4UMBA

Structural analysis of substrate-mimicking inhibitors in complex with neisseria meningitidis 3-deoxy-d-arabino-heptulosonate 7-phosphate synthase - the importance of accommodating the active site water
Total Genus 132
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
132
sequence length
335
structure length
335
Chain Sequence
KELLPPIAHLYELPISKEASGLVHRTRQEISDLVHGRDKRLLVIIGPCSIHDPKAALEYAERLLKLRKQYENELLIVMRVYFEKPRTTVGWKGLINDPHLDGTFDINFGLRQARSLLLSLNNMGMPASTEFLDMITPQYYADLISWGAIGARTTESQVHRELASGLSCPVGFKNGTDGNLKIAIDAIGAASHSHHFLSVTKAGHSAIVHTGGNPDCHVILRGGKEPNYDAEHVSEAAEQLRAAGVTDKLMIDCSHANSRKDYTRQMEVAQDIAAQLEQDGGNIMGVMVESHLVEGRQDKPEVYGKSITDACIGWGATEELLALLAGANKKRMARA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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connected with : NaN
molecule tags Transferase
source organism Neisseria meningitidis
publication title Structural Analysis of Substrate-Mimicking Inhibitors in Complex with Neisseria Meningitidis 3-Deoxy-D-Arabino-Heptulosonate 7-Phosphate Synthase - the Importance of Accommodating the Active Site Water.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PHOSPHO-2-DEHYDRO-3-DEOXYHEPTONATE ALDOLASE
total genus 132
structure length 335
sequence length 335
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.5.1.54: 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase.
pdb deposition date 2014-05-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00793 DAHP_synth_1 DAHP synthetase I family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4umbA00
4LV9A 3W86A 3UWZA 2ZZ6A 1AK5A 1K03A 4LVAA 2DZTA 1C9DA 4O16A 5LKYA 3SIZA 1QPOA 3A22A 1JRBA 4LOCA 2F84A 5HJLA 3M6YA 3W87A 1H62A 2ZCGA 2ISWA 3DFOA 3DZ1A 2XN2A 2A0NA 1EEPA 3S6DA 2GOUA 1KTBA 3NQAA 5DXXA 2QUTA 5D2XA 1H7RA 3W1NA 5F1VA 1PCWA 4NU7A 1G69A 3TH6A 5CPNA 1E51A 1JQXA 4AWTA 3W1LA 4DF2A 1VRDA 3LCLA 3MJYA 1SSDA 1K8YA 3QSTA 1T8XA 4GNJA 4AWSA 4HIBA 3EWWA 3G8RA 1NAL1 4JGDA 3W07A 4PC8A 3GXNA 1V7YA 1L6SA 3P7YA 3KVMA 3RLVA 2E77A 3FKKA 2Y89A 2Y6ZA 3JRKA 1FDZA 1ZAIA 3G3DA 4ML9A 3P5ZA 3TA6A 2V5LA 3QW4B 5IBXA 5E0KA 1KV8A 3BGGA 3W2JA 4XZ9A 5K4XA 4WQ6A 4O12A 4DEFA 5L6UA 4BWLA 