4TIMA

Crystallographic and molecular modeling studies on trypanosomal triosephosphate isomerase: a critical assessment of the predicted and observed structures of the complex with 2-phosphoglycerate
Total Genus 90
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
90
sequence length
249
structure length
249
Chain Sequence
SKPQPIAAANWKCNGSQQSLSELIDLFNSTSINHDVQCVVASTFVHLAMTKERLSHPKFVIAAQNAIAKSGAFTGEVSLPILKDFGVNWIVLGHSERRAYYGETNEIVADKVAAAVASGFMVIACIGETLQERESGRTAVVVLTQIAAIAKKLKKADWAKVVIAYEPVWAIGTGKVATPQQAQEAHALIRSWVSSKIGADVAGELRILYGGSVNGKNARTLYQQRDVNGFLVGGASLKPEFVDIIKATQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystallographic and molecular modeling studies on trypanosomal triosephosphate isomerase: a critical assessment of the predicted and observed structures of the complex with 2-phosphoglycerate.
pubmed doi rcsb
molecule keywords TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
molecule tags Isomerase(intramolecular oxidoreductase)
source organism Trypanosoma brucei brucei
total genus 90
structure length 249
sequence length 249
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date 1991-04-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4timA00
3T55A 4M6PA 2J24A 1PHQA 3EWWA 3TMQA 4XBKA 3NDOA 3MJYA 3TSMA 1I8JA 4FX8A 3LTYA 4O28A 3W87A 1K7FA 1ZAJA 4N4QA 3P5ZA 1H50A 1I2PA 4FB7A 2NXHA 5EA9A 3CC1A 3BPWA 2A7RA 1TPFA 4NU7A 3W2MA 4ADTA 1Q6RA 3NQGA 3QYQA 2YCEA 4WUIA 5F4XA 3P61A 3TR2A 3IV3A 3QPYA 4Z1AA 3HMJG 3GKAA 3NZ1A 2BX7A 3S42A 5DELA 1VCVA 3M1ZA 2PC4A 3V1PA 3DFNA 4PFMA 3QMTA 1SFJA 5CPNA 4BR1A 3QEZA 1F6KA 4OWGA 3P84A 4PA8A 5BRBA 2V2DA 3NYZA 3N3MA 1RQHA 4LRTA 3LHZA 3WJZA 3TDFA 2CZFA 1G4SA 4ZVJA 1Q45A 5F2IA 2E1DA 3EXSA 1KTBA 1QPOA 5CZSA 1UB3A 2A4AA 3EWUA 2OMAA 4AWSA 3Q58A 4YL2A 3N9SA 1O94A 1H1ZA 3THQA 2FPTA 1GJPA 2RKXA 1H1YA 4EWND 4IUOA 3JRKA 3CM4A 4CNNA 4GFSA 3LCFA 4A22A 3NVTA 3HF3A 