4RXF | Genus

Total Genus 77

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	77
sequence length	220
structure length	220
Chain Sequence	HELYLDTSDVVAVKALSRIFPLAGVTTNPSIIAAGKKPLDVVLPQLHEAMGGQGRLFAQVMATTAEGMVNDALKLRSIIADIVVKVPVTAEGLAAIKMLKAEGIPTLGTAVYGAAQGLLSALAGAEYVAPFVNRIDAQGGSGIQTVTDLHQLLKMHAPQAKVLAASFKTPRQALDCLLAGCESITLPLDVAQQMISYPAVDAAVAKFEQDWQGAFGRTSI

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__988121388220164__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__988121388220164__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4RXF/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__988121388220164__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"988121388220164","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4RXF/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__988121388220164__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d00a9dba49f232387f845e3/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d00a9dba49f232387f845e3/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d00a9dba49f232387f845e3/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d00a9dba49f232387f845e3/pdb.gz): 1300 ms

reading 220 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

220 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 21 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:219});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Escherichia coli k-12
publication title	Acid Base Catalyst Discriminates between a Fructose 6-Phosphate Aldolase and a Transaldolase doi rcsb
molecule keywords	Fructose-6-phosphate aldolase 1
total genus	77
structure length	220
sequence length	220
chains with identical sequence	B, C, D, E, F, G, H, I, J
ec nomenclature	ec 4.1.2.-:
pdb deposition date	2014-12-11

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00923	TAL_FSA	Transaldolase/Fructose-6-phosphate aldolase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	4rxfA00