1OX6A 2NX3A 1TTQA 4A22A 3BV4A 1A53A 1WA3A 2ZA1A 3DI0A 4RR4A 4AVFA 2RH9A 4MUZA 3HG2A 1YXYA 2DORA 5CPOA 1EUAA 4N9EA 1W5PA 2Q8ZA 3LHUA 3B0PA 4NQ1A 2J27A 2WSYA 5HR6A 1G4SA 3K30A 3DHDA 3GK0A 3HPXA 2WNZA 4NX5A 1GWJA 3BW2A 3OEXA 2OT0A 3EKZA 3R8RA 2E1DA 3W2KA 1N55A 4WY0B 4IUOA 4G1KA 3O16A 4FNQA 3N73A 2P10A 5H91A 3PG9A 2QCDB 4LVDA 3I7QA 4I7UA 4CQ8A 3RU6A 1X8FA 4A2RA 4Z1AA 2HTMA 2ZZ3A 4JTIA 3EWXA 1H61A 1JCLA 2CW6A 1QFEA 1SO6A 3TC7A 4M6VA 5BNKA 2ZYFA 4FNSA 5AOUA 2RKXA 3GAKA 4UFIA 2GVGA 3EX3A 5AYZA 3NPWA 1ZCOA 4DF0A 3C4UA 3MO7A 1D3GA 1TTIA 1X6UA 2C0AA 4RXGA 5CPLA 1EP2A 3W71A 4AAJA 1SW7A 3NGJA 5FEWA 5AHFA 3S1VA 3LXCA 5I3GA 1SPQA 1GYLA 1UUMA 3B03A 3CHVA 3G24A 5I3IA 2TYSA 2Q3RA 3FLUA 2B7NA 3QFEA 1W54A 1XDMA 4MZ8A 3CC1A 2ZQ0A 4RX0A 1F6PA 1FWRA 1PV8A 4WUIA 3VI2A 4ZZ9A 3G0UA 2BWGA 3OG3A 1FCQA 1K3UA 1XKYA 2H6RA 2QUVA 3OHIA 3GNNA 4HT3A 4JYFA 5K4ZA 4DXVA 3ZR4A 3TFCA 3USBA 1W1ZA 5EYWA 5A8GA 4NUWA 2DP3A 3PAJA 3H53A 2VFIA 3TQKA 4E2BA 3BG9A 2EHHA 1Z41A 2J24A 3EEGA 1NSJA 5DBTA 2I1OA 5HNRA 5LGXA 4OWGA 3STCA 2B7PA 1J5TA 3L66A 2NXHA 3QYQA 3A5VA 4DQWA 3KVKA 1BWLA 3THQA 3HF3A 5FEXA 1YADA 1Z44A 2VXNA 1VZWA 4A29A 4ADTA 4WOZA 1DOSA 1PIIA 1TB3A 4NVTA 5LNVA 1VYPX 1W3IA 2RDWA 3MI2A 3DFQA 5I3KA 3S42A 4UTMA 2V2CA 2JGQA 2WSRA 5J5DA 1VYSX 3PBYA 3HG3A 1AG1O 3P61A 3W1PA 4LY8A 1SZNA 1OHLA 4Z1CA 1R30A 1O5XA 1VQTA 5G1TA 1C29A 4ZQMA 1SO5A 2Z2UA 5G2IA 2GQ9A 2X1SA 3RK8A 4YCOA 1OF6A 4X3ZA 1TQJA 3G1XA 2WNQA 4IMCA 1LLWA 3MUXA 4EWND 3SGZA 2BLEA 4MFEA 3Q2DA 3JS3A 1OF8A 4O11A 2J9ZA 3C56A 1LTDA 1EP1A 1B4KA 1OFEA 3WK1A 4QIUA 1W31A 3WJSA 1OYCA 3P82A 5FEPA 1TV8A 3CEUA 3TE9A 3W1XA 1S5WA 3FA5A 2Q3OA 1TV5A 5K9DA 1VC4A 3OBKA 4Z1BA 2BXVA 4M6QA 4DO4A 3N3MA 4Z0JA 1DV7A 3MI3A 3WK2A 3W7OA 3O6DA 4UFHA 3N2XA 2VFHA 5D38A 5K7JA 4D2JA 2X16A 3MHFA 3CM4A 3N9SA 3CU2A 1QDSA 4O1DA 1J2WA 1R46A 1VJIA 4NX0A 4UTJA 1DHPA 3C8FA 2Q8LA 1PCKA 4K37A 4J9JA 2GJNA 4HSOA 4JY8A 3E02A 3I65A 1WOBA 3MHGA 1M7PA 4LC8A 4S2CA 1HTIA 1KM3A 4UXDA 4HPJA 3IIZA 1ZFJA 5G2WA 3GXTA 1VR6A 3TJLA 4ZVJA 5TQLA 4UFMA 3LBCA 2V8ZA 1NVMA 3BLIA 1JQVA 4N9BA 4XTIA 2YYTA 4YWIA 1RVGA 4MYXA 1SFLA 4FNTA 1XC4A 1KTNA 2Y7GA 2B4GA 3EX2A 4Q33A 4NXKA 3GKAA 3KFTA 1ZAJA 1HUVA 4OE7A 1MEWA 5AC6A 3MI6A 3LCIA 