4R34 | Genus

Total Genus 152

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	152
sequence length	384
structure length	384
Chain Sequence	GDFVLPELEDVRAEAATVDTRAVLALAEGEEPAESRAAVALALWEDRSIGTAELQAAAEARCGARRPRLHTFVPLYTTNYCDSECKMCSMRKGNHRLDRKFSGRKEITEQLEILYHHEGVRGVGFLTGEYEDKHTRLASAFRIGWAIRTALDLGFERVYFNIGSMEQDEIDVLGEWIGREDPVTMCVFQESYDRETYRRFMGKTSVGVPKADFDRRVVSFDRWLDAGYRYVNPGVLVGLHDDLSAELVSLVAHGDHLRSRGATADLSVPRMRPAMKSRDTTRVGDDDYLRLMSVVAFTCPEQRLVLTTREPQEFQDVALGLAGVISPGSPDVAPYRAGCEARNDEKSSQFLVADLRRPRHILGRIEASGTPVDHFVNPAGEASR

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Crystal Structure of Tryptophan Lyase (NosL): Evidence for Radical Formation at the Amino Group of Tryptophan. pubmed doi rcsb
molecule tags	Lyase
source organism	Streptomyces actuosus
molecule keywords	NosL
total genus	152
structure length	384
sequence length	384
chains with identical sequence	B
ec nomenclature
pdb deposition date	2014-08-14

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF06968	BATS	Biotin and Thiamin Synthesis associated domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	4r34A00

2BSLA 4M6PA 2RHGA 4AAJA 4UTKA 2V8ZA 3O05A 3EB2A 3NL3A 1TV8A 4O19A 4HT3A 4TX9A 2H3DA 4OHQA 5BOOA 1X7FA 3FFSA 4RR4A 4M5PA 1H61A 3NQGA 3QEZA 3UWUA 5HJLA 3DHFA 3WK3A 5D37A 2CWNA 4AXKA 3KX6A 3BO9A 1JVNA 2J6XA 4WJEA 1WOAA 1FWNA 4K6AA 3THAA 4WOZA 3W7OA 4CCEA 2ZRVA 3GAYA 4P2VA 3LRLA 3OG3A 5CZ0A 1I2RA 1W5OA 3Q94A 3WJZA 2XN1A 2EF9A 5TIMA 4K37A 5F2LA 3P84A 1FCQA 3TK7A 3HO8A 3TJXA 2C14A 5FEPA 2Y61A 2WNNA 1IXNA 4Q32A 2CZDA 2CLLA 4PA8A 1TREA 3IVSA 2VEPA 5U4NA 3SFKA 3W1TA 3EX3A 4DELA 3LV5A 1PVNA 1B4KA 4I7WA 3BVJA 2BX7A 2YW4A 4DXVA 1WDWA 3Q37A 2ATMA 2A7RA 1YLVA 2PURA 4JTFA 1KM5A 4MY8A 2ZDRA 3BW3A 2GQ9A 1GVOA 1RVGA 2E6FA 5D2WA 1TQJA 3VNDA 2C6QA 4OV4A 3MYPA 2H6RA 1S5VA 3TW7A 3O06A 1W31A 4FXRA 4HNNA 2NV1A 1I45A 4L4LA 3T44A 2ZZ2A 1H7PA 3O63A 2GJLA 1JCYA 4EF9A 4OE7A 3BG5A 4CLMA 3PSWA 1KV8A 2VC6A 4EF8A 4IUOA 1GJPA 3LCXA 2FFCA 1DORA 5DELA 4AHPA 3YPIA 4O0ZA 5AHMA 3SY5A 1R2SA 5HWMA 4BK9A 3S5YA 3QSRA 1PL9A 3S5OA 4XWUA 2ATSA 2CZEA 3OIXA 4LS2A 4UC5A 1GTHA 1GG1A 3HG4A 3P74A 