4R27A

Crystal structure of beta-glycosidase bgl167
Total Genus 168
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
168
sequence length
417
structure length
417
Chain Sequence
NPFPQDFLWGVATAGHQVEGNNVNSDVWFLEHLPGTIFAEPSGDAVDHYHRYREDIALIAGLGFTSYRFSVEWARIEPEEGHFSVAALDHYKRVLEACREHGLTPVVTFHHFASPLWLLRSGGWEGERTPELFARYCGRVMAHLGDLIGVACTLNEPNLPWLLESFGIGGEAPENRGKVPMWAAAAQRLGVDASTVAPFQFCSTEAGFNVKLAAHKAATEAIKAHRPDLRVGWTLANSDIQSVPGGEEIAAQVRRDVNERFLEASRGDDFVGIQTYGRTVYGPDGHAPAPEGVAVNQMGEEIYPQALEATIREAWRVAGIPVMVTENGLATEDDTQRVAYLRTAVDGVASCLADGIDVRGYIAWTAFDNFEWIFGYGPKFGLIAVDRSTQERTPKESARWLGNFARQQAPAEAPQPA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Rational design of a beta-glycosidase with high regiospecificity for triterpenoid tailoring
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glycoside hydrolase
molecule tags Hydrolase
source organism Microbacterium sp. gsoil167
total genus 168
structure length 417
sequence length 417
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.-:
pdb deposition date 2014-08-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4r27A00
3DECA 5I79A 3GM8A 5A6KA 1SYTA 1KXHA 3L4VA 1WZKA 1VFMA 4XB3A 3KWXA 3AISA 2EQDA 4TUFA 1HJWA 3NSMA 3RILA 5CPTA 2GDUA 1W2VA 1TG7A 3WN6A 4PMUA 2YLLA 3AZRA 3LPGA 1GOMA 2CETA 2DT3A 3W81A 5CJ5A 1K6AA 4CU7A 1GQIA 4Z2KA 1AQHA 1V02A 1C90A 3WQWA 2PBOA 2G8ZA 3GXIA 2CEQA 4QLKA 1GQKA 3ZJKA 2ZUTA 2B31A 1N82A 1NWRA 5I78A 3WL1A 5D8WA 2YIHA 1EGZA 2PWHA 3AOFA 4J28A 1QNQA 2WWCA 1X6NA 4J3XA 1HVQA 3NUKA 4WKFA 1ISZA 1MQPA 3TP4A 2YKKA 2VL4A 4EK7A 4GZJA 1UD5A 1H49A 2PWGA 2YLAA 3SEPA 5CSYA 2FDMA 2ZXBA 3WD1A 3WENA 5A69A 2FHCA 3UEQA 3WD2A 1OM0A 3B9EA 1KR0A 3WNPA 5BXTA 3AYRA 2OYKA 1BHGA 3SUVA 3UR7A 1G9HA 2PWFA 1UZ4A 5BWFA 3WD0A 3CHFA 5A2AA 4WF7A 3K8KA 4N0RA 1CZ1A 1GOOA 1H0IA 1DWJM 1EO5A 1VEPA 5ABFB 4HPGA 5DO8A 1JDCA 1RH9A 1WAWA 2YDRA 4PUEA 3PHAA 2PWEA 5JBFA 3DC0A 2UY3A 3M46A 