2O7QA 2I9EA 1M7OA 4X22A 3CLMA 3NM3A 4NT0A 3W83A 1W3NA 2ZRYA 4A21A 1NF7A 2WNNA 1OVDA 4LS2A 1VPXA 3NO5A 1TPDA 4LV4A 4POCA 3M16A 3DGRA 3DFSA 3LCGA 4WOQA 1DL3A 1P0NA 1TPUA 4JD4A 3SZ8A 2EPHA 3GR8A 2WKJA 4IOTA 1UASA 5A5WA 1W3TA 2X1TA 4BFAA 1N8FA 1DQXA 2OZ0A 4O19A 2YYUA 4LU0A 3C2VA 3HGRA 2QCGA 1EPXA 2A21A 1KM2A 2B7QA 4N9CA 1I4NA 1QOQA 2FPVA 2ABBA 2FB3A 4UR8A 3NQVA 1A50A 3IIPA 4JICA 3QPYA 1R47A 4JTEA 2Z0IA 4UFLA 3W2MA 2PURA 2QAFA 5LNUA 4RJEA 4Z1DA 1LOSA 3SECA 1VCFA 1AW1A 3WFAA 3MWAA 4ADSA 4OV9A 3P5YA 1JCNA 3BW3A 3PB2A 3C6CA 4LUJA 1WV2A 1MEHA 3QPZA 2VEMA 1S3HA 3IIOA 3O05A 3A24A 3P60A 4LS0A 4O28A 4O52A 4JX4A 3L21A 1T0OA 1SO4A 4HN4A 2V2DA 3C2EA 3O07A 1TTJA 4JIPA 3EKLA 1RR2A 3QMRA 3H54A 1KFEA 1VGAA 2VFEA 3LRLA 3GX9A 1OX4B 4AB4A 4UFJA 2FDSA 4DPPA 1XFBA 1OYBA 1I45A 2YR1A 2WPBA 5D2YA 1D3HA 3R13A 1UCWA 2X2GA 4Z08A 4Y6GA 3NL2A 1YXCA 2A1YA 3QW3A 4AEOA 3A21A 1L2UA 2OCZA 4WD0A 3HO8A 3CPRA 1LROA 3W9ZA 5D33A 5CGQA 1F74A 3CB8A 3GVGA 3HQ1A 1R2TA 4O57A 3ABSA 1WAUA 2XN0A 4XUGA 3UY7A 2RDTA 2E6FA 4HKPA 5DCEA 1IIHA 1THFD 3IVTA 4U4MA 2EGZA 4OHQA 3IGSA 4OU1A 1TRDA 4ADUA 1OFAA 4WXYA 1PHQA 4YMZA 4IMGA 1Q6OA 3PULA 4DBEA 2VEKA 5E93A 1XBVA 4RV8A 2CLKA 2H3DA 3RF9A 3GYEA 5AHNA 3N19B 1I2RA 1QPQA 3B8DA 3T7VA 3Q58A 3M5VA 1FCVA 1XCFA 2E5DA 1ALDA 2JKEA 1ICPA 4HNNA 3CIWA 3UPWA 1QOPA 4GUFA 4RCXA 1B57A 4OQVA 4B5NA 3LHTA 3TW7A 5GVJA 2NZLA 3C2RA 2NXIA 2J9XA 3W7RA 1WBHA 2YGYA 3B05A 1Z42A 2VFDA 1KFJA 2QUUA 4RKAA 4GC4A 3W7HA 3EX1A 4CNNA 2GJLA 1TPWA 4LS1A 5TBOA 3IVUA 3TR2A 3ZWTA 4NNBA 2QDGA 3NZ1A 5G4EA 2CLIA 4IMDA 3LB0A 3PBVA 1F2JA 3DENA 1H7NA 4ZQPA 5I3JA 4XKYB 1EP3A 4RZ4A 1RQBA 4MOZA 1W5OA 1AW5A 1HG3A 3HG4A 2TMDA 2E09A 4A2SA 4TMCA 4CQAA 5CSSA 4FX7A 2QDHA 3TQVA 3ATYA 3L0GA 4ZMGA 1G4TA 2DZPA 5DBUA 3FKRA 2BSLA 3M5YA 3W6YA 4ALDA 2D73A 5KMYA 2J6XA 3RMJA 3HGJA 2FJKA 1ONRA 3QQ0A 4JNMA 5HULA 4Y8FA 1M6JA 4TX9A 3LI0A 1O94A 5CZJA 5D2WA 3G1AA 4NNAA 3WJZA 1CW2A 4LRTA 4L4MA 5SWUA 5FF2A 2ATMA 1FWSA 4FF7A 2Y61A 3BGJA 1S5VA 4OT7A 2V5BA 1WQ5A 1FX6A 1DORA 1PS9A 1WXJA 4JN6A 1VLIA 1LYXA 2VEPA 4M5PA 1W56A 5HWNA 2G5WA 6ALDA 3GLCA 4N4QA 5D2VA 4NJGA 3MMTA 4GUIA 1YLVA 1FXPA 4NZJA 2DZUA 1GVQA 1VLWA 4XQ6A 3M43A 1ZNNA 4X2RA 3LOTA 2WJZA 3NOEA 2QCLA 1EWDA 3LRKA 