4RE3 | Genus

Total Genus 198

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	198
sequence length	483
structure length	483
Chain Sequence	AAPFTYWLNPEIYDAGGLSRRAFPEGFVFGTAASAYQVEGMAKQGGRGPSIWDAFIEKPGTIPNNATADVTVDEYHRYKEDVNIMKNMGFDAYRFSISWSRIFPNGTGMVNQEGVDYYNRLIDYMVKKGIKPYANLYHYDLPLALHEQYLGWLSPNIVEAFADYADFCFQTFGDRVKDWFTFNEPRCVAALGYDNGFHAPGRCSGCDAGGNSTTEPYLAAHHLILSHAAAVKRYREKYQLYQKGRIGILLDFVWYEPFSDSNADRAAAQRARDFHLGWFLDPIIHGRYPYSMLEIVKDRMPTFSDEESRMVKDSIDYVGINHYTSFYMKDPGPWNLTPTSYQDDWHVGFAYERNGVPIGAQANSYWLYIVPWGINKAVTYVKETYGNPTMILSENGMDQPGNVSITQGVHDTVRIRYYRNYITELKKAIDDGAKVIGYFAWSLLDNFEWRLGYTSRFGIVYVDYKTLKRYPKDSAFWFKNMLS

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

publication title	A Single Glycosidase Harnesses Different Pyranoside Ring Transition State Conformations for Hydrolysis of Mannosides and Glucosides doi rcsb
molecule keywords	Beta-mannosidase/beta-glucosidase
molecule tags	Hydrolase
source organism	Oryza sativa indica group
total genus	198
structure length	483
sequence length	483
ec nomenclature	ec 3.2.1.25: Beta-mannosidase.
pdb deposition date	2014-09-21

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00232	Glyco_hydro_1	Glycosyl hydrolase family 1

