4R34A

X-ray structure of the tryptophan lyase nosl with tryptophan, 5'-deoxyadenosine and methionine bound
Total Genus 152
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
152
sequence length
384
structure length
384
Chain Sequence
GDFVLPELEDVRAEAATVDTRAVLALAEGEEPAESRAAVALALWEDRSIGTAELQAAAEARCGARRPRLHTFVPLYTTNYCDSECKMCSMRKGNHRLDRKFSGRKEITEQLEILYHHEGVRGVGFLTGEYEDKHTRLASAFRIGWAIRTALDLGFERVYFNIGSMEQDEIDVLGEWIGREDPVTMCVFQESYDRETYRRFMGKTSVGVPKADFDRRVVSFDRWLDAGYRYVNPGVLVGLHDDLSAELVSLVAHGDHLRSRGATADLSVPRMRPAMKSRDTTRVGDDDYLRLMSVVAFTCPEQRLVLTTREPQEFQDVALGLAGVISPGSPDVAPYRAGCEARNDEKSSQFLVADLRRPRHILGRIEASGTPVDHFVNPAGEASR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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connected with : NaN
molecule tags Lyase
source organism Streptomyces actuosus
publication title Crystal Structure of Tryptophan Lyase (NosL): Evidence for Radical Formation at the Amino Group of Tryptophan.
pubmed doi rcsb
molecule keywords NosL
total genus 152
structure length 384
sequence length 384
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-08-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF06968 BATS Biotin and Thiamin Synthesis associated domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4r34A00
1OFOA 1TRDA 4PEKA 1MEWA 4AHOA 2PC4A 4O0KA 3PVFA 3NXFA 5F2IA 4CQAA 3FEMA 3G1DA 1TPUA 2ZRUA 3MBDA 1M7PA 2GQ9A 5CZSA 4JIPA 4BR1A 4FIQA 4AF0B 3P7YA 4WZHA 4PA8A 3B8DA 3EX3A 2C6QA 4JTTA 1Q6OA 1ZCOA 1TRIA 3N14A 1F2JA 2DZTA 5FF7A 4LW7A 5DBUA 1XDMA 3DHDA 1I2PA 5DXYA 3C61A 3ELFA 1DVJA 4BF9A 2GQ8A 1KFJA 2BX7A 5BNKA 1L6SA 5BW6A 5D09A 1ME8A 4O4VA 1EUAA 1ME7A 2TSYA 3OVQA 3EWWA 4OV9A 5G4EA 4TMCA 1A5SA 7TIMA 3DZ1A 1ZY9A 3L0KA 4GUJA 1H60A 4N9CA 2NUXA 3C2EA 1SO4A 4NX5A 2OT1A 1VCVA 3UQNA 2RDTA 4WX2A 3RU6A 2Z6IA 2F84A 3NPVA 5LNUA 4O18A 1HTIA 1LRTA 2Y6ZA 1DV7A 2Y7EA 2ZA3A 1FDZA 2PRMA 4M6PA 4UMBA 4AEOA 5FEZA 2B7NA 2C3ZA 5DLCA 3L67A 3G24A 1A5AA 3O1NA 4JYFA 5BMWA 1G6CA 3HGJA 3G18A 1TTPA 4R33A 3O06A 3LI0A 2XN1A 4JTSA 3U2OA 3TSDA 1IXNA 1I45A 5L9FA 4TO8A 3O8AA 4O10A 2V30A 1KM1A 4RXFA 3M6YA 1TJPA 3GXTA 4M19A 3EWYA 4DXVA 4UC5A 1ICSA 2VFIA 3G3MA 