4RE4 | Genus

Total Genus 199

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	199
sequence length	483
structure length	483
Chain Sequence	AAPFTYWLNPEIYDAGGLSRRAFPEGFVFGTAASAYQVEGMAKQGGRGPSIWDAFIEKPGTIPNNATADVTVDEYHRYKEDVNIMKNMGFDAYRFSISWSRIFPNGTGMVNQEGVDYYNRLIDYMVKKGIKPYANLYHYDLPLALHEQYLGWLSPNIVEAFADYADFCFQTFGDRVKDWFTFNEPRCVAALGYDNGFHAPGRCSGCDAGGNSTTEPYLAAHHLILSHAAAVKRYREKYQLYQKGRIGILLDFVWYEPFSDSNADRAAAQRARDFHLGWFLDPIIHGRYPYSMLEIVKDRMPTFSDEESRMVKDSIDYVGINHYTSFYMKDPGPWNLTPTSYQDDWHVGFAYERNGVPIGAQANSYWLYIVPWGINKAVTYVKETYGNPTMILSENGMDQPGNVSITQGVHDTVRIRYYRNYITELKKAIDDGAKVIGYFAWSLLDNFEWRLGYTSRFGIVYVDYKTLKRYPKDSAFWFKNMLS

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

publication title	A Single Glycosidase Harnesses Different Pyranoside Ring Transition State Conformations for Hydrolysis of Mannosides and Glucosides doi rcsb
molecule tags	Hydrolase
source organism	Oryza sativa indica group
molecule keywords	Beta-mannosidase/beta-glucosidase
total genus	199
structure length	483
sequence length	483
ec nomenclature	ec 3.2.1.25: Beta-mannosidase.
pdb deposition date	2014-09-21

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00232	Glyco_hydro_1	Glycosyl hydrolase family 1

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	4re4A00

2ZXQA 3SCQA 4WK9A 2XTKA 3OG2A 5ABGA 1W9VA 4UQEA 1FHLA 4P7QA 3QOMA 4FLRA 3SCTA 3OGVA 4ZEPA 2GDVA 2J47A 4RE4A 4W84A 2CESA 4CU8A 5M03A 3IK2A 5A2BA 1NWRA 3VIOA 4AZCA 2OLHA 3AHXA 4XZWA 2YDSA 1WDRA 3GBEA 1EDTA 4JKMA 5HXMA 2VZTA 1CLXA 2PB1A 1ISVA 2BVDA 4H8VA 4NF7A 4QAWA 1GUVA 1TVNA 1JZ7A 4AD0A 4WKAA 3FXYA 1ZBVA 3B9DA 1RD6A 4LYPA 4FMVA 2XWEA 2RGLA 2YA0A 1PJ9A 3U7VA 4PMOA 1OCQA 2V3GA 3AYSA 5A6SA 3PZNA 1J0KA 2O9PA 4L4PA 1V3MA 1OT2A 4AZGA 