4UNK | Genus

Total Genus 83

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	83
sequence length	245
structure length	245
Chain Sequence	PSRKFFVGGNWKMDGRKQSLGELIGTLNAAKVPADTEVVCAPPTAYIDFARQKLDPKIAVAAQNCYKVTNGAFTGEISPGMIKDCGATWVVLGHSERRHVFGESDELIGQKVAHALAEGLGVIACIGEKLDEREAGITEKVVFEQTKVIADNVKDWSKVVLAYEPVWAIGTGKTATPQQAQEVHEKLRGWLKSNVSDAVAQSTRIIYGGSVTGATCKELASQPDVDGFLVGGASLKPEFVDIINA

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__83133689368434__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__83133689368434__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4UNK/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__83133689368434__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"83133689368434","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4UNK/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__83133689368434__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d00b74f127ba3e1f221be22/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d00b74f127ba3e1f221be22/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d00b74f127ba3e1f221be22/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d00b74f127ba3e1f221be22/pdb.gz): 837 ms

reading 245 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

245 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 25 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:244});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Crystal Structure of Human Triosephosphate Isomerase (Mutant N15D) rcsb
molecule keywords	TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
molecule tags	Isomerase
source organism	Homo sapiens
total genus	83
structure length	245
sequence length	245
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.2.3.3: Methylglyoxal synthase.
pdb deposition date	2014-05-29

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00121	TIM	Triosephosphate isomerase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	4unkA00

