4TIMA

Crystallographic and molecular modeling studies on trypanosomal triosephosphate isomerase: a critical assessment of the predicted and observed structures of the complex with 2-phosphoglycerate
Total Genus 90
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
90
sequence length
249
structure length
249
Chain Sequence
SKPQPIAAANWKCNGSQQSLSELIDLFNSTSINHDVQCVVASTFVHLAMTKERLSHPKFVIAAQNAIAKSGAFTGEVSLPILKDFGVNWIVLGHSERRAYYGETNEIVADKVAAAVASGFMVIACIGETLQERESGRTAVVVLTQIAAIAKKLKKADWAKVVIAYEPVWAIGTGKVATPQQAQEAHALIRSWVSSKIGADVAGELRILYGGSVNGKNARTLYQQRDVNGFLVGGASLKPEFVDIIKATQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystallographic and molecular modeling studies on trypanosomal triosephosphate isomerase: a critical assessment of the predicted and observed structures of the complex with 2-phosphoglycerate.
pubmed doi rcsb
molecule keywords TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
molecule tags Isomerase(intramolecular oxidoreductase)
source organism Trypanosoma brucei brucei
total genus 90
structure length 249
sequence length 249
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date 1991-04-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4timA00
5GVJA 2V5LA 3A9IA 3SFKA 3G1SA 3W1XA 1NFBA 4P2VA 4K7YA 4AVFA 2RDUA 5BNKA 3HJZA 3FEMA 1K7XA 3GK0A 1KLYA 1SQ7A 3W22A 3NO5A 4I7WA 2R14A 3R2GA 4FXSA 1TPEA 3VI2A 1VYPX 3TV8A 3EWYA 1GEQA 3PG8A 4FNSA 1HL2A 3LI0A 3RF9A 5LNVA 4O1DA 4Y90A 3W83A 1W56A 4FF7A 5G4EA 3W1TA 3HF3A 4ZQPA 3EB2A 4PL2A 5J5RA 1NSJA 5E1QA 1R46A 3NQ7A 1OFEA 2CFFA 5AB3A 1ZAHA 1W0MA 1F76A 3GAYA 3MI3A 3T7VA 1LOLA 4UNLA 3USBA 3U2OA 3M47A 4LC8A 3E96A 1LBFA 2B7NA 4JS3A 3EWXA 4UFKA 3FYOA 4DO6A 1ICQA 1ML1A 4RZ4A 2XN1A 4H6KA 1RQBA 3SW6A 3DI0A 2Y7FA 5DBUA 3LLFA 4LW7A 3KXQA 2KZHA 3GXTA 4OE7A 3OA3A 3P5YA 1F05A 2ZBTA 1G4EA 4JTGA 2A2IA 2I9EA 3PBWA 1ADOA 4J9JA 3W6YA 3OIXA 5DCBA 1ME7A 4XBKA 