4S2C | Genus

Total Genus 135

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	135
sequence length	316
structure length	316
Chain Sequence	TDKLTSLRQYTTVVADTGDIAAMKLYQPQDATTNPSLILNAAQIPEYRKLIDDAVAWAKQQSNDRAQQIVDATDKLAVNIGLEILKLVPGRISTQVDARLSYDTEASIAKAKRLIKLYNDAGISNDRILIKLASTWQGIRAAEQLEKEGINCNLTLLFSFAQARACAEAGVFLISPFVGRILDWYKANTDKKEYAPAEDPGVVSVSEIYQYYKEHGYETVVMGASFRNIGEILELAGCDRLTIAPTLLKELAESEGAIERKLSYTGEVKARPARITESEFLWQHNQDPMAVDKLAEGIRKFAIDQEKLEKMIGDLL

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__894396089548489__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__894396089548489__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4S2C/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__894396089548489__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"894396089548489","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4S2C/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__894396089548489__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d00ac4244c4551e9231a682/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d00ac4244c4551e9231a682/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d00ac4244c4551e9231a682/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d00ac4244c4551e9231a682/pdb.gz): 481 ms

reading 316 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

316 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 25 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:315});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Transferase
source organism	Escherichia coli k-12
publication title	Novel mode of inhibition by D-tagatose 6-phosphate through a Heyns rearrangement in the active site of transaldolase B variants. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Transaldolase B
total genus	135
structure length	316
sequence length	316
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 2.2.1.2: Transaldolase.
pdb deposition date	2015-01-20

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00923	TAL_FSA	Transaldolase/Fructose-6-phosphate aldolase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	4s2cA00

