4RCXA

Trichomonas vaginalis triosephosphate isomerase tvag_497370 gene (ile-45 variant) loop 3 deletion protein
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
246
structure length
235
Chain Sequence
MRTFFVGGNWKANPKTVEEAEKLIEMLNGAKVEGNVEVVVAAPFIFLPTLQQKLRKDWKVSAENVFTTVPMIKSFGIEWTILGHSERRDFLAAKAKFALENGMKIIYCCGEHLSEREAGKASEFVSAQIEKMIPAIPAGKWDDVVIAYEPIWAIGTGKVASTQDAQEMCKVIRDILAAKVGADIANKVRILYGGSVKPNNCNELAACPDVDGFLVGGASLEPGFINIVNSNVHSK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Trichomonas vaginalis triosephosphate isomerase loop 3 deletion protein
rcsb
molecule keywords Triosephosphate isomerase
molecule tags Isomerase
source organism Trichomonas vaginalis
total genus 82
structure length 235
sequence length 246
ec nomenclature ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date 2014-09-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4rcxA00
2V5BA 4GNJA 2P1FA 2QDHA 2ZBTA 1EUNA 5FEZA 1FCVA 3W7KA 2Y88A 1FCBA 3MHFA 1Q3NA 1UBSA 2NV1A 3G18A 3QQ0A 4LC6A 5D37A 3B0UX 3NM3A 4K7YA 2RDWA 1WOBA 3DHFA 1QCWA 3O6DA 1FY6A 4IQLA 1B4EA 2W79A 4Y6GA 1THFD 3TIMA 2DP3A 1VRDA 1O60A 2QCGA 2W0UA 3G1VA 1G6CA 1LP6A 1M7OA 3O6CA 2Y61A 2ZRXA 3B0PA 3TQVA 1TSIA 1ZCOA 3QH2A 5HR6A 1W56A 3S42A 3VKJA 2KZHA 2VKZG 3DI0A 1VYRA 3L5LA 4EIVA 2V2CA 2NV2A 2VENA 2VFEA 1B9BA 1M7PA 4M7TA 2ZRWA 4O53A 3W7DA 4FNQA 2A5HA 3WK2A 5DBUA 1L6WA 3STCA 3W73A 1BTMA 3LRMA 3R89A 1RR2A 4M6QA 1JRBA 3PUOA 3TJLA 4JX6A 3OVPA 2OX1A 1R2RA 1P4CA 3SGZA 2WSYA 3LTSA 5C54A 3W6YA 1PVNA 2YZRA 4WX2A 1SW7A 2YYTA 3Q94A 4FX8A 1JR1A 4K7VA 5T26A 5K2ZA 1LBMA 1KFKA 2YYUA 3G1YA 1G4EA 3BW2A 3BLIA 3VE9A 3IGSA 4BI7A 2NUXA 1DBTA 1EP2A 4MYXA 3O16A 4C1KA 3STFA 4AHQA 3WJSA 3M0ZA 5CZ0A 1KLYA 4YWIA 3CWNA 3TFCA 3C2FA 2E6DA 1KM3A 1C8VA 2TRSA 1GOXA 2E6FA 4LVAA 2DZSA 3E0IA 1T0OA 4QITA 1NF7A 1TTPA 3G3DA 4S2CA 5KZMA 2QCEA 5DCDA 3SJ3A 1MSSA 3NL2A 4LT9A 4YLWA 3H53A 2Y89A 5AHNA 1S5WA 2GQ8A 3C3NA 2GJNA 3GAYA 1AW1A 3P5YA 3DI1A 2E6AA 5G2IA 4AEOA 1H7RA 2CLHA 2ZZ1A 3TDFA 4FNTA 4RJEA 4EF9A 3TSMA 3BGGA 2JK2A 4ZQCA 1JRCA 3NQ8A 3GYEA 3O1NA 