4W8B | Genus

Total Genus 157

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	157
sequence length	386
structure length	386
Chain Sequence	KDAQAIAKDMYPGWNLGNTLEATGSGLDAETSWQPTLTTQQIIDAVKAAGFKSVRIPCSWDIHSDSNGEIDAQWMARVKQVVNYCINDGIYVVLNDHWDNGWIEVLGFSKSSSSYQAVDEATITSKITRLKDLWTQIANEFKDYDEHLLFAGLNEPFQEYSLFSGHHEELTPILCRYNQAFVEAVRATGGNNAQRTLVVQGPSTNINSSVNYMTADKLPETAGRLMVEVHYYDPGQFCGTFDASGDNAFYFWGAANHSTDHNATYGEEAYMLSQFGLLKTAYTSLGYPVIIGEYAALQRTISGDQNKHNASVKYFYQCVNEYATNNGIIAFAWDTNDTNGLNSEGGSSTIIDRANSAVVGNNAMEGVKAGVAAGKWPFLEHHHHHH

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__873011779733756__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__873011779733756__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/4W8B/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__873011779733756__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"873011779733756","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/4W8B/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__873011779733756__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d00bc0529f7b62267dd6382/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d00bc0529f7b62267dd6382/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d00bc0529f7b62267dd6382/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d00bc0529f7b62267dd6382/pdb.gz): 431 ms

reading 386 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

386 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 28 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:385});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
source organism	Uncultured bacterium
publication title	Structural Basis for Xyloglucan Specificity and alpha-d-Xylp(1 6)-d-Glcp Recognition at the -1 Subsite within the GH5 Family. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Exo-xyloglucanase
total genus	157
structure length	386
sequence length	386
ec nomenclature
pdb deposition date	2014-08-22

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00150	Cellulase	Cellulase (glycosyl hydrolase family 5)

