4R53 | Genus

Total Genus 117

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	117
sequence length	296
structure length	296
Chain Sequence	KNIIIGAMTALITPFKNGKVDEQSYARLIKRQIENGIDAVVPVGTTGESATLTHEEHRTCIEIAVETCKGTKVKVLAGAGSNATHEAVGLAKFAKEHGADGILSVAPYYNKPTQQGLYEHYKAIAQSVDIPVLLYNVPGRTGCEISTDTIIKLFRDCENIYGVKEASGNIDKCVDLLAHEPRMMLISGEDAINYPILSNGGKGVISVTSNLLPDMISALTHFALDENYKEAKKINDELYNINKILFCESNPIPIKTAMYLAGLIESLEFRLPLCSPSKENFAKIEEVMKKYKIKGF

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Tyrosine 110 plays a critical role in regulating the allosteric inhibition of Campylobacter jejuni dihydrodipicolinate synthase by lysine. pubmed doi rcsb
molecule keywords	4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
molecule tags	Lyase
source organism	Campylobacter jejuni subsp. jejuni
total genus	117
structure length	296
sequence length	296
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 4.3.3.7: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase.
pdb deposition date	2014-08-20

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00701	DHDPS	Dihydrodipicolinate synthetase family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	4r53A00

4UTTC 2G5WA 1K02A 4AF0A 3TIMA 1TPDA 2CZEA 4MZ1A 4H6KA 4HIBA 4MJZA 4JTHA 4WY0A 3LLDA 4A2SA 4FIQA 3STFA 3EWWA 4UC5A 1QR7A 4GUHA 1KFKA 3ZFHA 3B04A 1F73A 2HS8A 2VXNA 3MMTA 1SO6A 3GYEA 3MP4A 2FJKA 5J5RA 3CIWA 4JYDA 4RV8A 1KM0A 2YCEA 2Z2UA 2WSRA 4K8HA 1MZHA 1DV7A 4NNCA 4LV4A 2DP3A 1ONRA 4PC8A 1WQ5A 1DQWA 1OF6A 3W1LA 1L6YA 2Z1BA 2DZPA 4UMCA 1UBSA 1VRDA 3KRUA 3Q37A 2YXGA 1W56A 1P4CA 2Y7EA 3LHYA 4UTJA 3L5AA 3UXDA 3WJYA 1KFEA 3I7QA 3PB0A 4FNUA 3KAOA 3TQVA 4HPXA 3USBA 2PURA 3T78A 2C1HA 4S1FA 3A22A 4OV9A 3R13A 1MEWA 2NUYA 1XCFA 3W1QA 3CPRA 1EWEA 2QCHA 1FDYA 3SGUA 2QDGA 2WNNA 1M6JA 1G69A 2FB2A 3FJLA 5IM51 3B06A 1I2QA 5DBUA 5TIMA 2WSQA 3GXNA 3OHIA 1OYBA 1FXQA 1UUOA 4K6AA 2Z0IA 3U8GA 3UWVA 2WQPA 3EKZA 1QMLA 4ZQNA 2ZZ3A 1LOSA 1OFOA 1GVQA 4UTIA 1G4TA 4CCEA 2CW6A 1WOAA 1TREA 3NGJA 1RQHA 3KRZA 3VE7A 3VI2A 3GDRA 3GKAA 2NX9A 3B0VC 4M6PA 1DBTA 1WAUA 4JY8A 3LBCA 2VFHA 4LVFA 1RVGA 1Q3NA 3FKKA 1LOLA 5KSWA 3NL2A 2ZZ7A 