4TX9A 1LTDA 3GX9A 4O19A 1H63A 4Z1AA 4RZ5A 2V2HA 4JTGA 2QAFA 2QKFA 2Q8ZA 4UFLA 2W79A 4K7YA 2P1FA 5I3JA 4BK9A 3N19B 1ONRA 2Y85A 3DFNA 4H4IA 1AL7A 1ZALA 2B7QA 3DAQA 1SW3A 3QEZA 2WV8A 4ML9A 2H90A 5L6UA 3G8RA 5AYYA 3L0NA 5LNWA 3L0KA 3UY8A 3A5FA 1W5PA 4KKXA 3LTYA 1Q45A 2PE4A 4RZ4A 1VC4A 3PB0A 1K8XA 4NXKA 4DPPA 1YXYA 5G2HA 1DOSA 1TRDA 4FNQA 1W54A 5A5WA 3O8AA 3PBVA 4ORIA 3L5LA 3E49A 1DORA 4DF0A 2EGZA 3WJWA 1M7OA 4MIMA 4E2BA 3W73A 1VLIA 4FNPA 8TIMA 1IXOA 5G1TA 1ME7A 4BI5A 5L9FA 3GIYA 3OG3A 3NR0A 2DORA 4UFJA 5EKYA 1EB3A 4OGZA 2E6YA 1TV5A 2NXGA 1OFOA 1NSJA 3W1MA 4UTJA 4ONVA 1QPOA 3NVTA 2BSLA 1KM4A 2E6FA 4ZQMA 1XDLA 4Y6GA 2A5HA 4FNRA 2NV2A 4KFOA 3W07A 3H55A 5LKYA 1QPNA 4DQWA 2CLLA 2WNNA 3T78A 3W76A 3DKJA 5E93A 2OZ0A 2C3ZA 3NQEA 4QNWA 1G4SA 2VFEA 5D2VA 3W75A 3ELFA 5D32A 4A2RA 4NUWA 4AHPA 3HGOA 1KM6A 4RV8A 2VENA 3E0IA 4WY0B 3PWAA 4WZHA 2ZZ3A 3DZ1A 4Q33A 5AOUA 2YCEA 2ZBTA 2NXIA 4HIBA 1TPUA 1H51A 4RZ6A 5U4NA 3G1DA 3LDVA 4LRTA 3WK2A 1H7NA 2F7FA 4GUIA 4C1LA 4X3ZA 3HO8A 3DH7A 3FIGA 3A5VA 3CLMA 3Q58A 3LV6A 2QDGA 1FCVA 2C14A 4J9JA 3O07A 3LXAA 5E0KA 1W3IA 4UC5A 3W84A 3BPWA 4UMBA 3DFSA 2J6XA 4YWIA 3LLDA 2B4GA 2JBMA 5HWNA 1W8SA 4NJJA 4JXCA 4MVAA 4B5NA 1OFPA 3M16A 4XTDA 1H62A 1KM0A 3TV8A 2A7RA 1LOSA 1LBMA 4UFHA 1SPQA 1FWSA 2ALDA 3LRMA 4BF9A 4YMZA 3NA8A 5D02A 2B7OA 3N9SA 5D03A 5I3IA 2JKEA 5C55A 4IMDA 4TO8A 2V5BA 3GDMA 1W5NA 1QWGA 1RPXA 3LV5A 4NQ1A 3W7JA 5HULA 1GYNA 3N73A 3QW3A 4IPJA 1ML1A 5F2MA 4KWWA 3PF3A 1C29A 1P0NA 3PY2A 4UTWC 3KHJA 2ZA2A 4Y96A 2TRSA 3MMTA 1XKYA 2YW4A 2VEPA 1G69A 1Z44A 4NJGA 2G97A 2GVLA 1F5ZA 2WKJA 3STCA 3PULA 1WDWA 3S5OA 4N9BA 3R12A 1CW2A 1OJXA 3LM7A 4IWWA 3W23A 5LNSA 1XFBA 3UXDA 1ZAHA 1HL2A 1KBJA 3W71A 4XUGA 3W6YA 1B57A 3SGZA 5F4WA 4BI7A 5D37A 4H3DA 4OWGA 1M5WA 3RLUA 1THFD 1MEWA 1D9EA 1GWJA 1OG0A 4NX5A 1YXDA 1F76A 4LOCA 1MXSA 2NXHA 4DO6A 3S5NA 1OFQA 3CM4A 2CLMA 2OJPA 1C8VA 1P0KA 3TE9A 3OIXA 4LU0A 1AW2A 2Y88A 5D2XA 1GVQA 1X1OA 1HO4A 3KRZA 1I45A 2DJLA 1R2SA 2ZTJA 4JD4A 4UNLA 3NG3A 3F4NA 3W7HA 3N14A 1GT8A 3PM6A 3NQ7A 1ME8A 3GKAA 3L5AA 3M44A 1YDOA 1IIGA 1W56A 3P8IA 1QNVA 3R5EA 3NQ2A 3MBFA 3QYQA 1BEUA 2ISWA 4UFMA 2Z0IA 4JIQA 3P61A 3U8GA 3KOFA 