4R53 | Genus

Total Genus 117

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	117
sequence length	296
structure length	296
Chain Sequence	KNIIIGAMTALITPFKNGKVDEQSYARLIKRQIENGIDAVVPVGTTGESATLTHEEHRTCIEIAVETCKGTKVKVLAGAGSNATHEAVGLAKFAKEHGADGILSVAPYYNKPTQQGLYEHYKAIAQSVDIPVLLYNVPGRTGCEISTDTIIKLFRDCENIYGVKEASGNIDKCVDLLAHEPRMMLISGEDAINYPILSNGGKGVISVTSNLLPDMISALTHFALDENYKEAKKINDELYNINKILFCESNPIPIKTAMYLAGLIESLEFRLPLCSPSKENFAKIEEVMKKYKIKGF

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__683456631253724__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__683456631253724__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4R53/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__683456631253724__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"683456631253724","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4R53/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__683456631253724__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d00a3f077b9c70ac1b039a3/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d00a3f077b9c70ac1b039a3/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d00a3f077b9c70ac1b039a3/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d00a3f077b9c70ac1b039a3/pdb.gz): 715 ms

reading 296 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

296 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 24 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:295});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Campylobacter jejuni subsp. jejuni
publication title	Tyrosine 110 plays a critical role in regulating the allosteric inhibition of Campylobacter jejuni dihydrodipicolinate synthase by lysine. pubmed doi rcsb
molecule keywords	4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
total genus	117
structure length	296
sequence length	296
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 4.3.3.7: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase.
pdb deposition date	2014-08-20

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00701	DHDPS	Dihydrodipicolinate synthetase family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	4r53A00