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	4w8bA00

1OGBA 4PYSA 1QW9A 4PMXA 2PBGA 2XFFA 2WC4A 1OSEA 4CVUA 2XVNA 2QMJA 1JD9A 4PBGA 5BYWA 2EBNA 3U5UA 3WDQA 3DC0A 1HKMA 5LA0A 3L2MA 2JFEX 4MB1A 4TUFA 1V6WA 3GM8A 1V0NA 1UG6A 1NQ6A 4JHOA 5FL0A 3FY1A 1UKPA 4CUCA 2O9RA 4Q7NA 2EPLX 3CGTA 3HN3A 3AHXA 4HOZA 3VIFA 1W3JA 1MW0A 2D1ZA 4PTXA 3IJ9A 3N1AA 3O2LA 2CIPA 4J3SA 6CGTA 2WANA 4Q22A 4MB3A 2VZUA 1UD4A 1OINA 4QLLA 1B90A 2BY3A 1MXDA 3NUKA 2GDUA 3OLEA 3A6OA 1QHOA 3ARUA 3MS8A 4RE4A 3RM8A 4GKLA 4U2YA 1KGXA 3AIBA 3AZRA 4V2XA 1LWHA 3VGEA 3LPFA 2VTFA 2Y2WA 4L4OA 1K9DA 2EO7A 1E6ZA 2V5CA 4PMVA 2XWDA 4AZGA 4UTFA 4MPKA 1E56A 1C90A 3WL1A 1H49A 1GQJA 4D1IA 2G3IA 4YHEA 2CXGA 1CENA 1DWHM 4B16A 1S46A 1GZJA 2G41A 1H41A 4KRUA 3G6LA 4UQ9A 4GZEA 1W9DM 5I6SA 4UZSA 3KL0A 4P7OA 1R7OA 1BVNP 3AHTA 3CZGA 1OGSA 1XCWA 4JIEA 3L2LA 5IFPA 3BLKA 4URIA 5GNYA 5AYIA 4AIEA 1GW1A 2TAAA 3TTYA 4JFUA 2V3DA 1GQIA 4DWSD 1JZ3A 4P7LA 4MJ2A 1E4IA 3WH6A 4E4PA 3O6AA 2Z1SA 2VC9A 3W4RA 5AY7A 1N82A 4W93A 1ZBWA 2YOCA 5CXPA 3BAIA 1HKKA 2JF6A 4PTMA 3B8SA 4R27A 2EQDA 2CETA 2D2OA 3AIEA 1NH6A 3CTTA 4TTGA 4W8AA 4MTVA 3WFZA 2WHMA 1W2VA 1J0YA 2V38A 1D3CA 1SMDA 2G8ZA 3WQWA 4DUXA 3EBVA 3ALFA 3GXFA 3A3HA 1QNOA 1W9VA 4CD5A 1FHDA 4WF7A 3WQ6A 1TA3B 3SCPA 3AMDA 2OWWA 3OGRA 1US3A 3ZJKA 1VEMA 4MADA 2DIJA 2VCCA 4WSJA 1BYCA 5DO8A 3RCNA 1BF2A 1J10A 2VVSA 2BFGA 3WNNA 1UR4A 2CNCA 2NSXA 3UCQA 4KGLA 3LMYA 4ZXLA 1B9ZA 2GK1A 3LPOA 2WBKA 3NSXA 2BHUA 1QNPA 5BCAA 4WK9A 5FOOA 1C92A 3EDJA 1E15A 2XGIA 3BMVA 4AZ6A 1F4AA 2D0GA 2WM0A 3UETA 4AISA 3WL0A 3AS0A 2YDSA 1E4LA 4HPHA 2J7CA 3L4XA 1OGGA 1JXJA 4Y7EA 1C91A 4HMEA 2GJXA 3OLDA 3MSDA 3WNKA 2UY2A 3VIHA 1VBUA 3NDZA 2XG9A 3J7HA 3EDDA 2XIIA 1PJ9A 4X0VA 3WUFA 5CJ5A 2WAGA 4GINA 2VX7A 3FAWA 5CLWA 4JHZA 3F5LA 3EDFA 1NARA 1XH2A 4MDPA 5C71A 1JYNA 3WDRA 1PX3A 5CPSA 2BV9A 2WCSA 1R8LA 1FH8A 3AJ7A 4UFMA 5JIPA 3D5HA 1CXIA 4W84A 1V3MA 3D3AA 1ECEA 2XVKA 1HJUA 7CGTA 2OWCA 1C8YA 3HJEA 4V27A 1QNQA 3AMKA 1Q6EA 2W66A 3PZMA 4W7VA 3CO4A 2ZXQA 1H1NA 2YA1A 4YN5A 2DSKA 1V02A 1CYGA 3WNMA 1UD2A 2G3MA 3POHA 2J7BA 4F79A 1A47A 3WH8A 2VQTA 3BAXA 2WMIA 2X1IA 5I78A 2DSZA 1CXEA 5E6YA 3PZUA 1E3XA 3OA5A 3A47A 3ZSSA 2WC7A 