4RCXA

Trichomonas vaginalis triosephosphate isomerase tvag_497370 gene (ile-45 variant) loop 3 deletion protein
Total Genus 82

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
246
structure length
235
Chain Sequence
MRTFFVGGNWKANPKTVEEAEKLIEMLNGAKVEGNVEVVVAAPFIFLPTLQQKLRKDWKVSAENVFTTVPMIKSFGIEWTILGHSERRDFLAAKAKFALENGMKIIYCCGEHLSEREAGKASEFVSAQIEKMIPAIPAGKWDDVVIAYEPIWAIGTGKVASTQDAQEMCKVIRDILAAKVGADIANKVRILYGGSVKPNNCNELAACPDVDGFLVGGASLEPGFINIVNSNVHSK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
EMPTYS2 (37-41)S1 (5-9)TIV1 (10-13)TI3 (218-221)TI1 (55-58)AH7 (173-191)3H1 (44-46)AH2 (47-53)S3 (59-62)AH4 (89-112)TIV2 (62-65)TIV3 (65-72)AH3 (73-79)S4 (83-86)TII1 (148-151)TIV4 (85-88)AH5 (124-129)3H3 (152-154)S5 (115-120)3H2 (144-146)AH6 (131-143)AH8 (193-198)S6 (155-159)3H4 (162-164)O1 (160-162)TIV5 (164-167)TI2 (208-211)S7 (201-203)S8 (223-226)AH10 (233-240)3H5 (228-231)AH1 (17-29)AH9 (211-217)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Isomerase
source organism Trichomonas vaginalis
publication title Trichomonas vaginalis triosephosphate isomerase loop 3 deletion protein
rcsb
molecule keywords Triosephosphate isomerase
total genus 82
structure length 235
sequence length 246
ec nomenclature ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date 2014-09-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4rcxA00
1QR7A 3PVFA 5AHLA 3NXFA 5BOOA 5F4WA 4XWUA 3ZWTA 1KFCA 1YXYA 3QRHA 1LDCA 4TMBA 1QCWA 3TFCA 1TRDA 3P74A 4C1KA 3W2NA 3NM3A 3QJAA 4ORMA 1ALDA 1TYGA 3LCHA 4AWSA 3KVMA 1P4CA 3DENA 3KFTA 3C2EA 1BTMA 2ZDRA 1IXQA 3UXAA 1OFAA 5FEZA 2E09A 3TMLA 1OYAA 5D03A 3W2MA 3MP4A 3GB6A 1SFLA 4WY0F 2TRSA 2FIQA 3UWZA 5FEWA 3S5ZA 3S5NA 4Z0JA 3DFTA 4IQLA 3PY2A 3QF0A 3TJLA 4RCXA 1SFJA 1P0KA 3W7KA 4MLRA 3L21A 4JTGA 3NVTA 5C5YA 2ISSA 4UIOA 3W1NA 3G0SA 5AYXA 4YMZA 3FYPA 3LTPA 2E1DA 3W88A 3PUEA 5T26A 4TIMA 2ZQ0A 3RLUA 2VFFA 1LTDA 1VR6A 3KOFA 4QIUA 1TRIA 1UUOA 3G8RA 3UD6A 3LHYA 1TQJA 3A9IA 4K38A 2V82A 2ATSA 1EP3A 3TNOA 3G1SA 3I7QA 1TTIA 4ZQRA 1FDYA 3PB2A 4AXKA 1PVNA 4FXRA 4UUIA 2I1OA 2CFFA 3FFSA 3W07A 4MZ1A 5G5IA 1GTEA 3PBWA 2CLFA 3C52A 3M5YA 4NU7A 1IIGA 2QCDB 3GKAA 3EX4A 3GDRA 