2WMFA 2D23A 3ARTA 3VO0A 1UWQA 3N1AA 5I78A 3QR3A 2DGAA 5CPSA 3AFBA 1CGUA 3WNOA 1NWUA 3BSHA 1B3XA 4DWSC 5JBFA 1XSKA 1JZ6A 1D2KA 4D6EA 3FNDA 2XGBA 1W9UA 4CKQA 4CD6A 1R8LA 1LL6A 3WUGA 3W0KA 1GOQA 2X1IA 1K9TA 3ZOAA 1C7TA 4UFKA 5IFPA 1JZ5A 1PIFA 4BQ4A 3MO4A 3L4UA 3K8LA 1DEDA 3BAXA 1GONA 2GK1A 1GQIA 3UG4A 2DDXA 1BYCA 1DWHM 1ZBKA 1LG2A 3ZQ9A 5E09A 1NARA 4C7DA 2WMGA 1HNYA 2QMKA 3CUHA 1PX8A 1DTUA 3EDKA 3CBWA 3RM9A 5DMYA 2VZSA 3PZVA 3VIKA 3W82A 3AIBA 1H09A 1ZJBA 5CSUA 1FH9A 1JG9A 5ABEA 2YL5A 4OZOA 3VIIA 1UR1A 3EDJA 3VIFA 1WZKA 3MMDA 2ZWZA 4NRRA 3ZR6A 1VBUA 1VEMA 1D7FA 4TVUA 2QPUA 3AMCA 3WF2A 4GI8A 1CGWA 2X05A 1QI0A 2W67A 2WKGA 5EFDA 3WNLA 1UKPA 4S3KA 3E1F1 1UR0A 1JAEA 1CXLA 1GJUA 5DFAA 1E0WA 1ZJAA 3VPLA 1JI1A 2VRKA 2UY5A 1W2VA 1U30A 4UOZA 1XSIA 1E6QM 2GJXA 2E4TA 2J78A 4HA4A 3F4VA 1WO2A 1U33A 4KGJA 5A6BA 2WSKA 3PZIA 2OWCA 1V0KA 2E9BA 4Z2JA 1EHAA 3WH9A 5BROA 1HJSA 5LA1A 3TTQA 3WUEA 2J7BA 1ODZA 1UOKA 1UUQA 3FHQA 5D9PA 2UY3A 3ARVA 2BY1A 2OYKA 1ISZA 1CLVA 2CBUA 2ZUNA 4D6HA 4CCDA 5DEZA 1XD1A 4CD8A 1GQKA 3SCOA 3W28A 1UQYA 4J3TA 1Z32X 2DSKA 4XX6A 3UESA 2J25A 1QHPA 2IXVA 2FHBA 4CD7A 3VGGA 2BV9A 4OIFA 1NOWA 1EDQA 1MW2A 4EAMA 3GYCA 3W6MA 1B30A 4JFVA 3SCSA 2W63A 4DWSA 2XIIA 4KWUA 5CPQA 1H1NA 3WMSA 3I3BA 2J7CA 1E1EA 1HJVA 1EXPA 4PTMA 3CHCA 3AYRA 3ZMRA 1MFUA 1CENA 4W8AA 3WEZA 2DH2A 3N12A 5BXPA 4H2CA 2Y8VA 4H7VA 2C7FA 2ZX7A 1MQRA 3W29A 3CZ8A 4M8UA 1H49A 3AXHA 2OSYA 3ARWA 4NZCA 2WC4A 1EH9A 2CHNA 1XH1A 3AS3A 4F8XA 3PHAA 3HU7A 3VINA 3VD7A 5CG0A 2WC3A 3L4XA 3SUSA 4LXFA 1H41A 1OBAA 4BQ3A 3ZJ8A 3BH4A 3WDQA 4HU0A 1ISYA 2VCAA 2VVNA 3UG5A 1HKJA 3AICA 4EKJA 4AZ5A 3M7SA 4HZ6A 1HX0A 4HMDA 1LLOA 2FH6A 3ZSSA 1NWTA 2VVSA 2VX4A 2GJPA 4RE2A 3VGEA 1VAHA 4P8XA 3ALGA 4HA1A 8CGTA 3EMQA 2V3DA 2EBNA 4B9ZA 3RJXA 4AZIA 