4TMC | Genus

Total Genus 152

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	152
sequence length	399
structure length	399
Chain Sequence	MSYMNFDPKPLGDTNIFKPIKIGNNELKHRVVMPALTRMRAIAPGNIPNTEWAEEYYRQRSQYPGTLIITEGTFPSAQSGGYPNVPGIWSKEQLAEWKKIFNAIHENKSFVWVQLWVLGRQAWPEVLKKEGLRYDSATDDLYMGEEEKERALKANNPQHGITKEEIKQYIKEYVDAAKKAIDAGADGVQIHSANGYLLNQFLDPISNNRTDEYGGSIENRARFTLEVVDAVVDAVGAERTSIRFSPYGTFGTMSGGENPGIVAQYAYVIGELEKRARAGKRLAFIDLVEPRVTDPFLPEFEKWFKEGTNEFIYSIWKGPVLRVGNYALDPDQATLDSKKPNTLIGYGRSFIANPDLVYRLEKGLPLNKYDRNTFYTFTKEGYTDYPSYEESVAKGYKKE

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__146733042792967__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__146733042792967__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4TMC/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__146733042792967__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"146733042792967","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4TMC/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__146733042792967__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d03d0412eebb9396a085596/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d03d0412eebb9396a085596/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d03d0412eebb9396a085596/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d03d0412eebb9396a085596/pdb.gz): 200 ms

reading 399 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

399 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 29 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:398});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Flavoprotein
source organism	Kluyveromyces marxianus
publication title	An Engineered Old Yellow Enzyme that Enables Efficient Synthesis of (4R,6R)-Actinol in a One-Pot Reduction System pubmed doi rcsb
molecule keywords	Old yellow enzyme
total genus	152
structure length	399
sequence length	399
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date	2014-05-31

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00724	Oxidored_FMN	NADH:flavin oxidoreductase / NADH oxidase family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	4tmcA00

