4U4M | Genus

Total Genus 108

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	108
sequence length	298
structure length	298
Chain Sequence	ALFTGIIPPVSTIFTADGQLDKPGTAALIDDLIKAGVDGLFFLGSGGEFSQLGAEERKAIARFAIDHVDRRVPVLIGTGGTNARETIELSQHAQQAGADGIVVINPYYWKVSEANLIRYFEQVADSVTLPVMLYNFPALTGQDLTPALVKTLADSRSNIIGIKDTIDSVAHLRSMIHTVKGAHPHFTVLCGYDDHLFNTLLLGGDGAISASGNFAPQVSVNLLKAWRDGDVAKAAGYHQTLLQIPQMYQLDTPFVNVIKEAIVLCGRPVSTHVLPPASPLDEPRKAQLKTLLQQLKLC

Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__604531000058537__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__604531000058537__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4U4M/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__604531000058537__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"604531000058537","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4U4M/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__604531000058537__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Sugar binding protein
source organism	Escherichia coli k-12
publication title	Crystal structure of 0.5M urea unfolded YagE, a KDG aldolase protein in complex with Pyruvate rcsb
molecule keywords	YagE
total genus	108
structure length	298
sequence length	298
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 4.1.2.28: 2-dehydro-3-deoxy-D-pentonate aldolase.
pdb deposition date	2014-07-24

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00701	DHDPS	Dihydrodipicolinate synthetase family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	4u4mA00

4BWLC 4AWUA 1EPXA 4Z1CA 2QDGA 4UTUA 1F74A 3W86A 3HJZA 2V5LA 4FX7A 4MKNA 3IIVA 5HWJA 1FXPA 2BLEA 2ZA2A 4LVAA 3W76A 2H8ZA 3NL5A 1D3GA 3MP3A 3LLFA 3E49A 3LTPA 2PCQA 3GNNA 4QQ3A 3TQ0A 3UWQA 4HPJA 3LCIA 4M6PA 4GUFA 1M5WA 1ADOA 4I7VA 2ZZ2A 4NJHA 3LV6A 4I9AA 4JY9A 2YX0A 1LOSA 1FWRA 1Z48A 3GX9A 1TPWA 3QQ0A 2CLIA 4N4QA 3W7PA 5D32A 2V81A 4DBDA 1I8JA 3S6DA 1UUMA 1VHNA 3HG4A 1Q6QA 1PVNA 1TPDA 2WV8A 4BK9A 3B04A 2ABBA 2FFCA 4JR5A 3HGRA 1AL7A 2FLIA 2CZDA 2V0TA 3G8EA 4DBEA 1OHLA 2BZNA 1TREA 3GB6A 4JX5A 1BWKA 4EF9A 1XBVA 5EMUA 1L2UA 1YTKA 4ALDA 3W87A 4QNEA 