4W87 | Genus

Total Genus 146

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	146
sequence length	339
structure length	339
Chain Sequence	DRSRVFDILSNINIGWNLGNTLDATGGGNSVNAETSWGNPKTTQEIVDTVNDRGFNAIRIPVTFANHLGPAPEYTISADWLARVKEVVDYAVNDGMYIILDTHHETNYWLKTDPNNEAALCEELAAIWKQLAEAFKDYDEKLMFEGMNEPRMAGSAKEWSGGTPAERKLINAMNKAFIDAVRATGGNNADRVLIICTYGHNSDEPTLKDLEIPSDPNIAVALHTYTPYFFTYVADGSYSVWNGSKKNDITWQYNNIKKYLIDKGIPVVITETGAQFKENTEDIVRWIGDYVGTLDQDGVKCFIWDNNIYHGNGEKFGLLNRSLLKWYNDDIVDAYVNHA

Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__118715245813232__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__118715245813232__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4W87/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__118715245813232__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"118715245813232","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4W87/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__118715245813232__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
source organism	Uncultured bacterium
publication title	Structural Basis for Xyloglucan Specificity and alpha-d-Xylp(1 6)-d-Glcp Recognition at the -1 Subsite within the GH5 Family. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Xyloglucan-specific endo-beta-1,4-glucanase
total genus	146
structure length	339
sequence length	339
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 3.2.1.151: Xyloglucan-specific endo-beta-1,4-glucanase.
pdb deposition date	2014-08-22

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00150	Cellulase	Cellulase (glycosyl hydrolase family 5)

