4UTT | Genus

Total Genus 88

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	88
sequence length	229
structure length	229
Chain Sequence	GSHHHHHHHMLDVVKGNLIVSCQALSDEPLHSSFIMGRMAIAAKQGGAAAIRAQGVNDINEIKEVTKLPIIGIIKRNYDDSEIYITPTMKEVDELLKTDCEMIALDATKRKRPNGENVKDLVDAIHAKGRLAMADISTLEEGIEAEKLGFDCVSTTLSGYTPYSKQSNSVDFELLEELVKTVKIPVICEGRINTPEELKKALDLGAYSAVVGGAITRPQQITKRFTDIL

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__07456305568434463__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__07456305568434463__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4UTT/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__07456305568434463__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"07456305568434463","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4UTT/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__07456305568434463__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Isomerase
source organism	Clostridium perfringens str. 13
publication title	Structural and Functional Characterization of the Clostridium Perfringens N-Acetylmannosamine-6-Phosphate 2-Epimerase Essential for the Sialic Acid Salvage Pathway. pubmed doi rcsb
molecule keywords	PUTATIVE N-ACETYLMANNOSAMINE-6-PHOSPHATE 2-EPIMERASE
total genus	88
structure length	229
sequence length	229
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 5.1.3.9: N-acylglucosamine-6-phosphate 2-epimerase.
pdb deposition date	2014-07-23