2XN0A 1G7VA 3TR2A 4FXRA 1TYGA 1FWSA 1I2RA 1QWGA 3TA6A 2CLEA 5KMYA 1SO4A 4JTLA 3NG3A 4NT0A 2C13A 3G0UA 3LCGA 3FJ6A 4G1KA 5F2IA 3U8GA 1TSIA 3Q94A 3W22A 1VRDA 1KBJA 4UTLA 3HGOA 4Z1BA 1DVJA 3SGZA 5DN1A 1IGSA 2NUYA 3O05A 1A5AA 4LVFA 1FDYA 3LRLA 3TX9A 3TU9A 3QF0A 3W74A 2V2HA 4YCOA 1CW2A 3TV8A 1OX4A 3NYZA 5CPLA 1AMKA 4R33A 1XM3A 4LC6A 4AH7A 1TB3A 1KFBA 3L0NA 2FB3A 4N9DA 2QDHA 3P81A 2F7FA 2BTMA 1W54A 3MHGA 4FIRA 2A5HA 2GQ8A 3P8JA 1J4EA 3GVGA 1XL9A 4QIUA 3MP5A 1XBXA 4JXCA 4QSHA 4NNAA 1X1OA 5IM51 4RJEA 4C1KA 2JKAA 5LNSA 2EHHA 4E0CA 4PTNA 1K8YA 2Y62A 3F03K 3W84A 1TV5A 2QCEA 3CLMA 2V5BA 1JCMP 4Z1DA 3EX2A 5J5RA 4JYDA 3VE7A 4CQ9A 3M5ZA 2HS6A 2JK2A 2VFDA 3DENA 2FPYA 3P62A 1KTBA 1OFQA 1QPRA 5DBUA 4QAIA 4R34A 1JCLA 5FF7A 3LM7A 1UCWA 4PH6A 1EUAA 4O52A 5HINA 5K7JA 3W7QA 3G0XA 3STEA 4K36A 5I3JA 2ZRXA 4PODA 1V5XA 1PL9A 4CQ8A 2CW6A 5CPMA 2YXGA 2QCMA 5DY3A 1S5TA 3TAOA 4JTSA 3JS3A 3BGGA 5FEWA 5D37A 3B06A 2ZFAA 3CU2A 2G96A 1LRNA 4WY0B 1OFDA 2EPHA 4S2CA 3BW3A 4EF8A 4O12A 1HTIA 3EX3A 3L5MA 1R2SA 4LRSA 1OF8A 3OBKA 4RX0A 6ALDA 3B0VC 3T4CA 3LHTA 1SZFA 1KW1A 3G1YA 3IVTA 1PIIA 5D2VA 3W70A 3TQVA 2A0NA 1KM0A 2FPVA 2ZZ7A 4K38A 3EXTA 4OQVA 4DO4A 2J6XA 4RXFA 2NUWA 3TC7A 5HUOA 2WKJA 1WYIA 1JQXA 1ZHAA 3O6DA 3N2XA 4ORIA 5C6MA 2WNNA 1OFRA 3BG3A 3P60A 1X7FA 1E51A 3OVPA 1GG0A 4POCA 3CPRA 3OG3A 3DFSA 4QITA 1RQHA 5AYZA 4Z08A 5BMXA 3L0GA 4KKXA 3IGSA 1YADA 2Y7FA 3NL3A 5L9FA 4J9JA 3L5LA 4HT3A 2ZZ3A 5E0KA 1H5YA 3WJWA 1KV8A 3NZ1A 5TBOA 5EL1A 4UFHA 1X6UA 3S1XA 4A2SA 3K30A 4RKAA 3EKLA 3LV5A 4FNQA 3NPWA 3PB0A 1L6SA 3W1UA 1ZAJA 3TAKA 4UTIA 3HPZA 4FB7A 1I2QA 4GE8A 5AB3A 1PS9A 3W7GA 4UTKA 4FX8A 3HB9A 1MEIA 2DZUA 3W23A 3PSWA 4FNRA 3KRSA 4FNSA 5AYYA 2ALDA 4XUGA 5FF3A 3GK0A 5EBUA 3WK0A 2F84A 2I14A 3BO9A 5LSMA 2YYUA 4CNNA 1W31A 4JYFA 4EVZA 1KM4A 2X2GA 1DQWA 1KV5A 3W7NA 1VHCA 2Z6IA 1J5TA 1JCJA 4HNNA 2CWNA 3O6YX 4N4PA 3TXVA 4JEQA 2Y7GA 3IVSA 5U4NA 2P10A 1VCGA 5K4XA 5E93A 1FCQA 3OHIA 4IJBA 2CLHA 1KM1A 3W85A 3UPBA 4LT9A 1OFBA 4YWIA 2ZRZA 2YYTA 3GKAA 2C15A 3B0UX 4K39A 5A5WA 3H53A 4X3ZA 3HQ1A 2GVLA 4S1FA 5IBXC 1DORA 2WSYA 3C6CA 1DV7A 3SW6A 5AHIA 2VENA 1IXPA 3MYOA 4MOZA 5DY2A 4AVFA 1D3HA 1K7FA 2E6AA 5CPOA 1W8SA 