4RCX | Genus

Total Genus 82

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	82
sequence length	246
structure length	235
Chain Sequence	MRTFFVGGNWKANPKTVEEAEKLIEMLNGAKVEGNVEVVVAAPFIFLPTLQQKLRKDWKVSAENVFTTVPMIKSFGIEWTILGHSERRDFLAAKAKFALENGMKIIYCCGEHLSEREAGKASEFVSAQIEKMIPAIPAGKWDDVVIAYEPIWAIGTGKVASTQDAQEMCKVIRDILAAKVGADIANKVRILYGGSVKPNNCNELAACPDVDGFLVGGASLEPGFINIVNSNVHSK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__659341411285617__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__659341411285617__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4RCX/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__659341411285617__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"659341411285617","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4RCX/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__659341411285617__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Isomerase
source organism	Trichomonas vaginalis
publication title	Trichomonas vaginalis triosephosphate isomerase loop 3 deletion protein rcsb
molecule keywords	Triosephosphate isomerase
total genus	82
structure length	235
sequence length	246
ec nomenclature	ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date	2014-09-17

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00121	TIM	Triosephosphate isomerase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	4rcxA00

1KTCA 1W31A 2E6DA 4Z1AA 2NXIA 3BK0A 1ZAIA 3PWAA 2ABAA 4KFNA 5DN1A 1OK6A 1FCBA 4IGHA 1HUVA 5BNKA 1KLYA 4ZQOA 5ABTA 4JDYA 4IMFA 4IMDA 1IIHA 4NJJA 4OE7A 3NNTA 1X8FA 1LRQA 5HWNA 3NZRA 1SW3A 3N14A 1LOLA 2XN2A 4RXFA 3LGEA 1AK5A 3BGJA 1KM2A 4PL2A 2YX0A 2V8ZA 3L67A 4R33A 5HR6A 4LRSA 3BPWA 3MP4A 1XCFA 1YLVA 1H63A 1XDLA 2WJZA 3HPXA 1ADOA 4LUIA 1IIGA 2VEPA 1T99A 1PHWA 4QNEA 1FXPA 3W7EA 3ABQA 4UUIA 3RMJA 3EWUA 4S1FA 1IF2A 5I3FA 5AYYA 4JTGA 1UUMA 2ATSA 2E1DA 1I2RA 1U83A 2E68A 3DFTA 4FXRA 4NJKA 3THAA 4N9EA 3I68A 4HNTA 1M7OA 3PUOA 1N8FA 3P62A 1GJPA 3LHUA 5EY5A 3R12A 1TTPA 4NT0A 3GK0A 3WK1A 5D32A 2C19A 3VKJA 3KHJA 1CW2A 1GZGA 1W8SA 5AN7A 1QPNA 2Y7EA 1EUAA 2ZZ5A 2E77A 3DXIA 3N19B 2XN1A 3LHWA 4UTMA 4WX2A 4CCCA 3HMJG 5LNRA 1TRDA 1JUKA 3TK7A 3UWYA 5K4ZA 3VE7A 3W1XA 3LLDA 2DZUA 4ZL1A 4OWGA 3P74A 4LVGA 3F4WA 2C13A 3EX2A 3GDLA 4MUZA 1GTHA 1GOXA 5HUPA 3RU6A 3TW6A 1TCDA 3BW2A 3TJXA 3JS3A 4RZ6A 3NXFA 3WJWA 4A3UA 3LB0A 2DP3A 