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	4w87A00

3NUKA 3BCDA 2C0HA 4LX4A 1B9ZA 1W9DM 3L4ZA 1SMDA 4W93A 1OGBA 2BVYA 4AISA 2DT2A 3MMDA 4UZUA 1H11A 3WD4A 3MSGA 3CUGA 3K4DA 3PZNA 4MPKA 2BHZA 3T08A 2J78A 2CPUA 4ACYA 3PZQA 1R8LA 2G41A 3CUIA 5GQBA 3AZTA 1JD7A 3NSNA 4AC1X 2WKGA 1VEMA 4D6JA 1DEDA 5HDRA 5HXMA 1KFWA 3EBVA 1MXGA 2XHYA 3PZIA 4AEFA 2ZWZA 2YL6A 2VNCA 3WDQA 4WIWA 1CXIA 4F66A 3CLWA 1RD6A 3VPLA 1W9VA 3OZOA 1NP2A 2EEXA 4WKHA 1F4HA 1HJWA 1CDGA 4P7OA 1LG1A 3AIRA 3TP4A 2D2OA 2PBOA 4CU6A 3ZT7A 5M3WA 3ZJ8A 4IPNB 4B9YA 4YPJA 2VCBA 1K9FA 2VQTA 2GDVA 1LJYA 1AVAA 1V0MA 4E8CA 5E0FA 4WKFA 5A6BD 3OGSA 1C8XA 4KRUA 1EA9C 1XYFA 4IM4A 1PX4A 1KCLA 3UETA 2DSKA 1EO5A 3WQ8A 4GPNA 5FKYA 2J74A 1NH6A 1CEOA 1OWQA 1ZJAA 3WDJA 2O9OA 1W9UA 1E40A 1SMAA 1C93A 4ZEPA 3AICA 5BRQA 1GHRA 1J0IA 5M03A 4ACZB 5BXSA 2JFEX 3VD9A 3BMWA 3WFLA 3BAKA 4FLQA 2UY2A 3MUZ1 2E8YA 3NSMA 3POCA 4QP0A 5IFTA 3ALGA 3ARYA 2GJPA 4JHOA 3ZQ9A 5IDIA 1HKMA 4BQ4A 3QR3A 3A6OA 3AYSA 1U2YA 3WBAA 2VCAA 2VQUA 3WH5A 6A3HA 3SCPA 1H49A 1BTCA 2VRJA 4PUDA 2CETA 2WWCA 5LA2A 1UR2A 2CHNA 2NW0A 3APGA 1ZS2A 1FHDA 1KWKA 1OB0A 4PN2A 1P6WA 1TG7A 2ZUNA 1V6VA 3U5YA 5I79A 4C7GA 2BXZA 4ZXLA 2V3EA 3VILA 1EQPA 5D8ZA 1VB9A 4QLKA 4FK9A 3AMDA 3VGHA 1CECA 2XFYA 4M1RA 3UG3A 2YDSA 2G8ZA 5ABEA 4JHZA 5I6SA 1HX0A 3KL3A 1UOKA 4P8VA 3MUY1 4X0NA 2JEQA 1JAEA 1E0XA 5E9AA 1UR1A 1M7XA 5F7UA 3T2PA 3ECQA 3WDRA 4MAVA 1EO7A 3KE0A 3WH8A 2ZUSA 3CH9A 1E6SM 1TVPA 1SFSA 1R86A 3L4TA 2WBKA 4DWSD 1TCMA 3EDJA 4UQAA 4OZOA 4TUFA 4UQDA 3ARQA 3ZO9A 4HOZA 1EOKA 4HA4A 5A2BA 3LPOA 2YOCA 4TX8A 3WH7A 1NQ6A 2XG9A 3L4XA 1GOMA 5A3HA 2E40A 2A3BA 1ISWA 4MJ4A 3ARUA 1DHKA 1E71M 2ZXDA 1Q6FA 4MNMA 1OCQA 4XZWA 1QNQA 5EBAA 4GZIA 4M56A 1A47A 1UH3A 2NT1A 1HJQA 2OWXA 4MTVA 4HPGA 1F4AA 1PPIA 4PMRA 3OLEA 1MWOA 1AMYA 4LXFA 3WD0A 3TOPA 4W7VA 2V3GA 4N0RA 2ZX7A 2Z1KA 3SUUA 5A69A 2DQXA 3K4AA 4KWUA 2FGZA 3AS1A 1GOWA 3FXYA 3NIYA 1UKPA 4P7RA 3ZR6A 3CZKA 2J7FA 2Y8VA 1Q6CA 2WLYA 1H41A 1W3LA 1BG9A 2VURA 3RCNA 1GOQA 2VJXA 1E5JA 4ML4A 1FOBA 2D0GA 2XFRA 1JZ7A 2GDUA 1MQQA 2NSXA 2V3FA 1JDAA 4W5UA 1HVQA 2ZWYA 3VIOA 1C91A 2GUYA 3F5KA 4IISA 1FFQA 2WWDA 1JIBA 1BVNP 4AIUA 5GPRA 2ZXAA 3WDIA 4U5IA 1VBUA 2AAAA 3N12A 2XVLA 2WMHA 3EMZA 3MV01 5JBDA 3WFZA 4HU8A 4UQEA 1CIUA 1UD6A 1RP9A 2DSZA 4OBSA 4ACZA 2EPOA 3WY1A 1EXPA 3W82A 4U33A 1LQ0A 2ZXBA 3OGVA 5I2UA 5EMYA 4Q22A 3A47A 4ATLA 4A4AA 1QI5A 5CZKA 3W53A 3OGRA 2G3MA 2F61A 1E3XA 4LQ1A 1GQKA 2OWCA 5ABHA 3MV11 4B3LA 3VO0A 4PMVA 1QVBA 3AYRA 1JZ3A 3BLPX 1W9PA 1LL7A 5IHSA 3AS2A 4AIOA 3AIVA 4JAWA 4YHEA 3HN3A 