4P61A 3S8HA 2QCHA 1RQBA 3L66A 5KZDA 4ADTA 3ANYA 1G4EA 4UTHA 4O16A 2FB3A 4N6EA 1F5ZA 3LRMA 6TIMA 2P0OA 4ZQRA 3CHVA 5EA9A 5F2MA 1TB3A 2NXIA 3M41A 4K36A 3MBFA 3A24A 3W7DA 1QR7A 4G1KA 4HNUA 2GQ9A 3UXAA 5FF7A 1IF2A 5J5RA 3TX9A 5D03A 3FKKA 1WQ5A 3W70A 4RZ4A 3QYQA 3SY5A 2QCMA 1EUNA 3GDKA 2X1SA 1OF6A 4FIQA 1NAL1 3TH6A 3F4WA 1W8SA 3BARA 3VE7A 2ZTKA 4Z0SA 2Y89A 3W2NA 4XBKA 4LC6A 3AO0A 4LS0A 1JUBA 3EWZA 2NZLA 3SECA 4UTKA 3IVTA 2DJXA 2NX1A 5AB3A 2C1HA 1V7YA 3U2OA 4NNCA 1EWEA 3H54A 4Y6GA 3MYPA 1AMKA 1M7PA 3G1VA 5HNRA 1PIIA 3P7YA 2BTMA 1S5WA 4MY9A 4FIRA 3HB9A 3QMSA 4RLIA 2FLIA 5LGXA 5D2WA 2WNZA 1OK6A 3LXAA 1KLZA 1QCWA 3HG5A 5KZEA 3N73A 5L9FA 1I45A 4NVTA 1OYBA 1SW0A 3T44A 1R46A 3EXRA 2XFWA 2ZZ7A 5D2YA 3NNTA 1UCWA 2A2IA 2QUVA 3W7RA 1LCOA 2GPTA 2FPYA 2QAFA 1TMHA 2JGYA 5U7SA 3GZ3A 1GVQA 2DZXA 1ZAJA 4GNJA 3PUDA 2Y88A 3FFSA 1SSDA 3UZ5A 2CU0A 6ALDA 1Z48A 3FKRA 3W22A 2FB2A 2WKJA 2X30A 5G4WA 3UWWA 1PHQA 5K3VA 2WNQA 3N2XA 3E96A 3GX9A 4C1LA 3S5ZA 4JX4A 1EEPA 3KFTA 5AHNA 3TC7A 3TMQA 1EA0A 2YR1A 1OHLA 4E0CA 3NAVA 2F84A 3JS3A 3R89A 5HUPA 1AW5A 3C2VA 1LM1A 4NQ1A 2NUWA 2CLMA 2ZZ5A 1BWKA 3DU0A 4LV9A 4XZ9A 5BW6A 1UUOA 1B3OA 1K8YA 1CX9A 1ZFJA 3STGA 3M5YA 3MMTA 1IXOA 2VFFA 3W2UA 3HQ1A 1Y0EA 4IPJA 1WOBA 2FQIA 2X1TA 3UZJA 1YADA 4Y96A 4JR5A 3WJZA 5KSWA 3T55A 2UV8G 3PBYA 4EOUA 4Y9AA 2QDHA 3M5VA 4LV4A 3B8DA 4DF1A 3IIVA 3W1MA 2BLEA 3DHFA 1UB3A 4JICA 5E93A 3MW7A 4HKPA 3MI6A 2A85A 3GR7A 4DEFA 1I2OA 3CWOX 3N3MA 4UMAA 3QC3A 3P62A 3HIJA 3L0KA 3NDOA 4ORIA 3L5LA 2CLIA 5CG7A 1R2RA 3Q94A 1MEWA 1PVNA 1JUEA 2I1OA 1RPXA 3L0GA 3L65A 1YPIA 3A21A 4E2DA 1ADOA 2YSWA 4RZ5A 2C3ZA 3G1HA 5D2TA 1R30A 1S5VA 1ONRA 4O12A 5KTLA 3CEUA 2PC4A 3M5ZA 3W1AA 1YXDA 2YXGA 3O05A 3IIPA 3MP3A 1JCJA 3RNDA 2ZZ3A 3GIYA 4O1CA 1K02A 3GXNA 3UQNA 3PUOA 3LCFA 1SZGA 3W1UA 3EXSA 3UWQA 5CGQA 1D9EA 1KA9F 2GQAA 3OIXA 4I9AA 1VYSX 5I3HA 1ME7A 3LBCA 2NWRA 3NPXA 3CLMA 3NQCA 3IRDA 5F2GA 1KTCA 1HL2A 3W87A 3GK0A 4JTIA 3NQEA 3IIXA 4GUFA 3OVQA 5IBXC 1FCVA 2G96A 5D2VA 2A0NA 4FB7A 3LERA 1FDZA 5C5YA 2WJZA 2ZRXA 1VC4A 2Y6ZA 4HIBA 3R13A 2BZNA 3A5FA 1FY6A 4UIOA 4GC4A 4LVFA 5LHEA 1KTNA 2HMCA 3G1SA 3TIMA 1KFBA 3BV4A 4P2VA 3ABRA 4OU1A 4XQ6A 1JCXA 1D3HA 3LHZA 4JY9A 4NUWA 2B7PA 1LP6A 4X2RA 1LZOA 1H63A 4YL2A 5F1UA 4EF9A 1K7FA 1KV5A 3TAOA 1FX6A 2OJPA 4IGHA 2NLIA 1G4TA 1O4UA 3NZRA 5G2WA 3UPBA 3UWYA 3W7EA 3P80A 2NUXA 2CLHA 4OWGA 3ABQA 2XN2A 3C3NA 1DVJA 3O6DA 4POCA 3WFAA 1TTQA 3W2MA 3NPUA 5T26A 1SSGA 3CT7A 4R53A 1G4PA 3NM3A 4IMCA 3PBUA 2V2HA 1SZEA 3S5NA 3W83A 5BMWA 1AW2A 4XTIA 5AC6A 1J2WA 2QCGA 1LDCA 5FEXA 4GJ1A 1H51A 5G5IA 4EIVA 3W7MA 3IGXA 1EX5A 5DY2A 5E1QA 3W86A 1VJIA 3FYOA 