4W8LA

Structure of gh10 from paenibacillus barcinonensis
Total Genus 129
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
129
sequence length
352
structure length
352
Chain Sequence
NIPDLAKKLGSSYALGAAIDQTALDPKDPHSELLTKHFNSITAGNFMKMDAMQPTEGKFVWSEADKLVNFAAANNMQVRGHTLLWHSQVPDWFFTDPNDPSKPATREQLMQRMKTHIQTIVSRYKGKVHTWDVVNEVISDGGGLRNQASGSKWRDIIGDVDGDGDDSDYIELAFRYAREADPDAVLVINDYGIEGSVSKMNDMVKLVEKLLAKGTPIDAIGFQMHVSMYGPDIKQIREAFNRAAALGVHIQVTELDMSIYSGNSEQEKPVTDEMMLEQAYRYRALFDLFKEFDDRGVMDSVTLWGLADDGTWLDDFPVKGRKDAPLLFDRKLKAKPAYWALVDPSTLPVYRN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Exploring Multimodularity in Plant Cell Wall Deconstruction: STRUCTURAL AND FUNCTIONAL ANALYSIS OF Xyn10C CONTAINING THE CBM22-1-CBM22-2 TANDEM.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Endo-1,4-beta-xylanase C
molecule tags Hydrolase
source organism Paenibacillus barcinonensis
total genus 129
structure length 352
sequence length 352
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 3.2.1.8: Endo-1,4-beta-xylanase.
pdb deposition date 2014-08-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00331 Glyco_hydro_10 Glycosyl hydrolase family 10
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4w8lA00
4AZIA 5AYBA 1UKQA 3VIFA 1V0LA 1GCYA 2VO5A 1A3HA 4J3XA 1RPKA 5M17A 3W38A 3B9AA 1H3GA 1UH4A 3L4UA 3SCUA 2PF0A 3QHOA 3PZMA 3WFZA 1UWQA 3AS0A 1QW8A 3WF4A 3BH4A 4BQ4A 4A3YA 1WO2A 3RM4A 3BCDA 1W9DM 1UR9A 3IJ8A 5D9OA 1WKYA 1H5VA 1H2JA 3I3EA 3UG4A 1CXIA 3W6MA 2XSAA 2DSKA 3GH7A 1JI2A 2IUZA 3T0BA 4P8XA 4ACZB 1JD9A 2EPLX 5ABFA 3FY1A 1E0VA 1PX4A 1GHRA 3EYPA 1AQMA 1CXLA 4Z2IA 3SURA 4CD6A 4J3UA 4OBSA 3THCA 1E3ZA 1CEOA 3VDAA 4W8AA 1UKTA 2QMJA 4PMXA 4E2OA 3ZM8A 3QHMA 1HP4A 4W5UA 3OZPA 4W85A 1LWHA 2BY1A 3L4ZA 4IISA 5LA1A 3VIHA 4WSJA 1K9EA 3ZJKA 4LYRA 2VMFA 1AQ0A 3RCNA 1H4PA 3T2QA 1G0CA 4CUCA 2X0HA 1U30A 2J8GA 1KWKA 5KEZA 4ML4A 1J0YA 1EA9C 2VR5A 3WBEA 4UFIA 5DFAA 