4UTF | Genus

Total Genus 128

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	128
sequence length	349
structure length	348
Chain Sequence	NNLGTELDYDTFCFYYDWYGSEAIDGQYRHWAHAIAPDPNGGSGQNPGTIPGTQESIASNFYPQLGRYSSSDPNILTKHMDMFVMARTGVLALTWWNEQDETEAKRIGLILDAADKKKIKVCFHLEPYPSRNVQNLRENIVKLITRYGNHPAFYRKDGKPLFFIYDSYLIEPSEWEKLLSPGGSITIRNTAYDALMIGLWTSSPTVQRPFILNAHFDGFYTYFAATGFTYGSTPTNWVSMQKWAKENGKIFIPSVGPGYIDTRIRPWNGSVIRTRTDGQYYDAMYRKAIEAGVSAISITSFNEWHEGSQIEPAVPYTSSEFTYLDYENREPDYYLTRTAYWVGKFRSK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__9671883026793155__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__9671883026793155__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4UTF/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__9671883026793155__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"9671883026793155","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4UTF/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__9671883026793155__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d03d3412eebb9396a08560a/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d03d3412eebb9396a08560a/pdb.gz

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
source organism	Bacteroides xylanisolvens
publication title	Human Gut Bacteroidetes Can Utilize Yeast Mannan Through a Selfish Mechanism. pubmed doi rcsb
molecule keywords	GLYCOSYL HYDROLASE FAMILY 71
total genus	128
structure length	348
sequence length	349
ec nomenclature	ec 3.2.1.130: Glycoprotein endo-alpha-1,2-mannosidase.
pdb deposition date	2014-07-21

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF16317	Glyco_hydro_99	Glycosyl hydrolase family 99

