4UTK | Genus

Total Genus 125

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	125
sequence length	359
structure length	359
Chain Sequence	SALFEPYTLKDVTLRNRIAIPPMCQYMAEDGMINDWHHVHLAGLARGGAGLLVVEATAVAPEGRITPGCAGIWSDAHAQAFVPVVQAIKAAGSVPGIQIAHAGRKASANRPWEGDDHIAADDTRGWETIAPSAIAFGAHLPKVPREMTLDDIARVKQDFVDAARRARDAGFEWIELHFAHGFLGQSFFSEHSNKRTDAYGGSFDNRSRFLLETLAAVREVWPENLPLTARFGVLEYDGRDEQTLEESIELARRFKAGGLDLLSVSVGFTIPDTNIPWGPAFMGPIAERVRREAKLPVTSAWGFGTPQLAEAALQANQLDLVSVGRAHLADPHWAYFAAKELGVEKASWTLPAPYAHWLE

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__4879667717928644__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__4879667717928644__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4UTK/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__4879667717928644__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"4879667717928644","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4UTK/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__4879667717928644__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d0bebeacea90afc85a1deb2/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d0bebeacea90afc85a1deb2/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d0bebeacea90afc85a1deb2/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d0bebeacea90afc85a1deb2/pdb.gz): 583 ms

reading 359 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

359 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 29 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:358});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Oxidoreductase
source organism	Pseudomonas putida
publication title	Redox-dependent substrate-cofactor interactions in the Michaelis-complex of a flavin-dependent oxidoreductase doi rcsb
molecule keywords	XENOBIOTIC REDUCTASE
total genus	125
structure length	359
sequence length	359
ec nomenclature	ec 1.6.99.1: NADPH dehydrogenase.
pdb deposition date	2014-07-21

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00724	Oxidored_FMN	NADH:flavin oxidoreductase / NADH oxidase family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	4utkA00