2B7OA 1CX9A 4N9CA 4OU1A 1QNVA 3P62A 4A22A 5EBUA 4MLJA 2HMCA 1K7XA 1VYRA 3NOEA 3Q94A 1XBVA 3NQ6A 2ZRXA 2C15A 4TIMA 1LBMA 4O28A 3W1MA 2WJZA 1B9BA 3WJYA 3VE9A 2P0OA 3P81A 3LHYA 1ZY9A 4O54A 4GUGA 1O4UA 1I8JA 1DJNA 2JGQA 3PS7A 1YPIA 5L6UA 2YCEA 2QCNA 1VC4A 3TC7A 4JXCA 3GAYA 4HNVA 4ZQOA 3MMTA 3O6DA 3TU9A 4K8EA 1W31A 3W87A 5LNRA 1IIHA 2A7NA 4NU7A 3TJLA 4GBUA 1LBLA 1B4EA 2A7PA 3DFQA 5AHFA 3F1QA 2Y85A 1W5OA 5D04C 1Q3NA 3CEUA 3Q2DA 2RHGA 3VI2A 2C19A 3NGJA 1LRQA 4OT7A 4IWWA 4UTWC 2NXGA 5FF0A 3PVFA 4LRTA 2UV8G 2E5CA 2NUXA 4MY9A 2EAWA 3C61A 3EXSA 3M16A 3B8DA 3LCXA 3MUXA 4JD4A 1H7XA 3NEVA 5HWJA 2JKAA 2QJGA 1JCLA 5T26A 2TSYA 2F84A 1UCWA 5LZLA 2C3ZA 3HG5A 3RU6A 1X1OA 3QH2A 1MZHA 5J5RA 1OYAA 3BV4A 1R46A 3THAA 2W6RA 3EWZA 3THQA 2AQWA 4YCOA 5U7SA 1Q6OA 4O11A 1G69A 2NX9A 3A24A 3UZJA 1FX6A 2J88A 4BFAA 4DQWA 1JCJA 4N2YA 1JCNA 1WA3A 2GQAA 3TMQA 4A3UA 3T55A 5D33A 4KKXA 3R5EA 2GJLA 1KM0A 3EEGA 3TW6A 2QCFA 1FCBA 3BGGA 3MHFA 3NQ8A 3W7KA 1HTIA 2E1DA 3CLMA 3CHVA 4O52A 5DELA 1BTMA 1MEHA 2BLEA 3L9CA 1VCFA 4NX0A 3B0UX 5FEWA 4JTUA 1YPFA 3NL2A 3GKFA 4GRSA 3SGUA 3W70A 1ZNNA 1OF6A 1VYSX 1M7PA 5EKYA 4NZFA 4WX2A 3G1FA 3NO5A 4NNBA 1EX5A 2X2GA 4UR8A 3GDTA 4JX5A 2VFIA 1W56A 4ADUA 3OEXA 3SECA 1J4EA 1I4NA 3G1SA 1FWRA 2ATSA 2ZA3A 2J6XA 3W7CA 3LLFA 1EB3A 1VH7A 3MI3A 5HUPA 4XTDA 1UB3A 1N55A 4Q33A 2FDSA 2R8WA 4ZVJA 4QITA 1GQNA 4ZQPA 5LNSA 1TPVA 2ZA2A 4JX4A 3E02A 5KSWA 1K3UA 2VFEA 3N14A 4YLWA 3SZ8A 4W9TA 1OFRA 1H7RA 4MIMA 4QM1A 3B4UA 1H5YA 3NNTA 1RQEA 4E0CA 1PL9A 3G8RA 4U4MA 3UWUA 4EOUA 4K7YA 3F03K 1H7PA 2EHHA 4DBDA 1WDWA 1K8XA 1EPXA 3TK7A 4RKAA 1SFJA 3LGEA 3O63A 2WSRA 2YYTA 4BWLC 5AN7A 3ABQA 1DL3A 4POCA 3NL3A 1WX0A 3P61A 2GJNA 3GDKA 3A23A 5TBOA 4A2RA 4DF0A 4UTHA 5I3GA 1F76A 5F4WA 1C29A 3WK0A 3PULA 2XN0A 3CIWA 4X3ZA 2QJIA 4AEOA 2VFDA 1H1YA 1L6YA 3HJZA 5AC7A 3ZWSA 1ZALA 4O50A 1KFJA 4CCDA 4RX0A 3QEZA 1KLYA 5DCDA 2QEZA 2ABAA 3TE9A 3E0IA 4NXKA 1LLZA 4ML9A 1A5SA 1TIMA 2E6YA 5K9XA 1HFBA 4UFKA 4GFSA 3C2RA 3W76A 1AW1A 3OBKA 5CSRA 2P10A 1F2JA 4XKYB 2DU2A 4NJIA 3P7YA 4UTMA 3EX2A 1VLIA 3CB8A 2VKZG 3P8IA 1XXXA 1H7NA 1KM6A 1PE1A 1G4SA 3P5YA 4LS0A 4NNCA 4O1BA 3PB2A 1A5AA 4KFOA 2V2DA 3W73A 