4UTM | Genus

Total Genus 128

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	128
sequence length	360
structure length	360
Chain Sequence	SALFEPYTLKDVTLRNRIAIPPMCQYMAEDGMINDWHHVHLAGLARGGAGLLVVEATAVAPEGRITPGCAGIWSDAHAQAFVPVVQAIKAAGSVPGIQIAHAGRKASANRPWEGDDHIAADDTRGWETIAPSAIAFGAHLPKVPREMTLDDIARVKQDFVDAARRARDAGFEWIELHFAHGFLGQSFFSEHSNKRTDAYGGSFDNRSRFLLETLAAVREVWPENLPLTARFGVLEYDGRDEQTLEESIELARRFKAGGLDLLSVSVGFTIPDTNIPWGPAFMGPIAERVRREAKLPVTSAWGFGTPQLAEAALQANQLDLVSVGRAHLADPHWAYFAAKELGVEKASWTLPAPYAHWLER

Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__442271223875089__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__442271223875089__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4UTM/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__442271223875089__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"442271223875089","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4UTM/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__442271223875089__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Oxidoreductase
source organism	Pseudomonas putida
publication title	Redox-dependent substrate-cofactor interactions in the Michaelis-complex of a flavin-dependent oxidoreductase doi rcsb
molecule keywords	XENOBIOTIC REDUCTASE
total genus	128
structure length	360
sequence length	360
ec nomenclature	ec 1.6.99.1: NADPH dehydrogenase.
pdb deposition date	2014-07-21

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00724	Oxidored_FMN	NADH:flavin oxidoreductase / NADH oxidase family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	4utmA00