4HT3A 3R2GA 2WNZA 4XZ9A 4OQVA 3QRHA 4Q33A 4UFHA 2NXIA 3TFCA 2ZTKA 1UCWA 3GR7A 1HO4A 3I65A 4GXMA 1NF7A 3TMQA 2JKEA 3GZ3A 1H7PA 3OA3A 3S1UA 4IXXA 4E0CA 3S5ZA 4YMZA 3BW2A 4HNVA 2Y63A 2Y7DA 4N9BA 1H7XA 1LTDA 4EF9A 3LBCA 1XXXA 3T55A 3BARA 4YCPA 4ML9A 3L5LA 4GE8A 4UTTC 1PHQA 2DZXA 4YXGA 2YW3A 4IGHA 1TO3A 3UD6A 2CLKA 3HG4A 3KRUA 1P1XA 2FPVA 5AN7A 1OX4B 4ADSA 2YCEA 3LCIA 5I3KA 2IQTA 4UFJA 1LM1A 1H7WA 3GIYA 4AF0B 1M6JA 2C3ZA 3THAA 2Y6ZA 4JN6A 3W84A 5AC8A 4MLJA 3G22A 3IEBA 4Z1CA 4N6FA 1FDZA 2WOQA 1GQNA 4ZQOA 5F2LA 1A53A 4NX0A 1I45A 5HR7A 3LI1A 1A5AA 2OZ0A 3HPXA 4MPQA 1TYGA 3M6YA 4FNRA 3INPA 1FCVA 3E9AA 4NNBA 1V7YA 5E1QA 4LWWA 1KFCA 3NVTA 3QW3A 1EP3A 1KM5A 1LOQA 4LY8A 5D2TA 3HF3A 4A21A 2ZZ1A 5LNSA 5G1TA 3RNDA 3WK0A 1T8XA 4S1FA 4DPQA 1JR1A 1TPFA 4Y9AA 3TSBA 4M7TA 3FJLA 4IMCA 2JGQA 4LS2A 3DENA 3ZFHA 2J88A 3EKZA 3LHWA 1TREA 5KZMA 4ICNA 3QYQA 1XFBA 3W7HA 2CW6A 2NLIA 4MZYA 4WJEA 2Y7FA 5G1YA 1KFJA 1AG1O 3GDTA 3MI2A 3UZ5A 1EP1A 2Z0IA 3P81A 3P5ZA 3PSWA 3SJ3A 4HSNA 1EUNA 4QISA 4A22A 3GDLA 2A85A 1JRBA 4POCA 2WQPA 1J5TA 4FHAA 3BG5A 1I2OA 4OV9A 1KV8A 3HPSA 5DCBA 3LI0A 5F1VA 5LNVA 4X22A 3SGZA 2ATMA 1IF2A 1KV5A 3P82A 2E1DA 3P60A 4LV4A 3EX4A 5AHEA 4N6EA 2NX3A 4PH6A 1TJRA 2WPBA 1HG3A 4YCOA 1B4EA 2XN2A 1SQ7A 4U4MA 4E2DA 4BWLA 3ABRA 3OHIA 3C52A 2NX9A 3B04A 1O95A 4I9AA 3JS3A 4CCEA 3C4UA 5G4WA 3TCEA 3ANYA 3W7RA 1XBZA 4BF9A 1B4KA 5A8GA 3O16A 5C55A 3CQ0A 5F4SA 3W2UA 3G0XA 1R2RA 1AW1A 5HR6A 1TPWA 3DHDA 1LP6A 3IIVA 1FWRA 4M5PA 2E68A 4W9TA 4IQLA 1ZJIA 3R5EA 4UFMA 4FX8A 5E0KA 3W2KA 1JRCA 4FXRA 5CG7A 1VQTA 1F6PA 5HQEA 3EXTA 4RZ4A 3STEA 3NQEA 1MEHA 1TTPA 3M41A 1EB3A 3C2EA 4UFIA 2CLLA 2Y85A 1WV2A 4JS3A 1RZMA 2CLIA 2CLOA 3AJXA 4Y8FA 3KXQA 4AHPA 3WJZA 2WKJA 4WX2A 1DORA 1KLYA 3W3OA 3RFAA 4Y90A 5D30A 4ADUA 2A7RA 3O15A 4JTUA 4GRSA 1HUVA 1I2NA 2VFGA 3CIWA 3KVLA 5CPMA 2JK2A 3PB2A 3EWWA 3G1SA 1OYCA 1FWWA 3UWWA 2A4AA 5EKYA 1H7RA 2A7NA 4FF7A 1TRIA 3VFLA 2PC4A 5FEWA 2RFGA 5G2IA 3O63A 3CEPA 4JX6A 2RH9A 1NSJA 3G1HA 4O8RA 2JBMA 4IOTA 1JCXA 3VKJA 5LNUA 4JGDA 1O94A 2Y88A 3HGSA 1TTJA 5HJLA 1DQXA 1VRDA 5K9XA 5HWJA 5HINA 4ZQMA 3DXIA 5U4NA 3KOFA 4Z1DA 1TQJA 4LS0A 3PUEA 1W56A 2Z6IA 3NG3A 5BW6A 4QNWA 3QSTA 3LTSA 1H1YA 2QAPA 1OJXA 5EPDA 1LORA 4O4VA 3CTLA 3MHFA 4JEQA 3EWZA 2E6YA 3MBDA 3DFNA 3CWNA 4DELA 4FNSA 5AHFA 1F74A 3C3NA 3UXAA 3NL5A 2VC6A 1OFBA 1VH7A 3A22A 1TTIA 5A5WA 5LHFA 3DHFA 