3HMJG 5FEWA 2E5DA 3GAYA 5FEZA 2DP3A 1TJPA 4UFHA 1FUYA 3QW4B 2CZFA 3EX4A 5DCEA 5G1TA 3TW6A 2OX1A 3SW6A 3QZEA 2Z0IA 3W1PA 4UTUA 1Q6RA 4FNQA 1F05A 3ZFHA 1OFDA 3MBDA 3PF3A 1B4EA 2EHHA 3P84A 3GXTA 2Y7FA 3M44A 3JRKA 1W31A 3N14A 1A50A 1AW1A 3KX6A 1KFLA 1K3UA 1T96A 4NJGA 3A9IA 3MP5A 3FJLA 3CC1A 5LSMA 3FLUA 4O4VA 4MIMA 2Z6IA 5H91A 1O95A 1PE1A 1VH7A 1B4KA 4NXKA 3S9YA 1IIGA 5LHFA 2Z1BA 1OYAA 3NL2A 2JBMA 3EWUA 1RQEA 3W9ZA 1SW3A 3W1TA 1N55A 5F4XA 3M6YA 1VCVA 4O1BA 1GVOA 2Y62A 2ZRYA 1IXNA 4AHPA 3HO8A 4NZFA 1PCWA 3W71A 5DN1A 3HG3A 3CPRA 1VQTA 4IMFA 3HGOA 3ZWTA 5D09A 5HR6A 2NV2A 3R8RA 3C56A 4AWTA 3OHIA 3LLDA 1SW7A 5DY3A 2J24A 3DKLA 4M7TA 4JTJA 4CNOA 2B0MA 4R33A 1WAUA 1B9BA 1YTKA 3UWVA 4HN4A 4O53A 4MVAA 5HULA 1WYIA 1L6WA 1R47A 3O6YX 1PL9A 4QJ1A 5D04C 4UUIA 2NXHA 1YDVA 4RKAA 2WOQA 3W7GA 2QDGA 4JTGA 3HF3A 3ABSA 3IGSA 1P1XA 2W79A 3UWZA 3IIZA 1H62A 3ATZA 1ME9A 4O14A 5CPNA 4LRSA 2ZTJA 2QEZA 3L0NA 3E0IA 3C0JA 3NEVA 2Y7GA 2A6LA 3G3MA 2F7FA 2ZBTA 1LBLA 2A1YA 2PRLA 4YCOA 2FPVA 3CIXA 3UY8A 1GYLA 3TV8A 4EF8A 2V81A 3C61A 2V5LA 3G22A 5MHBA 3B4UA 3TC6A 3FA5A 3FOKA 1YDNA 1KLYA 4FNSA 4XWUA 4UTIA 2RH9A 3N9RA 1OX4A 3TXZA 4KFOA 4NNBA 1HG3A 1ICQA 1M7OA 3LCLA 2QKFA 1K8ZA 3V75A 5CSSA 1K8XA 1QPQA 3MI3A 3S1UA 1MEIA 4L4MA 3S5OA 4BK9A 4MJZA 1TRIA 5K4ZA 1VR6A 3UWUA 2DJLA 4UTTC 4UXDA 4O13A 4ONVA 1TPFA 2GVGA 3HGRA 3NQFA 2AGKA 4QQ3A 3MYOA 2V0TA 2ABBA 3WK2A 1GVFA 4RR4A 2DZUA 1QMLA 1HTIA 1QOPA 3CQ0A 3IGUA 4M5PA 4DO4A 4HT3A 2GOUA 3W7HA 1C9DA 4L4LA 1BWLA 1KFEA 1M5WA 3QPYA 2GUUA 1TQJA 5LNVA 3O1NA 2FIQA 3QSRA 5AHIA 4BI6A 3LRKA 4O1DA 1ICSA 4BWLC 4N4QA 1WDWA 4TMCA 3NYZA 4OHQA 3TDFA 3BW2A 4LVGA 3EWXA 4JTEA 1PCKA 2B7OA 1I2RA 4A2SA 3S1VA 4AHQA 5AYXA 5AN7A 4AMAA 2BXVA 3E9AA 1Q3NA 4JDBA 3M1ZA 4WJEA 5K7JA 3CU2A 2E1DA 4M19A 3BGGA 1TPWA 1VYRA 1ZAHA 4Q33A 4X22A 1F6PA 4JYDA 4HNTA 3PSWA 1TQXA 4DXVA 4LOCA 3T7VA 5AYYA 2LLEA 1LRTA 4IX0A 2V5BA 2RDWA 4AF0A 3NQMA 5TQLA 1Z42A 1XUUA 1F74A 4A3UA 1I8JA 2Q3RA 1W3IA 1XXXA 5CZSA 3VNDA 3G1FA 4U28A 4DBEA 1O94A 1RQHA 3W74A 1NF0A 2JK2A 2Z2UA 3I65A 3DBPA 1X6UA 1H7PA 3ZS4A 3TFCA 2FFCA 2CFFA 1KM6A 3L68A 1DHPA 4WY0A 5LNUA 3UYCA 3EWWA 5CSRA 3EX2A 3ATYA 4Z1AA 2H3BA 4J9JA 4PODA 4O8RA 1O60A 2RFGA 4A2RA 1YXYA 1J5TA 3ABOA 1ZAIA 3W07A 1SUXA 4JEQA 3DFOA 2ATSA 4U4MA 3LCWA 1VLWA 1B57A 3QFEA 4WUIA 1UUMA 1GZGA 3NL6A 2YX0A 2J9YA 2ZYFA 4I7VA 4MZ1A 1CW2A 3P82A 4PA8A 1MXSA 2QCDB 1GVRA 1KFJA 2C16A 4WX2A 5D05A 5IBXA 1H7RA 3I6RA 4MKNA 4Z1CA 5AHLA 4LWWA 1I2QA 3NQVA 2YCEA 2BSLA 4UNKA 5DLCA 3LTPA 3N19B 3G24A 4M6QA 3C52A 3WJYA 5LKYA 4PL2A 1PV8A 4RXGA 4C1KA 4N02A 1MSSA 1QOQA 1TTPA 4PH6A 3BG9A 1FWWA 3RK8A 3KRSA 3OEXA 