5LNWA 1R2TA 4IJBA 4IPIA 5I3FA 1SZGA 5AC6A 5IBXC 1ZJIA 3TIMA 2WQPA 5C6MA 1A5CA 1QR7A 3WJZA 3LCGA 3LXCA 1R2SA 1XFBA 3EX6A 5FEZA 4BI6A 5K9CA 3TQKA 3ATYA 4O4WA 2DZPA 1H1ZA 1Q6QA 1I2PA 4GXMA 5AFDA 2XN1A 1F6KA 3LHTA 3EWXA 3NQ7A 3MYPA 2Y63A 2RH9A 1RQHA 5DXXA 2C13A 1RVGA 3MP5A 5CZJA 5BOOA 3QYQA 3T7VA 4GE8A 1J5TA 3FYOA 3H54A 3GVGA 4Z0SA 2E68A 3DH7A 2A2IA 5K7JA 3W3OA 3BLIA 4JTEA 1TRDA 4JTKA 1GYLA 2W0UA 1ME8A 4IXXA 4LU0A 1ZAHA 3NPUA 5FF2A 1X1ZA 3HGOA 3B05A 2Y62A 4MY1A 5AC8A 1FQ0A 3KRSA 4OGZA 2ISVA 2CFFA 3R2GA 3C56A 1T99A 2A85A 4XTIA 2AAMA 5ABTA 1OYBA 1M6JA 3PUDA 5C2XA 4LS2A 3LHZA 1WBJA 1ME9A 3MJYA 2E77A 1R30A 3L0GA 2P1FA 3NQAA 1TREA 2E6FA 1QO5A 3GXTA 4AMAA 4UFLA 5EPDA 7TIMA 1UUMA 3FJ6A 1VR6A 4MFEA 2Q8LA 1L6WA 3S8HA 2PCQA 5HWNA 2Y70A 2F7FA 4Z1CA 1SO5A 1TV7A 4AHOA 4FHAA 4FNRA 1FWNA 3GR8A 5I3HA 3A5FA 1Z44A 1JRBA 4O15A 3W75A 3BK0A 2JK2A 4NZJA 3HMJG 3WK3A 3VCRA 1XC4A 3GK0A 2YR1A 4PEKA 1LM1A 4R34A 1KFBA 3I7RA 3I68A 1LP6A 3CM4A 4IGHA 3AJXA 1EEPA 3QQ1A 2VELA 1VS1A 1IXOA 3QJAA 3PBUA 1DV7A 4A29A 1VHNA 1I2OA 3TJXA 4RR4A 4MZYA 1KFEA 4ONVA 1C8VA 3W85A 1WV2A 1JUKA 2CZ5A 1Q45A 2WNZA 3TDFA 3B0VC 4M7SA 1LRNA 1QPRA 1XCFA 4B5NA 5F4XA 5D09A 2NUYA 3IV3A 2QF7A 1ICQA 4ZQRA 2NZLA 3FJLA 4IOTA 1FUYA 4FB7A 3DHFA 2GPTA 2Z0IA 1ALDA 2A1YA 1QAPA 1G4PA 1GTEA 1ZAIA 2ZTKA 4AWSA 3TV8A 1IXQA 2GUUA 3MP4A 1F74A 3QM3A 3KOFA 4XUGA 4L4MA 4IQLA 3DAQA 1JCXA 4K6AA 1T8XA 4WUIA 1FCVA 2HS8A 3CTLA 3EKZA 4RK8A 1GOXA 4N4QA 3R12A 4XZ9A 5C54A 2R14A 4LV4A 2H3BA 5D02A 3KVJA 4JS3A 5CKSA 1OFOA 3NZ1A 1RPXA 4R7JA 3LRKA 1ONRA 1OABA 4OV9A 2RDUA 1FWWA 4CNNA 3W7HA 1MEIA 2QCCA 3QZEA 4JTSA 4CQ9A 3EWUA 3FKKA 1QFEA 1XDMA 4JN6A 3TSMA 3CEPA 4K37A 3DBPA 1UASA 1OX5A 2OT0A 3GDMA 4WXZA 5KMYA 2NXHA 3O6YX 2Z6IA 2ZZ3A 4XBKA 2WNNA 2Y61A 3GAKA 4UNKA 1XBXA 1C9DA 1U5JA 3S5NA 4UR7A 2J9XA 3STGA 4LC8A 5D32A 4NJHA 1YXCA 4EWND 2ZCGA 1OX6A 4Z1BA 3SJ3A 1JQVA 5AHIA 1U83A 3OVRA 3NQDA 3TCEA 3AO0A 3C6CA 3IGUA 2J27A 5K9DA 2VENA 1PHQA 4JYFA 3I7SA 2YFNA 2JBMA 1OF8A 1FXPA 2FLIA 1XUZA 4NUWA 3M0ZA 2ISSA 5HMSA 2NWSA 3W07A 3HIJA 4CQAA 3P8JA 1TJRA 4XQ6A 3F4NA 3TC6A 3W2NA 3MBFA 2G96A 2FQIA 3A21A 1WOAA 1W5MA 2ZZ1A 4OV4A 4ZQNA 5K4XA 3FLUA 