2Y89A 3P5YA 1YDNA 3T4CA 4NJHA 3P8IA 3S1XA 2CLMA 5K9XA 3W74A 5AYYA 3U6WA 4XKYA 1PIIA 3MYPA 3NG3A 4IXXA 3RNDA 3NQ2A 1J4EA 4GWEA 3W83A 1ML1A 1NSJA 3BPWA 3C2VA 3UWVA 1TYGA 2ZRZA 1HFBA 3QPZA 3W86A 4PFMA 1M7OA 2XN2A 4JXCA 3CQ0A 2VEPA 4XWUA 5D37A 2E6YA 1L9WA 3S1WA 3E9AA 4IQLA 4GNJA 2Z2UA 3FA5A 4DEFA 2CLFA 1NAL1 5LHFA 3SY5A 3W76A 3MHUA 3MHFA 5CPOA 1LCOA 1VR6A 2ISWA 1L2UA 3CEPA 4K8EA 3S1VA 5C54A 3W7GA 1W31A 3WJYA 2R14A 1FXQA 1V5XA 4DF1A 1QO2A 3UY8A 4BI7A 2A2IA 3TW7A 2FB3A 4UUIA 3DHFA 1F73A 3NQVA 1D3GA 3HF3A 1XFBA 2E5CA 2ZZ7A 1GVQA 5CKSA 2WV8A 1Q6LA 3QMRA 3UNDA 5D2XA 1UBSA 1OX4B 2A21A 3S5YA 3R5EA 2NX3A 3LHYA 1R2SA 1GZGA 1ZALA 2TMDA 3Q2DA 4JR5A 3PM6A 3FKRA 3CIWA 3PC0A 4IOTA 2ZZ3A 4ZZ9A 2X1UA 3TXZA 4AHQA 1FUYA 3NQEA 3CC1A 4OBTA 1KTCA 3TW6A 1I4NA 1B3OA 3TKFA 2NWSA 5LKYA 3A5FA 3DFNA 3IIZA 4JTLA 1MXSA 5DN1A 1EUNA 1B4KA 4ADUA 3KVJA 3C4UA 4AB4A 4NU7A 3BLIA 3TC6A 2X30A 3SJ3A 3IVUA 2I9EA 1Q6RA 4OHQA 1JRBA 1O60A 4M6QA 1L6WA 3W73A 3HG5A 3W9ZA 3BW2A 3IV3A 1VJIA 1LOSA 1YXCA 3G1FA 1TJRA 4JTIA 3RK8A 2H8ZA 2XFWA 1XBYA 2ZZ1A 3DH7A 1F5ZA 3KVLA 3NQGA 4OV4A 4YL2A 3SI9A 5AB3A 1GG1A 5D02A 1M6JA 3EX4A 3GIYA 2QCDB 3RLVA 4O0ZA 1OYCA 4UFIA 1VCGA 4FXRA 2EGZA 1MO0A 1KFEA 3LCFA 5HUOA 3H55A 3ABOA 2BLEA 1OYAA 5L6UA 4A21A 2I14A 3IIOA 3O63A 1KM4A 4O17A 3L5MA 5KSWA 4JEQA 1TPWA 3NAVA 2AQWA 1H63A 4FB7A 3LRKA 3G1SA 1TMHA 3W2KA 4QQ3A 3STGA 2PRHA 5BOOA 3QMSA 4Z1BA 3HG3A 4XZ9A 4JX5A 1W5NA 2CLEA 4RLIA 3DU0A 3C0JA 5EMUA 2HS6A 2ATSA 2QCHA 1HL2A 4I7VA 3W07A 3MUXA 1TREA 1XI3A 2I1OA 5AN7A 1YTEA 3LCWA 2VEIA 2YX0A 4HSNA 4M5PA 5DY3A 2X1SA 4UTJA 1YLVA 4FIRA 5A5WA 3E0IA 1OHLA 5EBUA 3R8RA 2V9DA 3PG9A 4K7VA 1YTDA 3N3MA 3WFAA 2V2CA 1DL3A 4NJIA 1UUOA 3GVGA 3E49A 4NX0A 3LI1A 3GKAA 4DF0A 4E2BA 1F7BA 4I9AA 5DY2A 2OT0A 5F1VA 5AOUA 4LRTA 2ZTKA 1EWEA 4H4IA 3NGJA 4CNPA 2GVGA 5AHFA 2E6FA 3THQA 1OF6A 4AAJA 1H62A 3TU9A 5BMXA 2NX9A 2BXVA 4I7UA 1UB3A 1BKSA 1ADOA 1MEHA 5HWJA 3DFTA 3G0SA 3BLFA 3TDFA 1W3IA 3SIZA 1EP3A 2H3BA 3W2UA 4CNNA 4UFJA 2Y88A 4FNSA 3EKLA 1KTNA 1LORA 4FHAA 4NJGA 1JCXA 1THFD 1U5JA 4UFKA 1VPXA 3FS2A 1FWRA 5E93A 2V5LA 1OF8A 4PL2A 2DZUA 4DO5A 3QW3A 4K8HA 1FQ0A 4JTJA 1AL8A 3O05A 1P0KA 3GX9A 3NQFA 4O13A 1K8ZA 