2YYUA 2EGZA 1JUBA 3L65A 4IXXA 1W31A 1VJIA 5F2LA 2GUUA 5AHFA 3QQ0A 3FS2A 1TB3A 1IXPA 4FB7A 3UWUA 4O11A 2ZCGA 1ICSA 1H51A 1T99A 3DI1A 4LC8A 4LRSA 3W2JA 1XL9A 4MPQA 5G4EA 1G4EA 5KZMA 5E0KA 3W1RA 1TCDA 4IWWA 2QEZA 1H7NA 4O53A 1T96A 3HIJA 1W5NA 3LCHA 4ZVJA 2VEPA 3NQAA 4KWVA 5AHEA 5EYWA 3NPVA 1SQ7A 4K8EA 2QCEA 4FNRA 3S5OA 3NR0A 3W85A 1QFEA 3LCWA 4I7UA 3W1NA 5A8GA 2YPIA 2BXVA 1M7PA 5KINA 2QCFA 1Q45A 2X30A 1JUEA 1ME9A 3W1PA 2ZZ5A 2PRMA 1P0KA 4Y8FA 1FWNA 2DZSA 3PR2A 4GRSA 3NO5A 4XKYB 3SECA 1A50A 4X2RA 2WPBA 3HGJA 1I2NA 4OV4A 1GYNA 1QPOA 5DELA 5BNKA 3G1AA 4MY1A 3A9IA 5EKYA 2WOQA 2Q3RA 3UY7A 4DF0A 2QF7A 2E1DA 5D30A 4BWLC 1W54A 3DHFA 1PVNA 3MUXA 2YSWA 3A24A 4M5PA 1KFCA 5LNSA 4FNSA 1JQXA 1DVJA 2FIQA 1A53A 3E12A 3C2EA 5D2XA 3G1YA 4X3ZA 3W72A 4UTUA 2NUWA 3PB2A 3G0UA 4WZHA 4CNOA 1Z48A 3IVTA 1VC4A 5U4NA 1SW3A 4CLMA 3W7KA 4HT3A 5CZTA 3WJZA 4FO4A 2V2HA 3PUDA 3HGRA 1XBVA 3M47A 7TIMA 4GE8A 2Y7GA 4IUOA 4O57A 4LS1A 1SO3A 1Z44A 3OA3A 2XN0A 5D02A 5H91A 3A5VA 1FWSA 2NX1A 3CEPA 3W7OA 3L68A 4UTTA 1JQVA 2X1UA 1PS9A 4JTSA 3DFQA 4RJEA 1YPIA 1I2OA 1I4NA 1JJKA 1HO4A 1TSIA 1TPWA 3KVLA 2NV2A 2WNZA 5BOOA 2CLIA 4LVGA 2P10A 1G4SA 2NWRA 4QM1A 1G7VA 3NAVA 2VENA 5G2IA 3DFPA 3SW6A 2TSYA 2GPTA 1ME8A 3EX6A 1U83A 5D2VA 3ZR4A 1L6SA 4Z1DA 5AHLA 2YDAA 4MKNA 3S1VA 4NXSA 4O8RA 3QMSA 1VLIA 3NQ2A 2C13A 2NXGA 1RD5A 1H7PA 1SZFA 3TUUA 3TMLA 3AO0A 1AW2A 2ZZ1A 3LHUA 1QPQA 3PF3A 4FIRA 1GVRA 3T4CA 3WFAA 3QM3A 1QCWA 2FB3A 2A21A 3NQ6A 4AHQA 5J5DA 2ISVA 5BMXA 1LLZA 4Y96A 3T40A 2V0TA 1MEIA 4R53A 3P60A 4NJKA 1W37A 3EX4A 3OBKA 3WK1A 3W87A 5LHFA 4N4QA 4OWGA 4UR7A 4EWND 5C6MA 2ZZ2A 2GVGA 4O10A 1W3TA 2UV8G 3PS7A 4N4PA 2RDTA 3DKLA 4C1KA 3M16A 1K7EA 3TJXA 1YTDA 2YZRA 2OZ0A 3M5YA 4GUJA 1FX6A 3B0PA 5CZ0A 1EWDA 3TAKA 1H7XA 3PBYA 4UUIA 3C2OA 3MO7A 4U4MA 1FXPA 4XUGA 3QEZA 1F5ZA 2VKZG 3T55A 3MI6A 1P0NA 3H55A 3CT7A 5AN7A 5HJLA 1LYXA 1IIHA 3P5YA 4ORMA 4LRTA 3QRHA 3GXTA 3OEXA 3NM1A 3L66A 3GNNA 3DENA 3R8RA 1IIGA 3P8IA 3NOEA 4M6VA 3S42A 2JKPA 4WXYA 3WK2A 1JCMP 1TRIA 5DXXA 3W9ZA 4LV9A 2FLIA 3BLIA 3VE9A 3C2VA 1QOPA 3TE9A 1OYCA 4ADUA 4DBDA 3TXZA 3ABRA 4TX9A 3HGOA 2JK2A 3YPIA 2DZVA 1B4KA 1N7KA 5L9FA 3DBPA 3THQA 4O52A 3W75A 