4TXEA 1LG1A 1O7AA 1HKKA 2BHUA 3WBAA 4X0VA 2FH8A 2JIWA 3CMGA 4V2XA 1D3CA 2Y5EA 2FGZA 4U3AA 2J8GA 1B9ZA 4CN4A 4URIA 1YHTA 4V27A 3VD9A 3CHEA 1IT0A 1CBGA 1H5VA 2A3BA 5FD0A 3VOCA 1UWSA 1PIGA 3DYMA 3VD4A 1JF6A 4PTVA 3KL5A 3RJYA 2ZWYA 4GI6A 3ZJ7A 2D2OA 4W93A 3PZMA 1MQPA 2G8ZA 4E8DA 2EPMX 2FHCA 3BCFA 3CPUA 3AZRA 4DM1A 3FW6A 3N04A 1V6VA 2VO5A 1J0ZA 2WWCA 3AIQA 4JZ5A 1HL8A 4ZE4A 1WZLA 1GOMA 3BLPX 3EMCA 4IPLA 5AY7A 3A4XA 3DC0A 6CGTA 4AXNA 3AIWA 1HJUA 1C8YA 1WNOA 4UOJA 3WDIA 2Y24A 1EO5A 1QI4A 4MJ2A 5M17A 4AD5A 1U2YA 3NIYA 2VX5A 4MNMA 3PZUA 2ZX9A 3DECA 4MAZA 2Y2WA 4BZYA 1JNDA 3TONA 1V08A 4PUDA 3NYDA 1OM0A 1UD4A 3WD1A 3B9EA 2G3IA 2HISA 3VMPA 1JD7A 3AROA 5BRQA 1HVXA 2XVKA 3ZT6A 2ZOXA 2FDMA 1MVYA 2JEQA 2GDUA 1W91A 5A6LA 4MNLA 1BYAA 2BY3A 4NRSA 3BAWA 4W5ZA 5JIPA 3N11A 1G01A 1E5NA 3WQ8A 2WW5A 3WIJA 2XSAA 3U7BA 4JIEA 4LQ1A 5DT7A 2VZOA 3CLWA 3PZ9A 5IFTA 1FP8A 3GNPA 4CCCA 2Y8KA 3M6DA 2JF6A 1JDAA 3VGDA 3DYPA 2CBIA 4LX4A 2GJXB 2OYMA 3FAWA 3CUIA 3BGAA 1E9LA 4DUWA 1KCKA 1M03A 4AD1A 1HIZA 4F66A 2W4XA 3HJEA 2D3NA 2CKRA 2EPOA 5EMYA 1B3ZA 1LQ0A 1UWIA 1UWUA 1R86A 5A6AA 3AI0A 3ARUA 2AAAA 1R85A 2EPKX 1OIMA 2W92A 3LPGA 4QP0A 1B1YA 2ZX5A 3WQ6A 4QDMA 2XSBA 4NI3A 4PMRA 3QHOA 4P7NA 1EQCA 1E6ZA 4KGLA 2QMJA 2VNCA 2WZIA 1VEPA 2XGIA 1VEOA 3N17A 4AIUA 1LL7A 4CVUA 4QCEA 1XH0A 5CJ5A 1JI2A 1LWHA 4JFWA 3POCA 1KXHA 4GKLA 2DIJA 3L4TA 2DT1A 1CGYA 1E55A 4Z2IA 4AMCA 2WZHA 5A6BD 1KB3A 3T2QA 5E0CA 1WB0A 2J62A 3WDHA 1TVPA 3PZTA 1OINA 1J11A 2EO7A 2VL4A 1CXKA 2QLYA 2BFGA 4UTFA 4B9YA 3T0BA 3SCUA 7A3HA 1V0NA 1KR0A 1J0YA 3SUUA 3BMWA 4C7FA 3I3DA 3WF4A 5F7UA 3MANA 4AD2A 4WSKA 3AMDA 1UA7A 3BSGA 4F79A 4GZJA 3VX1A 1QI2A 3T2OA 3DHUA 4WKFA 4PYSA 1KXVA 2O92A 2NSXA 2ZUMA 1GOKA 1E6NA 4PUEA 3WL0A 2WVVB 1M04A 3LMYA 4PBGA 3THDA 2J77A 2VJXA 