3JR2A 3TC7A 3C52A 2FQIA 2FLIA 1VC4A 5LNWA 1KV5A 2FPTA 1QAPA 1R2TA 1RV8A 1XXXA 4GUFA 3TQVA 1LRQA 4LV4A 2CZFA 3LBCA 1ZHAA 2C13A 5LHEA 4Z08A 4DPQA 3FLUA 4RX0A 1U83A 3BVJA 5FF2A 5D03A 3O15A 4K39A 5SWUA 1ME9A 2ZFAA 1C29A 2JGYA 4XKYB 4Z1DA 3V75A 3BO9A 1W0MA 1RQHA 1O4UA 4NJKA 4Y96A 1GTHA 4UTLA 5HULA 5CPNA 5LNRA 4AHPA 2QDGA 1OX5A 2VELA 5K4ZA 2BWGA 2NZLA 4DBDA 4RJEA 1GPWA 1SW7A 1VRDA 3NR0A 5AHLA 1H7OA 1WAUA 1ZENA 1Z48A 2QCCA 4R7JA 1AK5A 2V81A 3B05A 3PY2A 2QCNA 5I3HA 1KM0A 1FBAA 1LLWA 1EP1A 4X3ZA 3GDTA 4QISA 5AC8A 3SZ8A 1OK4A 1JULA 2YW4A 2J24A 3W1MA 4HNVA 3W3OA 3NL2A 4M7SA 4NT0A 1KFCA 3L66A 1SFJA 3MWAA 2VEMA 3FYOA 3EXTA 3W2JA 1DKWA 4N6EA 4E38A 4JX4A 4HPXA 2Y62A 4FX6M 5EL1A 4NZJA 3EXRA 4NXKA 3M0ZA 5F1UA 4QNEA 1I2QA 1JCJA 3WK3A 3B0PA 3NQ8A 2RFGA 2GJLA 1QO5A 1XC4A 4Z0SA 3A23A 4HN4A 3W22A 5KZMA 2QUVA 4WXZA 4FXSA 5EPDA 5G1YA 1QR7A 2WSRA 3BG5A 3B06A 1T0OA 1P4CA 3GNNA 2X2GA 3MBFA 1MZHA 3GZ3A 3G1YA 2O7QA 1XUZA 2WSYA 3CT7A 1TQXA 3TK7A 3PUEA 1FXPA 1JCLA 2DZXA 3FKKA 2JK2A 2VEKA 1S5VA 2H90A 4JGDA 4OGZA 1TPFA 3LRLA 1KW1A 3QMTA 5CZTA 4TU1A 3TAOA 1W5PA 3P5ZA 3CEUA 1YADA 4JIQA 3M16A 4LUJA 2A6LA 4EIVA 3CHVA 2X1TA 5HJLA 2ISVA 3M9YA 1OYBA 2PURA 3E96A 4LS0A 5AHMA 1LM1A 4NXSA 4ZQOA 2QCGA 1O95A 4UTWC 3PG8A 1TPC1 4NVTA 3W88A 3TUUA 3BG9A 3KRUA 4R34A 1UJPA 3LB0A 1KTBA 1HO1A 1X7FA 1VHCA 2IQTA 1W8SA 4WY0A 2CLOA 4ZQCA 1UCWA 2R91A 4O52A 2WPBA 2CWNA 1ZAJA 3ABSA 1OFAA 3EX2A 3MHGA 2VFFA 3LXCA 3MI2A 3BGGA 6ALDA 3HPZA 4QNWA 2R94A 3CWOX 3CLMA 1SO5A 4RZ5A 2J88A 4MLJA 1VS1A 4B5NA 3QEZA 3TX9A 2ZQ0A 3TQKA 2VKZG 1OFRA 3QZEA 4HKPA 1LOLA 4PL1A 2KZHA 1H51A 3GYEA 4LTSA 4MJZA 3DI0A 1PHWA 2QJIA 4Z1CA 4QAIA 4YCPA 2ZDRA 3UPBA 3IIXA 1GVFA 3SECA 1G7VA 3T78A 4AMAA 3T55A 3KHJA 4K36A 1IIHA 1LOQA 4N9EA 2OCZA 2YFNA 1BEUA 4K6AA 4LUIA 3FJLA 4JY8A 1LLZA 2ZZ6A 2ATMA 5DCBA 3W7PA 3I68A 2JKPA 2H6RA 3SGUA 3TJLA 2Y7FA 1TPH1 4IXHA 2FJKA 4CCCA 4FNTA 1DQWA 2JGQA 3R2GA 1W3NA 4O11A 3HPXA 2WO5A 1LYXA 1TQJA 3BG3A 2VXNA 1H50A 3IIPA 1MEIA 4BWLA 1JRCA 1LRNA 5FEWA 4YWIA 3NPWA 3RMJA 2C16A 2E77A 4Z0JA 2TPSA 1VLWA 3W1TA 2Q3RA 3GLCA 3LCXA 2YFOA 3TH6A 3W1LA 3MYOA 1HO4A 1KBJA 1WOBA 3DFPA 4FNQA 3PUOA 3L0NA 2QF7A 2E6DA 1YYAA 3RFAA 3UYCA 