2B7PA 4I7UA 1VJIA 1LTDA 4I7WA 1EEPA 3CLMA 4MOZA 3TNOA 3AO0A 4HHPA 3RK8A 4AWUA 1OYBA 3TFXA 5U7SA 3GK0A 3I7RA 3RLVA 3HPZA 2GPTA 5F2IA 2C15A 3U6WA 4E0CA 2CZEA 1YLVA 4BK9A 4GRSA 3QSTA 1AW2A 4JY9A 4PCFA 4GUHA 3DZ1A 4UFLA 2Y85A 1LLWA 2CW6A 4N4QA 4ORIA 3MYOA 4JTKA 2QCLA 5AYXA 2EF9A 4MJZA 3U8GA 3W7OA 2YFNA 3VE7A 4K37A 3C52A 4ZQNA 3A24A 5D32A 4OWGA 1KA9F 3UXAA 2ZCGA 4OT7A 5HQEA 3G8EA 4YMZA 3QQ1A 3NQVA 4UNLA 4DO6A 2RKXA 5LHEA 1GYNA 1LLZA 5DCEA 5D03A 4M5PA 4O57A 1H7XA 4DF0A 2YDAA 3W7QA 4X9SA 1JJKA 4K36A 5TIMA 3NQ2A 3IVUA 4WJEA 3KVKA 4HNUA 5AB3A 4JTFA 2ZRUA 3GXTA 3W71A 3ZFHA 1ALDA 4O15A 5F1UA 1H51A 2YGYA 3CT7A 4IX2A 5LNSA 1PCKA 5AC6A 1JVNA 2WOQA 3FEMA 4Z1BA 2R8WA 3OVRA 5HNRA 3WFAA 2J9XA 2QUVA 4AAJA 4O54A 3C0JA 1N8FA 3TU9A 1NEYA 1X8FA 4LC8A 4GXMA 4RXGA 5HUOA 4UTUA 3FS2A 1KV5A 3TAKA 1O94A 3LLFA 5LNVA 4JX5A 4DBEA 1RQHA 4HIBA 3TSBA 4EVZA 3EX4A 4MY1A 1Q6RA 2TSYA 4FIRA 4ORMA 1PV8A 3NNTA 3G1HA 4TR9A 4JD4A 5LHFA 4HNNA 4C1LA 1CI1A 3Q2DA 1KM2A 1SU5A 4PA8A 3G8RA 1TPFA 3QMRA 5KMYA 4EWND 1LORA 3BG5A 3PF3A 2H6RA 4LVFA 3MYPA 3LHUA 2CZDA 4K8HA 2CZ5A 4JTJA 3DFSA 1R47A 2WNNA 5AC7A 2DZXA 3A22A 3ABSA 3HQ1A 3M5ZA 5D05A 1PCWA 1L6YA 2CFFA 3DFOA 3W2KA 3W3OA 3CU2A 5A8GA 5I3HA 3P84A 2Y62A 1AL7A 3ANYA 4CLMA 2WNQA 4WY0F 4NT0A 4NNAA 1KM0A 2B7QA 2ZA1A 3NM1A 2BXVA 3GDTA 3W7LA 2C13A 5AHLA 5CG7A 2G97A 1RV8A 4MKNA 3EX1A 4UMCA 3THAA 2Z6JA 3SR7A 3PUDA 4JY8A 4YXGA 5EYWA 2H8XA 3M41A 2QAPA 5D2VA 3E96A 5ABTA 1K02A 3UPWA 2X16A 3P5ZA 4L4LA 1F76A 2ZZ6A 1Q6QA 2TMDA 2Z0IA 4ZZ9A 4FEZA 3UWZA 1GVQA 5AHFA 4JN6A 1SO4A 4NX0A 3PY2A 3LHTA 3PG8A 3CTLA 1I45A 1MZHA 1XBVA 1P0NA 5G5IA 3B0VC 1TMHA 1FXQA 3EX2A 2QCDA 3IEBA 4Y90A 4WOZA 3GKFA 1OJXA 4FX7A 4RX0A 5LGZA 4IPJA 1GG1A 4BWLA 8TIMA 2V9DA 3TKFA 3IV3A 3F4WA 3EWZA 5BOOA 3M6YA 3QC3A 3W1AA 4Z1AA 3N34A 3CHVA 3TUUA 1YDOA 1K8XA 1QO2A 4FHAA 4UMAA 3W7JA 1XUZA 2ALDA 3NQ6A 3DKJA 1H1ZA 1NAL1 5C2XA 3VNDA 3DAQA 4DO4A 2ZZ3A 5K9CA 4LU0A 2Q8LA 2VELA 4AH7A 3I6RA 2QJGA 4RZ6A 3LXAA 4NQ1A 1MXSA 2QCDB 4O28A 5K7JA 3PBVA 2CLEA 2QAFA 3FYOA 4Y96A 1R46A 4UMBA 2A85A 3HO8A 2BSLA 1R30A 3N14A 3DGRA 3M7WA 