4UC5 | Genus

Total Genus 127

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	127
sequence length	346
structure length	346
Chain Sequence	HYPTDDIKIKEVKELLPPIAHLYELPISKEASGLVHRTRQEISDLVHGRDKRLLVIIGPCSIHDPKAALEYAERLLKLRKQYENELLIVMRVYFEKPRTTVGWKGLINDPHLDGTFDINFGLRQARSLLLSLNNMGMPASTEFLDMITPQYYADLISWGAIGARTTESQVHRELASGLSCPVGFKNGTDGNLKIAIDAIGAASHSHHFLSVTKAGHSAIVHTGGNPDCHVILRGGKEPNYDAEHVSEAAEQLRAAGVTDKLMIDCSHANSRKDYTRQMEVAQDIAAQLEQDGGNIMGVMVESHLVEGRQDKPEVYGKSITDACIGWGATEELLALLAGANKKRMAR

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Calculated Pka Variations Expose Dynamic Allosteric Communication Networks. pubmed doi rcsb
molecule keywords	PHOSPHO-2-DEHYDRO-3-DEOXYHEPTONATE ALDOLASE
molecule tags	Transferase
source organism	Neisseria meningitidis
total genus	127
structure length	346
sequence length	346
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 2.5.1.54: 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase.
pdb deposition date	2014-12-03

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00793	DAHP_synth_1	DAHP synthetase I family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	4uc5A00

1OYBA 4OV9A 1HL2A 4A3UA 4X2RA 4FX6M 2YW4A 3STEA 1YYAA 4ML9A 5AN7A 3O07A 3R5EA 4WOQA 4AF0B 5G2IA 4KFOA 2H6RA 5CZSA 5CPOA 1LTDA 1H7OA 4B5NA 2YSWA 1TJRA 2QCCA 3W7QA 1KBJA 1DORA 3GX9A 4MZ8A 4PEKA 1QNVA 1JR1A 4JTHA 4IXXA 4LRTA 5AHMA 1WBJA 1XBVA 1JCMP 4NZFA 4UCGA 4Z08A 1GOXA 4M7TA 4BR1A 1AW1A 1PL9A 3LV6A 5DCEA 2QKFA 3HQ1A 2CLFA 5EL1A 3C2RA 3B05A 3QM3A 3GDTA 3FEMA 1EUAA 2NX9A 1A5SA 3W71A 1XUZA 3BG3A 2Z1BA 3GXPA 2F84A 1ICSA 5G2HA 2EPHA 2D73A 2DJXA 3W1LA 1GEQA 3TC6A 2ZCGA 1TSIA 2A6NA 2E5BA 4AAJA 3UYCA 2XFWA 1T99A 4A22A 4FO4A 3UY8A 2WSYA 1J4EA 2ZZ7A 2NV2A 2Y62A 3QMTA 1ME9A 3NAVA 1MEWA 3K30A 4O8RA 5G4EA 4O54A 2C18A 1B57A 4POCA 4UTUA 4DF0A 1NF0A 2VEKA 4N2YA 4LTSA 1TB3A 3NQFA 3CWOX 4MY8A 1K03A 3H53A 1SQ7A 3LXCA 4IPJA 2ZA1A 4MLJA 2Z0IA 2ZA3A 3M43A 3I6RA 1VYRA 5AYYA 2E6DA 1F05A 3ABQA 2UV8G 3A5FA 3G22A 5D30A 2ZTJA 1GTEA 1TRDA 2ZRZA 3C0JA 3LBCA 1I4NA 1I2QA 3CM4A 4JY9A 4ZQOA 2QJHA 4UFHA 4J9JA 4GUHA 3UZJA 1LM1A 3QQ0A 1HG3A 3TA6A 1EPXA 