3UWZA 1OFPA 3HG4A 3NQMA 1FWSA 3ABRA 5EKYA 5TBOA 3NA8A 3TA6A 4DF2A 4GRSA 4MYXA 5K9CA 1WBHA 4PH6A 3T44A 3RLUA 1H7RA 5G2WA 5IM51 3L68A 3L9CA 3W7CA 3GXNA 4N4QA 1DQXA 3NEVA 4O19A 1ZAHA 1RZMA 4O1AA 3TIMA 4N2YA 3ANYA 1ICQA 2CW6A 3KOFA 3ZWTA 3MMTA 2OJPA 4LRSA 2V8ZA 1K8YA 1BWLA 2YCEA 5D33A 3PBYA 4HNNA 3TMLA 3EX6A 5D38A 1SO3A 1OFDA 1YDVA 3W7EA 4FNPA 3B0VC 2WNZA 3PWAA 3DI1A 5C2XA 2FDSA 2Y61A 4FX7A 4XQ6A 1FDYA 1ICPA 4JD4A 5K7JA 3GK0A 2OX1A 3PS7A 3LCHA 1WXJA 1C8VA 1FCUA 2J6XA 3NO5A 4FF7A 2ZZ4A 2JKAA 5HR6A 1IXPA 2QCLA 5HWMA 1KM3A 3OA3A 4A2SA 3ZR4A 4RZ6A 1GWJA 5TIMA 1FCVA 3WJZA 1NF0A 1BTMA 3OBKA 3H54A 3EWUA 3CWNA 3I7RA 4GUHA 5F2GA 1VH7A 5DCEA 2ABBA 1UASA 4ONVA 2NUWA 3BK0A 5FI8A 4LC8A 4RR4A 5D2VA 5K9DA 3KRSA 3NZ1A 1KM5A 1IGSA 1HUVA 4Y6GA 5U4NA 1JVNA 1G4EA 4AVFA 3QW4B 1F05A 4O28A 1OJXA 1E51A 3CPRA 3W7HA 2R8WA 5F4WA 2RH9A 4DELA 4N9BA 1KFBA 1QPQA 3M5VA 3YPIA 3DAQA 4MZ8A 1ALDA 4Y8FA 5AHIA 2DORA 4FO4A 4JTHA 1QPNA 3W7DA 5KZEA 4KFPA 3W75A 1FY6A 2C14A 2E5BA 4O8RA 3P84A 2EAWA 2RHGA 5AYZA 5AYXA 3A24A 4JTUA 3W7LA 1LBFA 5C5YA 3N2XA 2YYTA 1FCQA 2G97A 4L4MA 1N55A 1R2RA 5I3FA 1EB3A 4G1KA 3PF3A 2AGKA 1SSGA 1OFEA 1OFQA 4IX2A 4N9DA 2CLLA 4ZQPA 4YCOA 3W7MA 1V7YA 3M5YA 1NVMA 3LX9A 3UZ5A 2ISSA 3WJWA 3STCA 4UTIA 3C2RA 3TROA 3MW7A 4BWLC 4BK9A 4IPJA 3NDOA 3S1UA 5IBXC 4P2VA 3WK2A 1WYIA 4MVAA 2B4GA 1O5KA 3M43A 4TR9A 1YTKA 5D30A 2Q8LA 1YXYA 3BV4A 3L2IA 2QKFA 1CX9A 1J5TA 3STEA 1PCWA 4O1BA 1EIXA 4HNUA 5LZLA 1SZFA 4QITA 5HNRA 1G67A 1EEPA 4XBSA 5U7SA 1KFLA 4WY0B 2A7RA 2ZBTA 2QR6A 2FIQA 1FDJA 1XKYA 1LBMA 2E6AA 2ZCGA 1A50A 3IGUA 3VCRA 4WOQA 5C6MA 2DZSA 3OEXA 3A5VA 3LOTA 3PB2A 2ZRVA 5I3IA 4QJ1A 2YW3A 4O50A 2A1YA 4UTTC 2Y85A 3W1AA 4NJJA 2FFCA 3C2FA 3L5AA 5D05A 1C9DA 4UFLA 2E5DA 1SZNA 2UV8G 1SSDA 3TNOA 4O1CA 4GBUA 1G4TA 3M5XA 3HO8A 1UUMA 2QCFA 3GXPA 2A0NA 5CGQA 1H1ZA 2Y70A 4LNYA 1SUXA 3NQ7A 4JDYA 2QCMA 3FFSA 3WJSA 4UTWA 1NFBA 3C3NA 1S5WA 1KLYA 1QOPA 3DFQA 1IF2A 1Z44A 3VE7A 2QJHA 1O94A 3CB8A 2CU0A 3HGOA 1FCBA 3SW6A 4N02A 3CU2A 3W6YA 2C15A 3C6CA 3HG2A 4ADSA 1W56A 3ZS4A 5C55A 3LCLA 1B4EA 1EWDA 5E0KA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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