1W5QA 3ABRA 1D9EA 2ZZ5A 5LGXA 3PBWA 3P8IA 4WY0A 1OYCA 1P5BA 3NZRA 2JGQA 1UUMA 2WKJA 3IGUA 2GVLA 1W3IA 4UTTC 3LXBA 2FPTA 2NLIA 3PC0A 5D2TA 3P8JA 2X1RA 3JS3A 3USBA 2B7NA 1ZAJA 1XI3A 2DU2A 5AOUA 1LROA 3GXNA 4FNPA 3KFTA 4IMFA 1K8YA 1VR6A 2ABBA 3B06A 3QSRA 4LRTA 4NVTA 4O1CA 4AF0A 2WQPA 2ZZ4A 3HGJA 1TJPA 4JTEA 3LI1A 1JCNA 3BV4A 2NXHA 2AAMA 1OFDA 5DBTA 4UFMA 4QSHA 1QNVA 2FLIA 1H60A 2YW3A 1FWSA 2A6LA 5I3GA 3NDOA 2VFGA 1EP1A 4E2BA 1AW5A 3MP5A 4M19A 5F2LA 2H90A 3CEPA 3P67A 3GR7A 1KBJA 1WQ5A 3LTYA 4OE7A 3NL3A 5HULA 2Y70A 5G2WA 5HR7A 3A9IA 3DH7A 4MZ1A 4MLRA 1A50A 1K03A 4LS2A 4Z1DA 1OFQA 3W1XA 2FFCA 4NZJA 3SSJA 1SZFA 2FJKA 4RZ5A 1LM1A 4FIQA 3KHJA 2A7PA 4WXZA 4QIUA 1HL2A 3R12A 2C3ZA 2J88A 1H50A 3EWWA 3NL5A 4RV8A 1I8JA 1LRQA 1NVMA 1TB3A 3OVQA 4UTTA 1HO1A 4TO8A 3THQA 2E6YA 4ZVJA 4YL2A 3W2MA 1FDYA 4A2RA 3ZS4A 3QRHA 3N3MA 2NWRA 5K9XA 4O52A 1EX5A 4Y9AA 3L2IA 2QCMA 3B03A 3SW6A 2V30A 1S5TA 3MBFA 4LUJA 3EB2A 1WBJA 3FYPA 3IIVA 1NF0A 2ATSA 4JICA 2E5BA 5KITA 3OIXA 1JUBA 1TRDA 1G69A 2X2GA 5GVJA 3NYZA 3HBLA 3W72A 2JKEA 4NJKA 1SFJA 2A6NA 4JYEA 1SZEA 4FO4A 3BLEA 2EAWA 4JTTA 2PE4A 2QCNA 1OK4A 1FXPA 6ALDA 3TA6A 4ML9A 3QJAA 3UNDA 5D04C 5HWMA 4Z0SA 5BNKA 1VCVA 5F1VA 3NQEA 3RFAA 3CEUA 4Y8FA 4UCGA 3CIXA 2X1UA 1SO3A 2I9EA 1ME7A 3MW7A 3O06A 3FKKA 5L9FA 4UXDA 4NXSA 1JCYA 4ADUA 3C4UA 5FF2A 4JIPA 2ZRYA 3W1PA 1OG0A 5CKSA 1SUXA 1WAUA 3A23A 3W88A 4O17A 2YW4A 3UWQA 3W7GA 1H63A 3C8FA 2Z6IA 3HJZA 5D38A 3W7NA 4ADTA 3UYCA 4FB7A 4N4PA 4CQAA 3BG3A 1SPQA 5BRBA 1TTQA 2Y7EA 1Q6OA 3S1WA 1ONRA 4NXKA 1DORA 1XUUA 5AFDA 1JCJA 1GWJA 3L21A 3WJZA 1QWGA 2GVJA 3W84A 3W7MA 1P1XA 4NJHA 3UWWA 3WJYA 4UTWA 3TXZA 5FEXA 1SO6A 3S8HA 1RD5A 4JTUA 1OX6A 1TIMA 3LERA 4QM1A 4S1FA 1ZHAA 4LV4A 1L6SA 5KSWA 4LV9A 4K39A 1NFBA 2ZYFA 2OT1A 2VEMA 3NPXA 2WSQA 3Q37A 1FDZA 3DU0A 1KM1A 2CLIA 3BK0A 2QF7A 3OA3A 1G4SA 3S6DA 3W7PA 1RZMA 1GTEA 2V0TA 1ZENA 2RDTA 2EPHA 2CLMA 2Q3RA 3S1VA 2I14A 2XN0A 3IGXA 3W7EA 3C6CA 2A0NA 3QYQA 1S3HA 4DXVA 2PRLA 4FF7A 5D2WA 4LVBA 3W1MA 4GE8A 2H8ZA 1YXDA 4GBUA 1TYGA 4WXYA 1LOSA 3W7IA 2JKAA 2QUTA 1JCMP 1OF8A 3P61A 