4RK8 | Genus

Total Genus 139

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	139
sequence length	365
structure length	365
Chain Sequence	TGDERFYAEHLMPTLQGLLDPESAHRLAVRFTSLGLLPRARFQDSDMLEVRVLGHKFRNPVGIAAGFDKHGEAVDGLYKMGFGFVEIGSVTPKPQEGNPRPRVFRLPEDQAVINRYGFNSHGLSVVEHRLRARQQKQAKLTEDGLPLGVNLGKNKTSVDAAEDYAEGVRVLGPLADYLVVNVSSPNTAGLRSLQGKAELRRLLTKVLQERDGLRRVHRPAVLVKIAPDLTSQDKEDIASVVKELGIDGLIVTNTTVSRPAGLQGALRSETGGLSGKPLRDLSTQTIREMYALTQGRVPIIGVGGVSSGQDALEKIRAGASLVQLYTALTFWGPPVVGKVKRELEALLKEQGFGGVTDAIGADHRR

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__7812141798980377__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__7812141798980377__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4RK8/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__7812141798980377__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"7812141798980377","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4RK8/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__7812141798980377__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Oxidoreductase/oxidoreductase inhibitor
source organism	Homo sapiens
publication title	Crystal structure of human dihydroorotate dehydrogenase (DHODH) with DH03A356 rcsb
molecule keywords	Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial
total genus	139
structure length	365
sequence length	365
ec nomenclature	ec 1.3.5.2: Dihydroorotate dehydrogenase (quinone).
pdb deposition date	2014-10-12

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF01180	DHO_dh	Dihydroorotate dehydrogenase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	4rk8A00

