4UNL | Genus

Total Genus 89

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	89
sequence length	246
structure length	246
Chain Sequence	SRKFFVGGNWKMNGRKQSLGELIGTLNAAKVPADTEVVCAPPTAYIDFARQKLDPKIAVAAQNCYKVTDGAFTGEISPGMIKDCGATWVVLGHSERRHVFGESDELIGQKVAHALAEGLGVIACIGEKLDEREAGITEKVVFEQTKVIADNVKDWSKVVLAYEPVWAIGTGKTATPQQAQEVHEKLRGWLKSNVSDAVAQSTRIIYGGSVTGATCKELASQPDVDGFLVGGASLKPEFVDIINAKQ

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__1263825987240228__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__1263825987240228__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4UNL/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__1263825987240228__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"1263825987240228","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4UNL/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__1263825987240228__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d00b705127ba3e1f221bde6/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d00b705127ba3e1f221bde6/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d00b705127ba3e1f221bde6/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d00b705127ba3e1f221bde6/pdb.gz): 517 ms

reading 246 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

246 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 23 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:245});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Isomerase
source organism	Homo sapiens
publication title	Crystal Structure of a Single Mutant (N71D) of Triosephosphate Isomerase from Human rcsb
molecule keywords	TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
total genus	89
structure length	246
sequence length	246
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.2.3.3: Methylglyoxal synthase.
pdb deposition date	2014-05-29

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00121	TIM	Triosephosphate isomerase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	4unlA00

