4RKA | Genus

Total Genus 137

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	137
sequence length	365
structure length	365
Chain Sequence	TGDERFYAEHLMPTLQGLLDPESAHRLAVRFTSLGLLPRARFQDSDMLEVRVLGHKFRNPVGIAAGFDKHGEAVDGLYKMGFGFVEIGSVTPKPQEGNPRPRVFRLPEDQAVINRYGFNSHGLSVVEHRLRARQQKQAKLTEDGLPLGVNLGKNKTSVDAAEDYAEGVRVLGPLADYLVVNVSSPNTAGLRSLQGKAELRRLLTKVLQERDGLRRVHRPAVLVKIAPDLTSQDKEDIASVVKELGIDGLIVTNTTVSRPAGLQGALRSETGGLSGKPLRDLSTQTIREMYALTQGRVPIIGVGGVSSGQDALEKIRAGASLVQLYTALTFWGPPVVGKVKRELEALLKEQGFGGVTDAIGADHRR

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__341493525835062__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__341493525835062__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4RKA/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__341493525835062__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"341493525835062","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4RKA/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__341493525835062__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d00a6df77b9c70ac1b03bd7/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d00a6df77b9c70ac1b03bd7/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d00a6df77b9c70ac1b03bd7/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d00a6df77b9c70ac1b03bd7/pdb.gz): 571 ms

reading 365 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

365 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 31 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:364});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Oxidoreductase/oxidoreductase inhibitor
source organism	Homo sapiens
publication title	Crystal structure of human dihydroorotate dehydrogenase (DHODH) with DH03A347 rcsb
molecule keywords	Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial
total genus	137
structure length	365
sequence length	365
ec nomenclature	ec 1.3.5.2: Dihydroorotate dehydrogenase (quinone).
pdb deposition date	2014-10-12

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF01180	DHO_dh	Dihydroorotate dehydrogenase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	4rkaA00