4LS1A 3UY8A 4FXSA 1DKWA 1W3TA 3R2GA 2C18A 2FB2A 3GDRA 3PS7A 1XKYA 2R14A 2XN1A 3KAOA 3EX3A 5AC8A 4IJBA 4A2SA 1M5WA 1ME9A 2FQIA 4NJIA 4RCXA 3T55A 3PVFA 1BWLA 1J4EA 1OFAA 4JGDA 3KOFA 2V5LA 3T78A 1UASA 3WK3A 1TPEA 1PS9A 1VZWA 4M7SA 4NJJA 3OBKA 3STEA 4BI5A 3TW6A 5FF3A 3IIOA 1B3OA 1H7PA 2QCCA 4DQWA 1C9DA 3F1QA 5AYZA 2O7SA 1IGSA 1TCDA 4EOUA 4E2DA 1I2NA 4ZQRA 5G4EA 4I9AA 5I3FA 3EWBX 3N9RA 4IUOA 4A3UA 2WJZA 5DLCA 1H62A 3QF0A 4HSNA 1TRIA 3W7RA 1SW0A 2VOMA 1DHPA 3W1LA 3T7VA 4JYFA 3MBDA 2WPBA 3OEXA 1I2OA 3OG3A 2YPIA 3DBPA 3EXTA 3I65A 3RF9A 1AL8A 4DPQA 3WK1A 3LV6A 3UQNA 4UFKA 5FF0A 2EGZA 3T40A 1VLIA 1W54A 3QEZA 1TPC1 3EXRA 1WDWA 3V75A 4NX5A 4LOCA 1LRNA 4O13A 2FPYA 3E49A 5BMXA 1ZNNA 3OHIA 1TPWA 2YXGA 3NPUA 3EKZA 2GQ9A 4UC5A 4MFEA 1TV7A 4N9EA 2Y6ZA 1PHQA 5H2ZA 4HPJA 1XDLA 2TPSA 5I3KA 5LNUA 5CZSA 1TJRA 3NQAA 2NX9A 2Q3OA 4PEKA 3WJWA 1YXYA 5I3IA 3RMJA 2GJLA 3RU6A 3IRDA 4ADSA 3W1NA 1KFEA 3NL6A 5FI8A 1W5MA 3MHUA 2GVGA 1G7VA 1W5OA 2J27A 2YFOA 4HNVA 4X3ZA 2E1DA 3A5FA 3W85A 4UFIA 3LV5A 4WD0A 3STGA 3ATYA 4TMBA 1YDNA 4IMDA 4N02A 2E5DA 3QZEA 4N6EA 3LRLA 1XM3A 3P60A 4RK8A 3EEGA 4K38A 4H3DA 4DPPA 5KTLA 1MEIA 3E12A 1Z44A 3NXFA 1M6JA 4UTIA 1GPWA 4OHQA 1UB3A 5DN1A 1H1YA 3B8DA 4LWWA 5F2GA 3INPA 1VC4A 5AN7A 1PHWA 1F5ZA 2RH9A 4KWWA 3W70A 4UFHA 1A5CA 3HMJG 2ZZ2A 3GVGA 2QKFA 1R2TA 2VEKA 1FQ0A 1EIXA 3UY7A 1X1ZA 3NGJA 2IQTA 3GXPA 2YR1A 1ICSA 4XBKA 2DZVA 1WXJA 5AHIA 1DVJA 3N73A 1R2SA 1XBYA 2ZRZA 4HT3A 1PIIA 1EP3A 2QCHA 2JGYA 3P81A 3NQDA 4PTNA 1TPB1 1DL3A 3PB2A 3EWYA 4U4MA 5CSSA 1VH7A 3HGOA 1OYAA 2H3DA 3SFKA 5I3JA 3BARA 4P2VA 4PL2A 3DFNA 4O14A 3I7SA 3NR0A 1A53A 2ZTKA 3W86A 1G7UA 4QISA 3TXVA 3W1TA 1DJQA 1HG3A 4IX0A 3HG3A 5HINA 1JULA 3A21A 1DOSA 3UZ5A 5SWUA 3N19B 1W3NA 4RR4A 3QM3A 3PBYA 4O18A 4UTLA 1LBLA 3TMLA 3LCHA 1Q45A 3NEVA 4BF9A 3S5OA 2NWSA 1SFLA 3O8AA 2ABAA 3CIWA 3LM7A 4L4MA 1XDMA 3N9SA 1ML1A 4PODA 1QOQA 5D02A 4GJ1A 1TO3A 2NXIA 4XTDA 3TCEA 4LTSA 1OFPA 3QMSA 3PUEA 4PC8A 5DY3A 2ZDRA 4XBSA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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