5CQ1A 4UFJA 3N1AA 1D7FA 2X8RA 4F79A 3VMPA 3WQVA 1JFXA 3T0DA 2XTKA 2EQDA 1EOMA 1LLOA 1RP8A 2D20A 1MW3A 3T2QA 4A3HA 1UZ4A 2VO5A 5AY7A 1TUXA 1TFVA 3FAXA 2YBTA 4W88A 3S2CA 3G6MA 4D1JA 1ECEA 4AZ5A 3GTNA 4IPLA 3L4YA 3VIGA 1MW2A 4E2OA 1UQZA 3GNRA 1C8QA 4WSKA 1D3CA 5D9PA 5IXEA 3T09A 3OLDA 3GXDA 1V02A 3EDEA 3FN9A 3OB8A 4AZHA 1QW9A 3ALFA 4PRWA 4J7RA 5AYBA 3VIJA 1ZL1A 1GZJA 5GNYA 1W91A 2GFTA 3GBEA 1B3YA 3ZT5A 4OJYA 3GNPA 3CZLA 3VIPA 1GW1A 3ZSTA 1GOKA 1J18A 2O9TA 1E55A 4M24A 1G1YA 1WDPA 3CZ8A 2PWEA 4D6CA 5I5RA 4DUWA 1HJUA 3VOCA 3F5LA 3W27A 1K9EA 1JF6A 2XIIA 1BAGA 3OZPA 3WNLA 1UKSA 2WNWA 4WKAA 2V5CA 1PJ9A 3CHEA 3RM4A 3WF0A 3L4UA 1V02E 4UZSA 1Q6GA 2A3CA 4U31A 2BHYA 1KGXA 1JZ6A 1AQMA 1VEOA 3AJ7A 1PIGA 1UWIA 4CU8A 1JYNA 1J9YA 4CCCA 4H41A 5JBFA 4XV0A 3W81A 2WYSA 1UZ1A 1GQJA 3WH9A 4UNIA 1KXQA 3WL1A 1E6XM 4D6HA 1WB0A 5ABFA 5I3DA 4LGXA 5FD0A 1UUQA 1JZ8A 1B3ZA 2E0PA 3WQ6A 3WUFA 4PEEA 3MANA 2D0HA 9CGTA 4P8WA 3FAWA 4DM2A 4AWEA 2XGBA 1X6LA 2WVTA 1WDRA 3WF2A 2OWWA 4D6EA 3VGDA 1GOOA 2OSXA 2ZUVA 1JAKA 1HJXA 2VX4A 4CCDA 4JIEA 1V3MA 4ZE5A 3CZGA 4ZFMA 4M80A 1B90A 5KEZA 3SURA 1H5VA 1PEZA 1OIMA 4PMZA 4BQ5A 1HKKA 4R27A 3OG2A 1EDQA 3WNOA 4CN4A 4E8DA 5C71A 4P7NA 2ZUUA 4EANA 1R7AA 1UWRA 2PB1A 1I1WA 2JE8A 5A6MA 1JNEA 1BGAA 4CUCA 2PWHA 3QGVA 1UD2A 1QW8A 4KGLA 2G3NA 4MNJA 1S46A 5A8NA 2WHKA 5IHRA 2G3IA 1QBBA 4CU7A 3SCVA 3M07A 4TOQA 4W89A 1V3KA 3WMCA 5A6JA 4E4PA 4PMQA 3U5UA 1HNYA 3AXHA 4W5ZA 1XGZA 5BROA 4PTXA 3FY1A 3K1DA 4YN5A 3TTOA 2XVGA 2B31A 1KXHA 4MB1A 4J3XA 4H8UA 2W63A 1FHLA 1DWJM 4LYRA 2EBNA 3GM8A 1E9LA 3MU7A 2CBUA 2WCAA 1CENA 2J7BA 4QCFA 1UWSA 3MS8A 1HVXA 4AZBA 4JFUA 1J12A 5E70A 2E8ZA 4OKDA 2J75A 4W8AA 4HMDA 1XV8A 3ARXA 4MDOA 1QI4A 1UR0A 1BYCA 3AHXA 1GQIA 1WCGA 2XIBA 3BXWA 3WENA 1X6NA 2DH3A 3N11A 3L4VA 1LL6A 4CD5A 1GUVA 1MYRA 2D3NA 3B9DA 3NJ3A 1MQRA 1UWQA 2CBJA 4AD0A 5BYWA 4TVCA 1JDDA 4H7VA 3VDBA 2WB5A 1ITCA 3OLGA 5E6ZA 1WNOA 1XSIA 5GNXA 2VRQA 3DYPA 4RE3A 1M53A 5LA0A 2W92A 1HF6A 3VIFA 1V3HA 2BVDA 1WO2A 4PMNA 3VVGA 1OM0A 3B9AA 5DMYA 1J11A 1NOFA 1QOXA 2FH8A 1KWGA 4JFSA 4EKJA 5HPOA 2WMFA 4M8UA 5FOOA 1CXFA 3AQUA 2C7FA 2IXUA 2X0YA 4U2YA 4Y7EA 4CKQA 1QNSA 4PMXA 2J7GA 4PTVA 4MNKA 1W1VA 5BRPA 5FL0A 3VD5A 5CJ5A 2WSPA 3CBWA 4J3WA 4BS0A 2BFGA 4UFKA 3VIIA 2BV9A 2EO7A 2PBGA 2EJ1A 1HT6A 5CLTA 1GORA 1TA3B 1V6UA 3ZJKA 3GXIA 2V38A 5ECUA 4P8UA 4HOXA 3GZAA 1DWGM 2WCGA 2W62A 1ODUA 3NDYA 2OSYA 2WC4A 1EIBA 1JDCA 3W4RA 4PTMA 1E73M 5JIPA 1H4PA 1QBAA 2CCRA 2QMKA 5A95A 1VIWA 1C92A 1HKIA 5C70A 4W87A 4JFTA 3UG5A 2ZUWA 1E1EA 5BWFA 1Q6DA 2WMKA 1HKJA 2XJ7A 