1KLYA 1SZEA 1KBIA 4MZ8A 1TQXA 5K4ZA 2NV1A 5AHLA 4O17A 5CZJA 4QNEA 3G1YA 3HGRA 4JXCA 5DELA 2C15A 1QOPA 2BZNA 4JTSA 3LV6A 1QDSA 1H7PA 3G1FA 1ZAJA 3G1AA 3EWXA 4NNAA 4LRTA 1IF2A 2CFFA 4JDBA 4I7VA 2OX1A 2G95A 2Q8LA 1FWRA 3WK3A 2JKEA 4N6FA 3LERA 1TYGA 3S8HA 3NQCA 4TMBA 2X1RA 2ISSA 3MUXA 4EVZA 4C1KA 5EMUA 1W37A 3TQKA 4RKAA 3TXVA 3W7KA 4CQAA 1XBZA 4O54A 1VYPX 2B7NA 4HSNA 1O5KA 3W1MA 3O6YX 4WX2A 4EF8A 1MZHA 1H7OA 3W2NA 4JTKA 2C0AA 1ZALA 3NQ7A 3W74A 3NZRA 3QMSA 3A9IA 2NX3A 1CW2A 4AHQA 3UWWA 3BG9A 1Q6RA 2NLIA 5AFDA 4PEKA 4HT3A 1VH7A 2J9YA 1ADOA 1C8VA 3NAVA 3HQ1A 3Q37A 2BWGA 4WOZA 5EYWA 1R2RA 2GVLA 3A22A 3MP4A 3OBKA 5BMXA 4EF9A 4MJZA 1QPQA 2OJPA 1H7XA 2Y62A 3O06A 1OYBA 1PCWA 5CZ0A 4NNBA 3TAOA 1SPQA 2DZWA 2O7QA 1G4TA 1OFQA 3AO0A 3DI1A 3NR0A 3FJ6A 1XFBA 1SO6A 1H50A 3DHFA 3B06A 4HKPA 1XCFA 1A5SA 1VS1A 3ABOA 1FUYA 3DI0A 2FTPA 2NUXA 4A3UA 4RZ6A 1FX6A 3W1LA 1TPH1 4DF0A 5E0KA 2QCDA 2V2DA 3IIPA 1YXCA 2LLEA 1OFPA 3TROA 3CB8A 1FXQA 5AHIA 4GXMA 2V2CA 1XKYA 2Z6JA 2FQIA 1LOSA 4WY0F 2BSLA 4WY0B 5HINA 4C1LA 1ZJIA 4WXYA 1FWWA 3FFSA 4MVAA 1IIGA 4Y96A 2ZRWA 3EEGA 3TW6A 3R5EA 2X2GA 4B5NA 4PC8A 1QNVA 2FDSA 1W8SA 4IOTA 2E1DA 3W22A 4X3ZA 3EX3A 1OJXA 2WJZA 3P82A 4BI5A 2ZA2A 1QO2A 4FEZA 3LTYA 3U6WA 1KLZA 5H2ZA 4A21A 2F7FA 3W76A 4E2DA 3NZ1A 2O7SA 1JVNA 3MBDA 5C2XA 1FDZA 5FEWA 5HWJA 1XBVA 1ZFJA 4UC5A 1JRCA 1SO3A 2G5WA 4N9DA 5D02A 1WDWA 4NXKA 1F05A 1X8FA 2A6NA 1OX6A 3HGSA 4OV9A 3UWYA 5D03A 1JCYA 4M7TA 1P0KA 1TMHA 1YLVA 3PB0A 2FIQA 3O63A 3AJXA 3NNTA 4O16A 4HNTA 5GVJA 2I14A 1I2RA 1K8ZA 1VGAA 1GQNA 1RQBA 4M19A 4WOQA 3RMJA 3I7RA 1DBTA 4HHPA 3T7VA 5D09A 1HO1A 3N9RA 4GJ1A 4WJEA 4ZZ9A 4UFHA 4G1KA 1S5TA 1GG1A 3NQDA 5KTLA 3E0IA 5DY3A 3BLIA 2PRMA 1OHLA 3BGJA 2Y7FA 3LCXA 3G24A 1K7EA 4IMGA 1AK5A 1ZAHA 4JIPA 5D37A 1KFEA 3NQFA 1RVGA 4K38A 1ZHAA 4UTUA 4Z08A 2ZA1A 1J5TA 3ATZA 1K3UA 4LVGA 1TIMA 1Q45A 2JKPA 3S9YA 5H91A 2GQ8A 4UTJA 2ABBA 4NUWA 3E96A 5KZDA 3SY5A 2DJXA 4OBTA 3TSMA 1P4CA 1A5CA 2QCGA 5K9CA 5C5YA 5KZEA 3O05A 3GYEA 4JNMA 4PL2A 5AYYA 2QCDB 3IVTA 3C56A 1DOSA 1HL2A 3OIXA 1YDVA 1H7NA 3ZWSA 1KTCA 2FPYA 2YFNA 5HWMA 3VFLA 1TPFA 2QKFA 4RZ5A 1TV7A 4PH6A 2QCFA 4MZYA 4CLMA 2X30A 3GDLA 3G3DA 