4NZFA 3R8RA 5F2GA 3DFQA 3F4NA 1IXQA 2Y7GA 3GNDA 2EKCA 4RX0A 2Y61A 3W75A 5CPNA 3W73A 3FYOA 1KFBA 2YR1A 2PCQA 3W6YA 3VE9A 1KM1A 5LZLA 1YTKA 5J5RA 5EBUA 3H55A 4M6QA 2OT1A 3TJXA 1VHCA 4FIQA 1OVDA 4UFLA 1ICQA 3S1XA 2ABBA 2PRHA 4O54A 5L9FA 3FYPA 4Z0JA 1GTHA 2NUWA 2WV8A 3GDRA 1TJPA 1VZWA 1TPB1 3CHVA 3L0NA 3E49A 5EA9A 4UTWC 1LYXA 3IRDA 3S1VA 1W3TA 2DU2A 2DZPA 3EKLA 2J24A 1R47A 4FNPA 2I9EA 3MHUA 1UASA 2Q3OA 4WOQA 2VELA 1GG0A 4WY0B 4PL2A 4UXDA 2G96A 3L2IA 2YPIA 3LX9A 3GNNA 3S42A 1A50A 4WXZA 2HTMA 5FEPA 1KA9F 3EX3A 3RLVA 3NQ7A 4XTDA 2NV1A 1Q6QA 3U8GA 1OF6A 3DH7A 1R2SA 5BOOA 3IVUA 3B8DA 5CZJA 3G0SA 5AC6A 1YDOA 1CX9A 2W79A 2ZA1A 3LCFA 4N9DA 1PE1A 3G24A 5DLCA 4MZ8A 3FKRA 3KVMA 1YDVA 3UWUA 3F4WA 2G95A 2ZRUA 2ZQ0A 1ICSA 3W71A 3BGGA 1G4SA 4GNJA 1PV8A 2C18A 1VPXA 1GVRA 1N8FA 5HWNA 5D2WA 1VHNA 4M6VA 1VCVA 1EUAA 2QJGA 4DF2A 1AL8A 2EGZA 5C2XA 1TMHA 2ZZ3A 1G4TA 3C56A 3T4CA 5L6UA 2YYUA 1U83A 3W1UA 1H50A 4MLRA 2YGYA 2OJPA 3IIXA 2PRLA 2Q3RA 3TQVA 3LHZA 1KTNA 1OX6A 3NDOA 4ORMA 5J5DA 2C13A 4NVTA 2FFCA 4K8EA 3VI2A 5CSRA 5F4XA 3CWOX 4HNUA 1W5MA 1DL3A 5AYYA 3YPIA 4JTGA 3QQ0A 3FIGA 3SGUA 3U2OA 3ZWTA 1QFEA 4NJKA 3UXDA 3LRLA 1MO0A 3D0CA 1LOLA 2J6XA 5FF3A 2QDHA 2C16A 4KFNA 2NUXA 3NM1A 1AL7A 5CKSA 2R8WA 1YPIA 4ZQPA 3P5YA 3EEGA 3LXCA 2J9ZA 1M5WA 1FQ0A 1GJPA 3Q94A 4O12A 2E6AA 4LUIA 2DJLA 4MYAA 2EPHA 2X2GA 1W37A 2C1HA 2RHGA 4LV9A 4ZQRA 2FIQA 3C2OA 5F2MA 2NXGA 1H63A 4FX6M 4JY9A 1SPQA 1Z44A 4DF1A 1KFLA 4O0ZA 3G8EA 3HG5A 4IMEA 3STCA 2Q8LA 1XUZA 4IX0A 1VYRA 3UZJA 1TQXA 5DN1A 4ALDA 1M7OA 3NL6A 4GC4A 1RQHA 1DOSA 2ZRXA 4XKYB 3L68A 3S0CA 4JX4A 2V81A 3V75A 4LRSA 3OVQA 1H62A 2A0NA 3GAYA 3P61A 3WK1A 3W1RA 1VS1A 1PCWA 4O1DA 3N9RA 3LV5A 1W0MA 3KVKA 5I3IA 6TIMA 4BWLC 1C9DA 2ZYFA 3ATYA 1ML1A 1TSIA 4LVAA 1TB3A 1LDCA 4NUWA 3HOJA 3I68A 3NQAA 5HWMA 4O13A 1XBYA 2YYTA 1JQXA 1I2QA 1OG0A 4FIRA 5HMSA 2ZZ6A 3BK0A 4CNOA 3G3DA 1GT8A 4UTIA 1FCQA 2V5BA 2QR6A 3NQMA 4WY0F 4UNLA 1YADA 2A7PA 3TKFA 2NWRA 2VFIA 3GXTA 3DFSA 2H8XA 4OGZA 3T78A 3I6RA 3PBUA 3BW3A 4R33A 1PIIA 1OFDA 3LHTA 1OX5A 2ISSA 4O4WA 1FWSA 2A21A 1VLIA 2HMCA 3ZWSA 2ZZ5A 3RF9A 2FB2A 3PWAA 1CI1A 1JCYA 3N73A 3EWYA 5I3GA 1XCFA 4X2RA 3W23A 1KLZA 3Q37A 3LM7A 4A3UA 2DZUA 4QSHA 2YZRA 5SWUA 1GYNA 2Y89A 4O52A 2GJLA 4LRTA 2O7QA 3N19B 3SI9A 4LVFA 4TU1A 5C6MA 1KFKA 1YTDA 3W85A 3MI3A 4AB4A 1OX4A 4AXKA 4JD4A 3E02A 4O1AA 4A29A 4NNAA 3TUUA 2CZDA 