3PZ9A 1NARA 4NRRA 1XYZA 1E40A 4X9YA 4UFIA 4A3YA 4KWUA 4IPLA 2WC3A 3DYMA 3VD5A 2YA0A 1IZJA 4Y7EA 4CN1A 2DIEA 1AMYA 2EPOA 3W26A 5BRPA 3EDEA 4LYPA 1OB0A 2ZIDA 2QLYA 5AY7A 4OOUA 1CLVA 3IAQA 3G6MA 2WC7A 1W91A 5CG0A 2CBUA 4JIEA 1E9LA 2D2OA 3D5HA 1V0KA 4Z2IA 4D1IA 5A6SA 1JXKA 2ESCA 3GXMA 2ZUUA 2QHAA 2Z1SA 5FD0A 4H2CA 4KGJA 1JZ6A 1CECA 2XSBA 3VM5A 3CUGA 2A3CA 1EA9C 2AOSA 1M7XA 4AZ6A 4J3UA 5IXEA 2VZSA 3GDBA 4XZBA 1E4LA 1CXKA 4QFUA 1B1YA 3WQVA 4CU8A 5BROA 3AYSA 1FHDA 4QAWA 2XWDA 1GONA 4NF7A 1E5JA 3HJEA 3W6MA 2C7FA 2X0YA 4F9DA 4W8BA 2WLZA 1WDSA 5A6AA 3PZGA 3CZKA 3VVGA 5C8BB 5FL1A 4W7VA 3BAJA 2CBIA 3VDBA 2DEPA 4PCTA 3N9KA 4UQ9A 2W5FA 4MDOA 4HZ7A 1R85A 5ABEA 4C7DA 2JIEA 1A3HA 1C92A 4LPCA 4FLSA 2CYGA 1V08A 2VOTA 4BQ4A 4KGLA 1E1FA 1OWQA 1MW3A 4AISA 2D3LA 1EO7A 3ARZA 1W3JA 4HZ6A 4FLOA 2HISA 1HP5A 3L4UA 2JIWA 3T0BA 1HKIA 5I3DA 3THCA 1WZMA 1QI0A 4WKHA 3SURA 1Q6EA 4ML4A 5CZKA 2WSKA 3W25A 3VMPA 3WNOA 1VJSA 1US3A 2W67A 2ZICA 3OZOA 2J7EA 3G6LA 4MPKA 2V38A 3W38A 1VJZA 1SMAA 1ZJAA 2WMJA 1UKSA 3VGEA 1GPFA 1JF6A 1BLIA 4MJ2A 4J7RA 1V03A 4EANA 3ZR5A 1BYDA 5ECUA 2UWFA 1P6WA 1BFNA 3VX1A 1CYGA 2Z1KA 1HJSA 4CD7A 1E72M 1MQRA 1VBUA 5AC5A 3BGAA 1UKTA 3AMLA 3OB8A 1GVYA 1HT6A 1OD8A 5DMYA 1JZ7A 5CLTA 1AQ0A 3AHTA 3ZMRA 3WQ6A 1PPIA 3VTRA 1ZJBA 1V6WA 2BVDA 1EDGA 2A3AA 4JKKA 4AD3A 2G4FA 3NYDA 2GUYA 3VGFA 1LF1A 4HA1A 2BXYA 3WNMA 3SUTA 3POHA 1JD9A 1UR4A 3AMGA 1CGUA 4NI3A 3MU7A 1JYNA 1UA7A 2UY5A 4R5EA 1JI2A 4ZE4A 4PMRA 5IHSA 1W9DM 1GJUA 1E0XA 3I3EA 4LXFA 4AZ5A 3SCWA 3WQ5A 7TAAA 5A6BA 3F4VA 1FP8A 3THDA 4GKLA 3WELA 2WMGA 1TZ7A 4A4AA 2AMGA 1DWHM 4H8HA 4GI9A 5HPCA 3ARRA 4GXPA 4TTUA 1J0KA 4YHGA 4CVUA 1PIFA 4C7FA 3VOCA 4CCDA 3K46A 3IJ7A 4PMXA 4YHEA 5A6BD 3RCNA 3S6TA 3N1AA 1UH2A 4UQCA 3MKKA 4UQEA 4EE9A 3KL5A 3OGSA 4OBRA 2DSVA 3GNPA 1D3CA 2ZWYA 1O7AA 3NSNA 3SCRA 4BQ5A 2OYMA 2BNJA 2GFTA 2WKGA 3AS0A 3B9AA 1E3ZA 8A3HA 2OSYA 4AZBA 2MANA 2HVMA 3DHPA 1HXJA 2YOCA 3VIHA 3PN8A 