2B7QA 4LC6A 1WBJA 4Z1BA 3SECA 4DXVA 5G2WA 3PUEA 1N7KA 1T96A 3L65A 3NQVA 2E68A 3DFQA 3P81A 2EGZA 1DVJA 4ZQCA 2Z1BA 1SU5A 3TFXA 1S5VA 4FX7A 2QF7A 1JULA 3WJYA 4CCDA 4Z1AA 3JS3A 3QC3A 4I7WA 1AL8A 1LRQA 3FA5A 2V30A 2ZZ6A 4ICNA 4LUIA 1H61A 2E09A 5BRBA 5LNUA 3W73A 1X7FA 4UR7A 3O6DA 3HMJG 3IIVA 4DBDA 1YADA 3LDVA 1VC4A 2E6DA 3UWUA 3QPZA 4ZL1A 3IIZA 1Q6QA 4MZ1A 1J2WA 2FB2A 1D3HA 1LROA 2RHGA 1P0NA 3PC0A 2CLLA 4MFDA 5LZLA 3KFTA 3W2UA 3UD6A 3SFKA 1XUUA 5C6MA 3O8AA 3V1PA 5I3IA 4KFOA 5AC7A 2BLEA 1FWTA 1H51A 1OYAA 3M5YA 1HG3A 3R13A 3S5YA 3T40A 2PCQA 1I8JA 1GG0A 4DO4A 3GZ3A 6ALDA 1FCBA 2CWNA 1ZCOA 2V5BA 1N55A 3PY2A 4AB4A 2YYUA 1F6KA 3ZR4A 1FBAA 4DELA 3MW7A 4LNYA 4PFMA 2CLHA 1W5OA 2ZA3A 3NPXA 1TV8A 5CPNA 4CNNA 3MYOA 5CSSA 4JTGA 3N14A 1E51A 2R14A 1GOXA 3B05A 1GPWA 3DFPA 2WV8A 1IXQA 1L9WA 1TSIA 4LC8A 4TMCA 3NQGA 1DHPA 4UTTC 3G1DA 3UYCA 2E77A 2E6FA 4UCGA 1F73A 4DQWA 3FEMA 3LLDA 4UNKA 3N19B 4MIMA 5D05A 4LS2A 5LNWA 2QUUA 3DFNA 4XWUA 3I7QA 2P0OA 3N3MA 1SSDA 2EPHA 1XDLA 3OVRA 5G1YA 1ONRA 1LBLA 1ICPA 5HWNA 2Z6IA 3GXPA 4NQ1A 5D2YA 1IXPA 3ABQA 3G1SA 4CNPA 4UFKA 3SZ8A 5K3VA 3B0UX 4UTTA 5F2LA 5F1VA 4RCXA 4YCOA 1Z48A 4AVFA 5IBXC 1F6PA 4JD4A 2VFIA 2B7OA 1SUXA 3DHDA 3INPA 2VFHA 1GVFA 1KFKA 3LHUA 2ZZ3A 2VXNA 2E6YA 3D0CA 1ML1A 5DCEA 1PCKA 3W70A 4WUIA 3W07A 4JTUA 1ICQA 3PG8A 4LW7A 1JUBA 3L5AA 3W88A 3G18A 5IBXA 2NWRA 1F74A 4IX2A 3GKAA 1LRNA 3SIZA 3QEZA 4O1BA 1W5NA 4JDYA 2YFOA 3U2OA 1OABA 1RR2A 2DZXA 4RK8A 5TQLA 5AYZA 3PM6A 3W1QA 3DGRA 4GRSA 4AHPA 3IRDA 1M7OA 3G0SA 4DO6A 3HIJA 3QSTA 1LDCA 2V81A 1WQ5A 1ZY9A 3PB2A 1FWSA 4LT9A 3GLCA 1I2PA 1ME9A 2HSAA 3RU6A 1CX9A 4IMEA 3W7MA 4O1DA 3LCGA 2BTMA 4ZVJA 1RD5A 3M44A 4JY9A 1VJIA 4E0CA 4UXDA 3BGGA 3S1WA 1WAUA 1JRBA 2QCLA 3A5FA 1Q3NA 1FDYA 2Q3RA 3HPXA 3B03A 4S2BA 2WNNA 3LCHA 1AW1A 5DBUA 4KKXA 3GDKA 3DH7A 4GWEA 1W56A 4CQ8A 1MEWA 4FX6M 1TQJA 1AW5A 4MY1A 1EUNA 1YDNA 4HPJA 4MOZA 3C2VA 1TJRA 1GT8A 2E5CA 3VI2A 1XC4A 3CIXA 2E5DA 1Y0EA 3HBLA 3DU0A 2NXIA 1O94A 2C16A 5F2IA 4JN6A 3BW2A 3NXFA 1TRDA 1YTEA 2WNQA 4I9AA 1RQEA 4AWSA 1HTIA 5HULA 5EA9A 3L0GA 2VC6A 1IIHA 2OT1A 3GDTA 2A7RA 1SW7A 5FEXA 3NEVA 2HTMA 2X1TA 1TTQA 3M5VA 3EWZA 1MEHA 3STGA 4UFJA 