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	4utfA00

3LPFA 1V6XA 1UKQA 4UCFA 4W86A 3WH8A 4UFJA 1R85A 5CSYA 2VCAA 4GQQA 3CUHA 3EBVA 4JCLA 1J0ZA 4HPGA 4JIEA 5EFDA 4H8UA 1GQJA 3BAIA 2QPSA 3OZPA 2WZHA 2X8RA 4ZENA 4AY1A 1QVBA 3ZJ6A 4GKLA 3VO0A 1G9HA 2WVTA 1GNXA 2YLLA 3O9NA 4E8DA 3AI0A 4ATLA 2A3EA 3II1A 1VIWA 2WLYA 5BCAA 4TUFA 2J7CA 4M29A 4JKMA 2J4GA 4AIOA 1SMAA 1D3CA 1W9VA 2J7DA 4HU8A 3ZQ9A 2XUCA 2CCRA 5D4YA 1E9LA 2EO7A 3WH5A 1RH9A 5IFPA 1J12A 1UHVA 4F8XA 4MDPA 3CO4A 4OBRA 1YQ2A 4W87A 3WNOA 1CENA 5CZKA 3QOKA 1CTNA 2C8NA 1TVNA 3RM8A 5A6BA 1BYAA 3OGRA 4QP0A 1J0JA 2W91A 5D9NA 1M7XA 1M03A 3RIKA 2VOTA 1S46A 3AHYA 2GDUA 3WF2A 1ZBCA 2MANA 1JZ4A 1ITCA 2G41A 2VZVA 3AIEA 3AXIA 2QF8A 2WBGA 5DT5A 1BLIA 2XGBA 1FOBA 4MB3A 3WQ4A 1IZJA 4NSBA 3EDFA 4JKKA 1UQYA 3RDKA 2WMKA 3SCUA 3CUIA 3AIQA 1C7TA 3AZSA 1E6SM 2GUYA 3M46A 1XD0A 2WCAA 3FHQA 3AQUA 3VM7A 1BQCA 3EMCA 2ZXBA 5F7UA 3M7SA 1BAGA 3CZEA 3GXFA 1CGVA 1RP9A 1HF6A 5CLTA 3VIFA 2FHBA 1E4IA 1B3XA 2DIJA 2J7EA 1C7SA 1IT0A 2WHMA 3TTQA 1Q6DA 1KR0A 2OYMA 1KFWA 4PMUA 4WJXA 1G1YA 4GZJA 1BVZA 4KWUA 3UERA 1JL8A 3N17A 1CGXA 2D22A 2QMKA 2DT0A 3VUPA 3N1AA 2PWEA 4GQRA 4H41A 1U33A 2WC7A 5KEZA 2D24A 2ZX9A 4ATWA 1DWJM 5IXEA 1WDSA 1XV8A 4ZE4A 2O9PA 3WQ5A 1W91A 2A3AA 1WP6A 2OYKA 4TOQA 1LLOA 2XSAA 3VIHA 3VNZA 1M04A 5A6KA 8CGTA 3VMNA 4TVCA 2ZOXA 1XSJA 4P8WA 1FFQA 3WF0A 1EDGA 2WVVA 2CBJA 3F4VA 5E9AA 3PZUA 4H8HA 2CETA 2J75A 4A4AA 1GOOA 1UR9A 4AZIA 1CYGA 1WZAA 3PZNA 1O6IA 2WVSA 1H09A 1V3KA 1J0KA 2VTFA 1J10A 4M81A 2BVTA 1HX0A 5FCZA 1BGAA 3CPUA 4HZ7A 4KH2A 1ZBKA 4DM2A 2VRJA 4P7QA 5FKYA 2BFGA 4OJYA 3FAXA 3WDIA 3ARPA 1VFFA 1KR1A 5CPSA 1SMDA 3W81A 2CBUA 4RE2A 1WO2A 3WEOA 4AD5A 5A2CA 4H8VA 3KWXA 5I0DA 1QI4A 5ECUA 1UR0A 4B15A 4W84A 2Q8XA 3PZQA 4HMDA 1QI5A 3GBDA 1GQIA 3KZSA 2G3NA 3N04A 4AW7A 4JFWA 3UR8A 1NQ6A 4MNMA 3VD4A 1BG9A 2C0HA 1D7FA 1GOKA 1J01A 3BSHA 1CGWA 4W89A 1VAHA 1L0PA 4U33A 2A3CA 3B9AA 1RPKA 2NT0A 2PB1A 4NRSA 3BLKA 1KBKA 1X6NA 1B3YA 4R5EA 3BSGA 3I3EA 2D20A 4D6JA 4AD0A 1KGUA 3CZJA 4HA3A 2UY5A 3ARZA 2DGAA 4AZBA 1ISYA 2W63A 2YBUA 3CUJA 1CGTA 4L4OA 4Z2IA 4JFSA 1UWRA 4ZXOA 2BS9A 4W8BA 3CZGA 4CD5A 2IXVA 4MJ2A 1HL8A 1TR1A 3QHMA 4U2ZA 3WL1A 1KXTA 1DTUA 3CUGA 2YDRA 2UY4A 2FH6A 5A8NA 1KXQA 3G6MA 1I1XA 6TAAA 