2EF9A 4JX4A 4OGZA 3B0PA 1LDCA 1KFKA 3C2EA 5LNRA 1PIIA 4IPIA 5TQLA 3QMSA 4KFOA 1ZENA 3PB0A 1G7VA 1DL3A 4MUZA 4NUWA 1TPEA 4K36A 5LKYA 3WJYA 1VC4A 2ZZ2A 4DF2A 1SZEA 3B8DA 5DBTA 3S5OA 3S5ZA 4S2BA 1W3IA 3BLEA 4FHAA 1GVRA 2Q8ZA 3NNTA 4XKYB 5KSWA 2E77A 1SSGA 4A21A 3NOEA 4CQ8A 1EWEA 1VH7A 1C29A 5AYXA 2CLMA 5C2XA 2JK2A 2QCEA 3IIVA 3SJ3A 4YCPA 3LHUA 3R89A 2J9ZA 4GE8A 1TTIA 3CIXA 3P8IA 5EL1A 3W7NA 1B57A 4L4LA 3NR0A 4D2JA 2TPSA 3B05A 3CLMA 4RCXA 2GPTA 4O4VA 4DBEA 4HNTA 1ADOA 1ICPA 5LNSA 5FEZA 1AMKA 2CLEA 1ME8A 3LRMA 3L65A 3MW7A 1I2NA 1YPFA 3BVJA 4QSHA 1W1ZA 4NJKA 1RR2A 3T44A 1TV7A 3KAOA 1FUYA 1WAUA 2GVJA 3LCWA 2OCZA 4OT7A 3MP5A 4NT0A 2GUUA 2I14A 1F73A 3TK7A 5E93A 3RF9A 3HPSA 3I65A 5AHIA 1B9BA 1OFEA 1TPDA 4IX0A 4X9SA 1LROA 5HMSA 3VE9A 3LLFA 3LCLA 1O5KA 3TSDA 4N4PA 4JICA 3M5VA 3C3NA 2YGYA 4DO5A 5GVJA 4WOQA 3STEA 5K4ZA 1PS9A 1W3NA 3OVQA 3W2NA 3NPWA 5I3FA 3NQ6A 2ZTJA 2R91A 4Z1DA 2TMDA 4GUGA 5D33A 5G2WA 1GVSA 1WYIA 1W5MA 1H51A 2H3DA 4MZYA 4RK8A 2KZHA 3UWQA 3CWOX 2WNNA 4QQ3A 3IRDA 3QRHA 1MZHA 4EF9A 3HGSA 3MI6A 3EWBX 3STFA 1F05A 4GJ1A 2C19A 3G24A 4N6FA 4AF0B 2QJHA 1SO3A 3R13A 3SGUA 4LS1A 4DXVA 3S5NA 3TXVA 3I7SA 3CT7A 3UD6A 4JYDA 1FDJA 3UXAA 1VGAA 3BGGA 4O4WA 3GVGA 3VFLA 4AXKA 3LBCA 3W23A 1TSIA 4RXFA 2GVGA 2V5LA 1XBXA 3O1NA 3UZ5A 2C13A 1R2RA 4M6VA 4O1CA 3HG5A 1G7UA 4UFKA 2DJLA 2DZUA 1L6WA 3GLCA 4R53A 3PWAA 3LDVA 3O05A 3PF3A 2YFOA 3INPA 3BLIA 3GDRA 4UTJA 4Z1CA 2ZQ0A 5IBXC 4LY8A 7TIMA 4FNQA 1SZFA 3N14A 3WK2A 2E09A 3G0XA 4O18A 1VYSX 3GB6A 4ZQRA 4ZZ9A 5J5DA 3ABSA 5TIMA 3NPUA 4MY9A 1FX6A 4QISA 3T40A 4NNBA 1BWKA 1EP2A 3C2OA 3EKLA 4PL1A 5G2IA 3S1UA 3BW2A 5LHEA 1W0MA 4MZ1A 5G2HA 3P62A 1KV5A 1WOBA 4JIPA 1SZNA 2FDSA 2CLLA 1KM6A 3C4UA 2J9XA 3TV8A 5A8GA 1X1OA 2FB2A 3GAKA 3NM3A 2FIQA 1G4EA 1LOSA 3TJXA 1MEIA 3MHGA 4FNPA 3PSWA 4O17A 1QO2A 2GVLA 1YPIA 1FWWA 2NV1A 3W7RA 2A21A 3IIOA 1TREA 5BMWA 2RHGA 1DHPA 3G3DA 1R30A 4N02A 3BLFA 3IIZA 