3MMTA 1W1ZA 1VH7A 5EL1A 4QJ1A 2WV8A 5I3JA 1TPH1 1IGSA 4O18A 5LNSA 3TKFA 2O7QA 4X3ZA 5K4ZA 1DBTA 1LRQA 3EWBX 1F5ZA 3CQ0A 3FKRA 2EPHA 1IF2A 2C14A 1FDZA 2DZPA 1EX5A 3S1WA 4NVTA 1JUEA 4NJKA 4HT3A 1KA9F 4MY9A 2WSYA 1YLVA 3ZWSA 1GTEA 3BVJA 2ZZ1A 1ZAJA 4UTJA 3UYCA 2GJLA 5EA9A 3O07A 4MZ1A 3TSBA 4FIQA 4FNQA 2X1SA 3A5VA 3S5YA 2WSQA 3LI1A 1XCFA 3NPUA 4L4MA 2ABBA 5F2MA 4C1LA 5C2XA 3QPZA 5SWUA 5D2XA 5IBXA 2FPTA 4Z0SA 3QMRA 4AB4A 3LHZA 3SZ8A 2P0OA 1QO5A 4PA8A 1A5CA 5D33A 4CLMA 1YDNA 3LM7A 3W1PA 3M6YA 5F4WA 2VFHA 2NLIA 1JVNA 3M5VA 3S42A 1SUXA 2C13A 1VLWA 2Y6ZA 4IXHA 3S0CA 1DQXA 3LTYA 1TO3A 1TRDA 1K8YA 2B7QA 4A21A 5A8GA 2NWSA 3W2NA 1W3IA 4YMZA 3UD6A 1OFPA 3CPRA 1YDOA 1P5BA 5G4WA 4LC6A 5AHNA 5D02A 4RLIA 4AWTA 4RX0A 3M44A 2E6YA 5I3HA 1KM4A 2I14A 1KW1A 1OX4A 3IV3A 1OX4B 3WK3A 2NWRA 3QEZA 3BW3A 4FB7A 3N14A 3RU6A 3TQVA 3VCRA 4OU1A 1SO3A 1PCKA 3VFLA 3LHYA 5EBUA 1I45A 3W7JA 1HO4A 4BI7A 2E68A 3C2EA 1UJPA 1SZNA 3QQ1A 2CWNA 4QNWA 1RVGA 2CZDA 2V2CA 1LRTA 4O10A 3NXFA 4O0KA 3C2OA 1JQVA 3T55A 4HPJA 4GXMA 2GQAA 3E02A 1S3HA 3DFNA 2Y63A 3B03A 3H55A 3TNOA 2QCEA 1BTMA 2PRHA 4HKPA 4UTTC 5AC8A 3T40A 2PRLA 2QUTA 1FQ0A 3TAOA 3TW7A 1LCOA 2QDHA 5D37A 4ORIA 1IXQA 4L4LA 3AO0A 3TX9A 3LV6A 3S5OA 1OHLA 3P7YA 2XN0A 2X1TA 5BOOA 2WO5A 5D32A 2P10A 1L9WA 2J9YA 4KFOA 4M6QA 4BI6A 1Q6QA 3UWQA 1BKSA 4R33A 3CC1A 3BLFA 3QH2A 1B3OA 3K30A 3W1LA 1DHPA 2V2HA 1LBMA 1OVDA 1WXJA 3O6CA 3ABQA 2QEZA 2H3BA 2PCQA 2ZRXA 3MYPA 1JCMP 3LB0A 5KSWA 4UTHA 2X1UA 3F1QA 3EXRA 2E6DA 1W3TA 4K38A 5FEPA 1W5MA 2ALDA 4JEQA 2ZRYA 3N9SA 2GUUA 3IGUA 1PHQA 3L65A 2DZVA 4O0ZA 3QW3A 3LCFA 5D2YA 3HGJA 2Q3RA 1IIHA 2C16A 1HFBA 3EX4A 3BG9A 2TPSA 1B4KA 2ZYFA 1D3HA 2CW6A 4BR1A 1QOPA 4NZJA 1VYRA 1JCJA 2ATSA 2VELA 3GAKA 2E5BA 2OT0A 3IGSA 3NQCA 3V1PA 3CIXA 1GVFA 3P67A 3L5LA 5CZJA 4OWGA 3G1DA 1O94A 5L6UA 1W5OA 3MYOA 4AHOA 3N2MA 4BWLC 2E09A 3TFCA 4KWVA 4ADTA 4NJGA 3NG3A 1FWTA 3NNTA 4O19A 5CZ0A 1WYIA 