4JX5A 3RF9A 3T7VA 1LCOA 2V2DA 5KZMA 3NM3A 3QMSA 4ADUA 2Y7DA 5I3FA 3M5YA 4M19A 1F73A 3OVRA 1MEHA 3TC7A 5HQEA 1EP1A 5CZSA 5HWMA 3EX4A 1G4TA 1JUEA 2QUVA 4TU1A 2GVJA 3W2KA 1X6UA 3QQ0A 5LNUA 5CZJA 2OMAA 4LRSA 3V75A 5K2ZA 3GNDA 2NX1A 4O12A 1A53A 1H50A 1SO6A 3B04A 1OK4A 2ABAA 4UIOA 1YDVA 3P5YA 1YDNA 4AHQA 1T8XA 3BK0A 3TXZA 4HHPA 1TTQA 3W87A 3P74A 4JX6A 3R2GA 1G7UA 3IGXA 3IVUA 4A21A 1CI1A 5CPLA 4R34A 2DZXA 2WO5A 1R30A 1LBFA 1TV7A 3ATZA 1VHNA 3GNNA 4EVZA 3IEBA 1W3TA 4G1KA 3HPSA 4PODA 4WJEA 5DLCA 3WJSA 1YPIA 1TPDA 5CPMA 5AHMA 3NQCA 1ZHAA 3LTPA 1KW1A 4O28A 3W7GA 2C19A 3NL6A 2ZZ5A 4UXDA 3TK7A 2WNZA 1FX6A 1JCMP 3C52A 1XUUA 3P80A 4LVBA 3TMLA 4HN4A 4O57A 5G1YA 3RK8A 3MHGA 1UUOA 4JTJA 1WAUA 2VFHA 3SZ8A 4O18A 4M6VA 4OT7A 1XUZA 3RU6A 1B4EA 1EP2A 3ZWSA 3OVQA 4NT0A 3MUXA 2VELA 3CWNA 5HJLA 4JY8A 3SY5A 4FIRA 2OCZA 2JK2A 4YL2A 3HPXA 3NQ8A 3I7RA 3BO9A 3VKJA 3N2XA 4U4MA 2Y7GA 2A0NA 1X7FA 3HB9A 3P60A 5EPDA 3W1XA 4DF1A 5FEXA 3R89A 4OV9A 3EX6A 4IXHA 2JGYA 3HG4A 4S2BA 2V0TA 3KVKA 1TO3A 5AC8A 1VCGA 4DBEA 2Y6ZA 3NL3A 2G96A 2QCFA 3GDLA 5HINA 3W1QA 3DFTA 1LLWA 3DFQA 2QCHA 1KM3A 1KFJA 4GNJA 3W7DA 1XXXA 1S5VA 5D30A 3QC3A 4KFNA 3M6YA 5G5IA 4UUIA 3Q37A 4ZQCA 3TC6A 3BG9A 2C16A 3S0CA 1LORA 4LC6A 3DHFA 1TJPA 1H7WA 2C1HA 1PS9A 1XL9A 3O6YX 3LBCA 3C8FA 3W1LA 1BKSA 3L67A 1NF0A 1GVOA 1XI3A 2E68A 3DI0A 3EWZA 4NZFA 3Q94A 2YZRA 5EY5A 1FXQA 5A8GA 3FYPA 4PTNA 3UYCA 3LCGA 4CNOA 3UWVA 4IMCA 3HG2A 1OFEA 3TJXA 1R2RA 1K7EA 4O1BA 2X1TA 2X2GA 2ZZ6A 4PFMA 3MI2A 5CPOA 3S42A 2I14A 3YPIA 4JYDA 2RDWA 1LM1A 1Q6RA 3W7QA 4LT9A 1S3HA 5C2XA 4UR8A 3STFA 4WY0F 5K7JA 5U7SA 4DO4A 3OA3A 1WQ5A 3GVGA 3TFCA 3WJZA 3LCIA 2ISVA 2QCEA 3OHIA 3IIZA 5HUOA 1WOAA 3SGUA 1NF7A 1TPH1 1V7YA 2VEKA 1EWEA 1TCDA 3NO5A 4UTKA 1FDYA 2NX3A 3S1UA 1KFKA 3CEUA 2VFDA 2WSQA 3DBPA 1XC4A 5D09A 5E1QA 3NZRA 3T4CA 3DENA 1AL8A 4IUOA 1YPFA 3QF0A 2E5BA 4LVAA 1GTHA 1F74A 5DY3A 1VYPX 4PEKA 3O6DA 1LZOA 3WFAA 1LRNA 4JY9A 4O17A 1L9WA 1PCKA 4I9AA 1OYAA 2Y7EA 4GRSA 1HUVA 3QMRA 4Y8FA 5J5DA 1K02A 4D2JA 2LLEA 5BW6A 1UBSA 3IIXA 1YTKA 3D0CA 1VYSX 1EP3A 4PCFA 3W1NA 4CQ8A 3KXQA 4WD0A 1I2NA 1QOPA 3NQ6A 5EA9A 1NVMA 3QMTA 4HSNA 2ZA3A 3O16A 1VYRA 2PURA 3TIMA 