3HIJA 2QUTA 1JQVA 2PURA 5CPMA 3DFPA 1BTMA 4LS2A 5F2LA 1HFBA 1A5CA 1O60A 2EPHA 2X30A 4BI5A 1XDLA 3KVJA 3PS7A 1VLWA 3M5ZA 1OFRA 5BW6A 4GUIA 2DZSA 3UXDA 1J2WA 1ALDA 3GZ3A 2V81A 2RH9A 1G69A 1JVNA 4AAJA 2RDWA 1FY6A 2YXGA 4BFAA 1DBTA 1LRTA 4IQLA 3TW7A 1TTQA 3LX9A 4JTGA 1GVOA 2C1HA 5L9FA 4X2RA 5G4WA 2ZTKA 2A5HA 2C0AA 2RFGA 5HINA 2CZEA 4JTEA 5SWUA 4AHPA 1OYBA 3HG2A 1ICSA 3HGOA 1QFEA 3PBYA 4JN6A 4UR7A 5CSRA 1KM1A 3O8AA 1FWTA 3VE7A 1CW2A 3S5YA 1P1XA 3PB2A 1HO1A 1XUUA 1HTIA 5LNWA 3HG3A 4IMCA 1KV8A 2VKZG 2ZBTA 2JKAA 2VFHA 1AW2A 1LM1A 4MLJA 3VCRA 3TH6A 5K9CA 2J27A 2NX3A 1TPVA 3UY7A 1TJPA 2Z6JA 1B3OA 3TXZA 4I7VA 3G3MA 2QUUA 1QPRA 4NNAA 2HSAA 5BOOA 4K7VA 1V7YA 1DV7A 1ME9A 2CFFA 3QQ0A 2IQTA 3LCXA 3W9ZA 4XUGA 3BGJA 2R94A 3A21A 4GUFA 3L67A 3VI2A 4AF0A 2VXNA 2CLIA 4RZ5A 2VFDA 2NUXA 4GRSA 3LI1A 1QPQA 4H3DA 4K8EA 3LXAA 5CSSA 4Z1BA 4DEFA 2E68A 2Q3RA 4UXDA 4QM1A 4E38A 3W07A 4KFNA 1FBAA 4NJJA 4W9TA 3HGRA 5FESA 3CU2A 3W74A 5HULA 1VR6A 3CIWA 4M7TA 4RKAA 1RZMA 3DU0A 3GDKA 4PC8A 1PL9A 1V5XA 4A3UA 2R14A 4FX6M 3KXQA 1HL2A 1OX4A 4NZJA 1G4PA 1UASA 1XBYA 4MY1A 4FX7A 5DCBA 4WY0B 2Z1BA 3E0IA 5H91A 1SR9A 3W2LA 1SPQA 5I3HA 1IXOA 3HJZA 1XKYA 1WA3A 4Y6GA 4E0CA 1LP6A 2F84A 3MI2A 3O6CA 4NQ1A 1THFD 2XN2A 1SU5A 3TCEA 3W7CA 2QCMA 3W7EA 2X1UA 1VYPX 3VKJA 3M5XA 3PG9A 4O12A 4ML9A 1JCYA 4IJBA 3KRSA 3W86A 2NWRA 2GQ9A 4BI7A 1Q6LA 4LWWA 3ABOA 2BTMA 3FKKA 4ZQOA 3LM7A 5BNKA 3TAKA 2X1TA 3HO8A 2QCDA 4JTTA 3HBLA 5K7JA 3QW4B 1OABA 4MZ8A 2QR6A 1FWNA 2PRHA 1K3UA 2ZA1A 2ZZ3A 8TIMA 3TJLA 1ML1A 3C8FA 4QNEA 1B4EA 3OG3A 3NA8A 4LC6A 5AN7A 3AO0A 3ATYA 3L9CA 1NVMA 3NG3A 2Y62A 1VPXA 2DZTA 1JRBA 5K3VA 1H7PA 1UJPA 1VYRA 2YW4A 3P60A 5G4EA 3HGJA 3TX9A 1TYGA 4DPQA 2HMCA 3E02A 3CEPA 5IBXA 3W7HA 3BW3A 3N9RA 2ZA2A 4IMGA 4EF8A 2EGZA 3EB2A 3NQCA 3NQDA 4LW7A 4UIOA 4TO8A 1GVQA 3KRUA 1A5SA 1JQXA 5E0KA 3TA6A 4YXGA 4LS0A 3R2GA 3RLUA 5BMXA 3NL5A 1QMLA 2YYUA 4GC4A 2A2IA 4H4IA 1D3HA 