3ECQA 4FK9A 4F8XA 4AMCA 2EJ1A 3CO4A 4A3HA 3NDZA 3MMUA 4PRWA 3VNZA 4DWSC 5DEZA 1KWGA 1OGGA 1FH7A 1TE1A 1BPLB 3N15A 4MNJA 2CIPA 2DSKA 2RGLA 4DWSA 2CERA 5CLWA 3AZTA 3OLIA 4AWEA 1QHOA 1XD1A 2XTKA 4X0VA 1MW2A 1R8LA 1C93A 2OSXA 3WDIA 4V2XA 3U5YA 3FW6A 1H4PA 1WNOA 1ZS2A 4DM1A 3VDHA 2WVTA 4M80A 1E0VA 1W3KA 4CD5A 4S3JA 2JEPA 3F5KA 4V28A 2J7HA 1UWIA 4HOZA 3UETA 5A8OA 5BXRA 3ARSA 1J9YA 3CUIA 3ZO9A 1WKYA 4UFKA 1QNPA 1C7TA 1HKJA 2WZEA 1V3KA 4J3SA 5A2BA 3K4DA 3FXYA 3CZEA 3WDPP 1QW8A 4HZ8A 4B15A 2EPMX 1DWIM 3SUSA 2GJXB 4NSBA 4H04A 1PX4A 3K8MA 4AD0A 3VIJA 4IM4A 2VRQA 3SCNA 1XYFA 4PBGA 4PUDA 4AZIA 4W5ZA 1EOKA 4OIFA 1CDGA 1GORA 1JZ3A 3WDRA 5E70A 2JFEX 6CGTA 1BYAA 1PX8A 4CUCA 4DUWA 1V0NA 4U31A 4D72A 5GQBA 5GPRA 5A8NA 1E70M 1QHPA 4ACZB 1MW0A 3L2LA 4OBSA 2FGZA 2D20A 3CHEA 2OWXA 3GBEA 4M1RA 1GJWA 4JFSA 3UCQA 2J8FA 3RJXA 3AIRA 2ZXDA 4ATDA 1F4AA 4DM2A 3WNNA 2VVNA 5LA1A 3GBDA 1Q6FA 4H8UA 1QNRA 1W9PA 4PMDA 4W84A 3O2LA 3UESA 4E8DA 2F8QA 4AYSA 1E0WA 1E4NA 1MWOA 4WSKA 2V3EA 1UZ1A 3AROA 3A4XA 1JF5A 2W62A 4FMVA 3VDAA 3T2OA 3IJ9A 2EPKX 3QR3A 2X05A 2VCBA 5JBDA 5D9PA 4D71A 3IJ8A 3B9DA 1PIGA 3POCA 3I3DA 1H11A 4AZGA 2W66A 4MNLA 4TXEA 2WVVA 4AD2A 4W93A 3QHNA 2VRJA 2J4GA 4JFWA 1E6RA 2JF6A 1OD0A 1E6ZA 1FA2A 1ZBWA 1J0HA 2GJRA 1C8YA 3MSGA 1EOMA 1JYWA 4PMYA 4ZEPA 1LG1A 4ACYA 2VCAA 1ECEA 2BVYA 3GH4A 4B9YA 1E71M 4AEFA 1CEOA 1W9VA 2XM2A 3BCFA 1NOWA 2DQXA 3L4YA 1KQYA 4W7WA 1H09A 4AIOA 2E9LA 3DYPA 3SIMA 2CHNA 2CCRA 1B0IA 4OKDA 1GOQA 3WNLA 4UQAA 3TTOA 1TFVA 5A95A 3AI0A 3BC9A 2BVTA 1J11A 1QBBA 2DGAA 2GJPA 4NRSA 3WH5A 1MQQA 4AD4A 3BAKA 3II1A 1UYQA 4GIAA 3KL3A 3TOPA 2IXVA 3SCOA 4CKQA 2XFFA 1FH8A 3WH9A 2GJXA 3OLGA 2W61A 1E4IA 2YL8A 1UWSA 3AXHA 1TR1A 1FH9A 1OGSA 1AVAA 3PZQA 4UOJA 5CQ1A 4P7LA 1BGAA 4IISA 1BYCA 4CN4A 3RMEA 1C3FA 1QI5A 1B30A 3HN3A 1HX0A 1M53A 3AIQA 4W8AA 4ACZA 5A94A 2X1IA 3GNRA 2D3NA 2J77A 1QI3A 4TVDA 2XVKA 5JBEA 1BG9A 3T2PA 1VAHA 4UFMA 3N17A 1JNDA 