1GYNA 1PIIA 1TV5A 2NZLA 2TSYA 2VEPA 4JTHA 5F1UA 2IQTA 3SGUA 4IGHA 3VNDA 4RJEA 1C29A 3ELFA 3P67A 1DL3A 3DKJA 1TPC1 1PE1A 4NNCA 4ZQNA 3TJXA 4DBEA 1W5MA 1UJPA 3LX9A 2DU2A 2C18A 1EP3A 1U83A 2JKAA 3A24A 3M5XA 4NJHA 2J6XA 2A7NA 4BFAA 3W7IA 2J9ZA 3W23A 3P61A 3B0VC 2YYTA 1GJPA 3GK0A 5EKYA 2ZBTA 4R7JA 4HPXA 3FS2A 4TX9A 3LXCA 3KVLA 5D38A 4M7SA 5FF7A 3THAA 2Z2UA 4IXXA 3LBCA 2FPTA 2VFEA 1UCWA 1FCVA 1VZWA 2VELA 2CZDA 5I3HA 3RLUA 3N2MA 1WX0A 3I7SA 1FWNA 2BXVA 1UASA 2TYSA 1CI1A 1MO0A 3T4CA 3CLMA 1NF7A 4DEFA 3TK7A 5HUPA 4GNJA 2CLOA 3EWBX 2E5BA 1DKWA 2Y7EA 5DXXA 2Q3OA 4ADUA 4S2CA 4EOUA 5T26A 3R2GA 1FXPA 4YCPA 4AMAA 3P5YA 3HG5A 3WK1A 1L6YA 1RQHA 3MI3A 2CZFA 5LGXA 2X16A 3TKFA 2R8WA 4FF7A 1QOQA 1Z42A 2UV8G 1QPOA 3UWZA 4DPQA 1YXYA 1TO3A 5D2TA 3W7JA 3VE9A 3BK0A 4UMBA 3N73A 6TIMA 5DCDA 3TE9A 4X22A 2CZ5A 2Y88A 3IGSA 4QM1A 4YXGA 2B7PA 1YPIA 4H3DA 5FEPA 4UTIA 3UY7A 1LM1A 5IM51 1SQ7A 3RF9A 1R2TA 4DO5A 2J24A 3TA6A 3S1UA 3STEA 3C6CA 3LCLA 3P74A 4HN4A 4NJKA 1H60A 4WD0A 1OK6A 2V5LA 1M5WA 1LBMA 3W2JA 1SO4A 3GVGA 5EBUA 1P5BA 4YMZA 4DF2A 3MYPA 3W7OA 4IQLA 3V75A 1O4UA 2CU0A 1YDOA 4ONVA 3S1XA 1O95A 4KFNA 4NU7A 3EX6A 1PHQA 1OFDA 3S6DA 1EPXA 1KM6A 4JTTA 3FOKA 1SW3A 4Q32A 4UMCA 4FB7A 1HO4A 5FESA 3CQ0A 4XZ9A 4OQVA 1VCVA 1YYAA 2NUYA 3KVMA 4GUHA 4JIQA 3TSBA 5LHEA 4JX5A 3TU9A 3WJSA 3GIYA 3LHWA 1C9DA 1MSSA 2ZFAA 5D2WA 2ATSA 3PULA 5MHBA 5C55A 2G97A 3PSWA 4OT7A 3NPWA 1A5BA 4O4VA 3WK2A 3TDFA 4K7VA 4Q33A 5AN7A 3U8GA 4FIRA 1W3IA 3KAOA 3UPWA 5G1TA 5D30A 1GTHA 2PE4A 1WYIA 2WOQA 3ZWTA 3LHYA 3M47A 5HUOA 3UZ5A 3QM3A 1WOAA 3PF3A 1X6UA 3NQ2A 4I7UA 4ML9A 1WV2A 3P62A 1KTBA 4MKNA 2OT0A 1HUVA 4IMDA 4XQ6A 4N02A 1NVMA 5J5RA 1FCUA 2HS8A 1TTPA 2DZVA 1EP2A 2V2HA 4EIVA 2QR6A 1B3OA 5AC6A 2GOUA 5G2IA 2A2IA 4X9SA 3I65A 2QCNA 4TO8A 1LP6A 2ZZ1A 5TBOA 3ATYA 2Y70A 1QAPA 1I45A 2ISWA 4UTKA 1MEIA 3L9CA 2QCHA 3CEUA 2QAPA 2QCEA 1R30A 3FKKA 2WKJA 1DJNA 2XN1A 3BPWA 3EXRA 3L67A 2C1HA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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4UNLA

Total Genus

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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