1GTHA 4UTMA 2OZ0A 3GDTA 5C2XA 4O10A 1PVNA 3W7IA 3MI3A 4LS1A 1IXNA 3UWVA 1G6CA 3W3OA 1AW2A 1YTEA 1EP3A 5AHEA 3P7YA 1TV5A 2FB3A 2VOMA 3LI0A 4JTJA 2VC6A 1DORA 3QYQA 3RNDA 2W79A 3G1AA 5D2VA 5IBXC 4MOZA 3GNNA 1JCLA 1SW0A 1WXJA 2Z6IA 5DCEA 3WJZA 4IWWA 3B0UX 1TRIA 2R14A 4RXFA 2ATMA 1KBJA 1RV8A 5FF3A 1DVJA 2W6RA 3EXRA 4ML9A 4N4QA 3T40A 3KVMA 1A5SA 4WOQA 1W5NA 1R2RA 3HGRA 3WJSA 4NUWA 3LV5A 1PL9A 2HSAA 2PC4A 2RDTA 4JX5A 3BPWA 2C3ZA 1LYXA 1P0NA 4GRSA 1TRDA 4P2VA 5DY2A 4JTIA 4IGHA 1M6JA 2CWNA 4JTHA 1JRBA 1KV8A 3OA3A 3TW6A 1T96A 4Q4KA 4WY0F 1SO5A 4N6FA 2WSYA 1HG3A 4NZJA 3FA5A 3W71A 2B7PA 3C6CA 4AHPA 2Q8ZA 4TMBA 2OCZA 2WO5A 3SR7A 1I45A 1VHNA 2DJLA 1KTBA 4NXKA 3SI9A 4CLMA 5CSRA 4M6VA 3KFTA 1SUXA 3HPXA 4D2JA 4ZMGA 2H8ZA 1JCXA 4QJ1A 4PA8A 1OYAA 1WV2A 5FF0A 1SR9A 4DQWA 4TO8A 1RZMA 1W3IA 2JBMA 3E0IA 1GG1A 3A21A 5K9XA 1OK4A 1PHWA 1GVFA 1QFEA 4H3DA 1H63A 1VRDA 4MPQA 1ZJIA 4TR9A 3VCRA 4IMCA 4H6KA 2A7NA 2ZA1A 4O28A 2YYUA 3RK8A 5AN7A 2VENA 2ZZ3A 3W1NA 4FIRA 3STEA 1LRQA 3LCLA 3P81A 3FFSA 4OGZA 3TC7A 2QCLA 3S5OA 2FPVA 2YXGA 2C14A 3W74A 3I7SA 4LW7A 1ZHAA 3G1SA 3NGJA 2QDHA 3F4WA 3NQFA 5L6UA 4O1BA 3VKJA 1FX6A 5I3HA 5MHBA 3W2KA 4IUOA 4OBTA 2E6AA 1AL8A 1T99A 3STFA 1FDYA 4KFPA 5K3VA 3STCA 4MFDA 5J5RA 3UD6A 2YPIA 1JULA 1ZNNA 2ABAA 2QCNA 1N8FA 1QPRA 3HQ1A 1EX5A 4IMDA 1KM2A 3HBLA 4CNOA 2Y6ZA 1XUZA 4O8RA 3LXCA 5EYWA 3P5YA 1C8VA 3LRMA 3N14A 3O63A 1TTIA 3DENA 4ICNA 3KX6A 4QITA 2PURA 3NQVA 1LLZA 5BNKA 2WNZA 2YFNA 4O12A 2VEKA 4ZVJA 4A2SA 5D30A 4XBSA 3S1UA 3W1TA 4ADUA 3S9YA 5U4NA 1HUVA 4E2DA 3N2MA 1PE1A 4LTSA 3A9IA 4FX7A 5F4SA 3CQ0A 3JS3A 3TE9A 3ABQA 4ZQPA 3LXBA 1W31A 4O15A 5KSWA 4HNVA 3W9ZA 4AVFA 2Y88A 3MBDA 1O5KA 5D38A 4HT3A 3N19B 3M7WA 2Y62A 4JIQA 2BX7A 1OX4A 1VCVA 4UXDA 3GAKA 3WJXA 5EA9A 2A5HA 1LBFA 5CZ0A 5HR6A 2Y61A 2WSQA 4HSNA 2FIQA 5FF2A 1G7UA 2CZEA 4I7VA 3W2JA 1OVDA 1ME7A 5G2HA 1RD5A 3O07A 3C61A 2QR6A 2Y7DA 1GTEA 1VH7A 3HF3A 2GQ8A 4FX8A 1ME9A 3LBMA 5DELA 1S5VA 3C3NA 4CCEA 4FXRA 1EP2A 4PCFA 1F7BA 2ZDRA 1R47A 3B06A 2H3BA 1YDVA 2VFFA 4WOZA 4WXYA 5DBTA 1M5WA 2G97A 3GXNA 3LTPA 1UUOA 3JR2A 1DHPA 3S8HA 1E51A 2CZFA 3SSJA 4L4MA 3TX9A 1G4EA 5G5IA 2R94A 1L6WA 1G69A 1H7WA 4I7WA 3R5EA 4ZZ9A 1W5PA 1BEUA 4QM1A 2ALDA 2V5BA 4C1KA 1P4CA 3G24A 1OFBA 3E49A 4DO6A 1XI3A 5CG7A 2E6DA 1TPDA 3O16A 5AOUA 3R8RA 4HN4A 5LGXA 5K4ZA 2WV8A 4UMAA 3L0KA 4PTNA 3QH2A 4LU0A 2C0AA 3WK2A 3E96A 4UTLA 