4UFJA 5DBTA 5F2GA 3KOFA 3LX9A 1B4KA 1OG0A 1TTQA 4RV8A 4HNVA 1JR1A 1MO0A 4JD4A 1VJIA 3E12A 4LUJA 1H7PA 4ADUA 1TV8A 2ZRYA 1WAUA 3W1PA 5AHEA 1Q45A 4M6VA 3R89A 4BR1A 2CZEA 5TQLA 3TJXA 4R53A 1XBYA 1VPXA 5AC7A 2A6NA 4NUWA 3LB0A 4BFAA 2Y63A 1RV8A 2NX1A 2CLKA 4JY8A 3NL2A 5D33A 3W9ZA 3L65A 1ICPA 1CX9A 1O4UA 4YCPA 4ORMA 3LOTA 4GUIA 1O5KA 1N55A 3CEUA 3O1NA 1DBTA 1JCYA 2NXGA 4O1DA 1X8FA 1QOPA 3NQ2A 1XI3A 1W5QA 4N6EA 5G1YA 8TIMA 1GQNA 2QJGA 3HG5A 4YMZA 3NNTA 3FIGA 3KHJA 3BW2A 4N9EA 1GWJA 5C54A 4N9CA 1GVFA 4AAJA 1JUBA 5G2WA 4DXVA 2NXHA 1KFLA 3M0ZA 3I68A 2JKPA 3HGJA 1XDLA 3NQ6A 5EA9A 1NF7A 3KVLA 1M7OA 2CZ5A 2CZFA 4O19A 1R2TA 1H7RA 4JN6A 2J88A 3WFAA 2ISWA 2ZQ0A 3T55A 2GQAA 4WOZA 5G1TA 3STCA 5HR7A 3E96A 3F4WA 4Z0SA 4CNOA 3LRKA 3UZ5A 3W72A 4Z0JA 3NQ8A 3M41A 1XCFA 4HSNA 4BF9A 3W1NA 4O16A 2WNZA 3M5XA 4UFKA 2X30A 1DJNA 1KTNA 3C3NA 1AW2A 2RDTA 5F4SA 3SZ8A 5KSWA 2RH9A 4H6KA 3T40A 5AC8A 2VEIA 4HPXA 2GUUA 1VH7A 2NX3A 4NNCA 3CHVA 3W7LA 3IIPA 4M7TA 5LGZA 2V2DA 4A22A 4DPQA 4IMGA 4LW7A 2WSRA 4Q32A 1OK6A 2B7NA 2PE4A 4UNLA 4LOCA 4MY1A 2YGYA 3PAJA 1VC4A 3GDRA 2ZA1A 1TPVA 2YR1A 2W6RA 1KFEA 3FYOA 4ONVA 5CZSA 1S5WA 4IGHA 4UTJA 3IIXA 4WX2A 3AO0A 2GOUA 5LNWA 2ZBTA 4LC8A 3O6CA 3EX1A 4UFMA 5E1QA 5LNRA 2WSQA 4OV9A 1YXCA 4OT7A 4WZHA 3TSMA 3Q37A 3SIZA 4JX6A 3SR7A 4A3UA 1K8XA 1FCVA 4NVTA 1RQEA 3G1SA 5K2ZA 3A24A 4PC8A 5MHBA 1EP3A 1FDZA 3O63A 4AEOA 3MI3A 1Z42A 4NJGA 1TJRA 1OFOA 3L5AA 4O28A 4JTFA 4C1LA 4O1AA 3V1PA 1T99A 2WO5A 3TW7A 5I3IA 4EOUA 4NZJA 3PG9A 2G97A 3G18A 3NGJA 2VXNA 1FBAA 1VYPX 2Y61A 4K8EA 2QJIA 1G67A 5SWUA 1UBSA 2CLFA 5KZDA 1SSDA 3O8AA 3LLDA 3WK1A 3OEXA 3EXRA 2C18A 1XFBA 3C2FA 1U5JA 2Z1BA 3MUXA 3AJXA 4UUIA 1L6WA 2TPSA 4L4LA 3WJSA 4EWND 3QM3A 3F4NA 2QJHA 2V9DA 4PCFA 1OABA 3NQFA 1GTEA 1ICQA 2W0UA 1ML1A 3KAOA 3FFSA 1G4TA 3B0PA 1IIGA 3RK8A 1YLVA 3TQKA 4ICNA 4MZYA 5F4XA 2C19A 4OGZA 1QPQA 3S8HA 1LP6A 3HOJA 4U28A 3L68A 3UXDA 2YZRA 1K3UA 1TRIA 4K37A 1RVGA 3RNDA 3MWAA 5DCDA 2QAPA 1OYCA 4K7YA 4ZL1A 1WX0A 4RZ4A 3R8RA 1R30A 1VCVA 1VS1A 3MJYA 5BRBA 4O54A 4YL2A 1GYNA 3IEBA 1OYBA 2TRSA 4WUIA 3UWYA 1OX4B 3PF3A 3N9SA 2VFIA 2IQTA 2XFWA 3E0IA 3N19B 3TH6A 3PBUA 1YPFA 4TMCA 3I6RA 3W73A 1I2NA 