5FF2A 2B7NA 2OX1A 1EWEA 4ORIA 3E9AA 1OK4A 4IOTA 2P10A 2QDGA 2B7PA 4XUGA 3LCFA 4TR9A 3PR2A 5I3JA 2PURA 2G97A 2V30A 3L68A 3QW3A 4HT3A 3GAKA 2QDHA 4KKXA 1KA9F 1IXOA 3D0CA 4I7VA 1M5WA 4BWLC 5TBOA 3QMSA 2QCGA 1WDWA 3W7RA 1J2WA 1YXDA 3P8IA 4NNCA 1ZAJA 1XM3A 5HUOA 1XL9A 1QO5A 2DJLA 1OVDA 5KZMA 4LRTA 2BWGA 3LTSA 5D03A 3WJYA 2B7QA 4AVFA 4PH6A 2ZBTA 3KRSA 3NPUA 3GDKA 3TIMA 5SWUA 2BLEA 1FCQA 4GE8A 4EF8A 1L6SA 1WBJA 4N6FA 4JTUA 4JR5A 3CM4A 2WQPA 3DHDA 1VLWA 1DKWA 3W22A 4AHOA 1JRCA 1QR7A 2QUVA 4GWEA 3W9ZA 1M6JA 1TPB1 2NV1A 2HTMA 1CX9A 2J24A 2CZEA 2H8ZA 2FQIA 1PV8A 3EKZA 5EMUA 4I7WA 1FBAA 3W73A 5IBXA 3C4UA 3Q94A 4Z08A 1VS1A 1Q6QA 1HO4A 2O7QA 4JTTA 4RK8A 3EX4A 3S0CA 1T0OA 4AH7A 4KWVA 3CLMA 1F2JA 1MEHA 1H1YA 1WYIA 2G5WA 3A5FA 3GR8A 1FCUA 2PE4A 4IWWA 2H8XA 2YR1A 2ZRZA 4UTTC 3FS2A 3LERA 2VELA 1G7VA 1OHLA 5D2VA 5EKYA 3SGZA 3C0JA 5F4SA 1A5BA 5H2ZA 5LNVA 3O1NA 2J88A 5F4WA 5D33A 1X1OA 3QZEA 4M6VA 1TPVA 4K7YA 3W1UA 4IQLA 1F74A 1G67A 3GNNA 3DI0A 4L4MA 5HULA 2G96A 5DCBA 3W7QA 3LCHA 5BRBA 4NX0A 4PC8A 2JK2A 3UY7A 4O10A 2B4GA 1EEPA 1IXQA 4JIPA 2PRMA 1LLZA 4Q4KA 2NV2A 1E51A 1U5JA 1QOQA 1F6KA 2OT0A 3IIZA 5BMWA 5U4NA 2VENA 4Q33A 3W84A 5LKYA 3HJZA 4Y90A 2JKPA 3DGRA 3PBVA 1DL3A 2A7RA 2A6LA 2BXVA 4RX0A 2JGQA 4DF2A 3HOJA 3FYPA 1SO5A 4N9BA 3A23A 2DZXA 4MY8A 2X16A 5G5IA 1XKYA 1YDNA 3TC6A 3O05A 3Q58A 4QITA 2V2CA 3QM3A 1OG0A 1GEQA 2GVJA 3W1QA 3UPBA 5D09A 1Q6OA 1LDCA 3C52A 1YTKA 5D30A 2Y7GA 3P60A 4O1AA 3F1QA 3M5XA 1QO2A 3NM1A 1HFBA 5MHBA 2H3BA 2NWSA 5DCDA 3M47A 3TE9A 5AC8A 4FO4A 3ZWSA 4UFHA 1G4PA 4WOZA 5EA9A 4YMZA 1JULA 4LS0A 4UC5A 1JCJA 1SZNA 4AAJA 3LM7A 4LS2A 5D37A 3TROA 3M5ZA 1RZMA 2A0NA 3IEBA 4WY0B 5DXXA 3W74A 1JCNA 1GPWA 1W5OA 1K7XA 1O5KA 2C15A 4I9AA 3LV5A 4DO6A 1YXYA 2NX3A 4GXMA 1B4KA 3WFAA 3IVSA 4NJGA 4JY9A 1DV7A 2XFWA 3HGJA 5K7JA 1YXCA 4ZVJA 1PVNA 2R14A 4E0CA 1QCWA 4LC8A 2BZNA 4BWLA 4MJZA 1JQVA 1S5TA 4MZ1A 4GFSA 3G1AA 2YW3A 4UR7A 3FYOA 3ZWTA 1OFDA 3PULA 1TMHA 1AL7A 1IXNA 3O63A 2RH9A 2WPBA 4K36A 3N2MA 4O18A 2RHGA 3B8DA 4XWUA 3CIWA 4NZFA 5I3KA 3W6YA 3W70A 4JNMA 4LW7A 3G0XA 3IIPA 3TQ0A 3OIXA 4JN6A 3BG5A 1C8VA 3LCLA 3ABRA 1XFBA 1YTEA 3G8EA 2HSAA 3TC7A 2X2GA 5EBUA 2C0AA 4ZQMA 1ZFJA 1EUNA 1ZALA 3O07A 3W23A 4ZMGA 3E02A 5KSWA 4UTIA 4WY0F 3TV8A 2YSWA 5A5WA 3ZFHA 4DO5A 3G1YA 2FJKA 3W2MA 3SIZA 1RPXA 5G2HA 5BW6A 1EPXA 1VPXA 4DXVA 3C2RA 3LI0A 2YFNA 3VNDA 1MO0A 3OVQA 1SUXA 4GUGA 2V2HA 1A5CA 1I2PA 5IM51 