3BVJA 3N19B 3PS7A 1RD5A 4Z1AA 3LCWA 1F6PA 4LU0A 4R53A 3NEVA 2ZBTA 2A6NA 4JIQA 2KZHA 4O4WA 5HINA 3ZWSA 4PA8A 5C6MA 1OF6A 3SIZA 4FNTA 2HMCA 3LX9A 4O54A 4CCDA 3MP5A 3MUXA 5AHFA 1GPWA 3DBPA 4ADUA 3LRLA 1LBMA 1I4NA 2WNQA 1RQBA 1FCUA 3CHVA 3TKFA 1VRDA 2HSAA 4O28A 3EXRA 3W85A 4MY8A 3W1MA 3C56A 5G4EA 3NQAA 3HPSA 1DKWA 4RCXA 4JTTA 2VEPA 1O94A 1W3IA 2X1RA 1G4EA 4CQAA 2TMDA 1W3NA 1Q3NA 1H7RA 2Z0IA 2B7OA 3GKAA 1EEPA 1QOPA 1GEQA 3NVTA 5HJLA 1FWTA 4M5PA 3HG4A 4A2SA 2A1YA 4FEZA 1W0MA 2CLLA 3QM3A 3TSBA 3DKLA 3P62A 1I2RA 2ISVA 3M6YA 4JXCA 1OX5A 3W88A 1KFEA 2QCDA 2PRMA 5D2XA 2ISSA 2VEKA 4YCPA 1NF0A 3MHUA 1WYIA 5K2ZA 4IJBA 1TREA 1M7PA 1XBYA 4O1CA 2WNNA 1TPH1 4KFOA 4MLRA 2FPYA 4RZ5A 3S5YA 3W07A 3QRHA 2ZRYA 1QO2A 2CLFA 4LS0A 3W7HA 4H6KA 4X22A 2NLIA 4ZQCA 4DF1A 1SFLA 3GZ3A 5TQLA 3GR8A 4JX4A 3MHFA 2NZLA 4JTSA 3LERA 1V5XA 2QJHA 4FNUA 4AVFA 4FF7A 4DO6A 3W2NA 1TPDA 5FEPA 3ATZA 3W1AA 4JS3A 3KX6A 4Y9AA 3TE9A 3EX3A 2HS6A 2J88A 2RFGA 3OG3A 4RXFA 2QAFA 3VE7A 3H55A 3G3DA 4O57A 2ZRVA 3BLIA 2QJGA 3MBDA 3KRZA 3BGGA 5G2HA 5LNVA 2Y85A 2HTMA 2V2HA 5A8GA 4FNRA 3UWUA 3LXCA 1K03A 5AHEA 3S5ZA 3A24A 3W7JA 1KM1A 4OE7A 4DO5A 1NAL1 5F2MA 2ISWA 2FPVA 3I7RA 1C9DA 1YTEA 4ML9A 3SW6A 1JCLA 5KSWA 5U7SA 3LRMA 3LLDA 4AEOA 3DENA 1N7KA 1RQHA 1VCGA 2NUXA 2FPTA 3MWAA 2J9YA 4TX9A 2E5CA 3NL6A 3EWUA 5K9XA 1ME8A 1DBTA 2QCLA 3BLEA 3W75A 2O7SA 2DP3A 1IF2A 4P61A 3O15A 2CWNA 1LLWA 3TQKA 1F73A 5E93A 3S8HA 2C15A 5HULA 2EAWA 3VI2A 4P2VA 4BWLA 3W3OA 3W7EA 4GUJA 1G6CA 1MEIA 2CLKA 2FLIA 3NL2A 4RR4A 2E6DA 4GC4A 1B4EA 3EEGA 2EPHA 4NJJA 2GJLA 1X8FA 3FEMA 4S1FA 3LCLA 1D3HA 3NPVA 1PL9A 1YXCA 2CFFA 3B8DA 1XL9A 1TPFA 5D32A 5FESA 3O1NA 5KZEA 1TV8A 4K38A 3L5MA 4IUOA 5I3HA 3LCIA 3T78A 4DF2A 3RLVA 1OFQA 1QPQA 2C0AA 4E2BA 1MO0A 2JGYA 2ZYFA 1F76A 5AFDA 4DELA 1TB3A 1OFEA 3H53A 4LV4A 4OV9A 3PY2A 2DORA 1OVDA 2J9ZA 3P74A 2TSYA 1SZGA 3QW4B 1WBHA 4JX5A 4ADTA 2Y7FA 3DFOA 2ABAA 5I3KA 1PIIA 2YYTA 5DELA 3P60A 4FX7A 5EPDA 4JICA 3GDRA 1IGSA 1UCWA 1EUAA 3G22A 3U8GA 1KM5A 3LLFA 1X7FA 5J5RA 1QDSA 2ZZ2A 3NM3A 3VKJA 2VFFA 3FJ6A 1OX6A 2GVLA 4Z1BA 4UFLA 4RK8A 3C6CA 3OIXA 3EX2A 1RPXA 2CU0A 1DORA 2AAMA 1KFJA 5I3FA 1OYAA 1OX4B 4C1LA 2Y62A 2OCZA 3I65A 3G1FA 5DCBA 5G2WA 5KZDA 4X2RA 3PC0A 3NR0A 4UTKA 2ZTJA 5F4XA 2J6XA 2Y63A 4QSHA 1GOXA 3L68A 4IPJA 2ZRZA 2YW3A 3P80A 2E6FA 1LM1A 1HO4A 2J9XA 4NX0A 1P5BA 8TIMA 3P8JA 3PVFA 4UMCA 4Z0SA 1M6JA 2FTPA 1XUZA 4UMAA 4KFPA 3W7OA 5DXYA 3IIZA 4PEKA 3TAOA 2Q8ZA 1DL3A 4MKNA 1LZOA 1H1YA 2NXGA 1JCXA 2Y61A 1BKSA 3LCHA 4NXSA 1B3OA 3W7NA 5FF2A 2OT1A 3ABOA 1EA0A 3IVTA 