2CZ5A 4NNAA 3TQ0A 3IGXA 3LI1A 2QCGA 3N14A 1QPQA 3LLDA 3G0XA 1DOSA 4NZJA 1V7YA 1Q3NA 3HF3A 4O0ZA 4A2SA 5BNKA 3U8GA 4A21A 5FEWA 5CPOA 2J9XA 3O07A 3EWXA 5I3KA 5L6UA 4LVFA 4ADSA 2X16A 2QR6A 3PAJA 2DJLA 2GQ9A 2WSYA 1AL7A 1JUKA 2C18A 3LDVA 3JS3A 2WNZA 4O12A 4UXDA 4BF9A 4JYFA 2XN0A 2YYUA 3SY5A 4JYEA 4TO8A 2J88A 1MEHA 3A5VA 5D2YA 4I7VA 3USBA 3NQ6A 5ABTA 2QJGA 5TIMA 5D09A 2NUWA 3H55A 2JBMA 3EX6A 3L0NA 3I7SA 1AW1A 3NZRA 4FO4A 3VE9A 1EWEA 2GOUA 3HGJA 3LHWA 4LWWA 5K3VA 2ZTJA 1GJPA 2QCHA 3UWZA 4BFAA 3MW7A 2QCEA 3KX6A 2ZZ7A 3U2OA 4ONVA 4JTJA 3ZWTA 2DU2A 2E1DA 3DFTA 4GXMA 1A5AA 2VEKA 3PY2A 3OHIA 1M7PA 2CLKA 4OBTA 1DHPA 2ATMA 3M5XA 1LP6A 3ATYA 3NQGA 3FA5A 2C15A 4RZ6A 2ZZ4A 2GPTA 2Z0IA 4ZQOA 2FTPA 1N55A 2HS8A 1KW1A 1B4KA 3WJZA 3VKJA 3OIXA 3W1QA 2C6QA 3C2RA 1FCQA 4MY9A 4HSOA 3LLFA 5KITA 1NF7A 2I1OA 3TFCA 3DZ1A 4Y8FA 2YFNA 1PCWA 3NG3A 3OVQA 4LS2A 2NWRA 4PL1A 3SJ3A 4UFMA 1GVQA 2V5LA 1SSGA 4M19A 2Y7DA 5DXYA 3GLCA 3LX9A 3C61A 4PCFA 1PCKA 3GXTA 4O54A 5AHLA 4DPQA 1XBYA 4JN6A 1HO4A 2G96A 3VCRA 3THAA 3LXBA 4QNWA 5HUPA 4MOZA 1K8XA 3QJAA 1A5BA 3F1QA 1SO5A 4YCPA 5LHEA 1L9WA 3O63A 3GDMA 2NV1A 3W1UA 4A3UA 4LW7A 4POCA 3CWNA 4MZ1A 2R8WA 3C56A 2E5BA 1SZGA 4KKXA 4U4MA 2DORA 4H6KA 1TPH1 3P60A 5D38A 1H7WA 4CCCA 1YDVA 4B5NA 2V0TA 1FCVA 4MFDA 1EUNA 3SI9A 5AYYA 1RQBA 5T26A 3W1LA 2VFIA 3DKLA 3PB0A 4Z0SA 1U83A 1JRCA 1P5BA 4LC8A 5D02A 1HTIA 1F05A 1G69A 1TPDA 3S5OA 4D2JA 5U4NA 4JTEA 1F7BA 5AC8A 1OYAA 3W75A 3CB8A 3O16A 4O18A 3N9SA 3MHUA 1QFEA 3S1WA 4XWUA 3P74A 4WX2A 2ZZ2A 4M6QA 2NZLA 5I3IA 3M5VA 3E0IA 3WK0A 1UUMA 3TKFA 4FNUA 4GRSA 3G1VA 1TTIA 3W7DA 3LHZA 3B06A 3IVSA 3NPUA 5KINA 1FDJA 4NU7A 1F6KA 3M5ZA 4L4MA 4P61A 3B0VC 1WYIA 4OU1A 1W56A 4JD4A 2YDAA 3HBLA 4FEZA 1R30A 4IMFA 5G1TA 5CKSA 1WV2A 3M44A 1SO4A 3V75A 4XTDA 1MEIA 4IPIA 1W37A 3G1AA 3QQ1A 5H91A 4O8RA 2CZEA 3EX1A 3NM1A 2Z1BA 3TAOA 5HQEA 4GUHA 2WJZA 2QKFA 3B05A 3NEVA 4WUIA 4FNTA 3T78A 4XZ9A 1SW0A 3L68A 2VFEA 3CQ0A 4N2YA 4DF2A 2O7SA 3GK0A 3LBMA 4O1DA 3IRDA 4I7WA 4Z1DA 2YCEA 3O6DA 3NL3A 4IX0A 3M6YA 3PWAA 4ZQCA 2V82A 5FESA 5FEXA 1LBFA 1ZFJA 2OT1A 1OVDA 1TSIA 1YXCA 2FPVA 2TPSA 2J24A 4DBDA 1H5YA 3FS2A 2V2CA 4MLJA 1EEPA 4CNPA 1YYAA 1T99A 