3AS3A 3GNOA 2JIWA 1SMDA 2XIBA 2WLYA 1CTNA 1HN1A 1XCXA 1TMQA 1JZ4A 3VD4A 1E4IA 3SIMA 2W4XA 2A3HA 2JFEX 3CZLA 2BFGA 3AQUA 1UQYA 1C91A 3A47A 3MV11 1HKKA 2X8RA 3VD7A 3VUPA 1VENA 3DECA 1HL9A 2OWXA 3SUTA 4MB4A 1HXJA 1K9FA 1WZKA 1UR4A 5GNZA 4R5EA 3WH7A 1GOWA 4ATWA 1S46A 1UD4A 4YPJA 1BG4A 4H41A 2CEQA 2JF6A 1NWSA 4AMCA 3N13A 3CMGA 2VCBA 1OD0A 4TXEA 2EPKX 4M8UA 4W7UA 2WVTA 1E5JA 4D1JA 1VB9A 4PTWA 5I77A 2J7CA 3BSGA 1EDGA 2YLLA 2FDMA 4QCFA 1GJWA 1G01A 1AMYA 1R87A 2PBGA 5F7UA 2O9OA 1XD0A 1TUXA 2YL5A 4PMDA 1WNOA 1HIZA 1LF1A 2XGBA 7CGTA 2VZVA 2EQDA 1DWAM 4J3VA 1W3HA 4E8DA 1CXEA 1BLIA 5D4YA 2BXZA 3BAWA 2YA1A 1W3LA 3GBEA 3WL1A 3VX1A 2XG9A 5AYIA 1MW2A 4PMUA 3I3BA 4GXPA 5I24A 2WWCA 2BVDA 4AD3A 2CBUA 2DT0A 3OLEA 1GZJA 1E6PA 5D8WA 1D2KA 4U2YA 5A6BA 4PMYA 5D9PA 1F4HA 2J7FA 4H7VA 4PN2A 3FAXA 5D8ZA 4PUEA 4MB1A 2BNJA 3VDBA 1DTUA 1LL7A 4GQRA 2VVSA 2OSWA 4J3SA 1WDQA 3GYCA 4D1IA 1NWRA 2DIJA 4OZOA 4ZENA 1WB0A 2XIIA 5I23A 2WVVB 5DO8A 4PTXA 5CQ1A 2ZX5A 2WMIB 3L4TA 3E1F1 1ZBVA 4AEEA 3WUBA 3MO4A 3POHA 3T2OA 1ODUA 1PJ9A 1UG6A 5FIPA 5IHRA 1CXKA 1KCKA 1HKJA 3GZAA 3VDHA 4D6HA 3WEMA 1CNVA 1W9XA 1MQPA 2XVPA 1BPLB 3WF2A 2WM0A 1IT0A 3DYPA 1JL8A 4BS0A 1UD6A 2Y4SA 2Q8XA 3UR7A 2CNCA 4MADA 3SUVA 3ZQ9A 3AROA 1DWJM 1I75A 5KZ6A 1DWIM 3NDZA 3WL0A 3AXIA 1R85A 4L4OA 1IZJA 5EFDA 4XUYA 4M29A 1UD2A 3N1AA 4HZ8A 3DC0A 3O6AA 4GZIA 3CUIA 2E0PA 1FP8A 2GJPA 1HL8A 3KL3A 3CUFA 3AMCA 1G94A 4OOUA 2WBKA 4WJXA 1B31A 4XZWA 4M56A 3WNMA 1Q4NX 5FKYA 1OGBA 1GQKA 2QMKA 4X0NA 4B9ZA 5BYWA 1QPKA 4NZCA 4AZGA 3GTNA 4BQ2A 2JALA 2PC8A 4V2XA 4UQEA 1Q6FA 1QNQA 2ZXDA 6TAAA 1V3HA 2D0GA 1QVBA 3AIWA 1KGUA 2YL6A 2J4GA 1GORA 1XC6A 4QLJA 1ZBCA 2O9TA 3ZJ8A 1JNDA 3MANA 4AYSA 3KL5A 5E09A 3RMEA 4Z2HA 1HJUA 2WNWA 2ZX8A 1RP8A 3WH8A 2BHUA 1VEPA 2W61A 5IDIA 2WMKA 1CLXA 1KGXA 4OJYA 2D3LA 3VO0A 5HBFA 3PZQA 2J74A 5HOSA 1BYCA 1J0KA 1KQZA 1CPUA 4RE2A 1LWJA 3WQ5A 1VF8A 1GVIA 3PN8A 4AZ5A 2J47A 2EXOA 5BRQA 3F5KA 2VRKA 2YDRA 2AOSA 3NYDA 