1D9EA 3A22A 3C4UA 5H2ZA 1PE1A 3QW3A 3QEZA 3O06A 1KM3A 2R8WA 1F2JA 2QCDB 1XBZA 3DZ1A 4ZZ9A 3CIWA 3GAKA 3GXNA 4GUGA 4GUJA 4MLJA 5FI8A 4M5PA 3PUDA 2E68A 3W2UA 1W37A 3THQA 5G2IA 2ZTJA 3CTLA 4HHPA 2VELA 4UIOA 2E5DA 5I3HA 3LXAA 2BWGA 3ANYA 1Q6RA 3CWNA 3BLIA 3L66A 4M19A 2V30A 3LBMA 4N02A 4FXSA 3W7KA 1W5NA 3KRUA 2YDAA 3B4UA 5DXXA 4GNJA 2VEKA 3VI2A 2VKZG 5CZTA 5K4ZA 1WV2A 1H1YA 3MI6A 3W7CA 3NR0A 3S1VA 4UTTA 3TKFA 3H54A 1YPIA 3HIJA 3LCXA 1LOQA 4E38A 3W1MA 1FWWA 3EWUA 3QW4B 4O10A 3W1TA 1ZY9A 1JJKA 3SGUA 1LZOA 2G5WA 3G3DA 2QCNA 1SZNA 1TV7A 2FJKA 1UASA 3LHZA 1AW5A 4MUZA 3QSTA 3W3OA 3NM3A 3USBA 2V82A 2QCDA 3MMTA 5CGQA 3C0JA 1T96A 1PCWA 4TO8A 3A21A 3TFCA 4IUOA 3NPXA 1K8ZA 4AWTA 1P1XA 4KWWA 3NA8A 4DF1A 4UTWA 1G4PA 4LY8A 1P5BA 4MPQA 4U4MA 2FPTA 2ZYFA 3W83A 3QFEA 4LS0A 3S5YA 3FOKA 3P61A 5U7SA 4IMDA 4O8RA 1T0OA 4YXGA 1IF2A 1TTIA 4PA8A 3MBFA 1SZGA 1FDJA 1HO4A 2Q3OA 4AHQA 4JTGA 3DFPA 3VFLA 1DJQA 4FNTA 4KFOA 1LORA 1P0NA 1OK4A 1LLWA 2HSAA 5D03A 3S5NA 2QCHA 3TFXA 1RR2A 4I7WA 2CLMA 1KFKA 3G1AA 4OHQA 4NJJA 5CZ0A 1JVNA 2H90A 1ZAIA 3GLCA 2J9ZA 4GFSA 4GXMA 4NJKA 2B7PA 3TDFA 1H63A 2OT1A 2JBMA 4NZFA 5FF0A 3GR7A 3A9IA 2DP3A 2DZVA 4LS1A 5K9XA 2PRMA 4RK8A 1X1ZA 3R2GA 4HKPA 4JTIA 2B0MA 2ZDRA 3STFA 4HNTA 3PSVA 5CZJA 1HFBA 1JCXA 3GYEA 2EF9A 4B5NA 1QCWA 6TIMA 2Y89A 3MBDA 1BWLA 4JTKA 1H51A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 4QG9 A;  3TTO A;  1TV3 A;  1POJ A;  1S5V A;  4LUY A;  4YWS A;  3W88 A;  3WQF A;  4DUV A;  5IHS A;  3PR2 A;  3W07 A;  2A1Y A;  4XTD A;  2C0A A;  3K4W A;  4F0S A;  4FAM A;  1XYL A;  4XWU A;  4QE5 A;  4AFY A;  1PKN A;  3DIP A;  5BYW A;  3EBV A;  3WK3 A;  3QMR A;  3MMD A;  1JIB A;  3KOX A;  1V6V A;  4JEJ A;  1SJC A;  3TTY A;  2I9E A;  3NM1 A;  3KZP A;  2NLI A;  2RGL A;  3PUL A;  4DO5 A;  1TX2 A;  3HGS A;  2WHM A;  3IK2 A;  1N8W A;  4GXP A;  1JDD A;  3WK2 A;  3HZ3 A;  2ASH A;  4X2P A;  3FND A;  2PWE A;  2XFR A;  3VGH A;  2J9Y A;  1IEQ A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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4U4MA

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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