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	4uttA00

2VC6A 2QCNA 3N14A 2Y70A 2ZQ0A 4M6PA 4MZ8A 3I7SA 4TU1A 3LM7A 2EAWA 3T40A 3BLFA 3UXDA 3TROA 1LOSA 1IXQA 4UMAA 1KM6A 5FF4A 1TMHA 3IGSA 1H51A 3PVFA 3G1FA 4FNSA 4GRSA 1KM4A 1Z42A 2Y88A 4RZ5A 3EX1A 2GJNA 3AJXA 3STEA 4LC6A 1PHWA 1HO1A 4JR5A 2PRLA 4QM1A 2X2GA 4OBTA 1L6WA 3W3OA 1KFLA 4Z1DA 3QSRA 4JY9A 1L6YA 4ADUA 3LCXA 3FJLA 4U4MA 2HMCA 1YADA 3SI9A 1HL2A 2JKAA 1XL9A 1RQHA 2JK2A 1N55A 3BG3A 1GPWA 4IMDA 3HOJA 3W7IA 2Y7EA 4LNYA 1IF2A 1FWRA 1MZHA 1GVRA 4MPQA 4LV4A 3TC7A 3K30A 1QPQA 3CTLA 4AF0A 1QOQA 5EKYA 2QCDB 1JCYA 1OHLA 4O50A 1P5BA 5G5IA 5DN1A 1OFRA 1MXSA 3MYOA 4MY9A 3W74A 2YGYA 1ZALA 2QR6A 3MWAA 4UTKA 1XKYA 2CLKA 3DBPA 5F4XA 1F6PA 2A7NA 3PB0A 4HT3A 4RLIA 1JQVA 2QJHA 2NX3A 4NJJA 1G67A 3A23A 4CNPA 4RK8A 2FPVA 3PR2A 2WQPA 3G1AA 2XN1A 3TSBA 4JYEA 3FA5A 3U8GA 4GE8A 4RR4A 1VH7A 1TB3A 3IVSA 1OVDA 4K7VA 3LX9A 1HO4A 4O18A 1RPXA 1I2NA 4JICA 1VCGA 2CFFA 1G4PA 2ZRYA 5AHIA 3W6YA 1M7OA 1F2JA 2QDHA 2O7QA 1FCQA 4N2YA 4UNLA 2BLEA 2JBMA 1KFKA 3LGEA 4LVBA 3TJLA 4Z08A 4WJEA 4LVFA 3LCHA 2QCDA 3DFSA 4IPJA 2ATSA 2PURA 1MEWA 4O8RA 3THQA 4O54A 3W2NA 1CI1A 4UTTA 4FNQA 3RK8A 3EWBX 4FXRA 2Z0IA 4BI5A 1RV8A 3GB6A 2FPYA 5D2YA 1R47A 4NJKA 1V7YA 4Q33A 3OG3A 2WV8A 1I45A 3C6CA 1QWGA 4UXDA 5A5WA 2ZCGA 4A3UA 3VNDA 3GZ3A 3O6YX 3UWQA 4TX9A 3O16A 4LWWA 4JTTA 1O95A 3JRKA 4CCCA 4FEZA 4BK9A 3S8HA 5SWUA 5D2TA 4IJBA 3FJ6A 4A21A 2YPIA 4UR8A 5K7JA 1VS1A 4XKYB 4A2RA 3H55A 4KWVA 2WPBA 3W88A 5FF2A 4RV8A 2V81A 2VFDA 3MHUA 3QZEA 1ZHAA 2CZDA 5DBTA 2YFOA 1GVFA 2ZZ2A 1C8VA 5G1YA 1AW1A 1H1YA 1XFBA 4EF9A 2E68A 1WA3A 5F2MA 5FEZA 1ZAJA 2H3BA 3QW3A 2V5LA 3M7WA 3B0PA 4W9TA 1NVMA 3PM6A 3W1MA 1KLZA 4ADTA 2UV8G 4ALDA 5H91A 2Z6JA 3NR0A 1VCFA 1ICQA 4DPQA 4PC8A 2XFWA 2RDUA 3B04A 3KRUA 4JX6A 3MP3A 3C2EA 1Q6QA 1LTDA 4N4PA 1QO5A 4EVZA 1S3HA 3SSJA 3HQ1A 3W76A 3W7PA 3HGRA 1R2SA 1KBIA 1LOLA 2ZRVA 3SGUA 3I6RA 1SR9A 2FLIA 5CZTA 3FYPA 2WNNA 1FCUA 5AYZA 3M9YA 4XKYA 1Z41A 3T78A 4TMBA 3G1DA 1O5XA 4O0ZA 1OJXA 4FNTA 2E5CA 5CGQA 4WD0A 4WOQA 4CQ8A 5AC6A 2ISSA 2CLMA 3W83A 2VOMA 1PV8A 3L0GA 4JY8A 1PS9A 4E0CA 5AFDA 4JYFA 1RQEA 4FF7A 3CIWA 4MJMA 3KRZA 1ZNNA 4LRTA 2ZZ6A 3WJWA 1I2RA 3NOEA 1OK4A 