4JYDA 1KLZA 4OQVA 1VZWA 2OT1A 3QF0A 1EP3A 3CPRA 2GJLA 1AW1A 1I8JA 1KM4A 2Z6IA 3TSDA 1NVMA 2CLMA 3WK3A 1ICSA 1QNVA 2Y70A 3W7MA 2X1UA 3W7DA 4PFMA 2VKZG 5D2TA 1JUBA 3C8FA 4Z1BA 3UWWA 4UNKA 1O4UA 3KRUA 5K9DA 1X7FA 3NO5A 4FNTA 4MFDA 1OF6A 1VYPX 1RQHA 3RNDA 2R94A 3S1XA 3PUEA 1L6YA 1H50A 3B0PA 2A2IA 3DU0A 3MI3A 3H53A 5I3GA 3OHIA 3HB9A 4GNJA 4ADTA 1S5WA 1X1ZA 4XBSA 3GAYA 1C29A 1YDVA 5K9XA 4JDBA 4K38A 4RXGA 4A2SA 1OFOA 2HS6A 3TUUA 1R47A 5K3VA 4LV9A 1GT8A 4QIUA 3QSRA 5G1YA 1LORA 1KFJA 2X1SA 3W7NA 2CZFA 1O5XA 1H7OA 5FI8A 2V9DA 5HNRA 5C55A 2R8WA 4O4WA 2C14A 2GOUA 1WXJA 1AG1O 4O57A 3NM3A 3TCEA 3AO0A 3INPA 2QCLA 3DFNA 4JD4A 1ALDA 4Z0SA 4E38A 2QJGA 3MO7A 3CEPA 2GPTA 2VC6A 2GVLA 3P81A 3R5EA 3RF9A 3QQ1A 3QPZA 2EGZA 1WX0A 1KV8A 4DBDA 1UB3A 1OFQA 2YZRA 5KTLA 1GTEA 1DQXA 4IMGA 3ANYA 2Y63A 3GYEA 4UFMA 3W3OA 2J9YA 3W1RA 1W54A 1H1ZA 1Q6RA 4ADUA 4KFPA 3S5ZA 4BI6A 5AB3A 2H3DA 1FDYA 4RZ5A 5AHIA 3HIJA 1EP2A 4JTIA 1AMKA 3W7IA 3W07A 5AYZA 5CGQA 4AXKA 3L0NA 4S2BA 3QMRA 4AF0B 1H7WA 2ISSA 4MYXA 4HSOA 1G4TA 2ZRYA 3IV3A 3TXZA 1EIXA 5E0KA 4CNOA 4O53A 1VC4A 2G95A 4BI7A 3P8JA 3UWQA 4B5NA 1SW0A 1W3NA 1B9BA 1VHCA 1IXPA 5HQEA 3LXCA 4O52A 3QH2A 1I2NA 1TJPA 5FESA 3EWWA 4O1CA 2YYTA 1G69A 4ML9A 4DPQA 3QW4B 5J5DA 4ORMA 4A22A 2A21A 5KZDA 2QKFA 3PUDA 3QQ0A 1SZEA 2TMDA 5LNSA 1P4CA 1YDOA 1ONRA 3TAKA 2CZ5A 1ME9A 4XTIA 5DY3A 2ZTKA 3BLIA 3T78A 2ZRWA 3DZ1A 3TU9A 2RDWA 5FF0A 4I7UA 3W7LA 2H6RA 4JICA 4LT9A 1GYNA 4AWUA 1K7FA 2PCQA 2V2DA 5D05A 4K8EA 2Y7FA 3DHFA 1I45A 3G3DA 3NL3A 3QSTA 3S42A 3ZS4A 1XUZA 1ICPA 2WSYA 1JCXA 3UZJA 1KFEA 3G1SA 1KTBA 3SGUA 3R2GA 1G4EA 3B0UX 3PY2A 1K3UA 2C3ZA 4MVAA 1T96A 3BLEA 1FQ0A 1YYAA 4AEOA 3S5OA 2WNZA 1ZCOA 5TIMA 4W9TA 3L66A 4UXDA 1KV5A 2ZYFA 4CCEA 3GKAA 4EOUA 2CLFA 4R53A 5C54A 1JVNA 4ZQNA 2QJHA 2BSLA 1GVSA 2FPYA 2ABBA 4FIRA 3NL6A 1W5MA 2E6YA 2YYUA 3W86A 4HPJA 3W2KA 2ZA2A 3HO8A 1PIIA 1RD5A 5C5YA 1RVGA 3W1AA 4WD0A 3SW6A 4NX5A 5DBUA 3BGGA 3M0ZA 4FNSA 2DZWA 2FB2A 5LNUA 1XDMA 3G1VA 2ZZ6A 3CT7A 1ZJIA 4CQ9A 2HS8A 4IX2A 4O54A 3SY5A 4MFEA 1FY6A 2WNNA 5F2IA 5CPNA 2YGYA 4AB4A 1OFBA 1LRNA 3BW4A 4POCA 2JBMA 3KX6A 1I2QA 3ELFA 2Y85A 4UFLA 3UY8A 2DZPA 3T4CA 2JKEA 4QM1A 3NVTA 3JR2A 4O0KA 1NF0A 3KOFA 4LS1A 3W72A 1SU5A 4NZJA 2I9EA 5LGZA 3S6DA 1GQNA 1H7PA 3EXRA 4MY1A 3O6YX 4LWWA 2ZCGA 4J9JA 1GG1A 1EWDA 3TSMA 1TPUA 3U8GA 2AGKA 5CSRA 3L21A 4LVFA 3BVJA 1WOAA 4A21A 4IMEA 2ZFAA 2QR6A 4IUOA 3GZ3A 4QJ1A 5DELA 