4R53 | Genus

Total Genus 117

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	117
sequence length	296
structure length	296
Chain Sequence	KNIIIGAMTALITPFKNGKVDEQSYARLIKRQIENGIDAVVPVGTTGESATLTHEEHRTCIEIAVETCKGTKVKVLAGAGSNATHEAVGLAKFAKEHGADGILSVAPYYNKPTQQGLYEHYKAIAQSVDIPVLLYNVPGRTGCEISTDTIIKLFRDCENIYGVKEASGNIDKCVDLLAHEPRMMLISGEDAINYPILSNGGKGVISVTSNLLPDMISALTHFALDENYKEAKKINDELYNINKILFCESNPIPIKTAMYLAGLIESLEFRLPLCSPSKENFAKIEEVMKKYKIKGF

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Tyrosine 110 plays a critical role in regulating the allosteric inhibition of Campylobacter jejuni dihydrodipicolinate synthase by lysine. pubmed doi rcsb
molecule tags	Lyase
source organism	Campylobacter jejuni subsp. jejuni
molecule keywords	4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
total genus	117
structure length	296
sequence length	296
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 4.3.3.7: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase.
pdb deposition date	2014-08-20

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00701	DHDPS	Dihydrodipicolinate synthetase family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	4r53A00

2Y7EA 2DJXA 3C2VA 1FWRA 4ZQRA 1O95A 5D09A 3O16A 2I1OA 2YPIA 4R53A 4JICA 4NJJA 8TIMA 1JQVA 3P82A 4L4MA 1H5YA 4O0KA 3HF3A 5AC8A 4LS1A 3DAQA 3VFLA 2QDGA 1W31A 1GPWA 4P61A 1LM1A 1BWKA 3QYQA 4ADSA 4HHPA 4XQ6A 4AXKA 2O7QA 3M44A 1G67A 5LGXA 1KW1A 2J24A 2XN2A 3E49A 4O50A 2I9EA 1PHQA 2V8ZA 4I7VA 4M7TA 1UBSA 1A5BA 4N2YA 1AW2A 3THQA 5TQLA 3FYOA 3QEZA 3W7GA 3PM6A 3B06A 4N9CA 3LCLA 3UNDA 2JKEA 1GZGA 3HB9A 2CLIA 3CLMA 3B05A 5KMYA 3P8JA 2X1SA 2ZRZA 4L4LA 3RU6A 2V9DA 4LRSA 5D2XA 5C5YA 1YADA 3NQVA 5F1VA 4RV8A 1KTBA 3C2OA 1W5NA 3QZEA 3CTLA 2YYUA 4LC6A 4LVGA 2QAFA 4K38A 3OG3A 3VCRA 2DZUA 1LRTA 4UTWC 4S2BA 5LKYA 2C19A 4BR1A 4JIQA 5D38A 3UXDA 1W0MA 3C2FA 3W1AA 3MYOA 2Z2UA 3WJYA 2WSQA 1TSIA 3C2EA 4JTSA 3TR2A 4AF0B 1OFOA 4H6KA 3LV6A 1KM4A 1D9EA 5CPNA 4TR9A 4Z1AA 5GVJA 3W87A 1THFD 2AAMA 3BG9A 1QPOA 5HR6A 4Z08A 2YCEA 1KM3A 4X22A 4FX8A 2GVLA 2E6AA 2Y63A 5E93A 5K7JA 1JUEA 4RZ6A 4XTDA 3GYEA 3TFCA 1N55A 1SSDA 2H6RA 2J9YA 