1Q4NX 1ZBWA 1A3HA 3NSXA 4J3VA 4CD5A 3QHNA 2O9OA 2Z1SA 3WDPP 4TVCA 3AQUA 4H41A 1HKIA 4L4OA 3AHVA 1H4PA 3GBDA 4MADA 5LA2A 5ABHA 1B3YA 4B3KA 4LYRA 2WHMA 1E73M 1TCMA 4D6DA 3DHPA 1H0IA 1MW1A 5DT5A 1XD0A 4U2ZA 6TAAA 3UERA 2J7EA 1CGXA 2VZVA 2BXZA 1V6YA 3GH7A 4PMUA 5FL0A 4HA3A 4Z2GA 1VJZA 4MDPA 3L2LA 4HMEA 3A6OA 3BMVA 3NCOA 4BCEA 1ITCA 1WE5A 3IJ7A 1KGXA 1RP8A 3CHFA 4H04A 4Z2LA 3RM4A 3ZO9A 4C7GA 4ZXLA 1JAKA 1VIWA 3QOKA 1OD0A 4IPNB 4PN2A 3KL3A 4EK7A 1W32A 2C8NA 4HU8A 4MB4A 2J79A 4ACZB 4BQ5A 2W62A 1E4MM 4TOQA 5HNNA 2V38A 5FOOA 1MFVA 1UWTA 3CUFA 2WMHA 3CZJA 1E6SM 4Q7NA 1W3JA 3OGRA 3OLEA 1E1FA 2V3EA 5D8WA 1KWGA 1JZ2A 4QLKA 1EOKA 4LPCA 2G3JA 5ECUA 3WBEA 4CGTA 4ACYA 5CSYA 3MV01 3O6AA 4M81A 5TD4A 3SURA 1TMQA 3MUAA 3TP4A 1W1VA 1XYFA 5EBAA 3WH8A 1F4AA 4XUYA 3VTRA 3ALFA 1BLIA 1HJQA 1FFQA 2PBGA 4PSRA 7TAAA 5I2UA 5EFFA 3SEPA 4UZUA 4WIWA 3MUY1 2YDQA 1FH7A 3VVGA 1GNXA 2RGMA 4PMVA 1GQJA 3GZAA 1E43A 3BAJA 3MSGA 2WC7A 4FLSA 3SUTA 1DWIM 3I3EA 3PZQA 4KH2A 4E8CA 1DP0A 3W37A 2VX6A 1R87A 3APGA 1HN1A 4MB5A 2D1ZA 1KQYA 1WZMA 1HVQA 4P7LA 3AHZA 2QF8A 2WVUA 4XV0A 4ZENA 5EB8A 3MS8A 3SUVA 3AMLA 4E2OA 1MYRA 4D6IA 1JZ8A 2HVMA 4K68A 3PN8A 4PCTA 1OGGA 1H3GA 3AMGA 1GZJA 3RCNA 1W3KA 1V3HA 6A3HA 3AIRA 1JYNA 4WKHA 1PX3A 2VMFA 1UD8A 2BNJA 5A8QA 2YA2A 3T2PA 5BRPA 3W38A 5I5RA 3VGHA 4KRUA 1ITXA 3D3AA 2WHLA 4MNJA 4W86A 3ECQA 4AIOA 1KGUA 3VD5A 1UD6A 1C8XA 1I75A 1W9XA 2FHFA 4D71A 5FKYA 2DQXA 4MNKA 4AEEA 1R7AA 3IANA 5D9NA 3ARYA 3ZSTA 3SCNA 5A8PA 2WSPA 1JYVA 1PZ2A 4N42A 1VB9A 1GCYA 3O9NA 4D72A 2JEPA 2E3ZA 4NSBA 4GO9A 4AW7A 1VFMA 1GHRA 2D0GA 4W87A 4W5UA 3TA9A 1JL8A 1RH9A 2J8FA 1J0HA 1QNQA 3A4AA 3AXIA 3MV11 2J7FA 4WLCA 3GTNA 3GNOA 2JIEA 4N0RA 1EA9C 3M07A 2WMJA 3UEQA 3SCRA 2EPLX 4ML4A 4A3YA 1W2PA 1BSIA 3AZSA 4H8HA 1XCXA 