4N4PA 2DZWA 1P4CA 4JDBA 1VJIA 3EWWA 4OU1A 3W7EA 4EOUA 1QFEA 4GBUA 1EUAA 1OFRA 4IX2A 2VKZG 3SW6A 1SO4A 2ZZ1A 4OQVA 1JVNA 3BLFA 5EYWA 4UTHA 3W7LA 3IV3A 3EB2A 4FF7A 4O10A 1L6WA 1DQXA 4RX0A 2OT1A 3B03A 4KWVA 4O4VA 4XKYA 4PC8A 3NM1A 3MYPA 5DCDA 5KINA 1M7PA 1I8JA 4WQ6A 3PBWA 3UWZA 4ORMA 3QRHA 2AGKA 3PUEA 4AWTA 1Y0EA 2FB2A 4GUJA 3CC1A 3A24A 3BLEA 4RK8A 2V5LA 2CZDA 2QCMA 4AMAA 3G22A 4BFAA 5AC7A 3RFAA 1KM2A 1BWLA 1T96A 4NJKA 1H7RA 4ZQNA 3S5YA 3TROA 2A4AA 1H7PA 1TIMA 3O05A 1F7BA 3M5VA 3EX1A 3JR2A 1W3NA 4I7WA 5FF4A 3FEMA 5H91A 3UZJA 3BW3A 3G1VA 2BZNA 1TQJA 3ZR4A 5KSWA 3BARA 4A29A 3U2OA 2VFFA 1UUMA 2CWNA 2NUYA 3GB6A 3NPVA 4Z0SA 3SECA 1D3GA 4AHOA 5LHEA 4AXKA 1GPWA 1NAL1 1FWRA 5D2WA 3GXPA 2R14A 1JCYA 3VE7A 3O15A 3T40A 1GEQA 4FHAA 3L68A 2C13A 1VS1A 1SFLA 1VLWA 3IIPA 3QFEA 2WPBA 4LUIA 4O50A 4M5PA 3THAA 2HMCA 5TBOA 4H6KA 3M41A 5D2YA 1R2TA 3LRKA 1FUYA 3TKFA 2DZTA 2E6AA 4W9TA 1AW5A 4QISA 3TAOA 3ZFHA 3LXCA 1K8YA 2RDUA 4KFPA 1WA3A 2AAMA 4O1DA 4UFKA 4FXSA 1VRDA 1P5BA 1V5XA 1GTEA 4K6AA 2W6RA 4O0ZA 1F05A 2CLFA 4ZMGA 4WOZA 4OE7A 2BXVA 3T55A 1I2OA 3B0UX 3MI6A 4I7UA 2ZRYA 2ISSA 2TPSA 4JR5A 1LOQA 4FO4A 2ZDRA 1VPXA 2V81A 5EMUA 4FEZA 4UTTC 4CNPA 1FXPA 1LRTA 1WX0A 2H8XA 3C3NA 1TPWA 4O53A 4ICNA 5TIMA 2R91A 1BWKA 2ATSA 5AYZA 4UTMA 4OHQA 3S6DA 3M7WA 2B7PA 2FB3A 1EUNA 5LNRA 3LLFA 2NWSA 2NUWA 4CCEA 3IVSA 1J4EA 2ZTKA 1SR9A 4O8RA 4PH6A 4A2SA 1MO0A 3TW7A 4DF2A 3M9YA 3CB8A 2EHHA 1S5WA 4MKNA 1YTEA 1YXCA 4LNYA 5DN1A 3TQVA 3GDKA 5F2LA 4RJEA 3UWUA 1FBAA 3F4WA 2FLIA 1AG1O 2PC4A 2CLIA 2C18A 1WYIA 1ME9A 5DCBA 5LGXA 1YLVA 4L4MA 4UTTA 4K8HA 2RDTA 3JS3A 3G18A 3E96A 2OX1A 1QAPA 4ZVJA 3UQNA 1TJRA 1OVDA 3QQ1A 3S1XA 1MEIA 4JX4A 6ALDA 3JRKA 4HPJA 3C6CA 2CLOA 1WBHA 2X16A 4O54A 2VFIA 1VGAA 1DVJA 3EX3A 4FX8A 1I2RA 3TX9A 1X1ZA 3GDRA 5I3GA 3MHFA 4TR9A 1GG0A 4M6PA 4GWEA 2QCDB 3W2JA 1EIXA 4XBSA 1VH7A 5FF2A 1TPEA 4FB7A 4LVFA 3HMJG 3NDOA 3TUUA 2C0AA 5LSMA 4S2CA 1H7OA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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4UNKA

Total Genus

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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