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	4re3A00

4XZWA 2WHLA 4AEFA 2CYGA 3ARXA 5D8ZA 1CTNA 3WEMA 1RD6A 5ABFA 3CZLA 3QHMA 4PMQA 2XGIA 3AHXA 2QF8A 1E70M 4AW7A 1QW9A 5ABGA 2YLAA 3DYPA 3WF1A 4HU0A 4A3HA 1ISYA 1W2VA 2J47A 3W25A 5I77A 3SURA 3ZO9A 1XH0A 1MVYA 3SEPA 3ARYA 4MADA 4MJ2A 2GDVA 2ZXBA 3SCQA 2WPGA 4MB5A 1GOIA 1UR0A 1XD1A 1R7AA 3AIUA 5LA1A 2PBGA 3N9KA 1BYAA 1LL7A 3W0KA 3G6MA 5D9OA 1CXEA 2GDUA 1OINA 4PCTA 1E6RA 3VGDA 3THCA 4BS0A 3PZIA 3AS2A 1JAEA 2EPMX 3MKKA 2ZUMA 3I3EA 4P8UA 5I23A 2W62A 2WMIA 1GPFA 1PX4A 1GJUA 4NRSA 3ZT5A 3GNRA 5CPQA 5A6KA 3AIWA 4UQBA 1S46A 2IUZA 1E72M 1E71M 3AMKA 5JIWA 3BH4A 3QOKA 4AD0A 1XSKA 2G41A 2UY2A 1WB0A 4AD1A 1ISXA 5IHRA 3W26A 3CUJA 1HP5A 1JFXA 5A3HA 3WNOA 1KWGA 1OIFA 1UKOA 4GPNA 2BVYA 4PSRA 1MFUA 1GQIA 3UEQA 2PBOA 3A3HA 3MUAA 3VIJA 3FHAA 1UD3A 2X05A 4B9YA 4D6CA 1HL8A 2WVVA 3UR7A 4CCDA 1V03A 2WHJA 3EDDA 4XX6A 5AY7A 2VZOA 2IXVA 4CD5A 3CHDA 4ZEPA 1QNQA 1CEOA 4X0NA 4A3YA 3WQ6A 4MDOA 2D0HA 2E9MA 4E2OA 2WLZA 3VIOA 4WKAA 3WH8A 3GXFA 6A3HA 3GTNA 3DHPA 4CD6A 2FDMA 3F4VA 1QBAA 3S2CA 3AZSA 3AHVA 4JZ5A 2XM2A 3OLEA 2ZUTA 2Q8XA 3LPPA 1J0KA 4LQ1A 1W1YA 1LQ0A 3WD1A 1BVZA 1OM0A 4FF5A 3WSUA 2VZTA 1E6XM 1V6UA 1JNEA 1W1TA 3KE0A 1BAGA 3VVGA 4GKLA 3MUZ1 1PBGA 5E9AA 2WBGA 4HTYA 3N17A 4AZBA 8CGTA 3EYPA 1V08A 3M7SA 5CQ1A 3U5UA 1MQRA 1V3LA 4TTUA 2WLYA 1UG6A 1J12A 3WEZA 3WDIA 1QOXA 3CZJA 3AYSA 3BLKA 3WD0A 3N12A 2NT1A 5FD0A 3W38A 4EKJA 5IFPA 4P7NA 5E6YA 1ISZA 1HVXA 3IAQA 2WVVB 2WHMA 3VD3A 4EK7A 4W8BA 1DEDA 2WVUA 4TX8A 4D6GA 1OB0A 1QHPA 3BAJA 3EDKA 4TVDA 2XM1A 4JFUA 5EB8A 4D72A 3WBEA 3F5KA 1B3ZA 3HN3A 1FP8A 3W82A 3PHAA 2A3HA 2DT1A 4GINA 1JDDA 3CZKA 2W61A 2DPEA 2VVNA 4PMOA 4WLCA 3AHYA 4CCEA 2VQUA 2JIEA 3GZAA 4W86A 2WC7A 1B31A 2VX7A 2VX6A 1HX0A 3KEHA 1EOKA 3BAKA 1FA2A 2ZWYA 3UG3A 2XG9A 2DIEA 1KXTA 4QFUA 2VTFA 1V0NA 2OSXA 3BGAA 3OG2A 1UD8A 3CZGA 4AC1X 2PWDA 2G3IA 4OJYA 1H5VA 2O9OA 