4PMZA 1J0JA 1BYDA 8CGTA 3M6DA 2Y8VA 4UOJA 2DSZA 1FHDA 5A6AA 4F8XA 2WB5A 3ARSA 3AIVA 2WHLA 1EOKA 1L0PA 2E8ZA 3CPUA 3TOPA 3VM7A 3AIEA 1C92A 2GFTA 1CGYA 4WK9A 5EMYA 1U2YA 3A6OA 3N9KA 3L2LA 1FHLA 4CD7A 1LG1A 3POCA 4QFUA 4S3KA 3GDBA 1XYFA 1B2YA 4KH2A 1BYAA 1BAGA 3CO4A 2XFRA 1W9PA 4UOQA 1E6ZA 2EPNA 1EXPA 4GO9A 4M24A 2GJXB 4J27A 3ZO9A 3OA5A 2J77A 4IPLA 1W91A 4W7WA 1UKSA 4PCTA 5A95A 1JZ3A 2J7BA 1KXHA 4CCEA 1CGWA 3OB8A 4OIFA 2XGIA 4TVCA 3CHFA 4AIEA 2ZUUA 1JZ7A 3EDFA 3AZSA 1XSJA 1YHTA 2QPUA 1J0HA 1W2VA 2ZX6A 5DF0A 1QNPA 4M80A 4JKKA 1NP0A 1JZ6A 2XVLA 3ARXA 3FHAA 3LMYA 2VJXA 4MAVA 2ZE0A 2GK1B 2GVYA 2ZOXA 2ZXQA 2VZTA 1EIBA 2V3EA 3CZJA 1E4MM 3RM8A 2BY3A 5A8PA 3T2PA 4CCDA 1LLOA 1NOFA 1GOMA 3F5LA 4BF7A 4TX6A 3N04A 3L4XA 4DUVA 2WLZA 2DT1A 4AZCA 2VURA 4HTYA 1UWTA 3DYMA 4ATLA 4MNMA 3BAYA 4AY1A 2XYLA 3BAJA 1VFFA 2DSUA 3NSNA 4JL2A 4LYQA 4UQDA 3AMLA 1QNOA 2E9MA 3EDJA 2J7EA 3A4AA 2D20A 4NRRA 5AC5A 1EGZA 1BHGA 1LL6A 4AWEA 1PZ3A 2BVYA 1V6XA 4FLOA 1FA2A 4AD5A 1TE1A 2ZIDA 3CZEA 4UQ9A 3UR8A 3WNKA 4WKHA 3VIPA 2VRJA 5BXSA 1B1YA 1DEDA 5LA0A 2QPSA 4E4PA 5IHSA 2VL4A 4MJ4A 3U7BA 1GOIA 4JHOA 2D2OA 3RILA 1JZ8A 3WQ4A 1VJZA 3BXWA 3M7SA 2WKGA 3ECQA 3AFBA 1CECA 2ZUVA 3PBGA 3W29A 3ZT6A 4HOZA 4DWSC 1XH0A 1XRVA 4PRWA 1VFUA 3EMCA 4TTGA 3AS1A 4U33A 2CITA 4P7RA 3CUHA 3LPFA 4ZEPA 3CZKA 1TVPA 3G6MA 5LYRA 1RD6A 2VZOA 3WH9A 4UFLA 1X6NA 3WNLA 4V27A 3SCRA 1EO7A 5A1AA 3BAXA 2ESCA 1B3VA 3BMWA 1E15A 4AZHA 3W28A 3MSGA 1GOQA 5I0DA 3UCQA 2OSYA 4AW7A 4MNKA 3RDKA 3WNOA 1L8NA 2J25A 4EK7A 4FLQA 4Z2LA 5DT5A 1H41A 3VDCA 3WEZA 1QNSA 2WXDM 4W8BA 3CMJA 1E43A 3MUAA 1ISVA 1JF5A 4LQ1A 3ZIZA 4CU8A 2D1ZA 4UNIA 1R8LA 1ZBWA 2F61A 4FF5A 1KGWA 2JE8A 5GNXA 3VIKA 4AZ6A 2YDSA 1IV8A 4GPNA 1E9LA 1UZ4A 2O92A 3PZVA 3PZ9A 1OCQA 1V3MA 1GQJA 2X0YA 5I3DA 3AMDA 3SCWA 3TP4A 1E6SM 3VMOA 1OB0A 1PX3A 3CIVA 3O2LA 3W81A 5CGMA 1WCGA 3F5JA 1EDTA 5CLWA 4J3WA 3OIHA 3IJ9A 4DWSA 5A6KA 1GUVA 1V02E 1KBKA 1UKOA 1E4LA 4R27A 1NWTA 4B3LA 2CBIA 