3NQ8A 4FNTA 4CNNA 4XUGA 3NPXA 3FFSA 2R94A 1O5KA 2C13A 2A1YA 5F2MA 3G8RA 3PR2A 5AHIA 1WX0A 1OYBA 2GOUA 1VZWA 1LP6A 3G3DA 4NXKA 5K3VA 1C29A 1OFRA 1GVRA 3LRMA 5FEXA 3C8FA 1XM3A 4DF1A 3W1PA 3DBPA 4A3UA 4IWWA 2QJIA 3PULA 3RNDA 3H55A 1LOQA 3W3OA 1NAL1 1VJIA 5FF7A 3CHVA 2DORA 1MSSA 4BF9A 3MI2A 1XBXA 1JCLA 1JRBA 5DXXA 1KFLA 3VKJA 3W7PA 1P1XA 3H54A 3ELFA 1KBIA 4O54A 3QW4B 5HMSA 1L6SA 4AH7A 5DCDA 3BW2A 3LCXA 1E51A 1PCWA 5TBOA 1GG1A 1R47A 2G95A 4UMBA 1PE1A 3NAVA 3L0GA 4WXYA 1H1YA 4O13A 3L68A 1MXSA 1AL8A 4ORMA 5A8GA 3MP5A 1PL9A 1TQXA 1SZNA 1ME9A 2NWSA 2ZA2A 3S9YA 2BWGA 1OYAA 7TIMA 1JRCA 2JKAA 1IF2A 3A23A 4QISA 5CSSA 2ISSA 3GXTA 3RLVA 4LU0A 3ABRA 4O17A 1TRDA 2E6YA 2PRLA 2CZDA 2DU2A 3S8HA 1V5XA 4FXSA 1K03A 4QSHA 3STCA 2YFNA 5C2XA 3W83A 1LBLA 4JEQA 3QPYA 5CPOA 4OT7A 2V2HA 3NPWA 2E09A 2OCZA 3QSTA 1F7BA 4YWIA 2QCCA 1B3OA 4FXRA 3LCHA 1OFDA 4N4QA 3MYPA 2QCDA 3BGGA 2VFGA 1JCNA 3A22A 3L21A 4TU1A 3MHUA 5LNUA 1H61A 2CLOA 4XBSA 1HTIA 4Y8FA 2NX9A 2A85A 4NQ1A 4MOZA 5EL1A 2A7PA 3BG5A 3N14A 5D32A 4CCEA 5F4XA 1QPNA 3M47A 5HUPA 1QMLA 2FJKA 2EGZA 1I45A 4PC8A 4W9TA 3C6CA 3EWWA 3LHVA 4JYDA 1ICPA 5I3IA 4CQ9A 3EWXA 3PVFA 3LTSA 4DBEA 5F4WA 1FCQA 1P4CA 4UFLA 2DJLA 5HUOA 2E1DA 2DZWA 4ZVJA 1P5BA 1LRQA 1GQNA 2ZQ0A 4HNTA 5I3JA 2PCQA 2Z1BA 3C3NA 1Q6OA 3T55A 2C15A 5FF3A 4LS2A 3FIGA 1SFLA 1H60A 1YLVA 3IVSA 5D2WA 1KFJA 4UMAA 2JK2A 4NUWA 2FPYA 3RF9A 1Q45A 1RR2A 2J88A 1TYGA 1OF6A 5G4EA 1IGSA 5KZEA 3LBCA 1YTKA 3D0CA 5I3HA 3W23A 5U4NA 3W1XA 1X1OA 2ZTJA 2X30A 1WV2A 5AHFA 3SW6A 2A6NA 4GE8A 6ALDA 5DY2A 3DGRA 3DFPA 3QC3A 3B8DA 4ONVA 1SU5A 5AYZA 3MUXA 3NQ6A 1R2SA 2FLIA 5HWJA 2B7PA 5E1QA 3QJAA 1WYIA 2PE4A 3NM3A 1R2RA 1F74A 3CIWA 3B0VC 2V2CA 1FDZA 4G1KA 2QCMA 3P61A 5K9XA 3HG5A 3MHGA 4JY8A 4LT9A 3SR7A 4WQ6A 4M7SA 4IJBA 2QDHA 3SGZA 1XUZA 3AO0A 3UWWA 4BFAA 2ZA3A 1FCBA 2VFHA 3BK0A 5F2IA 3WJSA 4GC4A 4DQWA 1PS9A 4IPIA 4UNLA 1KBJA 1YDVA 1TPFA 1L9WA 1T99A 4RX0A 3HQ1A 2C18A 5BOOA 5IM51 1EWEA 1L2UA 4PEKA 2VC6A 3A24A 3FKRA 3TW6A 5AN7A 1W3NA 3EWUA 3U8GA 4MVAA 4M6PA 4WUIA 2QCDB 4JTEA 3UPWA 5EYWA 5HR7A 3M41A 4NXSA 3TV8A 1DQWA 2CFFA 4TIMA 4U4MA 2Y7GA 3HIJA 4GWEA 1C9DA 4K7YA 4JS3A 2A5HA 1NEYA 1XBYA 5G1YA 1H7XA 