2QCCA 2JBMA 4Q4KA 3TMQA 3UWYA 2Y63A 3QFEA 5LHEA 4CNPA 4CQ9A 3MHFA 3PM6A 4UIOA 3GDKA 4LOCA 5FEPA 1S5VA 4NT0A 1LCOA 5G2HA 3EWBX 5K4XA 2E77A 1WDWA 1KV8A 1YDNA 3DFOA 1K8YA 5F2IA 3OVQA 2RDUA 4DEFA 1X8FA 2PRLA 4MYXA 3UXAA 3CHVA 3S1UA 3NQMA 1JR1A 3VNDA 1GJPA 1XBZA 4Q32A 3GDMA 3P61A 4MFEA 2Y61A 4QNEA 1KM1A 1TV5A 4QSHA 1XM3A 1FCVA 4NNBA 3DAQA 4BWLA 1F6KA 2CFFA 1JCNA 1KFLA 4KFOA 2ZA3A 1THFD 4JIQA 4NNAA 3W7NA 4UFIA 1QO5A 2EAWA 4OT7A 3Q94A 3W1UA 3JR2A 4MYAA 1FDZA 2OT0A 1WBHA 4FX6M 3CM4A 4KKXA 1SO4A 3BARA 4GJ1A 4HSNA 4DO6A 2I9EA 2PE4A 4HNUA 4EIVA 2ZRUA 2OCZA 3G1FA 1TO3A 3WJXA 2WKJA 3NL3A 1W5OA 5CPNA 4U28A 5LKYA 3LI1A 2A7RA 3NQEA 1SW7A 4GWEA 4IX0A 1I2RA 3KVKA 2FFCA 2NV1A 5TBOA 3W2KA 4FX7A 3IIXA 4RXGA 4WJEA 1FCBA 3C3NA 4M7TA 2W6RA 3P81A 3I65A 4LC6A 3S1XA 1EP2A 3FFSA 3STCA 4CNNA 4JDYA 3BV4A 1QPNA 6ALDA 3GDLA 5HINA 4B5NA 3N34A 3QF0A 1YADA 3B8DA 1SSDA 4AH7A 2A7NA 3ZWTA 1AG1O 1GZGA 3M0ZA 4RK8A 3OIXA 3LM7A 4NX0A 2ZFAA 5C5YA 4Z0SA 3EXRA 4K39A 3M5ZA 3TC6A 3IIPA 2E68A 2CLKA 1W3NA 5DCBA 4X9SA 3ANYA 1OX5A 3MYPA 3S9YA 4O14A 3W88A 1F2JA 2B0MA 2V9DA 5G1YA 3W2NA 3NVTA 3NQ8A 2DJLA 5LZLA 1N55A 4X22A 3L0GA 4MLJA 3M7WA 2J6XA 2QUUA 3QH2A 5F4WA 5I3IA 3P74A 3LBMA 2JKEA 2CZFA 1TPVA 3P67A 4JD4A 1FCQA 2VOMA 3HGSA 4JX5A 3S5NA 1F7BA 1TMHA 4QAIA 3TW7A 3PVFA 5HULA 2Q8ZA 5G5IA 1W1ZA 1LROA 2P1FA 3EXSA 1VGAA 1WYIA 2YFOA 2ATSA 3GXPA 5LGZA 3C2FA 2VEKA 4Z08A 3T44A 3HG3A 2E6DA 1R30A 4MY9A 2QCMA 5HWNA 1IXQA 1EP3A 5D05A 4RZ5A 1RQEA 4TMBA 4NXKA 1JCLA 1TTPA 3TKFA 4N6FA 2B4GA 2A0NA 3RK8A 1S5WA 1A5AA 1UCWA 5H2ZA 1AW5A 3BLFA 4TMCA 4BI7A 3FYOA 2RH9A 4UR8A 1JCJA 5AHNA 3F03K 1ZY9A 1LZOA 3BW3A 4NJHA 3HG2A 2QCDA 4WQ6A 2NLIA 1WOBA 3NQGA 1JRBA 2CZDA 4GC4A 3C6CA 5KZDA 3L0NA 2R91A 3NQVA 1GTEA 3C4UA 1GG0A 3N19B 4LVDA 4ADSA 1YXCA 3PSVA 3LB0A 4IX2A 5IBXC 3BG5A 3Q2DA 4Y6GA 2J88A 4O15A 2X1SA 3O06A 5I3FA 4Z1CA 4IMDA 2F84A 3O07A 4I9AA 3KXQA 2B7QA 3W07A 5AYZA 4E38A 2QKFA 3LHWA 5FF0A 4UCGA 3LCLA 3I7RA 5HR6A 2CLFA 4JTEA 3U6WA 2I14A 4CCDA 2DJXA 1VPXA 4O0ZA 5AHIA 3FEMA 5HWJA 1RR2A 2ZA2A 2W0UA 3W22A 1JVNA 1RQBA 2Z6IA 5EBUA 2V81A 1LP6A 3LRKA 1IXOA 4UTHA 3QSRA 4DQWA 5D04C 3IGSA 4POCA 2WNQA 1WBJA 1DORA 3N73A 4HN4A 1QO2A 