4AHOA 5F4WA 1GG0A 3FJ6A 5HJLA 4XKYB 5HINA 3MHUA 1ADOA 1VPXA 3WJSA 3QW4B 1O5KA 4O0KA 4O53A 4M7TA 2TSYA 1LORA 3W71A 2AQWA 1Z42A 1U83A 3G1SA 3KX6A 1G69A 1HO4A 2CLOA 5AB3A 4Q33A 4M5PA 1Q6QA 1O5XA 1VYSX 1W5QA 2DU2A 3WJXA 5DCBA 5I3KA 5BMXA 2X1UA 3N2XA 2OJPA 4IX2A 4N9DA 3FA5A 3RNDA 1XUUA 3FOKA 4DXVA 3NQDA 3O07A 3UWVA 1W5OA 3CTLA 3W7KA 3INPA 2FPVA 5I3IA 4ZQCA 1XM3A 3PM6A 3STEA 4DQWA 3LOTA 3UXAA 3G1VA 1EP3A 1X7FA 2GUUA 3NQ2A 2QR6A 3L9CA 3M1ZA 4H4IA 1SO5A 1YDVA 3W1PA 1GVSA 4K39A 3TW6A 1YTKA 2ZQ0A 2BTMA 3P5YA 5K4XA 3EXRA 5D05A 2J27A 4FB7A 1LCOA 4EIVA 4WY0F 3LI0A 4RKAA 1RQHA 1UBSA 2P1FA 3W74A 5HR7A 4JDBA 3C2FA 2R8WA 4JX4A 1F5ZA 1TTPA 4GUGA 4PA8A 5DCEA 3TXZA 3LCFA 3OHIA 4UTWC 3GIYA 2NWSA 2NXIA 1V5XA 1G4TA 1VC4A 3A24A 3UZ5A 1DJQA 4MZYA 1G4EA 1KLYA 2ISSA 3W2UA 1O95A 4JEQA 4JIPA 4ORIA 5CPMA 5AYYA 2QCLA 2X2GA 5F2GA 2DZUA 2NX3A 4ZQRA 3CEUA 1FUYA 3NPVA 3P7YA 4GWEA 4NU7A 1WXJA 3JR2A 4LVAA 3TE9A 4JDYA 5HQEA 3IIZA 2ZDRA 3TH6A 4NNAA 1ZJIA 3S1UA 3EKLA 1OX5A 3M47A 5AN7A 3BARA 4QIUA 4YL2A 3S8HA 3HMJG 1YTDA 2A2IA 4ZQOA 3UWYA 2A4AA 5DLCA 3NPXA 3IVTA 3H54A 3SGZA 5F4SA 3MBDA 4ADUA 1JCXA 4MFDA 3W86A 3UNDA 1T99A 4Z0JA 1G4SA 3TJLA 1H60A 1GYNA 1L6WA 1R2RA 2NXHA 3EWWA 4Y90A 4K7VA 3EX2A 1DORA 3HG4A 4XZ9A 4YWIA 2G97A 3LHTA 4S2BA 1ME7A 2W6RA 1ZENA 5F4XA 1EWEA 3Q37A 4IXHA 2QUVA 3W1UA 5HMSA 2OX1A 3T78A 4XBKA 1TPB1 5DBTA 3F03K 1ZCOA 2J9ZA 1W3IA 4IXXA 1VLIA 2NX9A 2JBMA 3FEMA 3SJ3A 2QDGA 3VE9A 2ZRYA 3I7RA 1RZMA 3G3MA 2B7PA 3HBLA 5U7SA 3NL2A 4GC4A 1GVQA 3NQFA 5BNKA 1J5TA 1F7BA 3TC6A 3PAJA 1QR7A 1KM5A 2E1DA 2FFCA 1OFAA 1H1YA 2A7NA 1LDCA 1LM1A 3BW2A 1SZEA 1EWDA 4DBEA 3KXQA 3V75A 3YPIA 5K4ZA 3W7QA 3N14A 2C3ZA 4CQ9A 3PBYA 1N55A 3QPZA 4AH7A 4JX5A 3UD6A 3W6YA 4K38A 2JK2A 4UFMA 5EYWA 1LRTA 4QISA 5I3FA 2YR1A 1G4PA 1R2SA 1H7RA 3MW7A 4UTIA 3W7GA 2XN0A 3W1RA 4MLJA 3JS3A 1SFLA 3CWNA 4ALDA 3MUXA 1OABA 1OYBA 3LXCA 3W23A 1OFEA 3A9IA 2NUWA 1X1OA 4JTFA 5D32A 1YPFA 1SW3A 2BXVA 1DVJA 3LCHA 3NQCA 3MMTA 4XTIA 4Y8FA 3NQ6A 3NPUA 2H3BA 3LRKA 3P60A 1W37A 3S5ZA 4BI5A 3NQEA 3IIXA 1QOQA 3QMTA 5CPOA 2Q8LA 4JTEA 3RMJA 3MBFA 5D04C 4DO6A 2O7QA 3GAYA 1YADA 3TJXA 1B4KA 3EXSA 4KFNA 1M6JA 2G95A 1UJPA 5LKYA 4WOZA 5CSSA 3CHVA 2GJNA 3CT7A 1EB3A 4D2JA 4UMBA 1QDSA 1B3OA 2O7SA 3LCWA 2RKXA 3UWWA 4O1CA 1EUAA 3LLDA 1LTDA 4HPJA 4Z1BA 1Q6OA 3BO9A 1HL2A 1HG3A 1I45A 3MHFA 5FF4A 4WQ6A 1YDNA 2GOUA 4Z1DA 4O57A 4JTHA 2C13A 3L0GA 2WNZA 1AW2A 2DZXA 