJA 4O1BA 1KTCA 1MXSA 2WJZA 1NVMA 3N9SA 4Z1BA 3K30A 3QRHA 3PUDA 4RLIA 4UTIA 3TIMA 3L9CA 2NUWA 5G2IA 4UR7A 3MWAA 2RH9A 1B3OA 4JGDA 1KTNA 1RQHA 1I2QA 2C15A 3NQ2A 3CWNA 3RNDA 4XZ9A 1H5YA 2H3DA 4XKYB 3W7LA 4RXFA 3GR8A 1J4EA 3OIXA 2C1HA 4PTNA 2C0AA 5HR6A 1LRQA 4JDYA 3A5VA 4UC5A 2B0MA 5K3VA 1GQNA 3L0NA 1V5XA 1I2RA 1JRBA 2FFCA 1HFBA 1PCWA 3P80A 1SU5A 2VEKA 3NQCA 4UTHA 1LBLA 1JCMP 3C52A 3W70A 4EOUA 2FIQA 4QAIA 3GYEA 2J9ZA 1WQ5A 3R13A 5D37A 1G4EA 2DU2A 3W2JA 1AMKA 2DZTA 1VC4A 4IPIA 3B0UX 5LSMA 6ALDA 1SW3A 4EWND 5LGZA 2YPIA 2ZFAA 2X1SA 1FXQA 4QSHA 3HB9A 4GUGA 1ZALA 2D73A 1OF6A 5CPOA 4R33A 3TAOA 1PIIA 3JRKA 3TXVA 1WBJA 4WZHA 1AL8A 3C2RA 1IXQA 4O4VA 2B7PA 1JQXA 1VGAA 4O1CA 4M19A 1MO0A 2Y88A 2YXGA 2YFNA 2Y85A 1A5SA 5K7JA 3IVSA 5IM51 1XCFA 5F2LA 3S0CA 1KBJA 1XBVA 4MJZA 3ZWSA 1GG0A 2B4GA 1S3HA 3QFEA 1FQ0A 1LOSA 4M6VA 3MHFA 3WK2A 3LRLA 1Q3NA 3E12A 4PL2A 4ICNA 2VFDA 1TO3A 2KZHA 3VE9A 1OJXA 1G4SA 3UQNA 2J24A 4LRSA 2C13A 4JTUA 1OX4B 1MZHA 4NQ1A 1LYXA 2WKJA 1QO2A 2ABBA 4N9EA 3EWWA 4GJ1A 3FS2A 2YGYA 5FEPA 3F4WA 1UUOA 5D04C 1X7FA 1K8ZA 2XN1A 4UTUA 2ZCGA 5E1QA 1PCKA 3HMJG 1O5KA 5BOOA 5AYYA 4JX5A 4DPPA 4NJJA 3DGRA 4CQ9A 3N9RA 4POCA 3JS3A 4QNEA 3MYPA 4PCFA 4MOZA 2CLKA 2NX1A 1IXNA 3BG5A 5U7SA 3QZEA 1OK4A 3H53A 3BG9A 3G1AA 4CNPA 4R53A 1OFEA 4A2SA 2DZVA 3W2LA 4LU0A 3ABOA 4FHAA 3B0VC 1EA0A 4D2JA 5HUPA 5TQLA 3FJLA 3MI6A 3CQ0A 4KWWA 4JTGA 3HF3A 3HGJA 3PB2A 3GDRA 5K9CA 3H55A 1OFOA 4O15A 1LRNA 5BMXA 3TR2A 1KBIA 3NEVA 5HWMA 3N34A 3W1PA 3EXSA 3TXZA 3BPWA 2X1RA 4IWWA 4IQLA 2HS6A 1GTEA 5LNVA 3PBYA 4HNTA 5K9DA 3LHTA 3W2NA 3EX6A 1RR2A 3C6CA 5D05A 1C9DA 3UY8A 3GNDA 5F4SA 5KMYA 4K37A 4MZ1A 4DELA 5C6MA 3R89A 3L66A 4RKAA 5KTLA 3EWXA 5LGXA 4FNTA 4MIMA 5F1UA 1JULA 1WAUA 2C19A 3L0GA 5AHFA 3PG8A 3DFTA 4JR5A 3GKFA 1KM6A 3UWZA 1TQXA 3QMTA 3I6RA 3GX9A 4O0ZA 1PL9A 4OE7A 3C56A 3CIXA 2E5BA 4XWUA 3W75A 3FKRA 1R47A 1PVNA 1VLIA 5FEXA 3GAKA 1ICQA 5FF4A 3W2KA 2G96A 3E02A 4O19A 3NAVA 1TTIA 2ZRXA 4K7YA 7TIMA 5KZDA 4DF0A 2EAWA 1H50A 2Y62A 1VZWA 4I7WA 1H7WA 1KLZA 2C18A 2QF7A 1K3UA 3ABQA 1GVOA 1UBSA 1A50A 3TUUA 5H2ZA 3R5EA 5H91A 1VS1A 1M5WA 4TMBA 3LV6A 5AFDA 5AYXA 1SZNA 1H7PA 1EP1A 2E6FA 3L65A 4MPQA 1RQEA 4LS2A 3WK1A 3TFCA 1YDNA 