1PBGA 3II1A 3WD0A 3GBDA 2D0HA 4JHZA 2WZHA 2VI0A 2VOTA 5E70A 1WZLA 1HJQA 1QBAA 2XFYA 3ARWA 4D6EA 2W62A 3WDQA 2YA2A 5FL0A 3LPGA 2UY3A 1EO5A 4ACYA 4C7DA 4QDMA 1UQZA 1OWQA 3N17A 3CTTA 3S6TA 4A3HA 4Q22A 1C7TA 3VOCA 4KRUA 3N15A 5HNNA 4B3KA 2UY5A 3VMNA 1WPCA 3FAWA 2W5FA 3IK2A 2CIPA 1E5NA 1JAKA 2EBNA 1FOBA 5JUVA 3UEQA 3O9NA 4FMVA 3IANA 5M5DA 3AS2A 2XPKA 5LA2A 4U31A 3VNYA 5JIWA 5E0FA 1E56A 5AY7A 1G1YA 1E71M 1Q6CA 2BV9A 1CGTA 2JIEA 2DPEA 2IXUA 3VILA 2VCAA 3MU7A 1O6IA 4AISA 4IM4A 1V6YA 1CXHA 2Y24A 3ZR6A 3WDHA 3AZTA 1OSEA 3W24A 1GW1A 1KXTA 3CLWA 4PTMA 3NIYA 3TTYA 3A4XA 3ARYA 2CERA 3GNPA 2PWGA 4U3CA 3RIKA 3DHPA 2GK1A 2XWEA 3AI0A 4JFWA 3FXYA 3WUGA 1JGIA 1RP9A 1QNRA 2BVTA 2UY4A 1LJYA 2GSJA 1RH9A 1UH2A 2J75A 3CUJA 2ZXBA 4GI8A 4CD5A 1UWUA 1MVYA 3EMQA 3MUY1 5BCAA 3WY1A 3FW6A 1KBBA 2E9LA 4KRTA 1W9BM 4WKAA 2WCGA 3A4WA 4JL1A 2EO7A 1LQ0A 2WW5A 3BC9A 2WK2A 4UFMA 4CVWA 3ARPA 3BAKA 1M03A 3UG5A 2WHMA 2CETA 5BXTA 3BLKA 2WHJA 4MTVA 2Y8KA 4AEFA 3CH9A 2D22A 3L4VA 3T0AA 1E0XA 1C90A 1VEOA 4M82A 1JYNA 3NCOA 3GNRA 4W88A 2CYGA 2NSXA 3WD3A 2XM2A 4PMOA 2XUCA 3JUGA 3SUSA 5BWFA 4MNJA 1PX8A 1Q6EA 1PEZA 1M01A 5FL1A 1CZ1A 3AZRA 3SCNA 3WH5A 2FHBA 4UZUA 1MFVA 5M03A 1G5AA 1GJUA 1ESWA 1CBGA 3K1DA 2UWFA 3IAQA 4LPCA 1QHZA 1H09A 1UD3A 3OGVA 5E6YA 1OIMA 3HU7A 1UZ1A 2ZUNA 3SCOA 5FD0A 2WWDA 4NI3A 2GJRA 3AHVA 1ZL1A 4KWUA 1EQCA 3W4RA 2XVKA 1XH2A 2VVNA 2VX6A 4QLKA 3VIMA 4EKJA 5EBAA 3ZT7A 3IJ7A 3WUFA 3PZIA 1W32A 2V5CA 3VX0A 1JXJA 2W67A 1MQRA 2VNCA 3N18A 1VAHA 3QGVA 2NT1A 4AIOA 1XD1A 1ZU8A 3WF3A 1OT2A 4BCEA 4X0VA 2YKKA 3LPPA 1OGSA 2WVUA 2YIHA 2BS9A 5CSYA 3WENA 1DWFM 1J11A 1QI2A 3PZUA 3T08A 1JYWA 1XV8A 1W1VA 5A2CA 2GDUA 1E0WA 3ARUA 4ACZA 3WN6A 4OBRA 2A3AA 1W1YA 4JFSA 2YL9A 5A6MA 4WSKA 1VJSA 1KWGA 4HA4A 1ISWA 4MB5A 1PPIA 1E6XM 1B3WA 2WAGA 4MDPA 3WMSA 1QOXA 3MUIA 1HJSA 5JBFA 4Y7EA 2CBVA 4CD8A 1JDDA 4JFTA 3MS8A 4UFKA 1NH6A 4PBGA 1HT6A 1TG7A 1UH3A 4ZXLA 5ABFB 1LL4A 3AICA 1V6WA 3GXFA 2OYMA 5IXEA 1MW1A 