2GPTA 4HKPA 4J9JA 2VC6A 4WY0A 3C2RA 5CZSA 3I7QA 5MHBA 5T26A 2R14A 3IIOA 3NQ7A 1FCBA 3VCRA 1H51A 5CZ0A 3T4CA 1OHLA 2NWRA 5F1VA 3SGZA 3UY8A 1TTIA 2A7NA 3NQ6A 4ZZ9A 4AH7A 4MZ1A 5EYWA 1I2OA 1FQ0A 4O1BA 1LOLA 2ZZ6A 1W5QA 3CLMA 3RU6A 1P0KA 3PULA 3IIXA 3A5VA 3W7CA 4I7WA 3N73A 4FX6M 2VKZG 4UNKA 4GRSA 1Y0EA 4UNLA 5F2LA 3W22A 2V2CA 1KW1A 4HSNA 1JVNA 2C6QA 3QPYA 3PM6A 1OK4A 2QJIA 3BG3A 3JR2A 4CQ8A 4FHAA 4DBEA 2CZDA 3L9CA 1LBFA 5K7JA 2WNZA 2ZRUA 4RLIA 4JDYA 3CEPA 2B7PA 1VYSX 1VGAA 4KWVA 1AMKA 2E6AA 4WXZA 3F1QA 4UR8A 2YZRA 4O8RA 4UFIA 4EVZA 3KVJA 2CW6A 4IMFA 5CSRA 4JDBA 4Q4KA 2Q8LA 1QAPA 3IIVA 3UWZA 4DXVA 2BX7A 3KFTA 2R94A 2HS8A 3BV4A 4IMCA 1H50A 3N34A 3QC3A 4XKYB 2H3BA 1F74A 2YXGA 3LV6A 2BZNA 5D38A 5AC8A 2RDTA 3QMRA 2FFCA 1BTMA 1XBXA 4JTEA 1MSSA 3CM4A 4M7SA 4UIOA 4MYXA 3NQMA 1X1OA 1UUMA 2WPBA 3W9ZA 2A5HA 5D33A 3GR7A 1GVRA 2QAPA 2X1UA 4JEQA 3BW2A 5GVJA 3AJXA 4UTWA 2JGQA 5CG7A 3FKRA 3LTSA 3HB9A 3W23A 3WJSA 3VFLA 1KBJA 4ZVJA 5FEZA 4O13A 5D2VA 2ZFAA 4BI5A 3STGA 3M5XA 2C19A 2VELA 4QNEA 3P84A 1F2JA 1Q45A 4E2DA 4FNSA 4H3DA 1FWNA 3QFEA 4IMDA 4HPJA 2V30A 3FS2A 3OVQA 7TIMA 3TSDA 1ICSA 1ICQA 3BK0A 3KHJA 4LRTA 3W1NA 3MP4A 3R2GA 1Q6OA 1XFBA 2X1SA 1O5XA 1AG1O 4PL2A 3W74A 3A21A 4YMZA 1AL8A 1KM3A 4A22A 1FCQA 2QUVA 5D2YA 4YWIA 1MZHA 4ORMA 4I7UA 3N9RA 2A21A 2RKXA 4IMEA 1SUXA 3GXNA 2Q3OA 2Y7GA 1SFJA 4BFAA 3IV3A 3LGEA 4JTIA 3EWZA 4GJ1A 4WOZA 2YPIA 3LXBA 1OYCA 1SZFA 2WSYA 3DZ1A 4S2CA 3N2MA 3TMQA 1I8JA 4FX8A 5HNRA 4AF0A 2YSWA 3Q2DA 3BLFA 4IWWA 2WO5A 2QCEA 3C8FA 5FF7A 3TSMA 3ZR4A 2O7QA 5AYXA 3MYPA 2RHGA 4BWLC 5H2ZA 3DKJA 3TXZA 4N2YA 3LRKA 5FEXA 3G1VA 1TCDA 1Z44A 5CPNA 5HWJA 1IIGA 4XWUA 2QDHA 2V9DA 3W83A 3U6WA 3Q58A 4CCEA 4GNJA 3JS3A 3FOKA 3HG5A 1A53A 3GAYA 4OQVA 3LM7A 3TR2A 4NJIA 3HQ1A 3P81A 3TFCA 3A23A 3W1XA 3A22A 5F2IA 2P0OA 4HNVA 3LCFA 4KWWA 5HQEA 5AN7A 1C8VA 4NQ1A 3TW7A 1D9EA 4MY9A 4YLWA 2Y7EA 4G1KA 1XKYA 4XUGA 3M5YA 3INPA 1EX5A 3QMTA 4FXSA 4NZFA 3EXSA 4UTLA 3TNOA 3SJ3A 1RV8A 3MI3A 1JJKA 1G4SA 4UC5A 4AAJA 2IQTA 2C16A 5KTLA 3IVUA 2C3ZA 5D2TA 4HHPA 3N3MA 4MFEA 4MJZA 1TYGA 4Y6GA 4JGDA 3QF0A 1VCVA 1YDNA 1GVSA 4YL2A 4FIQA 3UNDA 5DN1A 1TQJA 1G4TA 1TRDA 5C2XA 5K4XA 4ORIA 1SPQA 5G4WA 3QJAA 5J5DA 2A0NA 3TA6A 1FXQA 4JTHA 1K02A 2OX1A 1UB3A 3WK2A 1ZENA 2BSLA 3UWYA 2TYSA 3SFKA 1IXQA 3M16A 4GXMA 5AOUA 2QDGA 3V1PA 1EWDA 1H1ZA 3PAJA 2CZEA 3HPXA 3UXAA 3I6RA 3DI1A 1FCVA 3G1SA 3EXTA 4AXKA 4K8HA 3DHDA 3JRKA 3QSRA 4AWTA 2DZUA 2RDUA 2A4AA 2G97A 1OYBA 1J5TA 2P10A 3DFSA 5D09A 4C1KA 3TQ0A 4AWUA 1V7YA 2A7RA 4XTIA 3LV5A 5DY2A 1A5SA 1F7BA 1G69A 