4OUEA 5FL1A 4TX6A 1KGWA 4ATLA 1LF1A 4P8WA 4Z2KA 1KCLA 2D22A 1ZB5A 3ZM8A 4KRTA 3WD4A 1ODUA 1G0CA 2ZUSA 1V3IA 2E8ZA 5E6YA 4FLQA 1AQMA 1VFFA 2WHKA 2CYGA 1W1TA 3RILA 1GOWA 1UR2A 4PCSA 4MAVA 2PF0A 1GOIA 2VI0A 4FK9A 1HT6A 4GPNA 3VDCA 1NOFA 4CCEA 4P7OA 3WNPA 1XSJA 1WDPA 4BA0A 5I0DA 1VBRA 3CHDA 3WDRA 2NW0A 2JALA 1Q6GA 1LJYA 2UY2A 3S2CA 3VMOA 1NM9A 1IZKA 1J12A 5D9MA 5BCAA 3VIPA 4ATWA 4W7WA 1XYZA 1CWYA 3N15A 5CZKA 1PPIA 4P7RA 4J3UA 4U5KA 5CPTA 1E0VA 3RO8A 3K4DA 2WVVA 4LGXA 4OBSA 1GORA 1VFUA 1E4NA 3UR7A 4J3SA 3WMBA 2D0FA 4WJXA 2WCGA 4Z2HA 4GI9A 1M53A 1BTCA 2V3FA 1W3LA 4QFUA 3T08A 3WDJA 2CPUA 5I79A 3SCVA 4U33A 3WNMA 4M1RA 4Q22A 4AYSA 2VT0A 3J7HA 3CZEA 2QPSA 1OB0A 2G4FA 4RE3A 1SR0A 1QPKA 2XYLA 5KEZA 2VURA 5IHSA 3WH5A 1KBKA 2CHOA 1DWJM 1XH2A 3A47A 1E6RA 5I77A 2D20A 3WF3A 3N18A 1W9DM 2DIEA 2XJ7A 5GNZA 1V3JA 1CTNA 1RP9A 3IAQA 4EANA 2WANA 3JUGA 1MW0A 4B3LA 1BVNP 3VM7A 2Z1KA 3OA5A 4UNIA 5A8NA 5A94A 5A8OA 1E4LA 1JDCA 2VTFA 4ZFMA 3GXDA 4ZXOA 4D6JA 4UFIA 3AS0A 5A69A 4DM2A 1C3FA 3U5YA 1UH3A 4GQRA 4ACZA 4HMCA 5E0FA 2XVNA 1FFRA 1HL9A 2XFRA 1VF8A 2YDRA 2YBUA 2ESCA 1BYDA 4MTVA 3UG3A 2WHJA 3OLGA 4MB1A 2BVYA 2E0PA 5FIPA 3CIVA 3CO4A 3CZLA 4D6GA 3KE0A 1TR1A 3WL1A 3MSDA 4JAWA 4CD4A 2UY4A 3ZT7A 3WFZA 3EDEA 3BXWA 4AC1X 5HPCA 4AZBA 1AVAA 5CLWA 2CETA 2W66A 1ISWA 3GNRA 5JIWA 1B0IA 4JHOA 2W91A 4GO8A 3L4YA 3VIJA 3W24A 1Q6FA 4U5IA 1V6UA 1ZL1A 1J18A 1J10A 1EGZA 1WKYA 3BAYA 3HMCA 4PTXA 3K8MA 2X0HA 1GW1A 4W7UA 1HP4A 1QNSA 3K1DA 4UQDA 2J74A 3THCA 2X8RA 4OOZA 4UZSA 1PX4A 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5M3WA 1NH6A 2ZXBA 4HOXA 1YQ2A 3PBGA 4J3WA 5ABFB 4CVWA 4PRWA 2YBTA 3TOPA 1GVYA 2CBVA 1CPUA 2QV4A 5CQ1A 2J7DA 5FCZA 4FF5A 4WSJA 3AOFA 3GXIA 5A6KA 1WCGA 1G94A 2ZICA 1EQPA 5IDIA 2WYSA 1FP9A 1UD3A 