4PFMA 5LNVA 4QAIA 3NYZA 2NZLA 2ZA3A 3ZWSA 4EF9A 2G5WA 3TUUA 3MI3A 4JGDA 1YLVA 1VR6A 4BI7A 1XBXA 2R94A 1LYXA 5K4XA 3MP3A 5K9CA 3FS2A 1K7EA 4POCA 3SECA 3TX9A 1JCMP 2UV8G 4ZQNA 1SZGA 5BRBA 3BG3A 4C1LA 3QQ0A 2QJIA 1EX5A 1GPWA 3HGOA 4HNTA 3TU9A 1AK5A 4ORMA 1DORA 5FEWA 2A4AA 3IIPA 1IXPA 2GQAA 2ZQ0A 1ZALA 2EF9A 1W5OA 2NX3A 4O50A 4UTWA 2E09A 3NQAA 4WQ6A 5J5DA 3VCRA 1SO5A 1M6JA 1KV8A 1AW5A 1GWJA 2OMAA 3PBUA 3QJAA 4M19A 4K37A 3LHWA 3HGJA 4WOQA 4RXFA 3BW2A 3A5VA 2V0TA 3KRSA 3TROA 1RZMA 3GAKA 3SIZA 1G4TA 4NX5A 1MSSA 3UD6A 2NWRA 5D2WA 1XDMA 2HSAA 3NL6A 4C1KA 3ATYA 4E2BA 1W54A 5AYZA 1WOBA 1TRIA 3CIWA 4BK9A 3Q94A 5EYWA 5F1UA 3CTLA 1WOAA 1O95A 3NQMA 3Q37A 3HGSA 3UNDA 3EWZA 5FESA 1L6SA 1W3TA 1FCQA 1B57A 4IQLA 3E49A 4PCFA 4WY0A 4JN6A 1I45A 2ZZ4A 4KWWA 3O6YX 4I7WA 2NUXA 1WV2A 4UMBA 3W7DA 4UTTA 2G96A 4O10A 3TIMA 3EXTA 1X1ZA 2ZZ2A 3SY5A 2BZNA 5HMSA 3LCFA 4A29A 1TV7A 3MYPA 3NL5A 1THFD 4NU7A 4XKYA 4O18A 3W7EA 1TRDA 1FWSA 1BKSA 2H6RA 1HUVA 3LI1A 1Q6RA 4LNYA 3TR2A 1W56A 1C29A 4JX4A 2ZZ7A 4GRSA 4PL1A 3A23A 1MXSA 2DJLA 4R34A 5AHMA 1NF0A 4TIMA 4Z1AA 3G1XA 3S1VA 3LERA 2H90A 2GUUA 4UTMA 3I7SA 1SO3A 3T55A 3MO7A 3L21A 4O4VA 4UFHA 1CX9A 2X1SA 2GVJA 3G1DA 4MYAA 3W71A 3ABRA 3EWXA 3BG9A 3O05A 1TIMA 1X6UA 1JCYA 2TRSA 2YYUA 1OFDA 4UCGA 1ZNNA 3EWBX 3N73A 3THAA 1OG0A 5EA9A 3TSMA 1QCWA 4RZ5A 1ME9A 5D30A 1H7WA 4XZ9A 2OT0A 2DU2A 4JX5A 1AL8A 1ME7A 2AGKA 3G8RA 5F2IA 1XC4A 1DHPA 4HSOA 5FEPA 2B7QA 3T7VA 2DZWA 2OX1A 1OX4A 1LLWA 4AH7A 5L6UA 1KM0A 1JUEA 1QOPA 3LCWA 1DQXA 2RDUA 2YR1A 1B4EA 4MOZA 3N9RA 5DXYA 1XBZA 3TMLA 3B4UA 2YCEA 1UB3A 1QDSA 2QF7A 3LX9A 4JTLA 3G3DA 4AHQA 1A5AA 1EWEA 3VE7A 5C5YA 1QWGA 1K8XA 1H7NA 4AAJA 4NNBA 4UXDA 3GB6A 4O8RA 3DKLA 1OHLA 3CU2A 3DFNA 3OG3A 1VCGA 1UASA 3WK2A 4K8HA 1G69A 3KRZA 2NXGA 4UFLA 3BPWA 1S3HA 1K03A 1YYAA 1WQ5A 5LZLA 1LDCA 4QNWA 3PB0A 1VYPX 4JYFA 2E68A 5KZMA 3EX2A 3NZ1A 2B7NA 2WSYA 3DZ1A 1OABA 4OWGA 3UZ5A 2CU0A 1Z44A 3LLFA 1G4EA 1LRTA 4YLWA 5D09A 3GNDA 2FFCA 2A7RA 4ICNA 5C54A 3C3NA 4JY9A 3NPUA 2V2CA 2ZDRA 1O60A 2I9EA 3O07A 3W2UA 2DZSA 3STCA 4H6KA 1XUZA 5CG7A 4S2CA 5CPLA 4JDYA 1PL9A 3CWNA 5F1VA 4IXXA 4LS2A 1KFBA 3I7QA 4M6PA 4MY9A 3KOFA 1DVJA 