3NDOA 1YDOA 3MBFA 3RFAA 3KVKA 4O0ZA 4K7YA 1QFEA 4NJKA 1KA9F 1VHNA 3C2VA 2ZZ1A 4XZ9A 2ATMA 3DGRA 1K7FA 2ZA3A 3USBA 3W1TA 3L66A 2RH9A 3TXVA 5BRBA 4NXKA 3OBKA 1AL7A 3TROA 3KXQA 3UQNA 2VENA 4BI7A 4WX2A 1KTBA 1JUEA 1YXDA 4KKXA 4H4IA 1SR9A 2DJXA 3W2MA 1DV7A 4OGZA 2CZFA 3LHYA 4Y96A 3TJXA 3G24A 1FDZA 5HUPA 4AB4A 4ZQNA 3W86A 1T8XA 1H62A 4O50A 4Y90A 3GYEA 3QQ0A 3MI2A 4NNAA 3MI6A 1DHPA 1U5JA 4GUHA 3S1WA 4EWND 1KFCA 2DU2A 1I45A 4RXGA 4NX5A 1IXNA 3QMSA 1VZWA 3HG2A 3NL3A 4O16A 1W1ZA 3F4NA 3BPWA 3M47A 3A5FA 4ICNA 3HGRA 2EHHA 5I3IA 4EF9A 1LOQA 3G1HA 1YLVA 3LHUA 5LNWA 4R34A 3G0SA 2ZCGA 3DFTA 4UFMA 1L6YA 1PHWA 3K30A 1ZAIA 1KLZA 1OX4A 4X9SA 1R47A 2NXHA 4UTWC 3CPRA 1TJPA 1KV5A 5AC7A 2DZXA 1W5NA 3GXPA 3B0UX 5E0KA 4LOCA 1UJPA 2GOUA 3GDMA 4JTJA 1BWLA 4N9CA 1VHCA 3ZWTA 1QCWA 4K7VA 3TJLA 2E5DA 5DXXA 3DXIA 3KAOA 1ZY9A 2PURA 3PG8A 3LXAA 4BR1A 3S1XA 3W1LA 4PODA 4RX0A 2ALDA 3CWOX 4O4VA 4LY8A 1TIMA 4JYFA 1VJIA 3L5AA 2A2IA 3RF9A 4ZQMA 3W6YA 1ICPA 1VPXA 2NWSA 3NYZA 3TUUA 1R30A 2XFWA 3B0PA 1X6UA 5F2GA 1H5YA 1W5MA 3H54A 4UR7A 3G1YA 4JY9A 1OFPA 3DFPA 4IGHA 3E12A 4NT0A 1ZHAA 2BTMA 3R89A 3O6DA 3P5YA 3HG3A 1HL2A 1IXPA 4IMGA 3UWVA 1THFD 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1LUC B;  1KCL A;  1K9F A;  4C6J A;  1W56 A;  3BAJ A;  3GTI A;  1KCX A;  3O9N A;  2XM1 A;  4GYJ A;  1LOS A;  2OX4 A;  3WEN A;  1B90 A;  3WL1 A;  4JTK A;  1SO5 A;  1FWW A;  3OVR A;  4UTJ A;  4LUY A;  2G95 A;  3TOP A;  1TPE A;  4AFY A;  1FWD C;  1DXF A;  2I16 A;  1D8W A;  1DWF M;  4LAM A;  4KIE A;  3PPG A;  4JFU A;  1W9V A;  1MXD A;  6REQ B;  2WWC A;  4G7E A;  2XII A;  2EJ1 A;  7TAA A;  1B9B A;  4Q4O A;  5K9D A;  3ABR A;  4YCO A;  4B92 A;  3L2I A;  4LVA A;  4IIH A;  3ZLG A;  1ZQ5 A;  1LJY A;  3W72 A;  5FL1 A;  3VIO A;  3RM9 A;  4Q8O A;  1E9Y B;  1KBL A;  2EXO A;  2PWE A;  4GFS A;  3LTY A;  1RCO B;  1XLF A;  1MW0 A;  3HUR A;  4UQ9 A;  4J3V A;  1CEC A;  5FEW A;  1ZAH A;  3VGB A;  2PMQ A;  2C18 A;  4C6M A;  1E6P A;  4I6K A;  3IUI A;  1JD7 A;  3NPW A;  2B4G A;  3LN3 A;  4O53 A;  3UXI A;  3NO3 A;  4F48 A;  2A3H A;  3NSN A;  3C8N A;  3STE A;  4QX4 A;  1L2Q A;  4B5V A;  3WH5 A;  1GZ1 A;  3EKZ A;  1W2P A;  2OWC A;  3GM8 A;  3W2L A;  2E1D A;  4IG2 A;  4DAI A;  4JTR A;  1LWI A;  1IT0 A;  3ZJK A;  4ZMG A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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4RK8A

Total Genus

sequence length

structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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