5C54A 4UMAA 5D09A 4QITA 2Y6ZA 1YDVA 4NVTA 1J2WA 4HT3A 3MUXA 1FWRA 4IMFA 5HWNA 3CPRA 1OK4A 1OX5A 2VENA 4Y8FA 1EP1A 4H6KA 2C1HA 3S1WA 3I6RA 4LOCA 4NXSA 5AOUA 2VEIA 1LOLA 2EKCA 3GDKA 5KITA 3TC7A 3GX9A 1KM3A 3MW7A 4JNMA 5FF4A 4RV8A 4M19A 3KHJA 1KM5A 1BEUA 4JX4A 2TYSA 3LI1A 2A2IA 3WJSA 3CEUA 4XBKA 1YTKA 2QKFA 4JY8A 1I45A 3I7SA 1TV5A 3QMTA 4LVDA 1HUVA 1JUKA 4M7SA 2QDHA 2V2HA 1VYPX 1FWTA 4CQ9A 1H7WA 4RK8A 1QDSA 2HSAA 3G1FA 3NA8A 4UTWC 3FJ6A 3MHFA 4DQWA 3T55A 3IIPA 4WD0A 2PE4A 1O94A 1KM0A 3P8IA 1XXXA 4G1KA 5HUOA 4NQ1A 8TIMA 2BSLA 1XI3A 3OVPA 1AL7A 4JDBA 4LTSA 4GFSA 4KFNA 1W5NA 1TPC1 3R2GA 1AW2A 4ADTA 2EAWA 3YPIA 4N2YA 4B5NA 3H53A 4IOTA 4IXXA 4Y9AA 4M5PA 1F74A 1JCLA 3B4UA 3ATZA 4UTUA 2J27A 1AL8A 3L5MA 1I2OA 5HINA 3SR7A 3U8GA 4N9DA 2QCHA 3O6DA 1SPQA 3HGSA 3QW3A 4LC6A 3UZJA 3IGSA 4LVAA 1SSGA 3ELFA 5LHEA 3NQ2A 2Y62A 1EB3A 5CPOA 4ZQNA 1GWJA 4JEQA 4L4MA 1FY6A 1OFPA 1GYLA 1OFRA 3GAKA 4NX5A 1KTNA 2CZFA 4LU0A 4XTIA 1OFDA 3M1ZA 1L6YA 4IGHA 3O05A 4NJKA 3W2JA 4O28A 2VFGA 3W9ZA 2YW4A 3C4UA 1OFQA 2ZCGA 3WFAA 1F73A 4CNOA 5LZLA 1H51A 4WOZA 3LGEA 2VOMA 4EF8A 1GG1A 3W7IA 3IVTA 1IXOA 1G7UA 4A2RA 5DCEA 1G6CA 1O5KA 1L9WA 4IMDA 1MXSA 3MMTA 1WYIA 1IIHA 2ZYFA 3F4NA 1B4EA 3TSMA 2G96A 4PTNA 5AHIA 1A53A 2EGZA 3QSTA 4CQ8A 4O10A 4AWUA 2H90A 1KBIA 3FKKA 4MLJA 3TQVA 4K39A 3HPZA 5G1YA 1RPXA 1TPB1 4UTHA 3LCFA 3MBDA 1FXPA 1R2SA 2GJNA 1GOXA 3DFNA 1G7VA 3CLMA 1C9DA 3F4WA 2V9DA 3FYOA 4MVAA 4WUIA 3PG8A 3UPBA 1SZNA 2Q8ZA 4Z1DA 3TW7A 1LRQA 4E0CA 1N55A 5ABTA 2I9EA 1KM2A 3P61A 1WQ5A 3WJXA 4AF0B 4QM1A 4GC4A 1JVNA 4YCOA 3IEBA 4UTTA 2E6YA 3H54A 3W3OA 3KX6A 4LW7A 1K7EA 3N19B 2QR6A 2WNQA 3GDLA 3GLCA 4DO4A 3OEXA 1DBTA 5CZJA 2Y7GA 3NQFA 4JTIA 4JDYA 4PL1A 5TBOA 1EX5A 3CWNA 1O5XA 3T40A 1CI1A 5KZMA 2PRMA 1HTIA 4JTHA 4TU1A 1SUXA 2OCZA 2YYUA 3GDMA 1W5MA 4DF2A 1KLZA 4ZVJA 3EX1A 2W6RA 3BARA 1GQNA 1TPEA 2E6AA 4X3ZA 5KINA 5CGQA 4ZQMA 2CWNA 1TQXA 3N2XA 1DORA 4KWVA 3QPYA 4O54A 1S3HA 4XKYA 1FXQA 4N6EA 2E5DA 3THQA 1A5AA 4JTKA 2R14A 2ATMA 3E49A 1Y0EA 3HF3A 4FIRA 2ZRZA 4JR5A 3NO5A 3TAOA 2Y89A 5HULA 3N3MA 2OJPA 5KMYA 2TMDA 4GUFA 3ABSA 4UTLA 2Z0IA 2NXHA 3LM7A 2C6QA 1TPH1 2XN2A 3O6YX 2RDWA 5J5RA 1XUUA 2A85A 4YL2A 2WO5A 3UZ5A 1WXJA 1ZENA 1Z48A 