3W75A 1XUUA 2Y62A 5CGQA 4JTKA 2X16A 3NNTA 5BOOA 1H7PA 3LBCA 1UBSA 2ZA1A 3HBLA 4LOCA 1KTNA 2BLEA 3EXRA 3TMQA 2QCGA 3LXBA 1KM6A 1FWWA 3G1YA 2VEPA 1JULA 1U83A 1NEYA 4NXSA 4K7YA 2BSLA 2NLIA 4LT9A 1VHNA 3F1QA 1A5BA 4I7UA 2Q8ZA 3W86A 1E51A 1HL2A 1DKWA 3NM3A 3O15A 5DCDA 5LNSA 1D3GA 3T40A 5AC6A 3LTYA 3L65A 1SFJA 4ZQPA 3G0UA 2RFGA 4O4WA 3LXAA 2GVLA 4A3UA 1K7XA 1W5PA 2Z6JA 3OVQA 4DQWA 3N2MA 1VYSX 3WJYA 2E5CA 3G1HA 3P60A 1K8ZA 4ZMGA 3H55A 6TIMA 3QM3A 1W0MA 2QKFA 3LRKA 1W37A 4EIVA 2Y63A 4GBUA 2WNNA 3NM1A 3IIVA 3S1WA 3WJXA 2NXIA 4FX7A 3UYCA 3GVGA 2E5DA 3HG4A 2NWSA 1JRCA 4ZZ9A 3RMJA 1W5MA 1UCWA 1MO0A 5AFDA 1GJPA 3RF9A 4ZQMA 4CQ9A 5D05A 3DHFA 4QISA 1F6PA 3CC1A 3GZ3A 2Q8LA 3TKFA 5EPDA 1GVOA 3W2NA 2A2IA 1TV8A 3W1AA 3S5NA 4RXGA 1L9WA 2ZRVA 1EUNA 1J4EA 2R8WA 5D04C 2P10A 3UWZA 2B4GA 3NQDA 3QMRA 5LGZA 4U4MA 1BEUA 2TYSA 4O0KA 4DF1A 3TH6A 5K2ZA 2JKPA 1K02A 2BTMA 2NV2A 3S42A 3M0ZA 1I2PA 2JKAA 4FX6M 2ZRZA 5H91A 4GNJA 4HSNA 3A24A 1F74A 3A22A 3HQ1A 1D3HA 2ZRXA 4WJEA 2XN0A 1X7FA 2CLEA 3ANYA 4RR4A 4LVDA 3HG2A 2GVGA 1L6WA 4ORIA 1OFAA 2QDHA 3IIXA 3BGGA 3PS7A 4O1DA 4FNPA 1SW7A 3RLVA 4L4MA 3C8FA 3W1UA 2CFFA 1TPH1 3LRLA 4JICA 5AC8A 2QCDB 2O7SA 2QUVA 3LCHA 4PTNA 3N19B 1DJNA 3TV8A 1T0OA 1I4NA 2FTPA 2EPHA 4JTUA 4LRSA 1OYBA 1QO2A 1JCNA 4M6VA 1QPQA 4JX6A 4CQ8A 1KFEA 1Q3NA 4IPJA 1CI1A 4AWTA 1OFRA 2JK2A 5I3IA 4NXKA 5D03A 3HO8A 1JQXA 2W6RA 3STGA 4HPXA 4LWWA 1O4UA 3FA5A 1YTDA 4A21A 3DBPA 3UXDA 3QPYA 4O12A 3N9SA 4UTIA 3W7GA 4ZQRA 1HTIA 3SGZA 1X1OA 2QJGA 1VGAA 2QCLA 3W87A 5U4NA 1PHWA 4UR8A 5TBOA 3B05A 3NO5A 2C18A 3OEXA 4IX0A 1IXQA 5DY2A 2X1TA 1N55A 3DHDA 4UFKA 2C0AA 1XCFA 1P4CA 4YCPA 2EAWA 4BFAA 1FXPA 2FJKA 3HF3A 4JY8A 4ADTA 3LRMA 5D33A 5KZDA 5U7SA 2Y61A 4XQ6A 3EX6A 2FQIA 3QPZA 3EWYA 1QNVA 5CPOA 3MWAA 3W1MA 3C2FA 4DO5A 3RK8A 1TB3A 2V5LA 3S5ZA 3W6YA 5K7JA 4FF7A 1N8FA 4UTKA 1Q6LA 3VFLA 3W76A 4O17A 4UMCA 1KBIA 1NVMA 3EX1A 3S6DA 5CPMA 4DELA 2E6AA 1Z41A 1A53A 4UIOA 5HWJA 4JTGA 1TTPA 4JTFA 1XBYA 4JD4A 2YX0A 2BXVA 2OT1A 4G1KA 2QR6A 3GR8A 4Z08A 1OFPA 2Y7DA 1LCOA 2ZYFA 3VE9A 1ONRA 4OT7A 5A8GA 1ZHAA 3NL2A 4N4QA 1GT8A 2X1UA 2YFNA 1TPWA 4HNVA 5AHEA 3QSTA 3M5ZA 3STFA 1TV5A 1FQ0A 4O13A 