2A4AA 1H1YA 5EBUA 3CM4A 2QAPA 4CQAA 2NUYA 5DXYA 4EVZA 3WJSA 4AVFA 3LHZA 1ICSA 3T7VA 3TDFA 4NXSA 4IMDA 2DJLA 4LS0A 3B05A 2Q3RA 3PF3A 3QMSA 1TPH1 3OVPA 1RV8A 2QCLA 4QISA 5AHNA 1VRDA 4O14A 4O53A 2VKZG 4KWVA 3NPUA 5CSRA 1Q6LA 3PUEA 1RZMA 1KV8A 1DL3A 4FNRA 4PL1A 3E49A 5BNKA 3F4NA 2YZRA 3UXDA 2CFFA 3TJXA 5DY3A 1RPXA 3IGXA 4AAJA 3W1AA 2NX3A 1H51A 5BW6A 3NQEA 1GJPA 2DZXA 1FBAA 1ZAJA 2B7NA 1GYNA 3D0CA 1MEWA 4Q4KA 2ZRUA 3S5NA 2JK2A 3C2FA 4WXYA 3PY2A 1QWGA 2QCHA 3HQ1A 3L5MA 3STCA 4ADUA 2Q8LA 3QW3A 1YYAA 4FF7A 3NPVA 3SJ3A 1TPEA 4O8RA 2NV1A 5I3HA 3C8FA 2A6LA 4JYFA 3UPBA 2ZDRA 3W7KA 2Y6ZA 3MBFA 3AO0A 4FXRA 1RD5A 2HSAA 4IXHA 4BI7A 4HNUA 3TJLA 1QNVA 4YCPA 1B4KA 3G18A 4AEOA 2FPVA 2FPYA 3IV3A 4FXSA 1SZGA 4M7TA 4CCEA 1XDLA 5K9XA 3DI1A 4UR8A 1F6KA 1S5WA 3GAYA 4PODA 5K2ZA 3S1UA 5IBXC 3EWYA 3O05A 3P5YA 5A5WA 4A21A 4B5NA 3KOFA 1EIXA 1QFEA 1UB3A 1KFBA 4JX6A 3TC7A 3TU9A 4DXVA 1XI3A 3ATZA 1SW7A 4BI5A 3DU0A 3YPIA 5F4XA 4YWIA 5AHEA 1IF2A 1TPFA 2E6DA 2OT1A 2Y7DA 3P67A 1QOQA 1HUVA 4R34A 3O15A 3HGSA 1SFJA 4MY8A 2NZLA 3NQFA 2IQTA 3NR0A 4HHPA 2NXHA 2VEMA 3LHUA 4UTTC 1ZY9A 3T40A 2O7SA 4OBTA 1FX6A 3DH7A 3L67A 2FTPA 5CZ0A 2VEIA 2QJIA 1YPIA 4QQ3A 3G0XA 2V0TA 5FF2A 4RZ5A 3W1RA 2BSLA 4OWGA 2X2GA 1G69A 5LHEA 1SW0A 1KM4A 4AF0A 4UCGA 3FOKA 5KZMA 2FB3A 4ORMA 1SSGA 3BW4A 3M1ZA 2E09A 3G1FA 1O5XA 4YMZA 1OG0A 2Z6JA 3M7WA 4JDBA 4KKXA 3N3MA 1W1ZA 1G7UA 3DHDA 1WX0A 4HNNA 4WY0A 1O94A 4BWLC 3P8IA 3W76A 3BLFA 1T0OA 4Z1DA 3UPWA 5E0KA 4MY1A 2VFEA 1KA9F 4E38A 1WBHA 4AMAA 2I14A 1TJPA 5D2YA 2TRSA 4NJIA 1H7XA 4AWUA 2NWRA 1P0KA 3W3OA 4LRTA 3F03K 1VCGA 3P82A 5I3IA 2TPSA 2H3BA 1NSJA 5U4NA 1T99A 1F74A 3QSRA 2A7RA 1XXXA 3Q94A 4LTSA 4XQ6A 3IIXA 4AXKA 3W83A 1L2UA 1EX5A 4XTIA 2HS8A 3B0PA 1DV7A 1LZOA 3W7EA 2Y89A 3LV5A 4L4LA 4IGHA 3UNDA 1FDJA 3RK8A 2HTMA 5FESA 1VQTA 1ZENA 4DPQA 3IGUA 1OHLA 4MY9A 4CLMA 3NGJA 1VPXA 3P74A 4K36A 4TR9A 1LDCA 1YLVA 3GDTA 4KFPA 1Z48A 4QM1A 4PH6A 2E6AA 1UJPA 4N4QA 1ONRA 2V9DA 1BWKA 1IIGA 4KFOA 4NNAA 3LX9A 3P81A 3RU6A 1PHQA 3P7YA 1W8SA 3GXPA 3ABSA 3TSDA 3FYOA 3W7PA 4O57A 1SO6A 2J9YA 5AHIA 1Y0EA 1ME7A 5CG7A 1JCJA 3W1NA 2NWSA 4FIQA 2C14A 1DJQA 1L9WA 2J9XA 3O06A 1TCDA 3PUOA 3LCWA 3G0SA 3DHFA 4KFNA 4UXDA 4ADSA 