4XV0A 4M29A 1OIMA 4OUEA 2CBJA 1A3HA 1E5JA 1KXQA 1V6WA 2EO7A 2Y24A 3BMWA 2WMJA 2CBVA 4WKHA 4GQRA 1XRVA 5M3WA 1C8QA 5A69A 1H41A 3AHZA 1NOWA 4AYSA 2YIHA 3WQWA 1JZ7A 4QLKA 5BROA 3VGFA 3WIJA 3WNKA 4D1IA 3OLGA 2DSUA 5A8PA 1RP8A 2JF6A 2V5CA 1UD5A 2WNWA 2PF0A 3VILA 3WEOA 3GNOA 2W66A 4GI8A 2VX4A 2B31A 1EGZA 3PZMA 1PJ9A 2YBTA 3RPMA 4D6FA 4H04A 3BC9A 3GH5A 3O9NA 1TUXA 1ZBVA 2VI0A 2Z1SA 2GSJA 4P8XA 5F7UA 1EQCA 4NZCA 2GJRA 2V3DA 2XTKA 3AMGA 1BVNP 1QNRA 5M5DA 1VEPA 2VZUA 3TTSA 1CLXA 2IXUA 1JL8A 1OD8A 2ZXQA 2D24A 4H7VA 2DEPA 4Z2JA 4AD2A 1VEMA 3VOCA 2WB5A 4JHZA 1SMDA 1XCWA 3CHEA 2ZX8A 4NI3A 1GQLA 1SYTA 4IISA 3AISA 3WH9A 1WE5A 1LL4A 3VDAA 3DC0A 1N82A 1VFMA 4QP0A 2YBUA 4NSBA 5A6AA 4PMDA 4U5KA 4PTVA 1UR4A 1H4PA 3PZ9A 3VD5A 1V3MA 1E5NA 3ZT6A 4OZOA 1B1YA 2Y8VA 4HZ8A 1B90A 2PC8A 1H0GA 1W91A 1GOWA 1JXJA 1TCMA 4ATDA 5AC4A 3SCTA 2DGAA 4F66A 1VJSA 1V0MA 5AYBA 3AIQA 4YHGA 1Y7VA 4IUGA 2BV9A 4DM2A 1JYXA 5FCZA 3VD7A 1JF6A 3S6TA 4ACYA 1JZ2A 3W24A 2D1ZA 1D2KA 2X2YA 3VMOA 1WKYA 3K4DA 4AXNA 1B30A 1XYFA 4Z2LA 1X1NA 4UFLA 4CD8A 2EPKX 3CBWA 2XIBA 2QPUA 4D6DA 4LYRA 2J25A 3U57A 1E6QM 4HOXA 3TP4A 1QBBA 2G3MA 2GFTA 1XV8A 1PIGA 5CG0A 1JZ5A 4UFMA 1B3WA 4H8UA 4GZIA 2DSVA 3EMZA 1TR1A 2PI6A 1BYCA 4ML4A 2E8ZA 2OSYA 4H2CA 1JG9A 4J3VA 4D6HA 4P8WA 2ZX7A 3VTRA 1ZB5A 4P8VA 1J0JA 3GM8A 3RMEA 1ISVA 1OGSA 2QHAA 5E70A 4EAMA 2G3NA 4NRRA 3UG5A 4GO8A 2XPKA 4E4PA 4J3SA 4OKDA 1E3ZA 4W5ZA 1CIUA 1E4IA 5ECUA 4JFSA 3K4AA 1FP9A 4FLOA 4AEEA 1WZKA 2XSBA 3CZEA 1EA9C 1BGGA 1HN1A 2G4FA 1D3CA 3WDPP 1UZ1A 3WY1A 1OSEA 1QI3A 1UR9A 2J8FA 1QHZA 3AIRA 1QI0A 2F2HA 1JFHA 1UUQA 4M81A 1W32A 2GK1A 2JIWA 3VGBA 2J7CA 1B3VA 5JBEA 3UESA 3AROA 3AOFA 3ZQ9A 3ZM8A 4AISA 4J3XA 4J3UA 5CSYA 1BF2A 5A8QA 3WL0A 2C7FA 4M8UA 1QW8A 3HMCA 5IHSA 3K46A 3PN8A 3WD3A 3KZSA 3B9EA 1BG9A 4PMNA 2W91A 3ZJ7A 3CHFA 5I2UA 5GNYA 4RE2A 4K68A 4X0VA 4PSPA 3VNYA 3SCWA 1YHTA 2A3EA 4WF7A 3GBDA 4CU8A 2CHOA 