4M56A 2ZUSA 1UR9A 2CKRA 4QCEA 1HNYA 2XG9A 4F9JA 2O9PA 3ZT6A 1K9DA 4RL3A 1JIBA 2V5DA 3NCOA 1V3MA 1PBGA 2FHBA 2E40A 1DWFM 5D9MA 1NOFA 2XVGA 3OBAA 2YBUA 3VIFA 3GYCA 2XSAA 2PI6A 1KBBA 3N18A 4W87A 3WBEA 1FOBA 3PTMA 1CENA 4AZHA 1XSKA 2J7CA 1CBGA 2X0HA 3VDCA 4MJ4A 4HOXA 1ZL1A 2VT0A 4MNKA 1HF6A 2J74A 3EDKA 3NSXA 1D7FA 4W8LA 1NM9A 3RIKA 2VUYA 2O9TA 1LJYA 1CXEA 1NP2A 3AIBA 5FL0A 2BY0A 2WHLA 1NQ6A 2WYSA 3PTKA 1MFUA 4MAZA 3E1F1 1E15A 3OLEA 1F4HA 1CXFA 4JFVA 3AXXA 8CGTA 3SCPA 2DT2A 5M03A 1QBAA 3ARPA 3UG4A 3T0AA 3VGBA 3UG3A 3BSHA 1UH3A 4N42A 3GZAA 5CPSA 5EFFA 5LA2A 1EHAA 3MUY1 2A3HA 3MUAA 2WMIA 1GCYA 2W92A 5HNNA 1UWQA 4IPNB 1BG4A 4AY1A 1B3WA 2WMKA 3OLDA 3RO8A 4TX8A 5IFTA 1ISXA 1MXDA 3L2MA 3GH7A 4EAMA 3N11A 5CGTA 2BY2A 1A47A 1KCKA 1H0GA 4S3KA 1K9FA 2JE8A 1JFHA 2FGLA 1FP9A 4YPJA 4HU0A 1V6YA 2WZHA 2VCCA 3PZNA 1X1NA 1VF8A 2YA2A 4XUYA 1ZB5A 2QV4A 5GNZA 1C8QA 1W1PA 1SMDA 2XFYA 1EQPA 1XRVA 4H7VA 2G3NA 4D1JA 3CTTA 4R27A 2JEQA 5LA0A 4ZE5A 3IANA 2GSJA 1WPCA 4HOWA 1QOXA 2J78A 4HMEA 4P8VA 4GQRA 1BAGA 1KXVA 3AFBA 1I75A 3WFZA 5TD4A 4DWSB 2CITA 1KGXA 1GHSA 4TTGA 2J47A 1E6NA 4U3CA 1VENA 2CBVA 2C0HA 2Y2WA 5I5RA 1ESWA 4LX4A 3WF4A 1XCXA 4AW7A 2XVLA 4PN2A 2VC9A 1GOIA 4J3TA 3W29A 1L8NA 5IDIA 2VX6A 4D6EA 1ZU8A 5F7UA 3N13A 2D23A 3WUBA 1JL8A 3WF1A 1JZ8A 3CZ8A 1O6IA 2VVSA 3ARWA 5FKYA 3ARTA 2BHZA 3QOMA 1TA3B 1C7SA 1E55A 2CBJA 1HL8A 1JYXA 1J12A 3KEHA 4MNMA 4IUGA 2WB5A 3QGVA 3TTYA 1LQ0A 2G41A 1J10A 3WQ4A 4OUEA 1UD8A 3WMBA 5HOSA 2EBNA 3AHXA 1H3GA 3EMCA 2WBKA 4BZYA 4U3AA 4W5UA 3AMDA 4PTMA 4D6IA 1E43A 1XCWA 4AD5A 4TVCA 3B8SA 3SUUA 3WUFA 3WFLA 2YL9A 3AQUA 1NH6A 1E6PA 3ARVA 1XSIA 5E0CA 1UR1A 4P7QA 3MS8A 4BCEA 2ZUNA 1QW9A 5A8MA 1G1YA 4PSPA 2WAGA 2G3MA 4LYQA 2V3FA 1Y7VA 5AC4A 1LWHA 1HVXA 1KXTA 2DSWA 3CUHA 5JIWA 2WK2A 1B3VA 1OBAA 2F61A 2D0GA 4PTWA 1HKMA 4PTVA 2NW0A 3UR8A 1TUXA 3CZLA 3W0KA 4GPNA 2PBGA 4WJXA 3BLKA 1CWYA 5D4YA 4ZENA 3VINA 4AZ7A 3N12A 3AHVA 1ISWA 