3NGJA 1WAUA 3B0PA 3MI3A 5J5DA 4ADTA 1IXOA 2H3BA 3B0UX 3NQEA 1L6YA 3W7IA 3IIZA 2OX1A 3OG3A 3PBYA 4W9TA 2G95A 5KMYA 1XC4A 3W75A 4RZ4A 2ZYFA 4GUFA 1W3TA 3MUXA 1JRCA 2GJLA 4ALDA 3VNDA 2A1YA 3FYPA 3W1TA 1FWSA 1I2RA 2YDAA 4JIQA 4TR9A 4YWIA 1VH7A 1V7YA 3MW7A 1QWGA 2ZZ4A 1OFDA 2QF7A 4AXKA 4DQWA 1TV5A 3EXSA 4QNWA 1G7UA 1TREA 3TMLA 4PC8A 7TIMA 4IXHA 2Y85A 3QSRA 3CTLA 3GK0A 4N02A 3GKFA 4QITA 5I3GA 5DLCA 5HJLA 1LLZA 4RZ5A 4E38A 1H62A 3B0VC 3MHUA 4E0CA 5G1YA 3P8JA 4DO6A 3CIWA 1BWLA 1J2WA 4UMBA 3GDRA 4TX9A 5C2XA 5DBUA 1KW1A 1EB3A 1OX6A 3PUDA 4I7UA 4WXYA 3W7MA 5F1VA 2PRMA 3N14A 3Q58A 1LORA 1YXCA 3IIPA 2VOMA 4GUGA 1SZEA 5L6UA 3V1PA 1A53A 5LHEA 4Z1AA 4P61A 2CLLA 2G5WA 3W9ZA 3W7GA 5LSMA 1NAL1 5EA9A 1OK6A 2FPTA 4O50A 4RXFA 1P0NA 1SW7A 2ZRXA 3LHYA 3C3NA 3YPIA 3MYOA 4KFNA 2G97A 3CU2A 1TPFA 1W3IA 4RJEA 2V30A 3M44A 1AL7A 2NWRA 1P4CA 1GT8A 1SSDA 3A21A 3TQKA 1TV7A 2NLIA 2CZ5A 3SI9A 1N7KA 1YPFA 5AB3A 4AEOA 1GG0A 1VZWA 4IMFA 3TSBA 3N19B 4JTGA 3GDKA 4HIBA 5F2LA 2JGQA 2CZFA 3F03K 3EEGA 1TQJA 3BG5A 2F7FA 4DPQA 3S0CA 1WYIA 1GPWA 3VI2A 5AHFA 5D33A 2JGYA 4KWVA 3B04A 4JN6A 2ISSA 3DXIA 3P61A 4O0ZA 4A29A 3BW3A 1FDJA 1LBFA 4JX4A 2QCEA 4CQ8A 2YX0A 3QZEA 4EF8A 3W7KA 3KHJA 2CLMA 3OEXA 2ZZ5A 4AWUA 3KVKA 3M9YA 1JCYA 5LNUA 3G8EA 1SUXA 4UTHA 1VPXA 4JTIA 1SZGA 3BW2A 3NO5A 4LOCA 3WK0A 2EKCA 3G1HA 3W1XA 2ATSA 3BLEA 5FF7A 5H2ZA 4K8HA 1UUMA 5A5WA 1Q6RA 3HPXA 3W1RA 4O53A 3QPYA 4PTNA 1LRTA 4ORMA 2B7NA 2C6QA 4LS0A 4ZQRA 1PIIA 3PWAA 4EWND 3DBPA 1PV8A 2YCEA 3P62A 1FCVA 3S1VA 4X3ZA 3BLFA 1I2PA 2FPYA 1D3GA 4E2DA 3TAKA 3SJ3A 3E96A 1AMKA 2GPTA 2CLHA 3I68A 1M7PA 2B7QA 3IEBA 3IVSA 5LNWA 4UUIA 3F1QA 3W74A 1L2UA 3KFTA 3LHZA 4NZJA 1VR6A 5K9XA 1M7OA 4MUZA 3S1XA 4NJGA 4Y9AA 1H7WA 3UNDA 1CI1A 1Z44A 4QJ1A 1T0OA 1LP6A 2E6FA 5F4XA 1XDLA 1N8FA 5KZMA 1R2RA 4JICA 4R34A 4Z1BA 5T26A 1W3NA 3GR8A 2VELA 2QDGA 3TAOA 3QFEA 1JCLA 5AHNA 2B7PA 4HKPA 4TU1A 3CC1A 3WFAA 1T8XA 2ZRWA 3HG5A 1IGSA 4PODA 4GUJA 4ZZ9A 3W1NA 1KBIA 4UTKA 3H55A 3LV5A 3THQA 2DZXA 4IMCA 5BMXA 3TH6A 1OABA 1S5WA 3MI6A 3M47A 3P67A 1IIGA 1OFOA 4IWWA 1KM4A 1G4TA 1XFBA 2J88A 2DZTA 3DH7A 4O19A 4GNJA 4HNUA 3MWAA 2TYSA 3L65A 3KRUA 1OFBA 1DQXA 5CPMA 2WSQA 