3W70A 3M5YA 2V2HA 1VYRA 1W54A 2Y85A 3W6YA 4O19A 2ZYFA 5K4XA 5LGZA 1PHQA 2GVGA 4JTFA 5FF4A 4MLJA 4UTWA 4GJ1A 3TNOA 4CNPA 1YDOA 3PBVA 1VGAA 1EA0A 4QIUA 3TV8A 3V75A 1OX6A 5I3FA 4RZ4A 3KVLA 4AMAA 1QPOA 4RV8A 2RFGA 3LTSA 3TCEA 3QEZA 2DZXA 1TYGA 4J9JA 4JIPA 1ICPA 4JYFA 4LUIA 4XTIA 2JGQA 2QUTA 3BW4A 4PL1A 5LZLA 5AC7A 1LRNA 1O5XA 3L2IA 4FIQA 4GBUA 2NUYA 3RU6A 4A3UA 5AYZA 5HQEA 4LY8A 1TO3A 4JTGA 4HHPA 4A21A 1XXXA 5CZSA 4JY8A 1JCNA 1F5ZA 2F84A 3GR7A 3KOFA 3PG9A 1ME8A 2J88A 4UTTC 3UWQA 2A7PA 2GPTA 1K8ZA 2EPHA 2YW4A 3G3DA 1FWNA 1S3HA 3I6RA 3QFEA 4GUGA 3SIZA 5HWMA 2YYTA 1SZNA 4FNQA 3W1LA 1O95A 3NDOA 2YR1A 4HPJA 3SY5A 1Z44A 1TTPA 3KAOA 3A24A 1VPXA 5D37A 1SW3A 1R2TA 4S2BA 3WK1A 3UXAA 4DF1A 4K6AA 3LXAA 2ZRUA 1Q6QA 4FEZA 1G7VA 3QW4B 4FHAA 1KLYA 1H7RA 2ZRVA 3GDRA 2DZUA 2WQPA 2NV1A 2A2IA 2I14A 3L66A 1H7NA 5F2MA 3MYOA 2QCDA 4IX0A 4MYXA 4NJJA 3CPRA 4XUGA 1O60A 2J6XA 3BGGA 4RR4A 3WFAA 4XZ9A 1KFLA 1O94A 1SO3A 2XFWA 4QQ3A 3FIGA 3H53A 4ADSA 3C0JA 2V9DA 4O14A 2YFOA 1W0MA 5FEWA 1D3HA 2QJIA 3TAKA 3OHIA 3M5ZA 1I2QA 1HTIA 5DN1A 4QNEA 1TV7A 2DORA 4OE7A 3UQNA 4LV9A 3EKLA 3HJZA 3DU0A 3FYPA 4IX2A 3NAVA 3DFTA 4I7UA 2YW3A 1XDMA 3O1NA 3LERA 4IOTA 1KV5A 3TROA 3IVTA 2NXGA 4UFKA 3STGA 3WJYA 3NL5A 5D09A 3LHUA 2VEIA 3NQDA 1X1ZA 4CQ8A 3G8RA 4UC5A 4JX4A 4BK9A 5KZDA 1X8FA 2FJKA 3PSVA 5KINA 1QPQA 2A0NA 1CX9A 3PS7A 2BLEA 3G1FA 4FNRA 1LM1A 2VFDA 3GDLA 3QPYA 4ZQRA 5G4EA 1P1XA 1TQJA 2XN2A 4O0KA 4MIMA 4KWVA 3P5ZA 1YTDA 1MEHA 1GJPA 4IXHA 4NJGA 3EWYA 4RX0A 3W07A 4AEOA 5SWUA 3BARA 2E6YA 3ELFA 4LVDA 2VELA 3BLEA 3MP4A 5D03A 1XCFA 1F74A 4K7VA 3KRUA 4JTSA 3RMJA 3W7OA 4O52A 5C6MA 2E6FA 3CC1A 3NQEA 2A1YA 4MY8A 2CU0A 3W87A 3DKLA 3IIXA 1GT8A 1Q3NA 1JR1A 3NPUA 1VLIA 3DFQA 5KZEA 3IVUA 4TMCA 1JRCA 1OX4B 4KFNA 5J5DA 3TAOA 5BW6A 5TQLA 3F1QA 1W1ZA 5I3JA 3SGZA 1IIHA 1H50A 5D2XA 3W84A 1NSJA 2ZCGA 3NVTA 3MP5A 1D3GA 4RXGA 2Q3OA 4JY9A 2JKAA 3W7RA 4AHOA 3PB0A 1GVOA 3NL2A 4NNBA 3QC3A 2ZTKA 3TSDA 3M5VA 3QM3A 4PH6A 4TX9A 4Y6GA 3S6DA 3V1PA 1X1OA 3W85A 3HOJA 3S42A 3P74A 5LHFA 1K02A 3GDMA 3EX3A 4OU1A 3F4NA 3EX6A 4ONVA 1FCQA 2VEPA 1SSGA 2DZSA 1K7XA 4UMBA 4CQ9A 1SW7A 3S1VA 3PF3A 5CZTA 4AB4A 1TIMA 5CPLA 3M5XA 2GVLA 3L0NA 2NZLA 2YZRA 3L5LA 4IMFA 4UTIA 4C1LA 5HUPA 3IGSA 1PCWA 1TREA 1K7EA 1LBLA 3VE7A 5FESA 1AL7A 2E68A 3R12A 2BXVA 3TQ0A 1SSDA 3A23A 3C2FA 1OG0A 1W8SA 2TRSA 1JCJA 1IXQA 4R53A 3TFXA 4OQVA 4CCDA 