2WNWA 1R7OA 1WE5A 2V5CA 3SCVA 4HOWA 3PTKA 4JFUA 5A94A 1ISXA 4UOJA 1EGZA 2PWHA 1PX4A 4Q7NA 2BY3A 2ZUMA 2BXZA 1HKJA 4F9DA 3L4XA 4AIUA 1HKIA 3N9KA 1B2YA 1NWRA 4WKHA 2WMFA 4MAVA 4UZUA 3PZVA 2J62A 1EO5A 3A4AA 1UD4A 3IK2A 3VIPA 2D0HA 1OGGA 2ESCA 1E6ZA 5E70A 1OSEA 3AHTA 3UR7A 4AD2A 2WM0A 1Q6GA 1NP2A 4AEFA 1ITXA 3G6LA 3AIVA 4N42A 3KEHA 4P8XA 4AD1A 4AYSA 1GW1A 2EPNA 5GQBA 4GI8A 3ECQA 3WF3A 2BVDA 2O9TA 1NH6A 2DSZA 4LYRA 2EPLX 4CD8A 5KZ6A 1KB3A 2BY2A 2YL8A 3OIHA 1QNPA 4DUWA 3VKKA 1J18A 4H7VA 3VGBA 4FMVA 3SUTA 4JL2A 4UFHA 1HJUA 3EDJA 2WZEA 4Z2LA 4EK7A 1SYTA 4W7WA 3HN3A 1GOWA 1FHLA 5M03A 2E9LA 1V0LA 2E9MA 1L8NA 1VENA 3GBEA 5DO8A 1GORA 2YJQA 3A47A 1M53A 3VINA 2WSKA 4UTFA 1CBGA 3MMDA 8A3HA 3T09A 3NJ3A 3VOCA 4DUVA 4AEEA 3MU7A 3CLWA 1CNVA 1EQPA 1JZ7A 2EXOA 3GXMA 1W3LA 1UR8A 4RE3A 3A6OA 7CGTA 2XFFA 1GOMA 1CXKA 4H04A 3CBWA 2ZUUA 3PHAA 4AWEA 4HA4A 5AC5A 3VIOA 3K46A 2G4FA 1OGBA 1C8XA 2JF6A 1VB9A 1D2KA 4N0RA 5DFAA 2XHYA 4OOZA 4FLOA 2O9RA 2WCSA 4MB4A 1US3A 1XRVA 2C7FA 1GOQA 1LL6A 4J3TA 4PBGA 1KXVA 5E0CA 4AZ5A 1AQ0A 4XZWA 5C70A 1E4NA 1PZ3A 2JFEX 3CHFA 2QV4A 2VL4A 4GI6A 5DEZA 5A3HA 2YDQA 3T08A 1PEZA 1UZ4A 3MS8A 4P7OA 5CGMA 4J3VA 3BAKA 1MYRA 3WD2A 4UQEA 1E6PA 1W3KA 1E40A 1UKSA 2J79A 4MNKA 4U3AA 3BAXA 1E0VA 2DSKA 3AYRA 1DP0A 4PTXA 2V3GA 1X1NA 3K8KA 2FDMA 1F4AA 4GPNA 2YLAA 3AFBA 3L4UA 1UD8A 3I3DA 4J7RA 1EDQA 1VFMA 3ARQA 3NDZA 1V3HA 3W6LA 4CVUA 1JZ5A 2J7BA 2F8QA 1DWFM 3VMOA 4UOZA 1HJWA 3W53A 4MB5A 3OG2A 1ZJBA 2GK1B 4PUDA 1ZU8A 3VIMA 1JGIA 3BAWA 2VT0A 1H4PA 3SUSA 3IAQA 2BHYA 4NZCA 3CMJA 3WFZA 3VGFA 2HVMA 2ZICA 1G5AA 5E09A 1W9BM 1GQKA 2YIHA 1DHKA 3VIIA 1SFSA 3NIYA 1WNOA 3KE0A 3NSMA 2F61A 3SCRA 4IUGA 4BZYA 5A6JA 4DM1A 2XM2A 1ZB5A 4CGTA 1C91A 3LMYA 1PAMA 2Y4SA 3CIVA 2AOSA 1JZ6A 1BYBA 4UQBA 1ODZA 2PWGA 3RM9A 2YA2A 3MV01 5A6BD 1E4MM 1JFHA 2XWEA 4LYPA 3T0DA 3ARWA 1JIBA 4BQ5A 3SCTA 4FK9A 3OLEA 1CGUA 1GONA 3TTYA 4S3KA 1W9DM 3BMWA 1CXHA 1RP8A 1W9PA 2CIPA 4OBSA 3QGVA 4UQDA 2VX7A 1E5JA 2X1IA 1FHDA 3WN6A 4D6EA 5TD4A 1H41A 3IAPA 2Z1SA 1QHPA 5EFFA 3WY1A 5JIWA 4MADA 3TONA 4PCSA 1FP8A 1BSIA 3VD3A 1V6WA 4PMDA 1AMYA 2OYLA 1TCMA 2J7HA 2JEPA 4MTVA 1XSIA 2D2OA 3D5HA 5HBFA 3TA9A 3AROA 3SUWA 4CCCA 2J8GA 4GO8A 2VVSA 5JBEA 3NDYA 5HPCA 5A6LA 1K9EA 2DT1A 5A6MA 1R7AA 