5BMWA 4AWUA 1EP1A 1OK4A 3S5ZA 3L0GA 3O1NA 2WO5A 4XTIA 2AAMA 2J9YA 4QNWA 1J4EA 1JUKA 1R47A 1UJPA 2FB3A 3MP5A 4H4IA 2NWSA 2QUTA 1GYNA 1GEQA 2ZA2A 3DENA 2F7FA 1ME8A 4KKXA 5LSMA 2I1OA 2DZVA 4UTIA 4NVTA 3C3NA 3HG5A 5EY5A 2EKCA 2WV8A 5BW6A 3MP4A 1K8ZA 1OHLA 3CIXA 3LHYA 3KAOA 4PCFA 1LYXA 3BLEA 3W70A 3B03A 4N9CA 4LVDA 5D02A 3TMQA 2WQPA 1I4NA 1FCVA 5G1YA 3G18A 2CFFA 2QCEA 3MI6A 2V81A 3LXBA 2QF7A 2HTMA 4NX0A 5FF7A 1OX4B 3W1MA 4FNUA 2YCEA 3E49A 4JY8A 4K7VA 5FF4A 1KFBA 3ABSA 3N9RA 2OX1A 1Q6LA 4YWIA 1LROA 4NZFA 2YGYA 5IBXC 1DJQA 1HUVA 3PWAA 3DKLA 1SW0A 4DO4A 3PUEA 2Q3RA 3HOJA 2YW3A 3NQ7A 1DQXA 2J27A 5CZJA 4WD0A 3OHIA 3KRSA 3LCHA 1T0OA 3G1XA 3W7JA 1VGAA 3NNTA 4MUZA 3NQ8A 2B7PA 4M6QA 4FIRA 3UPBA 2X1RA 5AHIA 1EWEA 1VC4A 2OJPA 2NUXA 4K36A 2QCLA 1TPEA 3T40A 5FESA 2ZQ0A 1JCNA 2WKJA 1OX4A 3SI9A 1SW7A 1Q6QA 1H7XA 3UWYA 3W1NA 1EP2A 3MI3A 3IIOA 1JCMP 3DI1A 3QZEA 4NX5A 4OT7A 3W7EA 2B7OA 4LT9A 1NF7A 1I2OA 1P0KA 2FTPA 3BGJA 1XCFA 4CQ9A 2FPYA 3QSTA 1H7OA 1SZEA 1GYLA 3NPWA 3QW3A 2VFFA 4N9EA 2UV8G 4UUIA 3LXAA 5I3KA 1IIGA 2V5LA 4OQVA 5D2XA 2C3ZA 5AHFA 4O1CA 3S1UA 3OVPA 1YXCA 3HPXA 5D2TA 1LOSA 5BNKA 4WUIA 3OA3A 2GQAA 4XBSA 2B7NA 3NPUA 3TE9A 4ZQCA 4NJKA 2ZRYA 1EWDA 3W75A 3D0CA 3EWXA 3IIPA 1FCBA 4WY0A 1H62A 3W1AA 1ML1A 1BWLA 3BPWA 4PL1A 2HS8A 3GNDA 1KA9F 4NNCA 3P8IA 5HUPA 3WJWA 1LLWA 2DJLA 1SQ7A 2NX1A 4QQ3A 1QDSA 4GJ1A 4YMZA 4LS0A 1W5QA 4KWWA 3O07A 1RQEA 3W87A 4UTLA 2W79A 1A53A 2VFDA 1OFQA 1PHQA 4MOZA 4XTDA 1QMLA 4UTUA 4PODA 1FQ0A 1FY6A 1R2TA 1TRIA 3DZ1A 4NNBA 3TROA 4FNPA 4G1KA 3EXRA 3TU9A 3F1QA 4QIUA 5G5IA 1JCLA 3CWNA 1D3HA 1AW5A 4ORIA 2ZYFA 1Z41A 2Y85A 3QPZA 3UPWA 5DY2A 4JDYA 4BWLA 2C0AA 4JDBA 4HIBA 3GYEA 2V9DA 5I3JA 3E96A 5AB3A 2YR1A 4QISA 2QAFA 1SSGA 3A21A 3NGJA 3HBLA 5K3VA 3EWUA 1KTNA 2I14A 5CKSA 1TQXA 2DZWA 3W1UA 1KFKA 3NPXA 4UIOA 1QOPA 4UTTA 4X3ZA 4LWWA 1W3TA 2QCDB 1KFEA 2RKXA 3FOKA 2JKEA 1DBTA 5KZEA 1KLZA 1R46A 1P4CA 4B5NA 3LGEA 3G0UA 5I3GA 3W07A 1BKSA 2NV2A 2ZTJA 2JGQA 4RX0A 1KFJA 3NQCA 3H55A 4Y96A 5KZMA 1XDMA 5D2YA 3EX4A 1JRCA 5F1UA 3C2FA 5AC7A 1VH7A 3C56A 3HG2A 3HGSA 3TSBA 4QNEA 3KOFA 4RK8A 3EWZA 4FO4A 1K7XA 3ZWTA 3W2KA 3DFPA 4YLWA 3P67A 4O11A 