2OCZA 2DZXA 3HG3A 2PCQA 5FF4A 3UPWA 3HIJA 4G1KA 4BI7A 4LOCA 1QWGA 1C9DA 2FLIA 1KM0A 1ME8A 2WPBA 3TE9A 3NL6A 4O4VA 4ADUA 4ML9A 4NNCA 3GKFA 3NL5A 4O52A 3W85A 4UTMA 1YPIA 3PSVA 4BK9A 2TYSA 3EB2A 3NQVA 2CW6A 3W1PA 2WKJA 2A7PA 4MKNA 1I2NA 4IX2A 5LNWA 1XL9A 3KVMA 4LV9A 4ORMA 4PA8A 1IXQA 3LXAA 5KZEA 1SW7A 1LM1A 3TV8A 1K02A 3CHVA 3LCWA 1W5PA 2O7QA 3NQDA 3LHTA 1G4TA 4OQVA 1JULA 3LOTA 3QRHA 3KVKA 3QSTA 3W23A 3M5YA 2EHHA 4DBEA 4O50A 1ICSA 1KTNA 2GQ8A 4BI6A 3BPWA 2VOMA 4K8HA 3RU6A 3UXDA 2R14A 3L65A 5F2LA 1ZALA 4W9TA 3IGSA 4AF0B 2NUXA 1S5VA 4NQ1A 1Q6RA 1KFCA 2FPTA 1EP2A 2C0AA 4AXKA 1S5WA 4UNLA 2ATSA 4XQ6A 4JX6A 1SZEA 1JUEA 3QZEA 2GJLA 4RK8A 1TPC1 1ADOA 5CZSA 4A2RA 3IV3A 2WNQA 3GR8A 3CIWA 4UIOA 3TXZA 4GJ1A 5FF0A 3FJ6A 2A6NA 2CLEA 2GVJA 2QUTA 3MI3A 3P8JA 3I68A 4AWUA 5AHIA 2J9YA 1Y0EA 5TBOA 4TMCA 4M7TA 1TTQA 2JK2A 5IBXC 1QPRA 3R2GA 4IMDA 1GQNA 2E6YA 3ZR4A 5J5RA 3SZ8A 3R5EA 1MZHA 5G5IA 3RMJA 1TYGA 2X1SA 2YX0A 3TXVA 4HNUA 4UFIA 2ZQ0A 3GIYA 4UTIA 1KV8A 4WXZA 1IXOA 4MPQA 5U7SA 1DJNA 4KFNA 3WJYA 2ZA3A 2B7NA 3ZS4A 1J4EA 1QPNA 4HT3A 3IVTA 2QCLA 1A53A 1BWLA 3W7LA 4EOUA 4HN4A 2ZRZA 2VEPA 1XBXA 5TQLA 3UZ5A 1HUVA 2NX3A 1AMKA 1YPFA 2BWGA 3A5FA 1JCMP 1JCJA 1FXQA 1OFQA 6TIMA 3W1TA 2CLHA 1NVMA 4MJZA 4Q33A 3I7RA 1G4PA 1NSJA 1KM1A 3FYOA 3W2NA 5LNUA 4IWWA 3LTYA 3GYEA 5HINA 3N3MA 5HWNA 3CPRA 1KFKA 4DO4A 4Y9AA 4AHPA 1OYCA 4IQLA 2RKXA 3PC0A 1P4CA 4WZHA 1VGAA 3OVRA 3W2KA 4UMAA 5D2WA 1YTKA 2WSRA 1LBMA 3KVJA 5K9XA 2I9EA 5G2IA 3W7PA 1ZY9A 4CNNA 4LUIA 1VJIA 3SGUA 1TTJA 1C8VA 2FIQA 4FHAA 1WQ5A 1O95A 3HPSA 4CNOA 3D0CA 3UNDA 5K7JA 2E6FA 4NJIA 1C29A 1OG0A 4MZYA 2X1TA 3ABSA 4UUIA 4K7VA 4QNEA 3DXIA 3W88A 2CLIA 3P62A 5CG7A 4M7SA 3A23A 1YDNA 2YGYA 1GVRA 5K4ZA 4JX4A 1TCDA 4I9AA 3GAKA 5BRBA 2ZRUA 2X30A 5DELA 1O60A 1YTDA 3PBVA 1GWJA 1KM2A 2AAMA 3PR2A 4FNSA 1TPVA 2E09A 3OEXA 2OJPA 1F5ZA 4WY0B 4UCGA 4K7YA 3EWBX 4NXSA 1F2JA 1UBSA 3STEA 1VYPX 4E38A 5AYXA 1AL8A 2VFHA 3HJZA 4GUFA 4UFHA 3B03A 1ZJIA 3W2MA 1A5CA 1WOAA 2E77A 1HO1A 4JX5A 3P81A 1W3TA 2YYTA 2RDUA 4PODA 2Y6ZA 2E6DA 2JKPA 3E96A 1P0KA 1FBAA 5BMWA 3W3OA 3TX9A 2R94A 3UY8A 4A22A 2D73A 3C3NA 3GX9A 3F03K 2PRMA 3A21A 3AJXA 3FKKA 1FDZA 3SIZA 1FWWA 