4H6KA 3OA3A 3WK0A 5BMXA 1K7EA 1DJQA 2TRSA 1ZHAA 1JR1A 1KM6A 1KTNA 2TYSA 4JIQA 1EP1A 4HHPA 1K8XA 2W6RA 2QF7A 3M5YA 5AFDA 5CZJA 3FKKA 3DI1A 2JKAA 1FWNA 2YFOA 4NJIA 2E09A 4IXXA 3A5VA 5LSMA 3MBFA 1AL8A 1Y0EA 3MMTA 3G3MA 1BTMA 4NQ1A 2ZRVA 3CC1A 2ISWA 1OFPA 2A5HA 1B57A 5EL1A 5AHLA 4CQAA 2YW4A 2H90A 1OX4B 4K39A 1TYGA 3G0SA 1MZHA 2J27A 2RDTA 3LCWA 3W7KA 2QJIA 3PVFA 4JYFA 1H60A 2WV8A 4C1LA 3S1WA 1TV5A 1SW7A 1G7UA 2OCZA 5D04C 3GB6A 4O17A 3TKFA 3S1VA 1RQBA 4O13A 1XUUA 3E0IA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1W5Q A;  1R2T A;  2DJX A;  3RME A;  3TMQ A;  3AXI A;  3CAV A;  1EJU C;  4MOZ A;  1SM9 A;  2AOS A;  1IGS A;  1L8N A;  4IM4 A;  4E8D A;  3LXB A;  1NSJ A;  1VFT A;  3IJ6 A;  1ME8 A;  4HK6 A;  2XVG A;  4LC6 A;  4U2Y A;  4XKY A;  1KGW A;  5K9C A;  2VUR A;  3W2L A;  1LL7 A;  2DSK A;  4KBX A;  2QNE A;  3E5P A;  1W3I A;  3W2N A;  1R9Z A;  3M0X A;  1LBM A;  4OU1 A;  5TQL A;  1N7K A;  1OX5 A;  1X6L A;  3T0B A;  3JZU A;  4PGL A;  3NQM A;  4PTX A;  1QPK A;  1XS2 A;  3SCV A;  4AD2 A;  3FY1 A;  1DWA M;  1HKJ A;  2BMB A;  4MJM A;  1KBK A;  3IUH A;  2PWE A;  3Q2D A;  4I8Y A;  5AC6 A;  1AD1 A;  2VX6 A;  2VFI A;  4ERA A;  2DSZ A;  1GOW A;  3O06 A;  1M04 A;  4UTT A;  3OOQ A;  2YB1 A;  2WMF A;  3LNP A;  2EG7 A;  3S47 A;  2IS7 A;  3ANV A;  1MSS A;  3OVP A;  4C6L A;  5HBF A;  2ACR A;  4LV4 A;  1KFC A;  4UCF A;  3W1T A;  1J6P A;  1C90 A;  3N2T A;  4WGH A;  4L7Z A;  2ZRX A;  1C8Q A;  3CQ0 A;  2HZG A;  4Q8Q A;  5MKG B;  5CCZ A;  1GQL A;  2XHY A;  4IZG A;  3V75 A;  1YMY A;  8RUC A;  3JRK A;  3GNR A;  2V68 A;  3N11 A;  3ARS A;  3VUS A;  3R1Z A;  3TYB A;  5KMY A;  1QML A;  3NXL A;  2P1F A;  1H51 A;  4QCF A;  4Y96 A;  2J6V A;  3GVG A;  3HPZ A;  1F5Z A;  3IJ7 A;  4OBS A;  2OKO A;  4DAF A;  3VDB A;  1Z41 A;  2CET A;  2QHA A;  1VBR A;  3VGB A;  4XBK A;  1GYL A;  2NWR A;  4IPI A;  5HWJ A;  5D02 A;  1FKW A;  2VEK A;  3S46 A;  4UNI A;  4MIM A;  1LRT A;  3FJ6 A;  3H8A A;  4YTS A;  4C6N A;  4K3Z A;  1V51 A;  2Z0I A;  5IBX C;  1EF3 A;  3PB0 A;  4L61 A;  4XZM X;  3C2O A;  5BRO A;  1F6P A;  2QUL A;  4QLJ A;  4IJB A;  3GIQ A;  2Y5S A;  3I4E A;  4ZOE A;  1W9D M; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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4RCXA

Total Genus

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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