3O63A 3SY5A 3HMJG 3O05A 4PFMA 1U83A 3IGXA 3C61A 1G7UA 4ZQNA 2NX1A 3BPWA 1G69A 5AHLA 2A6LA 2VFDA 3NZ1A 5D30A 1M7OA 1W54A 1TSIA 4RZ6A 4LVAA 1FCBA 2YSWA 2QCFA 1RZMA 2FDSA 2UV8G 3B0VC 3IIPA 4IX0A 5J5DA 5K7JA 2LLEA 1XBZA 2CLLA 5DCDA 1VRDA 2A7PA 4Y6GA 5G1TA 1T96A 5F2GA 3GKFA 1PIIA 4ORMA 4HNNA 1KM5A 5FF2A 2DZSA 3TAKA 3W88A 2NUWA 4ZZ9A 3MP5A 2E5CA 1THFD 4WY0A 4PH6A 4WY0B 4RXFA 1SFLA 3R12A 1NAL1 3GNNA 1OFDA 3OVPA 3W7MA 3S1XA 2JBMA 1H61A 2NV1A 5TIMA 1RR2A 3JR2A 3OVRA 3FYPA 3NQMA 4O8RA 5KMYA 1B4EA 4GUFA 3WJZA 3W7DA 2GPTA 4WX2A 4ZMGA 3GDKA 2JGQA 4IXXA 4RV8A 2DJXA 3TXVA 8TIMA 4ICNA 1KTNA 2GVLA 1WQ5A 4MZ8A 3HG2A 1H51A 1QDSA 1HG3A 2ISSA 4JTIA 3SSJA 4IWWA 1H62A 2Y85A 3A21A 5FESA 1P0NA 3LTPA 4E0CA 3WJSA 1OF8A 2NXIA 4DXVA 3IEBA 4IJBA 1RV8A 3MBDA 4XBSA 1L2UA 2JKPA 3HGOA 3PSWA 1DV7A 3U6WA 4LVGA 1O4UA 4LOCA 3G22A 4MJZA 3QC3A 4E2BA 5FEWA 3V75A 3QSTA 3TK7A 5K9XA 4UTIA 2JKEA 2FLIA 3WK1A 1GPWA 3NL5A 1MSSA 1UCWA 1XUUA 4KWWA 3TW6A 3NQAA 3L0KA 3KFTA 3DBPA 1D3GA 4AWUA 3NGJA 5BMWA 3N19B 3THQA 1A50A 4XUGA 5D2TA 1FWSA 2I1OA 3PG9A 4WQ6A 3NQGA 4O1CA 1VGAA 5EY5A 4N6EA 1OFQA 5AFDA 1MEIA 3LHVA 2WJZA 1XBVA 2QCNA 3BLEA 5MHBA 4MPQA 4IPIA 1NF7A 4O1BA 3DKLA 1KFKA 2CU0A 3FLUA 1XKYA 4O4WA 2CLIA 2NUXA 4FNRA 2B7PA 4JX4A 2EGZA 3NL2A 4DF0A 5EKYA 3UPBA 1JRCA 1O5XA 1X7FA 3W7KA 1EUNA 4GUJA 3IVUA 4WOZA 3DU0A 4XWUA 3W73A 1FDYA 3O6DA 4JGDA 4CCEA 3YPIA 1QCWA 3TR2A 2X1RA 3LCXA 1BWKA 1PE1A 3QQ0A 3W84A 2YXGA 1A5SA 2CLFA 2V5BA 3UXAA 4JXCA 5HWMA 2WNQA 1KM0A 2O7SA 1VJIA 2YZRA 3TU9A 4MLRA 2C0AA 1CI1A 2V81A 4WZHA 4R53A 4M7TA 2A6NA 2JGYA 2XFWA 5LZLA 1XI3A 2QUVA 2X16A 2QF7A 5DY3A 4K8HA 3TSMA 2E1DA 3R13A 1KM6A 3C3NA 1EA0A 3CWNA 3PUEA 3L5AA 4JD4A 3S1UA 3OG3A 1IXNA 3IVSA 2ZCGA 3TJXA 1I2OA 1JCYA 2YFNA 5G2HA 2QAPA 3MUXA 1KFCA 3BW4A 4JY8A 1TREA 4LS2A 2A7RA 3DGRA 1ZJIA 4S2BA 4UTWC 3KVMA 5AC7A 4UFLA 3W1MA 1S5TA 1TPB1 3AJXA 2FB2A 4AHQA 4EF9A 1XDLA 3P8IA 3O8AA 1R47A 1F2JA 