2YGYA 4AWTA 3M16A 5CSSA 3TMQA 2AAMA 1F76A 1UBSA 2BZNA 2PE4A 1T0OA 2ZQ0A 3NQ2A 3PM6A 4NQ1A 1HO4A 3DHFA 3T55A 3INPA 1EIXA 1ZCOA 3HMJG 3C2EA 4UFHA 1L9WA 2PRLA 4Q33A 1OFRA 3SGUA 3NPWA 3NQ8A 1FCVA 3OBKA 4XKYA 1FWSA 3L9CA 3LI1A 4UFLA 4UR7A 5DLCA 5BOOA 5A8GA 1L6YA 3ANYA 1J4EA 1OF6A 1W3NA 3EX2A 4X9SA 3IGXA 1EUNA 3C52A 4XWUA 1MEWA 1UJPA 2CFFA 2ZA2A 2LLEA 3NQCA 3G1XA 1LTDA 2QCGA 5F2LA 1FY6A 1OYCA 3BO9A 3DGRA 3W73A 4OV9A 4Y9AA 5K9CA 4UR8A 2QJHA 4JDYA 2HTMA 4JTEA 4PFMA 3OVQA 2OT0A 4O1AA 1FWRA 3LHTA 5AYXA 1LP6A 1GQNA 1UASA 2GOUA 3THAA 1LZOA 4GUFA 4TIMA 4MLRA 1YPIA 3SW6A 2CLHA 4N9CA 2XN1A 3S5NA 1F2JA 1UB3A 4H4IA 4JS3A 3WJWA 5EY5A 1V5XA 1ZAHA 1YYAA 2DU2A 4P61A 3W7NA 4AF0A 3GXTA 4N9EA 1WAUA 4R34A 2Q3RA 2NX1A 1MEIA 2O7QA 3NG3A 4U4MA 4UFIA 2V8ZA 4WXZA 4CNNA 3ZFHA 5AYYA 2QDGA 1GVRA 2P1FA 2I9EA 2YDAA 2NX9A 3OIXA 1GYLA 2ZRWA 2QAPA 3KHJA 4ORMA 3HG5A 4JDBA 1LOQA 4JN6A 3TMLA 2B7OA 1H1ZA 4BWLC 3G0UA 3L67A 3KRZA 1XM3A 3W2NA 5LNRA 5LNVA 2QCCA 2QCDB 1U83A 3LV6A 4NU7A 3NPXA 3IIVA 4YMZA 3TIMA 3HG3A 3TDFA 3EWWA 1HFBA 3QSTA 4X2RA 4LRSA 3NPVA 3KVKA 5AC6A 2OX1A 2CLKA 4MJMA 1LCOA 2V2CA 3R89A 4ZL1A 3PY2A 4JYDA 3U6WA 1Q6OA 1WA3A 2B7NA 2X16A 3MHGA 1SZEA 3BGJA 3EWXA 4LVFA 5F2IA 5DXYA 4LRTA 2J9YA 2E77A 3B0PA 4O13A 3L5MA 5C5YA 3BG5A 1X7FA 5HINA 3TW7A 4DBDA 3G3MA 3GIYA 3W1UA 1I8JA 3UWWA 1FWTA 1B9BA 1DOSA 5CPMA 1H51A 4Q32A 1XBYA 4LT9A 4LV4A 1VHCA 2EF9A 4WY0A 1YXDA 1G67A 2NUWA 3C2OA 2CLEA 2WNNA 1LLWA 3O6CA 1A5BA 3IIZA 3W2MA 5CPNA 3T7VA 4GXMA 2JGYA 2B7QA 5G2WA 3NQGA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1M9H A;  3M9Y A;  3OBA A;  4W8A A;  1J01 A;  1NU5 A;  3AXI A;  3WNN A;  4C6B A;  1UR1 A;  3VOI A;  1LRT A;  3GFY A;  1QRQ A;  3DFN A;  1BXC A;  3C0Q A;  1VC4 A;  4GY1 A;  4NIR A;  3NQA A;  1AG1 O;  5AZ0 A;  1V03 A;  4AVO A;  2UY3 A;  3OIH A;  4RDZ A;  1RK5 A;  4MHB A;  3KL5 A;  3QTP A;  4L4L A;  2YBV A;  1ITC A;  3BG3 A;  4E6M A;  1DHK A;  1VP5 A;  3O2L A;  2DVT A;  5F1V A;  2EG6 A;  5ABG A;  2P0O A;  4HMD A;  1VBR A;  4B4H A;  4K37 A;  3UW6 A;  3CMJ A;  4GI8 A;  4NJI A;  4IPJ A;  4MUZ A;  3UG4 A;  3SRH A;  1OCN A;  2QV4 A;  3W7E A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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4UTKA

Total Genus

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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