3HPSA 2X30A 3WK0A 2G95A 7TIMA 1B3OA 1TPH1 3S5NA 5AC6A 3LHVA 1I8JA 1QPOA 4JR5A 3KVMA 4N4PA 1N7KA 4AVFA 4HN4A 3L5MA 5G2IA 3U8GA 4JNMA 2G97A 2ISVA 2C1HA 3A24A 3PB0A 3M5VA 4FEZA 2J9ZA 3R89A 2VFEA 2Q3OA 1KM2A 1H60A 2Z0IA 1QR7A 1W5PA 1KM1A 1ALDA 1FWTA 1B9BA 4GUJA 1IGSA 4A2RA 1LOQA 4AHQA 1H63A 1FDZA 1VYSX 1AL7A 3FKKA 3I7QA 4JTUA 4ZQRA 4TO8A 3C8FA 3C4UA 3BG9A 2FLIA 2A1YA 1TJRA 1AL8A 2WSRA 3EWYA 2QUUA 4NJJA 4ORMA 3I65A 1VHCA 4MYAA 1OFAA 3RF9A 2Q8ZA 4O12A 3NL6A 1OYCA 1SO5A 4ALDA 4XKYB 4IMFA 5DXXA 3C2VA 4K38A 3IRDA 3LCGA 4A21A 3QFEA 1TPWA 2J9XA 5EA9A 1VS1A 4MYXA 4LUIA 2OMAA 5HUOA 5AHLA 4UTWC 2QJHA 4MIMA 2EGZA 4GUHA 1EP3A 1TYGA 2DORA 3W1QA 4FF7A 5EL1A 3LCLA 4BFAA 2BWGA 1WA3A 1OYBA 1PCKA 2X1SA 3LV6A 3C2EA 3W7QA 1OFDA 4MJMA 4FXSA 1OFRA 1NAL1 1W5NA 4AMAA 4AF0A 1NF0A 4UFMA 2WNZA 1HO4A 2H8ZA 2Y7FA 1QAPA 4P61A 1QPQA 1C29A 4ZQMA 3DKJA 4PFMA 3S1XA 6ALDA 1TPDA 3SECA 3WK1A 3LX9A 4DPPA 3P62A 3ELFA 1VCVA 3I68A 2I9EA 1LTDA 4M6VA 5DN1A 3MWAA 3VFLA 1LRQA 3O6CA 3PUOA 1YPIA 4KFPA 3B4UA 4PH6A 3C0JA 2WPBA 2BTMA 3W83A 1R2RA 1H7RA 3Q58A 4C1KA 3M5ZA 4MZYA 3P5YA 1RQBA 3F03K 3TX9A 4E38A 4ZQNA 1WQ5A 4GWEA 1FBAA 1ZHAA 4WY0F 2X2GA 5AN7A 4Z1CA 1F7BA 1B4EA 2Y88A 3S1VA 2Y63A 1VPXA 1I2QA 3LCWA 4JTJA 1SO4A 3CM4A 3F4WA 1A5SA 2E6YA 5CZTA 3N34A 2B4GA 1EB3A 2Z6IA 3BARA 3BK0A 4FNRA 4NNAA 3LRMA 3A22A 3A23A 4IWWA 4I7UA 3ABRA 1O60A 1UCWA 1ICSA 2OZ0A 3B06A 3TQKA 5D03A 3KVLA 5EYWA 2ZRXA 5BMXA 3G8EA 4JGDA 4Z1BA 2KZHA 2NZLA 5CZSA 4NJGA 1LDCA 2P0OA 4AH7A 1YTEA 4O18A 2C18A 4LY8A 3W1PA 2YFOA 4RJEA 1JUEA 1ME7A 3W2UA 1V7YA 4HSOA 3SW6A 3S42A 3QYQA 3G1DA 1A5CA 3T78A 5C6MA 3HB9A 3E12A 3DU0A 3GK0A 1K8YA 2VFHA 4O1DA 2DU2A 3EX2A 2FB2A 4X2RA 1L6SA 3S1WA 4QSHA 3SGZA 1TPVA 1SR9A 1QNVA 3HPZA 4K8HA 3LI0A 2ZCGA 1Q3NA 1A5AA 4AEOA 4AWSA 3MW7A 4NJHA 1ZCOA 2NX9A 2RFGA 1SO6A 1Z44A 4A3UA 4ZL1A 1TTQA 1K3UA 1WBJA 4IGHA 3M41A 4WZHA 5D09A 2VFGA 4BF9A 5LHEA 2JKAA 5LNVA 1MEWA 3QQ0A 3NZ1A 4K39A 5G1TA 1TMHA 5HR6A 3M16A 4OU1A 4DO5A 3STFA 3GDTA 4HKPA 4RV8A 3W2MA 4RZ5A 3L66A 3W88A 3GKAA 1VCFA 5SWUA 3DGRA 2X1TA 3NQ2A 3W74A 2NXHA 4GFSA 1FX6A 4R34A 4XQ6A 3GDKA 4YXGA 1JUBA 4JTKA 4WX2A 5HNRA 2E09A 3BV4A 3W7LA 3KRZA 