3FYPA 2V9DA 1QO2A 1YDOA 3W22A 4O16A 1M7OA 1FWTA 4MUZA 4NXKA 4FXSA 3U6WA 2FPTA 5LNVA 3LI1A 2X1SA 3ZR4A 3LHUA 3P8JA 1XDMA 3WJYA 5A5WA 4XBSA 1F2JA 3ABSA 2QCDA 1YLVA 4UFLA 5TQLA 4GUIA 3G1FA 5LHFA 1FCBA 1IIHA 3IGXA 5C2XA 4AHQA 3W1LA 3TR2A 2FLIA 3DFNA 4B5NA 1TTJA 3A21A 4LRSA 3TV8A 1VZWA 3TMQA 3QMRA 3CQ0A 1EA0A 3GYEA 2Y63A 5AYZA 1GG1A 1OHLA 4O14A 5E0KA 5G4EA 2GPTA 1J4EA 4AWTA 1NEYA 3FYOA 3G1DA 2ZTJA 3ABRA 3NQ8A 2NXGA 2V2CA 3QYQA 4Q4KA 2TRSA 4LS0A 2GQAA 4LV4A 4I9AA 3MJYA 4FF7A 2QCCA 3W2LA 3M6YA 2CLHA 3I68A 3W76A 3DKJA 1SUXA 3A5FA 1QOPA 1KFLA 3M41A 4FIQA 2XFWA 3EXTA 1W56A 4UTUA 3TA6A 4RX0A 3NPWA 1LBFA 4DEFA 2GQ9A 1JULA 5FF2A 2Y62A 1JVNA 3GDTA 3SIZA 1SQ7A 2DJLA 3BPWA 2ZRZA 5G5IA 1LROA 2GVLA 3ELFA 1JCYA 3OVRA 4RZ5A 3L65A 2VXNA 5HWJA 3O16A 3C4UA 4N2YA 4FNRA 2JGYA 3O6DA 4FIRA 2PCQA 4PH6A 4QQ3A 3AO0A 2CLIA 1TPVA 1G7VA 4JS3A 4PFMA 3W7JA 1LOQA 2VFIA 1PHWA 1JCLA 1F73A 1DV7A 1K02A 3B4UA 1T96A 2GQ8A 5C54A 4LU0A 4WD0A 1O4UA 1T0OA 3LLFA 1KFKA 4LW7A 1QFEA 2A85A 3P81A 4PL2A 4AVFA 4LRTA 5G2IA 5HNRA 4E0CA 1XL9A 1VGAA 4IMDA 5D09A 4ZZ9A 3C56A 5AHMA 3HIJA 1ZHAA 4OV4A 4X2RA 3CM4A 1OF6A 3S5YA 3FKRA 1TTIA 1OFDA 3E49A 1TRDA 3M16A 1RPXA 3QSTA 3NM1A 4LVDA 3PR2A 3QM3A 5EA9A 2YYUA 1OX6A 1F74A 2Z0IA 3PB2A 3TQKA 1SW7A 4FNTA 5HR6A 4O18A 3UWUA 1K7FA 1SU5A 1KTCA 4K6AA 4WJEA 2ZZ6A 5T26A 4ZL1A 3LHYA 2RH9A 4LC6A 3WFAA 1VCVA 4OU1A 3W2NA 3GZ3A 1MZHA 3TAOA 3QF0A 4G1KA 2ISWA 2Y61A 2X1RA 3UWQA 3W7LA 4CCDA 3GXPA 3NL5A 1MO0A 3NQMA 1KM0A 1I2NA 1GEQA 3OG3A 1GT8A 1GWJA 1IGSA 1LLZA 2V8ZA 6TIMA 4JY9A 3D0CA 1LOSA 1NF7A 4NJGA 1VYPX 4U28A 3ABOA 3KVJA 2ZCGA 5D02A 4P61A 3DXIA 2YXGA 2QCDB 4LUJA 1PCKA 3W7DA 3HJZA 3W85A 4NQ1A 4GBUA 2W79A 2WQPA 3N19B 4HIBA 5HULA 4R53A 3NYZA 3TAKA 1ME9A 4HNNA 3W1AA 1A50A 2C15A 5IBXC 4EWND 3EWBX 8TIMA 2X1TA 3EWYA 1A5SA 3S5NA 5LNWA 3HG5A 3O05A 4DF0A 1W3TA 3EB2A 4AMAA 1DQXA 4RXGA 1ZFJA 4UXDA 5K2ZA 2D73A 1QPQA 4XQ6A 1L6YA 3G0SA 3Q94A 1FY6A 3WK1A 2YYTA 2ZRVA 2DZWA 1PHQA 2OMAA 2VFHA 3GVGA 1QMLA 2XN2A 4E2DA 2HTMA 4NNCA 3LERA 3NGJA 3G0XA 2ZZ2A 3DI1A 4LNYA 4GUFA 4FHAA 1AW1A 2QCHA 5KINA 2YDAA 3L67A 2BLEA 2WNQA 1VYRA 5FEWA 1Q6RA 2Z6JA 2B7OA 2C14A 3V1PA 1H1ZA 3L2IA 4A22A 1TCDA 3DGRA 4LVGA 5HWNA 1LRNA 1VH7A 4LWWA 4AF0A 2YZRA 4UNLA 3RK8A 1N7KA 4Q32A 4DF1A 4MZ8A 1OYCA 2F84A 2Y7FA 4S1FA 2A7PA 1TV8A 4O15A 2YSWA 1KTNA 4LTSA 2ZA2A 1GJPA 4UMCA 2PE4A 4O50A 3NVTA 2EPHA 5SWUA 1WOBA 1Y0EA 4JIQA 4O13A 1KBIA 2XN1A 