3TSDA 3O1NA 1TJPA 4IWWA 1F7BA 1NF0A 5FESA 3W7IA 1WX0A 1HO1A 4UNLA 4CCDA 4JXCA 2R94A 2WOQA 4BK9A 4FX6M 3NM1A 3W1UA 2ATSA 2PC4A 3LBMA 1SSGA 5AC8A 2CLFA 1TPFA 5AYXA 5FF3A 1K7XA 4LRSA 3BVJA 4O1AA 1IXPA 1K02A 1GVSA 5HWJA 4UFKA 4QSHA 2QR6A 3NQFA 5G1YA 1SUXA 4AH7A 2E68A 3TW6A 4LW7A 2HS8A 1H7PA 2IQTA 2WQPA 1FQ0A 1GT8A 2R91A 3G1SA 3QMTA 3UZJA 2NV2A 1B3OA 3M47A 2A4AA 1JUBA 4YL2A 2PE4A 4MJZA 3UPBA 1CX9A 2YDAA 1SQ7A 4N9DA 4DO5A 4TO8A 4FNUA 1Q3NA 3IIVA 4O1BA 3L65A 1SFJA 4UCGA 2YCEA 4I7VA 1YXDA 1GTHA 1TIMA 2OMAA 3HGSA 1FXQA 1TREA 1QO5A 3INPA 3LI1A 3NQGA 3P8IA 1FWWA 5AHMA 2V0TA 3EWBX 1SZGA 3KVLA 2G97A 3FFSA 3NA8A 3STEA 2HS6A 2FLIA 1KM4A 1XBZA 1VHNA 3TFXA 1QPRA 1B4EA 2QF7A 4JTTA 5D05A 2NXGA 3NEVA 5G5IA 2CZDA 3LM7A 1B9BA 4JTHA 4Q4KA 3FJLA 3KX6A 3M0ZA 3W23A 3W7MA 3NQ7A 2FPTA 4FXRA 4R34A 3W72A 5D02A 1TV7A 5C55A 3O63A 1KBIA 1TO3A 2FPYA 3W2NA 3O8AA 2ZTJA 4O4VA 2E5CA 2QCCA 3CEPA 4JIQA 1SZFA 1OX5A 2W0UA 3W2UA 3LX9A 4JEQA 4JYDA 5J5RA 4NJHA 3LTSA 3CIXA 4UTTC 4EF8A 4FEZA 3G1FA 4LVFA 2CZ5A 3STFA 1Q45A 2C13A 4JYEA 1KLYA 3W1RA 2YFOA 5EBUA 1RQHA 4PH6A 1JUKA 3G8EA 3HB9A 1GPWA 2ZRUA 1AMKA 3L5AA 3W22A 4UTKA 2ZRXA 3BPWA 2E6YA 5EPDA 3RLUA 5LZLA 3W75A 4K36A 4JTLA 3T40A 2PRMA 1GG0A 4RZ5A 1XI3A 4P2VA 3B4UA 3LXBA 3M41A 3M44A 3IEBA 4N4PA 4GFSA 3O6YX 4MYAA 4FXSA 1RV8A 4BI7A 3W73A 2R8WA 3GDLA 4QNEA 5HINA 4XTDA 5KZDA 1F6KA 2E5BA 3NQEA 1QAPA 4AHPA 4E38A 4GBUA 3E49A 5DCBA 2I14A 3BW4A 3SGUA 3H55A 4CQ9A 4FX8A 3PY2A 3B0UX 1X1OA 2ZZ7A 5K3VA 3HIJA 3I68A 3VE7A 1QWGA 1LOLA 4MLRA 2VFFA 5LSMA 4CCEA 2DZVA 2VOMA 3DFTA 3LCWA 5D03A 2C3ZA 1X7FA 3UWQA 1JJKA 5TIMA 1VYRA 2ZRZA 3OVPA 2C16A 1RQEA 4LNYA 3RNDA 2Y85A 3T4CA 1TQXA 3TK7A 4HNUA 3R12A 3GB6A 1VHCA 2A7PA 4JY9A 3VFLA 4JR5A 2P1FA 2A6LA 4JX6A 3LHVA 1LORA 1PVNA 1XXXA 2ZTKA 4GUGA 4MJMA 1OFBA 3R2GA 3LHZA 1V5XA 1GTEA 1H50A 3PWAA 3QH2A 3S1WA 4KWWA 3I6RA 4BI6A 4BR1A 3T44A 5EKYA 4DO6A 2GVLA 2A5HA 4H6KA 1G6CA 3FEMA 5KITA 5T26A 3TROA 2V9DA 4Y9AA 3P84A 4GE8A 3DBPA 5F4WA 1PHWA 3PUEA 1LM1A 3DI1A 3LDVA 3MBDA 2ZRWA 3N2MA 1VH7A 5LHFA 3GNDA 1KFBA 5G4WA 3LERA 5D32A 4OBTA 1G4PA 5C6MA 2HSAA 4M6PA 3UXAA 4IJBA 4EOUA 3G1HA 3KRZA 4JTSA 2X30A 3C2FA 2W6RA 4H3DA 2QCFA 3TQ0A 3NL3A 3C52A 4K7YA 3W76A 1J4EA 3L0NA 