3JRKA 3QMSA 3HO8A 4M6PA 4UTMA 2ZFAA 3FEMA 3KHJA 4AF0A 4QAIA 3DI1A 1WYIA 4MFDA 5D2YA 2V5LA 3KRZA 3QH2A 1W54A 4K36A 4FNUA 1FDYA 1PHWA 4DXVA 3CPRA 2GQ8A 1RV8A 5AHIA 1LLWA 3OEXA 1R46A 3MYOA 3OVRA 4RLIA 3R12A 1UUMA 5AYXA 3W7NA 3B05A 1WDWA 4QNEA 5LSMA 1RVGA 2QCCA 3NPWA 1XL9A 1DHPA 2BWGA 4K7YA 2VEPA 3WJSA 5D02A 3BGJA 1H60A 3F1QA 5TBOA 1RPXA 4MZ1A 3UQNA 1F73A 4M7SA 4ZQCA 1T0OA 2VEMA 3R13A 5FF7A 1F05A 2ZZ7A 4RJEA 4RXGA 4JR5A 4K8HA 4KFOA 3GK0A 1IGSA 1G69A 4X3ZA 4HNTA 5D38A 1U5JA 4O10A 3TROA 1TPDA 1RD5A 3S5OA 3W74A 4IPIA 3LCXA 1Z42A 3TW7A 1IXPA 3FOKA 4RK8A 3A9IA 3N9SA 3USBA 1SZNA 4NT0A 3LRMA 2VXNA 3LLDA 3PC0A 4RKAA 3TFXA 2QJHA 2ISVA 2FPTA 3NPUA 4EWND 3W1XA 2Y70A 1SO4A 1Z48A 2HSAA 3W7PA 2VFDA 3M0ZA 4IMFA 3SY5A 1F7BA 3P84A 1TIMA 2A2IA 1JQVA 5CZSA 5I3FA 4NJJA 3QM3A 1OFAA 1ZHAA 4BR1A 4LUJA 2GOUA 2OX1A 3DGRA 3EX6A 4H6KA 3G1XA 1JUKA 3TX9A 2I1OA 3LTPA 1QMLA 3LLFA 2DZSA 3B0PA 3W7IA 3M44A 1QDSA 4S2CA 1ONRA 2ISWA 1SZFA 1MEWA 5CSSA 5K4XA 2V9DA 4UMBA 1FXQA 2VFFA 1WBHA 3UNDA 2X1RA 5HUOA 2XFWA 1VCFA 4MKNA 4KWWA 1LLZA 1XDLA 2QAFA 4QIUA 3B4UA 2ZCGA 2FTPA 3OBKA 1NFBA 1SO3A 1LZOA 4ZVJA 3MJYA 3NZ1A 3BVJA 1M7PA 3PR2A 4O53A 5AB3A 1LCOA 2XN1A 2A5HA 1ZENA 1XM3A 3DKLA 4RCXA 4IMDA 1UBSA 3C2VA 4JYFA 3W7KA 2CWNA 2NV2A 2RDWA 4LTSA 4JX5A 3P62A 1PS9A 3LTYA 3TAOA 5FESA 1B57A 3ZS4A 4CQ8A 4O1CA 2YW4A 5F1UA 5D09A 2ZRVA 4K39A 2GVJA 2VEKA 3TV8A 2WSRA 2RKXA 2JKAA 3W1MA 5D37A 1ME7A 1LBMA 5CZ0A 2YXGA 3EWXA 2C14A 3MHGA 2NUYA 4IXHA 4R34A 1DBTA 3UY8A 3W9ZA 4GFSA 2QCHA 3HBLA 2X30A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1SFL A;  1A0E A;  2OG9 A;  1PIG A;  4H7V A;  1LRQ A;  4DY1 A;  1SUX A;  1XI3 A;  3TYU A;  1LBF A;  1P7T A;  4C1L A;  3VM7 A;  1H7O A;  4U5I A;  4ZTX A;  2VEF A;  4D2J A;  3LU2 A;  1IR2 A;  4O11 A;  1ZRQ A;  1BLI A;  3NGJ A;  4UTL A;  4I3G A;  2X05 A;  1H7N A;  1WZM A;  1TR9 A;  4JZ5 A;  2HCV A;  4LYK A;  4MAZ A;  3R0D A;  3ARY A;  3I7R A;  4PCN A;  4WEV X;  5B7Z A;  2NVA A;  3MDW A;  4WGX A;  3TYE A;  5KIT A;  5C9W A;  2D0G A;  1Q6L A;  1Q6E A;  1GCY A;  1MVY A;  2Z26 A;  4C1N B;  4M6U A;  3VYL A;  3WNO A;  2J4G A;  3VMN A;  2CHO A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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4TMCA

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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