3FEMA 1LZOA 1JCYA 3TJXA 2P1FA 1JQXA 3PBWA 3LRKA 4ML9A 1WQ5A 2ZRYA 3EX4A 4UTLA 1C8VA 1SZEA 4MIMA 4DEFA 2I14A 1LDCA 2TRSA 3S1VA 3W1LA 2ZZ4A 1XFBA 3PSWA 3TUUA 1FUYA 2J9XA 4O11A 2TSYA 5DY3A 4AWUA 4LS0A 3B0PA 4AB4A 3HPSA 1I2RA 3ZR4A 5DBUA 2YW4A 3JS3A 1FCVA 3HO8A 3O8AA 2CLMA 2ABAA 1HO4A 3PY2A 3DXIA 4R34A 3LCGA 1ADOA 4LVAA 3EWBX 1F2JA 3V75A 2CLEA 2GJLA 3N19B 1SUXA 3UPBA 4N9EA 3PB0A 1VR6A 1H7PA 1NFBA 3CU2A 2A7NA 3M5ZA 1HG3A 3GNNA 5LNSA 1KM5A 4UFJA 5L9FA 1GWJA 1AW5A 1ZAJA 1YTEA 4GXMA 2A4AA 5CKSA 4ADTA 3KHJA 3V1PA 2VOMA 3L0NA 3GZ3A 1DQXA 1TPVA 1UASA 4NJHA 4P2VA 3ANYA 1ICQA 1OF8A 1RV8A 2YZRA 3MP4A 4XWUA 2CLFA 2HS8A 3M16A 4RK8A 1IXQA 2C6QA 2PRMA 3P5YA 3NNTA 1F6PA 5EKYA 4IOTA 2VFIA 4MFEA 3E9AA 1XL9A 3NQEA 2V2DA 4RKAA 3S1WA 1FQ0A 2VENA 4O10A 5G1TA 3BV4A 4UR7A 3W9ZA 3G1AA 1LOSA 1EP1A 1Z42A 2ZCGA 1W8SA 3TJLA 1RZMA 1AL7A 2UV8G 3G1SA 3T78A 1DVJA 1OX4A 4LVDA 3W1NA 3W73A 3T4CA 1K7XA 2X1UA 2Y89A 5F2LA 2ATMA 2E77A 1KV5A 1EPXA 3FA5A 4O15A 3LXAA 2J6XA 1KFCA 2D73A 1EB3A 1SFJA 4LY8A 2A0NA 3EX3A 3NQDA 4S1FA 4JN6A 3IGXA 1F6KA 3P67A 1Z48A 5KSWA 2ISWA 2X16A 4WX2A 1TJPA 3OVRA 2FPTA 3GDLA 4LNYA 1SO6A 4WOQA 2NUXA 1X1ZA 2O7SA 4FHAA 4O1AA 4S2CA 1FWNA 1O4UA 2VXNA 1TB3A 3G1FA 4KFOA 3L5LA 1J2WA 1MEWA 5AHMA 5TIMA 3SZ8A 1B4KA 5FEPA 2ZFAA 1KTCA 3LCFA 3L66A 1S5VA 3NDOA 1Y0EA 3PAJA 4LRTA 4XBKA 3EX6A 4D2JA 2DZSA 1AG1O 1F76A 4ICNA 4UFHA 1KTNA 3EX1A 3M7WA 4LTSA 3FYPA 1W5PA 4MY1A 1X7FA 2Y7DA 5LNVA 2V30A 3W1RA 4O1CA 1DKWA 2B7OA 3A5VA 3T7VA 1K8XA 3W72A 4POCA 4RJEA 1EWDA 2Z0IA 3LI1A 3ZWSA 5ABTA 1H7WA 3IVTA 3NOEA 4JX4A 3UD6A 3DU0A 3P74A 1ZNNA 2R14A 3JRKA 4AVFA 2WNZA 2YX0A 4B5NA 5L6UA 3PC0A 5D05A 2Y7FA 3STGA 3ZWTA 2Y70A 2P0OA 3ZS4A 1XDLA 3NQMA 4DF0A 3WK1A 2ZZ6A 3N3MA 4YXGA 2Q3RA 1D3GA 1JVNA 5BMXA 1N8FA 3QH2A 2CZEA 1P0KA 3G22A 3PBVA 1RD5A 3NPUA 1TV8A 1V7YA 2Y61A 3OIXA 3ATYA 4JTHA 1GG0A 1R30A 4LC8A 1G4EA 3DHFA 4LOCA 3TIMA 4O18A 2NXIA 3QMTA 1I8JA 2FIQA 1LRNA 4MJZA 3HBLA 1F05A 3TC6A 3W76A 1OX4B 2RDTA 4AMAA 5CG7A 4DO4A 3S0CA 4O1DA 2CLLA 3L67A 4O28A 1VS1A 4NNAA 3GIYA 1QOPA 3UWVA 2C16A 4RCXA 1ALDA 1TPWA 1TPB1 1I4NA 2G96A 4UXDA 3MI3A 2PURA 4UFKA 4O4VA 1GVFA 4BI7A 1K8ZA 2XN0A 3GDRA 4A22A 4EOUA 3F4WA 