1IXPA 1ZHAA 5AOUA 3FKKA 1R2RA 2ZZ6A 2QKFA 2VC6A 4HN4A 1TRIA 2G97A 1AW1A 4N2YA 1G4TA 3JRKA 2ZZ2A 1B57A 5D2WA 3P74A 2A5HA 1M7PA 3STEA 3W70A 1IIGA 4UFHA 1F6KA 2J88A 4GUHA 1NVMA 5HMSA 4OQVA 3NDOA 5AC6A 4Q4KA 4FO4A 3C52A 3TC6A 1VR6A 3W7NA 1KM1A 2HS6A 1N7KA 4UTLA 4S2CA 2Y89A 3L5MA 3B06A 3NQ8A 4OV9A 2D73A 1R2SA 4IMFA 2NUYA 1SR9A 2E6AA 1VPXA 3ABSA 2C3ZA 3RLVA 3HO8A 3LXBA 1KLZA 1L6SA 1DL3A 5K4XA 4LUJA 1VS1A 1FWNA 3GLCA 4CQ8A 3Q2DA 1V7YA 1SW3A 2CLEA 4LTSA 4OHQA 1S5VA 5CGQA 1XM3A 1ZY9A 3L68A 3TUUA 2QR6A 4JX6A 3BGGA 2OCZA 1F6PA 4K7VA 3DENA 4N9CA 3GXPA 4YXGA 4YL2A 1W8SA 1GYLA 5FF4A 3NQFA 3N34A 1N55A 1M6JA 4RR4A 3WJYA 3KAOA 2ATMA 4MLJA 3EKZA 2P1FA 3FA5A 3E49A 4TX9A 4LNYA 4UUIA 1LRNA 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4S1FA 1GVRA 3PULA 3KVJA 4LUIA 1OX6A 2NV2A 4Y96A 1WOAA 2YW3A 2Y7EA 1H1ZA 2FB3A 2VKZG 5DXYA 1ZNNA 4O11A 2V8ZA 3W74A 3LCWA 2YGYA 3ANYA 5BRBA 4D2JA 3P60A 2YCEA 2ZRZA 4QAIA 2FTPA 3PBUA 3W2LA 3CTLA 5HWJA 4Q32A 1OX5A 1FXPA 3HIJA 1UB3A 1B9BA 1TPWA 4I7UA 1AK5A 4MVAA 4TMCA 1EP2A 5BW6A 4PC8A 2IQTA 1VZWA 2GVGA 4KFNA 5LHEA 2OJPA 3BV4A 1LYXA 1LP6A 3SECA 4ZQRA 1T0OA 4ZQOA 3TA6A 4MUZA 1OYCA 2DJLA 1UUOA 5HULA 3W2KA 2C18A 3MBFA 4WUIA 5T26A 3L0NA 3GDLA 1LM1A 2Z6IA 1EUAA 3EEGA 4IQLA 3DFQA 2QCMA 1K8ZA 3W7LA 1GTHA 3A23A 4MZYA 3IIOA 4AXKA 4A22A 1RPXA 1FCVA 3TROA 1XBYA 2C6QA 1VHNA 3QM3A 3RMJA 1DQWA 3R89A 5TQLA 1KM2A 4UTMA 3NR0A 3NOEA 1Z44A 4DO5A 4DF1A 3G18A 3G0SA 1Z48A 4P61A 3G1FA 2HS8A 1T8XA 3M5YA 2WQPA 4IMDA 1YPIA 3N9RA 1MEWA 3PVFA 3P82A 6ALDA 2ZA1A 4JNMA 3G1VA 1RQEA 3G3MA 3EWZA 4W9TA 2RHGA 4JTEA 4UIOA 3S8HA 2ZFAA 3I6RA 1C8VA 4HHPA 1HO1A 3PBYA 2E5DA 1TPC1 4NX5A 3SGZA 5C6MA 1YDVA 1J4EA 1H7NA 4ALDA 3THAA 4B5NA 4YCPA 1OFOA 3GDRA 4GRSA 4O14A 3IIXA 4BFAA 1A5BA 1J5TA 1X1ZA 1K03A 5D03A 1H7PA 3FIGA 1PV8A 4JYDA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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