4ZXOA 3U7VA 1US2A 4BQ2A 1EH9A 1UD4A 3AMCA 3IJ7A 3BMVA 5A8OA 2TAAA 3MO4A 1V6YA 3MUAA 2FDMA 3ZOAA 2YBUA 4GQRA 4TVDA 1KGWA 2VTFA 1H09A 3K8KA 1E56A 2DSUA 4CGTA 1V6WA 4UOJA 5A1AA 1G5AA 3ARZA 1K9TA 2BXYA 1YHTA 1MXDA 2Q8XA 3AOFA 1GVIA 1MW1A 2D3LA 1TVNA 3OA5A 2AMGA 1ESWA 1VFFA 1IV8A 1FA2A 2VX5A 3SCNA 4MNLA 5DEZA 3K8LA 3VINA 4MB5A 2EXOA 2XPKA 1E0WA 1OT2A 4M29A 4OOUA 3PZ9A 3RJYA 3JUGA 4KH2A 4WF7A 2ZX6A 1X1NA 4FF5A 4D6DA 3IJ9A 3VD4A 1RH9A 3WSUA 1KCKA 3HU7A 3SUVA 1AQ0A 3BAJA 3FHQA 3VDAA 3B9EA 4S3KA 3PZOA 3UEQA 1ZU8A 2OSWA 4B15A 3ZR5A 1W1PA 4EAMA 5A6SA 1UG6A 1XC6A 3QHMA 1GPFA 1US3A 3D5HA 4AD5A 3AFBA 2RGLA 1O7AA 2UY3A 3A4XA 1J0HA 3BAIA 3U7BA 2WBGA 3AI0A 3L4WA 2E4TA 1EDTA 4DWSC 1E6QM 2YIHA 1JG9A 1PZ2A 2BS9A 3VTRA 3WMSA 2ZX9A 4U3AA 3I3EA 1KR0A 2YDRA 1ITXA 3L2MA 1KB3A 3TTQA 2CBIA 3BSHA 4XX6A 1ISZA 4HTYA 3SCSA 4JKKA 2ZOXA 1GHSA 3AZSA 3CMJA 3FNDA 3AXXA 4MJ2A 5ABFB 2XSAA 3VMOA 1PBGA 4WJXA 5DFAA 1J10A 2VZOA 4M81A 3VGEA 1E5NA 2JALA 3EMQA 1ISYA 2G4FA 2NT0A 3WMBA 3GH4A 1E43A 1E15A 1JZ4A 3GBDA 2J4GA 2HVMA 3BAYA 2XYLA 1V08A 5A8MA 1K6AA 4J3UA 2CKRA 2MANA 4D71A 1ZBVA 4DUVA 5I23A 1DWFM 3GH7A 4AY1A 2VL4A 1WP6A 2WC7A 1IT0A 3K46A 2OYLA 1LWJA 5HBFA 1BHGA 4AD1A 1L8NA 2D24A 3PZUA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1LRN A;  1P6B A;  4LVD A;  1TZZ A;  1QAS A;  2BLE A;  4LX4 A;  4IPP A;  2Y7G A;  4W93 A;  3LY0 A;  5HK4 A;  2BVY A;  3E12 A;  3MSY A;  3F4W A;  3RU6 A;  1XQL A;  4GH3 A;  2HDJ A;  5IM5 1;  3MSG A;  4ORM A;  3CUG A;  3K4D A;  1UZD A;  2BHZ A;  1AH4 A;  4JTL A;  2CPU A;  4J4K A;  3VCN A;  4ACY A;  2G4J A;  1QOQ A;  1R8L A;  1GKR A;  2WKG A;  4EPB C;  5HDR A;  1KFW A;  2HEJ A;  2Q01 A;  1F8I A;  2ZWZ A;  3DGB A;  1F6P A;  2I16 A;  1NJJ A;  5HAN A;  3DEN A;  1RD6 A;  3OZO A;  3W1X A;  1A5O C;  3HFT A;  3NQM A;  4P7O A;  2J66 A;  1V8E A;  3AAM A;  1KV8 A;  1OYC A;  3AIR A;  3TP4 A;  2ZTK A;  4CU6 A;  2OT0 A;  4XBJ A;  2I1O A;  3T1G A;  2YCL B;  3NQ8 A;  4IXH A;  1UZH A;  3ZJ8 A;  4IPN B;  4YPJ A;  2VCB A;  4JTT A;  1Q2R A;  1AVA A;  3C4U A;  4ORI A;  4E8C A;  1TTQ A;  5E0F A;  1VFS A;  5A6B D;  1ONE A;  3CWH A;  1C8X A;  4KRU A;  3UD6 A;  2WM1 A;  4NNB A;  3BOF A;  3WQ8 A;  4GPN A;  1ECQ A;  3CQK A;  1L2Q A;  1NH6 A;  2PDF A;  2ZZ7 A;  1OWQ A;  1ZJA A;  3HG2 A;  1FQ0 A;  3QR0 A;  2O9O A;  1H7X A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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4W87A

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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