3O6DA 4YWIA 1VHCA 1JQVA 3V1PA 3S9YA 1QFEA 2J88A 5GVJA 3V75A 2V2HA 1P0KA 1V7YA 2YDAA 3VI2A 1KA9F 4S2BA 5HWNA 1YTEA 2Y88A 1VCFA 4IGHA 4O54A 4MIMA 1KM4A 4BWLC 4NVTA 2DORA 3O06A 2VFEA 1WX0A 3KXQA 3W2MA 4AB4A 3QMTA 4TMCA 1LROA 3OVRA 1H7RA 3W73A 5D32A 4QM1A 3UPWA 1QMLA 1G4SA 1TPC1 3D0CA 5I3KA 4JDBA 4RLIA 1LORA 1SU5A 3W2LA 3QF0A 4LTSA 1WBHA 1KFCA 1TPFA 5F2MA 2ZZ1A 2HMCA 1LP6A 2QUUA 5IM51 3E02A 2DZXA 3NQCA 1IGSA 4YXGA 4IXHA 3JS3A 5A5WA 3LV5A 3DU0A 3F03K 4FNUA 1EEPA 4WX2A 2TMDA 4MFEA 4A2RA 2EHHA 2FLIA 2XN2A 4PC8A 4R53A 5I3HA 1LBLA 3AJXA 3NVTA 2ATMA 2FDSA 2H3BA 3BG5A 3W85A 1R46A 3O63A 4XBSA 1H7OA 4FB7A 2YFOA 1F73A 2V8ZA 3W23A 3LXCA 3LV6A 3M16A 4QQ3A 3W7NA 4CNOA 5C2XA 2JKEA 4N9CA 3W2JA 5FEXA 1YXDA 2OCZA 1XKYA 1OFOA 1VC4A 1C8VA 2WSQA 4TMBA 3S5YA 3G3MA 2H8XA 4K36A 4DXVA 1EIXA 1DOSA 3B04A 5HULA 2PRLA 1YXCA 2CLIA 3IEBA 3MW7A 2ABAA 3P81A 4HKPA 2CZEA 3PAJA 5AYYA 2CLKA 1RQHA 2ZRYA 1LOSA 1LTDA 1SZNA 3QSRA 3B0PA 3DXIA 3PSVA 3FLUA 1O5XA 5CSSA 4IX2A 3W7JA 5G2WA 1V5XA 2CZ5A 1S5VA 1EB3A 3QMSA 3O16A 4AEOA 1H1ZA 4XBKA 2YXGA 2P0OA 3MBFA 3UWUA 1AW2A 4KFNA 1TMHA 2HTMA 1NAL1 3E9AA 4UUIA 1FX6A 3UY8A 4JIPA 5G1YA 3NXFA 1FWRA 1PE1A 4E0CA 4OU1A 4ZQCA 1CW2A 3YPIA 3KVJA 5G2IA 4DEFA 2QCEA 4Q32A 2D73A 4IUOA 5IBXC 1ICQA 3W7CA 2G97A 5LHFA 1XFBA 3G1FA 2C14A 3GLCA 4GFSA 3WFAA 3R5EA 4RK8A 4WD0A 5I3GA 4GXMA 1JCXA 2LLEA 4NJHA 2YW4A 3PC0A 4N2YA 1H50A 3LGEA 3I6RA 3LM7A 4I9AA 3W22A 1H7XA 3VNDA 3BLIA 4TR9A 3W7MA 1G7UA 5KZEA 1U5JA 1OYAA 3U2OA 3E0IA 5HUPA 1EPXA 4NX0A 1WBJA 1PCKA 2QCFA 3PULA 3W7RA 2FPTA 5K9DA 1GZGA 2RHGA 1JVNA 2B7PA 2NX1A 1GYNA 3W7HA 1YPIA 4K38A 5D2TA 1GG1A 3HGRA 1M7PA 4O1AA 4X9SA 1T99A 2YSWA 3O8AA 2Y85A 3GXPA 4LVAA 1ML1A 1AMKA 3BARA 5I3JA 4AHOA 4UTLA 1O94A 1KTBA 4O16A 3QW4B 4LUIA 4HPJA 3BVJA 2Y7EA 3PY2A 3CT7A 4Z1CA 4IPIA 1VH7A 4MZ1A 5HR6A 1R2TA 3L5MA 1TSIA 3C61A 3HPXA 4DF0A 3GNNA 3KVKA 1DV7A 4NJGA 3HG5A 2A5HA 5CKSA 3UXAA 1TTQA 1OYCA 3P61A 7TIMA 5FF2A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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4RKAA

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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