3BO9A 3KRZA 4JY9A 4AAJA 1W5OA 1JCXA 3NL2A 5F4XA 2NWSA 1CI1A 4NX0A 1EUAA 1R46A 5AHMA 3S5ZA 4HNTA 3SW6A 4YMZA 2YR1A 2FB2A 3MP4A 3U6WA 3MYOA 1ZAJA 1VPXA 3B04A 3FIGA 4KFOA 2ZZ5A 3VNDA 1H61A 1KM3A 4MYAA 5G4EA 4XKYB 1P1XA 3R13A 3TMQA 3M9YA 3NR0A 1JCLA 3WK1A 4DO6A 2ZZ6A 1LLWA 3UWQA 1LOSA 3EKLA 2VEMA 1TB3A 4O1CA 4H3DA 1GPWA 1PL9A 1F76A 2EKCA 4OE7A 1LTDA 3S1UA 4Z1AA 2WSQA 2H3BA 3BLFA 1F74A 1TMHA 3PUOA 4M6PA 3NZ1A 4FX6M 3TMLA 4ZMGA 2C1HA 2YZRA 3W07A 1FUYA 3M16A 3NO5A 1SQ7A 4FXRA 5FEPA 4ZQMA 2Z2UA 1XKYA 5K2ZA 1MEWA 1W3IA 4ZQPA 1IIGA 3YPIA 2H90A 5C5YA 1WA3A 2VFDA 3JR2A 3SGZA 1TO3A 5CZTA 3THQA 3CIXA 2A7RA 3G1XA 3H54A 3ABOA 1H1ZA 3EWZA 4AF0A 2QJIA 4UTTC 4JS3A 3T55A 2GQAA 4OHQA 2XFWA 3A24A 4QIUA 2A85A 3KFTA 4UTWC 3NPVA 2W6RA 1JUBA 2ZRXA 1OFRA 2WQPA 5KZDA 2X2GA 1RQHA 2F84A 1EP1A 1RPXA 3B8DA 4JTKA 4O15A 2QEZA 1YADA 3TC6A 4WY0F 1TPFA 4LT9A 1PVNA 2W79A 4K38A 5DCDA 3NQEA 3EWUA 2B0MA 3PB2A 1KA9F 4YWIA 3DHFA 3VE7A 2TRSA 4YXGA 5F1UA 4R33A 2DP3A 3NGJA 3O1NA 3N2MA 5G2WA 4AH7A 1Q6QA 3EWYA 1O5KA 1TPUA 2PRLA 2CU0A 3LCFA 3LB0A 4MUZA 1Z44A 3HB9A 4RV8A 4O17A 4JTHA 4M6VA 3TU9A 1GTHA 1UJPA 5FF7A 4OWGA 1DQWA 1VZWA 4U28A 1NEYA 1UASA 3P82A 2C3ZA 2QCFA 4ZL1A 2BZNA 1KFJA 1HG3A 1OX6A 2Y85A 2Y89A 5DBTA 4DO5A 2CFFA 1LRTA 3W71A 4O11A 3ZFHA 4UFLA 5LGXA 2WOQA 3QW4B 4NT0A 3BG3A 2YFOA 5D2XA 3DFPA 1RD5A 3BK0A 1TV8A 4N6EA 5HJLA 3O06A 3BW4A 1I8JA 3M0ZA 4A29A 4DEFA 2VKZG 4JY8A 1WDWA 2Y7FA 1VLWA 3W1NA 1O4UA 4DF1A 5HWMA 5G2HA 4XTIA 1VS1A 1W5MA 3G1HA 3QPZA 4LS0A 1UB3A 3BG9A 4JTSA 4N6FA 3I65A 1LOQA 1OX5A 4JDBA 2JKEA 7TIMA 3RNDA 3L5LA 3E12A 3W7RA 5C54A 4JDYA 4FF7A 5C2XA 3DFNA 3UYCA 2VFFA 3CEUA 3W7EA 2QCDB 2QCMA 1GZGA 3BLEA 3IEBA 2B7PA 3RLUA 2Y61A 3NM3A 4BWLC 5DN1A 4AHOA 4NJKA 1SU5A 5G4WA 4GUIA 3W7MA 2ZZ3A 1ZENA 1OX4A 5EMUA 3C4UA 2NLIA 3G18A 2NX9A 3NAVA 4GC4A 1XDLA 3DAQA 3MO7A 4O10A 3HG4A 4IPJA 4NZFA 1JCYA 3FEMA 1GVFA 3NQCA 3FKRA 1LROA 3RFAA 3C0JA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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4R53A

Total Genus

sequence length

structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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