4IQLA 3FIGA 4JIPA 2PRHA 3W3OA 3DBPA 3GZ3A 1ZNNA 1E51A 2ZBTA 3PULA 1F74A 5LKYA 1GT8A 5I3IA 5LNRA 3N19B 3TSMA 4YCOA 4UCGA 4WQ6A 4TU1A 3DH7A 4JXCA 5DCEA 3SGUA 1K7FA 4IPIA 4NT0A 1UUMA 3UWQA 3PBWA 3U6WA 3MP3A 1FWSA 1N8FA 3ATYA 2VELA 4ZVJA 2A85A 5FF2A 1ZJIA 4O13A 3ATZA 1X1ZA 3HGRA 2A5HA 5J5RA 2ZZ6A 2HMCA 3W7RA 2ZA1A 1XL9A 3C6CA 3G1AA 1JCJA 4Z1DA 4CQ8A 1F5ZA 2FDSA 5D38A 1SZFA 4I7VA 1MSSA 4O50A 5CSRA 3GVGA 1ZAIA 5J5DA 3S9YA 3A9IA 2ZRWA 3GDMA 4N4QA 3W71A 3FKRA 3HG3A 1SPQA 3MHGA 4ICNA 4O1BA 5AOUA 2ZA3A 5F1VA 3BW2A 1RZMA 3MBDA 2TMDA 4MY9A 1O94A 3TAKA 4HNTA 3TC6A 4K7YA 3PC0A 3LOTA 2Y6ZA 3M44A 2PC4A 3TV8A 5K9CA 2E68A 1F76A 5KMYA 4QITA 3QW4B 3HQ1A 3KHJA 4FNSA 3IGXA 3CEPA 1L6YA 2GOUA 4JX5A 4O28A 2GUUA 4MY1A 1GOXA 1Q45A 5FEWA 4CCDA 1BTMA 1CW2A 3L5LA 1XKYA 3VE7A 4ZQPA 1OF6A 3L65A 5A8GA 5FF3A 2QR6A 4O1AA 3DFQA 4JTIA 2NXGA 5L9FA 2E6DA 3MI2A 1XBYA 1CX9A 2DZTA 1LOLA 5D05A 3T7VA 4J9JA 2EPHA 4ADSA 3L5AA 5E1QA 3GXPA 2XFWA 4NU7A 2Y62A 1C9DA 3GDLA 1PHWA 1K02A 4PC8A 1OYAA 4R33A 2BXVA 3UZ5A 1OABA 5IBXA 1AK5A 4UR8A 5LGZA 4M7SA 4MZ8A 3W7IA 1UB3A 2Y7GA 4H6KA 3NXFA 3O6DA 2O7QA 4DBDA 5IM51 2HS6A 3NM1A 5D30A 4WXYA 2TSYA 3UWZA 1W37A 2TYSA 3TFCA 4UFKA 4O17A 3LLDA 2B7QA 4HNUA 5AC8A 1XXXA 3G0SA 3JS3A 3O8AA 3UQNA 3MHUA 2A0NA 2VENA 3HJZA 1Z42A 4LVBA 3P81A 1F2JA 4Q33A 3G1FA 2YFNA 2GVGA 3C52A 1TTJA 1YTDA 4O53A 4LU0A 3W1RA 2JK2A 1ICQA 2A7NA 1KBIA 1TCDA 3GB6A 2ZZ3A 3N2MA 3WJXA 1F6KA 2TPSA 3TDFA 3TCEA 2ABBA 1QO5A 2NLIA 3NL2A 4NUWA 3ABOA 1S5WA 3PBYA 2AQWA 1JR1A 4HNVA 2CLIA 2VEIA 2PRMA 3BLFA 3PAJA 3STCA 4JX6A 3O16A 1OX5A 1GVQA 3VKJA 1SZNA 2ISSA 3HGJA 2NUWA 2D73A 5G2HA 3PG9A 3HGOA 5EKYA 3IVUA 3UXAA 2FJKA 1TO3A 5CPNA 3CHVA 1VHNA 1ME9A 1XI3A 1NFBA 1OF8A 1Z48A 1V5XA 2G5WA 1ADOA 1TJPA 1OFOA 3L9CA 3W7MA 1M7OA 1UUOA 2DZXA 1JCXA 3B0PA 3ZFHA 5H91A 3RU6A 3L67A 2YYUA 1IXQA 3LXCA 3AO0A 3INPA 3PY2A 3LRKA 5D33A 4O16A 1D9EA 1GWJA 2ZTKA 1W8SA 3LDVA 3MBFA 3NQVA 1WOBA 1DV7A 3R13A 3TXVA 4FNQA 4JYFA 4TIMA 3GIYA 4E2BA 2JGYA 3LB0A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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4R34A

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