1I8JA 1X8FA 1FWRA 4Z0SA 5AC6A 2VFHA 2RFGA 2GUUA 1SFLA 2EKCA 4H6KA 4NJGA 3A23A 5HUOA 3LTPA 3UZJA 1XC4A 3P5ZA 5I3GA 3EEGA 4M7SA 3EX1A 5HR7A 3LCGA 5LNUA 1P5BA 3LXBA 4TX9A 4H3DA 5C55A 4ZQRA 3TW6A 1K8YA 1SSDA 2V30A 3W2UA 4ONVA 1A5AA 2V2CA 5AC7A 1ICPA 3KFTA 1NEYA 4HPJA 3WJXA 3INPA 2EGZA 3MW7A 4GUJA 1TJRA 2JGYA 5LNWA 1JCNA 1P1XA 1W3IA 3NO5A 1D3HA 2CU0A 5TIMA 2YW3A 1FY6A 5C5YA 3LHWA 1T96A 3SY5A 1YDVA 3BGJA 4O18A 1R2TA 4N9DA 1OX4A 3G0UA 3KRUA 3QC3A 2W79A 2E6YA 3WFAA 5HINA 4Y9AA 1IXOA 2R91A 4PA8A 5D2XA 1YADA 4MYAA 4GE8A 3PVFA 3DKLA 1VCVA 3LXCA 1DVJA 3TCEA 1OYAA 4ZL1A 4DQWA 4UIOA 1PHWA 4K7VA 1OFPA 5EY5A 2ZRYA 1W3TA 4AH7A 2JBMA 2I9EA 4TMCA 4MFDA 3QPYA 5AN7A 4K38A 5SWUA 5G1TA 3DFSA 4IOTA 3N14A 2VC6A 1QCWA 1TTPA 1YTEA 4JTLA 2VEPA 4UTKA 3LLDA 5EYWA 3DKJA 3UWQA 4LVBA 1THFD 1O60A 1XUUA 3W23A 2TSYA 1AL7A 4UTMA 1XDMA 4I7UA 5D38A 5LNRA 1UUMA 1YDOA 3EWZA 3WJYA 1H63A 2YFOA 4EF9A 4IUOA 2V5LA 4MUZA 1OFRA 5CZTA 5F2IA 3G8RA 3B8DA 4RX0A 1SQ7A 5TBOA 3RMJA 5I3FA 2WOQA 5HULA 4LUJA 1JVNA 3T78A 1O4UA 5D2VA 2OX1A 4LVFA 3OHIA 1C8VA 1TIMA 4JTIA 3FYPA 1DQWA 4A29A 1PV8A 4NZJA 4TIMA 4JTFA 2A6NA 3EX4A 2H6RA 2FDSA 4HNVA 1KFCA 4JX4A 4RJEA 1F7BA 4JNMA 2WNQA 4O4WA 1YXDA 3C2EA 5I3KA 2AGKA 4GC4A 3T44A 1LP6A 1TRDA 3LTYA 4BK9A 4M6QA 1D3GA 1YTDA 4DO5A 3W7NA 2FPTA 1EUNA 1GVRA 5C54A 1XFBA 4Y90A 1W0MA 2DZUA 1TMHA 1M6JA 1XL9A 3PM6A 2E5CA 3SSJA 1OFQA 3LXAA 1W37A 3R2GA 4WUIA 2PCQA 5FF3A 1N8FA 3BK0A 2QCMA 2ZRZA 2QDHA 4XTDA 4JN6A 1ADOA 3FJ6A 1GTHA 2V8ZA 1NAL1 1GVFA 3OVQA 3DZ1A 3GLCA 3DENA 1KW1A 1JQVA 1SPQA 3I7SA 3BGGA 3IIVA 1DBTA 2A7NA 3LCHA 2ZZ5A 4OQVA 4N02A 3P62A 1I45A 4JIQA 2OZ0A 2CLOA 3EWBX 3W7HA 3L0KA 5CPMA 4FEZA 3DFQA 2ZZ2A 4ZQNA 2PRMA 5G5IA 5HMSA 3DBPA 1W5MA 3LM7A 3NQMA 1X6UA 1L6SA 5KZEA 5ABTA 3HGOA 4O0KA 1GT8A 2ZA3A 1LOQA 1AW5A 5G2WA 5DCDA 3C3NA 3TFXA 1UASA 1VR6A 1F05A 3KX6A 5G4EA 1FDYA 3W2MA 3W7CA 3WK3A 2Y61A 1FDZA 2JGQA 3VI2A 1LBFA 5CZJA 3TC6A 4YLWA 3KVLA 1G67A 2ZBTA 1A53A 2CLEA 2QUUA 2WSYA 3LLFA 4J9JA 5DELA 3L21A 3THAA 5DCBA 2BWGA 4IMFA 2F7FA 5FF7A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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4QQ3A

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