2YXGA 1A5CA 1W37A 1SSDA 1F6KA 2BLEA 3VKJA 3MP3A 4FNTA 1HG3A 4K37A 4RR4A 1UASA 2Z1BA 3SJ3A 1UCWA 3GR8A 2J9ZA 4H3DA 4Q4KA 3OVRA 2UV8G 1ZAIA 4JX6A 4UFIA 5IBXA 5H2ZA 4DXVA 2ZZ1A 1LCOA 2ABAA 3PBYA 1WA3A 4DPQA 3S5OA 3C6CA 4XQ6A 3QMRA 1DL3A 1SZFA 4O0KA 2BWGA 2AGKA 5K3VA 5LNWA 3LXAA 3E9AA 4HHPA 3W7LA 3C8FA 2J6XA 3MP5A 3S9YA 3P60A 1OHLA 4PFMA 1R2TA 4HSOA 5A8GA 1H1ZA 4UFLA 3LCXA 4XUGA 4LS1A 3W72A 1YLVA 4MUZA 3EWBX 2EF9A 1MEIA 3TDFA 4MJZA 4DPPA 1GZGA 3INPA 2B7NA 3P5ZA 5I3HA 3UYCA 3VCRA 3PBUA 3G18A 5K7JA 2V5BA 2RDTA 3T7VA 1TMHA 5EYWA 1H7RA 1KV5A 5FEXA 3GKFA 3TR2A 2C13A 1EUNA 5DELA 4JYEA 3LB0A 3O8AA 1GTHA 1JUEA 2QUVA 2QCNA 4AAJA 1TCDA 1QNVA 5K9DA 4X22A 2WKJA 1GPWA 6TIMA 3W1UA 3W83A 2W0UA 3FJLA 4TR9A 1I2PA 2Z2UA 3GAYA 4MZYA 5CPLA 3RU6A 3L0KA 5E1QA 4JS3A 3MI2A 3OA3A 1LOQA 1QAPA 2DZUA 3IGUA 2TPSA 1XDMA 2ZZ6A 1YYAA 2O7SA 4YWIA 3B04A 4MIMA 1K03A 1LRTA 2DU2A 4PC8A 1B57A 4OU1A 3W23A 5F4SA 2ABBA 2VFHA 3CIWA 2DZPA 3L0GA 3UQNA 3N9RA 3HQ1A 2NXIA 3GXTA 3TK7A 3G1VA 1X1ZA 1GYNA 1JCNA 3R8RA 3NPUA 3FLUA 5U4NA 3FS2A 4MY9A 3PR2A 3RNDA 4FB7A 5I3JA 1J5TA 1KTCA 4IWWA 1Z44A 1Q3NA 4BR1A 1U83A 5EY5A 1H61A 2F7FA 3G1AA 4XTDA 1JQVA 2VEMA 4KWWA 3WK1A 4O1CA 4UNKA 3NGJA 4O4VA 4N9EA 4GUHA 3EWYA 2A6NA 4IMGA 4WQ6A 1H60A 4QNWA 5G4WA 1SQ7A 5HQEA 3W87A 4IPJA 2QAPA 3LLDA 3LCWA 3S5YA 2CZ5A 1L6WA 2CW6A 1VLWA 2CZEA 1T8XA 4UFHA 3C2VA 3DKJA 3UPWA 1OX6A 5HJLA 5DLCA 1QMLA 3DBPA 3LHZA 1DJQA 4GUJA 3W7DA 4NJJA 2OX1A 4LC8A 1X7FA 3DKLA 5AN7A 4BI5A 4R33A 2ALDA 2FLIA 3C56A 3GIYA 5HUPA 3L2IA 1W3IA 4E38A 1O4UA 3P62A 3SECA 1YPIA 4M6VA 3NQCA 4R34A 3M43A 2CLHA 1TJRA 2H6RA 3L5AA 4CCEA 4N9BA 3RF9A 4JTEA 3KVKA 1F2JA 3PS7A 1XL9A 2ZRWA 1GJPA 3M41A 1TPVA 5CZSA 1FWNA 4L4LA 4LVBA 4ZZ9A 2Y85A 1X6UA 2W79A 3JR2A 2RDUA 3BK0A 3GVGA 5K2ZA 3NZ1A 5DY2A 2QCMA 4EOUA 2H8XA 3STCA 1OFOA 4BF9A 1NEYA 2NUWA 3RLVA 1KM6A 3G0XA 2RH9A 2Q8LA 2V8ZA 1IXNA 2HS6A 3P81A 3RMJA 3W85A 5K9CA 1ZALA 3LXCA 3S1VA 1W1ZA 1WOAA 3LLFA 1TO3A 3MO7A 4NX0A 4UTJA 1NVMA 4QISA 4O18A 4LY8A 2BXVA 1W56A 2ZTKA 4AHQA 3VI2A 4AHPA 3HB9A 2EHHA 3TFXA 4KKXA 3C3NA 4M6QA 3EX2A 2H3BA 3EX6A 3QC3A 5G1TA 6ALDA 3KAOA 3DXIA 3QQ0A 3NPXA 4NNAA 4OWGA 3W2UA 3NL3A 4CNNA 3PSWA 1XBZA 1D3GA 5G4EA 5AB3A 4QSHA 1Q6QA 