4BI5A 3DFTA 3PB0A 1W37A 3DENA 3GDLA 2YGYA 3PY2A 4JYDA 2C16A 4NQ1A 2V2CA 2HTMA 2BZNA 1ME7A 4A2SA 1ZAJA 1GYNA 3KFTA 3DKJA 1ADOA 1LYXA 2B0MA 3NM1A 5CSSA 3OVQA 4JDYA 1H50A 4RZ6A 3L5LA 3P5ZA 3DFPA 3GB6A 1P0NA 2VFFA 4K36A 5DY2A 5KZEA 1DJQA 1XDLA 4YCPA 1GVSA 1JCYA 2QR6A 4HIBA 4KFNA 4M7TA 2IQTA 2NV1A 1FBAA 2QCGA 4GUJA 1PS9A 3C3NA 3USBA 5BMXA 1GG1A 2ZFAA 3O16A 4HPJA 3QSRA 1MXSA 2E6AA 2OT1A 4E2BA 4TMCA 2QCDB 2HS6A 3GXPA 3LB0A 4ZZ9A 1IXPA 1KTCA 3QW3A 4O1DA 4Q4KA 5I3JA 4CCEA 3W23A 5DBTA 1EUNA 1PCKA 4JTTA 2VC6A 4JIQA 3LCIA 1KM4A 4O1AA 3DZ1A 5J5DA 3S1XA 1JVNA 3MHGA 1G4EA 1JCMP 1WYIA 4Y96A 5D03A 5TIMA 2NUWA 2RDTA 1R2RA 2LLEA 1D9EA 3CU2A 3O1NA 3G24A 1S5WA 1LCOA 4IMCA 2YW3A 4AF0A 5D30A 3K30A 3V1PA 4I7WA 3W1LA 2QJHA 3C2EA 3W7MA 1FDYA 1QPNA 2QAPA 3E12A 3UXAA 1FDJA 2TMDA 3W84A 3W7PA 2EGZA 1AW2A 1VJIA 3W9ZA 5KZMA 5D2TA 2VFHA 4IX2A 3TFXA 2CLKA 1Z42A 1TMHA 3NPWA 3NQEA 1VQTA 3LERA 4FNTA 3TXZA 1OHLA 5C55A 3EX4A 2PE4A 3W7OA 3CWOX 3GLCA 4O0KA 3LCLA 3BG3A 4O0ZA 3G8EA 4DO5A 3LTSA 3CC1A 4LS1A 3FOKA 4BI7A 1KV5A 3MP3A 1IGSA 4MZ1A 1TPB1 3W22A 3RFAA 2Y7DA 5H91A 3BGJA 4S2CA 5HNRA 3HQ1A 4DPPA 2WV8A 1KFKA 4UNLA 3W7QA 3PSWA 4CLMA 5G2WA 3VE7A 1OK6A 5BRBA 4UMBA 4LOCA 4EF9A 2NV2A 3TUUA 1EP2A 4Z1AA 2Y7GA 1K02A 2A6LA 3NDOA 3NQGA 2X1UA 1NF0A 5G4WA 3ATZA 3LDVA 2FFCA 1W54A 2FPVA 3LTYA 4H3DA 4LVFA 3SFKA 3TW7A 2JKPA 4X2RA 1TPEA 2Q3RA 4O12A 4LVDA 4N02A 4UTJA 3L21A 3NG3A 2ZBTA 4ADSA 1HUVA 3OVPA 2V30A 3IGSA 3CIXA 2Q8ZA 1VCVA 3N2MA 1JQXA 1SSGA 1QO2A 3HPXA 1Z48A 4H4IA 2Z6JA 3W2UA 4FX8A 6ALDA 1GVOA 3LBMA 1VYPX 3OA3A 4AVFA 4WOZA 4TX9A 1SO3A 3Q58A 3LHVA 4S2BA 2C14A 4MY8A 3TR2A 4P2VA 4FX6M 3UWQA 5FEPA 1F7BA 3BW2A 4FNQA 2OJPA 1SUXA 4DO4A 4D2JA 3RLUA 1L6SA 4DBEA 3PUEA 3LCWA 3C0JA 1EP3A 3WJXA 2YSWA 4QSHA 4ALDA 2QCLA 4K38A 5KZDA 4QJ1A 1WXJA 3UWYA 2Y88A 5HULA 2Y89A 4UTTC 5MHBA 3O6CA 1W1ZA 3NQCA 3V75A 2B7PA 4UTWA 2WSYA 3PWAA 1PVNA 4RZ5A 1AMKA 4ORIA 3IRDA 4FX7A 1WAUA 1DOSA 3C52A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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4S2CA

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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