3QR3A 5CGMA 3WF4A 4IPLA 3VO0A 3WUBA 1R87A 4M29A 4TXEA 4PMYA 5GNXA 2A3AA 4HU8A 3WUGA 5IHRA 2XWEA 4MB5A 4DWSA 3QHNA 4HA1A 5KEZA 1RPKA 4U3AA 1PZ3A 3WNPA 2A3BA 3T09A 3TOPA 3ZIZA 5A6MA 3CUHA 1C3FA 4MAZA 4FLQA 4D6IA 1UWRA 4OOUA 5JBEA 1GUVA 1LG1A 2J74A 5A6BD 1DWAM 3LPPA 3VDCA 2WXDM 2WWCA 1FFQA 3AMGA 4GO9A 1ESWA 1DWIM 2CCRA 1JF5A 2ZUTA 1B3WA 3GYCA 3ZT6A 4XZBA 2WHLA 1JZ8A 1US2A 4JFSA 4JKMA 1VB9A 1JDCA 1UA7A 1B30A 4MAVA 1G1YA 3TTSA 3ZM8A 1E72M 2CKRA 3WSUA 3CUFA 1M04A 4AD3A 5GNZA 2G3JA 3M46A 1V6XA 4OBRA 2VR4A 5HXMA 4TOQA 3SUWA 3GNRA 4DM2A 4XV0A 2Y24A 3W6LA 2YDQA 1MQQA 2VQUA 2PWFA 4HOWA 1WPCA 1DWFM 1XYFA 1UZ1A 4PMDA 1O6IA 4FMVA 1FA2A 3ZOAA 1JD7A 2C8NA 2PB1A 4AWEA 5A6KA 1KR1A 1V3KA 6A3HA 8CGTA 1UD3A 1DTUA 1GOQA 2ZUWA 3NSNA 2QMKA 4RL3A 4DUVA 3I3DA 1E5JA 1E6RA 1HJQA 1CGVA 1JDAA 4ZXOA 2ZX5A 4M8UA 5D8ZA 4UOZA 3W38A 5E0CA 2PWGA 3SCQA 1V0LA 4D1JA 4P8VA 1MFUA 1VFFA 2GJRA 1GOMA 1ODZA 1UWTA 1KXVA 2BY0A 1OIMA 3KE0A 1ZB5A 3AIUA 3SURA 2WVTA 4CD7A 4BZYA 3WY1A 2OYKA 3AI0A 1E9LA 3UG5A 1HVXA 1W9PA 1CGTA 3EDKA 5D4YA 3RILA 5A8OA 4UFIA 4PMRA 4M56A 1EO7A 1ITXA 1WP6A 4QLJA 1DP0A 1V0KA 3VTRA 5A8PA 1X6NA 3MMWA 3MO4A 5I77A 1L0PA 1SYTA 7A3HA 4OKDA 1ISXA 1V6YA 3O9NA 3U5YA 1UH4A 4OIFA 3AS1A 1EA9C 2PWEA 3WEZA 1BVZA 4CKQA 2VZSA 4AZCA 5BWFA 3DHPA 3WNLA 5ECUA 2WW5A 1E5NA 3AHZA 1DHKA 1MQPA 1W3KA 4H8HA 4JFVA 4PUDA 1CZ1A 1NWRA 1D7FA 1KR0A 1G0CA 3A4XA 4W88A 1E71M 1HXJA 2YKKA 3BAKA 1AMYA 5CLTA 1I75A 3WQ8A 4M81A 2W91A 4H41A 2Q8XA 5A94A 4BQ4A 2BY1A 2O92A 1LQ0A 3PTMA 5A69A 4QCFA 1E40A 2BNJA 1GQLA 4K68A 4J3WA 1IV8A 4PMZA 1AQ0A 1W1PA 4WKHA 1UWSA 1YHTA 1QOXA 3U7VA 3ZJ8A 3KL5A 1WNOA 1HJVA 3ZMRA 3RIKA 1KQYA 4N42A 1BQCA 1E6NA 1UKSA 4ATLA 1CPUA 1Q6FA 1EHNA 2XM1A 2VNCA 5E09A 4C7FA 1F4HA 5BRPA 1KCKA 3CZJA 1HL8A 3WQ5A 2J77A 1EQCA 5CPTA 4D6JA 2O9OA 2ZXBA 3WD2A 1GJUA 5GPRA 1GOOA 4ZENA 2E8ZA 3VIIA 3RJXA 2WVVA 1GHRA 1H2JA 4BQ2A 3MUAA 3WMCA 2CERA 1KWGA 1RD6A 4ZEPA 3MSGA 2J25A 4JKKA 1CWYA 2XFYA 1CXLA 2CBIA 4TTUA 3WEMA 1BG4A 2DSVA 1JZ7A 4ML4A 1V0MA 3BC9A 3SUVA 1MWOA 3MUY1 4WJXA 3PZQA 3FN9A 7TAAA 2FGZA 2J7GA 2F61A 1G94A 1PX4A 1UWIA 2XTKA 1O7AA 3CPUA 4PMNA 3ARZA 2Y4SA 1A3HA 4U2ZA 3CBWA 4HZ8A 5CSYA 2EPKX 3VINA 1J11A 1UD5A 