2QEZA 1H62A 4H4IA 1JCXA 3SZ8A 1SZEA 3W7CA 1TTQA 1FCVA 3QPZA 3ZR4A 4OT7A 3LDVA 3W1QA 4LWWA 1RQBA 3NEVA 4O1DA 3LCGA 3HG5A 1XDLA 5LSMA 1ICSA 5HMSA 3CB8A 3ANYA 3HPXA 4JTFA 1X1OA 3P67A 1G4SA 3PBVA 4UC5A 1QPQA 3RK8A 1AW5A 5D2XA 1DVJA 3QEZA 1LBMA 5BMXA 3HG2A 3BW2A 3V75A 1XBVA 3VE9A 2QJHA 4AEOA 1W5QA 2QDGA 4WY0A 4O52A 5EA9A 5HR6A 3AO0A 4RZ6A 3LHTA 3NPWA 2QCEA 5D32A 1PCKA 1XUZA 1P0NA 2DZWA 2YGYA 1VCVA 1EEPA 2J9YA 3MJYA 4CNPA 1FX6A 2Y63A 1VHCA 4AH7A 1Z42A 5I3FA 3TCEA 1Q6RA 3BG3A 3IIZA 3A5FA 1VCGA 1OG0A 4XKYB 5IM51 4AMAA 1QOPA 1C29A 1GVQA 5BW6A 4O8RA 3SI9A 4BK9A 5CPMA 5FF3A 3W74A 4DO6A 3AJXA 5F2LA 3WK2A 1F6PA 3W84A 4A29A 1NAL1 1MSSA 3GR7A 1PV8A 2A7PA 2QUTA 2DZSA 2HMCA 3OBKA 1F5ZA 3W7OA 1H7PA 3W86A 5DXXA 3W1LA 2DJLA 2ZZ3A 4M7TA 3DHDA 4O4WA 3W76A 4O15A 5DY3A 2V5LA 4KFOA 1SW3A 4YXGA 3NNTA 4O14A 3SW6A 3TH6A 5F2MA 1LOSA 2G97A 4HKPA 2ZRYA 2A0NA 3NAVA 1R47A 1ZY9A 7TIMA 4Q33A 3SGZA 5AHNA 2VKZG 1WBHA 4UCGA 3TROA 2QCCA 4RZ4A 1HL2A 2GPTA 4KFPA 2VEKA 1H7XA 4JD4A 3L68A 4Z1CA 5CKSA 2B7OA 4U4MA 2A1YA 3BLFA 4WJEA 5AHMA 3GXPA 3WJWA 3O1NA 3NG3A 3VE7A 1KW1A 3LV5A 1HO1A 5SWUA 2E5BA 2C14A 4JTLA 4GNJA 2ZZ2A 3UWWA 1JULA 1LORA 3DU0A 1W5OA 3A5VA 1W31A 3W7EA 1TPFA 4DO5A 4Y96A 1ONRA 3HO8A 5D30A 2A7NA 2YPIA 3MI3A 4O0ZA 1NSJA 3EWXA 1AG1O 3G8EA 2R94A 2HTMA 4NZFA 1K8XA 1AW1A 1M7OA 1KFLA 1G4TA 3NL6A 3HBLA 2Y70A 5GVJA 4FX6M 1LBFA 1OABA 2IQTA 2H8ZA 2OZ0A 1VGAA 3EXTA 4MYAA 3Q94A 4K8HA 1WDWA 3W73A 2WNZA 4QAIA 5E93A 1VRDA 3TIMA 1V7YA 4BI6A 3QZEA 1WV2A 2PRLA 3L66A 1XBXA 1UUMA 3NZRA 2DJXA 4TX9A 1K7FA 4W9TA 1SU5A 3CT7A 3E96A 4OHQA 1TTJA 2ZRXA 3D0CA 3JS3A 3N14A 2GOUA 1RQEA 3L65A 1DQWA 3EEGA 3OG3A 3W1XA 1TREA 2NV2A 1D9EA 4MPQA 1K8ZA 2H3DA 4NZJA 5LHFA 1VS1A 2AQWA 3W1RA 1FQ0A 1ZFJA 4I7WA 4MFDA 2QF7A 3EXSA 1KFKA 5D05A 1LLZA 2X1TA 3STGA 2CLKA 1JCMP 2I14A 3TSBA 3W7JA 4PEKA 5KZEA 4FNUA 1YXCA 4OGZA 1WX0A 2OMAA 1LZOA 1VPXA 3PSVA 4ORIA 3M44A 4A3UA 3HOJA 2P0OA 1KM1A 3R13A 3U6WA 4NUWA 1OVDA 3IVUA 5FI8A 1H5YA 3BG5A 2RFGA 2JGYA 5C2XA 3TE9A 3UXDA 2P1FA 1RR2A 2ISVA 4R7JA 3UWUA 2V30A 1WOBA 5DBTA 2XN1A 2DZXA 3IV3A 5EPDA 1AK5A 4RLIA 3PULA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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