4K6AA 1OFPA 5FF2A 3I7SA 2B7NA 3I7QA 4XKYA 3A23A 5CPMA 2OMAA 3KVLA 3BLFA 4RZ6A 3BO9A 3L67A 3NO5A 2ZA3A 4BF9A 3GDMA 3T4CA 3TR2A 2QCCA 3M7WA 3GVGA 1VHCA 2A7NA 2NUYA 4AHOA 4TO8A 2ZA1A 3LCIA 5EBUA 4CNPA 2WO5A 2ZRUA 3EXTA 3PVFA 5AHMA 3OBKA 4MJMA 3INPA 1VPXA 4HPJA 4HNVA 2Y63A 3CIWA 2WSQA 3G8RA 2VKZG 2PRHA 4XUGA 3BVJA 3BLEA 1VS1A 2ZDRA 4UFIA 5FESA 5EPDA 5AHFA 3FS2A 3CM4A 1QO2A 1H61A 2H3DA 5LNRA 1GVSA 1VLIA 1J4EA 3M9YA 1H1ZA 2A6NA 1JQVA 1W5QA 4Y90A 3WJXA 1JCYA 4OQVA 4WQ6A 2E5CA 1Q45A 3IV3A 4M6PA 1U83A 1SU5A 1H7NA 1WX0A 2EF9A 3WJWA 3VFLA 3W1XA 4ZQPA 5G2HA 4O0ZA 4ORMA 5DELA 2DZSA 1JJKA 3IIOA 1F7BA 2YDAA 4NJKA 1GG0A 1RV8A 5HR7A 4GUIA 3LLFA 3W84A 3MUXA 1THFD 3LV6A 4IOTA 3DFPA 5G4EA 1X1OA 1XDLA 1ME8A 1YTDA 3VI2A 1I2PA 4JN6A 3W72A 1W5OA 1TPB1 1NF7A 4MYAA 5C2XA 1XFBA 1E51A 3P5ZA 3LI0A 1H7XA 1A5CA 3TNOA 3S1XA 1HO4A 4RXFA 2YZRA 4JTKA 4N2YA 4UTWC 1I2NA 3NL5A 1L9WA 3G0UA 1KFCA 3GNDA 4JTFA 5HJLA 3L21A 1XBXA 2ZRVA 1TV8A 4LVBA 4TMBA 1OFBA 2WNNA 1TPH1 3NQ8A 3TMLA 5LGZA 1KM1A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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 4NJH A;  3BGJ A;  1OAB A;  5C6M A;  2G95 A;  3G1D A;  2NV1 A;  3O06 A;  4ZQO A;  5KZM A;  3NQG A;  3FIG A;  3Q37 A;  3EKZ A;  4RV8 A;  1SQ7 A;  2DZP A;  3B06 A;  3R12 A;  2QUT A;  4LS2 A;  5A5W A;  1NSJ A;  4ICN A;  1OX5 A;  1F73 A;  4CQ9 A;  1ZEN A;  4HNN A;  5AHE A;  1TPC 1;  3T40 A;  3SGU A;  4S2B A;  2QR6 A;  4JTU A;  3THQ A;  4OT7 A;  3KVJ A;  4AEO A;  4O17 A;  3TW7 A;  4OBT A;  4QSH A;  3E02 A;  5HWJ A;  3TQK A;  3SR7 A;  1GG1 A;  3S0C A;  1DBT A;  4A21 A;  2C0A A;  2JKE A;  1GJP A;  2VC6 A;  3UXD A;  4ZQN A;  3P81 A;  3LDV A;  3S1W A;  3LTS A;  3M43 A;  1SO4 A;  1VYP X;  2RDT A;  2DOR A;  4IQL A;  3TSM A;  1FWR A;  4MZ8 A;  3STE A;  3W3O A;  3W7O A;  3DKJ A;  1AL8 A;  1DOR A;  4NJJ A;  3A22 A;  3EX3 A;  4PTN A;  1XKY A;  3PR2 A;  1RVG A;  1P0K A;  2VEK A;  3G0S A;  2WPB A;  4IUO A;  4MY8 A;  3OVR A;  2EAW A;  3G8E A;  3W1Q A;  2Y61 A;  4AWU A;  2OT0 A;  2EKC A;  2QCF A;

1L6WA 4RXGA 4RZ4A 4S1FA 5ZOLA 7QXFA
similar chains in the Genus database (40% sequence similarity)

8S7HA 8S7IA
similar chains in the pdb database (40% sequence similarity)

#similar chains in the Genus database (40% sequence similarity)
1L6W A; 4RXG A; 4RZ4 A; 4S1F A; 5ZOL A; 7QXF A; 
#similar chains, but unknotted

#similar chains in the pdb database (40% sequence similarity)
8S7H A; 8S7I A;

4RXFA

Total Genus

sequence length

structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

connected with : NaN

pfam database annotations