2NXGA 1BEUA 2YXGA 1T8XA 2EKCA 4XBSA 4GUHA 1W5QA 3A5VA 1NF7A 2ABAA 4HHPA 4AXKA 2V2DA 1UUOA 1ZENA 2H6RA 5D33A 1F5ZA 1SW3A 4I7UA 3A24A 4GBUA 3W75A 3MI2A 2Y63A 4UTWA 2PCQA 1WQ5A 3MP5A 3F03K 3U6WA 4LS2A 3V75A 1YXCA 3WJZA 1Q6LA 4ZQPA 5G2WA 4UNKA 1FQ0A 2Q8LA 2V30A 2IQTA 3NQEA 1WYIA 2Y6ZA 2QAPA 4N02A 2EHHA 1ZCOA 3W7OA 1JCNA 2BWGA 2E6YA 3BW4A 5HWNA 1FBAA 1BWLA 5C55A 3LDVA 2VFFA 5HJLA 1LBLA 4Q32A 3I65A 4NNBA 1EUAA 5EBUA 2CW6A 5TQLA 2B7OA 1FWNA 1LZOA 2X1UA 5DXYA 4BI7A 2F84A 2OMAA 4RCXA 2C19A 1Q6RA 3L21A 1XBVA 3BGJA 4Z0JA 2FB3A 2PRMA 3INPA 1BWKA 2R94A 3E0IA 3SJ3A 5I3GA 1NSJA 3L0KA 4WQ6A 4CNNA 3BPWA 3LTPA 1J5TA 3PS7A 5IM51 3IVUA 3LCGA 2WNQA 3NQ6A 5EYWA 5DLCA 3G0XA 3LERA 5AHNA 3R13A 3P67A 1TJPA 1ME9A 1P4CA 5D03A 1RQBA 3EWXA 3HGOA 2QCCA 3W7HA 1OFDA 2ZZ3A 5K9CA 3R12A 3LXCA 1G4SA 2HSAA 2V2HA 3NQMA 3W7RA 3BARA 1W1ZA 4ZZ9A 4FB7A 4NQ1A 1AL8A 2DJLA 4A29A 3DH7A 3G18A 2AQWA 1F6KA 2RDWA 2VEKA 4LTSA 1H7XA 1VLIA 3GK0A 1L2UA 5C5YA 1JCMP 1QPNA 1H7WA 1PCKA 1TO3A 5H2ZA 3EWWA 3O1NA 4BI6A 1K8XA 3O63A 2GOUA 1YDOA 1F74A 4PH6A 2ZTJA 3W85A 3MBDA 1SW7A 1EPXA 4N6EA 3MI6A 3NPXA 2DZSA 4K37A 1FDJA 1G7VA 1QPOA 5KZMA 3MP4A 1F05A 4O17A 5F2IA 5D30A 1ME7A 2TYSA 4H3DA 5FESA 3DI1A 3GR8A 2ZTKA 3NL3A 1YDVA 3IIXA 4DO6A 5AHLA 7TIMA 4A2SA 3TNOA 2YX0A 5BMWA 3YPIA 1X7FA 1W56A 1DQWA 3NQDA 2VEIA 3TXVA 1QDSA 1W0MA 3NDOA 1TPDA 5TBOA 4UTIA 2DJXA 3W7MA 5LHEA 5BNKA 1LBFA 4BWLA 3HMJG 1Z44A 1OYAA 2WKJA 1EP3A 3WK1A 4XTIA 4IMCA 5LNUA 1JQXA 3G1XA 1B4KA 1E51A 1VGAA 2V82A 4WXYA 3G0SA 3MMTA 3LBMA 1VZWA 1IXOA 3N19B 1PL9A 4O15A 3CQ0A 3TCEA 1EP1A 1KTNA 4E38A 1SSGA 3EWYA 3CIXA 4Y9AA 2W0UA 3GR7A 1P0NA 4UFIA 2Q3RA 3W7NA 5F4SA 1LCOA 3EX2A 1A50A 3EX6A 1YYAA 1YXDA 1WX0A 5AHEA 4YCOA 1VHNA 4ADSA 1DOSA 5HR6A 1OYBA 2PC4A 5U4NA 1AW2A 3M44A 4JDYA 1MSSA 4RX0A 3ABQA 4XWUA 3G3DA 3C4UA 3W07A 3M16A 4NUWA 4O14A 3B06A 4MLRA 3PULA 4AEOA 3CWOX 4IOTA 5HR7A 4XUGA 4JN6A 4MOZA 3BV4A 3P82A 4WOZA 3C52A 1L6SA 1EX5A 4IUOA 1FY6A 2G96A 3LLDA 5LNVA 1K8YA 1SFLA 1QMLA 3LV5A 4I7VA 3W71A 1Q3NA 4UC5A 4E2BA 5BRBA 2TMDA 3HG5A 3NG3A 5CPLA 3CLMA 5D2WA 1MO0A 1KFJA 1OF6A 4QQ3A 2EPHA 4LOCA 2A0NA 5LNSA 3PC0A 1KV5A 4O11A 2VFEA 3NM3A 4N9EA 3QJAA 3P60A 2CZFA 3NPWA 4A22A 2A85A 