2OZ0A 4IMCA 2H90A 5A5WA 1YDNA 4HN4A 1FDYA 3GKFA 3O6YX 1TTPA 1KA9F 2E6FA 1UB3A 2ZZ3A 2NV2A 4NJGA 3STEA 2DZVA 2W79A 2YXGA 2TMDA 4RXGA 3UXAA 2F84A 3EWZA 3W7JA 1QPRA 1XBVA 2FB3A 3C52A 4O1BA 3F1QA 1XI3A 1QNVA 4BI5A 3ABOA 3QMRA 3SGUA 2QCEA 2Q3OA 3DZ1A 2IQTA 4JTIA 1VC4A 1GTHA 2YFOA 2Y88A 3TQVA 3LHTA 3MBDA 3W2MA 4Q33A 3TH6A 1QAPA 3BO9A 4QQ3A 2V0TA 1VLIA 2B4GA 3BLFA 4N6FA 3N9SA 3W1QA 3W71A 3NZ1A 3IV3A 4FNQA 4YCOA 1OX5A 4TO8A 5FESA 3LCWA 4CNPA 2ZBTA 5D2YA 4CQ8A 3O05A 3O07A 3R12A 4HPJA 3PF3A 3MI6A 4PTNA 3Q94A 1H1ZA 2FFCA 3W6YA 5HWMA 4MYAA 3W1UA 2CU0A 1GT8A 3OEXA 4UUIA 1QO5A 1XBZA 4XTIA 1YYAA 4X9SA 3LLDA 4NJKA 3S1XA 2R91A 4EIVA 4QITA 1W1ZA 3NEVA 4FO4A 3M43A 1YXYA 3O6CA 3W75A 2DZPA 1EUNA 4M6VA 4RXFA 2GVGA 3BARA 3L5MA 3RK8A 3S1UA 5FF2A 5AOUA 4MZ1A 4JTFA 4NJIA 2NV1A 2RHGA 1M7PA 2E68A 1BEUA 3EEGA 3W7IA 1QR7A 1GVSA 2QUUA 1F5ZA 4U28A 1ZENA 4DF2A 2GUUA 1RPXA 3TNOA 2QUTA 1NVMA 1VYPX 1O60A 3CEUA 5K9CA 1DL3A 1XDMA 3S42A 1G7UA 3L0KA 4NZJA 2FTPA 2OT0A 2XN1A 1B9BA 1H62A 4K39A 5FEZA 3WJXA 1TTQA 3KRSA 2QCLA 2R8WA 1AW1A 1EEPA 1RVGA 4EVZA 4C1KA 1KLZA 4MZ8A 5LZLA 3TAKA 4Y9AA 2WSRA 4JYFA 3CB8A 3R89A 3HGRA 2V5BA 3IIVA 4FF7A 2CWNA 3DHDA 4OBTA 4HIBA 3O06A 5AB3A 1I2PA 1G69A 3TA6A 4WD0A 4PCFA 2WV8A 2V5LA 3W7QA 1GOXA 1VCGA 1ME8A 3BG3A 4UC5A 1W5MA 2QCHA 1GYLA 3HGOA 1HUVA 3IRDA 3ATZA 3I7SA 1NF7A 1PV8A 2H3DA 3QM3A 4A21A 4JYEA 2H3BA 2HS6A 3CIXA 4WOZA 4KFPA 5FI8A 1ZAIA 2A2IA 3RMJA 4UTKA 4LVFA 2ZZ5A 1H7NA 2JKPA 1GEQA 4JIPA 5DCBA 4AHOA 3TSMA 2NUWA 3T40A 4QJ1A 2FPVA 3B4UA 5AC7A 3UQNA 5HULA 1IXPA 2GQ9A 1OFBA 2WSYA 5U7SA 2DP3A 2NUYA 3PG8A 2BTMA 1SO3A 1OABA 2LLEA 3TAOA 1Z41A 1U83A 3MHFA 4ALDA 4IMFA 1FXPA 3G1VA 2ZRVA 4KKXA 3W7OA 1LBMA 1QFEA 1A5AA 3TXVA 3LBMA 2H8ZA 1OFAA 2W0UA 1LROA 2C0AA 3M1ZA 3NG3A 4KWVA 4MY8A 3GDTA 1LLZA 2NZLA 3W1TA 3RFAA 1W37A 1WAUA 4AEOA 2DZXA 3PWAA 4FIQA 4Z0JA 3TQKA 3HMJG 4HPXA 1S5WA 1ONRA 5CGQA 2CZ5A 1TRIA 3HPZA 2G97A 2YW3A 5AFDA 1K3UA 2ZYFA 3ABSA 2EKCA 4O8RA 3DENA 1FY6A 3MBFA 3NPVA 4OV4A 4HKPA 4YMZA 4FB7A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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4R53A

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