2WK2A 3L4TA 4YPJA 4PSPA 2XPKA 2J77A 2ZUSA 3B8SA 5DF0A 1MQPA 4L4PA 2GVYA 4W7UA 1XH2A 4IISA 4ZFMA 5CXPA 4ML4A 2WB5A 2X0YA 6A3HA 2PWFA 5A1AA 2WMIB 4F79A 2FHFA 3GXDA 1A47A 3L4ZA 1QOXA 5I3DA 1UD6A 1E73M 1UWSA 1GJWA 4ZEPA 6CGTA 1BGGA 3BXWA 3WUFA 1LJYA 1ISVA 1GVIA 4D6HA 2WYSA 2GDVA 3APGA 1MW1A 3EDEA 4MNLA 2OWCA 3WMBA 3K4DA 3AS2A 3KL0A 1U2YA 3AIRA 4B9YA 3PZGA 4WF7A 1CZ1A 3BAYA 1VBRA 1QHZA 1E6RA 1PBGA 3WUBA 2V3FA 4UQAA 3WDHA 3GNPA 4CD6A 1QNQA 5E6YA 3WL0A 3VD7A 1TE1A 3KL3A 4J3XA 1IZKA 1VEPA 1XGZA 1HP5A 3AMDA 3WBAA 1Z32X 1UWTA 2WKLA 4QAWA 2UY2A 3SCQA 1E70M 3DC0A 3PZMA 5I6SA 3EDDA 2WC3A 1UR2A 2HISA 1HT6A 1K9FA 3W82A 4AMCA 3AIBA 3RILA 5A95A 5I5RA 2WPGA 1IV8A 1G0CA 2CBVA 1V3IA 2Y8KA 3A3HA 4RE4A 1UR4A 3W4RA 5ABHA 3SURA 4AZGA 1CGYA 2FGLA 1DWGM 4M56A 1MQQA 4TVDA 2XVGA 3SCPA 5GNZA 1W2VA 4PTVA 3WIJA 3O2LA 2DT3A 5FIPA 4D6FA 3N12A 2O9OA 5GNYA 1VFOA 2GJXA 1VEOA 5FL1A 2DSVA 1MVYA 4NRRA 1B3WA 3POHA 2ZUWA 1E3XA 3WD4A 2E8YA 2JIEA 2DT2A 4PTMA 5IHRA 5JIPA 1JI1A 3ZJKA 4U3CA 4X0NA 3UG4A 5D8WA 2ZUNA 2XM1A 1WAWA 1ZBVA 1MQRA 1MXDA 1W3JA 4CD7A 1FH9A 1JD7A 1V0MA 3AHXA 1E1EA 4D72A 3ZT7A 3U5UA 2PC8A 5ABEA 2J7FA 3GNOA 3WNLA 3ZT5A 5HOSA 3CHEA 3TTSA 3EDKA 1OM0A 1UUQA 5E6ZA 1J0IA 4JFTA 3ZR5A 3FHAA 4OIFA 3AHZA 3BMVA 3O6AA 1EH9A 2WZIA 2WC4A 3AXXA 3WNMA 3MSDA 1HJVA 2NW0A 2TAAA 2WANA 2AAAA 3A4WA 4JHOA 1WZKA 4AISA 4GIAA 3TTOA 4Z2KA 2X2YA 1UKTA 5BXRA 2VC9A 2WKGA 1UA7A 1AQHA 4EANA 4KGJA 2CITA 3K1DA 4J3UA 4UFLA 5D8ZA 3T0AA 3SCWA 3ZIZA 4J3SA 4HA1A 4HP5A 3VX0A 3WNKA 1KGWA 2D23A 3MMUA 2WVVB 2YDSA 4TVUA 4U2YA 2X05A 5A8PA 2DPEA 2X0HA 1W3HA 4WSJA 5AYBA 1HVXA 1EHNA 1JNEA 4MB1A 4PMQA 3WMSA 1CXIA 2VRQA 4JFVA 1J0YA 5A2AA 4D1JA 3UCQA 1FP9A 5I78A 2CKRA 2D0FA 3MO4A 3FNDA 2DDXA 4AZCA 4JZ5A 3U5YA 2G3IA 4BQ3A 3BC9A 2XVLA 1JAKA 3VGDA 1CWYA 1Q4NX 3WEZA 3T2QA 4PMVA 2QPUA 1OCQA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily

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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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4UTFA

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Chain Sequence

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Chord Diagram

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