4QLJA 1QBAA 4DUVA 3AJ7A 1V3LA 2WBKA 3ZJ6A 3L4VA 2ZX6A 1V6XA 1NOUA 1RPKA 3WD3A 2WVSA 1KXQA 2W5FA 3PTMA 2V5CA 3B8SA 2D24A 3VILA 1EOMA 4M80A 2G3MA 2JFEX 4ZE5A 1QI3A 4HPGA 3II1A 5DO8A 4AEFA 4GINA 5HDRA 3VKKA 2AMGA 2XWDA 3LPPA 4TUFA 4V28A 2EJ1A 5D9OA 3W6LA 1FHDA 2F8QA 3AXXA 5CGTA 1JFHA 1UKTA 4QCFA 1OIFA 1BHGA 5DF0A 2TAAA 2VZUA 3KEHA 1G9HA 3WQ5A 4AIEA 1AQ0A 3G6MA 3WELA 4YHEA 1GHSA 4PMDA 2E9LA 4R27A 4Y7EA 3ZJKA 4ATDA 3UETA 1BPLB 2ZE0A 2WCAA 4GZEA 1X6NA 1CNVA 5A1AA 3WF1A 2EQDA 1VFOA 3LPFA 4JL1A 4HZ7A 3F5JA 5A3HA 4OJYA 4UQCA 1UWRA 1MW3A 4TTGA 4D6FA 3VIHA 4D6CA 2WAGA 1WDSA 4HPHA 3WEOA 1KXTA 4KMQA 2VUYA 3W81A 2XM2A 2YLAA 3KWXA 3ARSA 1M7XA 3OB8A 4M56A 1E72M 4CU6A 3GH4A 1B3VA 2ZXDA 5E9AA 2X2YA 1H2JA 2XVPA 5A2AA 3SUWA 4WF7A 5GQBA 4GXPA 4QLLA 1UR9A 1XC6A 8A3HA 4AWEA 3GXFA 4HP5A 1ISXA 1HJWA 5C71A 2YIHA 2CITA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 3ARX A;  4DWS B;  5IXE A;  4UR9 A;  3POH A;  4XB3 A;  1TE1 A;  4OOU A;  4JL2 A;  4PMQ A;  3L4Z A;  1JF5 A;  4GZI A;  3W25 A;  1JXK A;  3WH7 A;  4M82 A;  1DWF M;  4CUC A;  2VQT A;  1OT1 A;  1J01 A;  2WZE A;  5HOS A;  3HN3 A;  2DPE A;  1ESW A;  4AIS A;  5LYR A;  3AIE A;  1QW8 A;  1TFV A;  4OBR A;  4UFH A;  1VEN A;  2CCR A;  4U3C A;  1MXG A;  1C7S A;  3WEM A;  3MUZ 1;  3SIM A;  5CXP A;  3K4A A;  1MWO A;  3FN9 A;  1V03 A;  1ZS2 A;  2WMI A;  4TVD A;  1HXJ A;  1O6I A;  5I6S A;  4F9D A;  2X09 A;  2ZUW A;  1CEO A;  1JYW A;  4MPK A;  4FLO A;  4DWS D;  4W7V A;  3CGT A;  4AD3 A;  2O9R A;  4W88 A;  2BXY A;  3A3H A;  4UQA A;  5I23 A;  1K6A A;  2J7H A;  1V02 A;  2A3A A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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4RE4A

Total Genus

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