1T96A 5HWJA 3QW3A 3MYPA 3MMTA 1O95A 3R8RA 2NWSA 4CCCA 3S0CA 2PCQA 4WX2A 3LV6A 3OA3A 4TR9A 1W5QA 1A5AA 4I7UA 4U28A 2W6RA 4OHQA 3NL6A 1FXPA 5D2VA 4NJGA 2CU0A 2DU2A 1FXQA 4K38A 3ATZA 3B03A 4IXHA 2Y7DA 2Y85A 4XTIA 3W7LA 1IXPA 1DQWA 4MKNA 2CZ5A 5LGZA 3PULA 4MJMA 1K8YA 3LOTA 3QFEA 3WJXA 3E12A 1OF8A 2H90A 4FXSA 2ZCGA 4HNUA 1M6JA 1ZAIA 4ZMGA 3ZS4A 4JDBA 1FDYA 4O57A 3A9IA 1YTDA 4O15A 2E5BA 2GJLA 1SW3A 1W5NA 1KFEA 3GXPA 1H7NA 2ZZ6A 4N9EA 1H61A 1LRNA 4BWLA 5I3IA 1LTDA 5D38A 4UMAA 2VFFA 3NGJA 3NQ7A 3UPBA 4LVBA 1GQNA 4XTDA 1YXCA 3UWYA 3P82A 3PAJA 5F2MA 1WX0A 3OHIA 4MYXA 2Y88A 3DH7A 3F1QA 4HPJA 2BLEA 2E5CA 3O06A 2TYSA 4UNKA 2C15A 4TU1A 4O50A 1GVFA 4Z08A 2AQWA 3TIMA 1K7XA 1A53A 4PCFA 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3LTSA 1KM3A 3GXNA 2WSQA 2WPBA 3LRLA 5AC6A 4JX6A 3HPZA 2FPVA 2ZRWA 4AEOA 4LT9A 4ZQNA 1S3HA 1AW1A 3UNDA 1LLZA 1KLZA 1UUOA 4IWWA 1TQXA 4RJEA 4CNPA 1YDOA 2V5BA 1TPB1 4FIRA 1WXJA 1OHLA 3GXTA 1LBLA 3DAQA 3TC6A 1D3GA 1K8ZA 3EX4A 1H60A 1L2UA 4GUJA 3EX6A 4DO4A 2OT0A 1AL7A 2RDTA 1EA0A 3GDLA 2NXIA 2QAFA 2A6LA 4OBTA 1OYAA 4O14A 1EWDA 5HJLA 2B0MA 1N55A 2X1SA 3G1VA 3TKFA 1EPXA 3C2RA 1TV8A 2B7QA 2FLIA 3DI0A 4LU0A 2H8XA 4L4MA 1PV8A 2DZXA 1PCKA 1KTCA 1B4KA 4IMFA 4CLMA 4Y9AA 1VHNA 3U6WA 2WSRA 4UFLA 2DZPA 1L9WA 1U83A 1NF7A 3RFAA 4OQVA 2Y61A 2LLEA 3QM3A 4M6QA 1W54A 3QF0A 4QNWA 2XN1A 3LRKA 1FWRA 1TTPA 4ZQCA 3G1AA 3BK0A 4XKYA 2E5DA 1W31A 5DXYA 4U4MA 1AG1O 2H6RA 4ORMA 4IOTA 5AHEA 3MUXA 4LTSA 3MP4A 2QKFA 4OV4A 2V2CA 4K7YA 1TPUA 3UWZA 3NL2A 3STGA 1YXDA 5D37A 1G67A 4FNUA 3L5LA 4XWUA 3NEVA 4RX0A 3DENA 4BWLC 3B0UX 1TMHA 3DI1A 5A5WA 3E96A 4E2DA 1LOLA 3Q94A 1RQBA 3W6YA 1XCFA 2BXVA 4Q4KA 2YZRA 3LXBA 2NX1A 2YFNA 1Z42A 3IIXA 1GZGA 2E6FA 5FF0A 5FEPA 4DPPA 4KWWA 5CZ0A 4ZQMA 1T8XA 4WOZA 1S5VA 3LHVA 4PH6A 1N7KA 4UMBA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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