2WMJA 4OBSA 1MXGA 4JL1A 1JFHA 3BLPX 2EEXA 2WKGA 1SR0A 2W92A 3WBAA 2DT2A 1LL6A 4AEFA 2PC8A 1HN1A 1WDRA 1BFNA 1J01A 3PZVA 4D72A 1EIBA 1PZ2A 1XD0A 1JDDA 3PBGA 4J7RA 1WZLA 1LLOA 2D23A 1QW8A 2VX6A 3SCWA 2EPMX 5LA1A 3W6MA 3F4VA 1KQZA 4AD1A 1KXTA 1GJWA 3AISA 1K9FA 2X0HA 1CGWA 3VIPA 4AD2A 2GK1B 2DSWA 2DH3A 5DMYA 1E6XM 1W9BM 4ACZB 1UZ4A 2XVPA 4B9ZA 5EMYA 3W29A 1HJWA 1EDGA 1BPLB 3RO8A 3WDPP 4AD0A 2NT0A 1W1VA 3WEOA 1XHGA 4S3KA 2W63A 2QLYA 1ZU8A 5A6SA 1R86A 1ZBVA 3VKKA 3NYDA 1UD6A 3L4WA 1B3XA 1G01A 3IAQA 5I3DA 1JAKA 4EE9A 2OSYA 1QBBA 3AZTA 4AZBA 2YIHA 2V3GA 3AMLA 4H2CA 4PTVA 2ZUMA 4BF7A 1BLIA 3GXMA 2VO5A 2EPOA 2CITA 2XM2A 2YJQA 3K46A 5I24A 1VRXA 3GBDA 3WD1A 1JYVA 2NT1A 2WMFA 3U7BA 4QAWA 4EK7A 2DSUA 2BVYA 1OWQA 5I5RA 3VD5A 3KWXA 4WIWA 3THCA 3FNDA 3GXIA 1UWQA 1E0WA 1BSIA 2VOTA 2G3NA 3VMOA 4NRSA 2VT0A 1QNRA 1PBGA 1V03A 3DHUA 3WUEA 3NSMA 4KH2A 1PAMA 4D71A 1ODUA 1D2KA 4UFHA 3K8LA 4IM4A 5BROA 3CZKA 1WDSA 3SCOA 3WELA 4W8BA 4JZ5A 4D6HA 1E4MM 1HKJA 1TE1A 4D6GA 1OB0A 3WD4A 1NOUA 4NI3A 2VZTA 3L4VA 4JCLA 2OSWA 2CBUA 3CHDA 1J0HA 4Z2KA 1K9EA 3MMUA 2OYMA 2ZIDA 1HJXA 1M03A 1CGYA 1UR2A 4ATWA 5D9MA 3EMQA 5FIPA 3DYOA 3VGHA 4B9YA 3NDYA 5M5DA 1PX8A 2WKLA 1J0IA 3SIMA 1TR1A 3VPLA 1HIZA 4MB4A 3K8KA 3N18A 3CZ8A 4J27A 3UR7A 3VDAA 1E1EA 4CU6A 4PEEA 4AYSA 3PN8A 1MW3A 2W62A 3T2QA 2WLZA 5DF0A 3CHCA 2ZE0A 2JE8A 1OM0A 2VL4A 2OWXA 1XRVA 4A4AA 4MNJA 3VD7A 3VD9A 3AOFA 2VCAA 1V3JA 1MFVA 4Z2JA 1EH9A 2A3EA 2J78A 3OIHA 1B3ZA 4F9JA 2DIEA 1KXHA 4MJ4A 4ZE5A 2XVLA 1HL9A 4TVDA 1HT6A 1WKYA 5ABEA 3W28A 4LYPA 2ZXDA 1FFRA 3W81A 1WCGA 3VIOA 1ISZA 1BGAA 1E0XA 2YL9A 4PSPA 1OD0A 1WZKA 1MYRA 3GDBA 2ZICA 2IXUA 1E4NA 2GSJA 4JKLA 2NW0A 1JNEA 2YDRA 5LYRA 3ARVA 3AIRA 4LYRA 1UYQA 2BY2A 2JIWA 3LPGA 4OZOA 1M7XA 2V5DA 3ZT7A 1W1TA 1ISWA 4AW7A 1UH2A 3BAJA 2XVGA 2E3ZA 3K4DA 4QDMA 4W8LA 2VR5A 3GXDA 1W91A 1H5VA 5BXTA 5HBFA 2D22A 2CKSA 3BCFA 3WF1A 1JNDA 2ZX6A 2WMKA 3GH4A 2VZOA 3NJ3A 4HZ7A 4PMOA 2JEQA 4GI8A 2W5FA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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4W8BA

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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