2QJHA 3DI0A 1AL7A 3DAQA 1WOAA 3BV4A 3A5VA 2FDSA 5KMYA 4IMEA 1TPUA 1OX4A 1VS1A 3CLMA 1JCJA 1IXQA 4U4MA 1SPQA 4I7UA 4UTHA 3GDMA 3W7RA 2TMDA 3NR0A 4KWVA 1ME8A 1JUEA 2WKJA 3F1QA 4A3UA 3NOEA 4GFSA 3HGOA 3TFXA 5K7JA 2ZZ5A 5AHFA 3L68A 2RFGA 2FTPA 1VCFA 5LNRA 4FNSA 4R7JA 4NZFA 4Z1CA 1LYXA 3KRSA 3PBWA 4JY8A 1TYGA 2JKEA 3R12A 4O4WA 4RK8A 2B4GA 3NNTA 3NQGA 1OVDA 4K8EA 3WJWA 3M44A 1W54A 2NV2A 1H7WA 2NV1A 5L6UA 3W72A 5TIMA 3FIGA 4HSNA 4TU1A 1OK6A 4AWSA 3TROA 1XI3A 1MEHA 5LNUA 3UQNA 4DO5A 4QNWA 3PC0A 3NXFA 2BSLA 2A0NA 4CNPA 1JRBA 1QPOA 2E6AA 3G3DA 2Z2UA 4RR4A 2E5CA 1JCNA 1NSJA 1BWKA 4W9TA 1PL9A 5K9DA 2NX1A 1XBZA 1NAL1 2VEMA 3RU6A 2Y6ZA 1FWSA 3S6DA 2RHGA 3G0UA 4UCGA 3LHWA 1OFOA 4GRSA 3KOFA 3NA8A 3EWUA 4MFEA 1DJNA 3ZWTA 5U4NA 3ZWSA 1AG1O 3CWOX 3M0ZA 1DKWA 4QITA 5F2MA 1RQEA 5K9XA 4JR5A 1AW5A 3HPZA 1FBAA 1QCWA 3G18A 4FNUA 4HT3A 4UR7A 1K03A 5LGZA 5CZTA 4YCPA 1H50A 1DBTA 1SZGA 1MEIA 1EPXA 1QAPA 3N9SA 3O06A 1PE1A 1M5WA 2E5DA 3L66A 3KHJA 2A6LA 3PB0A 2C6QA 3B0PA 2VC6A 4Z1AA 1S5TA 2ZA3A 3GLCA 4BFAA 1W5NA 3VE7A 4Y6GA 3UZJA 3P61A 5KZMA 3GXTA 2PRHA 5HUOA 4ZVJA 1F6KA 4LVBA 4N4QA 4POCA 4O1DA 4R33A 2PRLA 1PVNA 1WA3A 3LHVA 3Q58A 2RDUA 1KA9F 1OG0A 2J9YA 1S5VA 4AAJA 3LRLA 3B03A 3E12A 4UFJA 3MO7A 4ADSA 5E93A 2ABAA 2OT0A 1IIGA 4JD4A 4O0ZA 4ZMGA 3ATZA 3CIXA 2Y7EA 1UCWA 4KFOA 4CNNA 1WDWA 1BKSA 4JNMA 3M5YA 3B06A 2YW4A 2V5LA 1ZNNA 1OX4B 3T4CA 4UIOA 3DZ1A 1QO5A 3S1VA 4LC8A 5D2WA 3TUUA 4K8HA 2VEKA 2ZZ1A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 5D8Z A;  1I2R A;  1TPE A;  1I8J A;  1JZ5 A;  3N3M A;  1CGX A;  4DZA A;  4WKH A;  1HGW A;  1DE6 A;  1ALD A;  5BMW A;  3HN3 A;  3SZ8 A;  1KV5 A;  3M6D A;  2BGQ A;  3VDC A;  3M0V A;  4LXF A;  3H2A A;  2PMQ A;  1DTN A;  4QJ4 B;  3VD9 A;  1X1Z A;  1F3T A;  3OBE A;  3GUW A;  1F76 A;  3L5M A;  2E3Z A;  3MP4 A;  2VHL A;  4RW3 A;  2PTY A;  2CBI A;  4NRR A;  3EA3 A;  1JQV A;  1KCX A;  3SN1 A;  4C65 A;  3FJ4 A;  5CCZ A;  4JFS A;  1KFW A;  4J2M A;  4IGM A;  1GZG A;  3BLE A;  1A0E A;  3UCC A;  1AQM A;  3QC0 A;  4L1W A;  2PDH A;  4M82 A;  2D2H A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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4UTMA

Total Genus

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Chain Sequence

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Chord Diagram

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