2I9EA 1FCBA 4FIRA 2QCGA 2OMAA 4IMGA 1YDOA 3HG2A 1IXPA 3NQ7A 1PCKA 3M6YA 3W7CA 2FTPA 2RFGA 2Z6JA 3U2OA 3NR0A 2W0UA 3W7OA 2YW3A 1KTNA 4RKAA 3T4CA 1FWTA 2BTMA 3S8HA 2NUXA 3PSWA 4P2VA 5U4NA 3FIGA 2QUTA 3C4UA 2YPIA 4UFJA 3LLFA 1W1ZA 2QCMA 4JTSA 4O1CA 5CSSA 3GXNA 1B4KA 3FOKA 1UASA 4TMBA 2Q8LA 3SSJA 1ICPA 5HWJA 4JIPA 5I3KA 5EY5A 1TMHA 4FNPA 2TRSA 2GJNA 5F2IA 5BMWA 3DFPA 1LDCA 1VCVA 2ATMA 3M1ZA 1WQ5A 1O60A 1E51A 4X22A 1ZNNA 4HSOA 5GVJA 5L9FA 3MHGA 1CW2A 1G7VA 4GC4A 3PG9A 1GYNA 3UWVA 5HQEA 4PA8A 4AHQA 2VFGA 4N6FA 3W1MA 2P10A 4C1KA 1TCDA 3SFKA 3CWNA 3DFNA 4K39A 2VFFA 3W76A 1SPQA 5FEZA 3M41A 3WK3A 4LRSA 5D03A 3QSTA 3HGJA 2OT1A 4H6KA 2ZZ3A 5CGQA 3EWXA 1AW5A 2C14A 4O57A 4GUIA 1F6KA 3S42A 4JNMA 1OHLA 2ZZ1A 1WXJA 5H91A 1K8ZA 3PC0A 1FWRA 2GUUA 1F73A 3G1YA 1LRNA 3LXAA 4LV9A 3LCXA 2BX7A 3LCGA 1QFEA 2AAMA 2R8WA 3I7SA 3P60A 2B7OA 2CLKA 3HG4A 3NQGA 4IX0A 5FI8A 3TQVA 2ZBTA 3O63A 1LYXA 4OE7A 4XWUA 1WBHA 2CFFA 2DJLA 4M6VA 3NQDA 5CKSA 3WJSA 3R13A 1SFLA 4FNUA 3LOTA 2QEZA 2W6RA 3RK8A 3FS2A 4K6AA 1PS9A 4PL1A 3TDFA 4Q33A 2NUYA 4DXVA 2WNZA 2YZRA 3W3OA 3EWBX 2CU0A 4MY1A 2V9DA 3R12A 5E0KA 5C6MA 1KV5A 4N4PA 2HS6A 1IXQA 4KFPA 4CNOA 3NPXA 5DELA 2O7QA 3QH2A 3ATZA 1ZY9A 4EIVA 1I2NA 1TTJA 1F76A 5EMUA 4HPJA 1L9WA 5E93A 1U5JA 4NU7A 3EX4A 1EUNA 3KOFA 1R30A 1EEPA 1MSSA 1K7EA 3W88A 5AHIA 4A2RA 1FDZA 1VLWA 1TTIA 3NL5A 3BGGA 4AHOA 3O05A 3JR2A 3WJWA 3E0IA 1VRDA 4IX2A 1GG1A 1Y0EA 2NXGA 3LCLA 4O16A 3UY7A 2XN0A 4LVAA 4K8EA 4DEFA 3EB2A 1OFPA 1VHNA 5HWMA 3O1NA 2RKXA 2FPVA 3G1AA 3EXRA 4LVFA 2FB3A 1W31A 4UFKA 5D38A 3VE7A 2QR6A 1RQHA 4XKYA 1GWJA 1N55A 3TK7A 5DCDA 3BGJA 4QAIA 1KFBA 1Q45A 3G8RA 4MFDA 3EWZA 1MZHA 1OX4B 2CLIA 4NJIA 3ZWTA 3PBVA 1XKYA 3A22A 3R8RA 2QCNA 1QDSA 2KZHA 3LHWA 3UQNA 2X1SA 3N2XA 3GNDA 3LTYA 2YYTA 1F7BA 5HINA 4ZMGA 1OG0A 1F2JA 1EA0A 1DJNA 3M5YA 4NJJA 4NNBA 3BW4A 4BFAA 1JUBA 4NQ1A 1ZAIA 2PRHA 1RVGA 1UUOA 3NNTA 3PM6A 3C61A 3STCA 2CW6A 1QPOA 1OJXA 2H8XA 3W7HA 4OBTA 3TNOA 2QJGA 2DU2A 2GVGA 3HGOA 1QOQA 2PC4A 1RD5A 4S2BA 3TSDA 3RLUA 1H7XA 3N9SA 1OYCA 4PFMA 3DFTA 4LW7A 5CPNA 4O1BA 3P81A 1JCXA 3BV4A 1FX6A 3WK2A 1P0KA 2QAPA 5HR6A 4WZHA 4JTJA 3A5VA 1OFAA 5LNSA 3P8IA 3S5ZA 4YMZA 