5G1TA 5BRBA 3W7JA 4ZZ9A 1DHPA 1T8XA 1TPFA 3G1XA 3QQ1A 2ZRXA 4O1AA 5HQEA 4AWTA 3NDOA 3DI0A 4LS2A 1VHNA 4MZYA 5D38A 1DL3A 1XC4A 5EL1A 3LTSA 3G8RA 3OG3A 3S0CA 3RF9A 5BMWA 4YL2A 1FCUA 1YDVA 2R94A 5E1QA 1K8ZA 5SWUA 1SU5A 3O8AA 1FY6A 5U7SA 1XBXA 1H61A 4JIPA 1P5BA 1C9DA 4TR9A 1PE1A 2AQWA 1YYAA 2YX0A 4TIMA 1L6WA 4JGDA 3W7PA 5FF4A 2J9YA 3NNTA 2BWGA 4O19A 3TSMA 4L4MA 1GTHA 1TPEA 3ABOA 4AF0B 3UWWA 2G95A 5D37A 5G2WA 3PC0A 3EX2A 2A85A 1H7WA 4WY0B 3G8EA 2DZUA 3EKLA 1W0MA 3NZRA 3P84A 4N2YA 2QJHA 4O1CA 1ADOA 3ZWSA 5D2YA 1OX4A 5TQLA 1SZNA 4YCPA 3FJ6A 3Q58A 4WUIA 5AC8A 5CZJA 4JEQA 1XKYA 2FQIA 4G1KA 4QNWA 3MI3A 2QCNA 4O1BA 4KFPA 3N2XA 2E5CA 2H8ZA 1O5KA 4FXSA 1LM1A 4DF1A 3WJWA 1F74A 3QPZA 2WO5A 4BR1A 3B4UA 2V2DA 3HPSA 2E09A 1IXNA 3UZ5A 1LRQA 1PL9A 1X1OA 3TROA 1OHLA 3BW2A 4OQVA 4JTIA 3W7GA 3AJXA 1VH7A 3GZ3A 3IGUA 4ZMGA 4QIUA 3NA8A 4JICA 1D3GA 2H3BA 3MBFA 4K36A 1VHCA 4NZFA 3W73A 2RFGA 4JDBA 2YYTA 3WK3A 1OFEA 4NX5A 4O4WA 1R2TA 4IMGA 3TQKA 4YMZA 4AWSA 1WX0A 2NX3A 1GVOA 3IRDA 4CQAA 3S1WA 3TSDA 4MLRA 4IXHA 3WJSA 1ZJIA 4R7JA 1XUUA 5K9CA 3CC1A 1TV8A 4UTLA 4EVZA 3UWQA 2CLEA 3E02A 1DOSA 1KTBA 2P0OA 3L21A 2NUXA 3G1HA 4NJIA 3TAOA 4E0CA 4OGZA 3RNDA 1PV8A 2YFNA 3UZJA 3TNOA 3N9SA 3GLCA 3STGA 1XBYA 3L9CA 4GNJA 2ZZ4A 2Y89A 3QMRA 5EMUA 4ZL1A 4WX2A 4E2BA 3U2OA 3GAYA 2EHHA 3HG4A 3NPXA 4NJGA 2GVJA 3H53A 4JNMA 3KOFA 1KM2A 5FF7A 2A2IA 1H60A 3O6YX 5AC7A 4IQLA 5CZSA 3LXAA 2QJIA 5GVJA 1I2PA 4KFNA 4AWUA 1UJPA 1QAPA 3LRMA 4HNTA 4QISA 3W3OA 3KRSA 2O7QA 4IMEA 3HPZA 2TPSA 1SFLA 3NZ1A 3P8JA 5IBXA 4O13A 4M7SA 2QUVA 3PUEA 1AL8A 4K38A 3FKRA 4FNPA 4K37A 4QQ3A 3HB9A 1TIMA 1GQNA 3P80A 5DCDA 2EF9A 1DQXA 3DFSA 1A5CA 3IIZA 4O18A 3MJYA 3H54A 3F4WA 4LWWA 3DKJA 1ICQA 2TYSA 5DLCA 2C19A 3LRLA 1KTCA 4FX8A 4O28A 3MWAA 3CWNA 4UNLA 1TYGA 3A23A 3PULA 3TCEA 3W1MA 2A7PA 3DFNA 4NU7A 1T0OA 3R12A 1N8FA 4O4VA 1NF0A 5HUOA 3E9AA 2ABBA 1JRCA 4PODA 4PTNA 3L67A 2OMAA 3EX3A 4CQ8A 4IMFA 2J24A 3JS3A 2OJPA 3KVMA 5CPOA 1OK6A 5K2ZA 2BSLA 3LCXA 2EPHA 5F4SA 3W2LA 2CLHA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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4R53A

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