5FF0A 3LCFA 3BW2A 1OX4B 2OT1A 5KINA 1QAPA 3P5YA 1O60A 3TAKA 1GEQA 3C2OA 3S9YA 4E2DA 3NM1A 2QCMA 4LV9A 1PE1A 1H7OA 3GNDA 3HPZA 5ABTA 1IIHA 3E12A 3T7VA 1B4EA 3NQAA 3LRMA 3NZRA 5D38A 3O6DA 3PBVA 3NVTA 4LU0A 3RF9A 1GG0A 3GXPA 1H5YA 2NX9A 2JKEA 3E49A 3JR2A 4RXGA 2NV2A 3DHDA 2CLEA 4GC4A 1QO2A 2QEZA 3NPUA 5D32A 4GUFA 4AHPA 2J9YA 5EY5A 2XN0A 3H54A 3S5NA 2V0TA 2YDAA 3R89A 3PAJA 2VEMA 1VC4A 3N9SA 4IX0A 1W5MA 3M47A 3KVKA 4NZFA 4Y6GA 1TSIA 1EWEA 4O13A 2DZVA 2GVLA 1LP6A 3BO9A 5CPOA 3NEVA 3W1UA 3PG9A 4QSHA 1DORA 2DZTA 4AWSA 4S2BA 3B8DA 1BTMA 4PCFA 4FXSA 1OX4A 1R46A 3QMSA 3SGZA 3N9RA 3L5AA 4CQAA 2GQ9A 1P1XA 1YPIA 1W37A 1C29A 3EXSA 2Y7DA 2CWNA 1X1ZA 3NQVA 3SY5A 3T44A 3P7YA 4POCA 1TCDA 1WAUA 3GLCA 4GWEA 3UWYA 2WNZA 1VYSX 3PBUA 3B0UX 4JIPA 1M5WA 4CNOA 1QCWA 3NL5A 5C6MA 4AWTA 2B7NA 1M7PA 3TA6A 2V9DA 3STFA 3RMJA 3TR2A 2NV1A 1M6JA 5BOOA 3S1VA 1XCFA 3M5ZA 1S5VA 2GJLA 4QNWA 2VFHA 1VYRA 3EWUA 3TE9A 4LT9A 2ZA1A 5LGXA 1ML1A 3I7QA 1N7KA 5BW6A 1FWSA 3WK0A 3PWAA 2NWRA 4NJGA 3IEBA 3HGJA 4JX4A 1FWTA 3M5YA 3M5VA 3GDKA 2V2CA 1A5BA 3HG3A 1W3NA 2QUUA 3OVRA 1ZJIA 4GXMA 5LZLA 3QSTA 2E77A 5J5RA 2RH9A 4YCPA 5K2ZA 1TPFA 5U7SA 3L5MA 2ZZ4A 3L9CA 3L5LA 4MYAA 2ZRZA 3GDLA 4BFAA 1DQXA 5AHMA 1TTIA 3TDFA 3KVLA 3F4WA 3P62A 1OX6A 1H7NA 2BSLA 4WUIA 1OFEA 1IXNA 2NUYA 3LBCA 4P61A 3UZJA 3TMLA 5HWJA 4DF2A 1SO4A 4XBKA 4JYDA 4Z1AA 2A7PA 1JCXA 4JIQA 2A5HA 1YTEA 4PL2A 5DY3A 1X6UA 4I9AA 4JTHA 1RZMA 2E5DA 3USBA 3DHFA 3T55A 2ZZ7A 3FEMA 1WOBA 3W2MA 3KVMA 4UMCA 1H1ZA 4MFDA 1XBZA 3NGJA 4EIVA 2YYTA 4ZQMA 4WX2A 1FDZA 3TH6A 5CPNA 1TPUA 3BVJA 1LLZA 5D2VA 3T4CA 3TFCA 4KKXA 3HB9A 1GOXA 3C2RA 1OFBA 2RFGA 4HPXA 1TYGA 3P74A 1TRDA 3STGA 3TFXA 3O6CA 1SZEA 3DZ1A 2E1DA 4L4LA 3ZR4A 2A4AA 1ZAIA 3LCLA 3EXRA 3OHIA 3TSMA 1J2WA 1DHPA 3WJXA 1RR2A 4RZ6A 1O4UA 4PFMA 4UTTC 2W79A 4YLWA 3RLUA 1U83A 1KFEA 2JGQA 3UPBA 5G4WA 4O4VA 4TR9A 2Z2UA 1Y0EA 5IBXA 4QJ1A 3UWVA 3W70A 3W1LA 1K3UA 2EF9A 3HG4A 4RKAA 3TW6A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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4UTTA

Total Genus

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Chain Sequence

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