3GYEA 4MOZA 2C15A 2E09A 1R2SA 2YR1A 1I45A 2BZNA 4JTUA 4XUGA 1DQWA 2RHGA 2ABBA 3DGRA 3VCRA 3PULA 4OGZA 2Q3OA 4XBSA 3GKAA 3V75A 3L5LA 1H50A 2P1FA 2DZPA 3O6YX 3FYOA 2DP3A 2HTMA 3EWUA 3FKRA 3G0UA 3NA8A 3PBWA 5A8GA 1G69A 4GXMA 4JDBA 3SR7A 1VC4A 3QMSA 1W5QA 2WPBA 4ADUA 2RDWA 1DBTA 3W85A 2VKZG 3NDOA 3ABOA 5BW6A 3LCHA 1TPH1 5EKYA 5AC6A 3UXAA 4UTTA 4JYFA 1WOBA 1H7PA 1YADA 5KITA 5K9DA 4Z1CA 3PF3A 4JTLA 1K3UA 3T55A 4MIMA 3L68A 1JQXA 1EX5A 3C2EA 5AOUA 3L0KA 2I1OA 3R2GA 1HTIA 1J5TA 3W72A 3VE9A 1D3HA 3LHUA 3LCIA 4O15A 3EX6A 3C2OA 3DU0A 5FF2A 2ZZ6A 1G4SA 1O94A 3LTPA 5FEXA 1G6CA 3G1XA 1I2OA 1W37A 4DBEA 3NQVA 2R14A 4UTTC 4ZQMA 1D9EA 3A9IA 2R94A 3W7EA 3FLUA 3G1VA 3IGSA 1Q6LA 5J5RA 3IGXA 3S9YA 3W23A 1T96A 3L5AA 5AHLA 1FUYA 2GVLA 4DPPA 3QEZA 2LLEA 3PY2A 1FWNA 5DBTA 1W5MA 1I8JA 4K7VA 2PRLA 3NQ6A 4HPXA 4FNRA 2BWGA 4WY0A 3LCFA 4O4WA 3DI0A 5BOOA 3HMJG 3LXBA 4TMCA 2FIQA 3OVQA 5TQLA 2V82A 3MP3A 4XKYB 2VC6A 4MLRA 3P5ZA 3C2FA 3INPA 1H5YA 3LRLA 3GZ3A 1SZFA 3W87A 3OIXA 1LCOA 4MJMA 1KM5A 4LT9A 4AMAA 3C6CA 2EGZA 1QPNA 1MO0A 2CWNA 1BTMA 6TIMA 5HUOA 4O4VA 1VCFA 4QQ3A 2J9ZA 1OFEA 1SFJA 4LS2A 3KRSA 1IF2A 1L6WA 4WQ6A 1SO6A 1DL3A 2DZVA 1TQXA 4OU1A 2WSRA 3BO9A 3TSMA 3W70A 3TROA 4K36A 1OF6A 1K8XA 1W0MA 3HF3A 3Q37A 3HJZA 5AYZA 1VS1A 2QCLA 1DVJA 3N3MA 4FX8A 4XTIA 3UWWA 5CSRA 1DJQA 2AQWA 4JTFA 4WX2A 5IM51 3O6DA 4Q32A 4UTWA 3CHVA 3H54A 1ME8A 1X8FA 1VJIA 1ZJIA 5F2GA 3TUUA 4O18A 4YLWA 1SW0A 1EWEA 2VFHA 5KSWA 1LOLA 3NQMA 3AO0A 3HG3A 3LRKA 5EBUA 3W2LA 4CLMA 1GJPA 3NOEA 5FF0A 4FXRA 3PUOA 1XBZA 3NPUA 3T7VA 1A50A 4UTWC 3B4UA 4H3DA 2NXIA 3MJYA 1W5OA 3W7JA 3QC3A 4K37A 1O5KA 1NFBA 3G3DA 4RLIA 3MP5A 4RR4A 3CIXA 2ZRYA 3W73A 1RQBA 2H8ZA 3W1UA 1WOAA 1A5BA 4HHPA 4FB7A 3O6CA 2VXNA 3HGSA 4IMDA 1B3OA 2HS8A 1FXPA 5FF3A 3DFQA 4K38A 3WK1A 3PB2A 4GBUA 2CLOA 4UXDA 3NEVA 4GRSA 3QRHA 2FDSA 1ZCOA 1ZALA 3E9AA 5LGXA 5HUPA 1TPWA 5FEWA 1FWWA 3EX3A 2DZSA 3ELFA 1TPB1 3W84A 3LCWA 4Y8FA 1XXXA 2V2CA 3HIJA 2BLEA 1MEHA 1XM3A 5AYXA 2X1TA 3W7RA 2H90A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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4UC5A

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