1W9DM 1XGZA 4KRUA 4MPKA 3U5YA 3WH5A 4M1RA 4MNLA 2DDXA 5LA2A 1GONA 3KL3A 4OIFA 1NWTA 3AMCA 4CVWA 2HVMA 3VINA 2J62A 1JZ6A 1WDSA 2XYLA 1B3YA 3L2MA 3NSMA 2JALA 3AQUA 3VGHA 5CPSA 4UCFA 1WDPA 2GUYA 3GDBA 1K9DA 1VFUA 2XVKA 1E56A 3AIBA 1ODUA 2OWCA 4KGLA 2J74A 2PWGA 7CGTA 1IV8A 3EMQA 2XFYA 4XZBA 1OT2A 1HJUA 1VIWA 4J27A 5I3DA 4FMVA 5BYWA 1KBBA 1P6WA 3ARRA 2GK1B 5E09A 2VQTA 2Y5EA 3AZRA 4GZEA 2EQDA 5A6SA 1UWIA 3VKKA 1CDGA 4E8CA 1M04A 2WVSA 1H49A 2UY5A 3MUY1 2WCAA 3IJ7A 5CJ5A 3MMDA 2O92A 4FLRA 4Q7NA 3N18A 1US3A 2X0YA 2XVPA 4RE4A 3RM9A 2VRKA 2J78A 3WH7A 5A6BA 1AQMA 2YL6A 3W53A 1EHNA 2ZX9A 5HPOA 1EIBA 3L4ZA 5M03A 1WCGA 3QHNA 2WXDM 4CN1A 5DF0A 1UKPA 1QPKA 3LPOA 5I5RA 1AQHA 5DO8A 2A3CA 3TA9A 3PTMA 2JFEX 5A8MA 3VMPA 4F9JA 4PBGA 1MXDA 1B0IA 3WDQA 1CBGA 1E4NA 3FY1A 2CCRA 1C8YA 2XIIA 4UFKA 1E73M 2EBNA 1DP0A 2D3NA 4AIUA 4JKMA 3VIFA 1G9HA 4B9ZA 4V2XA 1E9LA 5CPTA 1OCQA 3O2LA 4FLSA 4PMUA 2G8ZA 4KMQA 1GHSA 4F79A 3NSNA 1GNXA 2D22A 1ZBWA 1XHGA 1QI5A 3DECA 3W27A 1KBKA 4MNMA 4AWEA 4D6JA 1W9BM 1GQJA 2BY1A 4YHEA 4DUVA 1YQ2A 2XGBA 1VJZA 3ARTA 4JFVA 3AXHA 3W6LA 3RCNA 3SUWA 4KWUA 3WUFA 4UFJA 2JEQA 1VF8A 1H3GA 3WD4A 3VMNA 3AXXA 4PUEA 3WNNA 2X1IA 2ZUUA 2BHZA 1GQKA 3AHTA 1ODZA 1XCXA 2VCCA 2BVDA 1MQPA 2XVGA 3UG4A 2YDRA 4WKFA 5DEZA 2CIPA 5HXMA 3OB8A 3NYDA 2YLLA 3VNZA 1UWRA 3SCRA 1KGWA 4MJ4A 3UR8A 3L4WA 3TTOA 5ABFB 4UTFA 4URIA 2WW5A 5A8OA 4PMRA 3VM7A 3RJYA 1DWFM 5EBAA 2QLYA 5GNZA 1BHGA 3B9AA 1HVQA 4AIOA 2WK2A 1PEZA 5A8NA 1NM9A 4R27A 2ESCA 1E6PA 4PEEA 5CLWA 3QOMA 2VNCA 3WF4A 1UD6A 2E0PA 2CESA 1V3IA 1CXIA 5FKYA 4U33A 1SR0A 1G5AA 4FK9A 2ZX5A 4WIWA 2CKSA 3CUFA 3OIHA 4AD3A 5D9MA 2FHCA 4AD5A 1CWYA 3N15A 3OGSA 4W7WA 2D20A 1KXVA 2ZUVA 4HZ6A 2VO5A 1V02A 2WMIB 3ZSSA 3ARVA 5D9PA 1JDAA 3WFZA 4Z2HA 1E0VA 4IM4A 4C7FA 2J4GA 1E6ZA 4AD4A 1G94A 4D6IA 4UOQA 4PTXA 1GZJA 3WKZA 4B3LA 2NW0A 3AMDA 4BA0A 2DH3A 3VGEA 3CTTA 1JXKA 1W3KA 2O9PA 3WENA 5I79A 5IXEA 