1TVNA 4LYRA 3A4AA 1G5AA 3AIEA 2QPSA 4MB1A 1ITCA 2ZOXA 3AIUA 1OGBA 1UOKA 2VMFA 2GVYA 2OYLA 1M04A 4AIEA 4UTFA 2TAAA 4CD8A 5I6SA 1XH2A 1HKKA 3QHMA 3RPMA 5CGMA 2WHKA 3BMWA 2J7BA 3W37A 4M24A 1BYBA 1NWSA 5JUVA 3ZR6A 1G01A 1WO2A 3FY1A 3U7BA 4QP0A 4B16A 3ZJ8A 1PJ9A 1XH1A 2WVVB 2XM1A 4JFTA 1H2JA 1JDAA 4J3WA 1VBRA 1R7AA 1RPKA 3GXFA 2WMHA 5CPQA 2VQTA 2VJXA 1MVYA 1Q4NX 3FHQA 1JZ5A 3WMCA 3WD3A 1KFWA 5D9OA 1UQZA 4UQDA 3AHYA 4Z2JA 4HTYA 1WP6A 4DWSD 4M8UA 1DTUA 4GZIA 4GI6A 4MADA 5D9NA 1JZ2A 2CESA 1CGVA 3ZQ9A 1VFFA 2BY3A 2EPNA 3BAWA 4XV0A 3QHOA 4HA4A 6A3HA 3GH5A 2NT0A 3MO4A 2JF7A 3W24A 4E8CA 3WEMA 1DWGM 1TA3A 4URIA 3VILA 3VD9A 1EIBA 4Z2HA 1PX3A 2WWDA 1XV8A 5KZ6A 2WMFA 4D6GA 4GO9A 1E6SM 2D24A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3DEC A;  5I79 A;  3GM8 A;  5A6K A;  1SYT A;  1KXH A;  3L4V A;  1WZK A;  1VFM A;  4XB3 A;  3KWX A;  3AIS A;  2EQD A;  4TUF A;  1HJW A;  3NSM A;  3RIL A;  5CPT A;  2GDU A;  1W2V A;  1TG7 A;  3WN6 A;  4PMU A;  2YLL A;  3AZR A;  3LPG A;  1GOM A;  2CET A;  2DT3 A;  3W81 A;  5CJ5 A;  1K6A A;  4CU7 A;  1GQI A;  4Z2K A;  1AQH A;  1V02 A;  1C90 A;  3WQW A;  2PBO A;  2G8Z A;  3GXI A;  2CEQ A;  4QLK A;  1GQK A;  3ZJK A;  2ZUT A;  2B31 A;  1N82 A;  1NWR A;  5I78 A;  3WL1 A;  5D8W A;  2YIH A;  1EGZ A;  2PWH A;  3AOF A;  4J28 A;  1QNQ A;  2WWC A;  1X6N A;  4J3X A;  1HVQ A;  3NUK A;  4WKF A;  1ISZ A;  1MQP A;  3TP4 A;  2YKK A;  2VL4 A;  4EK7 A;  4GZJ A;  1UD5 A;  1H49 A;  2PWG A;  2YLA A;  3SEP A;  5CSY A;  2FDM A;  2ZXB A;  3WD1 A;  3WEN A;  5A69 A;  2FHC A;  3UEQ A;  3WD2 A;  1OM0 A;  3B9E A;  1KR0 A;  3WNP A;  5BXT A;  3AYR A;  2OYK A;  1BHG A;  3SUV A;  3UR7 A;  1G9H A;  2PWF A;  1UZ4 A;  5BWF A;  3WD0 A;  3CHF A;  5A2A A;  4WF7 A;  3K8K A;  4N0R A;  1CZ1 A;  1GOO A;  1H0I A;  1DWJ M;  1EO5 A;  1VEP A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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