2PWHA 4F9DA 1VBRA 1J18A 4DUWA 5I78A 2CHNA 3ZT5A 5E9AA 2GDVA 1XCWA 1JAEA 2CCRA 3NSMA 2CHOA 1KQYA 3TONA 1W2PA 4PMVA 5FCZA 5JBDA 3U5YA 2YA0A 2ZWYA 4AC1X 3TTOA 3AXXA 3WMBA 4UFHA 2D23A 4AIUA 2DQXA 4TUFA 1N82A 1FH8A 1HVXA 2J7DA 3WD2A 1UR0A 3M07A 1C8YA 1FH7A 1M04A 1KR0A 2XM1A 4QLLA 2D0FA 1NARA 5A2BA 3F4VA 2RGLA 1V6UA 5IFPA 3VTRA 1SR0A 2TAAA 1BFNA 3EBVA 3WDIA 4D6DA 3CHDA 1XGZA 1J12A 1TZ7A 4QCEA 1GOOA 1B3ZA 1V0NA 3PHAA 2BHZA 4GZEA 2YBTA 4BA0A 2W92A 4TVDA 1GPFA 1GQLA 2YBUA 2PWDA 2F2HA 3PTQA 3VU2A 2VQTA 4RE4A 1E1EA 4HPGA 2DT3A 4CGTA 4JFVA 2DEPA 1IZKA 3L2MA 1WP6A 4JIEA 5E6ZA 2WANA 2VUYA 5TD4A 3W27A 1FP9A 4AZBA 4TX8A 1MQQA 5BXRA 4C7GA 2NT0A 1HX0A 3MSDA 5I79A 1GVYA 1XH1A 4Z2KA 5E0CA 2WPGA 5CPQA 4TTUA 5JBEA 1D3CA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4AZI A;  5AYB A;  1UKQ A;  3VIF A;  1V0L A;  1GCY A;  2VO5 A;  1A3H A;  4J3X A;  1RPK A;  5M17 A;  3W38 A;  3B9A A;  1H3G A;  1UH4 A;  3L4U A;  3SCU A;  2PF0 A;  3QHO A;  3PZM A;  3WFZ A;  1UWQ A;  3AS0 A;  1QW8 A;  3WF4 A;  3BH4 A;  4BQ4 A;  4A3Y A;  1WO2 A;  3RM4 A;  3BCD A;  1W9D M;  1UR9 A;  3IJ8 A;  5D9O A;  1WKY A;  1H5V A;  1H2J A;  3I3E A;  3UG4 A;  1CXI A;  3W6M A;  2XSA A;  2DSK A;  3GH7 A;  1JI2 A;  2IUZ A;  3T0B A;  4P8X A;  4ACZ B;  1JD9 A;  2EPL X;  5ABF A;  3FY1 A;  1E0V A;  1PX4 A;  1GHR A;  3EYP A;  1AQM A;  1CXL A;  4Z2I A;  3SUR A;  4CD6 A;  4J3U A;  4OBS A;  3THC A;  1E3Z A;  1CEO A;  3VDA A;  4W8A A;  1UKT A;  2QMJ A;  4PMX A;  4E2O A;  3ZM8 A;  3QHM A;  1HP4 A;  4W5U A;  3OZP A;  4W85 A;  1LWH A;  2BY1 A;  3L4Z A;  4IIS A;  5LA1 A;  3VIH A;  4WSJ A;  1K9E A;  3ZJK A;  4LYR A;  2VMF A;  1AQ0 A;  3RCN A;  1H4P A;  3T2Q A;  1G0C A;  4CUC A;  2X0H A;  1U30 A;  2J8G A;  1KWK A;  5KEZ A;  4ML4 A;  1J0Y A;  1EA9 C;  2VR5 A;  3WBE A;  4UFI A;  5DFA A;  3AS3 A;  3GNO A;  2JIW A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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