5HNNA 1G01A 4GIAA 3T2OA 1B9ZA 3RDKA 4M24A 3WF0A 4WJXA 1W9UA 4DUWA 1L0PA 1ZJAA 5BXRA 1CECA 4JAWA 2UY4A 3T2PA 1ZBKA 3BSHA 5DMYA 4XB3A 1E3XA 3WDHA 2D2OA 4MTVA 1W3JA 4QDMA 5JIPA 1PAMA 1JZ8A 1U2YA 2X8RA 4AZ6A 4BQ4A 5A2CA 1VENA 2PB1A 4Q22A 2DT2A 2VZSA 2YJQA 4UQ9A 2WC3A 1E4MM 1KQYA 4MB4A 1F4HA 1XYZA 3VGGA 4TVCA 2V38A 1H1NA 2QMKA 2OYLA 3KWXA 1TFVA 1V02E 3LPGA 1NQ6A 2VL4A 3MU7A 1BTCA 5IFTA 4W7UA 2OYMA 3SCNA 2DSKA 2XFRA 3RJXA 3BAYA 3ECQA 4B16A 4J28A 2ZXAA 1H09A 2EPOA 2GJPA 3L4VA 4TXEA 3VUPA 5A2BA 2FGZA 1NWSA 1MW1A 2J7GA 1BLIA 1K9FA 1KGUA 4BZYA 1UQYA 2J75A 1LL6A 1LLOA 4TX6A 1GW1A 1QVBA 5ABEA 3AI0A 3QR3A 4AZCA 4ZENA 1BYBA 3VIKA 2BY2A 4ACZA 1FFQA 4PRWA 3RIKA 1CYGA 4Y7EA 5KZ6A 2GVYA 4GI9A 3VO0A 2WMFA 5CGTA 2BHUA 1CXLA 1XD0A 2E9LA 5D9NA 3M46A 3T08A 4YN5A 2YDSA 3T0BA 4AMCA 5BXSA 1H2JA 3W29A 1NP0A 4M56A 2V3FA 1E15A 2VT0A 4DM1A 1DHKA 4WK9A 5A2AA 1E43A 1RH9A 1ISWA 3NCOA 4D6EA 1DWAM 2WSPA 4FLQA 5CGMA 4P7LA 1O6IA 4KH2A 2CBUA 3OZPA 3T09A 4MNKA 5I24A 3EDJA 1ITXA 4QLJA 3PZUA 4Z2KA 3UETA 1BGAA 1FH8A 4JKLA 4U2YA 3RM4A 3WL1A 3VIPA 4BQ3A 1Q6FA 4S3KA 2WC4A 1E6NA 3T2QA 3CH9A 3ARPA 1VB9A 3VX1A 1UWUA 3AS3A 2E4TA 1K6AA 2W67A 1C90A 2O9RA 3WF3A 2EJ1A 3ZIZA 2D0GA 7TAAA 1UKSA 2J7EA 1CNVA 2ZXDA 1W9VA 3CUGA 1C7SA 1EQPA 5LA0A 1FOBA 1UH3A 2OWWA 4JIEA 1UKTA 2XVNA 2V5DA 4P7QA 2E9BA 4J3TA 2E8YA 3WQ4A 1HJQA 1KWKA 4JFWA 1KCLA 3NJ3A 2W63A 2C8NA 4LPCA 1WO2A 8A3HA 3UCQA 2WCGA 2ZIDA 3PZOA 1M03A 4HMCA 2FHBA 4PYSA 3W28A 4P7OA 3ZJ6A 1FHLA 3PBGA 5C8BB 2CEQA 1W1VA 1LWJA 1Q6GA 4ZFMA 4UQDA 1MFVA 4U3CA 1JF5A 4IPNB 3MMWA 1C91A 2G3JA 3II1A 3LMYA 4CN6A 3I3DA 1WZAA 3DYMA 1L8NA 1PX8A 3AYRA 3PZGA 3BAIA 3W37A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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4RE3A

Total Genus

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Chain Sequence

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