4KKXA 3QZEA 3U6WA 1QPNA 3PF3A 1DVJA 2C19A 2KZHA 1FCBA 3IVSA 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 5AB3 A;  4A3U A;  3OA3 A;  2X1U A;  3BAR A;  4IMF A;  2CLO A;  3ZWS A;  4QAI A;  2CLL A;  5AYY A;  1MZH A;  2FTP A;  1ICS A;  4CLM A;  2DJL A;  4RK8 A;  3UD6 A;  4MFD A;  4H4I A;  3GDR A;  1LDC A;  1LOQ A;  5LGZ A;  1OFQ A;  2JKA A;  1KM1 A;  3GR7 A;  4EF9 A;  1CI1 A;  1P0K A;  2ZBT A;  5LNS A;  5HUO A;  1TYG A;  2AAM A;  3LCX A;  4ONV A;  3IV3 A;  3N14 A;  3ANY A;  2H90 A;  4WJE A;  3SR7 A;  5EL1 A;  2GQA A;  1KTC A;  3LCH A;  3DKL A;  3LTY A;  4PTN A;  1W0M A;  4JTU A;  3I7S A;  1YTD A;  4AWU A;  4Z0S A;  5I3H A;  4JTJ A;  4O1C A;  3PC0 A;  3DFN A;  2YFN A;  3EX6 A;  3NQ8 A;  2VEL A;  3P74 A;  1VCV A;  4MIM A;  4JTF A;  3U8G A;  3L68 A;  3NQM A;  5EMU A;  4UTW A;  4UUI A;  2G96 A;  3MYO A;  1SU5 A;  5F4X A;  3B0V C;  3RFA A;  3GIY A;  4AF0 B;  1W5Q A;  3MP4 A;  2C14 A;  2XFW A;  1H63 A;  3SJ3 A;  5EA9 A;  1FUY A;  2ZZ1 A;  3W7C A;  4KFP A;  3UWW A;  3MBF A;  2ALD A;  1TMH A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1XIM A;  4J3X A;  2QUM A;  3V4B A;  3DG7 A;  2PDW A;  5C7V A;  2ZZ6 A;  1W6T A;  3SJN A;  3WLQ A;  3SIZ A;  4LB3 A;  3A22 A;  1MNS A;  1GKQ A;  4QDP A;  3TCS A;  1EJW C;  3CQI A;  3M6Y A;  2ZCG A;  3DZ1 A;  2VC5 A;  4DB7 A;  1B2Y A;  1UJQ A;  4DM2 A;  4A6G A;  5D2X A;  2FJU B;  3AXM A;  5C9Z A;  3VZY A;  4NU7 A;  3S2C A;  1Q7M A;  1J0K A;  2CIT A;  4ATW A;  1RD6 A;  2XZ7 A;  3TH6 A;  1JQX A;  1XLE A;  3NO1 A;  5HPO A;  1JZ3 A;  2DZA A;  3F7J A;  3E5P A;  4GNJ A;  4AWS A;  1OZQ A;  4QS5 A;  1M7X A;  4JGD A;  3VC6 A;  3GHR A;  3RLV A;  1IEV A;  2E77 A;  3FKK A;  4C65 A;  4J27 A;  2VUY A;  3VX1 A;  4PTX A;  1ZAI A;  3G3D A;  4ML9 A;  4M3P A;  4C6D A;  1PSC A;  2X09 A;  2J79 A;  3IUH A;  5E0K A;  1VP5 A;  4NZ5 A;  4BEU A;  4WQ6 A;  4BF5 A;  4DEF A;  5I09 A;  5L6U A;  3PZM A;  1DED A;  3AWN A;  2NX3 A;  4PR4 A;  4CQD A;  1A53 A;  1WA3 A;  2ZA1 A;  4AVF A;  4MUZ A;  3HG2 A;  4GX9 A;  2XPK A;  5A8Q A;  5AZ1 A;  3LHU A;  2Z27 A;  2UY4 A;  1AD4 A;  3MKC A;  3ZOA A;  4K8G A;  3BH4 A;  3T2O A;  3K30 A; 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